检索结果-内蒙古大学图书馆

作者：贾全章第三军医大学

学位级别：博士

研究背景及研究目的:青少年特发性脊柱侧弯（Adolescent Idiopathic Scoliosis简称AIS）是一种伴有椎体旋转的脊柱结构性侧向弯曲的三维畸形。在儿童和青少年中的发病率国外报道为2%5%,国内报道为1.5%3%,重度畸形的发病率为0.2～0.5%,... 详细信息

研究背景及研究目的: 青少年特发性脊柱侧弯（Adolescent Idiopathic Scoliosis简称AIS）是一种伴有椎体旋转的脊柱结构性侧向弯曲的三维畸形。在儿童和青少年中的发病率国外报道为2%5%,国内报道为1.5%3%,重度畸形的发病率为0.2～0.5%,女性患者明显多于男性。虽然AIS除表现畸形外通常不引起严重的病理状态,但是重度胸弯可能引起心、肺功能的减退,导致明显的体型上的畸形,甚至影响寿命。目前治疗方法主要是针对畸形进行矫治,包括临床观察、支具治疗和对侧弯超过45o者进行手术治疗,治疗复杂,常遗留有脊柱畸形和脊柱活动障碍。效果不理想,理想的效果是消灭畸形。如果能够针对病因进行症状前诊治、出生前诊治,甚至对有家族史的已孕女性,在受精6天、胚胎着床之前进行基因诊断和治疗,杜绝脊柱畸形的出现,临床上将消灭AIS。但这需要首先明确病因,明确发病的基因机制。目前AIS的确切病因尚不清楚。既往大量的研究集中在软骨、骨骼、神经和肌肉等组织学因素的致病机制上面,但是没有明确结论。随着医学遗传学和医学分子生物学研究的不断深入和进步,临床上许多原因不明的常见病的发病机制被证明与遗传及致病基因有关。目前医学分子生物学的观点认为,人体各种疾病的发生,都是与一种或多种基因有关。这样人们自然想到AIS是否与遗传有关,近来许多学者认为AIS发病与遗传有关,如果与遗传有关,就需要确定它的遗传模（单基因遗传模式还是多基因遗传模式）和疾病基因的位置和疾病的分子机制,探讨遗传因素对疾病的影响和可能的遗传模式是遗传流行病学的任务。探讨疾病基因的位置和引起疾病的机制是医学分子生物学研究任务。 AIS流行病学方面和遗传流行病学方面的研究报道很少,但这些研究都报道具有家族聚集性,认为有遗传因素,至于遗传模式,各家报道的结果不同一,有报道认为是常染色体显性遗传模式,有报道是X连锁显性遗传模式,还有报道是多基因遗传模式。也就是说AIS是不是遗传病,遗传模式是哪种还没有定论。没有确定的遗传模式,这对AIS疾病基因的染色体定位研究带来了障碍,进一步影响疾病基因的筛查与鉴定。在遗传病的疾病基因的染色体定位分析过程中,需要根据不同的遗传模式而采用不同的分析方法,一般单基因病采用连锁分析方法,多基因病采用相关分析法。如果分析方法反了或混合了,结果不言而逾,也就是说在遗传模式不确定的情况下,其分析的结果是不确定的,这也正是为什么现有的、关于基因染色体定位研究报道结果各异,无法统一的原因之一（亦有遗传异质性问题）。所以确定AIS是遗传病,是那种模式的遗传病的研究,也就是遗传流行病学方面的研究,对疾病基因的定位和基因机制的研究具有重要意义。 AIS的医学分子生物学机制的研究已有部分报道,各学者从“正向”或“反向”两种策略进行研究,但目前仍处于疾病基因位点的早期染色体定位研究阶段,并且尚没有公认的同一的基因位点。“正向”研究策略（经典遗传学策略）既功能克隆法是从蛋白质或mRNA表达差异着手,采用以消减杂交为思路的多种分子生物学手段,先通过消减获得特异表达和缺失的基因片段,然后进行染色体定位乃至获得全基因。关于AIS病变部位不同组织的mRNA和蛋白质表达差异方面的研究已有许多报道,研究集中在对侧弯脊柱凸凹侧椎间盘内的Ⅰ、Ⅱ、X型胶原,TGF-?1、bFGF、成骨细胞蛋白质表达差异和ⅠⅡ、Ⅸ型胶原mRNA的表达差异方面,虽然均报道存在表达差异,但和组织学研究结果一样,这种差异“是因是果”难以确定,无法确定真正的病因。这种现状的原因是研究设计都是采用凸、凹侧对比,如果想找出真正的组织、蛋白或mRNA层面的差异,需要进行先证者自身发病前后对比研究,或先证者与正常人之间的对比研究,但是这在临床上是很难做到的,所以结果很难取得突破,那么只有寄希望于“反向”研究了。 “反向遗传学”策略既医学分子生物学策略是应用定位克隆遗传分析法对疾病基因进行染色体定位和疾病基因的筛查与鉴定。这种方法是基于任何一个基因必定在染色体上有位点,基因所决定的遗传学性状与这些位点有密切联系的遗传学原理,通过遗传学分析,获得某些疾病基因在染色体上的位置信息,然后根据这一位置信息,应用“物理图”的物理标记将遗传学信息转变为“物理标记”所代表的明确的染色体区域,再以相关区域的“相连片段群”来筛选可表达的基因,建立该区域的“转录图”。最后,通过“定位候选克隆”和“功能候选克隆”方法比较病人与正常人这些结构基因的区别以确定与疾病相关的改变,筛查与鉴定出疾病相关基因。关于AIS疾病基因的定位克隆研究共检索到7篇文献,由于各个研究应用了不同的研究群体和遗传统计学分析方法,各家报道的染色体定位的位点各异,分别在染色体6、9、10q、16、17、17p11、19p13.3、19 p 1

关键词：青少年特发性脊柱侧弯病因遗传流行病调查统计定位候选克隆 SH3GL1 基因扩增克隆序列比对分析

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东亚钳蝎部分毒素基因组基因多序列比对分析

东亚钳蝎部分毒素基因组基因多序列比对分析

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作者：袁树荣沈阳药科大学

学位级别：硕士

查阅文献并通过Entrez检索NCBI数据库（***），搜集目前已知的东亚钳蝎基因组基因序列，将获得的基因组基因序列存为FASTA格式的文本文件。逐个将基因组基因序列附加进入ClustalX1.83软件，运行多序列联配，生成多序列联配文件。利用MEG... 详细信息

查阅文献并通过Entrez检索NCBI数据库（***），搜集目前已知的东亚钳蝎基因组基因序列，将获得的基因组基因序列存为FASTA格式的文本文件。逐个将基因组基因序列附加进入ClustalX1.83软件，运行多序列联配，生成多序列联配文件。利用MEGA软件，将由ClustalX1.83软件生成的多序列联配文件转换为MEGA文件，进行编辑后输出，构建neighbor joining（NJ）树。从结果来看，神经毒素结构与功能密切相关，Na+通道神经毒素和K+通道神经毒素构成了无根树的两个主要的树枝，Ca2+通道神经毒素位于K+通道神经毒素树枝的边缘，而Cl-通道神经毒素隐藏在K+通道神经毒素的树枝中。以东亚钳蝎为原料，用蛋白酶K消化细胞，再用酚、氯仿除蛋白质，最后用乙醇沉淀DNA。以提取的东亚钳蝎DNA为模板，PCR扩增AGAP2成熟肽基因，将所获得的PCR产物进行电泳，将目的片段胶回收，双酶切后连于同样粘性末端的pET28a中，连接产物转化*** DH5α感受态细胞，涂板于卡那霉素的固体LB平板上，37℃培养过夜。挑选阳性重组菌落，经LB液体培养基培养12h后，提取质粒进行PCR扩增验证后，选出含有目的片段的阳性菌落，采用SSCP法筛选出有差异的菌落。测序后确定AGAP2的基因组基因序列，从琼脂糖宁焦点用和测序结果来看，AGAP2成熟肽编码区中没有内含子存在。这是基因组基因成熟肽编码区没有内含子的又一个例证。

关键词：内含子编码区基因序列基因组昆虫神经毒素东亚钳蝎 DNA 感受态细胞序列比对分析

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2例慢乙肝患者发生肝癌前后乙肝病毒基因序列比对分析

2例慢乙肝患者发生肝癌前后乙肝病毒基因序列比对分析

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中华医学会第十六次全国病毒性肝炎及肝病学术会议

作者：陈洁于德敏张欣欣上海交通大学医学院附属瑞金医院感染科

目的肝细胞肝癌(HCC)是我国最常见的恶性肿瘤之一,而乙肝病毒感染是导致肝癌发生的重要病因,目前报道乙肝病毒基因突变与肝癌进展相关。本研究通过分析乙肝病毒基因组进一步探讨进展至HCC可能相关的变异位点。方法对2例乙型肝炎肝硬化... 详细信息

目的肝细胞肝癌(HCC)是我国最常见的恶性肿瘤之一,而乙肝病毒感染是导致肝癌发生的重要病因,目前报道乙肝病毒基因突变与肝癌进展相关。本研究通过分析乙肝病毒基因组进一步探讨进展至HCC可能相关的变异位点。方法对2例乙型肝炎肝硬化进展至肝癌的患者进行了长达5年的随访,分别于随访起始点及诊断为HCC时间点抽取患者血清HBV DNA,采用PCR方法扩增PreS1、PreS2、S、BCP区片段,并进行DNA序列分析,以genebank中基因C型野毒株作为对照,比较HCC阶段与野毒

关键词：乙肝病毒基因慢乙肝患者序列比对分析

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安徽3株柔嫩艾美耳球虫cox1基因部分序列的比对分析

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安徽农业大学学报 2014年第5期41卷 818-823页

作者：周飞亚王中宝苏婷婷曾明华安徽农业大学动物科技学院合肥230036

为研究柔嫩艾美耳球虫不同地理株的线粒体细胞色素c氧化酶第1亚基（cox1）基因与球虫种群之间的遗传关系,以安徽3个地区的3株柔嫩艾美耳球虫为研究对象,通过卵囊的分离与纯化获得纯种虫株,然后应用PCR技术对柔嫩艾美球虫3个地理株的cox... 详细信息

为研究柔嫩艾美耳球虫不同地理株的线粒体细胞色素c氧化酶第1亚基（cox1）基因与球虫种群之间的遗传关系,以安徽3个地区的3株柔嫩艾美耳球虫为研究对象,通过卵囊的分离与纯化获得纯种虫株,然后应用PCR技术对柔嫩艾美球虫3个地理株的cox1序列进行扩增,并与GenBank上登录的鸡柔嫩艾美耳球虫、巨型艾美耳球虫、布氏艾美耳球虫和堆形艾美耳球虫虫株的相应序列进行比对分析。结果显示,每个虫株都成功扩增出800bp左右的cox1部分有效序列（pcox1）,与柔嫩艾美耳球虫pcox1序列种内无差异,pcox1相应序列种间的差异程度为9.9%-14.9%。表明柔嫩艾美耳球虫的cox1序列可作为艾美耳球虫种间遗传变异研究的标记,为进一步研究艾美耳球虫的群体遗传学特性和耐药性奠定了基础。

关键词：柔嫩艾美耳球虫线粒体DNA cox1 PCR 序列比对分析

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新疆、甘肃和河南部分地区甜瓜瓜类蚜传黄化病毒分子变异初步分析

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园艺学报 2017年第4期44卷 777-783页

作者：吴洋刘莉铭彭斌古勤生中国农业科学院郑州果树研究所郑州450009

从新疆鄯善县、甘肃瓜州县和河南通许县采集表现瓜类蚜传黄化病毒(Cucurbit aphid-borne yellows virus,CABYV)症状的甜瓜叶片样品63份,利用反转录PCR(RT-PCR)检测,从阳性样品中选取25个分离物扩增出1.4 kb的片段,并对其序列进行分析。... 详细信息

从新疆鄯善县、甘肃瓜州县和河南通许县采集表现瓜类蚜传黄化病毒(Cucurbit aphid-borne yellows virus,CABYV)症状的甜瓜叶片样品63份,利用反转录PCR(RT-PCR)检测,从阳性样品中选取25个分离物扩增出1.4 kb的片段,并对其序列进行分析。结果表明:63份样品中,36份为CABYV阳性;获得的序列包括部分3′端的依赖RNA的RNA聚合酶(RdRp)基因、非编码区(NCR)和全长外壳蛋白(CP)基因。随机选取25个分离物的CP基因与GenBank中的序列进行比对,其序列相似性为93.2%~100%。通许分离物间序列相似性为98.8%~99.8%,瓜州分离物间序列相似性为98.2%~100%,鄯善分离物间序列相似性为99.2%~100%,组内表现出极高的同源性。基于其部分RdRp基因、NCR及CP基因序列构建的系统进化树表明:25个CABYV分离物与中国及周边地区(泰国、韩国等)的分离物聚为一簇,而与欧洲地区分离物距离较远,说明了该病毒分子变异与分离物的地理分布有关。

关键词：甜瓜瓜类蚜传黄化病毒分子多样性序列比对分析

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真核α-L-鼠李糖苷酶的碳水化合物结合结构域功能架构分析

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现代食品科技 2020年第1期36卷 156-162,168页

作者：蔡雨晨曹博瀚巩建业李利君倪辉集美大学食品与生物工程学院福建省食品微生物与酶工程重点实验室福建厦门361021

为了分析位于CAZy数据库的CBM67家族的真核α-L-鼠李糖苷酶的CBM的功能,利用Ex PASy网站和MEGA 6.0软件进行CBM67家族的真核α-L-鼠李糖苷酶的理化性质分析、进化树的构建,发现CBM67家族的真核α-L-鼠李糖苷酶可被分为三大类,且大部分... 详细信息

为了分析位于CAZy数据库的CBM67家族的真核α-L-鼠李糖苷酶的CBM的功能,利用Ex PASy网站和MEGA 6.0软件进行CBM67家族的真核α-L-鼠李糖苷酶的理化性质分析、进化树的构建,发现CBM67家族的真核α-L-鼠李糖苷酶可被分为三大类,且大部分为疏水性蛋白,氨基酸数量范围为239~377个,分子量(Mr)范围为24540.58~40740.16 u,等电点(p I)范围为3.93~8.74,负电荷残基总数范围为20~29个,正电荷残基总数范围6~33个,原子总数范围为3415~5712,亲水性平均系数范围为-0.077~0.377,;通过Clustal X 2.0程序和Espript网站进行序列比对分析确定CBM67家族真核α-L-鼠李糖苷酶CBM所在的氨基酸区域。采用Discovery Studio 2019软件进行同源建模和分子对接,构建出由12个β折叠组成的α-L-鼠李糖苷酶CBM三维结构,与L-鼠李糖进行分子对接的结果表明CBM能够通过与底物产生强的氢键和范德华力来识别底物,促进酶水解反应的发生。这有助于更好的理解CBM识别并结合底物的结构基础与共性规律,从而为提高CBM的结合力提供理论指导。

关键词： α-L-鼠李糖苷酶 CBM理化性质分析进化树序列比对分析同源建模分子对接

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裂殖壶菌OUC88及10个派生菌株18S rDNA基因克隆和分析

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海洋科学 2014年第1期38卷 71-78页

作者：李清臧晓南张学成宋晓金杨青中国海洋大学海洋生命学院山东青岛266003 中国科学院青岛生物能源与过程研究所山东青岛266101 青岛科技大学山东青岛266042

用PCR方法从裂殖壶菌Schizochytrium limacinum OUC88及以其为出发菌株经紫外诱变筛选的10个菌株中扩增出18SrDNA基因序列（1751bp到1758bp）进行序列测定，以上序列已登录GenBank（HM042904-HM042914）并与已登录的裂殖壶菌属5条18S r... 详细信息

用PCR方法从裂殖壶菌Schizochytrium limacinum OUC88及以其为出发菌株经紫外诱变筛选的10个菌株中扩增出18SrDNA基因序列（1751bp到1758bp）进行序列测定，以上序列已登录GenBank（HM042904-HM042914）并与已登录的裂殖壶菌属5条18S rDNA序列比对分析。结果表明，*** 0UC88以及10个派生菌株间18S rDNA的遗传距离是0．000～0．013，与Schizochytrium ***-512 18S rDNA（GenBank ***758384）的同源性最高，为98％～99％；与***（ ***022107）的同源性为96％：与同属异种***（***100293）只有93％的同源性。并运用序列比对分析和MEGA4．0系统进化树，结果显示种内诱变产生的细微变异小于同属内不同物种之间的变异。本研究除了为裂殖壶菌这种重要的经济海洋真菌提供分子生物学资料以外，同时表明18SrDNA序列不仅在分子分类上是一个重要的标志．也可分析由突变引起的物种内细微的遗传变异。

关键词：裂殖壶菌OUC88 18S rDNA 基因克隆序列比对分析进化树

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河南省小麦全蚀病菌群体组成及致病力分化

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植物保护学报 2014年第2期41卷 255-256页

作者：徐飞杨共强何文兰王俊美宋玉立李亚红河南省农业科学院植物保护研究所农业部华北南部作物有害生物综合治理重点实验室郑州450002

小麦全蚀病是世界范围内重要的小麦根部病害,该病在河南省发生普遍并在局部地区造成严重危害,成为小麦生产的重要限制因子。小麦全蚀病由禾顶囊壳小麦变种Gaeumannomyces graminis ***引起。该病菌不仅在培养特性和致病力上存在分化,在... 详细信息

小麦全蚀病是世界范围内重要的小麦根部病害,该病在河南省发生普遍并在局部地区造成严重危害,成为小麦生产的重要限制因子。小麦全蚀病由禾顶囊壳小麦变种Gaeumannomyces graminis ***引起。该病菌不仅在培养特性和致病力上存在分化,在基因型上也存在T1/T2、N/R、A1/A2、G1/G2、A/B、S1-S5的分化[1-2]。其中T1/T2和N/R通过RFLP标记区分,N/R、A1/A2和G1/G2通过RAPD标记区分,N/R。

关键词：小麦全蚀病根部病害致病力标记区病情指数限制因子培养特性子囊孢子序列比对分析病级

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加拿大进口大麦中小麦线条花叶病毒检疫鉴定

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植物保护 2019年第6期45卷 265-268页

作者：柳吉芹王立杉吴曦钱云开高飞王海洋秦皇岛海关秦皇岛066004 河北科技师范学院秦皇岛066004

小麦线条花叶病毒(WSMV)是我国进境植物检疫性有害生物。2018年5月秦皇岛海关利用反转录PCR(RT-PCR)和双抗体夹心酶联免疫吸附法(DAS-ELISA),从加拿大进口的大麦中检出WSMV。同时利用实时荧光定量PCR (Real time RT-qPCR)和序列比对分... 详细信息

小麦线条花叶病毒(WSMV)是我国进境植物检疫性有害生物。2018年5月秦皇岛海关利用反转录PCR(RT-PCR)和双抗体夹心酶联免疫吸附法(DAS-ELISA),从加拿大进口的大麦中检出WSMV。同时利用实时荧光定量PCR (Real time RT-qPCR)和序列比对分析方法进行了验证。这是我国首次在进境加拿大大麦中截获WSMV。

关键词：小麦线条花叶病毒大麦 PCR ELISA 序列比对分析

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特发性脊柱侧凸遗传流行病学调查及染色体19P13.3区域内候选易感基因SH3GL1、GADD45B、FGF22外显子测序分析

特发性脊柱侧凸遗传流行病学调查及染色体19P13.3区域内候选易感...

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作者：杨滔第三军医大学

学位级别：博士

研究背景及研究目的：特发性脊柱侧凸(Idiopathic Scoliosis简称IS)是一种以脊柱冠状面侧凸,伴椎体旋转的脊柱三维畸形。特发性脊柱侧凸病因不明,既往的研究集中在软骨、骨骼、关节、神经肌肉等组织学因素的致病机制上,但没有肯定的结... 详细信息

研究背景及研究目的：特发性脊柱侧凸(Idiopathic Scoliosis简称IS)是一种以脊柱冠状面侧凸,伴椎体旋转的脊柱三维畸形。特发性脊柱侧凸病因不明,既往的研究集中在软骨、骨骼、关节、神经肌肉等组织学因素的致病机制上,但没有肯定的结果。近年的大量研究认为遗传因素在其发病中起重要作用,并表现出高度的遗传异质性,即在一些IS家系中存在主效基因,表现为常染色体显性遗传,而另一部分家系中没有主效基因,显示出多基因遗传的特征。常见报道有常染色体显性遗传模式,X连锁显性遗传模式,以及多基因遗传模式。我们采用遗传流行病学的方法,对在西南医院手术治疗的214例IS患者及其家系展开调查,通过年龄、发病率、家族聚集性、遗传度和各种遗传病的特点分析确定遗传因素的作用和遗传模式,取得肯定的结论。目前采用候选基因策略克隆法研究IS的易感基因有褪黑素受体1A基因,褪黑素受体1B基因,Matrilin-1(MATN1)基因,γ-1-syntrophin(SNTG1)基因,胶原COL1A1,胶原COL1A2、COL2A1、弹性纤维、原纤维蛋白,以及聚蛋白多糖等。这些结果都显示与IS有一定的相关性,但不能普遍适用于所有的IS患者。采用定位克隆策略研究结果显示IS易感基因的定位区域有：6p、10q、18q,6p、6q、17p11.2,8q,9q、16q,19p13,19p13.315q25-26,9q31.2,-9q34.2、17q25.3-qtel,12p, Xq23-26。虽然这些实验明确定位IS易感基因存在于染色体的特定区域,但这些区域内仍包含数以百万计的碱基对,存在成百上千的已知基因,具体哪个是IS的易感基因,还需要大量研究工作。到目前为止CHD7是唯一的通过定位克隆法研究定位的IS的易感基因。通过对定位克隆策略研究的文献复习,我们发现有2位学者将疾病基因位点定在19p13。Chan不仅定位在19p13.3内,还进一步的精确定位于D19S216标志附近,在D19S894-D19S1034之间,我们在Chan的研究结果的基础上做进一步的定位候选克隆法研究,经检索Human Genome Organisation(HUGO)所属的HUGO Gene Nomenclature Committee(HGNC)网站,2009年4月为止,在19P13.3区域内共有213个已知基因。我们在染色体19p13.3区域内,筛选出D19S216标志附近与组织结构、功能有关的SH3GL1,GADD45B, FGF22为IS候选基因,设计以家系为基础的“病例同胞对对照,病例亲属对对照”研究方案,并根据SH3GL1, GADD45B, FGF22基因的外显子设计引物对进行PCR扩增、克隆和测序,进行“同胞对、亲属对”之间的序列比对和蛋白质结构预测分析。研究方法： 1.遗传流行病学调查：采用自行设计的IS遗传流行病学调查表,由经过培训的调查员对先证者家系进行调查,绘制家系谱。调查方法为门诊、病房面对面询问和电话询问相结合(先告知调查目的征得知情同意)。调查对象为AIS先证者、父亲和母亲。详细调查先证者的一级亲属有：先证者的同胞、双亲和先证者的子女；先证者的二级亲属有：先证者祖父母、外祖父母、姨、姑、舅和叔伯；三级亲属有：先证者的表兄妹、堂兄妹。流行病学常规调查内容有：一般情况、有无脊柱侧凸病史。对怀疑为易感者和AIS受累者的家系成员,需要行临床物理检查确定：包括脊柱视诊、Adam弯腰试验以及脊柱正位X线片检查。AIS的诊断标准：受试者直立冠状位X线片检查：如果Cobb角>10°为受累者,年龄小于14岁的表型正常的家系成员,统计时属于未发病的亲属。遗传流行病学的统计学分析：家族聚集性分析使用样本率与总体率比较U检验,AIS遗传度用Falconer回归法估算。 2.定位候选克隆筛查易感基因,我们在染色体19p13.3区域内,筛选出D19S216标志附近与组织结构、功能有关的SH3GL1, GADD45B, FGF22为AIS候选基因,设计以家系为基础的“病例同胞对对照,病例亲属对对照”研究方案,并根据SH3GL1, GADD45B, FGF22基因的外显子设计引物对进行PCR扩增、克隆和测序,进行“同胞对、亲属对”之间的序列比对和蛋白质结构预测分析。研究结果： 1、遗传流行病学的研究调查结果：成功设计AIS遗传流行病学调查表,对214个家系展开遗传流行病系统调查。数据统计结果：家系成员AIS发病年龄在3-20岁,78.91%在10～14岁之间,平均11.8岁。男：女=1：2.59,女性发病高于男性。调查家系总发病率11.74%。AIS一级亲属的发病率10.01%>二级亲属的发病率2.55%>三级

关键词：青少年特发性脊柱侧凸遗传流行病调查多基因遗传病定位候选克隆 SH3GL1 GADD45B FGF22 基因扩增克隆序列比对分析

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