检索结果-内蒙古大学图书馆

生物化学与生物物理学报 2003年第6期35卷 580-586页

作者：侯卓成杨宁中国农业大学动物科技学院中国农业大学动物科技学院北京100094

基因组密码子使用的影响因素分析有助于发现影响密码子使用的进化动力学 ,对发现和预测进化的方向和模式有重要的作用。同时 ,分析完整的基因组可以发现特定基因组中密码子的使用模式 ,从而重新设计高效的PCR引物和外源导入基因 ,促进... 详细信息

基因组密码子使用的影响因素分析有助于发现影响密码子使用的进化动力学 ,对发现和预测进化的方向和模式有重要的作用。同时 ,分析完整的基因组可以发现特定基因组中密码子的使用模式 ,从而重新设计高效的PCR引物和外源导入基因 ,促进外源基因在特定生物体中的高效率表达。导致瘟疫等外源性感染疾病的耶尔森氏鼠疫杆菌完整基因组序列已经测序公布。为了对鼠疫杆菌的同义密码子使用的进化模式有更加深入的了解 ,详细的研究分析鼠疫杆菌的基因组密码子的使用模式和影响密码子使用的因素。结果发现 ,尽管鼠疫杆菌基因组序列中“G” +“C”含量相对较低 (4 7.6 4 % ) ,高水平表达基因的密码子第三位碱基使用胞嘧啶 (C)的频率比表达水平低的基因使用胞嘧啶 (C)有显著的提高 ,表达水平较低的基因在密码子的第三位碱基更趋向使用鸟嘌呤 (G)。在表达水平高低的两组基因中 ,对密码子的第三位碱基使用腺嘌呤 (A)和胸腺嘧啶 (T)总体上趋于随机使用。基因的表达水平与对应分析的第一条向量轴呈高度相关 (R =0 .6 3,P <0 .0 0 0 1)。通过分析比较表达水平高低两组基因的密码子使用模式发现 ,基因的表达水平对于密码子使用有显著的影响。GC skew分析结果显示 ,复制转录阶段的选择对密码子使用有一定的影响。在不同长度

关键词：耶尔森氏鼠疫杆菌(Y.pestis) 密码子使用对应分析基因表达水平基因长度

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Wolbachia pipientis wMel基因组水平上的密码子使用分析

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中国科学（C辑） 2009年第10期39卷 948-953页

作者：孙铮马亮 MURPHY Robert 张宪省黄大卫山东农业大学植物保护学院泰安271018 黄岛出入境检验检疫局青岛266555 中国科学院动物研究所北京100080 Department of Natural History Royal Ontario Museum100 Queen'sParkTorontoON Canada M5S 2C6 中国科学院昆明动物研究所遗传与进化国家重点实验室昆明650223 山东农业大学生命科学学院泰安271018

本实验检测了黑腹果蝇的专性寄生菌Wolbachia pipientis wMel基因组的密码子使用模式，并推测影响其密码子组成的因素．选择了478条蛋白编码基因作为研究对象，它们的GC含量比较低，约0．282～0．432．本研究结果显示，关联突变（contex... 详细信息

本实验检测了黑腹果蝇的专性寄生菌Wolbachia pipientis wMel基因组的密码子使用模式，并推测影响其密码子组成的因素．选择了478条蛋白编码基因作为研究对象，它们的GC含量比较低，约0．282～0．432．本研究结果显示，关联突变（context-dependent mutation）是影响*** wMel基因组密码子组成的主要因素．同时，Nc—Plot曲线显示，基因组的密码子组成还受到了核苷酸组成偏好性（nucleotide composition bias）的影响．对应分析的结果显示，基因长度（R=0．123，P〈0．01）和基因表达水平（R=-0．312，P〈0．01）也对基因组的密码子使用偏好性起到了一定的作用．因此，关联突变、核苷酸组成、基因长度和基因表达水平都会影响到基因组的密码子使用偏好性．Wolbachia基因组的几个特征和动物线粒体基因组具有较高的相似性，而且现在已有报道说明它们有共同的起源，但仍需进一步验证．

关键词： Wolbaehia pipientis wMel 密码子使用对应分析关联突变

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口蹄疫病毒O型与A型编码基因的密码子使用

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中国人兽共患病学报 2010年第5期26卷 442-446页

作者：周建华刘永生陈豪泰马丽娜张杰中国农业科学院兰州兽医研究所家畜疫病病原生物学国家重点实验室农业部畜禽病毒学重点实验室国家口蹄疫参考实验室兰州730046

对于54个编码口蹄疫病毒O型和A型多聚蛋白质编码序列密码子使用的方差分析表明,这两种血清型多聚蛋白质的密码子(GCC、GCG、AGA、CGG、GGC、GGU、CAC、CAU、AUA、AUU、CUG、CCC、AGC、UCU、ACA、ACC、ACG、ACU)使用偏性有显著区别。然而... 详细信息

对于54个编码口蹄疫病毒O型和A型多聚蛋白质编码序列密码子使用的方差分析表明,这两种血清型多聚蛋白质的密码子(GCC、GCG、AGA、CGG、GGC、GGU、CAC、CAU、AUA、AUU、CUG、CCC、AGC、UCU、ACA、ACC、ACG、ACU)使用偏性有显著区别。然而,通过对氨基酸使用偏性的分析,我们只是找出Ala、Arg、Leu、Phe、Ser在O和A型多聚蛋白质中的使用偏性有显著差异。由此我们发现,密码子的使用偏性比氨基酸使用偏性能提供更多的信息。通过对A型和O型的密码子使用整体性分析,两者密码子使用偏性的相似性可能与tRNA丰度相关的。这些密码子使用偏性的内在联系表明口蹄疫病毒A型和O型的基因组变异所涉及到同义密码子的选择上可能存在着某种选择机制。

关键词：口蹄疫病毒密码子使用密码子相对使用概率氨基酸使用相对概率方差分析

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木兰科叶绿体基因组的密码子使用特征分析

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中国农业科技导报 2020年第11期22卷 52-62页

作者：季凯凯宋希强陈春国李革谢尚潜海南大学热带特色林木花卉遗传与种质创新教育部重点实验室海南省热带特色花木资源生物学重点实验室海口570228 大卫集团大卫(海南)股份发展有限公司海口570228

木兰科植物是具有重要经济、药用和观赏等价值的原始被子植物,密码子是基因编码区蛋白翻译的核心元件,分析基因组编码区密码子的使用特征,对基因功能和系统进化研究具有重要意义。目前木兰科植物已有29个物种的叶绿体基因组被成功解析... 详细信息

木兰科植物是具有重要经济、药用和观赏等价值的原始被子植物,密码子是基因编码区蛋白翻译的核心元件,分析基因组编码区密码子的使用特征,对基因功能和系统进化研究具有重要意义。目前木兰科植物已有29个物种的叶绿体基因组被成功解析和注释。收集已有的木兰科植物叶绿体基因组,系统解析叶绿体基因组编码区的密码子使用特征,并阐释了木兰科植物间的亲缘进化关系。结果表明,29种木兰科植物的叶绿体基因组编码区的同义密码子和最优密码子使用偏好相同,均以A/U结尾,自然选择是叶绿体编码区密码子偏好形成的主要原因。此外,基于29种木兰科植物叶绿体基因组、CDS序列以及密码子偏好特征RSCU值分别构建了系统进化树,分析发现,基于密码子偏好特征的物种间进化关系明显不同于前两者,而叶绿体基因组和CDS序列构建的进化关系更接近物种的真实分类,该结果也进一步支持了位点突变特征和非编码区序列在生物体的进化过程中往往具有重要的作用。

关键词：木兰科叶绿体基因组密码子使用系统进化树

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大花香水月季叶绿体基因组密码子使用偏性分析

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西北林学院学报 2018年第3期33卷 123-130页

作者：牛元徐琼王嵛德代立兰庄健赵亚兰兰州市农业科技研究推广中心甘肃兰州730010

以大花香水月季叶绿体基因组为研究对象,利用codonW等软件,通过分析大花香水月季叶绿体基因组54个基因密码子的使用偏性,探讨影响密码子偏好性形成的主要因素。结果表明:1)中性绘图分析显示GC3与GC12的相关系数为0.141,不显著相关,说明... 详细信息

以大花香水月季叶绿体基因组为研究对象,利用codonW等软件,通过分析大花香水月季叶绿体基因组54个基因密码子的使用偏性,探讨影响密码子偏好性形成的主要因素。结果表明:1)中性绘图分析显示GC3与GC12的相关系数为0.141,不显著相关,说明密码子第1、2位与第3位碱基组成变异无明显关联。2)ENC绘图分析显示,期望值曲线下方分布了大部分基因,偏性较强,而仅少量基因沿曲线分布或在曲线附近,偏性较弱。3)基于RSCU的对应性分析表明,第1轴能够解释基因总变异的10.35%,第1轴与CAI、CBI呈负显著相关。4)PR2-plot分析显示,密码子第3位碱基的使用存在偏性,嘧啶比嘌呤使用更为频繁。5)最终确定了TTT、CTT和TCA等13个最优密码子,且均以A或T结尾。综上所述,大花香水月季叶绿体基因组密码子的使用受突变影响较弱,更多地受到如选择压力等其他因素的影响。

关键词：大花香水月季叶绿体基因组 GC含量密码子使用最优密码子

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人类1号染色体可变剪接与普通剪接基因同义密码子的使用分析 Ⅱ.基因表达水平和基因长度与密码子使用偏爱(英文)

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安徽农业大学学报 2004年第1期31卷 6-14页

作者：陈学平武耀廷张成郭家明马飞中国科学技术大学经济技术学院合肥230052 中国热带农业科学院热带作物生物技术国家重点实验室海口571101 合肥市植保站合肥230031 厦门大学生命科学学院厦门361005

进一步研究基因表达水平和基因长度与密码子使用偏爱之间的关系。多变量统计分析发现,人类1号染色体选择性剪接基因和普通剪接基因密码子使用变化都呈现单一趋势,且它们之间的密码子使用模式也非常相似,推测的高表达基因确实偏爱以C或G... 详细信息

进一步研究基因表达水平和基因长度与密码子使用偏爱之间的关系。多变量统计分析发现,人类1号染色体选择性剪接基因和普通剪接基因密码子使用变化都呈现单一趋势,且它们之间的密码子使用模式也非常相似,推测的高表达基因确实偏爱以C或G结尾的密码子,基因表达水平与密码子使用偏爱之间的关联也达到显著水平。因此,人类1号染色体高表达基因密码子的使用偏爱可能主要被翻译选择所决定。此外,基因长度与密码子偏爱水平之间也存在高度相关,说明相对较短的基因具有较高的密码子使用偏爱,翻译选择可能缩短了高表达基因的长度从而提高翻译效率。

关键词：人类 1号染色体可变剪接普通剪接基因表达基因长度翻译选择密码子使用偏爱模式

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文心兰叶绿体基因组密码子使用的相关分析

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广东农业科学 2012年第10期39卷 61-65页

作者：李冬梅吕复兵朱根发操君喜孙映波刘海林王真广东省农科院花卉研究所/广东省园林花卉种质创新与利用重点实验室广东广州510640

通过对文心兰叶绿体基因组全序列密码子的研究,利用Mobyle在线软件分析了文心兰叶绿体42个基因密码子的使用模式。结果表明,文心兰叶绿体基因组密码子GC3含量为28.59%,明显低于GC1和GC2含量,说明密码子第3位富含AT。GC1与GC2极显著相关(... 详细信息

通过对文心兰叶绿体基因组全序列密码子的研究,利用Mobyle在线软件分析了文心兰叶绿体42个基因密码子的使用模式。结果表明,文心兰叶绿体基因组密码子GC3含量为28.59%,明显低于GC1和GC2含量,说明密码子第3位富含AT。GC1与GC2极显著相关(r=0.572**),GC3与GC1(r=-0.051)和GC2(r=-0.08)均未达到显著水平。对应性分析表明第一向量轴上基因的位置坐标与该基因的表达水平(CAI)极显著负相关(r=-0.556**),与GC3和ENC的相关系数分别为0.025和0.281,均未达到显著水平;GC含量与ENC、CAI以及第一向量轴上基因位置坐标的相关系数分别为0.228、0.381*和-0.354*。将高表达优越密码子分析法和高频密码子分析法相结合,确定了17个为文心兰叶绿体基因组的最优密码子。

关键词：文心兰叶绿体基因组密码子使用对应分析 GC含量最优密码子

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两种超嗜热菌基因组中同义密码子使用的分析

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华侨大学学报（自然科学版） 2006年第2期27卷 193-196页

作者：张光亚葛慧华方柏山华侨大学材料科学与工程学院福建泉州362021

对两种超嗜热菌敏捷气热菌(Aeropyrum pernix)和风产液菌(Aqui fex aeolicus)的密码子使用进行分析．相对密码子使用值(RSCU)的计算表明,它们在密码子使用上具有一定的相似性,但也有不同的使用模式,导致这一现象的机制可能存在差异．密... 详细信息

对两种超嗜热菌敏捷气热菌(Aeropyrum pernix)和风产液菌(Aqui fex aeolicus)的密码子使用进行分析．相对密码子使用值(RSCU)的计算表明,它们在密码子使用上具有一定的相似性,但也有不同的使用模式,导致这一现象的机制可能存在差异．密码子RSCU值对应分析表明,两种菌中高表达基因均具有相对较高的GC含量,但基因表达水平对密码子使用偏好的影响程度却不一样．在***中,它是造成整个基因组密码子使用偏好的最主要因素,而在***中却不是．

关键词：敏捷气热菌风产液菌密码子使用表达水平对应分析

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汉滩病毒密码子使用偏好的全基因组分析及其对宿主和天然库的适应性

汉滩病毒密码子使用偏好的全基因组分析及其对宿主和天然库的适应...

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作者： Galal Ata 西北农林科技大学

学位级别：硕士

汉滩病毒(Hantaan virus,HTNV)是一种新兴的人畜共患病,会引起肾综合征出血热(HFRS):在俄罗斯远东地区、中国和韩国流行。目前人们对汉滩病毒(HTNV)分子进化动力的理解尚不透彻,病毒-宿主相互作用在其进化中的作用仍然有待回答。密码子... 详细信息

汉滩病毒(Hantaan virus,HTNV)是一种新兴的人畜共患病,会引起肾综合征出血热(HFRS):在俄罗斯远东地区、中国和韩国流行。目前人们对汉滩病毒(HTNV)分子进化动力的理解尚不透彻,病毒-宿主相互作用在其进化中的作用仍然有待回答。密码子使用是病毒基因组进化的一个重要指标;因此,为了通过大量密码子使用指标来解释病毒分子进化的过程及其对多种宿主和环境的适应,我们使用了95株HTNV毒株进行了详细的系统发育相关的密码子使用分析。我们发现突变偏好和自然选择都会影响HTNV的密码子选择偏好,但宿主和自然宿主库所诱导的自然选择是其模式和进化的决定因素.通过对HTNV株系的系统发育分析我们将其分为三个不同的分支:韩国、俄罗斯和中国分支。有效密码子数(ENC)分析表明HTNV基因组中的密码子使用略有偏好(ENC,47.52)。核苷酸组成和相对同义密码子使用(RSCU)分析显示HTNV对A/U核苷酸和A/U末端密码子有明显的偏好,表明突变偏好性对HTNV的密码子使用模式有潜在影响。通过ENC-plot图、Parity Rule 2图(PR2)和中性做图分析,我们可以得到突变压力和自然选择共同影响了HTNV密码子使用模式的结论;然而,自然选择是影响其密码子使用偏好的主导因素。密码子适应指数(CAI)、相对密码子去优化指数(RCDI)和相似性指数(Si D)的分析揭示了在形成HTNV密码子选择偏好性的过程中来自宿主(人类)和自然宿主(条纹田鼠、中国白腹鼠)的巨大选择压力。在基因组水平上三个HTNV分支的毒株的密码子使用模式和分子进化过程没有观察到显著差异。但是,个体基因组片段的进化是具有分支特异性的.我们相信我们的研究结果将有助于更好更深入地了解HTNV的分子进化过程,为未来的相关基础研究和减毒活疫苗的设计提供帮助。此外,我们的结果也为汉坦病毒属(Orthohantavirus)尤其是HTNV病毒,在进化中病毒-宿主相互作用的功能提供了额外的证据.

关键词：突变压力自然选择密码子使用进化汉滩病毒

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疾病基因密码子使用特征分析及致病基因预测

疾病基因密码子使用特征分析及致病基因预测

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作者：周权雄华中科技大学

学位级别：硕士

定位候选策略是目前发现疾病基因的主要方法,其关键问题之一是如何对采用连锁分析等方法定位的疾病区间中数以百计的候选基因进行致病风险评估。有效解决这一问题对于缩短疾病基因发现周期、减少花费等都具有重要意义。越来越多的疾病... 详细信息

定位候选策略是目前发现疾病基因的主要方法,其关键问题之一是如何对采用连锁分析等方法定位的疾病区间中数以百计的候选基因进行致病风险评估。有效解决这一问题对于缩短疾病基因发现周期、减少花费等都具有重要意义。越来越多的疾病基因被发现,使得采用计算机方法从已知疾病基因中获取知识以帮助发现未知疾病基因成为可能。但是,目前基于表达信息、基因功能以及疾病基因统计特征的三种方法都不能很好地解决这一问题。因为基于表达信息和基因功能的方法的效果严重依赖于表达与功能信息的完整性与准确性,而目前基于疾病基因序列特征的方法仅仅考虑所有疾病基因和正常基因的序列特征在统计水平的差异,没有对不同的疾病区别对待。为了更好地解决这一问题,发现不同疾病的致病基因所特有的序列特征是一种新的途径。密码子使用特征因为其蕴涵的丰富的生物学意义而被选作本研究重点挖掘的特征。一种新的方法被用来提取疾病基因中密码子的使用特征,结果发现导致同一种疾病的致病基因的密码子使用常常表现出疾病特异性,即同种疾病的致病基因之间密码子使用非常相似,而与其他基因则存在显著差别。基于这种疾病特异的密码子使用特征,设计了一种新的预测疾病基因的方法。对46种已知疾病基因个数不小于3、显著性P值小于0.1的疾病的致病基因进行leave-one-out交叉验证的结果表明,该方法能够从数以百计的候选基因中把15%的疾病基因预测为最高优先级,约1/3的疾病基因位于前3,2/3的疾病基因位于前15。该方法的显著特点在于其只需要知道候选基因的编码序列,因而可以对任何一个候选基因进行分析,无论其功能与表达信息是否已知,而且该方法针对疾病进行特征挖掘,其预测结果更具有针对性,假阳性结果更少。在此基础上,结合新基因预测技术、功能预测技术和疾病基因预测技术设计了一个发现特定疾病相关新基因的分析系统,并以心血管疾病为例进行了大规模的分析,取得了一批有参考价值的结果,可通过http://***访问。

关键词：生物信息学特征发现密码子使用疾病基因预测

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