检索结果-内蒙古大学图书馆

中国实用神经疾病杂志 2020年第14期23卷 1203-1208页

作者：徐震亚郭铁徐娜李宏宾冯敏孙荣青郑州大学第一附属医院河南郑州450052

目的分析老年脓毒症相关性脑病小鼠与成年脓毒症相关性脑病小鼠基因表达的差异。方法对GEO数据库中数据集GSE3253进GEO2R基因表达分析,筛选出差异表达基因;使用DAVID在线工具分别对上调和下调的差异表达基因进行基因本体论和KEGG通路的... 详细信息

目的分析老年脓毒症相关性脑病小鼠与成年脓毒症相关性脑病小鼠基因表达的差异。方法对GEO数据库中数据集GSE3253进GEO2R基因表达分析,筛选出差异表达基因;使用DAVID在线工具分别对上调和下调的差异表达基因进行基因本体论和KEGG通路的富集分析;使用STRING在线工具对差异表达基因进行蛋白互作网络构建。结果通过差异表达基因的筛选,共筛选到305个DEGs,其中上调DEGs为157个,下调DEGs为148个。通过GO富集分析,在BP分类中上调的DEGs富集到13个BPs,集中在细胞的分化、发育以及对应激的反应等,下调的DEGs富集到11个BPs,集中在离子转运、凋亡的调控、对脂多糖的反应等。在CC分类中,上调的DEGs富集到3个CCs,集中在细胞质、胞外区域,下调的DEGs富集到6个CCs,集中在胞核、胞膜和胞外区域。在MF分类中,上调的DEGs富集到3个MFs,集中在代谢相关的功能,下调的DEGs富集到8个MFs,集中离子通道活性、激素活性相关功能。通过KEGG通路富集分析,上调的DEGs富集到4个通路,包括mmu05218:Melanoma(P=0.02);mmu04015:Rap1 signaling pathway(P=0.03);mmu04014:Ras signaling pathway(P=0.04);mmu05200:Pathways in cancer(P=0.04)。下调的DEGs富集到3个通路,包括mmu05032:Morphine addiction(P=0.01);mmu04060:Cytokine-cytokine receptor interaction(P=0.03);mmu04721:Synaptic vesicle cycle(P=0.04)。通过PPI蛋白互作分析发现两个主要的蛋白互作网络,Gngt1、Sucnr1、Bdkrb2、Exo1、Cdk1是这两个互作网络中的关键基因。结论炎症和血脑屏障的破坏在老年脓毒症相关性脑病的发病中起关键作用,Gngt1、Sucnr1、Bdkrb2、Exo1、Cdk1基因可能在老年脓毒症相关性脑病发病过程中具有重要作用。

关键词：脓毒症脓毒症相关性脑病基因表达综合数据库转录组生物信息学分析

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基于高通量测序数据挖掘探讨小鼠射血分数保留心力衰竭的发病机制

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中西医结合心脑血管病杂志 2022年第22期20卷 4102-4109页

作者：尤红俊赵倩倩任淑婷刁佳宇苟棋玲董梦雅陕西省人民医院西安710068 空军军医大学第一附属医院西安交通大学医学部基础医学院

目的对小鼠射血分数保留心力衰竭(HFpEF)转录组高通量测序数据进行生物信息学分析,探讨其发病机制。方法使用R语言对基因表达综合数据库(GEO)来源的HFpEF转录谱数据进行差异表达分析,STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,并利用... 详细信息

目的对小鼠射血分数保留心力衰竭(HFpEF)转录组高通量测序数据进行生物信息学分析,探讨其发病机制。方法使用R语言对基因表达综合数据库(GEO)来源的HFpEF转录谱数据进行差异表达分析,STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,并利用cytoHubba软件鉴定核心基因。采用R语言进行差异表达基因(DEGs)和核心基因的基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用比较毒理基因组学数据库(CTD)分析核心基因与心力衰竭风险之间的关系。结果HFpEF小鼠左心室组织中337个基因存在差异表达。DEGs主要参与细胞外结构和基质的构成、损伤应答和愈合、胶原纤维构成、血液凝固和纤连蛋白结合等多个GO子集。KEGG分析提示DEGs参与细胞外基质-受体相互作用、黏着斑、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K-Akt)、血小板活化、糖尿病并发症中的晚期糖化终产物(AGEs)及其受体(RAGE)、缺氧诱导因子1(HIF-1)等信号通路中。构建PPI网络后共鉴定出30个核心基因,即Fn1、Mki67、Mmp9、Col1a1、Ctgf、Col1a2、Col3a1、Timp1、Cdk1、Hmmr、Foxm1、Racgap1、Ckap2、Spag5、Ncapg、Cenpe、Fbn1、Spp1、Thbs1、Shcbp1、Cdca3、Ckap2l、Tpx2、Cenpf、Kif20a、Cep55、Prc1、Ect2、Lox和Anln。核心基因参与有丝分裂、细胞外基质、细胞黏附分子结合、细胞外基质-受体相互作用、黏着斑、AGE-RAGE、PI3K-Akt、血小板活化和转化生长因子β(TGF-β)等信号通路。CTD数据库分析提示,核心基因Col1a1、Fn1、Mmp9、Timp1、Spp1、Col3a1、Cdk1和Thbs1等与舒张性心力衰竭关联性更高。结论通过挖掘HFpEF转录谱数据,可进一步了解其发病机制,为疾病防治提供理论支持。

关键词：射血分数保留心力衰竭基因表达综合数据库差异表达基因生物信息学富集分析

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热休克相关蛋白HSPH1在宫颈癌组织中的表达及其与预后的相关性分析

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东南大学学报（医学版） 2024年第4期43卷 540-547页

作者：李妮吴文娟西安市人民医院/西安市第四医院陕西西安710000

目的:分析热休克蛋白家族H(Hsp110)成员1[heat shock protein family H(Hsp110)member 1,HSPH1]在宫颈癌组织中的表达及其与预后的相关性。方法:收集2018年2月至2021年1月首次确诊的60例宫颈癌患者的癌组织和相邻非癌组织。通过qRT-PCR... 详细信息

目的:分析热休克蛋白家族H(Hsp110)成员1[heat shock protein family H(Hsp110)member 1,HSPH1]在宫颈癌组织中的表达及其与预后的相关性。方法:收集2018年2月至2021年1月首次确诊的60例宫颈癌患者的癌组织和相邻非癌组织。通过qRT-PCR检测HSPH1表达,分析其与肿瘤标志物、宫颈癌病理特征之间的关系,并通过Cox回归模型确定3年生存的独立预后因子。利用时间依赖性受试者工作特征(ROC)曲线评估HSPH1预测1年、2年和3年生存的临床价值,并通过外部数据库和细胞实验验证结果。结果:HSPH1在临床样本和GSE29570数据库宫颈癌组织中均呈高表达(P<0.05),且与CA125、CA19-9、CEA和SCCA呈正相关(均r>0,P<0.05)。高表达组(≥1.57)肿瘤大小≥4 cm、FIGOⅢ~Ⅳ期、淋巴结转移及淋巴血管空间侵犯比例均高于低表达组(P<0.05)。TCGA数据库和临床样本分析显示,高表达组患者生存率显著低于低表达组(P<0.01)。多因素Cox回归分析显示,HSPH1<1.57(HR=0.299,P=0.039)和无淋巴结转移(HR=0.245,P=0.003)是独立预后因子。HSPH1预测1年、2年和3年生存的曲线下面积分别为0.82、0.85和0.88。结论:HSPH1在宫颈癌组织中的高表达与患者较差的预后之间存在显著相关,HSPH1可作为宫颈癌预后评估和治疗靶点的潜在生物标志物。

关键词：热休克相关蛋白宫颈癌预后癌症基因组图谱基因表达综合数据库

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基于生物信息学的结直肠癌枢纽基因与预后相关基因筛选

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中华结直肠疾病电子杂志 2021年第5期10卷 497-504页

作者：李飞秦强强谷战峰张天祥申思周丽张乐莎安徽医科大学第二临床医学院合肥230601 安徽中医药大学药学院合肥230012 安徽医科大学基础医学院生理学教研室合肥230032

目的筛选结直肠癌与正常大肠组织差异表达基因并分析其与预后的关系。方法通过基因表达综合数据库(GEO)下载结直肠癌基因芯片GSE110224、GSE41328、GSE22598。利用R软件4.0.3筛选结直肠癌组织与正常组织差异表达基因,对这些基因进行GO和... 详细信息

目的筛选结直肠癌与正常大肠组织差异表达基因并分析其与预后的关系。方法通过基因表达综合数据库(GEO)下载结直肠癌基因芯片GSE110224、GSE41328、GSE22598。利用R软件4.0.3筛选结直肠癌组织与正常组织差异表达基因,对这些基因进行GO和KEGG分析;使用STRING数据库构建PPI网络并将结果导入Cytoscape v3.7.2筛选出枢纽基因,最后通过GEPIA数据库验证其差异表达情况及与患者预后关系。结果筛选出366个差异表达基因,其中128个上调,238个下调。GO分析结果表明差异表达基因主要涉及蛋白水解、细胞增殖的正性调节等生物学过程;富集于细胞外间隙、胞外区等细胞成分;介导锌离子结合、钙离子结合等分子功能。KEGG分析显示差异表达基因主要富集于细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路等相关信号通路。从PPI网络中筛选出10个枢纽基因分别为CXCL8、CXCL1、SPP1、CXCL12、COL1A1、SOX9、MMP3、COL1A2、CD44、CXCL5。使用GEPIA网站验证发现差异趋势均一致,其中8个有显著性差异。预后分析显示CXCL8、SPP1和COL1A2与结直肠癌患者生存率有关。结论CXCL8和SPP1为结直肠癌患者预后关键基因,可考虑作为潜在生物标志物为结直肠癌筛查和诊治提供分子学依据。

关键词：结直肠肿瘤基因表达综合数据库生物信息学预后

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腹泻型肠易激综合征关键基因及通路的生物信息学研究

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中国医药导报 2024年第21期21卷 8-17页

作者：胡芮绮郭元彪西南医科大学附属医院检验科四川泸州646000

目的基于生物信息学分析探索腹泻型肠易激综合征(IBS-D)的关键基因及通路,为其诊断与治疗提供潜在的分子靶标。方法分析基因表达综合数据库中GSE212719数据集,使用GEO2R识别差异表达基因(DEGs);通过DAVID数据库进行基因本体论(GO)富集... 详细信息

目的基于生物信息学分析探索腹泻型肠易激综合征(IBS-D)的关键基因及通路,为其诊断与治疗提供潜在的分子靶标。方法分析基因表达综合数据库中GSE212719数据集,使用GEO2R识别差异表达基因(DEGs);通过DAVID数据库进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析;使用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,Cytoscape 3.10.1软件筛选IBS-D的功能模块和关键基因;使用基于R语言的微生信平台进行基因集富集分析(GSEA)并分析最显著基因集中前10个基因的转录水平,最后建立核心通路。结果共182个DEGs,包括94个上调基因和88个下调基因;排序前三位的上调基因是MT-ATP6、FSIP2、FABP2,下调基因是LOC112268284、COL13A1、RNA5-8SN1。GO富集分析结果显示,主要集中在黏膜的先天免疫反应、核小体和核糖体组装等。KEGG通路分析结果显示,以核糖体、真核生物中的核糖体生物发生、系统性红斑狼疮为主要通路。PPI网络图由44个节点和336条边共同构建,发现10个核心Hub基因分别是CDK1、TOP2A、CCNB1、KIF23、NDC80、CENPE、KNL1、ANLN、DEPDC1、HMMR。GSEA发现,IBS-D的致病通路可能与酸碱平衡异常、血清乳酸增加、乳酸酸中毒、线粒体异常和线粒体呼吸链活动异常等密切相关;最显著基因集中前10个基因是NDUFA12、SLC26A3、PIGA、UQCRB、NDUFAF4、TRMT10C、ACAT1、GFM2、PNPLA8和NDUFA4。关键信号通路以TOP2A和MT-ATP6为核心。结论TOP2A和MT-ATP6基因上调可能与线粒体功能障碍导致血清乳酸增加相关,而COL13A1基因下调可能使肠道肌肉组织的结构受损和炎症增加,这些都可能与IBS-D的发生、发展有关。这一综合分析提供了IBS-D的关键基因和通路信息,为进一步研究提供了新方向。

关键词：腹泻型肠易激综合征差异表达基因生物信息学分析基因表达综合数据库

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NOD样受体家族含CARD结构域5在胃癌中的相互作用蛋白及其对胃癌的诊断价值

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癌症进展 2023年第14期21卷 1533-1538页

作者：吴杨张小敏郑少华定州市人民医院肿瘤内科河北定州073000 定州市人民医院消化内科河北定州073000

目的探究NOD样受体家族含CARD结构域5(NLRC5)在胃癌中的相互作用蛋白,并明确其对胃癌的诊断价值。方法采用癌症基因组图谱(TCGA)数据库探究NLRC5在胃癌组织和癌旁组织中的差异,结合STRING网站分析NLRC5的相互作用蛋白,通过基因表达综... 详细信息

目的探究NOD样受体家族含CARD结构域5(NLRC5)在胃癌中的相互作用蛋白,并明确其对胃癌的诊断价值。方法采用癌症基因组图谱(TCGA)数据库探究NLRC5在胃癌组织和癌旁组织中的差异,结合STRING网站分析NLRC5的相互作用蛋白,通过基因表达综合(GEO)数据库验证TCGA数据库筛选出来的蛋白对胃癌的诊断价值。引用临床模型,验证筛选出来的蛋白在胃癌组织和癌旁组织中的表达情况,确定各蛋白间的相关性,通过受试者工作特征(ROC)曲线明确其对胃癌的诊断价值。结果 TCGA结果显示,胃癌组织中NLRC5表达水平明显高于癌旁组织(P﹤0.01)。蛋白-蛋白相互作用发现,核因子κB激酶复合物抑制剂组分(CHUK)、核因子κB激酶亚单位β的抑制剂(IKBKB)、三重基序蛋白25(TRIM25)与NLRC5均呈正相关。经过GEO数据库验证得到TRIM25、CHUK、IKBKB与NLRC5可以构建联合模型诊断胃癌。临床模型中NLRC5在胃癌组织中高表达,且与TRIM25、IKBKB、CHUK表达水平均呈正相关(P﹤0.01)。NLRC5联合TRIM25、IKBKB、CHUK对胃癌有较高的诊断价值。结论 TRIM25、IKBKB、CHUK参与NLRC5在胃癌发展中的相关调控机制,在胃癌诊断中具有较高的效能。

关键词：癌症基因组图谱基因表达综合数据库 NOD样受体家族含CARD结构域5 胃癌相互作用蛋白诊断价值

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基于GEO数据库筛选代谢综合征潜在生物标志物

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检验医学 2023年第1期38卷 32-38页

作者：陈雪薇李一荣武汉大学中南医院检验科湖北武汉430071

目的通过分析基因表达综合数据库(GEO)中代谢综合征患者外周血单个核细胞(PBMC)的基因数据集(GSE98895和GSE23561),寻找代谢综合征的关键基因。方法分析GSE98895数据集中代谢综合征患者与健康志愿者PBMC的差异表达基因。对差异表达基因... 详细信息

目的通过分析基因表达综合数据库(GEO)中代谢综合征患者外周血单个核细胞(PBMC)的基因数据集(GSE98895和GSE23561),寻找代谢综合征的关键基因。方法分析GSE98895数据集中代谢综合征患者与健康志愿者PBMC的差异表达基因。对差异表达基因进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组数据库(KEGG)富集分析。构建差异表达基因的蛋白质互作(PPI)网络,筛选出度值最高的10个基因作为核心基因。通过GSE98895数据集、GSE23561数据集和人类蛋白图谱(HPA)数据库验证核心基因在代谢综合征患者PBMC中的表达,构建基于核心基因的环状RNA(circ RNA)-微小RNA(miRNA)-m RNA互作网络。结果从GSE98895数据集中共获得155个代谢综合征患者与健康志愿者的差异表达基因,其中表达上调62个、表达下调93个。GO和KEGG富集分析结果显示,差异表达基因主要涉及转录调节、免疫应答、cAMP信号通路、T细胞受体信号通路等。PPI网络中度值最高的10个基因分别为:JUN、IFNG、MMP9、PIK3R1、LCK、NGF、PDGFRB、CD79B、CX3CR1和ABCA1。验证结果显示,代谢综合征患者PBMC中IFNG和LCK的表达均显著高于健康志愿者(P<0.05)。HPA数据库分析结果显示,IFNG和LCK主要表达于T细胞和自然杀伤(NK)细胞。构建circ RNA-miRNA-m RNA互作网络,与IFNG相关的miRNA有7个、circ RNA有43个;与LCK相关的miRNA有16个、circ RNA有62个。结论代谢综合征患者PBMC中IFNG和LCK表达显著增加,对基于IFNG和LCK的circ RNAmiRNA-m RNA互作网络进行深入研究,可能有助于发现代谢综合征发生、发展的分子机制和生物标志物。

关键词：代谢综合征基因表达综合数据库差异表达基因生物标志物

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基于转录组学筛选特发性肺纤维化的枢纽基因和信号通路

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中华肺部疾病杂志（电子版） 2024年第2期17卷 212-217页

作者：邱凌霄王创业卿斌刘锦程张鑫烨武文娟邢德冰郭亮徐智王斌陆军(第三)军医大学第二附属医院呼吸与危重症医学科重庆400037 郑州大学第一附属医院胸外科郑州450052 河南省人民医院老年医学科郑州450003 陆军(第三)军医大学第二附属医院中医科重庆400037

目的基于转录组学数据筛选特发性肺纤维化(idiopathic pulmonary fibrosis,IPF)致病的枢纽基因和相关信号通路。方法从基因表达综合(gene expression omnibus,GEO)数据库中下载GSE17978数据集,应用GEO2R筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),采用R软件ggplot2包和Heatmap包分别绘制DEGs的火山图和热图。采用R软件的clusterProfiler包进行DEGs基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析。采用R软件中的ggplot2包绘制气泡图。运用STRING和Cytoscape软件构建DEGs的蛋白质互作网络,应用Cytoscape的Cytohubba插件筛选参与IPF发病的枢纽基因。采用GSE10667数据集验证DEGs的差异表达。结果共获得92个DEGs,其中上调基因49个,下调基因43个;GO分析和KEGG通路富集结果显示,DEGs主要在细胞外基质组织、胶原蛋白结合、PI3K-Akt信号通路及TGF-β信号通路等显著富集。运用STRING和cytoscape构建了DEGs的蛋白质互作网络,与IPF相关10个枢纽基因为FN1、CXCL12、DCN、COL1A1、MMP2、SPARC、SPP1、POSTN、COL1A2和COL3A1,其中9个枢纽基因在验证数据集GSE10667中有显著差异表达。结论获得的92个DEGs和9个枢纽基因可能是IPF潜在的生物标志物。

关键词：特发性肺纤维化差异表达基因基因表达综合数据库

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转录组和多变量孟德尔随机化分析:2型糖尿病与骨折的关系

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湖南师范大学学报（医学版） 2024年第4期21卷 97-105页

作者：郝丽美任文清秦林李慧慧王艺璇定州市人民医院内分泌科定州073000 定州市人民医院骨科定州073000

目的:利用生物信息学与孟德尔随机化分析方法结合,确定导致2型糖尿病患者骨折风险增加的危险因素,为建立后续的临床预测模型奠定理论基础。方法:使用Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中的2型糖尿病数据集(GSE38642)和骨折数据集(GSE3... 详细信息

目的:利用生物信息学与孟德尔随机化分析方法结合,确定导致2型糖尿病患者骨折风险增加的危险因素,为建立后续的临床预测模型奠定理论基础。方法:使用Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中的2型糖尿病数据集(GSE38642)和骨折数据集(GSE30159),进行差异分析并筛选关键基因。然后利用Genecards建立共有主要基因的桑基图,揭示它们与相关疾病的联系。在转录组学中,选取有意义的危险因素作为暴露因素,将2型糖尿病和骨折作为结局因素,进行孟德尔随机化(Mendelian randomization,MR)分析。采用逆方差加权(IVW)作为主要方法,并使用MR-Egger回归法评估水平多效性的截距项,使用Cochran Q统计量评估异质性(Cochran Q P<0.05表示结果具有异质性)。同时,通过留一法分析验证整体效果的可靠性。最后,对在MR中显示因果效应的危险因素进行多变量孟德尔随机化分析。结果:在转录组学中,共筛选出14个与2型糖尿病患者发生骨折事件相关的危险因素,包括身高、枸橼酸盐水平、丙氨酸水平、糖化血红蛋白水平、肾小球滤过率状态、IL-1R2水平、血液蛋白质水平、静息心率、心率、脉压状态、心房颤动、慢阻肺病、急性骨髓性白血病和收缩压。经过MR和多变量孟德尔随机化分析后,确定了糖化血红蛋白水平和身高是2型糖尿病患者发生骨折风险的危险因素。结论:在2型糖尿病患者中,糖化血红蛋白水平的上升会引发骨代谢相关功能的改变,进而增加骨质疏松的风险,导致患者身高下降,最终促成2型糖尿病患者发生骨折事件。

关键词： 2型糖尿病骨折影响因素多变量孟德尔随机化基因表达综合数据库

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一种基于m7G RNA修饰相关基因的乳腺癌预后预测模型的构建和验证

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中国现代普通外科进展 2023年第12期26卷 933-938页

作者：李健刘阳刘飞王颜青岛大学附属泰安市中心医院乳腺疾病诊疗中心山东泰安271000 青岛大学附属泰安市中心医院肝胆胰腺外科山东泰安271000 山东农业大学信息科学与工程学院应用数学系山东泰安271000

目的:建立并验证一种基于N7甲基鸟苷(m7G)RNA甲基化修饰相关基因的乳腺癌预后预测模型。方法:检测31种m7G RNA甲基化相关的关键调控因子在乳腺癌组织中的表达模式。下载癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合数据库(GEO)中的乳腺癌患者的m... 详细信息

目的:建立并验证一种基于N7甲基鸟苷(m7G)RNA甲基化修饰相关基因的乳腺癌预后预测模型。方法:检测31种m7G RNA甲基化相关的关键调控因子在乳腺癌组织中的表达模式。下载癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合数据库(GEO)中的乳腺癌患者的m RNA基因表达和临床预后数据。通过单变量Cox回归分析评估每个m7G相关基因对生存的预后价值。应用最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归方法,构建基于m7G甲基化调节基因的乳腺癌预后风险模型。通过基因集富集分析(GSEA)阐述BC高危人群的主要作用机制。基于m7G建立预后列线图,分别在TCGA和GEO队列中进行验证。结果:构建基于7个m7G甲基化调节基因的预后风险模型。高危组总生存率(OS)明显低于低危组(P<0.001)。GSEA分析表明,在高危人群中“细胞周期”是最重要的致癌通路。利用训练集TCGA队列的风险评分及临床特征,构建了预后列线图,校准曲线和决策曲线分析(DCA)表明其一致性和预测效能很好,并于GEO队列中进行了验证。结论:基于m7G相关基因的预后模型对乳腺癌的预后具有预测作用,可用于指导乳腺癌患者的个体化治疗。

关键词：乳腺癌 m7G RNA甲基化修饰预后列线图癌症基因组图谱基因表达综合数据库

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