检索结果-内蒙古大学图书馆

作者：张宝敏中国疾病预防控制中心

学位级别：硕士

[背景]人类肠道病毒(Human Enterovirus, HEV)属于小核糖核酸病毒科(Picornavirdae)肠道病毒(Enterovirus)属,目前已经报道了119个血清型,被分为EV-A、EV-B、EV-C和EV-D共4组。多数情况下,HEV感染的病人是无症状的,或者只引起轻微症状,... 详细信息

[背景]人类肠道病毒(Human Enterovirus, HEV)属于小核糖核酸病毒科(Picornavirdae)肠道病毒(Enterovirus)属,目前已经报道了119个血清型,被分为EV-A、EV-B、EV-C和EV-D共4组。多数情况下,HEV感染的病人是无症状的,或者只引起轻微症状,如发热、皮疹、或轻微上呼吸道症状；但有时HEV感染也可以引起广泛多样的临床疾病,如急性出血性结膜炎、无菌性脑膜炎、急性弛缓性麻痹(Acute Flaccid Paralysis, AFP)、手足口病(Hand, Foot and Mouth Disease、心肌炎、类感冒病症等。近年来,由HEV引起的各类疾病一直旱.现上升趋势。HEV病毒的基因组为单股正链RNA,长约7.5kb,整个基因组只含有一个开放阅读框架(Open Reading Frame, ORF),编码一个多聚蛋白(Polyprotein),最后水解产生VP1-VP4共4个结构蛋白和7个非结构蛋白。其中VP1蛋白是最主要的衣壳蛋白,是HEV与宿主细胞上受体进行识别、结合的主要结构,包含重要的血清型特异性中和位点；VP1蛋白位于病毒颗粒的最外表而,在机体免疫压力下,会发生变异而形成不同的流行株。因此,对VPl蛋白核苷酸序列的研究,不仅可以确定HEV的血清型别,而且可以说明病毒核酸之间同源性的大小,从而明确病毒进化变异的方向及其传播链。手足口病是多种肠道病毒(EV)引起的常见传染病。自中国大陆地区在2007年出现HFMD的爆发流行后,手足口病渐渐受到关注,据近年来的相关文献报道看,中国大陆手足口病的疫情有愈演愈烈的倾向,HFMD已经成为严重威胁广大人群特别是儿童身体健康与生命安全的重大公共卫生问题之一。EV71和CA16是引起HFMD的主要病原体,对手足口病病原学的研究多也集中在EV71和CA16,对其他肠道病毒的研究相对较少,在但近年来,一些地区的HFMD监测数据表明,其他型肠道病毒的病原构成比例有所升高,CVA4就是其中之一。本研究针对2008-2012年中国大陆地区HF-MI)病例中分离的CVA4毒株VPI编码区和3D区基因特征,开展分子流行分析。[目的]通过对2008-2012年中国大陆地区HFMD病例中的CVA4毒株VP1和3D基因特征进行系统性的分析,阐明其在我国的基因变异变迁规律。丰富我国和世界上CVA4的毒株库和基因信息库,为我国CVA4引起的HFMD的诊断、预防和控制提供科学支持。[研究方法]1.毒株来源：2012年江苏省赣榆县的1246份HFMD、病毒性脑炎、疱疹性咽峡炎临床标本分离的CVA4病毒57株；2008-2012年中国大陆HFMD监测网络实验室在其他地区HFMD病例中分离到19株CVA4。2.基因测序：提取病毒RNA, RT-PCR扩增VP1和3D区基因全长,并对PCR产物进行序列测定。3.生物信息学分析：采用BioEdit Sequence Alignment Editor software 7.0软件对本研究CVA4的VP1和3D基因与GenBank中检索到的中国及其它国家和地区的CVA4的VP1和3D基因进行核苷酸序列进行同源性比较,并对VP1基因核苷酸的基因变异所提示的氨基酸序列变异进行对比分析。使用Mega5.0软件,以相邻连接方法(Neighbor-joining Method)构建VP1区和3D区系统进化树,进行亲缘性和进化分析。[结果]1.江苏省赣榆县HFMD、病毒性脑炎、疱疹性咽峡炎等临床标本共分离到350株毒株,其中CVB3(142株)、CVA4(57株),CVA10(31株)、CVA16(29株)、EV71(24株)等。CVA4排第二位,所占比例为16%。赣榆县分离到的57株CVA4毒株VP1 5’端564个核苷酸序列同源性为94.0%-100%,氨基酸序列同源性为97.8%-100%,选取2株做VPl编码区基因915个核苷酸的序列测定。2.中国大陆分离到的21株CVA4代表株的VP1区序列相互间核苷酸序列的同源性为94.1%-100%,氨基酸序列同源性为97.3%-100%,同源性较高,进化关系密切。3.本次研究获得的2008-2012年21株CVA4代表株VP1序列和在GenBank中获得分离于中国大陆的10株CVA4的VP1序列做同源性分析：中国大陆分离到的31株CVA4的VP1区编码区基因的同源性在85.5%-100%之间,氨基酸序列同源性为97.5%-100%,同源性较高,属于同一个基因型,核苷酸的突变多为同义突变；1998年分离于山东省AFP病例的两株CVA4与其他年份分离的毒株核苷酸序列同源性在88.5%-89.9%,序列差异较大。排除1998年分离株,其余HFMD与AFP分离株之间的核苷酸序列同源性为94.8

关键词：人肠道病毒手足口病柯萨奇病毒a组4型 VP1基因基因型

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吉林省急性弛缓性麻痹病例和健康人群中柯萨奇病毒a组4型的基因特征分析

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中国疫苗和免疫 2012年第6期18卷 531-535,565页

作者：刘桂艳周剑惠陈超杜占森常新王爽魏雷雷林琳王晶张勇张晓磊吉林省疾病预防控制中心吉林省卫生厅病毒重点实验室长春130062 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室北京102206 长春市朝阳区疾病预防控制中心吉林长春130000

目的了解吉林省2006年和2008年急性弛缓性麻痹(Acute Flaccid Paralysis,AFP)病例和健康人群中分离到的柯萨奇病毒a组4型(Coxsackievirus Group A Type4,CVA4)的基因特征,探索特定血清型肠道病毒(Enterovirus,EV)与AFP病例之间的关系。方法从75例AFP病例和60例边境地区健康人群中采集原始粪便标本,使用人横纹肌肉瘤(Human Rhabdom yosarcom a,RD)细胞和人喉癌(Human Laryngeal Carcinoma,Hep-2)上皮细胞进行病毒分离,阳性标本用EV组合血清进行中和试验鉴定血清型,未能定型的标本用EVVP4-VP2蛋白编码区引物通过逆转录-聚合酶链反应(Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction,RT-PCR)进行扩增,扩增阳性标本通过基因序列分析鉴定血清型。从中挑选CVA4扩增全长VP1编码区片段并进行核苷酸序列测定和分析,测序结果利用Bioedit软件进行核苷酸和氨基酸同源性分析,用Mega软件建立基因进化树,进行基因亲缘关系分析。结果使用RD细胞从AFP病例粪便标本中分离到5株CVA4,从健康人群粪便标本中分离到4株CVA4。这9株病毒用EV组合血清均无法定型,经过VP4-VP2测序的方法鉴定为CVA4。9株病毒VP1编码区的核苷酸和氨基酸同源性分别为88.3%～100%和98%～100%,与CVA4原型株CVA4/HighPoint(海波因特)/USA(美国)/1950的核苷酸和氨基酸同源性分别为83.3%～85.6%和97.7%～98.6%。其中4株来自AFP病例的病毒具有高度的基因同源性(99.6%～100%),这4株病毒与来自健康人群的病毒比较,核苷酸和氨基酸同源性分别为88.3%～88.9%和98.0%～98.6%。在基因进化树上显示,这4株来自AFP病例的CVA4构成一个独立的分支。结论基因进化分析表明,4株来自AFP病例的毒株VP1编码区的基因特征,与来自健康人群的毒株的基因特征显著不同。

关键词：急性弛缓性麻痹病例健康人群柯萨奇病毒a组4型基因特征

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从手足口病病例分离的两株柯萨奇病毒a组4型毒株的VP_4～VP_2区基因特征分析

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中国疫苗和免疫 2009年第4期15卷 345-349页

作者：刘建锋张勇李慧赵晓虹甄晓荣严冬梅付鸿陈瑛王东绝祝双利安洪秋郭学斌许文波甘肃省疾病预防控制中心兰州730000 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所病毒基因工程国家重点实验室世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室北京100050

目的研究2008年甘肃省从手足口病(Hand,Foot and Mouth Disease,HFMD)患儿分离的柯萨奇病毒a组4型(Coxsackievirus A4,CVA4)的VP4～VP2区特征。方法采集门诊就诊的两例HFMD患儿的临床标本,接种人横纹肌肉瘤细胞(Human Rhabdomyosarcoma,RD细胞)分离病毒,然后对阳性病毒分离物使用逆转录-聚合酶链反应法扩增病毒VP4～VP2区,并进行核苷酸序列测定和分析,通过生物信息学的方法进行分子定型,最后与其它16株基因数据库中登录的CVA4株构建亲缘进化树图。结果使用RD细胞成功地从两例HFMD患儿的临床标本中分离到病毒,分子定型鉴定为CVA4。2株CVA4在VP4～VP2区核苷酸同源性为94.6%,氨基酸同源性为100%;与CVA4原型株High Point/USA/1948株的核苷酸和氨基酸同源性分别为85.5%～85.8%和99.3%。在亲缘进化树图中显示,2株CVA4分离株位于独立的进化支中。结论与基因数据库中登录的在日本、蒙古分离的CVA4株相比,从甘肃省2008年HFMD病例分离的两株CVA4,在VP4～VP2区核苷酸序列上差异很大。同源进化分析结果表明,甘肃省CVA4属于独立的进化支。

关键词：手足口病柯萨奇病毒a组4型基因特征

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2022年嘉兴市手足口病病原构成及柯萨奇病毒CV-A4基因特征分析

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实用预防医学 2025年第3期32卷 297-302页

作者：吕沈聪吉季梅陈中文燕勇宋银朱国英嘉兴市疾病预防控制中心浙江嘉兴314050

目的分析嘉兴市2022年手足口病的病原学组成,并对柯萨奇病毒A4型(coxsackievirus A4,CV-A4)的基因特征进行研究,为手足口病防控提供依据。方法对2022年嘉兴市采集的585份临床诊断为手足口病的儿童肛拭子和咽拭子样本进行核酸检测肠道病... 详细信息

目的分析嘉兴市2022年手足口病的病原学组成,并对柯萨奇病毒A4型(coxsackievirus A4,CV-A4)的基因特征进行研究,为手足口病防控提供依据。方法对2022年嘉兴市采集的585份临床诊断为手足口病的儿童肛拭子和咽拭子样本进行核酸检测肠道病毒(enterovirus,EV)、肠道病毒71型(enterovirus A71,EV-A71)、柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16,CV-A16)、柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus A6,CV-A6)、柯萨奇病毒A组10型(coxsackievirus A10,CV-A10)。未分出型别的样本开展基因测序,对CV-A4样本构建进化树以及进行核苷酸和氨基酸分析。结果2022年共收集到585份手足口病临床样本,其中检出CV-A6302份,CV-A1691份,CV-A1071份,分别占51.62%、15.56%和12.14%;非EV-A71/CV-A6/CV-A10/CV-A16的EV阳性样本78份,占13.33%。选择非EV-A71/CV-A6/CV-A10/CV-A16的EV阳性样本中的部分标本开展基因测序,检出CV-A412份。序列分析发现嘉兴市检出的CV-A4均属于C2基因亚型,VP1基因核苷酸同源性为90.7%~100.0%,氨基酸同源性为98.0%~100.0%。与原型株High_Point(AY421762.1)VP1基因相比较,12份CV-A4 VP1序列共存在12个变异位点。结论引起嘉兴市2022年手足口病流行的病原中CV-A6最多,其次为CV-A16和CV-A10。其他样本中发现CV-A4血清型也是引起手足口病的常见型别,需要密切关注其分子流行特征。

关键词：手足口病柯萨奇病毒a组4型 VP1区基因型

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深圳地区疱疹性咽峡炎疫情的柯萨奇病毒A4型VP1区基因特征分析

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中华医学杂志 2015年第16期95卷 1226-1229页

作者：蔡春林姚相杰卓菲何雅青杨贵清深圳市罗湖区疾病预防控制中心微生物检验科 518020 深圳市疾病预防控制中心重大传染病监控实验室

目的分析从2012年和2014年深圳市2起疱疹性咽峡炎疫情中获得的6株柯萨奇病毒a组4型（CVA4）的VP1区遗传进化特征.方法采用荧光定量反转录（RT）-PCR法对疱疹性咽峡炎患儿咽拭子标本进行总肠道病毒（EV）、人肠道病毒71型（EV71）、柯... 详细信息

目的分析从2012年和2014年深圳市2起疱疹性咽峡炎疫情中获得的6株柯萨奇病毒a组4型（CVA4）的VP1区遗传进化特征.方法采用荧光定量反转录（RT）-PCR法对疱疹性咽峡炎患儿咽拭子标本进行总肠道病毒（EV）、人肠道病毒71型（EV71）、柯萨奇病毒A组16型（CVA16）、CVA4、CVA6和CVA10进行检测,对CVA4阳性样本采用RT-PCR方法扩增其VP1区全长序列,并进行核苷酸序列测定和系统进化分析.结果在2起疫情中共鉴定出6株CVA4病毒,均为GIb基因亚型.其中的2014年深圳CVA4病毒株与2012年深圳CVA4病毒株核苷酸的同源性仅为94.1％（变异率达5.9％）;氨基酸的同源性为98.3％,共发现5个氨基酸突变aa22N-S、aa34T-A、aa63N-S、aa165A-D、aa200T-A.进化分析表明,2012年深圳CVA4病毒株与山东省KF150144株进化关系最近;而2014年深圳CVA4病毒株与吉林省JQ715709株的进化关系最近.结论 2014年深圳CVA4病毒株和2012年病毒株的VP1区存在较大的核苷酸变异,基因内部走势明显不同.

关键词：柯萨奇病毒a组4型疱疹性咽峡炎 VP1区基因型

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北京市通州区一起聚集性发热疫情的病原学鉴定及柯萨奇病毒A4型基因特征分析

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病毒学报 2024年第6期40卷 1316-1323页

作者：邹林甄博珺张萍张冲佟玲张建明郗璐王建国王芳高翔李仁清北京市通州区疾病预防控制中心北京101100 北京市疾病预防控制中心北京100013

本研究旨在对2023年7月北京市通州区发生的一起聚集性发热疫情进行病原学和基因特征研究,为相关疫情防控提供参考。本研究采用实时荧光RT-PCR对患者咽拭子标本进行肠道病毒核酸检测,并对7例肠道病毒核酸阳性分离株VP1基因进行测序和Blas... 详细信息

本研究旨在对2023年7月北京市通州区发生的一起聚集性发热疫情进行病原学和基因特征研究,为相关疫情防控提供参考。本研究采用实时荧光RT-PCR对患者咽拭子标本进行肠道病毒核酸检测,并对7例肠道病毒核酸阳性分离株VP1基因进行测序和Blast型别鉴定,随后与筛选自不同国家和地区的CVA4的VP1序列的代表株进行系统发育树构建、核苷酸序列相似性及氨基酸变异位点等分析。结果显示,通州区7例肠道病毒核酸阳性标本均为柯萨奇病毒a组4型(Coxsackievirus A4,CVA4)。通过对从NCBI公共数据库筛选的来自全球的324条CVA4的全长VP1序列构建系统发育树,发现CVA4可分为A~F 6个基因型,F基因型分为F1和F2亚型。相似性分析表明,7株分离株与CVA4 F2亚型核苷酸相似性最高,中位数为0.936(0.927~0.945),与F2亚型氨基酸相似性中位数为0.993(0.990~0.996)。因此北京市通州区此次聚集性发热疫情是由CVA4引起,属于F基因型F2亚型,提示未来工作应加强对CVA4的监测。

关键词：柯萨奇病毒a组4型 F基因型序列分析分子特征

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2018-2021年云南省手足口病病例柯萨奇病毒A4型流行株基因特征

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中国疫苗和免疫 2022年第6期28卷 690-694页

作者：杨溪姜黎黎周晓芳寸建萍罗春蕊张勇伏晓庆田炳均云南省疾病预防控制中心云南昆明650022

目的分析云南省手足口病(Hand, foot and mouth disease, HFMD)病例柯萨奇病毒a组4型(Coxsackievirus A4,CVA4)分离株基因特征。方法在云南省7个市州采集2018-2021年HFMD病例粪便标本,进行肠道病毒RNA提取、VP1区基因扩增、序列测定... 详细信息

目的分析云南省手足口病(Hand, foot and mouth disease, HFMD)病例柯萨奇病毒a组4型(Coxsackievirus A4,CVA4)分离株基因特征。方法在云南省7个市州采集2018-2021年HFMD病例粪便标本,进行肠道病毒RNA提取、VP1区基因扩增、序列测定和基因型别鉴定;构建CVA4分离株与基因库中参考株系统进化树,分析核苷酸和氨基酸相似性。结果从28 565例HFMD病例粪便标本中获得13株CVA4,其中2018年1株、2019年1株、2020年6株、2021年5株;C2基因亚型11株、C4基因亚型2株。C4和C2基因亚型之间核苷酸、氨基酸平均相似性分别为85.77%、93.27%;与原型株HighPoint相比,C2基因亚型核苷酸、氨基酸平均相似性分别为84.51%、93.27%,C4基因亚型分别为84.44%、93.78%。结论 2018-2021年云南省HFMD病例CVA4的优势流行株为C2基因亚型;需继续加强CVA4分子流行病学监测。

关键词：手足口病肠道病毒柯萨奇病毒a组4型基因特征

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青岛市7株柯萨奇病毒A4型分离株全基因特征分析

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中国病毒病杂志 2022年第5期12卷 376-380页

作者：宫金伶张秀莲肖思颖刘思彤刘颂孙睿汪照国柴青青岛市疾病预防控制中心病毒性疾病检验所山东青岛266033

目的了解7株青岛市CVA4病毒株的全基因组特征,探讨CVA4毒株的基因变异进化特征。方法对人恶性胚胎横纹肌瘤细胞(human malignant embryonal rhabdomyoma cell, RD cell)培养分离得到的7株来源于青岛市手足口病普通病例的CVA4毒株进行... 详细信息

目的了解7株青岛市CVA4病毒株的全基因组特征,探讨CVA4毒株的基因变异进化特征。方法对人恶性胚胎横纹肌瘤细胞(human malignant embryonal rhabdomyoma cell, RD cell)培养分离得到的7株来源于青岛市手足口病普通病例的CVA4毒株进行全基因组序列扩增,应用BioEdit7.09、DNASTAR6.0、MEGA5.2和SimPlot序列分析软件对扩增产物进行拼接比对测序,并与从GenBank中选取的5株中国CVA4毒株进行比对。结果 7株青岛CVA4毒株基因组核苷酸数目为7 344~7 395 bp,与原型株AY421762.1HIGH POINT比较,在编码区无碱基插入和缺失。对7株毒株进行两两同源比对,结果显示7株青岛CVA4毒株全基因组序列核苷酸一致性为87.44%~97.79%,氨基酸同源性为97.17%~99.09%。基因重组分析结果显示,15FG936株与A2/P373/2013/China株存在基因重组,15FG1059株与CV-A6/40428/TKM/2011株存在基因重组,其他5株CVA4毒株未发现明显的重组。结论青岛市7株CVA4毒株中有2株发生了基因重组变异。

关键词：手足口病柯萨奇病毒a组4型全基因组核苷酸一致性氨基酸同源性

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某哨点医院疱疹性咽峡炎相关肠道病毒VP1基因特征分析

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疾病监测 2023年

作者：李润刘嘉婧吴文成张靖翊崔晓青袁芳滕峥王嘉瑜上海市疾病预防控制中心

目的分析上海市某哨点医院疱疹性咽峡炎（Herpangina，HA）标本病例信息的流行病学及主要病原体VP1基因特征，为HA防控提供参考依据。方法采集2020—2021年上海市某哨点医院HA病例标本及信息进行描述性统计分析；采用实时荧光定量聚... 详细信息

目的分析上海市某哨点医院疱疹性咽峡炎（Herpangina，HA）标本病例信息的流行病学及主要病原体VP1基因特征，为HA防控提供参考依据。方法采集2020—2021年上海市某哨点医院HA病例标本及信息进行描述性统计分析；采用实时荧光定量聚合酶链反应（PCR）开展肠道病毒血清型鉴定，对阳性标本进行病毒分离、VP1基因测序及基因进化、核苷酸及氨基酸同源性分析。结果 155例HA标本中肠道病毒阳性病例95例，3～6岁学龄前儿童发病率最高，占确诊病例的57.9%。柯萨奇病毒（Coxsackievirus， CV）A组6型、CV-A4分别为2020和2021年引起HA的主要优势血清型，检出率分别为33.7%、29.5%，未发现肠道病毒（Enterovirus， EV）71型、CV-A5等其他肠道病毒血清型感染病例。基于VP1基因区段，CV-A4、CV-A6、EV-A71、CV-A10和CV-A16基因型分别为C2 Cluster1、D3、C4a、C、B1b，自HA标本中分离的毒株与我国主要流行株的核苷酸同源性分别为92.6%～96.1%、89.7%～97.0%、92.0%～94.6%、90.7%～97.0%和92.2%～93.7%，氨基酸同源性分别为92.9%～96.2%、97.2%～99.7%、98.3%～99.3%、91.1%～97.1%和96.0%～97.1%。结论 2020—2021年上海市某哨点医院HA易感人群以3～6岁学龄前儿童为主；CV-A6、CV-A4是HA的主要血清型；2021年，CV-A4成为引起HA最主要的血清型；所分离肠道病毒与我国大陆地区优势流行株具有较高同源性。持续开展HA病原谱变化和病毒基因组特征监测对了解病毒传播及防控策略的制定具有参考意义。

关键词：疱疹性咽峡炎肠道病毒 VP1基因特征柯萨奇病毒a组4型柯萨奇病毒A组6型

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2020-2021年上海市某哨点医院疱疹性咽峡炎流行特征及相关肠道病毒VP1基因特征分析

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疾病监测 2024年第4期39卷 439-445页

作者：李润刘嘉婧吴文成张靖翊崔晓青袁芳滕峥王嘉瑜上海市疾病预防控制中心上海200336

目的分析2020—2021年上海市某哨点医院疱疹性咽峡炎(HA)标本病例信息的流行病学及主要病原体VP1基因特征,为HA防控提供参考依据。方法采集2020—2021年上海市某哨点医院HA病例标本及信息进行描述性统计分析;采用实时荧光定量聚合酶链... 详细信息

目的分析2020—2021年上海市某哨点医院疱疹性咽峡炎(HA)标本病例信息的流行病学及主要病原体VP1基因特征,为HA防控提供参考依据。方法采集2020—2021年上海市某哨点医院HA病例标本及信息进行描述性统计分析;采用实时荧光定量聚合酶链式反应开展肠道病毒血清型鉴定,对阳性标本进行病毒分离、VP1基因测序及基因进化、核苷酸及氨基酸同源性分析。结果155例HA标本中肠道病毒阳性病例95例,3~6岁学龄前儿童发病率最高,占确诊病例的57.90%。柯萨奇病毒(Cox)A组6型、Cox A4分别为2020和2021年引起HA的主要优势血清型,检出率分别为33.70%、29.50%,未发现肠道病毒(EV)71型、Cox A5等其他肠道病毒血清型感染病例。基于VP1基因区段,Cox A4、Cox A6、EV71、Cox A10和Cox A16基因型分别为C2 Cluster1、D3、C4a、C、B1b,自HA标本中分离的毒株与我国主要流行株的核苷酸同源性分别为92.60%~96.10%、89.70%~97.00%、92.00%~94.60%、90.70%~97.00%和92.20%~93.70%,氨基酸同源性分别为92.90%~96.20%、97.20%~99.70%、98.30%~99.30%、91.10%~97.10%和96.00%~97.10%。结论2020—2021年上海市某哨点医院HA易感人群以3~6岁学龄前儿童为主;Cox A6、Cox A4是HA的主要血清型;2021年,Cox A4成为引起HA最主要的血清型;所分离肠道病毒与我国优势流行株具有较高同源性。持续开展HA病原谱变化和病毒基因组特征监测对了解病毒传播及防控策略的制定具有参考意义。

关键词：疱疹性咽峡炎肠道病毒 VP1基因特征柯萨奇病毒a组4型柯萨奇病毒A组6型

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