检索结果-内蒙古大学图书馆

应用与环境生物学报 2020年第1期26卷 135-143页

作者：王晓赵春丽彭丽云赖钟雄刘生财福建农林大学园艺植物生物工程研究所福州350002

为了解苋菜AmCRY1基因密码子的使用偏好性、与其他物种CRY1基因的同源关系及异源表达受体,利用CodonW与EMBOSS程序及Excel 2017、SPSS 24、Origin 2018等软件,分析苋菜与其他物种中的CRY1基因的密码子使用特性,比较苋菜AmCRY1基因与模... 详细信息

为了解苋菜AmCRY1基因密码子的使用偏好性、与其他物种CRY1基因的同源关系及异源表达受体,利用CodonW与EMBOSS程序及Excel 2017、SPSS 24、Origin 2018等软件,分析苋菜与其他物种中的CRY1基因的密码子使用特性,比较苋菜AmCRY1基因与模式生物的密码子使用频率.结果表明:苋菜AmCRY1基因的密码子的有效密码子数(ENc)值为54.42,GC含量和GC3含量均低于50%,这表明苋菜AmCRY1偏好使用以A/T结尾的密码子,且在其编码区序列中A+T含量大于G+C;苋菜AmCRY1基因中,偏好性较强的密码子有29个(RSCU>1),偏好性最强的有1个(RSCU>2),其中以A/T结尾的密码子有22个,这表明苋菜AmCRY1基因的密码子偏好以A/T结尾,一些氨基酸对密码子的使用具有较强的偏好性;苋菜AmCRY1基因的密码子在ENc绘图中的基因位点更接近期望曲线,说明在进化过程中苋菜AmCRY1基因的密码子偏好性受突变压力的影响较大;苋菜AmCRY1基因的密码子使用偏好性参数与石竹目物种相近,同源关系较近物种密码子使用偏好性具有相似性;从密码子使用频率上分析得出,酵母菌表达系统更适合苋菜AmCRY1的异源表达,模式植物拟南芥、烟草、番茄均可作为苋菜AmCRY1基因的遗传转化受体,同苋菜代谢途径相似的甜菜也可以作为苋菜AmCRY1基因的瞬时表达受体.本研究表明苋菜AmCRY1密码子偏好以A/T结尾且受突变压力影响,结果可为进一步的功能研究尤其是异源表达验证提供参考.

关键词：苋菜 AmCRY1基因密码子使用模式

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芍药花色调控基因的密码子使用模式及其影响因素分析

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中国农业科学 2016年第12期49卷 2368-2378页

作者：吴彦庆赵大球陶俊扬州大学园艺与植物保护学院/江苏省作物遗传生理重点实验室

【目的】芍药花色的优劣影响其观赏价值和商业价值,研究芍药花色调控基因的密码子使用偏好性和密码子使用模式的影响因素,为芍药花色调控基因在m RNA翻译、转基因设计、新基因表达与功能预测以及分子生物进化研究提供参考。【方法】根... 详细信息

【目的】芍药花色的优劣影响其观赏价值和商业价值,研究芍药花色调控基因的密码子使用偏好性和密码子使用模式的影响因素,为芍药花色调控基因在m RNA翻译、转基因设计、新基因表达与功能预测以及分子生物进化研究提供参考。【方法】根据前期芍药花色嵌合体品种‘金辉’转录组测序筛选的6 345个芍药花色调控基因,并根据CDS序列特征和大于300 bp原则进行过滤后最终获得的2 234个基因序列作为研究对象,利用Mobyle软件计算GC含量、第1与2位密码子的平均GC含量(GC12)、第3位密码子的GC含量(GC3s)、有效密码子数ENC、密码子适应指数CAI、相对同义密码子使用度RSCU等密码子偏性指标,其次进行中性绘图(GC12 ***3)、ENC-GC3s绘图以及PR2(Parity Rule 2)绘图分析,并运用多元统计分析方法探讨突变压力和选择作用对密码子使用模式的影响程度,最后以5%CAI值作为高、低表达样本组,计算这两个样本组的同义密码子相对使用度,利用卡方检验Chi-square test分析两组之间的显著性差异来确定最优密码子。【结果】芍药花色相关基因的密码子GC3s含量为46.37%,大部分基因GC含量主要分布在30%—55%;中性绘图分析表明GC3s与GC12呈极显著的正相关(R2=0.202,P<0.01);ENC-GC3s绘图表明大部分基因分布在标准曲线周围,也有一部分基因分布在标准曲线下方较远的位置,同时大部分基因(ENCexp-ENCobs)/ENCexp比值集中分布在0.0—0.4;PR2绘图分析显示密码子第三位T的使用频率高于A,C使用频率高于G,表明嘌呤(A和G)与嘧啶(T和C)的使用频率并不均衡;对应性分析COA(Correspondence Analysis)表明,第一轴上显示了38.09%的差异,其他3个轴分别为18.42%、15.09%、14.59%,表明芍药花色调控基因的密码子使用模式评价以第一轴(Axis 1)为主;突变压力和选择作用分析发现,第一主轴与GC3s、CAI的相关系数均达到极显著正相关(R2=0.736,P<0.01;R2=0.286,P<0.01);利用△RSCU和卡方显著性检验的方法,确定了21个为芍药花色调控相关基因的最优密码子,其中18个以G或C结尾,仅CGU、GGU等2个密码子以U结尾。【结论】芍药花色调控基因的最优密码子多数以G/C结尾,并且密码子使用模式主要受到碱基差异(R2=0.736)和基因表达水平(R2=0.286)共同作用的影响,其中碱基差异占主导因素。本研究了解了芍药花色调控基因的密码子使用模式情况,为通过密码子改造开展芍药花色遗传改良以及分子进化研究提供了一定的理论依据。

关键词：芍药花色调控基因密码子使用模式影响因素

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桃基因密码子使用模式及其偏好性分析

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分子植物育种 2021年第3期19卷 799-807页

作者：李若愚张小丹马昕怡郭瑞颜少宾金光周平福建省农业科学院果树研究所福州350013 福建农林大学农学院福州350002 福建农林大学生命科学学院福州350002 伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校美国厄巴纳IL61801

为深入研究桃密码子使用特征,本研究基于桃(Prunus persica)基因组26873个注释基因编码序列的GC含量特征、有效密码子数(ENC)和同义密码子相对使用频率(RSCU)等参数的计算,统计分析了桃基因组密码子的偏好性及其密码子使用模式。分析结... 详细信息

为深入研究桃密码子使用特征,本研究基于桃(Prunus persica)基因组26873个注释基因编码序列的GC含量特征、有效密码子数(ENC)和同义密码子相对使用频率(RSCU)等参数的计算,统计分析了桃基因组密码子的偏好性及其密码子使用模式。分析结果表明桃密码子使用具有偏好性,61个密码子中存在4个密码子TCA,ACA,GCA,GAA为桃最优密码子,它们均以A结尾。进一步统计桃与其它9种近缘蔷薇科植物的密码子使用频率,发现近缘种属的密码子使用规律具有一定相似性。研究同时发现桃基因组tRNA基因拷贝数与氨基酸及特定密码子的出现频率呈正相关。这些结果揭示了桃基因组密码子的使用模式,为相关密码子使用机制研究及基因工程改良提供了重要的参考。

关键词：桃(Prunus persica) 密码子使用模式密码子使用偏好性

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昆虫共生菌沃尔巴克氏体(Wolbachia)的wsp基因密码子使用模式分析

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蚕业科学 2012年第1期38卷 109-115页

作者：李苗苗谌苗苗姜义仁石生林刘彦群秦利沈阳农业大学生物科学技术学院辽宁省昆虫资源工程技术研究中心沈阳110866

沃尔巴克氏体(Wolbachia)主要感染昆虫等节肢动物,是一类革兰阴性共生细菌。为探讨昆虫纲共生菌Wolbachia的系统发育,研究Wolbachia基因组中进化速度较快的外膜蛋白基因wsp的密码子使用模式及影响因素,统计分析该基因的GC含量(GCall、GC... 详细信息

沃尔巴克氏体(Wolbachia)主要感染昆虫等节肢动物,是一类革兰阴性共生细菌。为探讨昆虫纲共生菌Wolbachia的系统发育,研究Wolbachia基因组中进化速度较快的外膜蛋白基因wsp的密码子使用模式及影响因素,统计分析该基因的GC含量(GCall、GC1、GC2、GC3、GC3s)、有效密码子数(ENc)、相对同义密码子使用度(RSCU)等指标。结果显示:昆虫纲共生菌Wolbachia的wsp基因密码子偏好性均不强,昆虫纲不同目间共生菌Wolbachia的wsp基因碱基组成及ENc值差异较小;多数基因数据点沿标准曲线或在其附近分布,突变对碱基组成的影响较弱;18种由多个密码子编码的氨基酸中有11种氨基酸的偏好性密码子在昆虫纲7个目及对照蛛形纲1个目间均相同,有2种氨基酸的偏好性密码子在7个目间相同,这些密码子均以A/U结尾;供分析的140个wsp基因中仅编码6个半胱氨酸(Cys);对应分析中第1、第2向量轴贡献率均不高,分别为13.53%和12.49%,均与碱基组成(GC1、GC2、GC3)显著相关。综合各项分析认为,Wolbachia的wsp基因密码子偏好性不具有宿主分类特异性,密码子使用模式主要受碱基组成影响,而碱基组成主要受选择影响。

关键词：昆虫共生细菌沃尔巴克氏体外膜蛋白基因碱基组成密码子使用模式

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杆状病毒与昆虫和沙雷氏菌间的几丁质酶基因密码子使用模式分析

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蚕业科学 2018年第2期44卷 264-269页

作者：石生林张莹周敬林刘彦群秦利沈阳农业大学生物科学技术学院辽宁省昆虫资源工程技术研究中心

为阐明杆状病毒几丁质酶基因（v-Chi A）密码子使用在病毒基因组进化的基因水平转移中发生的适应性变化,比较分析了杆状病毒v-Chi A与昆虫几丁质酶基因（Chi-h）、沙雷氏菌几丁质酶基因（Chi A）以及杆状病毒以lef-8、lef-9和polh/gran... 详细信息

为阐明杆状病毒几丁质酶基因（v-Chi A）密码子使用在病毒基因组进化的基因水平转移中发生的适应性变化,比较分析了杆状病毒v-Chi A与昆虫几丁质酶基因（Chi-h）、沙雷氏菌几丁质酶基因（Chi A）以及杆状病毒以lef-8、lef-9和polh/gran基因为代表的基因组（表示为lef8-lef9-pg）的密码子使用模式。结果表明,杆状病毒v-Chi A与昆虫Chi-h的GC含量、GC3s含量、有效密码子数（ENc）及与沙雷氏菌Chi A的GC含量均无统计学差异（P〉0.05）;与杆状病毒lef8-lef9-pg的GC含量、GC3s含量、ENc值以及沙雷氏菌Chi A的GC3s含量、ENc值均有统计学差异（P〈0.05）。杆状病毒v-Chi A与lef8-lef9-pg、昆虫Chi-h和沙雷氏菌Chi A的同义密码子使用均高度相似（相似性系数分别为0.992、0.870、0.862）。选择与突变共同影响杆状病毒v-Chi A和lef8-lef9-pg的密码子使用,而昆虫Chi-h和沙雷氏菌Chi A的密码子使用完全由选择所影响。综上所述,杆状病毒v-Chi A的碱基组成及密码子偏好性与昆虫Chi-h相似,与lef8-lef9-pg不同;密码子使用的影响因素与lef8-lef9-pg相似,与昆虫Chi-h和沙雷氏菌Chi A不同。上述结果从密码子使用角度证实了杆状病毒v-Chi A来源于昆虫Chi-h的水平转移。

关键词：杆状病毒几丁质酶基因基因水平转移密码子使用模式

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蓖麻蚕核型多角体病毒和柞蚕核型多角体病毒的密码子使用模式分析

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蚕业科学 2017年第1期43卷 77-83页

作者：石生林张莹王国宝王勇刘彦群杨瑞生秦利沈阳农业大学生物科学技术学院辽宁省昆虫资源工程技术研究中心沈阳110866

蓖麻蚕核型多角体病毒(Phcy NPV)是柞蚕核型多角体病毒(Anpe NPV)的变种,不能感染柞蚕。通过病毒基因组GC含量、GC3s含量、有效密码子数、相对同义密码子使用度、密码子偏好参数的计算及ENc-plot分析、中性绘图分析、对应分析等,比较Phc... 详细信息

蓖麻蚕核型多角体病毒(Phcy NPV)是柞蚕核型多角体病毒(Anpe NPV)的变种,不能感染柞蚕。通过病毒基因组GC含量、GC3s含量、有效密码子数、相对同义密码子使用度、密码子偏好参数的计算及ENc-plot分析、中性绘图分析、对应分析等,比较Phcy NPV和Anpe NPV的密码子使用模式。Phcy NPV、Anpe NPV分别只有1个和4个ORF的密码子偏好性较强。与Anpe NPV比较,Phcy NPV少数ORF的GC含量、GC3s含量、有效密码子数量和密码子偏好参数变化较大,但2种病毒ORF组间的GC含量、GC3s含量、有效密码子数和密码子偏好参数均无统计学差异(P=0.135、P=0.189、P=0.192、P=0.200)。2种病毒ORF组间,由同义密码子编码的18种氨基酸的密码子使用均无统计学差异(P>0.05),鉴定的17种偏好性密码子也均相同。GC碱基组成是影响2种病毒ORF组密码子使用模式的主要因素,而自然选择对GC碱基组成的影响大于突变压力,但2种病毒间自然选择的影响程度无统计学差异(P=0.770)。Phcy NPV在适应新宿主蓖麻蚕的进化过程中密码子使用模式变化较小,尚不能通过密码子使用模式分析解释杆状病毒在不同宿主间的交叉感染机制。

关键词：蓖麻蚕核型多角体病毒柞蚕核型多角体病毒密码子偏好性密码子使用模式适应性

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真核藻类基于rbcL基因的系统发育与密码子使用模式研究

真核藻类基于rbcL基因的系统发育与密码子使用模式研究

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作者：李国灵四川农业大学

学位级别：硕士

藻类植物具有重要的食用、药用、农业利用和工业利用等经济价值。随着分子生物学的发展,我们可以在分子水平上去分析它们在分类、系统发育上的意义。Rubisco酶是叶绿体基质中的主要可溶性蛋白,它包含8个相同的大亚基和8个相同的小亚基,... 详细信息

藻类植物具有重要的食用、药用、农业利用和工业利用等经济价值。随着分子生物学的发展,我们可以在分子水平上去分析它们在分类、系统发育上的意义。Rubisco酶是叶绿体基质中的主要可溶性蛋白,它包含8个相同的大亚基和8个相同的小亚基,其催化位点主要位于大亚基上,而编码该大亚基的基因则是rbcL基因。本研究从NCBI数据库选用绿藻门、红藻门、硅藻门、裸藻门、褐藻门、隐藻门和甲藻门的rbcL基因建立系统进化树,以探究它们之间的亲缘关系,同时对七种藻类rbcL基因进行生物信息学分析,最后对七种藻类的rbcL基因进行密码子偏爱性分析,以探究它们的密码子使用模式。本文主要研究结果如下:1.通过邻接法对7个藻门类群的184条rbcL基因序列构建系统发育树,绿藻门藻类与裸藻门藻类聚为了一支,支持率达到了100%,红藻门藻类与隐藻门藻类聚为了一支,支持率达到80%,褐藻门藻类与硅藻门藻类虽然聚为了一支,但支持率仅有有56%,而甲藻门却成为硅藻门内部的一支,支持率达到了97%。2.通过对七种藻类rbcL基因编码的蛋白质进行理化性质、疏水性与亲水性、磷酸化位点和二级结构预测,这些氨基酸的亲水性平均系数的最高值和最低值差异性较小,表明它们的疏水性与亲水性十分稳定。此外,红藻、硅藻、褐藻、隐藻和甲藻的rbcL基因编码的氨基酸的亲水性平均系数最高值均为序列第271位上的异亮氨酸,表明该位点具有极强的疏水性。七种藻类的rbcL基因编码的蛋白的不稳定系数均小于40,推测这些蛋白都为稳定蛋白;而且它们的亲水性平均系数系数均为负值,说明它们都具有亲水性,这为rbcL基因编码蛋白发挥自身的生物学功能提供了基础。不同藻类rbcL基因编码蛋白的磷酸化位点数量上存在有一定差异,但在磷酸化位点种类和分布上都具有相似的特点,可能与藻类rbcL基因维持其独特的生物学功能有关。藻类rbcL基因编码蛋白的二级结构主要以α螺旋和β折叠为主,说明这些蛋白的结构较为稳定。3通过中性绘图分析、ENC绘图分析、PR2-plot分析、对应性分析和最优密码子分析方法对7种藻门类群的266条rbcL基因序列进行密码子使用模式分析。七个藻门类群的rbcL基因的GC含量均低于AT含量,同时呈现出GC1大于GC2大于GC3的规律。中性绘图分析中,绝大多数藻类的rbcL基因都分布在回归曲线左上方。这说明影响藻类rbcL基因密码子偏爱性形成的因素主要是自然选择,而突变压力的对其的影响强度较弱。ENC绘图分析中,大部分藻类rbcL基因分布在回归曲线下方较远的地方,呈离散分布,表明除了突变压力存在其他影响密码子偏爱性因素,如基因表达水平、基因长度的自然选择等。PR2-Plot分析中,绝大多数藻类rbcL基因表现出密码子第三位碱基A的使用频率大致等于密码子第三位碱基T的趋势,表明突变压力与自然选择都会影响藻类rbcL基因密码子偏爱性的形成。通过对应性分析,确定了多组有着相似分布规律的藻类rbcL基因,这为藻类的系统分类学提供了重要的数据基础。但隐藻门和甲藻门rbcL基因未呈现出明显的分布规律。在七种藻门类群的密码子的分布具有相似的规律性,以A碱基或T碱基结尾的密码子相比于以G碱基或C碱基结尾的密码子更靠近Axis1,表明突变压力仍然会影响藻类rbcL基因密码子偏爱性。通过最优密码子分析,确定了七种藻门类群的rbcL基因的最优密码子,它们均偏向于以A碱基或T碱基结尾。

关键词：藻类系统发育 rbcL基因密码子使用模式

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脑心肌炎病毒多聚蛋白编码区起始与终止区的密码子使用模式

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安徽农业科学 2013年第22期41卷 9202-9204页

作者：张瑜张峰王树瑜孙晓林甘肃农业大学动物医学院甘肃兰州730070 中牧实业股份有限公司兰州生物药厂甘肃兰州730046

文中利用特定区域密码子使用偏嗜性对数公式分析了脑心肌炎病毒(Encephalomyocarditis virus,EMCV)多聚蛋白编码基因的翻译起始区域与翻译终止区域的密码子使用模式。结果表明,EMCV多聚蛋白编码区内翻译起始序列区的同义密码子使用偏嗜... 详细信息

文中利用特定区域密码子使用偏嗜性对数公式分析了脑心肌炎病毒(Encephalomyocarditis virus,EMCV)多聚蛋白编码基因的翻译起始区域与翻译终止区域的密码子使用模式。结果表明,EMCV多聚蛋白编码区内翻译起始序列区的同义密码子使用偏嗜性的正负偏差总体是平衡的,但几种在整体多聚蛋白质编码区域内使用为负偏嗜的稀有密码子却倾向于出现于编码起始区和终止区。这一有趣的现象,可利用"稀有密码子调控假说"来解释为EMCV开放阅读框两端的稀有密码子偏好性使用对整体阅读框的表达具有负调控作用。该研究说明"稀有密码子调控假说"不仅适用于细菌,而且也适用于一些RNA病毒基因组。

关键词：脑心肌炎病毒翻译起始区翻译终致区密码子使用模式

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芸香科多物种密码子使用模式分析方法和系统

芸香科多物种密码子使用模式分析方法和系统

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作者：万晓华申泽南张法张金智甘志猛 100080 北京市海淀区中关村科学院南路6号

本发明涉及一种芸香科多物种的密码子使用模式分析方法，包括：通过芸香科的多个物种的基因数据，获取每个该物种的密码子序列；提取该密码子序列的第一特征值，以该第一特征值的关系验证该多个物种的进化关系；提取该密码子序列的第二... 详细信息

标准号: CN110400604B

本发明涉及一种芸香科多物种的密码子使用模式分析方法，包括：通过芸香科的多个物种的基因数据，获取每个该物种的密码子序列；提取该密码子序列的第一特征值，以该第一特征值的关系验证该多个物种的进化关系；提取该密码子序列的第二特征值，以该第二特征值绘制特征关系图，以验证该多个物种的进化保守性程度；提取该密码子序列中的高频密码子/密码子对，以该高频密码子/密码子对的关系验证该多个物种的进化保守性相关度；将该密码子序列的密码子RSCU值与植物物种的密码子RSCU值进行聚类，以聚类结果验证该多个物种的所属纲目；获取该密码子序列GC3含量之间的欧式距离，以验证该多个物种的亲缘关系。

关键词：密码子序列物种密码子高频密码子进化保守性关系验证芸香科验证密码子使用模式特征关系图基因数据进化关系聚类结果欧式距离亲缘关系植物物种相关度聚类绘制分析

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芸香科多物种密码子使用模式分析方法和系统

芸香科多物种密码子使用模式分析方法和系统

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作者：万晓华申泽南张法张金智甘志猛 100080 北京市海淀区中关村科学院南路6号

标准号: CN110400604A

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