检索结果-内蒙古大学图书馆

昆虫学报 2013年第10期56卷 1217-1228页

作者：郑巍罗阿蓉史卫峰郑为民朱朝东中国科学院深圳先进技术研究院广东深圳518055 中国科学院动物研究所动物进化与系统学(院)重点实验室北京100101 中国科学院大学北京100049 泰山医学院基础医学院山东泰安271016 中国科学院信息工程研究所北京100093

随着生物技术的不断发展和系统发育学的深入研究,在重构系统发育树时,研究人员往往要面对更多的挑战和困难,比如:(1)需要分析的样本数(物种数或个体数)不断增加;(2)需要分析的数据量迅速扩大。尤其在基因组测序技术的推动下,基于分子信... 详细信息

随着生物技术的不断发展和系统发育学的深入研究,在重构系统发育树时,研究人员往往要面对更多的挑战和困难,比如:(1)需要分析的样本数(物种数或个体数)不断增加;(2)需要分析的数据量迅速扩大。尤其在基因组测序技术的推动下,基于分子信息的系统发育重建需要极大的计算量,因此数学方法、计算机技术以及其他辅助工具对于系统发育重建的效率和精确度起着至关重要的作用。最大简约法(maximum parsimony)是一种重要的系统发育重建方法,提高其计算效率对系统发育学研究具有重要意义,针对该算法的优化改进需要生物学家和计算机专家的共同努力。本文通过详细地阐述最大简约法的计算流程,分析其参数选择对计算效率的影响,帮助更多的计算机使用者,在并不了解系统发育学基础的情况下,更方便地针对实际的系统发育算法问题给出更好、更快、更精准的解决方案;同时为系统发育研究工作者,较为清晰地解释最大简约法的构树思想和计算逻辑,推动针对最大简约法的不断改进与优化。

关键词：系统发育系统发育重建算法最大简约法计算流程计算效率优化

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常用系统发育树构建算法和软件鸟瞰

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Zoological Research 2013年第6期34卷 640-650页

作者：张丽娜荣昌鹤何远关琼何彬朱兴文刘佳妮陈红菊大理学院数学与计算机学院云南大理671003 云南林业职业技术学院云南昆明650224 中国科学院昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室计算生物学与医学生态学研究组云南昆明650223 红河学院云南蒙自661100

系统发育树又称进化树、生命树等,在达尔文的"进化论"一书中首次出现,之后系统发育树的重构被广大生物学家所接受。该文阐述了构建系统发育树的基本流程,对目前用于构建系统发育树的四类算法(距离法、最大简约法、最大似然法... 详细信息

系统发育树又称进化树、生命树等,在达尔文的"进化论"一书中首次出现,之后系统发育树的重构被广大生物学家所接受。该文阐述了构建系统发育树的基本流程,对目前用于构建系统发育树的四类算法(距离法、最大简约法、最大似然法和贝叶斯法)进行了详细地分析和比较,并介绍了一些常用系统发育树构建和分析软件(PHYLIP、MEGA、MrBayes)的特点。

关键词：系统发育树距离矩阵法最大简约法最大似然法贝叶斯算法系统发育分析软件

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汉坦病毒系统发生分析及其基因分型的研究

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中国人兽共患病学报 2006年第3期22卷 193-197,201页

作者：张永振屈勇刚杨东明李莹 Zhen F.Fu 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所北京生物医药研究所 Department of Pathology College of Veterinary MedicineUniversity of GeorgiaAthensGA 30602USA

目的寻找适于汉坦病毒进行系统发生分析的系统发生树构建方法及其基因片段。选用GenBank中部分有代表性的汉坦病毒株,用M、S、M+S全序列,以及G1、G2的2003-2302、2741-2950核苷酸片段分别以邻位相连法(NJ)和最大简约法(MP)构建系统发生... 详细信息

目的寻找适于汉坦病毒进行系统发生分析的系统发生树构建方法及其基因片段。选用GenBank中部分有代表性的汉坦病毒株,用M、S、M+S全序列,以及G1、G2的2003-2302、2741-2950核苷酸片段分别以邻位相连法(NJ)和最大简约法(MP)构建系统发生树。用M+S、M、G1、以及G2的2003-2302片段以NJ法构建的系统发生树将所选25株病毒分为5个分支,分别对应于HTN、SEO、DOB、PUU血清型及引起HPS的Sin Nombre血清族。但用G2区的2741-2950片段构建的系统发生树将DOB型与HTN型分为一支。以MP法用M、M+S及G1片段构建的发生树,结果与NJ法相同,但用S与G2的2003-2302、2741-2950片段构建的系统发生树则不能将所有的病毒株分在相应的血清型。因此,汉坦病毒的基因分型及系统发生分析时,NJ法优于MP法;用M片段的G1核苷酸序列可以替代M与S片段全序列进行基因分型及系统发生分析。

关键词：汉坦病毒系统发生分析基因分型邻位相连法最大简约法

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系统发生树构建技术综述

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电子学报 2006年第11期34卷 2047-2052页

作者：李建伏郭茂祖哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院黑龙江哈尔滨150001

随着不同的分子测序技术的飞速发展使得大量的DNA分子数据不断涌现,这给生物学家提供了大量的数据使其实现重构地球上所有生命的进化树的梦想.并且,进化树的研究对于解决现代分子生物学中的许多问题都是非常关键的,如多序列比对、蛋白... 详细信息

随着不同的分子测序技术的飞速发展使得大量的DNA分子数据不断涌现,这给生物学家提供了大量的数据使其实现重构地球上所有生命的进化树的梦想.并且,进化树的研究对于解决现代分子生物学中的许多问题都是非常关键的,如多序列比对、蛋白质结构和功能预测以及药物设计等等.但是构建进化树又是一个非常复杂的问题.因此,进化树的研究成了一个研究热点.本文介绍了进化树研究的发展、研究现状,最后在总结现有的进化树构建技术存在的问题的基础上探讨了该领域进一步的研究方向.

关键词：系统发生树邻接法最大简约法最大似然法

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分子系统发育分析的生物信息学方法

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计算机科学 2010年第8期37卷 47-51,66页

作者：张树波赖剑煌广州航海高等专科学校计算机系广州510725 中山大学数学与计算科学学院广州510275 广东省信息安全技术重点实验室广州510725 中山大学信息技术与科学学院广州510275

物种之间的系统发育分析研究物种的形成或进化历史,以及物种之间的进化关系,它是当代生命科学研究的一个重要分支。分子生物学和计算机科学的发展,为人类采用计算的方法从分子水平研究生物的进化历史以及探索生命的起源提供了新的思路... 详细信息

物种之间的系统发育分析研究物种的形成或进化历史,以及物种之间的进化关系,它是当代生命科学研究的一个重要分支。分子生物学和计算机科学的发展,为人类采用计算的方法从分子水平研究生物的进化历史以及探索生命的起源提供了新的思路。在过去的几十年中,基于分子水平的系统发育学研究取得很大的进展,各种各样基于分子水平的系统发育树推断方法被提出来。现从物种进化距离刻画和系统发育树重构算法两个方面,总结和评述了在过去十几年里,人类利用生物信息学方法在分子水平上研究物种进化关系的进展和取得的成果,分析了物种进化研究存在的问题和面临的挑战,指出了物种进化研究今后的主要方向。

关键词：生物信息学系统发育分析基因进化最大简约法最大似然法邻接法

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唇口目苔藓动物分子系统演化及其主要类群分歧时间的推测

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科学通报 2005年第12期50卷 1205-1212页

作者：郝家胜李春香孙晓燕杨群中国科学院南京地质古生物研究所南京210008

对40种唇口目苔藓动物(包括新测的24种)线粒体16SrRNA基因序列进行了比较分析,运用邻接法和最大简约法构建了系统发生树;同时基于适宜的谱系发生关系和确证的化石记录资料,计算了唇口目苔藓动物16SrRNA基因的演化速率,并据此推测了唇口... 详细信息

对40种唇口目苔藓动物(包括新测的24种)线粒体16SrRNA基因序列进行了比较分析,运用邻接法和最大简约法构建了系统发生树;同时基于适宜的谱系发生关系和确证的化石记录资料,计算了唇口目苔藓动物16SrRNA基因的演化速率,并据此推测了唇口目2大主要类群(无囊类和狭义有囊类)的起源和分歧时间.结果显示,唇口目高级分类单元(超科及以上分类阶元)的系统发生大都和现今形态分类体系间存在明显的分歧;据估算,现生无囊类和狭义有囊类苔藓动物在约263Ma(中二叠纪,瓜德鲁普世)和183Ma(早侏罗纪)之前就已分化出来.

关键词：苔藓动物分歧时间唇口目系统演化推测类群 rRNA基因序列分子线粒体16S 系统发生树最大简约法比较分析记录资料发生关系分类体系分类单元早侏罗纪二叠纪狭义化石分化

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耳蕨属(鳞毛蕨科)的亚洲起源:来自rbcL序列的证据

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科学通报 2004年第9期49卷 874-878页

作者：李春香陆树刚杨群中国科学院南京地质古生物研究所现代古生物学和地层学国家重点实验室南京210008 云南大学生态学与地植物学研究所昆明650091

对60种(包括新测定的我国西南部的耳蕨和贯众属植物23种)广义耳蕨属polystichumsensulato(s.l.)植物的rbcL基因序列进行系统发育分析,并根据通过相对速率检验支系之间的遗传距离和rbcL基因的进化速率,估算广义耳蕨属起源和发生分歧的时... 详细信息

对60种(包括新测定的我国西南部的耳蕨和贯众属植物23种)广义耳蕨属polystichumsensulato(s.l.)植物的rbcL基因序列进行系统发育分析,并根据通过相对速率检验支系之间的遗传距离和rbcL基因的进化速率,估算广义耳蕨属起源和发生分歧的时间.用最大简约法(MP)和邻接法(NJ)构建的系统发育树基本一致,所分析的广义耳蕨属(包括贯众属Cyrtomium和鞭叶蕨属Cyrtomidictyum)构成一个单系群,支特广义耳蕨属的成立,位于系统树基部的支系均由来自亚洲的种类构成,而来自全世界各地的其余种类构成另一个支系.系统发育分析及分歧时间的估算结果显示,广义耳蕨属在晚白垩世晚期(约76Ma)首先从亚洲起源,在始新世早期(约46Ma)扩散到世界各地.

关键词：耳蕨属起源 rbcL 基因序列最大简约法邻接法系统发育鳞毛蕨科

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结合叶绿体基因matK/trnK序列和生境分析不同生态型芦苇的系统发育

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兰州大学学报（自然科学版） 2009年第3期45卷 50-54页

作者：龚晓洁闫广为浦铜良兰州大学生命科学学院植物学及植物生理研究所兰州730000

以甘肃省临泽县境内的4种生态型芦苇(Phragmites communis Trin。)的18个样品为材料,采用PCR扩增技术,以通用引物"matK-FF74",和"matK-trnK-2R"扩增matK/trnK序列,对纯化后的产物进行序列测定和分析。序列比对软件... 详细信息

以甘肃省临泽县境内的4种生态型芦苇(Phragmites communis Trin。)的18个样品为材料,采用PCR扩增技术,以通用引物"matK-FF74",和"matK-trnK-2R"扩增matK/trnK序列,对纯化后的产物进行序列测定和分析。序列比对软件为Clustal W,系统发育软件分析为PAUP4b10并用以构建MP和ML发育树和计算遗传距离,外群为芦竹(Arundo donax)。结果表明:matK/trnK序列长为1745～1753 bp,含有91个简约信息位点和120个可变位点,获得3个严格一致树。MP树和ML树共同说明水生芦苇是最古老的类群,它与沙丘芦苇之间的遗传距离最远,重度盐渍过渡型芦苇和轻度盐渍过渡型芦苇属于中间过渡类群。

关键词：生态型芦苇系统发育遗传距离最大简约法最大似然法甘肃省临泽县

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朱鹮线粒体DNA的分子系统发育(英文)

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动物分类学报 2003年第1期28卷 1-4页

作者：李明丁长青魏辅文玉手英利中国科学院动物研究所北京100080 日本石卷专修大学理工学部

朱是一种濒危鸟类。过度开发和栖息地的破坏导致了朱日本种群的绝灭 ,而在中国目前也仅存一野生种群。本文利用NJ法和最大简约法分析了鹳形目鸟类 977bp的线粒体DNA细胞色素b基因的部分序列 ,以期从DNA水平上阐明朱的系统地位。... 详细信息

朱是一种濒危鸟类。过度开发和栖息地的破坏导致了朱日本种群的绝灭 ,而在中国目前也仅存一野生种群。本文利用NJ法和最大简约法分析了鹳形目鸟类 977bp的线粒体DNA细胞色素b基因的部分序列 ,以期从DNA水平上阐明朱的系统地位。结果表明 ,朱与彩和非洲琶鹭组成一姐妹群 ;NJ法分析得出的结果与DNA杂交分析结果一致 ,即 ((科 ,鹭科 ) ,鹳科 ) ;而最大简约法分析的结果则与形态学结果一致 ,即 ((鹭科 ,鹳科 ) ,科 )。同时 ,这两种系统树上较低的置信度 ,认为部分是由于可用细胞色素b基因序列的有限所致。

关键词：朱Huan 线粒体DNA 分子系统发育鹳形目 NJ法最大简约法

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海葵目4种海葵线粒体cyt b基因的序列分析

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浙江大学学报（理学版） 2010年第1期37卷 87-91页

作者：郑聪霞姜乃澄沈琴芳浙江大学生命科学学院浙江杭州310058 浙江教育学院浙江杭州310012 余杭区畜牧兽医局浙江杭州311100

采用CTAB法提取浙江沿海海葵目4种海葵的基因组,PCR获取4种海葵的线粒体cytb基因的部分序列(1Kb左右),经序列比对,并利用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)进行了系统发育关系的分析.结果发现,红海葵(Actinia equine)、黄侧花海葵(Anthopleu r... 详细信息

采用CTAB法提取浙江沿海海葵目4种海葵的基因组,PCR获取4种海葵的线粒体cytb基因的部分序列(1Kb左右),经序列比对,并利用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)进行了系统发育关系的分析.结果发现,红海葵(Actinia equine)、黄侧花海葵(Anthopleu raxanthogrammica)及绿疣海葵(Anthopleura midori)3种海葵与已知的海葵科物种老年细指海葵(Metridiumsenile)的Cytb基因序列相似性分别均为88%、87.6%和86.9%.NJ法和MP法建立的分子系统树显示,3种海葵与海葵科物种首先聚支,属于同一分类单元.星虫状海葵(Edwardsia sipunculoides)现有分类地位属于爱氏海葵科,但在上述两种分子聚类分析中,均较海葵科物种老年细指海葵更先归入海葵科聚支,其置信度在NJ和MP中分别高达到100%、99%的自引导值.因此,星虫状海葵所在的艾氏属(Edwardsia),归入海葵科较为合理.

关键词：海葵 cyt b 系统发育树邻接法最大简约法

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