检索结果-内蒙古大学图书馆

中华医学杂志 2015年第2期95卷 106-111页

作者：钱晓燕王帅沈胤晨吴荻张志尚冯云韩晓红石远凯北京协和医学院中国医学科学院肿瘤医院肿瘤研究所内科抗肿瘤分子靶向药物临床研究北京市重点实验室 100021

目的比较临床常用的两种方法检测晚期非小细胞肺癌（NSCLC）表皮生长因子受体（EGFR）基因突变状态结果的差异,探讨福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织切片标本的不同保存方式对DNA数量、质量及对检测结果的影响.方法收集中国医学科学... 详细信息

目的比较临床常用的两种方法检测晚期非小细胞肺癌（NSCLC）表皮生长因子受体（EGFR）基因突变状态结果的差异,探讨福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织切片标本的不同保存方式对DNA数量、质量及对检测结果的影响.方法收集中国医学科学院肿瘤医院2010年11月至2011年8月晚期NSCLC FFPE组织切片标本150份,分别采用楔形探针扩增阻滞突变系统（ScorpionsARMS）和直接测序法检测EGFR第18、19、20、21号外显子突变状态,分析两种方法检测EGFR基因突变结果的差异,对结果不一致病例收集临床治疗情况及生存数据并进行分析.对其中30份FFPE标本提取DNA并保存于-20℃3年,同样的30份FFPE标本按常规方法保存3年后再提取DNA,比较两种保存方式对DNA的数量、质量及对检测结果的影响.结果 Scorpions ARMS法检测EGFR基因突变的成功率（100％）高于直接测序法（87.3％）,差异有统计学意义（χ^2=20.28,P＜0.05）.两种方法检测EGFR基因突变的一致率为84.7％,一致性较好（Kappa=0.738,P＜0.001）.分析结果不一致病例中5例接受靶向药物治疗后患者的生存情况,与ARMS检测结果一致性相对较好.新鲜FFPE标本提取并贮存于-20℃、3年的DNA与FFPE标本按常规方法保存3年后提取的DNA相比,后者质量相对较差,片段化程度更严重,但两种保存方法获取的DNA的EGFR基因突变检测结果均一致.结论 Scorpions ARMS与直接测序法联合检测结果更为全面、可靠.检测结果不确定的患者应以临床治疗及生存资料支持诊断.FFPE标本提取DNA后低温贮存,更有利于DNA完整性的保存.

关键词：肺肿瘤表皮生长因子受体基因突变直接测序楔形探针扩增阻滞突变系统

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EGFR及KRAS基因突变临床检测方法学比较及其影响因素分析

EGFR及KRAS基因突变临床检测方法学比较及其影响因素分析

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作者：钱晓燕北京协和医学院

学位级别：硕士

第一章：EGFR基因突变检测方法学比较及其影响因素分析[目的] 比较临床常用的两种方法检测晚期非小细胞肺癌（non-small cell lung cancer,NSCLC）表皮生长因子受体（epidermal growth factor receptor, EGFR）基因突变状态结果的差异,... 详细信息

第一章：EGFR基因突变检测方法学比较及其影响因素分析[目的] 比较临床常用的两种方法检测晚期非小细胞肺癌（non-small cell lung cancer,NSCLC）表皮生长因子受体（epidermal growth factor receptor, EGFR）基因突变状态结果的差异,探讨福尔马林固定石蜡包埋（formalin fixed paraffin embedded, FFPE）组织切片标本的不同保存方式对DNA数量、质量及对检测结果的影响。[方法]收集中国医学科学院肿瘤医院2010年11月至2011年8月晚期NSCLCFFPE组织切片标本150份,分别采用楔形探针扩增阻滞突变系统（Scorpions amplification refractory mutation system, ARMS）和直接测序法检测EGFR第18、19、20、21号外显子突变状态,分析两种方法检测EGFR基因突变结果的差异,对结果不一致病例收集临床治疗情况及生存数据并进行分析。对其中30份FFPE标本提取DNA并保存于-20℃ 3年,同样的30份FFPE标本按常规方法保存3年后再提取DNA,比较两种保存方式对DNA的数量、质量及对检测结果的影响。[结果]Scorpions ARMS法检测EGFR基因突变的成功率（100%）高于直接测序法（87.3%）,差异有统计学意义（χ2=20.28,P<0.05）。两种方法检测EGFR基因突变的一致率为87.0%,一致性较好（Kappa=0.738,P<0.001）。直接测序法共检测到7种ARMS试剂盒未包含的突变类型,其中19号外显子E746S747>IP突变及20号外显子H773同义突变为新发现的突变类型。分析结果不一致病例中5例接受靶向药物治疗后患者的生存情况,与ARMS检测结果一致性相对较好。新鲜FFPE标本提取并贮存于-20℃ 3年的DNA与FFPE标本按常规方法保存3年后提取的DNA相比,后者质量相对较差,片段化程度更严重,但两种保存方法获取的DNA的EGFR基因突变检测结果均一致。[结论]ARMS法对EGFR基因突变的检测成功率较高且灵敏度较好。直接测序法可以检测到EGFR基因的少见突变类型。FFPE标本提取DNA后低温贮存,更有利于DNA完整性的保存。第二章：直接测序法与荧光PCR法检测结直肠癌患者KRAS基因突变的对比分析[目的]比较直接测序法和荧光定量PCR法检测结直肠癌KRAS基因突变状态结果的差异,探讨KRAS基因突变与结直肠癌患者临床病理特征的相关性。[方法]收集中国医学科学院肿瘤医院2010年8月至2011年12月结直肠FFPE组织切片标本200份,分别采用直接测序法和荧光PCR法检测KRAS基因外显子2中第12和13号密码子最常见的7种突变类型,将两种方法检测结果进行对比分析,对结果不一致病例采用蝎形探针扩增阻滞突变系统法（Scorpions amplification refractory mutation system,ARMS）进行验证。同时,收集患者临床资料,分析KRAS基因突变与结直肠癌患者临床病理特征的相关性。[结果]两种方法检测KRAS基因突变的总一致率为93.5%（187/200）,一致性较好（Kappa=0.853,P<0.05）。当Ct值小于26、介于28/29～31之间、大于31时,荧光PCR法与直接测序法一致率较高,分别为96.8%、100%、100%。当Ct值介于26～28/29之间时,荧光PCR法与直接测序法一致率较低,为0.0%。KRAS基因突变与肿瘤的T分期有关（P=0.047）,KRAS 13密码子突变与肿瘤分化程度有关（P=0.037）。[结论]在检测前对相应肿瘤区域进行划分,只刮取肿瘤组织进行DNA的提取,能使直接测序法检测KRAS基因突变的结果更加准确、可靠。对于荧光PCR检测结果图中扩增曲线有升起但Ct值大于26的标本,建议复测或更换检测方法进行验证。

关键词：肺肿瘤表皮生长因子受体基因突变直接测序楔形探针扩增阻滞突变系统结直肠肿瘤 KRAS 基因突变直接测序荧光定量PCR

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