检索结果-内蒙古大学图书馆

中华临床感染病杂志 2020年第6期13卷 475-480页

作者：王荧荧刘洁南京医科大学附属无锡人民医院呼吸与危重症医学科 214023

宏基因组二代测序技术(mNGS)是一种无偏好、敏感性高、特异性强的分子生物学检测手段,目前已广泛应用于临床多种感染性疾病的辅助诊断,极大提高了患者的生存率和治愈率。近年来,mNGS临床应用研究的报道越来越多,本文主要就mNGS在呼吸系... 详细信息

宏基因组二代测序技术(mNGS)是一种无偏好、敏感性高、特异性强的分子生物学检测手段,目前已广泛应用于临床多种感染性疾病的辅助诊断,极大提高了患者的生存率和治愈率。近年来,mNGS临床应用研究的报道越来越多,本文主要就mNGS在呼吸系统感染性疾病诊疗方面的应用优势和所面临的挑战进行综述。

关键词：高通量测序宏基因组二代测序呼吸系统感染应用

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宏基因组二代测序技术对骨关节感染诊断的潜在应用价值

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中华临床感染病杂志 2021年第2期14卷 127-132页

作者：薛白杨素珉张科翼周伟东柴然胡晓雯刘艳任志盛赵明伟青岛市疾病预防控制中心青岛市预防医学研究院青岛266033 青岛市胸科医院脊柱外科青岛266033

目的:评价宏基因组二代测序(mNGS)在骨关节感染诊断中的潜在应用价值。方法:回顾性分析青岛市胸科医院脊柱外科2019年1月至12月临床确诊为骨关节感染的37例住院患者临床资料。所有患者均经过穿刺或手术途径获取感染病灶核心部位组织样本... 详细信息

目的:评价宏基因组二代测序(mNGS)在骨关节感染诊断中的潜在应用价值。方法:回顾性分析青岛市胸科医院脊柱外科2019年1月至12月临床确诊为骨关节感染的37例住院患者临床资料。所有患者均经过穿刺或手术途径获取感染病灶核心部位组织样本,分别对样本进行分枝杆菌、需氧菌和厌氧菌常规培养,结核分枝杆菌(MTB)-DNA扩增检测及mNGS检测。采用卡方检验或Fisher确切概率法比较mNGS和常规培养病原体及单纯细菌感染检出率。以临床确诊为金标准,比较常规培养、mNGS和MTB-DNA扩增检测对骨关节结核分枝杆菌感染的诊断效能,同时采用受试者工作特征曲线(ROC)评估三种方法在骨关节结核诊断中的价值。采用配对t检验比较患者抗感染治疗前后白细胞(WBC)计数、红细胞沉降率和C-反应蛋白。P<0.05为差异有统计学意义。结果:37例患者年龄32~90岁。感染部位:31例为脊柱,6例为其他骨关节。入院前症状:12例患者表现为感染部位疼痛和发热,11例表现为疼痛,5例表现为疼痛和活动受限,5例表现为疼痛、发热、乏力及食欲减退,2例表现为疼痛、发热及活动受限,1例表现为疼痛伴体质量减轻,1例表现为疼痛、发热伴腹泻。mNGS共发现3类病原微生物,累计检出频次为42例次,其中细菌39例次(包括10个菌属),占92.8%(39/42);真菌2例次,占4.8%(2/42);柯克斯体1例次,占2.4%(1/42)。37例患者中单纯细菌感染29例,占78.4%(29/37);单纯真菌感染2例,占5.4%(2/37);单纯柯克斯体感染1例,占2.7%(1/37);5例患者同时检测出两种及以上病原体,占13.5%(5/37)。37例患者mNGS和常规培养病原体检出率分别为100.0%(37/37)和67.6%(25/37),差异有统计学意义(χ^(2)=13.987,P<0.05);29例单纯细菌感染患者mNGS和常规培养检出率分别为100.0%(29/29)和69.0%(20/29),差异有统计学意义(χ^(2)=16.913,P<0.05)。常规培养、mNGS和MTB-DNA扩增检测诊断骨关节结核分枝杆菌感染的ROC曲线下面积分别为0.958(95%CI:0.866~1.000,P<0.05)、1.000(95%CI:1.000~1.000,P<0.05)和0.958(95%CI:0.866~1.000,P<0.05),诊断效能均较好。37例患者均根据mNGS及常规培养结果进行针对性抗感染药物治疗,其中28例接受手术干预。随访至2020年4月30日,1例患者死亡。随访3个月后患者WBC计数、红细胞沉降率和C-反应蛋白分别为(5.5±1.5)×109/L、(41±38)mm/h和(5.0±4.6)mg/L,均低于抗感染治疗前水平[(8.0±2.9)×109/L、(79±42)mm/h和(63±52)mg/L],差异均有统计学意义(t=6.536、8.302和6.373,P均<0.05)。结论:mNGS对于骨关节感染的鉴别诊断可能具有重要临床价值。

关键词：感染诊断骨关节宏基因组二代测序

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宏基因组二代测序在耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌医院感染暴发中的应用

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中国感染控制杂志 2024年第2期23卷 182-188页

作者：范鹏超刘贺巴婧翀刘文芝大连医科大学附属第二医院疾病预防与医院感染控制部辽宁大连116023

目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)技术在耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌(CRAB)医院感染暴发事件调查中的应用。方法应用mNGS及传统病原学培养方法对某院重症监护病房(ICU)2023年6月8—22日5例检出CRAB患者进行病原学检测,对可能污染的环境... 详细信息

目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)技术在耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌(CRAB)医院感染暴发事件调查中的应用。方法应用mNGS及传统病原学培养方法对某院重症监护病房(ICU)2023年6月8—22日5例检出CRAB患者进行病原学检测,对可能污染的环境进行微生物采样及细菌培养、鉴定和药物敏感试验,同时采取综合控制措施并评价其效果。结果 mNGS结果回报所需时间短于培养所需时间[(3.92±1.05)d VS (6.24±0.25)d,P<0.001]。5例患者的标本培养分离出CRAB,mNGS检测结果显示均检出OXA-23耐药基因,经专家综合判断4例患者为医院感染,1例患者为标本污染。依据《医院感染暴发控制指南》中的医院感染暴发定义,此事件考虑为医院感染暴发。环境卫生学监测结果显示,暴发时环境中CRAB检出率为51.30%(59/115),主要集中在医务人员手与呼吸机表面,实施多学科联合感染控制措施后,医生手卫生依从率及呼吸机消毒落实率分别由40.83%(49/120)、33.33%(16/48)提高至82.61%(95/115)、83.33%(30/36)。患者预后良好,后续监测未发现新病例,此医院感染暴发事件得到有效控制。结论 mNGS具有精准度高、耗时短、准确率高的特点,可以应用于医院感染暴发防控及耐药基因组研究,对多重耐药菌感染患者的抗感染治疗及医院感染防控措施的制定具有重要意义。持续提高消毒效果及手卫生依从率是防控CRAB感染的重要手段。

关键词：耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌宏基因组二代测序医院感染防控耐药基因

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宏基因组二代测序在伴有中枢神经系统受累儿童噬血细胞综合征中的应用价值

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中国当代儿科杂志 2022年第11期24卷 1226-1230页

作者：张海洋唐茂婷卿露李德渊乔莉娜四川大学华西第二医院儿童重症医学科/出生缺陷与相关妇儿疾病教育部重点实验室四川成都610041

目的探究宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)技术检测伴有中枢神经系统受累的噬血细胞综合征患儿颅内EB病毒(Epstein-Barr virus,EBV)感染的应用价值及临床意义。方法回顾性分析30例伴有中枢神经系统受累... 详细信息

目的探究宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)技术检测伴有中枢神经系统受累的噬血细胞综合征患儿颅内EB病毒(Epstein-Barr virus,EBV)感染的应用价值及临床意义。方法回顾性分析30例伴有中枢神经系统受累的噬血细胞综合征患儿的脑脊液mNGS结果,与脑脊液EBV-DNA定性检测、血清EBV抗体谱检测结果进行比较,以治疗前后血清EBV-DNA拷贝数变化反映针对性治疗效果。结果脑脊液mNGS EBV检测阳性率为100%(30/30),高于脑脊液EBV-DNA定性检测阳性率(10%,3/30;P<0.001),与血清EBV抗体谱检测阳性率(93%,28/30)比较差异无统计学意义(P>0.05)。中位mNGS EBV检出序列数为2400,治疗前血清EBV-DNA拷贝数与EBV检出序列数呈中度正相关(rs=0.693,P<0.001)。多元线性回归分析结果显示,治疗前血清EBV-DNA拷贝数越高,脑脊液mNGS EBV检出序列数越高(P<0.05)。结论EBV相关噬血细胞综合征容易诱发EBV感染引起的病毒性脑炎,mNGS可以显著提高脑脊液EBV检测的阳性率,协助临床诊断。

关键词：噬血细胞综合征 EB病毒宏基因组二代测序儿童

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宏基因组二代测序检测中枢神经系统感染动物溃疡伯杰氏菌一例

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中华临床感染病杂志 2021年第3期14卷 216-219页

作者：刘京杭霍康张红鸭答嵘郭秦乐张荣华罗国刚屈秋民西安交通大学第一附属医院神经内科 710061 深圳大学总医院神经内科 518055 西安交通大学第一附属医院检验科 710061 西安交通大学第一附属医院中心ICU 710061

微生物宏基因组二代测序(mNGS)可在无先验信息或临床倾向性情况下对病原体进行检测,高效、精准地弥补了传统病原学检测方法的不足。本文介绍西安交通大学第一附属医院收治的1例中枢神经系统感染动物溃疡伯杰氏菌患者治疗及预后,探讨mNG... 详细信息

微生物宏基因组二代测序(mNGS)可在无先验信息或临床倾向性情况下对病原体进行检测,高效、精准地弥补了传统病原学检测方法的不足。本文介绍西安交通大学第一附属医院收治的1例中枢神经系统感染动物溃疡伯杰氏菌患者治疗及预后,探讨mNGS对于少见、罕见及新发中枢神经系统感染的诊断价值。

关键词：神经系统感染宏基因组二代测序动物溃疡伯杰氏菌肾功能不全血小板减少症

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宏基因组二代测序技术在脊柱感染病原微生物诊断中的应用

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中国脊柱脊髓杂志 2022年第2期32卷 141-148页

作者：殷楚强王海龙任宪锋王月磊沈峰王亭青岛大学附属医院脊柱外科青岛市266000 山东大学微生物技术国家重点实验室青岛市266237

目的:探讨宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)技术在脊柱感染疾病中诊断病原微生物的能力和价值。方法:纳入2019年1月~2020年12月收治的46例疑似脊柱感染患者,其中男性26例,女性20例;年龄26~77岁(50.4±... 详细信息

目的:探讨宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)技术在脊柱感染疾病中诊断病原微生物的能力和价值。方法:纳入2019年1月~2020年12月收治的46例疑似脊柱感染患者,其中男性26例,女性20例;年龄26~77岁(50.4±15.7岁)。获取患者的血液和病灶组织或脓液标本(CT引导下穿刺活检21例,开放手术25例),行微生物培养、血清学检测、病理检查和mNGS检测后进行结果的比较分析。结果:46例标本均在48h内获得了mNGS结果,微生物培养、血清学检测、病理检查等传统实验室检测时间1~12d不等。经临床最终诊断共35例为脊柱感染,11例为非脊柱感染。35例脊柱感染患者中,化脓性细菌感染14例,结核感染5例,布鲁菌属感染4例,未明确病原微生物感染12例;11例非脊柱感染患者中,脊柱肿瘤3例,终板Modic改变4例,终板骨折1例,DISH病合并假关节1例,强直性脊柱炎合并假关节2例。通过mNGS检测发现了脆弱拟杆菌、微小微单胞菌、齿垢密螺旋体、贝纳柯克斯体等少见病原微生物。mNGS在种水平与临床最终诊断的一致性为82.61%(19/23),在属水平的一致性为95.65%(22/23)。微生物培养阳性率为42.86%(15/35),mNGS检测阳性率为94.29%(33/35),二者存在统计学差异(P<0.01)。mNGS检测的敏感度为91.43%,特异度为90.91%,阳性预测值96.97%,阴性预测值76.92%。结论:宏基因组二代测序技术检测病原微生物快速、高效、准确,在脊柱感染疾病的诊疗中有较高的诊断价值。

关键词：脊柱感染宏基因组二代测序病原微生物

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宏基因组二代测序技术在腹膜透析相关腹膜炎早期诊断中的价值研究

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中国实用内科杂志 2023年第9期43卷 736-739,748页

作者：徐春炎朱新旺肖一凡吴微韩莹雯陈莹孙亚南姚丽中国医科大学附属第一医院肾内科辽宁沈阳110001

目的比较宏基因组二代测序(m NGS)与传统细菌培养对腹膜透析相关腹膜炎(PDAP)诊断价值的差异。方法回顾性分析2020年3月1日至2022年1月1日中国医科大学附属第一医院腹膜透析中心收治的35例可疑PDAP患者的临床资料,按照诊断方法分组,将m... 详细信息

目的比较宏基因组二代测序(m NGS)与传统细菌培养对腹膜透析相关腹膜炎(PDAP)诊断价值的差异。方法回顾性分析2020年3月1日至2022年1月1日中国医科大学附属第一医院腹膜透析中心收治的35例可疑PDAP患者的临床资料,按照诊断方法分组,将mNGS联合细菌培养法定为mNGS组(14例),细菌培养法定为培养组(21例),记录检出结果、报告时间及抗生素相关不良反应等情况。结果mNGS组与培养组诊断准确率分别为100%与66.7%,差异有统计学意义(P<0.05)。在14例1周内存在抗生素暴露的PDAP患者中,mNGS组与培养组诊断准确率分别为100%与25%,mNGS组诊断准确率更高,差异有统计学意义(P<0.05)。mNGS组与培养组结果报告时间为(21.90±1.44)h与(94.24±32.00)h,调整治疗方案时间为(2.14±0.35)d与(4.52±2.01)d,mNGS组报告结果时间及调整治疗方案时间均短于培养组,差异有统计学意义(P<0.05);两组患者治疗期间不良反应发生率为14.3%与33.3%,差异无统计学意义(P>0.05)。结论在PDAP患者中,mNGS技术具有诊断准确率高、耗时短等优点,具有重要的临床应用价值。

关键词：腹膜透析相关性腹膜炎宏基因组二代测序细菌培养

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宏基因组二代测序技术辅助诊断中枢神经系统贝氏柯克斯体感染性血管炎1例

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中国感染控制杂志 2024年第5期23卷 628-630页

作者：蔡衍珊刘子凡广州市疾病预防控制中心艾滋病预防控制部广东广州510440 广州市疾病预防控制中心广州医科大学公共卫生研究院广东广州510440 广州医科大学附属第三医院神经内科广东广州510150

Q热是由贝氏柯克斯体感染引起的人畜共患病,临床表现多样且无特异性,贝氏柯克斯体颅内感染罕见,经常被误诊和漏诊,导致部分患者预后不佳。此文报告1例宏基因组二代测序(mNGS)技术辅助诊断的中枢神经系统贝氏柯克斯体颅内感染性血管炎病... 详细信息

Q热是由贝氏柯克斯体感染引起的人畜共患病,临床表现多样且无特异性,贝氏柯克斯体颅内感染罕见,经常被误诊和漏诊,导致部分患者预后不佳。此文报告1例宏基因组二代测序(mNGS)技术辅助诊断的中枢神经系统贝氏柯克斯体颅内感染性血管炎病例,提示mNGS技术在Q热快速诊断中起到重要作用,通过早期诊断,精准治疗,明显改善患者预后。在此基础上回顾国内外相关文献,总结贝氏柯克斯体颅内感染的临床表现和诊治经验,供国内外同行参考。

关键词： Q热贝氏柯克斯体感染性血管炎宏基因组二代测序 mNGS

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宏基因组二代测序与传统病原检测在中性粒细胞减少伴发热白血病患儿中的对比研究

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临床儿科杂志 2022年第7期40卷 539-544页

作者：康磊郭芳白新凤徐梅先河北省儿童医院重症监护科河北石家庄050031 河北省儿童医院感染科河北石家庄050031

目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)在中性粒细胞减少伴发热(FN)白血病患儿中的应用价值。方法回顾性分析2018年1月1日至2021年7月1日儿科重症监护病房收治的白血病化疗后合并FN患儿的临床资料。根据感染灶分为A组(血流感染组)和B组(肺部... 详细信息

目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)在中性粒细胞减少伴发热(FN)白血病患儿中的应用价值。方法回顾性分析2018年1月1日至2021年7月1日儿科重症监护病房收治的白血病化疗后合并FN患儿的临床资料。根据感染灶分为A组(血流感染组)和B组(肺部感染组),比较两组mNGS与传统病原检测(TPD)的效能。结果共纳入56例患儿,男27例、女29例,中位年龄4.0(2.0~7.8)岁。A组39例,ALL28例、AML11例;B组17例,ALL10例、AML7例。A组和B组最常见的病原均为曲霉菌、念珠菌和鲍曼不动杆菌。mNGS与TPD检测阳性率的一致性较差(Kappa=0.039);mNGS检测阳性率(80.4%)明显高于TPD(58.9%),差异有统计学意义(P=0.023)。A组mNGS对曲霉菌(35.9%对12.8%)、念珠菌(28.2%对10.3%)和鲍曼不动杆菌(28.2%对7.7%)的检测阳性率均高于TPD;B组mNGS对曲霉菌(41.2%对5.9%)的检测阳性率高于TPD,差异均有统计学意义(P<0.05)。mNGS可检测罕见病原,且对混合感染的检出率显著高于TPD,差异有统计学意义(P<0.05)。结论对于初始抗感染治疗失败的白血病合并FN患儿,最常见致病原为曲霉菌、念珠菌、鲍曼不动杆菌。作为TPD的互补手段,mNGS对常见病原检测阳性率更高,对混合感染和罕见病原检测效能突出。

关键词：宏基因组二代测序中性粒细胞减少伴发热白血病儿童

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宏基因组二代测序在非HIV感染患者耶氏肺孢子菌肺炎诊疗中的应用

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武汉大学学报（医学版） 2024年第5期45卷 576-581,588页

作者：祝颖张利平朱明辉刘颖夏显鑫何玮琳程真顺王德新武汉大学中南医院呼吸与危重症医学科湖北武汉430071 武汉大学中南医院社会医疗发展部湖北武汉430071 武汉大学中南医院心血管内科湖北武汉430071 蕲春县人民医院呼吸与危重症医学科湖北蕲春435300

目的:探讨宏基因组二代测序(mNGS)在非人类免疫缺陷病毒(HIV)感染患者中耶氏肺孢子菌肺炎(PJP)的诊断价值和其对治疗的指导价值。方法:采用回顾性研究方法,共纳入武汉大学中南医院2017年1月至2022年7月非HIV感染PJP患者73例和诊断为非PJ... 详细信息

目的:探讨宏基因组二代测序(mNGS)在非人类免疫缺陷病毒(HIV)感染患者中耶氏肺孢子菌肺炎(PJP)的诊断价值和其对治疗的指导价值。方法:采用回顾性研究方法,共纳入武汉大学中南医院2017年1月至2022年7月非HIV感染PJP患者73例和诊断为非PJP患者70例。分析了支气管肺泡灌洗液(BALF)中耶氏肺孢子菌(PJ)和其他共病原体情况,以临床复合诊断为参考标准,比较mNGS、聚合酶链式反应(PCR)和血清1,3‑β‑D‑葡聚糖(BDG)在PJP中的诊断效能,将纳入研究的PJP患者根据是否行mNGS分为行mNGS组和未行mNGS组,通过非参数秩和检验对比两组治疗情况。结果:本研究共纳入非HIV感染PJP患者73例,其中46例患者行mNGS检测,统计分析结果显示,相较于PCR、BDG,mNGS在诊断非HIV感染PJP的灵敏度(97.8%)和特异度(95.2%)更高。同时,mNGS在混合感染的检出率明显高于传统病原学检测(87.0%vs 63.0%,P=0.018),其中以白色念珠菌、人类疱疹病毒5型(CMV)、人类疱疹病毒1型(HSV1)最为常见。并且,在46例患者mNGS结果回报后,71.7%的PJP患者对最初的治疗方案进行了调整,其中57.6%患者经调整治疗方案后好转出院。与未行mNGS检测的非HIV感染PJP患者相比,行mNGS的患者住院时间更短[16(9,24)d vs 26(16,41)d],抗生素疗程更短[12(6,16)d vs 20(11,31)d],差异均有统计学意义(均P<0.05)。结论:mNGS对非HIV感染PJP的诊断效能高,且对于共病原体检出具有更好的性能,对临床诊断和指导针对性抗感染药物治疗具有一定的价值。

关键词：宏基因组二代测序耶氏肺孢子菌肺炎聚合酶链反应混合感染

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