检索结果-内蒙古大学图书馆

生命科学研究 2019年第1期23卷 39-45页

作者：赵芳高静刘振羽王永军邬学敏内蒙古农业大学计算机与信息工程学院内蒙古自治区农牧业大数据研究与应用重点实验室中国内蒙古呼和浩特010018

差异性表达分析是转录组研究的核心目标之一,对于揭示基因功能和调控规律具有重要意义。但该分析属于多步迭代且耗时较长的计算密集型过程,软件之间具有复杂的数据依赖关系,输入输出格式不尽相同。传统方式下,软件安装与使用复杂、繁琐... 详细信息

差异性表达分析是转录组研究的核心目标之一,对于揭示基因功能和调控规律具有重要意义。但该分析属于多步迭代且耗时较长的计算密集型过程,软件之间具有复杂的数据依赖关系,输入输出格式不尽相同。传统方式下,软件安装与使用复杂、繁琐的手动操作、分析环境的不易迁移以及无法按需集成都是有待解决的关键问题。针对上述问题,文中首次将云开源项目Docker容器技术应用于生物信息领域,提出一种高效自动化的转录组差异性表达分析方法。首先将最佳实践流程在Docker容器中内置与集成,其次多脚本联动与Web服务相结合,最后形成一个轻量级、易迁移、高效自动化的转录组差异性表达分析"黑匣子"。实验结果表明,与传统方式相比,该方法的分析时间缩短约72%,效率提升2倍多,为研究人员提供了更高效的技术支持。

关键词： Docker容器转录组差异性表达分析最佳实践流程脚本

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

黄胫小车蝗成虫和若虫的miRNA与转录组的研究

黄胫小车蝗成虫和若虫的miRNA与转录组的研究

引用

作者：郭楚南陕西师范大学

学位级别：硕士

黄胫小车蝗Oedaleus infernalis Sauss,隶属于直翅目(Orthoptera),斑翅蝗科(Oedipodidae),小车蝗属(Oedaleus Fieber),广泛分布于全国各地。目前大部分有关直翅目昆虫的研究多集中于外部形态分析、种群遗传多样性、线粒体基因组等方面,... 详细信息

黄胫小车蝗Oedaleus infernalis Sauss,隶属于直翅目(Orthoptera),斑翅蝗科(Oedipodidae),小车蝗属(Oedaleus Fieber),广泛分布于全国各地。目前大部分有关直翅目昆虫的研究多集中于外部形态分析、种群遗传多样性、线粒体基因组等方面,有关于黄胫小车蝗的miRNA和转录组的的研究还是空白。本次研究选取黄胫小车蝗的雄性成虫、雌性成虫和若虫三个样本作为实验材料,分别对这三种样品建立小RNA和转录组测序文库,利用Illumina HiSeqTM 2000测序平台,对黄胫小车蝗的雄性成虫、雌性成虫和若虫进行了niRNA和转录组进行深度测序、功能注释、差异表达基因分析、GO功能分析和KEGG代谢途径分析,对已知miRNA进行鉴定,预测新的miRNA。主要得到如下结果：(1)黄胫小车蝗雄虫测序文库共获得947个miRNA,雌性获得873个,若虫文库获得904个,分别对应3,549,697、32,61,224和3,316,811条序列拷贝数。(2)利用miRDeep软件对三个样品进行新miRNA的预测,得到雄性成虫新miRNA30个、雌性成虫43个、若虫32个。(3)对三个样品进行miRNA差异表达分析,得到雄性成虫和雌性成虫显著差异的miRNA 112个、新miRNA50个,成虫和若虫显著差异的已知miRNA 499个、新miRNA44个。对雄性和雌性的差异表达miRNA进行靶基因预测,得到差异显著的miRNA403个；预测成虫和若虫的差异表达miRNA的靶基因,得到516个靶基因。(4)黄胫小车蝗雄性、雌性成虫和若虫三个样本的转录组测序分别得到54,971,450、52,666,682、53,132,988条纯净序列。利用合并拼接序列策略进行组装,分别得到雄性成虫52,743个Unigene、雌性成虫57,437个Unigene和若虫57,608个Unigene,三个转录组合并后得到黄胫小车蝗51,608个Unigene,序列长度为57,606,410 nt。(5)对得到的51,608个Unigene进行基因功能注释后,共注释了25,061个Unigene,占总数的43.50%,其中注释到Nr数据库的有22,650个,Nt数据库的有12,789个,Swiss-Prot数据库的有18,701个,COG数据库有9,594个。得到GO功能注释信息的有10,839个,注释到KEGG代谢通路中的有16,724个。这些数据为研究黄胫小车蝗的生物学特征和基因表达等提供了重要数据。(6)由三个样品间的基因的表达分析和KEGG代谢通路通分析可以看出,雄性性成虫在细胞膜成分、酶调节等过程中表达的特异性基因比较多。雌性成虫由于繁殖的需要,在新陈代谢、细胞组分中表达的基因较多,而若虫在生长发育过程中表达基因更多。这些基因的生物学功能和主要参与的生化代谢途径和信号传导途径,共有16,724个Unigene参与了258条代谢通路中,这些基因的注释信息为研究黄胫小车蝗的生殖发育、生长代谢、信息传导、神经传递等适应调控机制提供了重要信息。

关键词：黄胫小车蝗 miRNA 转录组差异性表达分析

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

锁阳转录组测序与儿茶素合成途径相关基因的分析

锁阳转录组测序与儿茶素合成途径相关基因的分析

引用

作者：冯晓宇内蒙古大学

学位级别：硕士

药用植物有效成分的代谢积累与基因的调控作用密不可分,通过转录组测序技术对药用植物进行研究,有助于对其次生代谢分子机制的了解及参与调控次生代谢的关键基因的挖掘。锁阳(Cynomorium songaricum Rupr.)是常见的中、蒙药材,但目前其... 详细信息

药用植物有效成分的代谢积累与基因的调控作用密不可分,通过转录组测序技术对药用植物进行研究,有助于对其次生代谢分子机制的了解及参与调控次生代谢的关键基因的挖掘。锁阳(Cynomorium songaricum Rupr.)是常见的中、蒙药材,但目前其基因组和转录组的信息却很匮乏。本研究以锁阳为材料,通过Illumina技术对未出土和出土后这两个时期的花序和茎进行转录组测序,分析儿茶素生物合成途径及相关基因的表达,主要获得以下研究结果：1.测序总计产出28,932,330,420nt数据,经组装分别得到51360、77540、62181、75830和86702条unigene。将所得的unigene比对到NR、NT、Swiss-Prot、 KEGG、COG和GO数据库中,得到unigene的功能注释信息,成功构建了锁阳的转录组文库。2.对unigene进行差异性表达分析,结果显示两个发育阶段锁阳茎中的基因表达量都明显高于花序,出土后锁阳的整体基因表达量较未出土锁阳的高,出土后出现大量高表达的基因可能与其快速生长、开花和结实有关。3.利用高效液相色谱法对各样本中儿茶素含量进行测定,发现未出土锁阳花序含量最高,茎次之；而出土后锁阳花序中含量最低,茎上端和下端的含量较高,但差异性不显著。4.根据转录组信息得到了锁阳儿茶素合成途径,分析发现有11个酶参与该合成途径,共有80个unigene序列注释到该通路中,经筛选后得到了21个相关unigene。5.对筛选得到的基因unigene表达量进行分析,发现基因LAR和DFR表达量的变化规律和儿茶素的成分积累情况相似,因此,我们推断LAR和DFR可能对锁阳儿茶素的合成起着重要的调控作用。

关键词：锁阳转录组测序差异性表达分析儿茶素生物合成途径

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：

通借通还

建议与咨询 留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

请选择保存的检索档案： 新增检索档案 确定 取消

请选择收藏分类： 新增自定义分类 确定 取消

通借通还

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：