检索结果-内蒙古大学图书馆

宏基因组二代测序在异基因造血干细胞移植术后肺孢子菌肺炎和免疫相关肺炎诊断中的临床价值

中国感染与化疗杂志 2023年第2期23卷 156-160页

作者：王宇叶雪梅毛妍蒲文琦黄晓兵陈璐杨曦邓利平杜文飞四川省人民医院医疗集团(成都东篱医院)血液科成都610000 电子科技大学附属医院(四川省人民医院)血液科成都市龙泉驿区第一人民医院内科中国人民解放军联勤保障部队第906医院内科

目的探索宏基因组二代测序(mNGS)在异基因造血干细胞移植术后肺孢子菌肺炎和免疫相关肺炎诊断中的临床价值。方法纳入2019年8月—2021年8月于四川省人民医院医疗集团(成都东篱医院)行异基因造血干细胞移植术后出现肺部弥漫性、多发性病... 详细信息

目的探索宏基因组二代测序(mNGS)在异基因造血干细胞移植术后肺孢子菌肺炎和免疫相关肺炎诊断中的临床价值。方法纳入2019年8月—2021年8月于四川省人民医院医疗集团(成都东篱医院)行异基因造血干细胞移植术后出现肺部弥漫性、多发性病灶的患者。回顾性分析肺泡灌洗液的mNGS结果和传统病原学检测针对耶氏肺孢子菌的检出率、免疫相关肺炎的发生率,并总结临床特征与mNGS结果的相关性。结果24例感染患者的mNGS结果中,有5例为单纯病毒,4例为病毒合并细菌、真菌,排除这9例患者。在可评估15例患者中8例(53.3%)检出肺孢子菌,均经标准剂量复方磺胺甲唑为基础的抗肺孢子菌肺炎治疗后康复;7例(46.7%)未检出明确病原菌的患者中,5例(33.3%)经过标准的糖皮质激素为基础的免疫抑制剂治疗后康复,2例(13.3%)经标准剂量复方磺胺甲唑为基础的抗肺孢子菌肺炎治疗后康复。结论针对异基因造血干细胞移植后临床难以鉴别的肺部弥漫性、多发性病变,采用肺泡灌洗液mNGS的阳性结果可以精准、快速筛选出肺孢子菌肺炎患者,而其阴性结果可以在较大程度上提示免疫相关肺炎的可能性,具有很好的鉴别诊断意义。

关键词：宏基因组二代测序肺孢子菌肺炎免疫相关肺炎异基因造血干细胞移植

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宏基因组二代测序技术对新生儿脓毒症的诊断意义

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中华新生儿科杂志（中英文） 2022年第3期37卷 233-237页

作者：朱韵倩甘明宇张丽梅吴冰冰复旦大学附属上海市第五人民医院儿科上海200240 复旦大学附属儿科医院分子诊断中心上海201102

目的探讨宏基因组二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)在新生儿脓毒症病原诊断及对临床决策中的影响。方法回顾性选择2019年1月至2021年2月复旦大学附属上海市第五人民医院新生儿病房收治的疑似脓毒症、同时行m... 详细信息

目的探讨宏基因组二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)在新生儿脓毒症病原诊断及对临床决策中的影响。方法回顾性选择2019年1月至2021年2月复旦大学附属上海市第五人民医院新生儿病房收治的疑似脓毒症、同时行mNGS及血培养检测的新生儿为研究对象,分析mNGS检出病原是否受抗菌药物影响及对临床治疗和管理的影响。结果共收治35例疑似脓毒症、同时行mNGS和血培养检查的患儿,确诊脓毒症24例,其中病原体阳性12例(mNGS+血培养阳性3例,仅mNGS阳性8例,仅血培养阳性1例),确诊脓毒症新生儿中mNGS病原检出率高于血培养检出率(45.8%比16.7%,P=0.049),mNGS和血培养一致性为74.3%。21例(60.0%)检测前使用过抗菌药物,14例未使用过抗菌药物,检测前是否使用抗菌药物mNGS和血培养的病原检出率差异均无统计学意义(19.0%(4/21)比4.8%(1/21),P=0.343;28.6%(4/14)比21.4%(3/14),P=1.000)。8.6%的患儿因mNGS结果调整了临床用药。结论mNGS可提高新生儿脓毒症病原检出率,与血培养有较好的一致性,值得应用于新生儿脓毒症临床诊疗。

关键词：脓毒症婴儿,新生宏基因组二代测序

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宏基因组二代测序诊断下呼吸道感染病原体的准确性评价及ICU免疫缺陷状态肺炎的病原谱调查

宏基因组二代测序诊断下呼吸道感染病原体的准确性评价及ICU免疫...

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作者：秦含玉北京协和医学院

学位级别：博士

目的本研究分为两个部分,旨在探讨免疫缺陷人群重症肺炎的病原谱及宏基因组二代测序在下呼吸道感染的诊断价值。方法病原谱调查部分:回顾性分析2014年1月至2018年12月因重症肺炎收入北京协和医院内科ICU基础患有风湿性疾病的患者,收集... 详细信息

目的本研究分为两个部分,旨在探讨免疫缺陷人群重症肺炎的病原谱及宏基因组二代测序在下呼吸道感染的诊断价值。方法病原谱调查部分:回顾性分析2014年1月至2018年12月因重症肺炎收入北京协和医院内科ICU基础患有风湿性疾病的患者,收集人口统计学,风湿病类型、器官受累情况及药物管理,呼吸道分泌物病原学结果,ICU支持治疗和预后等数据。比较存活组和死亡组在所收集资料方面的差异。单变量分析中所得p<0.05的参数纳入多因素logistic回归分析得到病死率独立预测变量。宏基因组二代测序准确性评价部分:回顾性分析2018年因呼吸衰竭收入北京协和医院内科ICU、中大医院重症医学科、浙医二附院重症医学科、四川省人民医院重症医学科的疑似下呼吸道感染患者,患者的下呼吸道标本同时送检CMT和mNGS,收集人口统计学,基础疾病、合并症及相关治疗,免疫状态,ICU支持治疗和预后等数据。mNGS结果方面选择表示检出量的两个实用参数,并参照已报道文献选择判断mNGS检出微生物为致病菌的两种阳性标准。按物种分层配对比较mNGS与CMT结果,并计算mNGS诊断下呼吸道感染病原体的敏感性、特异性、准确率等。运用离群值、机器学习logistic回归模型鉴别出mNGS报告的微生物为下呼吸道定植菌。结果病原谱调查部分:共有205例患者纳入最终分析。基础患有系统性红斑狼疮最常见(n=65,31.7%),肺炎最常见病原体为肺孢子虫(n=103,50.2%),其次为曲霉(n=86,42%),再者为巨细胞病毒(n=60,29.3%)。住院病死率为61.9%。多发性肌炎/皮肌炎(OR 3.750,95%CI 1.190-11.815,p=0.024),严重低氧血症(定义为 Pa02/Fi02<100 mmHg)(OR 3.952,95%CI 1.900-8.218,p<0.001),CD4± T细胞<200*106/L(OR 3.595,95%CI 1.488-8.685,p=0.004)以及 ICU 获得感染(OR 2.496,95%CI 1.188-5.244,p=0.016)是死亡的独立危险因素。宏基因组二代测序准确性评价部分:共有149例患者纳入最终分析。RPMsample/NTC标准作为mNGS阳性标准,诊断细菌、真菌和病毒的准确性均高于SDSMRN标准(细菌[*** ***],65.1 vs.55.7%;真菌,75.8%vs.71.1%;DNA病毒,86.3%vs.74.5%;RNA 病毒,90.9%vs.81.8%。在细菌检测方面,mNGS 只有在使用SDSMRN≥3作为阳性标准时,比细菌培养有优势(SDSMRN阳性率,92/149[61.7%];细菌培养阳性率,54/149[36.2%];p<0.001)。但在检测真菌方面,选择任一阳性标准,mNGS均比真菌培养有优势(真菌阳性率[RPMsample/NTC≥1 *** ≥3 vs.培养],23.5%vs.29.5%vs.8.7%,p<0.001)。DNA 病毒检测方面也得到相同的结果([RPMsample/NTC≥1 ***>3 ***],14.1%vs.20.8%vs.11.8%,p<0.05)。结合离群值分析,纳入机器学习logistic回归模型参数为logRPM、rank、是否为呼吸道病原体、是否为致病性真菌、是否为呼吸道病毒,得到模型预测mNGS检出微生物为致病菌的AUROC为0.85,同时结合LR评分与logRPM作图,得到RPM<10能区分出mNGS检出微生物为下呼吸道定植菌。结论在免疫功能低下的宿主中,制定标准化流程筛查感染性疾病,用尽可能多的微生物学检查诊断潜在病原体,可能有助于临床医生明确急性呼吸衰竭的病因,及时启动抗感染治疗,以改善这群高危患者的临床结局。百万标化比对序列数(RPM)将以便临床医生比较来自不同平台的mNGS检测结果,而选择RPMsample/NTC标准作为mNGS阳性标准,该技术也可能有助于揭示真菌感染宿主的下呼吸道感染的病因学。结合机器学习模型将实现RPM这一参数鉴别mNGS检出微生物为下呼吸道定植菌。

关键词：宏基因组二代测序下呼吸道感染病因学风湿性疾病重症肺炎病原谱死亡危险因素

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宏基因组二代测序技术在脑脓肿病原菌检测中的应用

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中国综合临床 2023年第1期39卷 14-18页

作者：孙涛刘庆银蒲珂韩国庆邓煊李庆国天津市西青医院神经外科 300000 山东省费县人民医院神经外科 273400 天津市环湖医院神经外科 300000

目的分析宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)技术在脑脓肿病原菌检测中的应用价值。方法回顾性分析天津市环湖医院2019年1月至2021年12月年脑脓肿患者资料,所有患者均行立体定向下脓肿穿刺引流。根据病原... 详细信息

目的分析宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)技术在脑脓肿病原菌检测中的应用价值。方法回顾性分析天津市环湖医院2019年1月至2021年12月年脑脓肿患者资料,所有患者均行立体定向下脓肿穿刺引流。根据病原菌检测方法不同,分为细菌培养组(仅行细菌培养)与mNGS组(行mNGS同时行细菌培养)。比较两组患者的临床症状、脓肿部位、细菌培养和mNGS结果,抗生素应用方案及预后,对两组患者细菌检测结果进行分析,并对患者抗生素应用情况及预后进行比较。采用X2检验或精确概率法及Mann-Whitney U检验,比较两组差异有无统计学意义。结果共纳入脑脓肿患者43例,其中细菌培养组21例,mNGS组22例。细菌培养组细菌阳性率42.9%(9/21),mNGS组细菌培养阳性率45.5%(10/22)。mNGS检测阳性率100%(22/22),细菌培养组仅3例有较明确的细菌来源,mNGS组根据细菌结果17例明确细菌来源,两组差异有统计学意义(χ^(2)=19.69,P<0.001)。细菌培养回报时间为7.0(4.0,7.0)d,mNGS回报时间为1.5(1.5,1.5)d,两组细菌回报时间差异有统计学意义(Z=0.00,P<0.001),细菌培养组抗生素使用费用为2.40(0.56,3.10)万元,mNGS组抗生素使用费用为1.20(0.21,2.00)万元,两者差异有统计学意义(Z=5.22,P=0.026)。结论mNGS能够快速准确地明确脑脓肿病原菌种类及来源,指导临床更有针对性地应用抗生素,降低抗生素使用费用,是脑脓肿病原菌检测的有效手段。

关键词：脑脓肿细菌培养宏基因组二代测序病原菌抗生素

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宏基因组二代测序在原发性脊柱感染保守治疗中的价值

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中华骨与关节外科杂志 2023年第5期16卷 433-438页

作者：刘晓伟殷楚强丛亚男王德春王海龙杨希重汪学松陈龙伟王月磊王亭青岛大学附属医院脊柱外科山东青岛266003 青岛市市立医院脊柱外科山东青岛266071 山东大学微生物技术国家重点实验室山东青岛266237 青岛市海慈医院脊柱外科山东青岛266033 青岛市中心医院脊柱外科山东青岛266042

目的:探讨宏基因组二代测序(mNGS)指导下的原发性脊柱感染保守治疗的效果。方法:回顾性分析2019年12月至2022年2月收治的47例疑似脊柱感染患者的临床资料,所有患者在治疗前完善相关病原学实验室检查,并由脊柱外科医师对感染病灶核心行C... 详细信息

目的:探讨宏基因组二代测序(mNGS)指导下的原发性脊柱感染保守治疗的效果。方法:回顾性分析2019年12月至2022年2月收治的47例疑似脊柱感染患者的临床资料,所有患者在治疗前完善相关病原学实验室检查,并由脊柱外科医师对感染病灶核心行C型臂X线机引导下的穿刺活检。穿刺标本行病原微生物培养、病理学检查及mNGS检测。穿刺后给予患者经验性感染治疗,并根据各项检测结果及病情变化调整抗生素和治疗方案。观察患者病情转归并对其随访1年。结果:47例患者均临床确诊脊柱感染。胸椎感染17例,腰椎感染30例;化脓性细菌感染30例,布鲁氏菌感染10例,脊柱结核6例,真菌感染1例。微生物培养结果耗时5~7 d,阳性率48.9%;mNGS结果均在48 h内获得,阳性率93.8%;mNGS检测阳性率显著高于病原微生物培养,差异有统计学意义(P<0.01)。97.9%(46/47)患者行保守治疗,2.1%(1/47)患者行手术治疗,均治愈出院。随访1年无复发。结论:原发性脊柱感染保守治疗中,mNGS技术具有较高的诊断能力和较快的诊断效能,结合常规实验室检测并针对性抗感染治疗可获得较高的保守治疗治愈率。

关键词：脊柱感染宏基因组二代测序致病微生物保守治疗

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宏基因组二代测序辅助诊断军团菌病伴横纹肌溶解和急性肾损伤一例

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中国呼吸与危重监护杂志 2022年第5期21卷 353-357页

作者：杜娆冯银合黄基峰汪钰滨杨晓娅毛辉四川大学华西医院呼吸与危重症医学科四川成都610041 四川省德阳市人民医院呼吸与危重症医学科四川德阳618000

目的加强临床医生对军团菌病多器官损害临床特点的认识,针对目前军团菌诊断的难点,重视宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)在本病诊断中的应用价值,以早期诊断与精准治疗,改善军团菌病患者的预后。方法分析... 详细信息

目的加强临床医生对军团菌病多器官损害临床特点的认识,针对目前军团菌诊断的难点,重视宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)在本病诊断中的应用价值,以早期诊断与精准治疗,改善军团菌病患者的预后。方法分析1例经mNGS确诊的嗜肺军团菌病患者的临床特点、治疗过程及预后。结果患者男,61岁,因“发热、咳嗽伴乏力3d”就诊。发病初期除呼吸道症状外,合并多系统症状。住院期间,在肺泡灌洗液及肺组织中,mNGS检出嗜肺军团菌,结合临床特点诊断军团菌病。患者经有创呼吸、抗感染、血液透析、保肝等综合治疗后,最终顺利出院。结论对于病程短,以肺炎表现为主伴多器官受累的疾病,尤其伴肌酸激酶显著升高者应警惕军团菌感染可能。对于病情危重且少痰或无痰的患者,在缺少其他检测方法(如军团菌尿抗原)的情况下,可行纤维支气管镜取肺泡灌洗液或经皮肺穿刺取肺组织进行mNGS检查,以早期明确病原体。军团菌肺炎伴发横纹肌溶解和急性肾损伤时,及早予以针对病因及并发症的综合治疗有助于改善患者预后。

关键词：军团菌病宏基因组二代测序横纹肌溶解急性肾损伤

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宏基因组二代测序拷贝数变异分析与ctDNA联合应用诊断脑转移瘤1例

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中国神经精神疾病杂志 2023年第3期49卷 155-159页

作者：江佳佳杨伊尹梓曈赵辉霍颖浩卜晖河北医科大学第二医院神经内科石家庄050000

报告1例68岁男性,以头晕、走路不稳起病,起初考虑脑囊虫病,送检脑脊液宏基因组二代测序技术(metagenome next-generation sequencing,mNGS)未检测到脑囊虫,但检测到染色体发生重复改变,表明存在恶性肿瘤DNA,进一步利用循环肿瘤DNA(circu... 详细信息

报告1例68岁男性,以头晕、走路不稳起病,起初考虑脑囊虫病,送检脑脊液宏基因组二代测序技术(metagenome next-generation sequencing,mNGS)未检测到脑囊虫,但检测到染色体发生重复改变,表明存在恶性肿瘤DNA,进一步利用循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA,ctDNA)协助诊断为表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)阳性非小细胞肺癌脑转移瘤。我们联合应用mNGS双组学检测及ctDNA检测,结合全身PET-CT检查,成功诊断了1例脑转移瘤,并指导临床行肿瘤靶向治疗,患者症状明显好转,脑转移瘤数量明显减少。此技术为患者提供了一种新的非侵入性的肿瘤诊断方法,本病例为探索脑脊液mNGS双组学检测提供了参考案例。

关键词：循环肿瘤DNA 宏基因组二代测序染色体拷贝数变异脑转移瘤靶向治疗

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宏基因组二代测序诊断兽类衣原体重症肺炎合并多器官衰竭1例

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中国感染控制杂志 2023年第5期22卷 597-600页

作者：张鼎宏刘东安勇李文博定西市人民医院重症医学科甘肃定西743000 联勤保障部队第九四〇医院重症医学科甘肃兰州730050

兽类衣原体是一种革兰阴性专性细胞内病原体,属于衣原体科,可广泛感染动物,包括绵羊、山羊、牛和野生动物。人感染兽类衣原体是罕见病,临床症状无特异。本报告中的患者,男性,75岁,因腹痛、恶心、呕吐、腹泻伴发热、呼吸短促,被诊断为重... 详细信息

兽类衣原体是一种革兰阴性专性细胞内病原体,属于衣原体科,可广泛感染动物,包括绵羊、山羊、牛和野生动物。人感染兽类衣原体是罕见病,临床症状无特异。本报告中的患者,男性,75岁,因腹痛、恶心、呕吐、腹泻伴发热、呼吸短促,被诊断为重症社区获得性肺炎、呼吸衰竭、休克和急性肾损伤。有羊密切接触史,胸部CT提示炎性渗出,右肺斑片影,左肺实变。通过宏基因组二代测序(mNGS)从患者支气管肺泡灌洗液中检测出兽类衣原体,结合临床表现、病史,确诊为兽类衣原体重症肺炎合并多器官衰竭。经针对性抗感染及综合治疗后,患者病情无明显改善,自动出院。通过报告此病例的诊疗经过,旨在提高临床医生对兽类衣原体感染的认识,早期采取针对性治疗,降低其死亡风险。

关键词：兽类衣原体宏基因组二代测序肺炎多器官衰竭

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宏基因组二代测序在肺部感染病原诊断中的价值

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中国热带医学 2023年第11期23卷 1173-1179页

作者：孟贝贝刘海潮胡振红屈磊方瑶武汉科技大学医学部医学院湖北武汉430065 中国人民解放军中部战区总医院湖北武汉430061

目的比较宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)与实验室传统培养在肺部感染病原中诊断的应用价值。方法回顾性分析2021年2月-2022年9月中部战区总医院收治的310例疑诊肺部感染患者临床资料,分析mNGS与实... 详细信息

目的比较宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)与实验室传统培养在肺部感染病原中诊断的应用价值。方法回顾性分析2021年2月-2022年9月中部战区总医院收治的310例疑诊肺部感染患者临床资料,分析mNGS与实验室传统培养检测结果,对比2种检测方法检测肺部感染病原的阳性率、灵敏性、特异性、准确性(accuracy, ACC)、阳性预计值(positive predictive value, PPV)、阴性预计值(negative predictive value, NPV)。结果研究发现,mNGS能够同时检出多种病原,对细菌的检出效率最高,对真菌的检出阳性率最低,且mNGS检出的细菌、真菌与病毒的序列数之间有显著差异(H=70.361,P<0.001)。在比较分析mNGS与实验室传统培养方法中发现,mNGS检出阳性率(88.40%)高于实验室传统培养(29.70%),差异有统计学意义(χ^(2)=162.373,P<0.001),检测结果一致性比较Kappa=-0.003,P=0.902;mNGS的灵敏性、特异性、ACC、PPV、NPV分别为91.29%、28.26%、81.94%、87.96%、36.11%,传统培养分别为30.30%、73.91%、36.77%、86.96%、15.60%;其中,两种方法间的灵敏性和特异性差异有统计学意义(91.29%vs 30.30%,χ^(2)=148.120,P<0.001;28.26%vs 73.91%,χ^(2)=13.793,P<0.001)。结论 mNGS能够显著提高肺部感染病原的检出率,是传统实验室培养方法的必要补充,为指导临床抗感染治疗提供有力依据。同时,传统培养与mNGS病原检测方法都高度依赖于标本质量和检测质控,mNGS在提供无损的多种病原遗传信息的同时也需正确解读,才能正确甄别致病原。

关键词：肺部感染病原诊断宏基因组二代测序临床决策

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宏基因组二代测序在重症肺炎肺泡灌洗液中的检测优势

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武汉大学学报（医学版） 2023年第5期44卷 557-562页

作者：周小莲杨炯武汉大学中南医院呼吸与危重医学科湖北武汉430071

目的:探讨宏基因组二代测序(mNGS)在重症肺炎肺泡灌洗液中的检测优势。方法:选取2019年12月至2021年10月在武汉大学中南医院收治的70例重症肺炎患者,所有患者均已行mNGS和传统培养(肺泡灌洗液培养、痰培养),回顾性分析mNGS在重症肺炎患... 详细信息

目的:探讨宏基因组二代测序(mNGS)在重症肺炎肺泡灌洗液中的检测优势。方法:选取2019年12月至2021年10月在武汉大学中南医院收治的70例重症肺炎患者,所有患者均已行mNGS和传统培养(肺泡灌洗液培养、痰培养),回顾性分析mNGS在重症肺炎患者中病原体检测的优势。结果:mNGS病原体检测的阳性率高于传统培养(98.6%vs 62.9%,P<0.001)。在传统培养阴性而mNGS阳性的患者中,mNGS能进一步识别出多种病原体感染。在病原体分布上,mNGS检出细菌71株、真菌39株和病毒3株。在混合感染中,mNGS诊断阳性率更高(67.1%vs 12.9%,P<0.001)。此外,在合并基础疾病的患者中,mNGS有更高的病原体检出率(98.0%vs 69.4%,P<0.001),尤其在合并免疫低下的患者中,mNGS可识别出特殊病原体(肺孢子菌、巨细胞病毒)感染。结论:mNGS可以提高重症肺炎患者病原微生物的检出率,可作为传统培养阴性的重症肺炎患者的补充检测技术。mNGS在混合感染诊断中有优势,能同时识别多种病原体感染。临床上,推荐合并免疫缺陷的重症肺炎患者尽早应用mNGS,增加临床获益。

关键词：宏基因组二代测序重症肺炎肺泡灌洗液病原体检测优势

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