检索结果-内蒙古大学图书馆

基于经典单核苷酸多态性和多位点可变数目串联重复序列分析的中国炭疽芽胞杆菌基因遗传特征分析

疾病监测 2025年第1期40卷 92-97页

作者：张恩民张慧娟贺金荣李伟魏建春中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室北京102206

目的分析中国炭疽芽胞杆菌基因型多态性,掌握中国炭疽芽胞杆菌基因遗传特征。方法收集中国20个省份的炭疽芽胞杆菌菌株,采用经典单核苷酸多态性(canSNP)和多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)进行基因型鉴定,分析不同分离来源菌株基... 详细信息

目的分析中国炭疽芽胞杆菌基因型多态性,掌握中国炭疽芽胞杆菌基因遗传特征。方法收集中国20个省份的炭疽芽胞杆菌菌株,采用经典单核苷酸多态性(canSNP)和多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)进行基因型鉴定,分析不同分离来源菌株基因型的分布特征;采用Bionumerics 5.1软件进行聚类分析,并计算各位点的Simpson指数。结果533株中国炭疽芽胞杆菌均属于全球炭疽菌基因谱系中的A群,并具有全球12种亚群中的6种亚群,分别为***.001/002、***、***94、***.008/009、***和***.005/006,其中***.001/002亚群(60.98%)是中国的主要流行谱系,各地区均有分布,***94(14.26%)、***.008/009(11.82%)和***(4.69%)3个亚群主要分离自1980和1990年代的新疆维吾尔自治区(新疆),***亚群菌株主要来自内蒙古自治区,主要分离自2010年代,***.005/006亚群菌株最少,分离自2019年后。canSNP亚群在中国的地理分布不均衡,新疆、广西壮族自治区、青海省、内蒙古自治区、河北省等具有4~5种亚群,而四川省等10省仅有1种亚群,新疆以***94和***.008/009为优势亚群,其他地区均以***.001/002为优势亚群。不同分离年代菌株的亚群分布有差异,在以***.001/002为主要流行亚群的基础上,1980和1990年代***.008/009、***和***94相继出现并流行传播,2000年后***亚群逐渐传播扩散,2019年***.005/006亚群被检测到,显示了炭疽菌株基因型的传播和变异趋势。通过MLVA15分型研究菌株具有91个基因型,结果与canSNP亚群基本一致,且各亚群内MLVA15的分型能力均较好。结论本研究建立了中国炭疽芽胞杆菌canSNP和MLVA基因型数据库,掌握了中国炭疽杆菌基因型分布特征及其传播扩散趋势,为炭疽疫情防控及分子溯源技术提供了参考依据。

关键词：炭疽芽胞杆菌基因分型经典单核苷酸多态性多位点可变数目串联重复序列分析遗传特征中国

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多位点可变数目串联重复序列分析方法在布鲁杆菌病监测中的应用

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中国地方病学杂志 2012年第4期31卷 441-447页

作者：赵鸿雁杨杰张旭朴东日田国忠李金平崔步云姜海中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室北京102206 辽宁省锦州市疾病预防控制中心新疆维吾尔自治区动物卫生监督所

目的建立多位点可变数目串联重复序列分析方法（MLVA），并评价其在布鲁杆菌菌株鉴定及流行病溯源中的价值。方法使用MLVA方法，对16株羊种菌、22株牛种菌、21株猪种菌和10株犬种菌株进行分析，使用BioNumerics（Version5．0），对16个... 详细信息

目的建立多位点可变数目串联重复序列分析方法（MLVA），并评价其在布鲁杆菌菌株鉴定及流行病溯源中的价值。方法使用MLVA方法，对16株羊种菌、22株牛种菌、21株猪种菌和10株犬种菌株进行分析，使用BioNumerics（Version5．0），对16个位点进行聚类分析，聚类方式用平均连锁聚类法（UPGMA）。计算每个位点的差异指数，菌株的基因型通过MLVA2010数据库确定。结果使用MLVA方法，通过Brace06、Bruce08、Bruce11、Bruce12、Bruce42、Bruce43、Bruce45、Bruce55共8个位点可以区分布鲁杆菌的种；通过Bruce04、Bruce07、Bruce09、Bruce16、Bruce30共5个位点可以对菌株进行溯源，确定菌株流行病学相关性。结论MLVA技术是一种分辨率高且易于在省级疾病防控系统监测实验室使用的标准化分型技术。可以加强布病监测能力。

关键词：布鲁杆菌属基因多位点可变数目串联重复序列分析

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多位点可变数目串联重复序列分析对致病性钩端螺旋体分型的研究

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中华流行病学杂志 2010年第3期31卷 349-350页

作者：张翠彩李秀文聂一新崔志刚蒋秀高中国疾病预防控制中心传染病预防控制所北京102206

钩端螺旋体（钩体）病是一种自然疫源性疾病。近年来以可变数目串联重复序列（variable number of tand emrepeats，VYTR）为基础的分型方法，逐渐被应用于分子流行病学研究中。本研究选取我同致病性钩端螺旋体15群15型参考菌株，初步... 详细信息

钩端螺旋体（钩体）病是一种自然疫源性疾病。近年来以可变数目串联重复序列（variable number of tand emrepeats，VYTR）为基础的分型方法，逐渐被应用于分子流行病学研究中。本研究选取我同致病性钩端螺旋体15群15型参考菌株，初步探讨多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）在钩体病分子流行病学研究中的应用价值。

关键词：钩端螺旋体基因分型多位点可变数目串联重复序列分析

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中国炭疽芽胞杆菌多位点可变数目串联重复序列分析基因型多态性

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中华流行病学杂志 2024年第7期45卷 990-996页

作者：张慧娟张恩民贺金荣李伟魏建春传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室中国疾病预防控制中心传染病预防控制所北京102206

目的分析中国炭疽芽胞杆菌多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)基因型多态性,建立中国炭疽芽胞杆菌MLVA基因型数据库。方法收集1947年以来中国不同来源的炭疽芽胞杆菌分离菌株,采用MLVA15分型策略进行基因型鉴定,对基因型进行统一编... 详细信息

目的分析中国炭疽芽胞杆菌多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)基因型多态性,建立中国炭疽芽胞杆菌MLVA基因型数据库。方法收集1947年以来中国不同来源的炭疽芽胞杆菌分离菌株,采用MLVA15分型策略进行基因型鉴定,对基因型进行统一编号和命名,分析不同来源菌株MLVA基因型的分布特征,同时通过Bionumerics软件绘制聚类图,分析不同基因型间的遗传关系。结果MLVA15分型可将533株中国炭疽芽胞杆菌分为4群91个基因型,其中54个基因型为中国独有的基因型。新命名的基因型MLVA15-CHN1~MLVA15-CHN6广泛分布于中国不同地区、不同年代和宿主,其余基因型具有地区和年代特征性。结论本研究建立了中国炭疽芽胞杆菌MLVA基因型数据库,掌握了MLVA基因型分布特征及其遗传多态性,为中国炭疽疫情防控及分子溯源技术提供了参考依据。

关键词：炭疽芽胞杆菌基因分型多位点可变数目串联重复序列分析遗传多态性

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多位点可变数目串联重复序列分析方法在布氏菌病监测中的应用

多位点可变数目串联重复序列分析方法在布氏菌病监测中的应用

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第3届全国人畜共患病学术研讨会

作者：姜海赵鸿雁朴东日田国忠崔步云中国疾病预防控制中心传染病预防控制所布病室

布氏菌病(Brucellosis,简称布病)是由布氏菌属细菌侵入机体所引发的传染-变态反应性人兽共患的传染病。近年来布病疫情迅速回升,发病率连续16年增长,愈演愈烈;在中国已经是严重的公共卫生问题之一,预防和控制人畜布病成为一项破在眉婕... 详细信息

布氏菌病(Brucellosis,简称布病)是由布氏菌属细菌侵入机体所引发的传染-变态反应性人兽共患的传染病。近年来布病疫情迅速回升,发病率连续16年增长,愈演愈烈;在中国已经是严重的公共卫生问题之一,预防和控制人畜布病成为一项破在眉婕的重要工作。确认布氏菌种(型)对于疫情判断及流行病学溯源分析极为重要。传染病暴发呈现的新特点对疾病监测信息报告管理和突发公共卫生事件应对提出新的挑战。因此,开展布病暴发流行的追踪、溯源是布病预防控制技术支撑体系中急需解决的问题。根据宿主偏好、致病力及流行病学特性,布氏菌属分为9个种,分别是羊种(共3个型)、牛种(共8个型)、猪种(共5个型)、绵羊副睾种、犬种、沙林鼠种、两种新的海洋哺乳动物种(鲸、鳍)和田鼠种。传统的生物型鉴定只能鉴定到种(型),无法对菌株进行溯源分析。一些低分辨率的分子分型方法如PCR产物限制性片段长度低多态性(PCR-RFLP)、肠杆菌基因间重复序列(ERIC-PCR)、基因外重复回文序列(REP-PCR)、随机扩增多态性DNA(RAPD-PCR)和扩增片断长度多态性分析(AFLP)在分子流行病学中应用价值又十分局限。由于布氏菌属种间DNA同源性高达90%,急需一种高分辨力的分型方法用来提供疾病传播模式和分子流行病学信息,多位点序列分析(MLST)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)应运而生;然而这些方法都存在有限的菌株间区分能力,无法对某一疫区间进行菌株流行病学关联追踪调查。多位点可变数目串联重复序列分析(Multiple-Locus Variable-number tandem-repeat Analysis,MLVA)是一个基于PCR技术的分型方法 ,该方法通过区分基因组上多个具有多态性串联重复序列位点(VNTR)的重复数来区分菌株。串联重复数不同的核酸片段经位于串联重复的两端引物扩增,通过琼脂糖电泳、测序或毛细管电泳确定扩增产物大小,进而确定串联重复数。此方法分辨率高、重复性好、快速、简便,可用于流行病学溯源分析。本研究对17株羊种菌、19株牛种菌、18株猪种菌和10株犬种菌株进行MLVA分析,并确定了相关暴发菌株,揭示了共同传染来源。本研究通过建立适于省级疾病防控系统监测实验室使用的标准化布氏菌分子分型技术,建立流行菌株基因型数据库,结合流行病学信息,确定暴发流行范围,为寻找传染源和传播链提供技术支撑,为提高和扩展布病防控能力提供新模式。

关键词：布鲁氏菌多位点可变数目串联重复序列分析基因分型监测

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甘肃省鼠疫菌株多位点可变数目串联重复序列分析及流行病学特征分析

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中华流行病学杂志 2015年第3期36卷 297-298页

作者：郭丽民席进孝张宏苗克军吴斌葛亚俊徐大琴周晓艳甘肃省疾病预防控制中心兰州730000

本研究利用中国疾病预防控制中心传染病预防控制所鼠疫室选出的15对多位点可变数量串联重复序列分析（MLVA）引物应用于甘肃省鼠疫菌株的分析。1．材料与方法：（1）材料：202株鼠疫菌均分离于1962-2009年甘肃省鼠疫疫源地境内，保存于... 详细信息

本研究利用中国疾病预防控制中心传染病预防控制所鼠疫室选出的15对多位点可变数量串联重复序列分析（MLVA）引物应用于甘肃省鼠疫菌株的分析。 1．材料与方法：（1）材料：202株鼠疫菌均分离于1962-2009年甘肃省鼠疫疫源地境内，保存于甘肃省疾病预防控制中心鼠疫菌库。

关键词：鼠疫菌多位点可变数目串联重复序列分析

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婴幼儿淋巴结核病原体及多位点可变数目串联重复序列分析

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微生物与感染 2014年第2期9卷 89-95页

作者：邓桂林钱雪琴武洁沈鑫张军卢水华沈芳上海市(复旦大学附属)公共卫生临床中心上海201508 上海市疾病预防控制中心上海200336

为了解婴幼儿淋巴结核的主要病原体及其分子生物学信息，对分离自73例0～3岁淋巴结核患儿的79份淋巴结穿刺液阳性培养物进行结核分枝杆菌鉴定、3个不同区域片段（RD1、RD9、RD10）扩增及多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）。结果... 详细信息

为了解婴幼儿淋巴结核的主要病原体及其分子生物学信息，对分离自73例0～3岁淋巴结核患儿的79份淋巴结穿刺液阳性培养物进行结核分枝杆菌鉴定、3个不同区域片段（RD1、RD9、RD10）扩增及多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）。结果显示，婴幼儿淋巴结核以卡介苗（BCG）感染为主（95．9％），其次为人型结核分枝杆菌感染（4．1％）。通过MLVA分离出4个基因型，3个为独立基因型、1个为成簇基因型。76株属成簇基因型，均为BCG ；3个独立基因型均为人型结核分枝杆菌。研究表明，BCG是引起婴幼儿淋巴结核的主要病原体，临床分离的BCG MLVA分型无差异。

关键词：淋巴结核多位点可变数目串联重复序列分析卡介苗

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深圳地区致泻性大肠埃希菌多位点可变数目串联重复序列分析分型方法的研究

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疾病监测 2019年第10期34卷 905-911页

作者：王磊陈琼城胡璐璐邱亚群林一曼江敏姜伊祥石晓路扈庆华李迎慧深圳市疾病预防控制中心

目的通过比较多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型方法,探索更优的致泻性大肠埃希菌(DEC)的快速溯源方法。方法本研究采用筛选的可变数目串联重复序列(VNTR)位点,对DEC菌株进行MLVA分型,并将该方法与金标准... 详细信息

目的通过比较多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型方法,探索更优的致泻性大肠埃希菌(DEC)的快速溯源方法。方法本研究采用筛选的可变数目串联重复序列(VNTR)位点,对DEC菌株进行MLVA分型,并将该方法与金标准PFGE进行比较评估。结果PFGE分型方法将58株DEC分为43种带型,其中3种带型成簇,多样性指数(DI)值为0.965。MLVA分型方法将58株菌分为42种带型,4种型别成簇,DI值为0.955。此外,2种方法对2起暴发菌株的分型结果一致。结论MLVA方法与PFGE方法对深圳地区的58株DEC菌株的分型能力差异无统计学意义,但MLVA具有快速、简便、通量高的特点,使得MLVA优于PFGE分型方法,在疾病监测、疾病暴发调查中将会发挥重要的应用价值。

关键词：致泻性大肠埃希菌溯源多位点可变数目串联重复序列分析脉冲场凝胶电泳

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62株克罗诺杆菌多位点可变数目串联重复序列分析分子分型研究

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中国预防医学杂志 2012年第6期13卷 410-414页

作者：崔晶花杜小莉杨小蓉王鸣柳崔志刚李伟中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室PulseNetChina实验室北京102206 四川省疾病预防控制中心微生物检验所细菌科广西壮族自治区疾病预防控制中心微生物检验科

目的利用克罗诺杆菌多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)分型方法对国内62株克罗诺杆菌进行MLVA分型研究。方法利用文献报道的4个克罗诺杆菌可变串联重复序列(VNTR)位点,应用PCR、毛细管电泳、基因测序方法,使用BioNumerics软件聚类... 详细信息

目的利用克罗诺杆菌多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)分型方法对国内62株克罗诺杆菌进行MLVA分型研究。方法利用文献报道的4个克罗诺杆菌可变串联重复序列(VNTR)位点,应用PCR、毛细管电泳、基因测序方法,使用BioNumerics软件聚类分析菌株MLVA分型多态性。结果 62株菌分为8个群28个MLVA型别,其中II群的菌株数目占总菌株数目的比例最大(43.5%);菌株流行特征呈同一地区具有多个MLVA型别特点,其中MLVA-5型在多个省份有分布。结论国内克罗诺杆菌存在丰富的基因多态性;需要建立和筛选更适合中国菌株的VNTR位点来进一步优化现行的MLVA策略。

关键词：克罗诺杆菌多位点可变数目串联重复序列分析可变串联重复序列

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可变数目串联重复序列分析与多位点序列分析在伯氏疏螺旋体分型研究中的应用

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中国媒介生物学及控制杂志 2013年第2期24卷 98-102页

作者：周鑫侯学霞耿震张琳郝琴赵素莲山西医科大学微生物与免疫教研室山西太原030001 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所莱姆病室传染病预防控制国家重点实验室北京102206

目的评价多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)和多位点序列分析(MLSA)两种方法在伯氏疏螺旋体分型研究中的应用。方法采用MLVA和MLSA两种方法对31株伯氏疏螺旋体分型结果进行比较分析。结果 31株伯氏疏螺旋体用MLVA方法分成4簇,24个... 详细信息

目的评价多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)和多位点序列分析(MLSA)两种方法在伯氏疏螺旋体分型研究中的应用。方法采用MLVA和MLSA两种方法对31株伯氏疏螺旋体分型结果进行比较分析。结果 31株伯氏疏螺旋体用MLVA方法分成4簇,24个基因型,其中21个独立基因型,成簇率达24/31,MLVA的分辨率达到0.969;MLSA可将31株伯氏疏螺旋体分成4簇,每株都可独立分析,但有3个节点步长值(Bootstrap value)<50%。结论 MLVA和MLSA两种方法均适合于伯氏疏螺旋体的分型研究,对于部分分型有异议的菌株,将MLVA与MLSA联合可有效进行伯氏疏螺旋体的分型鉴定。

关键词：多位点序列分析多位点可变数目串联重复序列分析伯氏疏螺旋体基因分型

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