检索结果-内蒙古大学图书馆

生物化学与生物物理进展 2007年第10期34卷 1101-1106页

作者：刘华贵王小花刘玉方赵兴波李宁吴常信中国农业大学农业生物技术国家重点实验室农业部动物遗传育种重点实验室动物科技学院北京100094 北京市农林科学院畜牧兽医研究所

通过鸡催乳素基因编码区基因扫描,发现3个SNP位点,分别是外显子2的C1607T、外显子5的C5749T和T5821C,3个SNP均没有改变氨基酸的编码.同时发现不同的单倍型间存在不同的密码子使用频率.对5个鸡群共370只鸡进行SSCP的基因型检测,共发现7... 详细信息

通过鸡催乳素基因编码区基因扫描,发现3个SNP位点,分别是外显子2的C1607T、外显子5的C5749T和T5821C,3个SNP均没有改变氨基酸的编码.同时发现不同的单倍型间存在不同的密码子使用频率.对5个鸡群共370只鸡进行SSCP的基因型检测,共发现7种单倍型,结合44周龄产蛋量分析,发现不同单倍型的平均产蛋量存在显著性差异.结合密码子使用频率分析,发现使用高频密码子的单倍型个体产蛋量相对高.通过酶联免疫方法检测催乳素表达量,结果显示,使用高频密码子的个体,激素水平较高,其中使用2个高频密码子的单倍型个体和使用1.5个密码子的单倍型个体之间存在极显著差异.研究结果表明,密码子使用频率与产蛋量在一定的范围内呈现正相关趋势.

关键词：鸡催乳素基因密码子使用频率酶联免疫检测产蛋量

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牛乳蛋白的遗传密码子使用频率分析

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中国兽医学报 2011年第2期31卷 267-271页

作者：刘晶于浩杨润军鲍永华李俊雅戴蕴平赵志辉吉林大学畜牧兽医学院吉林长春130062 中国农业大学生物学院北京100094 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所北京100094

研究牛乳蛋白不同氨基酸的密码子使用频率对利用乳腺生物反应器表达目标蛋白过程中密码子的优化具有重要意义。本试验运用ENBOSS的CHIPS和SMS中的密码子使用工具对7种牛乳蛋白编码的基因进行了分析,并将这7个编码序列拼接在一起进行了... 详细信息

研究牛乳蛋白不同氨基酸的密码子使用频率对利用乳腺生物反应器表达目标蛋白过程中密码子的优化具有重要意义。本试验运用ENBOSS的CHIPS和SMS中的密码子使用工具对7种牛乳蛋白编码的基因进行了分析,并将这7个编码序列拼接在一起进行了乳蛋白全基因组的密码子偏爱性研究,同时与绵羊、猪及小鼠的乳蛋白密码子偏爱性进行了比较。结果表明:牛乳蛋白的CHIPS分析Nc值为51.867,αs1-CN、αs2-CN、-βCN、-κCN、α-LB、-βLG、LTF的Nc值分别为52.005、49.967、48.746、58.113、55.514、36.274、47.646,编码牛乳蛋白氨基酸的密码子出现频率较均一;牛乳蛋白V、A、R、I、T、L、Q、P等氨基酸的密码子使用频率与其他物种有较大差异。牛乳蛋白的密码子偏爱性与绵羊最为接近。

关键词：牛乳蛋白密码子使用频率蛋白编码序列的密码子异质性密码子偏爱性

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密码子使用频率影响产蛋性状:鸡催乳素基因三个SNP位点的研究

密码子使用频率影响产蛋性状:鸡催乳素基因三个SNP位点的研究

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第十次全国畜禽遗传标记研讨会

作者：王小花刘华贵刘玉方赵兴波李宁吴常信中国农业大学农业生物技术国家重点实验室中国农业大学农业生物技术国家重点实验室中国农业大学农业生物技术国家重点实验室中国农业大学农业生物技术国家重点实验室中国农业大学农业生物技术国家重点实验室中国农业大学农业生物技术国家重点实验室

通过对鸡催乳素基因编码区DNA序列分析,发现3个SNP。在五个鸡群中进行SSCP共发现7种单倍型,不同的单倍型有不同的密码子使用频率。结合44周龄产蛋量性状,发现不同单倍型的平均产蛋量存在显著差异。结合密码子使月频率分析,发现高频密码... 详细信息

通过对鸡催乳素基因编码区DNA序列分析,发现3个SNP。在五个鸡群中进行SSCP共发现7种单倍型,不同的单倍型有不同的密码子使用频率。结合44周龄产蛋量性状,发现不同单倍型的平均产蛋量存在显著差异。结合密码子使月频率分析,发现高频密码子的单倍型其产蛋量也相对高。ELISA 检测结果也证实高频密码子个数越多的单倍型其激素水平越高。实验结果表明PRL基因密码子的使用频率是影响鸡产蛋量的重要因素。

关键词：鸡 PRL基因 SNP 密码子使用频率产蛋量

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竹类植物与水稻等其它禾本科作物的系统进化关系及基因序列组成的比较

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林业科学研究 2006年第2期19卷 165-169页

作者：樊龙江郭兴益马乃训浙江大学作物科学研究所/生物信息学研究所浙江杭州310029 中国林业科学研究院亚热带林业研究所浙江富阳311400

利用8个全长mRNA基因序列比较了竹类植物和水稻等禾本科作物的系统进化和序列组成等。结果表明,在与水稻、玉米和麦类作物的比较中,竹类植物与水稻有着最近的亲缘关系和更相似的基因序列特征(GC含量分布和密码子使用频率),它们甚至比水... 详细信息

利用8个全长mRNA基因序列比较了竹类植物和水稻等禾本科作物的系统进化和序列组成等。结果表明,在与水稻、玉米和麦类作物的比较中,竹类植物与水稻有着最近的亲缘关系和更相似的基因序列特征(GC含量分布和密码子使用频率),它们甚至比水稻与玉米或水稻与麦类之间的亲缘关系更近。这一结果提示,水稻作为禾本科植物的模式物种,应与竹类植物存在良好的基因组共线性关系,水稻基因组序列信息对竹类植物基因组研究与分析具有重要参考价值。

关键词：竹类植物水稻系统进化 GC含量密码子使用频率

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长心卡帕藻(Kappaphycus alvarezii)表达序列标记分析

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海洋与湖沼 2011年第6期42卷 804-810页

作者：刘晨临黄晓航刘建国国家海洋局第一海洋研究所海洋生态研究中心青岛266061 中国科学院海洋研究所青岛266071

分别采用BlastX和Blast2go软件对453条非冗余的长心卡帕藻EST序列进行匹配分析和GO注释。结果表明,有281条序列与蛋白数据库中序列匹配,有132条序列被归属为3个子本体:分子功能、生物学过程和细胞组成。同时筛选到24个与逆境适应相关的... 详细信息

分别采用BlastX和Blast2go软件对453条非冗余的长心卡帕藻EST序列进行匹配分析和GO注释。结果表明,有281条序列与蛋白数据库中序列匹配,有132条序列被归属为3个子本体:分子功能、生物学过程和细胞组成。同时筛选到24个与逆境适应相关的基因,包括应对胁迫反应和抗氧化反应的基因。采用GCUA软件,进行长心卡帕藻基因密码子偏倚性的研究。结果表明其密码子偏倚性与其它红藻差别较大,平均G+C含量和密码子的第三位的G+C含量均较其它藻类偏低。上述工作为进一步研究长心卡帕藻基因及其功能奠定了基础。

关键词：长心卡帕藻表达序列标记分析抗逆基因密码子使用频率

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圆红冬孢酵母的密码子用法分析

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菌物学报 2018年第11期37卷 1454-1465页

作者：张琦焦翔刘香健张月张素芳赵宗保中国科学院大连化学物理研究所辽宁大连116023 中国科学院大学北京100049

运用CodonW等软件,分析了圆红冬孢酵母Rhodosporidium toruloides基因组中191个蛋白质编码基因的密码子使用模式,包括密码子3个位置上的GC含量、有效密码子数和密码子使用频率。圆红冬孢酵母有效密码子数ENc值为38.9,密码子GC含量为63%... 详细信息

运用CodonW等软件,分析了圆红冬孢酵母Rhodosporidium toruloides基因组中191个蛋白质编码基因的密码子使用模式,包括密码子3个位置上的GC含量、有效密码子数和密码子使用频率。圆红冬孢酵母有效密码子数ENc值为38.9,密码子GC含量为63%,密码子第三位GC含量为78.3%,且偏好使用G或C结尾的密码子,确定了圆红冬孢酵母R. toruloides的21个高表达优越密码子。研究发现,圆红冬孢酵母与毕赤酵母、酿酒酵母、大肠杆菌和拟南芥在密码子使用频率上有较大差异,而与解脂耶氏酵母和果蝇差异相对较小。研究结果对提高外源基因在圆红冬孢酵母中表达效率及相关代谢工程和合成生物学研究有一定意义。

关键词：密码子偏好性高表达优越密码子密码子使用频率相对同义密码子使用度有效密码子数

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对虾白斑杆状病毒基因中的小顺反子及其表达

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海洋学报 2001年第1期23卷 73-78页

作者：章晓波徐洵杨丰中国科学技术大学生命科学学院安徽合肥230026 国家海洋局第三海洋研究所海洋生物工程重点实验室福建厦门361005

通过对虾白斑杆状病毒ＤＮＡ文库和ｃＤＮＡ文库的碱基序列测定和分析，发现对虾白斑杆状病毒的一个开放阅读框的前导序列中含有一个小顺反子，这个小顺反子较多使用对虾基因和白斑杆状病毒基因的稀有密码子．试验表明在该基因的前导... 详细信息

通过对虾白斑杆状病毒ＤＮＡ文库和ｃＤＮＡ文库的碱基序列测定和分析，发现对虾白斑杆状病毒的一个开放阅读框的前导序列中含有一个小顺反子，这个小顺反子较多使用对虾基因和白斑杆状病毒基因的稀有密码子．试验表明在该基因的前导序列中存在或不存在小顺反子时，该基因都可在大肠杆菌中诱导表达，但两者的表达量不同．小顺反子可能对基因的表达具有调控作用．

关键词：对虾白斑杆状病毒小顺反子密码子使用频率基因

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思茅松及云南松转录组密码子偏好性比较分析

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中南林业科技大学学报 2023年第9期43卷 153-163页

作者：原晓龙王毅罗婷李云琴毕玮陈伟李江云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室云南昆明650201 云南省林业和草原科学院国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明650201

【目的】比较思茅松Pinus kesiya ***和云南松***转录组中表达基因的密码子使用模式,为运用基因工程技术改造密码子实现思茅松基因异源表达提供理论依据。【方法】利用CodonW1.4.2软件分析思茅松不同组织和云南松转录组密码子碱基组成,... 详细信息

【目的】比较思茅松Pinus kesiya ***和云南松***转录组中表达基因的密码子使用模式,为运用基因工程技术改造密码子实现思茅松基因异源表达提供理论依据。【方法】利用CodonW1.4.2软件分析思茅松不同组织和云南松转录组密码子碱基组成,同时统计和计算其他相关参数,推断其最优密码子并将其与其他物种的密码子使用频率进行比较。【结果】在云南松和思茅松根转录组密码子的碱基组成方面,云南松为GC12(0.50)>GC3s(0.47),思茅松根为GC12(0.51)>GC3s(0.32);在思茅松不同组织转录组的碱基组成方面,高产脂树皮为GC12(0.49)>GC3s(0.45),低产脂树皮为GC12(0.50)>GC3s(0.41),说明云南松和思茅松不同组织转录组的密码子在第3位上均偏好以AU结尾;它们的CAI值相较于被子植物均较低,这些均说明云南松和思茅松不同组织转录组密码子的偏好性均较弱;且其中性绘图分析和ENC-plot分析说明它们的使用模式均主要受到选择压力的影响;最优密码子分析显示云南松和思茅松根的最优密码子差异较小。通过对思茅松、拟南芥、构巢曲霉、酵母、毛果杨和云南松的密码子使用频率进行比较,发现思茅松与云南松转录组的密码子偏好性极为相似,与构巢曲霉和拟南芥的相对接近,说明构巢曲霉真核表达系统更适合思茅松基因的异源表达。【结论】思茅松和云南松转录组编码序列的密码子使用偏性以选择影响为主,是多种因素共同作用的结果,构巢曲霉是思茅松基因异源表达的最佳表达受体。该结论为今后开展思茅松转基因育种、特定基因的异源表达和生物合成中提高外源基因表达效率提供理论基础和参考依据。

关键词：思茅松云南松转录组密码子使用模式密码子偏好性密码子使用频率

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基于Cytb基因序列探讨蝽亚科11种昆虫的系统发育关系

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昆虫知识 2005年第4期42卷 395-399页

作者：代金霞郑哲民宁夏大学生命科学学院银川750021 陕西师范大学生命科学学院西安710062

对蝽亚科6属11种昆虫线粒体DNA细胞色素b基因部分序列进行PCR扩增和序列测定,比较其同源性,统计密码子使用频率并应用生物学软件构建分子系统树。在获得的432bp序列中,碱基T,C,A和G的平均含量分别是38.1,18.2,31.9和11.8%,表现出强烈的A... 详细信息

对蝽亚科6属11种昆虫线粒体DNA细胞色素b基因部分序列进行PCR扩增和序列测定,比较其同源性,统计密码子使用频率并应用生物学软件构建分子系统树。在获得的432bp序列中,碱基T,C,A和G的平均含量分别是38.1,18.2,31.9和11.8%,表现出强烈的AT偏向性;就每个氨基酸密码子来看,第3位点的A+T含量较高,达到85.5%。该序列片段中共有162个核甘酸位点发生变异(约占37.5%),种间序列差异范围为0.9%～19.4%,平均为16.6%,变异较大。以筛豆龟蝽Megacoptacribraria为外群,通过多种方法构建的系统发育树拓扑结构一致,这6属11种昆虫大致形成4个分支:珀蝽属、碧蝽属、菜蝽属3属的关系最接近,形成一个分支;真蝽属的3种聚为1支,与第1支形成姊妹群;曼蝽属的2种形成1支;麻皮蝽位于系统树的基部,为分化较早的1支,是蝽亚科中较为原始的类群。

关键词：蝽亚科细胞色素b基因序列系统发育关系 b基因序列昆虫密码子使用频率 Cyt 分子系统树线粒体DNA

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人骨形成蛋白2A、3和1在大肠杆菌中的表达及其表达产物诱骨活性的研究

人骨形成蛋白2A、3和1在大肠杆菌中的表达及其表达产物诱骨活性的...

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作者：张英起第四军医大学

学位级别：博士

由外伤、肿瘤、炎症和先天性发育障碍等原因造成的骨缺损很难进行自身修复，因此，寻找理想的骨修复材料一直是国内外学者致力研究的重要课题。早在十九世纪末期，Senn等就报导了脱矿骨可作为防腐剂的释放系统用于修复骨腔缺损。本世纪6... 详细信息

由外伤、肿瘤、炎症和先天性发育障碍等原因造成的骨缺损很难进行自身修复，因此，寻找理想的骨修复材料一直是国内外学者致力研究的重要课题。早在十九世纪末期，Senn等就报导了脱矿骨可作为防腐剂的释放系统用于修复骨腔缺损。本世纪60年代初期，Urist等发现控制脱矿温度、时间及盐酸浓度可制备出具有稳定诱骨活性的脱矿骨。Urist等认为，脱矿骨之所以有诱骨活性主要是因为在其中含有一种诱导骨形成的蛋白质，此蛋白质被命名为骨形成蛋白(Bone morphogenetic protein，简称BMP)，此后，Urist等应用一系列的纯化手段从牛、人、兔、猪骨基质、牙齿及骨肉瘤等组织中纯化出了具有诱骨活性的蛋白质，即BMP。现认为，BMP是一类在体内具有诱骨活性的蛋白质，它可使未分化的问充质细胞分化成熟为软骨及骨

关键词：大肠杆菌骨形成蛋白骨基质蛋白骨肉瘤细胞酶切缓冲液氨基酸序列分析前体蛋白分子量标准成熟蛋白骨组织形态学释放系统密码子使用频率限制性酶切位点大肠杆菌表达系统骨缺损区

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