检索结果-内蒙古大学图书馆

生物化学与生物物理进展 2013年第3期40卷 281-292页

作者：武鹏贺福初姜颖蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京102206

依靠质谱技术的蛋白质组学快速发展,寻求速度快、重复性好以及准确度高的定量方法是该领域的一项艰巨任务,定量蛋白质组学分支领域应运而生.其中,无标记定量方法以其样品制备简单、耗材费用低廉以及结果数据分析便捷等优点渐露锋芒.无... 详细信息

依靠质谱技术的蛋白质组学快速发展,寻求速度快、重复性好以及准确度高的定量方法是该领域的一项艰巨任务,定量蛋白质组学分支领域应运而生.其中,无标记定量方法以其样品制备简单、耗材费用低廉以及结果数据分析便捷等优点渐露锋芒.无标记定量方法通常分为信号强度法和谱图计数法两大类.本文在这两种无标记定量方法计算原理的基础上,针对各种常用的无标记定量方法及最新进展做一个较为全面的介绍,并将详细讨论两类方法的异同点,以及目前蛋白质组学中无标记定量方法所面临的主要挑战,希望能为这一领域的研究人员在选择无标记定量方法时提供一个合理的参考.

关键词：定量蛋白质组学生物信息学无标记定量信号强度谱图计数共享肽段

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蛋白质质谱分析的无标记定量算法研究进展

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生物化学与生物物理进展 2011年第6期38卷 506-518页

作者：张伟张纪阳刘辉孙汉昌徐长明马海滨朱云平谢红卫国防科学技术大学机电工程与自动化学院自动控制系长沙410073 军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京102206

作为发现疾病相关生物标志物的重要途径,定量研究已成为蛋白质组学的热点问题.随着实验方法的发展和改进,定量数据处理算法也在不断更新和完善.将现有的无标记定量方法归纳为需要/不需要鉴定结果两类方法,分析比较了两类方法的异同及优... 详细信息

作为发现疾病相关生物标志物的重要途径,定量研究已成为蛋白质组学的热点问题.随着实验方法的发展和改进,定量数据处理算法也在不断更新和完善.将现有的无标记定量方法归纳为需要/不需要鉴定结果两类方法,分析比较了两类方法的异同及优缺点,详细讨论了所涉及的主要算法,总结了一些常用的无标记定量软件及对应的网络资源.展望了无标记定量数据分析的未来研究方向.

关键词：定量蛋白质组质谱无标记定量定量算法统计学分析

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无标记定量方法在小鼠精子发生相关蛋白质组学研究中的应用

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南京医科大学学报（自然科学版） 2010年第12期30卷 1677-1682,1740页

作者：王黎熔王富强郭雪江霍然周作民沙家豪南京医科大学生殖医学重点实验室组织胚胎学系江苏南京210029

目的:利用无标记定量蛋白质组学技术筛选在3周龄及成年小鼠睾丸中差异表达的蛋白质。方法:分别抽提3周龄及成年小鼠睾丸蛋白,酶解后所得肽段经纳升液相色谱分离,并经LTQ Obitrap质谱鉴定,在获得蛋白鉴定信息的同时根据相应肽段离子质谱... 详细信息

目的:利用无标记定量蛋白质组学技术筛选在3周龄及成年小鼠睾丸中差异表达的蛋白质。方法:分别抽提3周龄及成年小鼠睾丸蛋白,酶解后所得肽段经纳升液相色谱分离,并经LTQ Obitrap质谱鉴定,在获得蛋白鉴定信息的同时根据相应肽段离子质谱峰强度对蛋白进行相对定量。结果:在3周龄及成年小鼠睾丸中共鉴定到非冗余蛋白319种,其中30种蛋白在两者之间存在显著的表达差异,这些蛋白主要参与形态发生、收缩、胞吞、受精等细胞事件,与精子变形过程及精子功能相关。结论:无标记定量蛋白质组学技术,具有方法简便、通量大、成本低廉等优点,利用其寻找睾丸发育,精子发生/功能相关蛋白具有广阔的前景。

关键词：无标记定量蛋白质组学精子变形

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人血清内源性多肽无标记定量分析新策略

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中国科学：化学 2010年第5期40卷 546-555页

作者：朱俊王方军董小莉叶明亮邹汉法中国科学院大连化学物理研究所中国科学院分离分析化学重点实验室国家色谱研究分析中心大连116023

多肽组学(Pepti domics)以其在疾病标志物发现中所起的重要作用正受到越来越多的关注.然而,目前尚缺少针对多肽组学的高效定量方法.本文建立了一种基于纳升液相色谱与四极杆飞行时间质谱联用(μLC-Q-TOF-MS/MS)系统的色谱峰面积无标记... 详细信息

多肽组学(Pepti domics)以其在疾病标志物发现中所起的重要作用正受到越来越多的关注.然而,目前尚缺少针对多肽组学的高效定量方法.本文建立了一种基于纳升液相色谱与四极杆飞行时间质谱联用(μLC-Q-TOF-MS/MS)系统的色谱峰面积无标记多肽定量方法.该方法首先对两组样品中的多肽进行相对定量,然后选取相对量大于2或小于0.5的多肽,用纳升液相色谱与串联二级质谱(μLC-MS/MS)的选择性数据依赖模式(DDA)进行序列鉴定.将不同量标准样品牛血清白蛋白(BSA)酶解液加入到相同量的正常人血清样品中,然后用该方法进行定量分析,得到的定量结果平均相对偏差为6.42%.该方法分别被用于健康人血清与肝细胞癌(HCC)以及乳腺癌病人血清中内源性多肽的定量比较分析,并成功鉴定了血清中一些与HCC和乳腺癌相关的内源性多肽.由于Q-TOF-MS/MS的高分辨率和宽质量检测范围,价态高达+5和分子量超过4000的多肽也可被可靠地进行定性和定量分析.实验结果进一步表明在多肽组学分析中μLC-Q-TOF-MS/MS比传统的MALDI-TOF-MS具有更高的检测灵敏度.

关键词：内源性肽血清无标记定量肝细胞癌乳腺癌

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利用基于肽段计数的无标记定量技术揭示线粒体蛋白质组的功能特性

利用基于肽段计数的无标记定量技术揭示线粒体蛋白质组的功能特性

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首届中国计算蛋白质组学研讨会

作者：邓宁浙江大学生物医学工程与仪器科学学院

Overview of Mitochondria Subcellular organelle with four functionally distinct sub-compartments:Outer membrane Inner membrane Matrix Intermembrane space Produces adenosine triphosphate(ATP),the energycurrency of the *** programmed cell death(apoptosis).Mitochondrion:A busy Society of ProteomeOverview of Mitochondria Subcellular organelle with four functionally distinct sub-compartments:Outer membrane Inner membrane Matrix Intermembrane space Produces adenosine triphosphate(ATP),the energycurrency of the *** programmed cell death(apoptosis).

关键词：线粒体蛋白质组功能特性肽段计数无标记定量

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应用于无标记质谱定量分析的生物信息学软件研究进展

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植物检疫 2011年第4期25卷 65-69页

作者：忻骥文江松敏复旦大学生命科学院上海200443

在过去的10年间,伴随着蛋白质组学定量质谱实验技术的发展,产生了大量相应的数据处理手段。本文阐述了定量质谱的主要实验手段及其原理,介绍了不同无标记质谱数据分析软件的特点及其用途,并列举已有的常用定量质谱数据分析软件类型。本... 详细信息

在过去的10年间,伴随着蛋白质组学定量质谱实验技术的发展,产生了大量相应的数据处理手段。本文阐述了定量质谱的主要实验手段及其原理,介绍了不同无标记质谱数据分析软件的特点及其用途,并列举已有的常用定量质谱数据分析软件类型。本综述对研究人员更好地寻找适合实验目的的计算机软件以及编写新型数据分析软件具有一定的参考价值。

关键词：蛋白质组学生物信息学无标记定量

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开放性实验:基于超高效液相色谱-串联质谱法的甲状腺癌组织切片蛋白质组定量分析

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色谱 2025年第3期43卷 275-282页

作者：李一岚袁辉明曹竞天郑怡迪李兰高培峰北京理工大学分析测试中心北京102488 中国科学院大连化学物理研究所中国科学院分离分析化学重点实验室辽宁大连116023 北京理工大学求是书院北京102488 北京理工大学北京书院北京102488

开放性实验课程是培养本科生实践能力、创新思维和团队协作精神的重要手段。本项目基于超高效液相色谱-串联质谱法(UHPLC-MS/MS)在蛋白质组前沿领域的研究,设计了一个本科生开放性实验,即基于UHPLC-MS/MS完成甲状腺癌组织切片蛋白质组... 详细信息

开放性实验课程是培养本科生实践能力、创新思维和团队协作精神的重要手段。本项目基于超高效液相色谱-串联质谱法(UHPLC-MS/MS)在蛋白质组前沿领域的研究,设计了一个本科生开放性实验,即基于UHPLC-MS/MS完成甲状腺癌组织切片蛋白质组定量分析。首先,评价不同蛋白质裂解液对蛋白质的提取能力,以筛选适当的试剂用于蛋白质组样品预处理,可培养学生的动手能力和科研思维。其次,优化液相色谱-质谱采集方法,实现蛋白质组的深度覆盖分析,加深学生对于液相色谱-质谱技术的认识。最后,将该方法用于石蜡包埋甲状腺乳头状癌组织切片样品蛋白质组定量分析,发现了33个差异蛋白质,展示出在疾病分型方面的应用潜力。该开放性实验将仪器分析、分析化学和生物化学三门课程理论与实验相关知识交叉融合在一起,将科研思路和创新理念渗透给本科生。以进行大型仪器操作和创新性实验的形式帮助学生拓展巩固理论知识,有助于学生形成系统化知识体系,增强其对相关领域知识的整体把握,激发本科生科学研究的兴趣,开拓创新思维,增加团队合作精神。

关键词：液相色谱质谱蛋白质组学无标记定量实验教学

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高分辨飞行时间质谱在蛋白质组学相对定量分析中的应用

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分析化学 2016年第3期44卷 403-408页

作者：洪晓愉王浩徐金玲李水明王勇深圳大学生命科学学院微生物工程重点实验室深圳大学生命与海洋科学学院深圳市海洋生物资源与生态环境重点实验室

利用Triple TOF 5600高分辨质谱仪分析牛血清白蛋白等3种蛋白质标准品,研究了质谱离子强度与蛋白质样品相对含量的相关性。蛋白质标准品用胰酶酶切后,稀释成1;024 fmol/7μL的系列溶液,考察在1;024 fmol上样量情况下,肽段的前体离子计数... 详细信息

利用Triple TOF 5600高分辨质谱仪分析牛血清白蛋白等3种蛋白质标准品,研究了质谱离子强度与蛋白质样品相对含量的相关性。蛋白质标准品用胰酶酶切后,稀释成1;024 fmol/7μL的系列溶液,考察在1;024 fmol上样量情况下,肽段的前体离子计数（cps）、蛋白质全部肽段的离子计数之和以及被检出肽段数目与上样量的相关性,以及相同样品在3次平行实验之间这些数值的变化幅度。结果表明。被检出肽段数目与上样量正相关,当cps超过1000时,所有肽段离子强度之和与上样量呈线性关系,但是用最灵敏肽段的离子强度表示更为准确。3次测量同一肽段的最高离子强度通常不会超过最低强度的1.5倍,提示当不同样品中同一蛋白的离子强度相差3倍以上是判断不同样品中相同蛋白质的含量具有差异的可靠阈值。本研究提供了一种利用高分辨率和高扫描速度蛋白质组组学定性数据进行半定量分析的方法,简便、快速,可为相关生物学和医学研究提供参考。

关键词：定量蛋白质组学高分辨飞行时间质谱打击计数信号强度无标记定量

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基于质谱检测转基因生物外源蛋白质的消化稳定性

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食品科学 2016年第19期37卷 64-69页

作者：毛劼孙兴程娟献王心正赵永强王红霞何昆夏晴中国人民解放军军事医学科学院生物医学分析中心北京100850

基于无标记定量质谱检测技术建立了一种新的转基因生物外源蛋白质消化稳定性评价方法。以牛β-乳球蛋白、牛血清白蛋白和大豆胰蛋白酶抑制剂为标准蛋白质,经模拟人体胃/肠消化液消化后进行凝胶电泳分离,切取目标蛋白质条带进行酶切,提... 详细信息

基于无标记定量质谱检测技术建立了一种新的转基因生物外源蛋白质消化稳定性评价方法。以牛β-乳球蛋白、牛血清白蛋白和大豆胰蛋白酶抑制剂为标准蛋白质,经模拟人体胃/肠消化液消化后进行凝胶电泳分离,切取目标蛋白质条带进行酶切,提取肽段进行纳升液相色谱-电喷雾串联质谱分析。基于Mascot数据库检索鉴定目标蛋白质。计算各消化时间点蛋白质匹配肽段数与消化前蛋白质匹配肽段数的比值,当比值≤0.50时判断为目标蛋白质在该时间段内已消化。将此方法应用于转基因抗虫水稻"华恢1号"外源蛋白Cry1Ab/1Ac的消化稳定性分析,结果显示在模拟胃液中消化2 min时,比值下降到0.50以下,在模拟肠液中消化15 s后比值下降到0.50以下,表明该蛋白在胃/肠消化液中具有消化不稳定性。

关键词：转基因生物消化稳定性质谱外源蛋白Cry1Ab/1Ac 无标记定量

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基于液相色谱质谱联用的结肠癌FFPE组织蛋白组学研究

基于液相色谱质谱联用的结肠癌FFPE组织蛋白组学研究

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作者：周仪华南昌大学

学位级别：博士

背景结直肠癌（CRC）是全世界范围内癌症相关死亡率的主要来源之一。大约50%的治疗病例在首次诊断后5年内复发并导致死亡[1]。早期发现CRC为预防CRC死亡提供了最好的机会:对于转移的CRC患者,手术切除局部肿瘤后的5年生存率为90%,显著降... 详细信息

背景结直肠癌（CRC）是全世界范围内癌症相关死亡率的主要来源之一。大约50%的治疗病例在首次诊断后5年内复发并导致死亡[1]。早期发现CRC为预防CRC死亡提供了最好的机会:对于转移的CRC患者,手术切除局部肿瘤后的5年生存率为90%,显著降低至10%[2,3]。尽管目前广泛使用的大肠癌筛查技术、乙状结肠镜检查和结肠镜检查等可以减少CRC患者的死亡率,但是接受检查的患者数量仍然有限,部分是因为侵入性检查以及对检查的带来的不适感的恐惧[4-8].因此,寻找新的生物标志物作为非侵入性分子检测的靶点,有助于将CRC筛查引入临床分析的常规程序。蛋白质生物标志物非常适合基于血液和粪便分析的新型体外分子检测的发展。目前,癌胚抗原（CEA）[9]和粪血红蛋白（f-Hb）是唯一被批准用于CRC临床的可溶性蛋白生物标志物。然而,CEA也可能在健康、重度吸烟者对炎症条件的反应、I型和II型糖尿病、溃疡性结肠炎、胰腺炎和肝硬化中过度表达[10]。因此,CEA试验可用于监测CRC的进展,因此可作为预后标志物[11,12-14],但这并不是早期检测CRC的可靠方法[15-17]。CRC最常用的筛查方式是愈创木脂化学法粪便潜血检测（gFOBT）。不幸的是,这项检测并不能检测出大多数息肉和癌症,需要多种粪便样本才能很好地解释结果。另外,gFOBT容易出现假阳性结果,这是正常良性环境的结果,如摄入某些食物和消炎药。目前正在进行广泛的研究,以寻找有用的生物标志物,改善目前CRC筛查的诊断手段,并可用于预测治疗结果,发现非侵入性早期检测方法的新工具是一个优先事项。美国国家癌症研究所（National Cancer Institute,USA）将生物标志物或特征分子定义为血液、其他体液或组织中可客观测量的任何生物分子,可作为正常/异常生物过程或病理状态的指标。生物标志物可以揭示疾病,预测预后或预测药物或治疗干预的反应[18]。通常,一个给定的生物标志物要在临床实践中使用必须具有延长预期寿命或提高生活质量的作用。根据使用它们的目的,我们可以区分三种主要类型的生物标志物:诊断、预后和预测。任何可检测到的癌细胞在DNA、RNA、蛋白质或代谢物水平上的分子变异都可以被视为“癌症生物标志物”[19]。癌症是由于基因突变的积累导致细胞过程的改变,如血管生成、增殖、凋亡和衰老[20,21]。因此,最初使用基因组学和转录组学方法寻找标记物[22,23],这些方法详细阐述了癌症的遗传基础。通过选择性剪接mRNA并结合大量翻译后修饰,一个基因可以编码多种蛋白[24]。平均而言,一个给定的基因可以编码4个具有不同序列和活性的选择性剪接变异体[24]。蛋白质组比基因组更有动态性;因此,它更准确地反映了细胞的机制。通过蛋白质组学,可以分析成千上万的癌细胞蛋白,从而为CRC产生新的治疗靶点和标志物。在这种背景下,蛋白质组学是一种理想的、高度可翻译的研究工具,可用于发现新的癌症生物标志物。蛋白质组学方法已被广泛应用于寻找新的CRC生物标志物,并阐明CRC的分子机制;这导致了许多蛋白质的鉴定,这些蛋白质有可能被用作解决临床需要的生物标志物,采用蛋白质组学方法对不同来源的各种样品进行了分析。如何在不违背伦理学的前提下,有效获取并保存人体肿瘤资源并用于科学研究,是尚未妥善解决的问题。低温冻存被公认为是组织与器官长期保存的最有效方法之一,其原理是通过降低细胞代谢率保护组织细胞以及细胞组分。但是,由于新鲜标本保存成本较高且复杂,难以在大多数地市级医院病理科开展,及时保存肿瘤组织是病理医师和临床医师开展临床科研工作的基础。福尔马林固定石蜡包埋（Formalin Fixed Paraffin Embedded,FFPE）是病理科普遍采用的组织处理和保存方法;组织标本经取材、固定、脱水、透明、浸蜡以及包埋等程序处理之后可长时间保存;与新鲜标本不同的是,FFPE组织操作流程简单,易于掌握,可以实现高度自动化处理,而且代价低廉,适合大多数医院病理科开展。因此,FFPE组织已广泛应用于病理科的常规病理临床工作中。与新鲜冰冻组织以及OCT组织相比,尽管FFPE组织具有这么多优势,但是其作为科研的样本劣势也非常明显,其中共价交联、低蛋白溶解率以及低肽段回收率就是目前研究人员难以突破的瓶颈。如何尽早突破该瓶颈显得特别重要。第一部分结肠癌FFPE组织多种蛋白提取缓冲液蛋白提取效率的比较以及蛋白定量方法目的:为了优化临床FFPE组织蛋白的提取效率,进一步为蛋白组学研究质谱分析提供较好的样本,在目前尚缺乏可靠、可重复的FFPE蛋白组学标准样品制备方法的条件下,我们拟寻求一种高效稳健的FFPE组织蛋白提取方法。方法:基于成本、易用性以及是否适用于质谱分析,选取多种含有一定浓度的非离子、离子去污剂（十二烷基硫酸钠,SDS）和还原剂

关键词：结肠癌无标记定量质谱分析生物标志物治疗靶点

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