检索结果-内蒙古大学图书馆

昆虫学报 2021年第3期64卷 363-373页

作者：杜宇蒋海宾王杰范小雪王秀娜冯睿蓉张文德隆琦熊翠玲郑燕珍陈大福郭睿福建农林大学动物科学学院(蜂学学院) 福州350002 福建农林大学蜂产品加工与应用教育部工程研究中心福州350002 福建农林大学生命科学学院福州350002 福建农林大学福建省病原真菌与真菌毒素重点实验室福州350002

【目的】本研究旨在探究蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis(简称“球囊菌”)菌丝(Aam)和孢子(Aas)中的全长转录本与菌丝生长、孢子萌发以及有性生殖的相关性。【方法】将前期获得的Aam和Aas的Nanopore长读段测序数据中的有效读段与球囊菌参考... 详细信息

【目的】本研究旨在探究蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis(简称“球囊菌”)菌丝(Aam)和孢子(Aas)中的全长转录本与菌丝生长、孢子萌发以及有性生殖的相关性。【方法】将前期获得的Aam和Aas的Nanopore长读段测序数据中的有效读段与球囊菌参考基因组注释的已知转录本进行序列比对,获取全长转录本与已知转录本的对应信息。利用生物信息学方法对Aam和Aas的全长转录本进行差异表达、功能注释以及结构特征分析。【结果】Aam和Aas共有的全长转录本数量为19966条,特有的全长转录本数量分别为1273和2856条。Aas vs Aam比较组含有3230条差异表达转录本(differentially expressed transcripts,DETs),包含3072条上调和158条下调。GO功能注释结果显示,这些DETs涉及代谢进程、细胞、催化活性等GO条目。KEGG注释结果显示,这些DETs注释到内吞作用、MAPK信号通路、糖酵解/糖异生、碳代谢以及氨基酸的生物合成等相关通路。进一步分析发现,部分全长转录本的剪接异构体在Aam和Aas中具有不同的表达量和结构。【结论】本研究发现球囊菌在菌丝和孢子两个不同阶段伴随着转录本表达量和结构的变化,研究结果为深入探究不同剪接异构体在球囊菌的菌丝生长、孢子萌发和有性生殖中的分子功能提供了理论依据和数据基础。

关键词：蜜蜂球囊菌菌丝孢子差异表达转录本全长转录本三代测序

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织锦巴非蛤不同颜色斧足的转录组

引用

水产学报 2022年第9期46卷 1562-1571页

作者：曾庆民赵虹博邓素贞章孝颖刘贤德福建省水产研究所福建省海洋生物增养殖与高值化利用重点实验室集美大学水产学院农业农村部东海海水健康养殖重点实验室

为探索织锦巴非蛤斧足颜色差异的分子机制，以指导高品质织锦巴非蛤的选育工作，实验对织锦巴非蛤橘黄色和浅白色的斧足进行二代和三代转录组测序及差异表达分析。二代测序结果显示，6个样品共产生44.82 Gb clean data,GC含量为35.30%～... 详细信息

为探索织锦巴非蛤斧足颜色差异的分子机制，以指导高品质织锦巴非蛤的选育工作，实验对织锦巴非蛤橘黄色和浅白色的斧足进行二代和三代转录组测序及差异表达分析。二代测序结果显示，6个样品共产生44.82 Gb clean data,GC含量为35.30%～38.21%,Q30碱基百分比均在94.43%以上。三代测序结果显示，橘黄色斧足组和浅白色斧足组分别得到16 968和21 611条高质量转录本，将其与各数据库进行比对，共获得5 058条有注释信息的全长转录本。以三代全长转录本作为参考序列，将二代数据比对回参考序列，鉴定到57个差异表达转录本。其中，橘黄色斧足组相对于浅白色斧足组有34个差异转录本表达量上调，23个差异转录本表达量下调。使用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)对随机挑选的12个差异表达转录本进行验证，其结果与转录组分析结果一致。随后，通过生物信息学分析发现，脂肪酸的生物合成和代谢、肌肉成分、能量代谢等都影响织锦巴非蛤斧足颜色的调控，其中过氧化物酶体增值物激活受体(PPARs)调节着脂肪酸的生物合成和代谢，肌钙蛋白是肌肉的重要组成成分，精氨酸激酶(AK)参与了色素富集过程中的能量供应。研究表明，PPARs、肌钙蛋白和AK在织锦巴非蛤色素富集过程中发挥着重要作用。

关键词：织锦巴非蛤类胡萝卜素斧足转录组测序差异表达转录本

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基于高通量测序技术分析菌根对蒙古扁桃抗旱机制的影响

基于高通量测序技术分析菌根对蒙古扁桃抗旱机制的影响

引用

作者：王琚钢内蒙古农业大学

学位级别：博士

蒙古扁桃广泛分布于蒙古高原南部的荒漠区,具有很高的生态和经济价值。该物种对干旱显示出了极强的耐受力,但有关该物种的抗旱机制,尤其是分子水平的抗旱机制并不清楚。此外,菌根的存在也会显著提高蒙古扁桃的干旱耐受力,那么,在分子水... 详细信息

蒙古扁桃广泛分布于蒙古高原南部的荒漠区,具有很高的生态和经济价值。该物种对干旱显示出了极强的耐受力,但有关该物种的抗旱机制,尤其是分子水平的抗旱机制并不清楚。此外,菌根的存在也会显著提高蒙古扁桃的干旱耐受力,那么,在分子水平上,菌根是如何发挥这种提高作用?我们也不得而知。本研究就是针对以上问题开展了分子水平的研究。在研究中,我们首先对正常供水和干旱胁迫处理的非菌根化蒙古扁桃进行了高通量测序,结合两组非菌根化蒙古扁桃苗木的生长、生理生化指标的变化,系统分析了非菌根化蒙古扁桃抗旱机制；进而又对确定形成菌根的蒙古扁桃,采取相同的水分处理和培养条件,相同时间收获后对两组菌根化苗木进行高通量测序,结合非菌根化苗木的两组测序数据和前期生理生化水平的研究,从分子水平上详细揭示菌根化蒙古扁桃的抗旱机制。研究结果表明：(1)WW和DS文库各获得了28713735和26650133原始Reads,经拼接组装后共获得了67352个转录本,转录本平均长度为874.44 bp。和非胁迫对照相比,干旱胁迫处理蒙古扁桃幼苗中有3365个差异表达转录本,其中1876个(55.75%)上调转录本和1489个(44.25%)下调转录本。(2)尽管干旱胁迫下蒙古扁桃的光合作用是下降的,但蒙古扁桃体内三种激素(ABA、生长素和细胞分裂素)含量的变化导致叶片气孔关闭,细胞伸长和分化受阻,这些变化对蒙古扁桃在戈壁荒漠极端干旱环境中生存是极为有利的。(3)对蒙古扁桃水孔通道蛋白及SOD酶基因家族的表达变化规律分析显示,干旱胁迫下蒙古扁桃的细胞质膜上PIP家族转录本表达下降,但液泡膜上TIP家族部分上调表达,部分下调表达,这些转录本的表达变化受ABA等激素调控,以此在干旱胁迫后期维持着一个较低但相对稳定的叶片水势；干旱胁迫下,蒙古扁桃通过激活体内的Fe-SOD转录本,以及提高Mn-SOD转录本的表达,以此来提高体内总SOD活性,应对ROS带来的细胞损伤。(4)通过对干旱胁迫和正常水分处理的菌根化蒙古扁桃进行NGS测序,以及对此前获得正常水分和干旱胁迫处理非菌根化蒙古扁桃RNA-seq数据重新拼接分析,在四个文库中共获得43641个转录本。在p值阈值为0.001的前提下,MD和MW处理相比,一共有820个DETs,其中738个上调转录本,82个下调转录本；MD和DS相比,一共有3751个DETs,其中2208个上调转录本,1543个下调转录本；MW和WW相比,一共有2315个DETs,其中867个上调转录本,1448个下调转录本。(5)进一步对这些DETs进行KEGG代谢路径富集分析,其结果表明：①干旱胁迫下菌根的形成主要增加了PS Ⅱ系统的稳定性,以维持一个相对较高的光合速率；同时淀粉等大分子有机物合成代谢增强,这是菌根化蒙古扁桃生长增加的原因;另外,菌根的形成提高了蒙古扁桃的C4固定路径相关基因的表达,这是菌根提高蒙古扁桃水分利用效率的原因。②接种摩西球囊霉后,蒙古扁桃体在暗光条件下ABA合成增加,这是菌根化蒙古扁桃体内ABA含量进一步上升的直接原因；另外菌根的形成也促进了生长素、玉米素和油菜素内酯的生物合成,这些激素共同作用于蒙古扁桃,使其更好的应对干旱胁迫。③形成菌根后,蒙古扁桃对N,P主要依靠菌根吸收途径来完成；另外,菌根化蒙古扁桃对N的固定能力增强,同时胺合成的相关代谢也增强。④正常水分下果糖的分解代谢受到抑制,干旱胁迫下除了果糖的分解代谢受到抑制外,山梨糖分解代谢受到抑制,甘露糖的合成增加,这是菌根化蒙古扁桃在干旱胁迫前维持着相对较高可溶性糖含量的原因；菌根的形成抑制了蒙古扁桃脯氨酸合成的主要路径,但增加了脯氨酸通过次要合成路径合成,这是菌根化蒙古扁桃和非菌根化蒙古扁桃在不同水分处理下脯氨酸含量变化不大的原因；另外,菌根的形成促进了干旱胁迫下蒙古扁桃体内甜菜红碱的合成,这些渗透物质共同维持着菌根化蒙古扁桃合适渗透压。⑤不论是正常水分,还是干旱胁迫,菌根的形成均能抑制蒙古扁桃体内ROS生成以及脂肪酸的氧化,抗氧化酶的表达则显著增加,而在干旱胁迫下抗氧化酶的表达会进一步增强；菌根化蒙古扁桃体内GSH向GSSG转变增强,这可以增加体内NADPH的供给,以维持正常的代谢。⑧蒙古扁桃和摩西管柄囊霉形成共生体后,在干旱胁迫下可以激活光敏色素,影响植物的昼夜节律；再者,在不同水分处理下,菌根形成后MAPK信号传导路径以及钙离子信号传导路径中基因表达变化对蒙古扁桃应对干旱胁迫亦十分有利。⑥聚类分析的结果显示蒙古扁桃四个样品分为两组,非菌根化蒙古扁桃(DS和WW)和菌根化蒙古扁桃(MD和MW)；相关性分析结果则表明MD和DS处理相关性最低,蒙古扁桃未形成菌根和形成菌根采用的是不同的抗旱机制。研究结果可为李属核果类植物的遗传育种提供相关基因资源,并且可为蒙古扁桃的菌根化苗木的定向培

关键词：蒙古扁桃丛枝菌根菌根化干旱胁迫高通量测序差异表达转录本抗旱机制分子机理

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