检索结果-内蒙古大学图书馆

包头医学院学报 2025年第4期41卷 16-22页

作者：刘艳云唐晓伟汪洋曹明刚周爱民张娟安徽中医药高等专科学校安徽芜湖241002 安徽中医药大学第一附属医院

目的:通过生物信息学方法获得阿尔茨海默病(AD)的差异基因,预测治疗AD的潜在中药、成分及靶点。方法:从GEO数据库下载AD的基因芯片数据GSE129055,筛选数据集中的差异表达基因并对差异表达的mRNA进行基因本体功能(GO)及京都基因和基因组... 详细信息

目的:通过生物信息学方法获得阿尔茨海默病(AD)的差异基因,预测治疗AD的潜在中药、成分及靶点。方法:从GEO数据库下载AD的基因芯片数据GSE129055,筛选数据集中的差异表达基因并对差异表达的mRNA进行基因本体功能(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析;通过TargetScan数据库预测miRNA的靶基因并构建miRNA-mRNA网络;将miRNA-mRNA网络中Degree值前50%的mRNA导入Coremine Medical平台筛选潜在治疗中药;TCMSP平台筛选潜在中药作用于差异表达mRNA的成分和靶点,二者结合构建中药治疗AD的药物-成分-mRNA-miRNA共表达网络并进行分子对接验证。结果:在GSE129055数据集中共筛选出178个差异表达mRNA,96个差异表达miRNA;通过筛选发现作用于差异表达mRNA的常用中药有人参、丹参、黄芩、冬虫夏草、五味子等,关键活性成分为左旋山槐素和β-谷甾醇,关键靶点为μ阿片受体基因(OPRM1)和5-羟色胺受体亚基3A阳性抑制性神经元(HTR3A),关键miRNA为miR-9-3p和miR-3607-3p;分子对接结果显示,关键活性成分能够分别与关键靶点结合并展现出较好的亲和力。结论:AD大鼠海马组织多种基因差异性表达,同时中药治疗AD具有多成分、多靶点的特点,可以通过影响神经肽、生物胺及减轻神经炎症等发挥神经保护作用。

关键词：阿尔茨海默病 GEO 差异基因分析中药预测

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呕吐毒素致HK2细胞氧化应激的作用机制

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现代食品科技 2025年第1期41卷 8-16页

作者：焦禄张百刚李苏冰李阳付炳钢兰州理工大学生命科学与工程学院甘肃兰州730050

该文探究了呕吐毒素(Deoxynivalenol,DON)对人肾小管上皮细胞(Humankideny-2,HK2)氧化应激的作用机制。通过MTT法测定DON的细胞毒性,Western blotting检测细胞凋亡蛋白Bax、Bcl-2、Caspase-2、Caspase-3、Caspase-6、Caspase-8和Caspase-9的表达水平。利用转录组测序技术(RNA-seq)研究了DON染毒24 h诱导的HK2细胞基因组表达情况,并进行差异表达基因GO与KEGG富集分析。结果表明,DON使HK2细胞LDH、MDA和ROS水平上升,SOD和GSH等抗氧化指标下降;IL-6、IL-1β和TNF-α等炎症指标升高。Bax和caspase蛋白表达上调,Bcl-2蛋白表达下调。转录组测序表明,40μmol/L DON诱导的差异表达基因共有5962个,其中上调表达的基因有2813个,下调表达的基因有3149个。综上所述,蛋白水平与基因谱表达趋势一致,DON对HK2细胞具有毒性作用,诱导HK2细胞氧化应激,通过Caspase、MAPK和PI3K-Akt等信号通路影响肾功能与代谢,为DON肾毒性作用和相关机制的调控提供理论依据。

关键词：呕吐毒素氧化胁迫炎症反应细胞凋亡差异基因分析

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牛X、Y精子转录组测序分析及差异基因特征研究

牛X、Y精子转录组测序分析及差异基因特征研究

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作者：李楠塔里木大学

学位级别：硕士

牛X精子和Y精子存在差异表达基因。高纯度的X精子和Y精子是进行差异表达基因研究的绝佳材料。高通量测序技术作为革命性的测序技术,广泛的应用在转录组分析上。通常研究基因表达量采用荧光定量PCR技术,但基因表达量超出荧光定量PCR的灵... 详细信息

牛X精子和Y精子存在差异表达基因。高纯度的X精子和Y精子是进行差异表达基因研究的绝佳材料。高通量测序技术作为革命性的测序技术,广泛的应用在转录组分析上。通常研究基因表达量采用荧光定量PCR技术,但基因表达量超出荧光定量PCR的灵敏度时,荧光定量PCR的验证效果不如荧光原位杂交技术（FISH）,后者作为新兴的热点技术,在基因表达量更低时,也可进行分析。为了进一步探究牛X、Y精子在m RNA水平上的差异,本研究通过对牛流式分选100%纯度的X精子和Y精子进行RNA提取,转录组测序及分析,筛选牛X、Y精子差异表达基因;利用荧光实时定量PCR及荧光原位杂交技术分析筛选到候选基因的特征,并进行生物信息学分析。主要研究内容如下:1.采用三种方法（方法一:试剂盒法、方法二:TRIzol与RNA亲和层析柱法、方法三:添加1%β-巯基乙醇的TRIzol与RNA亲和层析柱法）提取牛性控冻精RNA并对比其提取效果。结果显示:方法一与方法三提取牛性控冻精RNA总RNA量（364.20±8.46ng、377.50±2.65ng）无显著差异（P值为0.095365）,但均显著低于（P值分别为0.000032、0.000096）方法二提取牛性控冻精RNA总RNA量（439.00±10.54ng）,三种方法得到的RNA的OD260/280值均符合后续转录组测序的实验要求（1.8～2.0）,无基因组DNA的污染。2.选用流式分选后100%纯度的X精子和Y精子为试验材料,利用Illumina Hi Seq Xten平台进行高通量测序,并进行基因差异表达分析、GO功能和KEGG通路分析。结果显示:转录组测序得到的原始数据质量合格。筛选出X精子表达基因1408个,Y精子表达基因2297个,其中X精子特异表达基因864个,Y精子特异表达基因1753个,共同表达基因544个。通过富集分析,发现X精子特异表达基因大部分聚集在代谢条目,如核酸代谢,RNA代谢、细胞大分子降解、蛋白代谢、细胞大分子降解等,Y精子特异表达基因大多与能量代谢、精子活力和精子异常有关。通过GO和KEGG分析差异基因及后续试验要求,分析出X精子特异表达基因ADGRA3、ITGA6、BMPR1A、TM2D1、RUVBL2、TDP2等6个及Y精子特异表达基因CD63、PHB1、EPHA1、ZNF394、MARCKSL1等5个。3.对RUVBL2基因、EPHA1基因进行qPCR、FISH,并进行生物信息学分析,结果显示:（1）在荧光显微镜下可见标本背景清晰,精子头部成蓝色,边界清楚,X精子89.5%（n=600）有荧光信号,Y精子9.67%（n=600）有荧光信号,常规精子49.5%（n=600）有荧光信号。实验证明了所选取RUVBL2基因序列为X精子携带。RUVBL2基因CDs区长1392bp,编码463个氨基酸。经过预测,RUVBL2蛋白为稳定的疏水酸性蛋白,无跨膜域和信号肽,荷斯坦牛RUVBL2基因与杂交牛RUVBL2基因相似度最高,其次是普通牛,符合生物进化的规律。（2）在荧光显微镜下可见标本背景清晰,精子头部成蓝色,边界清楚,常规精子98.17%（n=600）有荧光信号,X精子96.17%（n=600）有荧光信号,Y精子97.33%（n=600）有荧光信号。实验证明了所选取EPHA1基因序列X、Y精子均携带。综上,TRIzol与RNA亲和层析柱法相结合提取牛性控冻精RNA效果最好。转录组测序结果显示X精子与Y精子的主要差异基因集中能量代谢上。转录组测序分析得到的RUVBL2基因仅在X精子中表达,而EPHA1基因在X、Y精子中均表达。

关键词：精子RNA 转录组分析荧光原位杂交差异基因分析

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CLP脓毒血症模型肝组织损伤芯片中差异基因及潜在通路分析

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激光生物学报 2020年第3期29卷 208-216页

作者：王永祥张子建刘如石熊力刘锴黄云鹏阳杨陈丹文宇中南大学湘雅二医院普外科长沙410011 湖南师范大学医学院长沙410006 珠海市人民医院急诊科珠海519000

本文主要对大鼠、小鼠盲肠结扎穿刺术(CLP)脓毒血症模型进行分析,从模式动物角度发现潜在的脓毒血症相关基因,为脓毒血症诊疗提供理论依据。从NCBI-Gene Expression Omnibus数据库下载原始微阵列数据集,然后纳入盲肠结扎穿刺术脓毒血症... 详细信息

本文主要对大鼠、小鼠盲肠结扎穿刺术(CLP)脓毒血症模型进行分析,从模式动物角度发现潜在的脓毒血症相关基因,为脓毒血症诊疗提供理论依据。从NCBI-Gene Expression Omnibus数据库下载原始微阵列数据集,然后纳入盲肠结扎穿刺术脓毒血症及假手术组模型数据。运用生物信息学方法将数据标准化处理后,筛选差异基因进行富集分析和通路分析,并构建蛋白质相互作用关系网络,筛选出具有重要生理调节功能的核心蛋白质和关键候选基因。通过大鼠盲肠穿刺脓毒血症诱导后肝组织的差异基因表达芯片筛选,共获得350个能上调1.5倍及以上的差异基因,1337个能下调2倍及以上的差异基因;通过小鼠盲肠穿刺脓毒血症诱导后肝组织的差异基因表达芯片筛选,获得3532个上调1.5倍及以上的差异基因,4020个下调1.5倍及以上的差异基因;对上述芯片结果的差异基因取交集,得到29个共同上调表达1.5倍以上的差异基因和84个共同下调表达1.5倍以上的差异基因。利用String数据库对上述基因进行蛋白质-蛋白质的相互作用(PPI)网络分析,并利用David数据库从生物过程(BP)、分子功能(MF)、细胞组分(CC)和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路4个角度进行基因功能分析,发现共有10条通路与脓毒血症肝组织关系密切,其中最主要的通路为丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)通路,其次,缺氧诱导因子1(HIF-1)、叉形头转录因子的O亚型(FoxO)、乙型肝炎、血小板激活及胆汁分泌等通路调控也与脓毒血症相关。本研究为进一步探讨脓毒血症相关病理生理机制及诊疗方法提供了理论基础。

关键词：脓毒血症差异基因分析盲肠结扎穿刺术模型 MAPK通路

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不同年龄人骨髓间充质干细胞成骨能力及差异基因表达谱研究

不同年龄人骨髓间充质干细胞成骨能力及差异基因表达谱研究

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作者：胡美林天津医科大学

学位级别：硕士

目的:本研究旨在检测随年龄增长,人骨髓间充质干细胞成骨能力的改变以及细胞衰老程度;通过基因芯片技术检测不同年龄组人骨髓间充质干细胞差异基因表达情况,为骨髓间充质干细胞作为种子细胞在组织工程临床转化过程中提供理论依据。方法... 详细信息

目的:本研究旨在检测随年龄增长,人骨髓间充质干细胞成骨能力的改变以及细胞衰老程度;通过基因芯片技术检测不同年龄组人骨髓间充质干细胞差异基因表达情况,为骨髓间充质干细胞作为种子细胞在组织工程临床转化过程中提供理论依据。方法:1.不同年龄组人骨髓间充质干细胞(BMSC)收集、培养、鉴定按照年龄分为:胎儿组(fetal-BMSC,20周-24周,n=6),青年组(young/adult-BMSC,16岁-30岁,n=6),老年组(old-BMSC,>60岁,n=6),根据此年龄分组收集,分离获得细胞。流式细胞术检测间充质干细胞表面标志物。对分离所得细胞进行成骨、成脂诱导分化及茜素红、油红O染色。2.检测不同年龄组人骨髓间充质干细胞成骨分化能力培养不同年龄组骨髓间充质干细胞,进行成骨诱导分化2周,通过茜素红染色鉴定间充质干细胞成骨分化能力的变化,用Real-time PCR检测成骨相关基因表达水平变化。3.不同年龄组人骨髓间充质干细胞衰老程度的比较通过细胞衰老β-半乳糖苷酶染色检测不同年龄组人骨髓间充质干细胞衰老程度。通过Real-time PCR检测衰老相关基因P21、P16表达变化。通过流式细胞术检测各年龄组人骨髓间充质干细胞细胞周期情况。4.不同年龄组人骨髓间充质干细胞差异基因表达情况按照以上年龄分组,分别制备基因芯片样本,保存于-80℃,测序及生物信息分析。结果:1.流式细胞术检测细胞表面的标记分子结果显示CD90、CD44表达阳性,CD45、CD19表达阴性。成骨、成脂诱导分化2周后,茜素红染色阳性及油红O染色阳性。2.培养不同年龄组骨髓间充质干细胞,成骨诱导分化2周,茜素红染色定量结果显示胎儿组(fetal-BMSC)钙结节含量明显高于青年组(young-BMSC)与老年组(old-BMSC),老年组钙结节含量最低,具有统计学差异且P﹤0.01。Real-time PCR结果显示随年龄增加,成骨相关基因RUNX2、COL1A1和ALP表达呈递减趋势,具有统计学差异且P﹤0.01。3.光学显微镜下观察到变成蓝色的表达β-半乳糖苷酶的细胞数随着年龄增加而增加。Real-time PCR检测显示随着年龄增加,衰老相关标志基因P21、P16在老年组中表达明显高于青年组和胎儿组,胎儿组表达量最低,具有统计学差异且P﹤0.01。流式细胞术结果显示随着年龄增加,处在G1期的人骨髓间充质干细胞数目增加,具有统计学差异且P﹤0.01。4.筛选两两之间差异倍数≥2.0且P值≤0.05基因,结果显示:老年组与胎儿组相比上调的基因有601个,下调基因508个;青年组与胎儿组相比表达上调基因与下调基因分别为577个、550个;而老年组与青年组相比表达上调基因仅15个,下调基因仅7个。对三组之间共同的差异表达基因进行趋势分析,差异倍数≥1.2且P值≤0.05的基因共28个,其中3个随年龄增长表达增加;青年组、老年组与胎儿组相比表达下降,但老年组与青年组相比表达增加的基因为9个;随年龄增长表达下降的基因共16个;28个基因中有5个基因差异倍数≥2且P值≤0.05,分别为TACSTD2、PRKCQ-AS1、WFDC21P、NAP1L2、COL4A5。结论:1.分离所得细胞为人骨髓间充质干细胞。胎儿组成骨能力优于其他年龄组。2.随着年龄增加,人骨髓间充质干细胞衰老程度增加。3.青年组、老年组与胎儿组相比基因表达差异较大,青年组与老年组差异较小。三组差异表达基因趋势分析,差异倍数大于等于1.2且具有显著性的基因共28个,其中差异倍数大于等于2的基因有5个。

关键词：骨髓间充质干细胞成骨分化衰老差异基因分析表观遗传

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基于堆叠集成学习算法的前列腺癌预测及差异基因研究

基于堆叠集成学习算法的前列腺癌预测及差异基因研究

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作者：周升超中南民族大学

学位级别：硕士

前列腺癌是男性常见的恶性肿瘤之一,但早期诊断困难,导致治疗效果不佳。现有的利用RNA-seq数据进行的机器学习方面的研究在癌症的分类上取得了一定的进展,但仍然存在一些问题。前列腺癌RNA-seq基因表达数据集的样本量较小,缺失值多,正... 详细信息

前列腺癌是男性常见的恶性肿瘤之一,但早期诊断困难,导致治疗效果不佳。现有的利用RNA-seq数据进行的机器学习方面的研究在癌症的分类上取得了一定的进展,但仍然存在一些问题。前列腺癌RNA-seq基因表达数据集的样本量较小,缺失值多,正负样本比例差距大,预测模型单一且容易过拟合。为了解决这些问题,构建了一种基于神经网络的堆叠集成深度神经网络算法模型,利用前列腺癌RNA-seq基因表达数据,用于前列腺癌的正常样本和癌症样本的二分类,实现前列腺癌的早期诊断。针对RNA-seq数据维度高的问题,构建了基于注意力池化的堆叠自编码器框架,该框架用于特征选择,降低数据维度,连接模型分类,提高模型的预测性能。实验内容,使用的前列腺癌RNA-seq基因表达数据来自TCGA数据库的前列腺癌数据集,其中癌症样本数目为498,正常样本数目为52,基因数目为20531。为提高模型的性能,在进行训练之前,对数据集进行清洗,删除缺失值过多的基因。通过R语言进行limma差异基因表达分析,筛选得到上调基因657个,下调基因1749个。经过预处理之后的数据用于分类模型。通过python语言构建的堆叠集成算法模型以五个深度神经网络作为基学习器,一个神经网络作为元学习器。构建的模型和目前癌症预测研究中常用的机器学习算法进行比较,其中包括朴素贝叶斯算法、极端梯度增强算法和随机森林算法。在堆叠集成深度神经网络的基础上,构建基于注意力池化的堆叠自编码器框架,稀疏自编码器连接注意力池化层,注意力池化层连接全连接神经网络,输出连接分类模型。实验与两种基因降维研究中常用的过滤式特征选择方法进行比较,分别是卡方检验和互信息法,根据其它研究特征选择维度为200。评价指标有准确率、精确率、召回率、F1＿score和ROC曲线下面积。最后针对前列腺癌RNA-seq数据进行差异基因分析、GO分析、KEGG分析和加权基因共表达网络分析。实验结果分析,构建的基于神经网络的堆叠集成算法模型与其它机器学习算法模型相比,在准确率、精确率、F1＿score和ROC曲线下面积均有所提升,分类准确率可以达到98.8%,ROC曲线下面积达到96.3%,模型的分类性能得到了大幅度的提高。基于注意力池化的堆叠自编码器框架连接堆叠集成深度神经网络后的五项评价指标平均值提升了2.34%。前列腺癌关键基因分析,筛选得到152个关键基因,关键基因主要参与了细胞分裂、染色体分离、有丝分裂细胞周期、细胞增殖、姐妹染色单体分离、有丝分裂核分裂、细胞器分裂和细胞周期过程。主要分布在细胞体、染色体、着丝粒区、微管和浓缩染色体。实验结果表明,本文提出的方法具有较高的分类准确率和稳定性,能够有效地对前列腺癌进行早期诊断,为前列腺癌的早期诊断提供一种新的方法和思路,对于提高前列腺癌的治疗效果和预后具有重要的临床意义。

关键词： RNA-seq数据前列腺癌诊断堆叠集成算法堆叠自编码器差异基因分析

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蓖麻矮杆茎杆差异表达基因的cDNA-AFLP分析

蓖麻矮杆茎杆差异表达基因的cDNA-AFLP分析

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作者：王文跃内蒙古民族大学

学位级别：硕士

我国蓖麻种植面积及产量均居世界前列。目前的蓖麻的品种普遍植株较高,不仅造成营养成分的大量浪费,且由于株高较高、成熟期不统一等原因导致不易于机械化收割。本研究通过现代生物技术手段筛选与调控蓖麻株高、叶型及产量相关的基因,... 详细信息

我国蓖麻种植面积及产量均居世界前列。目前的蓖麻的品种普遍植株较高,不仅造成营养成分的大量浪费,且由于株高较高、成熟期不统一等原因导致不易于机械化收割。本研究通过现代生物技术手段筛选与调控蓖麻株高、叶型及产量相关的基因,以期为培育出节间较短、茎体粗壮而长度适中、高产的蓖麻矮化良种奠定基础。 cDNA-AFLP技术结合了RT-PCR和AFLP两项技术的优点,很好的应用于分析差异表达基因、优势机理、功能标记分析、基因表达特性等多项研究之中。本研究以蓖麻BC2F2代矮杆和父本茎秆为试材,采用cDNA-AFLP技术分析始花期茎秆的差异表达基因,并对其进行回收、克隆和序列分析,最后将得到的序列进行生物信息学检索及功能注释。蓖麻矮化相关基因的发掘,为揭示蓖麻矮化的分子机制找到新的突破口。主要研究结果如下： 1.成功建立了蓖麻cDNA-AFLP技术体系。 2.利用所建立的技术体系分析始花期矮化株茎杆的基因表达差异。利用115对引物组合进行了选择性扩增,共得到差异条带458条,通过回收、克隆获得了其中128条目的片段,并对其进行了序列测定。 3.将得到的测序序列与NCBI数据库进行同源性比对及功能检索。结果表明,其中92条基因所表达的蛋白与已知蛋白具有较高的同源性,其余36条基因为未知基因。发现的向源基因所表达蛋白有：调节植物茎伸长蛋白或激素合成；调节细胞生长与分化的转录起始因子；在植物生长发育过程中通过调控基因表达或信号传导而影响细胞生长发育的蛋白；对光刺激、温度刺激及氧化等的应激反应；细胞衰老相关蛋白,生长素水解酶,肌动蛋白等构成的细胞骨架蛋白、运输蛋白等。

关键词：蓖麻矮杆 cDNA-AFLP 差异基因分析

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基于GEO数据库对类风湿关节炎差异表达基因的分析、验证及治疗中药预测

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中医药信息 2023年第4期40卷 21-28页

作者：王修竹王福荣葛玉包宇杰周玲玲冯哲周学平南京中医药大学江苏南京210023 江苏省中药药理学与安全评价重点实验室江苏南京210023

目的:通过生物信息学方法获得类风湿关节炎(RA)的差异基因及所涉及途径,匹配预测治疗RA的潜在中药。方法:从GEO数据库下载类风湿性关节炎的基因芯片数据,确定RA样本中的差异基因、蛋白互作网络,并应用CytoHubba插件鉴定关键基因。对关... 详细信息

目的:通过生物信息学方法获得类风湿关节炎(RA)的差异基因及所涉及途径,匹配预测治疗RA的潜在中药。方法:从GEO数据库下载类风湿性关节炎的基因芯片数据,确定RA样本中的差异基因、蛋白互作网络,并应用CytoHubba插件鉴定关键基因。对关键基因的GO功能和KEGG通路进行分析,阐明关键基因的生物学过程。同时采用RT-qPCR法检测CIA小鼠的脾脏差异基因表达情况对前面分析的结果进行验证。最后利用Coremine Medical数据库预测对关键基因具有显著调控作用的中药。结果:从GEO数据库获得类风湿性关节炎差异表达基因760个,GO和KEGG对其进行分析后获得CD4、CD86、TNF、CD80等核心基因20个。富集分析结果显示,白细胞活化、细胞因子介导、白细胞-细胞黏附、细胞因子活性及细胞黏附等通路对RA的发病至关重要。RT-qPCR实验结果证明,与Control组相比,CIA组小鼠脾脏的CD4、CD80、CD86表达程度升高,TNF-α表达程度降低,CD80表达变化最明显。采用COREMINE预测关键基因和通路,结果显示川牛膝、黄芪、灵芝、车前草、车前子和南星等可能针对CD4、CD86、TNF、CD80靶向治疗RA。结论:本研究明确了类风湿性关节炎的核心基因及基因所富集的通路,探讨了RA主要涉及的生物学过程,并用CIA小鼠验证了核心差异基因,为RA治疗的新靶点选择提供了支撑,预测了针对核心基因的靶向治疗中药,为治疗RA的靶向中药研究提供了依据。

关键词：类风湿性关节炎 GEO 差异基因分析实验验证中药预测

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脊髓损伤后肌肉萎缩基因谱的生物信息学分析

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中国组织工程研究 2019年第27期23卷 4269-4274页

作者：黄晖王广积海南省人民医院骨科

背景:脊髓损伤后常伴随肌肉萎缩的发生,但是它的基本机制仍然不是十分清楚。目的:旨在探讨脊髓损伤后肌肉萎缩的分子生物学机制。方法:分析基因表达数据库中的脊髓损伤后肌肉萎缩的基因谱GSE45550。基因表达谱GSE45550包括对照组(脊髓... 详细信息

背景:脊髓损伤后常伴随肌肉萎缩的发生,但是它的基本机制仍然不是十分清楚。目的:旨在探讨脊髓损伤后肌肉萎缩的分子生物学机制。方法:分析基因表达数据库中的脊髓损伤后肌肉萎缩的基因谱GSE45550。基因表达谱GSE45550包括对照组(脊髓损伤前)、实验组1(脊髓损伤后3 d)、实验组2(脊髓损伤后8 d)、实验组3(脊髓损伤后14 d)。组织为SD大鼠的比目鱼肌,每组6例。随后对4组样本数据进行差异基因分析、GO分析、通路分析。结果与结论:确定了2 513个差异表达基因,其中Wnt16、Obfc1、Ufd1l、LOC100361067、Hhatl、Fxyd1、Psmc4、Tasp1、Mettl21c、Ufd1l差异表达最显著。GO分析显示差异基因的主要生物学过程为biological_process、G蛋白偶联受体信号通路、对药物的反应、DNA依赖性转录、DNA依赖性转录的正调节、氧化还原过程、泛素依赖性蛋白分解代谢过程、凋亡过程、RNA聚合酶转录的正调控及脂肪酸β-氧化。信号通路如MAPK信号、细胞凋亡、柠檬酸循环(TCA循环)可能起到重要的作用。研究比较完整地揭示了脊髓损伤后肌肉萎缩基因谱的差异表达基因和所涉及的生物学过程和信号通路,其中Wnt16可能是脊髓损伤后肌肉萎缩中的关键基因,为未来的治疗进展提供分子靶点。

关键词：脊髓损伤肌肉萎缩通路基因生物学过程差异基因分析 GO分析通路分析

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基于临床生物信息学的白藜芦醇对自闭症谱系障碍的潜在治疗意义

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护理研究 2024年第21期38卷 3768-3778页

作者：吕艳华钟小云王康龙赵宏霞于琦山西医科大学管理学院山西030600

目的:基于临床生物信息学探讨白藜芦醇对自闭症谱系障碍(ASD)的潜在治疗作用。方法:从基因表达综合数据库(GEO)中获取白藜芦醇和ASD的全基因组表达谱数据;分别对白藜芦醇和ASD的全基因组表达谱数据进行差异基因分析、基因本体(GO)富集... 详细信息

目的:基于临床生物信息学探讨白藜芦醇对自闭症谱系障碍(ASD)的潜在治疗作用。方法:从基因表达综合数据库(GEO)中获取白藜芦醇和ASD的全基因组表达谱数据;分别对白藜芦醇和ASD的全基因组表达谱数据进行差异基因分析、基因本体(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析和蛋白质相互作用网络(PPI)分析并筛选核心基因;采用领域知识得分法在中英文数据库中对白藜芦醇具有重要调控作用核心基因的有效性进行文本验证。结果:白藜芦醇组和ASD组分别筛选出294个和256个差异基因(DEGs);白藜芦醇组GO富集的基因主要与神经系统发育、神经发生、突触组织等有关,KEGG通路富集主要与动物线粒体自噬、胆固醇代谢、甲状腺激素合成等有关;ASD组KEGG通路富集主要与丝裂原活化蛋白激酶信号通路、甲状腺激素合成、缩宫素信号通路等有关;白藜芦醇组DEGs的PPI网络分析中共获得11个核心基因,主要与细胞周期、突触发生和突触可塑性、炎症、免疫反应等有关。结论:白藜芦醇具有抑制炎症反应、促进免疫调节、改善氧化应激、调节突触发生和突触生成过程、调节神经递质的释放等功能,对ASD具有潜在的治疗意义。

关键词：白藜芦醇自闭症谱系障碍差异基因分析富集分析蛋白质相互作用网络领域知识得分临床生物信息学

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