检索结果-内蒙古大学图书馆

作者：杨文柯兰州大学

学位级别：硕士

研究目的:慢性牙周炎患者的牙周组织在炎症作用下而受损。研究表明,慢性牙周炎不仅仅是一种口腔健康问题,还与糖尿病、心血管疾病、消化道疾病等多种系统性疾病的发生存在相关性。随着分子生物学研究技术和平台的发展,转录组学和蛋白质... 详细信息

研究目的:慢性牙周炎患者的牙周组织在炎症作用下而受损。研究表明,慢性牙周炎不仅仅是一种口腔健康问题,还与糖尿病、心血管疾病、消化道疾病等多种系统性疾病的发生存在相关性。随着分子生物学研究技术和平台的发展,转录组学和蛋白质组学方法已是研究疾病相关分子机制、筛选生物标记物的可靠手段。本论文探讨了健康人群和慢性牙周炎患者牙龈组织的差异表达基因和差异表达蛋白,并进一步探索了差异表达基因RAC2基因多态性与慢性牙周炎发病风险的相关性。方法:本论文利用基因表达综合数据库所提供的健康人群和慢性牙周炎患者牙龈组织的RNA测序数据(GSM2133915和GSM2133916)分析两组间的差异表达基因并利用DAVID富集工具分析差异表达基因所涉及的生物过程和细胞信号通路;收集21例慢性牙周炎患者和21例健康对照人群的牙龈组织样本,利用双向凝胶电泳结合质谱分析的方法比较组间组织样本的蛋白质表达差异;收集231例慢性牙周炎患者和195例健康对照人群的外周血液样本,提取各组样本的全基因组DNA后,利用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性法分析上述差异表达基因中RAC2基因rs6572和rs1476002位点基因型,并通过测序验证分型结果。利用SPSS19.0软件对基因分型数据进行统计和分析。使用SHEsis软件进行连锁不平衡分析。结果:1.本论文发现GSM2133915和GSM2133916两组数据的差异表达基因共有1184个,其中慢性牙周炎组低表达基因415个,高表达基因769个。DAVID富集显示差异基因主要与免疫反应、炎性反应、细胞粘附、细胞凋亡、蛋白酶解、应激反应和骨系统发育等生物过程相关。2.进一步通过蛋白质组学研究方法比较健康人群和慢性牙周炎患者牙龈组织的蛋白质表达差异,发现有利于组织损伤修复的血清白蛋白在慢性牙周炎患者的牙龈组织中表达水平相对较低;与炎症反应相关的纤维蛋白原、膜联蛋白A2,与免疫反应相关的Ig G以及参与糖酵解的磷酸丙糖异构酶异构体1在慢性牙周炎患者的牙龈组织中表达水平相对较高。3.通过对RAC2基因rs6572和rs1476002位点各基因型、等位基因在健康人群和慢性牙周炎患者中的分布进行比较分析,发现RAC2基因rs6572和rs1476002位点在基因型和等位基因的分布上与慢性牙周炎的易感性均无相关性。按性别进行分层分析后发现,rs6572位点GG基因型与女性慢性牙周炎发病风险有一定的关联性(P=0.043,OR=2.554,95%CI=1.023-6.374);同时rs6572位点G等位基因是女性患慢性牙周炎的危险因素,发生慢性牙周炎的风险升高1.565倍(P=0.046,OR=1.565,95%CI=1.007-2.433)。结论:本论文结合慢性牙周炎患者和健康人群牙龈组织的差异表达基因和差异蛋白,初步发现慢性牙周炎发病的相关分子机制,并认为纤维蛋白原、A组膜联蛋白、磷酸丙糖异构酶、Ig G1、RAC2等差异表达分子可作为慢性牙周炎潜在的生物标记物;通过RAC2基因多态性与慢性牙周炎易感性的关联性分析,发现RAC2基因rs6572和rs1476002两个SNP位点与慢性牙周炎总体发病率无明显相关性,而RAC2基因rs6572位点多态性与慢性牙周炎发病风险存在性别差异,为筛选慢性牙周炎的生物标记物提供一定的数据资料。

关键词：慢性牙周炎 RAC2基因基因表达综合数据库蛋白质双向凝胶电泳单核苷酸多态性

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利用生物信息学方法分析鉴别透明细胞性肾细胞癌的核心基因

利用生物信息学方法分析鉴别透明细胞性肾细胞癌的核心基因

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作者：胡慧贤天津医科大学

学位级别：硕士

背景:透明细胞性肾细胞癌(cc RCC)是世界范围内引起癌症死亡的主要原因之一。然而,cc RCC的分子机制仍不清楚。方法:本研究从基因表达综合数据库(GEO)下载了4个m RNA芯片数据集(GSE36895,GSE46699,GSE53757,GSE66272)。利用GEO数据库的... 详细信息

背景:透明细胞性肾细胞癌(cc RCC)是世界范围内引起癌症死亡的主要原因之一。然而,cc RCC的分子机制仍不清楚。方法:本研究从基因表达综合数据库(GEO)下载了4个m RNA芯片数据集(GSE36895,GSE46699,GSE53757,GSE66272)。利用GEO数据库的自带工具GEO2R获得cc RCC组织与邻近肾脏组织之间的差异表达基因(DEGs),并识别出重叠的DEGs。利用Funrich软件对差异表达基因进行功能富集分析。利用Cytoscape软件识别出DEGs之中的的核心基因(hub genes)并对蛋白质相互作用网络(PPI)进行可视化分析。利用GEPIA网站对选定的hub gens进行总体生存(OS)和肿瘤分期分析。结果:总共获得了273个DEGs,包括85个上调基因和188个下调基因。其中有6个上调基因(分别为LAPRM5、MS4A4A、RGS1、MS4A7、LYZ和RNASET2)和10个下调基因(分别为SCNN1A、SLC12A3、WNK4、SCNN1G、SLC34A1、HRG、SLC22A8、SLC22A6、ATP6V1B1和SLC22A7)被认为是cc RCC的hub genes。在这些hub genes中,LYZ、RNASET2、SLC12A3、SCNN1G、SLC34A1、SLC22A8、SLC22A6和SLA22A7与患者的预后相关,未来有可能成为鉴别透明细胞性肾细胞癌的生物标志物。结论:综上所述,该研究表明,这16个基因可能是cc RCC发生发展过程中的关键基因,需要进一步的研究来深入探索其具体分子机制。

关键词：透明细胞性肾细胞癌核心基因生物信息学基因表达综合数据库

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前列腺癌骨转移相关基因的生物信息学分析

前列腺癌骨转移相关基因的生物信息学分析

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作者：程代川华北理工大学

学位级别：硕士

目的前列腺癌是男性最常见的癌症,致死人数在全球排名第五,中国排名第十。超过80%的晚期前列腺癌相关死亡是由频繁的骨骼转移导致,而前列腺癌骨转移之后预后极差。因此,揭示前列腺癌骨转移的具体分子机制已成为一项紧迫的任务。生物信... 详细信息

目的前列腺癌是男性最常见的癌症,致死人数在全球排名第五,中国排名第十。超过80%的晚期前列腺癌相关死亡是由频繁的骨骼转移导致,而前列腺癌骨转移之后预后极差。因此,揭示前列腺癌骨转移的具体分子机制已成为一项紧迫的任务。生物信息学是发现疾病相关基因的强有力工具,现已成为探索各种癌症分子机制的有效手段,以期从分子水平更准确全面的揭示前列腺癌骨转移的发生机制,挖掘新的临床标志物和潜在治疗靶点。方法本研究通过Shambhala跨平台标准化从GEO下载的三个原发性局限性前列腺癌和前列腺癌骨转移癌微阵列数据集GSE32269、GSE74685、GSE60329,根据差异倍数在2倍以上且P值<0.05筛选每个数据集的差异基因(DEG),然后,使用在线免费分析工具DAVID对这些差异基因进行GO富集和KEGG通路分析,并分析这些差异基因的潜在生物学功能。最后,通过STRING在线工具构建了在前列腺癌的骨转移中表达的差异基因的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,随后将所有差异基因提交到Cytoscape软件进行网络可视化和中心基因(HUB基因)鉴定,通过cyto Hubba插件中的12种拓扑分析方法(包括MCC,DMNC,MNC和EPC)对网络中的节点进行排序,然后分别依据Degree、Closeness centrality、Betweenness centrality筛选出与其他蛋白相互作用最密切的基因。结果本研究从GEO下载的三个微阵列数据集GSE32269、GSE74685、GSE60329,通过Shambhala方法跨平台标准化共筛选出1092个差异基因,其中有497个基因上调,595个基因下调,然后我们进一步调整阈值提高准确性和重要性,筛选出了更具差异的502个基因进行后续分析,其中上调的有195,下调的有307个。为了阐明这些差异基因潜在的生物学功能,我们从生物过程(BP)、分子功能(MF)和细胞成分(CC)三个方面阐明差异基因的功能和代谢途径。GO富集结果发现这些差异基因大多定位在外泌体、细胞质基质、细胞外间隙、胞膜,执行蛋白质结合功能,以及参与RNA聚合酶II启动子的转录、细胞粘附、肌肉收缩、细胞外基质的组织、衰老、翻译起始等多种生物过程。同时我们的KEGG通路富集分析结果提示,这些基因富集通路主要涉及PI3K-Akt信号通路、癌症中的通路、粘着斑、Fox O信号通路、c AMP信号通路等信号通路。最后通过STRING在线工具对这502个前列腺癌骨转移表达差异基因的PPI网络进行分析,然后依据Degree、Closeness centrality、Betweenness centrality的前5%筛选出与其他蛋白相互作用最密切的Top 22个基因。根据上述标准,我们将三者重叠的12个基因鉴定为PPI网络中的中心基因(HUB基因)。其中IGF1R、CD44、FOS、EGR1、LDLR、PTGS2、ACTA1、CFTR、ACTA2等9个HUB基因表达下调,FN1、MMP9、CLTC 3个基因表达上调,这些基因及相关表达蛋白可能是前列腺癌骨转移过程中发挥作用的关键位点。结论1、前列腺癌骨转移过程的发生较为复杂,其机制尚不完全清楚,呈现出多步骤、多阶段、多途径、多基因复合的特点,本研究从GO富集结果发现前列腺癌骨转移相关基因大多定位在外泌体、细胞质基质、细胞外间隙、胞膜,执行蛋白质结合功能,以及参与RNA聚合酶II启动子的转录、细胞粘附、肌肉收缩、细胞外基质的组织、衰老、翻译起始等多种生物过程。KEGG通路富集分析结果提示,这些基因富集通路主要涉及PI3K-Akt信号通路、癌症中的通路、粘着斑、Fox O信号通路、c AMP信号通路等信号通路,前列腺骨癌转移可能和这些生物学过程和通路具有密切关联。2、通过生物信息学挖掘并筛选出的12个前列腺癌骨转移相关HUB基因,IGF1R、CD44、FOS、EGR1、LDLR、PTGS2、ACTA1、CFTR、ACTA2等9个HUB基因表达下调,FN1、MMP9、CLTC 3个基因表达上调,这些基因及相关表达蛋白可能是前列腺癌骨转移过程中发挥作用的关键位点,为下一步深入了解这些基因在前列腺癌骨转移中的具体作用机制提供了方向,这也为其他肿瘤骨转移的机制和治疗靶点提供了新思路。图7幅;表7个;参128篇。

关键词：前列腺癌骨转移生物信息学基因表达综合数据库 Shambhala 差异表达基因中心基因

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缺血性卒中中HDAC调控作用和缺氧相关分子机制研究

缺血性卒中中HDAC调控作用和缺氧相关分子机制研究

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作者：苏允琦军事科学院

学位级别：硕士

研究背景:脑卒中是我国乃至全世界最重要的公共卫生问题之一。其中,缺血性卒中最为常见,局部脑部血流供应中断导致的脑组织缺血受损是其主要病理特征。近年来,随着缺血性卒中基础研究和临床实践的不断深入,再灌注治疗已成为最重要的临... 详细信息

研究背景:脑卒中是我国乃至全世界最重要的公共卫生问题之一。其中,缺血性卒中最为常见,局部脑部血流供应中断导致的脑组织缺血受损是其主要病理特征。近年来,随着缺血性卒中基础研究和临床实践的不断深入,再灌注治疗已成为最重要的临床治疗方案,但血管再通诱发的二次损伤严重限制了治疗时间窗,降低了治疗效果。因此,探究再灌注损伤中的神经损伤机制,开发针对性干预策略迫在眉睫。组蛋白去乙酰化酶(Histone deacetylase,HDAC)作为一类关键的表观遗传调节酶,可通过调控特定基因表达、改变细胞内的信号传导等方式,影响细胞功能。已有研究表明,多种HDAC抑制剂可通过靶向HDAC对抗缺血再灌注损伤,但尚未有治疗缺血性卒中的HDAC靶向药物进入临床。目前仍有一系列问题尚未解决,如HDAC参与神经保护作用机制尚不明确,HDAC各成员在不同类型细胞中的功能仍不清晰等。因此,本部分研究选取课题组研究最为深入的HDAC抑制剂——JZ001,通过体内外缺血再灌实验验证其神经保护作用,同时采用神经元-内皮细胞模型探究HDAC3的功能。针对缺血性卒中的研究,细胞缺氧始终处于核心位置。一系列缺氧相关病理事件,包括能量代谢障碍、细胞内钙稳态失衡、氧化应激、炎症反应和细胞死亡,在疾病进展中交错发生。因此,亟需利用生物信息学手段,分析筛选其中的缺氧相关关键基因。研究目的:验证JZ001对脑缺血再灌注损伤的保护效能;探究抑制HDAC3在神经元-内皮细胞灌注模型中的作用。基于基因表达综合(Gene expression omnibus,GEO)数据库,采用生物信息学方法分析缺血性卒中的基因表达情况,结合缺氧相关基因,解析缺氧相关差异基因(Hypoxia related differentially expressed genes,HRDEGs)表达特征,筛选出关键基因。研究方法: 1.选用250-280g健康成年雄性SD大鼠,构建短暂性大脑中动脉闭塞(Transient middle cerebral artery occlusion,tMCAO)模型,并用激光散斑成像系统评估模型构建情况。对于tMCAO处理1.5h大鼠,随机分为再灌注24h组、再灌注48h组和再灌注72h组,使用HE染色方法观察脑组织在不同再灌注时间下的病理改变。另外,对于tMCAO处理1.5h后再灌注24h的大鼠,进一步随机分组为生理盐水组、JZ001低剂量组(180mg/kg)和JZ001高剂量组(300mg/kg),通过氯化三苯基四氮唑(2,3,5-Triphenyte trazolium chloride,TTC)染色和 Zea-Longa行为学评价方法探讨JZ001静脉及腹腔注射给药的疗效。分离并体外培养大鼠原代海马神经元,构建氧糖剥夺/复糖复氧(Oxygen-glucose deprivation/reperfusion,OGD/R)模型,用来模拟缺血/再灌注病理过程。研究设立对照组、OGD/R 组、JZ001 低剂量组(0.25mmol/L)和 JZ001 高剂量组(0.5mmol/L),通过CCK-8法测定各组神经元细胞活性,验证JZ001干预缺血再灌注损伤的作用效果。利用CCK-8法测定不同浓度HDAC3特异性抑制剂——BRD3308对***926细胞活性的影响。利用人神经母细胞瘤细胞(SH-SY5Y)和人脐静脉融合细胞(***926)构建神经元-内皮细胞灌注模型,用来明确神经细胞经历缺血再灌注损伤后是否会对内皮细胞造成损伤。通过RT-qPCR手段验证不同浓度BRD3308对模型中***926细胞HDAC3表达的抑制效果,并选择最适药物浓度检测***926细胞HDAC3、ICAM-1和IL-6的表达水平,解析HDAC3的可能机制。 2.从GEO数据库下载GSE16561和GSE58294两个数据集,采用Python软件进行数据合并,利用Combat方法消除批次效应,同时保留疾病分组特征。对消除批次效应前后的数据采用主成分分析法进行降维处理,并对缺血性卒中组和正常对照组人群进行组内相关系数(Interclass correlation coefficient,ICC)检测。对合并处理后数据集进行单样本基因集富集分析(Single sample gene set enrichment analysis,ssGSEA)及GSEA,采用名义P值(NOM P-val)<0.05和假阳性率P值(FDR P-val)<0.25作为标准,筛选出具有显著差异的基因集。利用R软件对GSE16561和GSE58294数据集合并处理后的缺血性卒中样本和正常对照人群之间的差异表达基因进行鉴定([以log2基因表达差异倍数(FC)的绝对值≥0.58和矫正P值(Padj)<0.

关键词：缺血性卒中组蛋白去乙酰化酶缺血再灌注损伤缺氧相关基因基因表达综合数据库

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心肌梗死潜在生物标志物的生物信息学研究

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实用临床医药杂志 2023年第3期27卷 21-28,34页

作者：钱晗曹梦菲吕书梅袁伟江苏大学附属医院心血管内科江苏镇江212001

目的基于外周血单个核细胞(PBMCs)寻找心肌梗死潜在的生物学标志物。方法从基因表达综合(GEO)数据库中下载心肌梗死患者PBMCs的测序数据集GSE59867,基于加权基因共表达网络分析(WGCNA)和差异表达基因(DEGs)探讨心肌梗死过程中的生物学... 详细信息

目的基于外周血单个核细胞(PBMCs)寻找心肌梗死潜在的生物学标志物。方法从基因表达综合(GEO)数据库中下载心肌梗死患者PBMCs的测序数据集GSE59867,基于加权基因共表达网络分析(WGCNA)和差异表达基因(DEGs)探讨心肌梗死过程中的生物学变化和共同基因,并进行共同转录因子预测。通过LASSO回归分析确定关键基因,绘制受试者工作特征(ROC)曲线,评估关键基因的临床价值。通过基因集富集分析(GSEA)探讨与关键基因有关的生物学变化,并基于心肌梗死数据集GSE123342验证关键基因的表达。结果心肌梗死过程伴随着免疫炎症反应,其中关键基因有6个,即CD163、RNASE2、HP、FAM20A、MCEMP1和FAM198B。ROC曲线分析结果显示,这些关键基因的表达对心肌梗死均有较高的诊断价值。在心肌梗死恢复过程中,这些基因的表达呈现明显下降趋势。GSEA结果显示,这些关键基因涉及的生物学改变大多与糖脂代谢、活性氧、免疫炎症等有关。结论基于PBMCs进行分析,本研究发现CD163、RNASE2、HP、FAM20A、MCEMP1和FAM198B基因与心肌梗死有关,这可能为心肌梗死的早期诊断和梗死恢复的监测、评估与管理提供新的见解。

关键词：心肌梗死基因表达综合数据库外周血单个核细胞加权基因共表达网络分析差异表达基因生物信息学

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类风湿关节炎生物标志物开发及潜在治疗中药预测

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中国药业 2024年第6期33卷 48-55页

作者：张琳毛伟刘芳枉前吕军中国人民解放军陆军军医大学第一附属医院重庆400038 重庆市南岸区人民医院重庆400060

目的预测类风湿关节炎(RA)生物标志物及RA潜在治疗中药。方法从GPL96平台的相关数据集中采集33例RA患者(RA组)和20例健康者(HC组)的mRNA表达谱,使用limma R包筛选差异表达基因(DEGs),以基因本体论(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全... 详细信息

目的预测类风湿关节炎(RA)生物标志物及RA潜在治疗中药。方法从GPL96平台的相关数据集中采集33例RA患者(RA组)和20例健康者(HC组)的mRNA表达谱,使用limma R包筛选差异表达基因(DEGs),以基因本体论(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析验证。构建加权基因共表达网络,采用机器学习等方法,筛选出潜在的核心基因及生物标志物。采用反转录聚合酶链反应(RT-PCR)法和Western blot法验证生物标志物。利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)预测潜在可用于治疗RA的中药。结果CKAP2为RA潜在的生物标志物。CKAP2的表达水平与CD_(8)^(+)T淋巴细胞、浆细胞和CD27水平呈显著正相关(P<0.01)。预测出苍耳子、黄芩、党参等11种中药对RA有潜在治疗作用。结论CKAP2可作为RA早期诊断的候选生物标志物,苍耳子、黄芩、党参等11种中药对RA具有潜在治疗作用。该研究为治疗RA的中药研发提供了新思路。

关键词：类风湿关节炎生物标志物 CKAP2 中药预测基因表达综合数据库免疫浸润

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基于网络药理学与GEO生信统计的瘀血痹抗类风湿性关节炎的活性成分及作用机制研究

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中国现代中药 2022年第4期24卷 676-686页

作者：孙彩虹杨志城房庆伟吴若铭李坤叶冠上海医药集团股份有限公司中央研究院上海201203

目的:基于网络药理学与基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库挖掘初步揭示瘀血痹胶囊发挥抗类风湿性关节炎(RA)的潜在活性成分及作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、GeneCards数据库筛选出瘀血痹... 详细信息

目的:基于网络药理学与基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库挖掘初步揭示瘀血痹胶囊发挥抗类风湿性关节炎(RA)的潜在活性成分及作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、GeneCards数据库筛选出瘀血痹胶囊活性化学成分、作用靶点及RA靶点,采用STRING 11.0数据库对其交集靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络构建,采用Bioconductor数据库进行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;通过GEO数据库下载基因芯片数据(GSE55457),经过基因探针富集分析(GSEA)筛选出差异表达基因,联用分子对接对差异基因与排名靠前的活性化合物进行虚拟验证。结果:筛选出瘀血痹胶囊128个有效成分和85个与RA的交集靶点,其中度值排名靠前的化合物有槲皮素、木犀草素和山柰酚等。GO功能富集结果显示,RA靶点参与生物过程、分子功能、细胞组分的多种调控过程。KEGG通路富集结果显示,炎性因子和受体信号通路可能为瘀血痹胶囊对RA发挥作用的主要通路。差异表达基因与交集靶点交集有白细胞介素-6(IL-6)、DNA修复酶1(PARP1)、核转录因子-κB激酶亚基β抑制剂(IKBKB)、雄激素受体(AR)、半胱氨酸蛋白酶-3(CASP3)、表皮生长因子受体(EGFR)、丝裂原活化蛋白激酶8(MAPK8)、多不饱和脂肪酸5-脂氧合酶(ALOX5)等。分子对接结果显示,β-谷甾醇、鞣花酸、7-O-甲基异鼠李糖醇、木犀草素、槲皮素、异鼠李素、山柰酚、β-胡萝卜素等与差异性基因对接活性较好。结论:瘀血痹胶囊中的β-谷甾醇、木犀草素、槲皮素等核心化合物可能是通过作用于IL-6、PARP1、IKBKB、AR、CASP3等靶点对RA起治疗作用,为瘀血痹胶囊后续深入研究及临床应用提供了数据支持。

关键词：类风湿性关节炎瘀血痹胶囊网络药理学基因表达综合数据库分子对接作用机制

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基于TCGA和GEO数据挖掘分析NAT1在结肠癌中的表达及预后意义

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中华结直肠疾病电子杂志 2022年第5期11卷 399-408页

作者：陈俊杰郭浩然施波陈国梁邰清亮侍新宇姚慧慧米秀伟王索孙金兵周迪远顾闻何宋兵苏州大学附属第一医院普外科 215000 苏州大学基础医学院生物化学与分子生物学系 215000 常熟市第一人民医院普外科 215500

目的探讨结肠癌癌组织中N-乙酰化转移酶1(NAT1)的表达及其对结肠癌患者预后的影响。方法通过肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库分析NAT1 mRNA在33种肿瘤中的表达情况,并用人类蛋白质图谱(HPA)数据库的免疫组化结果验证NAT1蛋白在结肠癌中... 详细信息

目的探讨结肠癌癌组织中N-乙酰化转移酶1(NAT1)的表达及其对结肠癌患者预后的影响。方法通过肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库分析NAT1 mRNA在33种肿瘤中的表达情况,并用人类蛋白质图谱(HPA)数据库的免疫组化结果验证NAT1蛋白在结肠癌中的表达。通过肿瘤基因图谱(TCGA)和基因表达综合(GEO)数据库获得NAT1在结肠癌中的表达数据及相关临床特征参数,分析NAT1 mRNA表达水平与结肠癌患者的临床特征和总生存期(OS)的关系,并构建预后模型。采用基因集富集分析(GSEA)预测NAT1相关的基因通路。采用CIBERSORT分析NAT1与免疫浸润的关系。结果TIMER数据库分析结果显示,在13种肿瘤组织中NAT1 mRNA表达水平低于正常对照组织。TCGA数据库结果提示,结肠癌组织中NAT1 mRNA表达水平均明显低于正常对照组织或癌旁正常组织,差异均有统计学意义(均P<0.01),并在GSE44076、GSE44861和GSE73360中得到验证。HPA数据库的免疫组化结果提示,NAT1蛋白在结肠癌组织中呈低表达。TCGA数据库分析结果提示,NAT1 mRNA表达水平与结肠癌患者的N分期、M分期和stage分期均有关(均P<0.01)。NAT1高表达组患者OS均好于低表达组(均P<0.05)。单因素Cox分析表明,NAT1 mRNA表达水平是影响结肠癌患者OS的危险因素(P<0.05),并和其他危险因素构建列线图,同时使用校准曲线和ROC评估了预后模型的特异性和敏感性。选取本院确诊的35例结肠癌患者肿瘤组织作为肿瘤组,选取其癌旁正常组织作为对照组。采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)法检测NAT1表达水平,结果与数据库结果一致(P<0.05)。GSEA结果提示NAT1高表达样本上调抗坏血酸和醛糖酸盐代谢、戊糖和葡萄糖醛酸的相互转化、淀粉和蔗糖代谢、卟啉和叶绿素代谢途径、视黄醇代谢、药物代谢相关酶等基因集,而下调糖胺聚糖生物合成途径、Hedgehog信号通路、基底细胞癌、ECM受体作用通路、神经活性配体-受体相互作用途径、Wnt信号通路等基因集。使用CIBERSORT计算每个样品中的免疫细胞浸润,高NAT1组免疫细胞中原始B细胞、静息记忆CD4 T细胞、静息树突状细胞、活化树突状细胞显著增加,而M0巨噬细胞显著减少(均P<0.05)。结论结肠癌中NAT1 mRNA表达水平下调,NAT1低表达提示结肠癌患者的预后差,可作为结肠癌患者治疗的潜在靶点。

关键词：结肠肿瘤 N-乙酰化转移酶1 肿瘤基因图谱数据库基因表达综合数据库预后

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let-7c-5p通过靶向CD74基因在糖尿病视网膜病变中的致病作用

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安徽医药 2023年第9期27卷 1828-1832,I0002页

作者：杨立平曹亚微王亚莉刘一栋邢台市第五医院内五科河北邢台054000

目的探索微RNA(miRNA)let-7c-5p通过靶向Ⅱ型穿膜蛋白CD74基因在糖尿病视网膜病变(DR)中的作用机制。方法2021年8月至2022年3月,基于基因表达综合数据库(GEO)数据集中43例正常对照和80例糖尿病视网膜病变病人的miRNA表达谱数据,通过加... 详细信息

目的探索微RNA(miRNA)let-7c-5p通过靶向Ⅱ型穿膜蛋白CD74基因在糖尿病视网膜病变(DR)中的作用机制。方法2021年8月至2022年3月,基于基因表达综合数据库(GEO)数据集中43例正常对照和80例糖尿病视网膜病变病人的miRNA表达谱数据,通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)获得miRNA和核心基因,通过实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR)和双萤光素酶实验验证其调节机制。结果生物信息学分析显示miRNA let-7c-5p与CD74均是与DR进展相关的核心基因。与正常培养的人类视网膜细胞(1.01±0.02,1.00±0.01)相比,高糖处理人类视网膜细胞会显著下调let-7c-5p的水平(0.46±0.08,P<0.001)和显著上调CD74的水平(3.62±0.13,P<0.001);且高糖处理的人类视网膜细胞let-7c-5p与CD74表达呈现负相关关系(r=−0.99,P=0.012)。在ENCORI数据库中预测到let-7c-5p与CD74的结合位点,且let-7c-5p模拟物降低了细胞中CD74-WT的相对萤光素酶活性(1.00±0.01比0.43±0.06,P<0.001)。结论let-7c-5p通过靶向抑制CD74表达的减弱促进了DR进展。

关键词：糖尿病视网膜病变基因表达综合数据库加权基因共表达网络分析(WGCNA) 微RNA CD74 靶向抑制

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卵巢癌致病关键靶基因分析及体外细胞实验验证

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海南医学院学报 2022年第24期28卷 1881-1888页

作者：王艺涵陈柏岑彭芸花海南医学院第二临床学院海南海口570216 海南医学院海南海口571199

目的:通过多芯片整合的生物信息学方法挖掘与卵巢癌发病高度关联的靶基因,并通过体外细胞实验进行验证,为卵巢癌的靶向研究提供关键基因及重要理论依据。方法:(1)对基因表达综合数据库中与卵巢癌相关数据集GSE38666、GSE40595和GSE5438... 详细信息

目的:通过多芯片整合的生物信息学方法挖掘与卵巢癌发病高度关联的靶基因,并通过体外细胞实验进行验证,为卵巢癌的靶向研究提供关键基因及重要理论依据。方法:(1)对基因表达综合数据库中与卵巢癌相关数据集GSE38666、GSE40595和GSE54388进行差异基因(DEGs)筛选,其中包括26个正常样本和65个卵巢癌样本。(2)通过DAVID在线数据库对筛选的DEGs进行基因本体功能注释,明确DEGs的生物学属性特征。(3)通过京都基因与基因组百科进行富集分析,获得DEGs的主要作用通路。(4)基于STRING数据库运用CytoScape软件完成DEGs蛋白质-蛋白质相互作用网络的构建,并结合GEPIA 2等数据库筛选出关键基因。(5)采用qRT-PCR对卵巢癌细胞关键基因的表达进行验证。结果:从GSE38666、GSE40595和GSE54388 3个数据集中筛选出238个共同表达的DEGs,其中168个表达上调,70个表达下调,在卵巢癌中主要富集于有丝分裂核分裂、纺锤体、染色体区域和DNA解旋酶,主要参与细胞周期、DNA复制、氧化磷酸化和氨基酸的生物合成等生物过程,影响卵巢癌的发生、发展。其中IFI27、EPCAM、CXCR4、PEA15、CLDN3和CAPG 6个差异表达基因与卵巢癌高度相关,体外细胞实验结果与其一致。结论:多芯片整合的生物信息学方法是筛选卵巢癌靶基因的有效方法,IFI27、EPCAM、CXCR4、PEA15、CLDN3和CAPG与卵巢癌发生、发展高度相关,有望成为卵巢癌致病关键靶基因,需要进行深入研究。

关键词：基因表达综合数据库生物信息学卵巢癌关键靶基因

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