检索结果-内蒙古大学图书馆

作者：木其尔内蒙古大学

学位级别：硕士

禽呼肠孤病毒(Avian reovirus, ARV)属于呼肠孤病毒科,正呼肠孤病毒属,是鸡病毒性关节炎和腱鞘炎的主要病原。机体感染禽呼肠孤病毒后,免疫力降低,导致对其它传染病的易感性增加。禽呼肠孤病毒与广泛研究的哺乳动物正呼肠孤病毒在结构... 详细信息

禽呼肠孤病毒(Avian reovirus, ARV)属于呼肠孤病毒科,正呼肠孤病毒属,是鸡病毒性关节炎和腱鞘炎的主要病原。机体感染禽呼肠孤病毒后,免疫力降低,导致对其它传染病的易感性增加。禽呼肠孤病毒与广泛研究的哺乳动物正呼肠孤病毒在结构与基因组组成上几乎相同。两个病毒基因组都是由10个基因片段组成的线性双股RNA,可将10个基因片段分为大(L)、中(M)、小(S)三个组。禽呼肠孤病毒三组基因片段编码λA,λB,λC,μA,μB(μBC、μBN),μNSC,μNS,P10,P17,σC,σA,σB和σNS15种蛋白质。本论文中,我们利用搜索序列模体的方法找到了禽呼肠孤病毒这15种蛋白质的功能位点。模体是蛋白质进化过程中的保守区域,它们通常对蛋白质的功能起着重要作用。因此,禽呼肠孤病毒蛋白质序列模体的特征分析对研究蛋白质结构和功能具有重要意义,并能进一步理解禽呼肠孤病毒的致病机制。为了识别禽呼肠孤病毒基因组的特征模体和禽呼肠孤病毒的致病机制,本文以禽呼肠孤病毒蛋白质序列为研究对象,从数据库NCBI中提取了240条禽呼肠孤病毒蛋白质序列,分别构建了禽呼肠孤病毒大、中、小蛋白质序列数据集,并对数据集进行了序列相似性分析。利用ScanProsite和MEME模体搜索工具,提取了所构建的数据集的序列模体,统计分析了模体出现的频次。发现禽呼肠孤病毒蛋白质序列中PS01177、PS01208、PS00198、PS00197、PS00022、PS00028和PS01185出现的频次较多。出现频数较多的模体PS00028是锌指模体具有特殊的生物学功能。经实验工作者研究发现人呼吸道合胞病毒M2蛋白也含锌指模体,并在实验上已经证明了该模体的生物学功能。禽呼肠孤病毒蛋白质含有的锌指模体也可能执行相应的生物学功能,而本论文中提取的那些未被实验验证的模体,有望为找到禽呼肠孤病毒蛋白质功能位点提供有力帮助。

关键词：禽呼肠孤病毒基因组模体特征功能位点

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蛋白质超家族模体特征的分析与超家族的识别

蛋白质超家族模体特征的分析与超家族的识别

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作者：马淑杰内蒙古大学

学位级别：硕士

模体是蛋白质进化过程中的保守区域,并且能够反映蛋白质超家族之间亲缘关系,它们通常对蛋白质的功能起重要作用。因此,蛋白质超家族的模体特征分析及蛋白质超家族的识别对研究蛋白质结构和功能具有重要意义。本文以蛋白质超家族中的模... 详细信息

模体是蛋白质进化过程中的保守区域,并且能够反映蛋白质超家族之间亲缘关系,它们通常对蛋白质的功能起重要作用。因此,蛋白质超家族的模体特征分析及蛋白质超家族的识别对研究蛋白质结构和功能具有重要意义。本文以蛋白质超家族中的模体和序列为研究对象,用生物统计学和生物数学中的方法,从蛋白质超家族中的模体功能特征分析及相对位置分布统计、信息特征提取和蛋白质超家族识别这三个方面进行了研究。主要研究工作概括如下: 首先,从蛋白质结构分类数据库(SCOP)中选出16个具有代表性的蛋白质超家族,构建了序列一致性小于等于25%和40%的蛋白质超家族数据库。利用ScanProsite和MEME模体搜索工具,提取了所构建的数据库的序列模体及模体的位置信息和功能信息,并对其进行整合;进一步分析了超家族中模体的结构和功能特征,统计分析了模体相对于序列N端和C端的位置分布及模体出现的频次,结果发现:在含有一种或是多种类型模体的蛋白质超家族中,模体在序列中的位置分布均呈现一定的规律性。本文统计和分析的模体特征以及模体的位置保守性规律能为蛋白质超家族的识别和蛋白质相互作用网络的建立提供有力帮助。其次,用生物统计学中的单因素方差分析方法,对16个具有代表性的蛋白质超家族的氨基酸组分、物理化学性质分类特征及其组合特征等进行均值检验,提取出具有差异显著性的特征。此方法不仅有效地降低了特征向量的维数,而且为蛋白质超家族识别提供了新的参数。另外,还统计了已知功能的模体和基于统计意义发现的模体在各个超家族中出现的频数。本文定义的模体频数首次作为一种新的特征被用于蛋白质超家族的识别。最后,以下三种方法所选取的参数用于蛋白质超家族的识别:1.将数据库中超家族的20个氨基酸组分、400个二肽组分、亲疏水特征、物理化学特征以及这些特征的组合输入到最小离散增量算法中,对蛋白质超家族进行预测;2.以具有统计显著性的特征及其组合特征作为新参数模式进行了预测;3.将模体频数和具有差异显著性的特征参数模式结合,形成新的参数模式输入算法完成预测。对比以上三种方法,发观使用多参数组合信息较单参数信息所得预测精度最高。相对第一种参数选取方法,具有统计显著性特征的参数预测结果较好,并能有效降低特征向量的维数。第三种方法在选取了显著特征的前提下结合模体频数进行预测,其中以400+M为参数模式进行预测时结果最好,全α、全β、α/β和α+β蛋白质结构类中超家族Jackknife检验的总体预测精度依次是83.5%、87.1%、84.3%和83.1%。与前两种方法选取的参数进行预测的结果相比,总体预测精度提高了约10%。

关键词：蛋白质超家族模体特征模体相对位置分布模体频数单因素方差分析最小离散增量

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“一带一路”沿线国家投资网络结构及其影响因素：基于ERGM模型的研究

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世界经济研究 2018年第5期 80-94页

作者：杨文龙杜德斌华东师范大学城市与区域科学学院华东师范大学全球科技创新中心研究院

文章利用复杂网络分析方法，构建“一带一路”沿线国家的投资网络，分别从全局和局域层面考察投资网络的拓扑结构和关系模式，采用指数随机图模型（ERGM）从内生结构效应、行动者一关系效应和协变量网络效应剖析投资网络形成的影响因素... 详细信息

文章利用复杂网络分析方法，构建“一带一路”沿线国家的投资网络，分别从全局和局域层面考察投资网络的拓扑结构和关系模式，采用指数随机图模型（ERGM）从内生结构效应、行动者一关系效应和协变量网络效应剖析投资网络形成的影响因素。研究表明：（1）投资网络全局结构呈现“东亚和东南亚密集、中东欧隔断和中亚游离”的格局，投资活跃度整体偏低，高介数节点集中于少数核心国家。（2）模体分析体现了互惠性在沿线国家投资关系中至关重要的作用，但该区域投资集团化特征不显著，中国和印度、新加坡和波兰具有相似的投资模式，俄罗斯主要以吸引外商投资为主。（3）国家的经济水平是影响投资网络形成的关键因子，不同经济水平的国家间投资行为差异显著，高经济水平国家之间具有相互投资倾向，高经济水平和中等经济水平的国家具有对外投资倾向。（4）资源寻求型投资和技术寻求型投资是具有网络形成的重要推力，然而市场寻求型投资的驱动力较弱，且不存在劳动力寻求型投资；空间邻近、共同语言和投资协定的签订是该区域投资网络形成和发展的重要外生力量。因此，中国要发挥在网络中的枢纽优势，遵循适度均衡化的原则，重塑沿途国家投资格局，引领未来“一带一路”沿线国家走向经济一体化。

关键词：投资网络模体特征影响机制指数随机图模型 “一带一路”

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转录因子结合位点和动物毒素的分析与预测

转录因子结合位点和动物毒素的分析与预测

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作者：杨磊内蒙古大学

学位级别：博士

转录因子结合位点的识别是阐明基因转录调控机制的重要环节,准确的转录因子结合位点的预测算法将有助于人们识别转录因子的目标基因,进而研究其在上游调控区中的位置对转录调控的影响。然而,目前存在的预测转录因子结合位点的算法所得... 详细信息

转录因子结合位点的识别是阐明基因转录调控机制的重要环节,准确的转录因子结合位点的预测算法将有助于人们识别转录因子的目标基因,进而研究其在上游调控区中的位置对转录调控的影响。然而,目前存在的预测转录因子结合位点的算法所得结果的特异性普遍较低,因此有必要提出一种新的有效的理论预测算法。动物毒素能直接作用于药物作用靶点,这使得动物毒素成为研究药物靶点的重要工具。动物毒素还在离子通道的研究、药物发现和杀虫剂的合成方面有广泛的应用。因此,预测动物毒素就变得非常重要,有必要提出-种能准确鉴别动物毒素的理论算法。本文以转录因子结合位点、动物毒素、神经毒素、细胞毒素、突触前神经毒素和突触后神经毒素作为研究对象,利用位置关联性打分方程(positioncorrelation scoring function, PCSF)、离散增量(increment of diversity, ID)、支持向量机(Support Vector Machine, SVM)和朴素贝叶斯分类器(Naive Bayes Classifier,NB)四类算法对它们进行了预测研究。本文的研究工作如下：首先,从转录因子结合位点数据库JASPAR选出8种实验上证实的没有冗余的转录因子结合位点数据,结合位置保守性和伪计数,构建了位置关联方程,通过定义位置关联性打分方程的最佳阈值,使得打分方程在此最佳阈值下所得结果的假阳率较低。同时为了比较打分方程在转录因子结合位点方面的预测能力,本文将打分方程与MATCHTM中所使用的位置权重矩阵进行了比较,结果显示打分方程的预测能力优于位置权重矩阵的预测能力。其次,从动物毒素数据库ATDB下载了全部的动物毒素,用Saha和Raghava工作中提供的非毒素的蛋白质序列作为负集,利用PISCES软件对动物毒素和非毒素进行序列相似性比对,构建了序列相似小于25%、40%、60%、80%和90%的数据集合。分别选取20种氨基酸组分、400种二肽组分、6种亲疏水组分、36种二肽亲疏水组分作为离散增量算法的参数,对不同序列相似性的动物毒素数据集进行了预测。结果表明：离散增量算法在以二肽组分作为参数时预测结果最好；5种不同序列相似性的动物毒素数据集的预测结果随序列相似性变化较小。为了进一步提高动物毒素的预测精度,本文对4种不同的离散增量值进行组合并作为支持向量机的输入参数,对动物毒素进行了预测,结果显示：支持向量机的预测结果优于离散增量算法的预测结果。同时本文还对神经毒素和细胞毒素进行了预测。此外,为了将支持向量机和其它的预测算法进行比较,这里将支持向量机应用到Saha和Raghava构建的神经毒素的数据库上,预测结果显示：本文所使用的支持向量机的预测结果优于Saha和Raghava所提出的算法取得的预测结果。最后,本文从Swiss-Prot数据库上下载了突触前和突触后神经毒素的蛋白质序列,参照数据库给出的注释信息,统计了突触前和突触后神经毒素的二硫键类型及其二硫键数目的分布。从ATDB和Swiss-Prot数据库上下载了突触前和突触后神经毒素的蛋白质序列,分别构建了序列相似性小于80%的数据集1和数据集2。本文采用了5种方法选取参数：(1)：蛋白质序列的二肽参数；(2)：MRMR软件提取的50个二肽参数；(3):MEME搜索到的模体特征；(4):Prosite搜索到的模体特征；(5):Interpro搜索到的模体特征。本文还对这5种参数进行了组合,一共得到了12类参数,并将这12类参数作为离散增量和朴素贝叶斯分类器的参数,在Jackknife检验下,对数据集1和2进行预测。预测结果表明：(1)：增加模体参数的预测结果好于二肽参数时的预测结果；(2)：使用模体参数和50个二肽参数时,突触前神经毒素和突触后神经毒素的预测结果最好。

关键词：转录因子结合位点动物毒素模体特征离散增量朴素贝叶斯分类器

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核小体结合模体的预测及它们在人类基因功能位点附近的分布

核小体结合模体的预测及它们在人类基因功能位点附近的分布

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作者：包通拉嘎内蒙古大学

学位级别：博士

基因调控的复杂模式和人类基因组的普遍转录以及丰富的非编码基因,“DNA元件百科全书”计划的这些发现使得人们对基因概念的认识更加广泛,对转录调控系统和调控机制产生了新的理解,并开创了人类认识基因组全部序列功能的新开端。最近,... 详细信息

基因调控的复杂模式和人类基因组的普遍转录以及丰富的非编码基因,“DNA元件百科全书”计划的这些发现使得人们对基因概念的认识更加广泛,对转录调控系统和调控机制产生了新的理解,并开创了人类认识基因组全部序列功能的新开端。最近,人们对挖掘非编码序列中可能存在的功能片段以及非编码序列的演化和进化方面做了大量的工作。75-90%的真核生物基因组都被组装成作为染色质基本重复单元的核小体。DNA序列上核小体的准确定位在基因转录,mRNA剪接,DNA复制和DNA修复中扮演着重要的角色。尽管有许多因素可以影响核小体的定位,但现有的核小体定位数据显示,核小体对特殊的DNA序列有高度的亲和力,DNA本身的序列在体内核小体定位中扮演很重要的角色。非编码序列在人类基因组中占绝大的比例,所以研究它们的特征和偏好模体对理解非编码序列的功能和核小体定位是非常重要的。很多理论和实验的分析指出,核小体在基因组上的分布是非均匀的,核小体分布在特定的功能位点附近表现特殊的形式。还有实验数据揭示在一个核小体中,组蛋白和DNA相互作用有三个作用很强烈的区域。所有这些信息暗示,DNA序列中存在一个与组蛋白相互作用的模体集合,我们称之为“核小体定位模体”。我们相信这些模体是核小体定位、分布和重塑的主要决定因素。转录调控是诸多因素相互作用的复杂过程,如特殊的转录因子,非编码调控元件和调节蛋白因子结合的核小体缺失区域等。核小体定位和动态的染色质重塑调节蛋白因子与DNA序列的可接近性,表明核小体定位是转录因子结合的普遍决定因素。核小体在基因转录调控和其他细胞过程中的重要作用,使得探索核心组蛋白与基因组DNA序列之间的相互作用成为目前分子生物学的热点课题。基于调研,其他研究者以前的一系列工作仅限于研究基因临近区域的核小体组装模式,这些与基因转录调控相关。但很少有研究者从全基因组水平上寻找与组蛋白相互作用的DNA模体。目前对核小体定位的实验研究是分散的,未完整的。采用穷举法来完善核小体定位研究是不现实的,必须借助系统的理论分析。已经发现人类基因组序列的k-mer分布是多峰分布。尽管人们对基因组序列的k-mer分布做了很多的研究,这些研究侧重于研究概率模型或频数最少和频数最多的模体,k-mer的调控作用等。但鲜见有人将它们与组蛋白相互作用和参与核小体形成的功能联系起来。所以从理论上研究DNA序列的k-mer构成与核小体的关系具有重要意义。基于这个指导思想,在论文中主要研究了以下几个方面的内容： 1.运用统计理论,分析了人类基因间序列的k-mer构成和分布,预测了可能与组蛋白相互作用的所有DNA模体,模体集合共有23,880个8-mer。这个模体集合分为两类,分别命名为P1-mers和P2-mers,并统称为“核小体结合模体”集合。P1-mers共包含2,632个8-mer; P2-mers包含21,248个8-mer。通过分析发现这些模体具有较高的GC含量和柔性,在实验给出的核小体定位序列中,它们出现的频率非常显著。结合已有的理论和实验数据分析,验证了我们得到的模体集合就是核小体结合模体或与核小体紧密相关的模体。 2.探索了这些预测的模体在人类编码基因和非编码基因不同功能位点附近的分布模式。分析的功能位点包括：转录起始位点,转录终止位点,起始密码子,终止密码子,内含子和外显子连接处等。核小体结合模体在这些功能位点附近表现出了特异的分布,且在上述五种功能位点附近模体分布形式各不相同,而且分布形式和他人的实验结果吻合。这给我们预测不同功能位点提供了新的思路。我们还分析了核小体结合模体在不同序列上的距离分布。分析的序列有：基因间序列、内含子序列和编码序列等。核小体结合模体在这三类序列上的平均距离依次减小,表明核小体在这三类序列上的平均密度也是依次降低的,这与他人的研究结果吻合。这些结果进一步证明了我们所预测的模体是核小体结合模体的观点,而且暗示核小体结合模体不但参与基因的转录调控,它们的分布可能参与不同类型的序列和不同功能位点的区分和识别。核小体结合模体特征和它们在不同功能位点附近序列上的偏好强度显示,P1-mers很可能参与核小体定位,P2-mers可能与核小体的重塑紧密相关。 3.分析了人类看家基因功能位点附近的核小体结合模体的分布,并与Ensemble基因比较了它们之间的相同点和差异。看家基因和Ensemble基因功能位点附近的核小体结合模体分布图形相似,但它们在看家基因上的出现频数显著高于Ensemble基因。这个结果表明,看家基因功能位点附近的核小体定位和重塑信号比Ensemble基因强烈。看家基因转录边界和翻译边界区域,核小体结合模体在转录起始位点附近序列上出现频数最高。核小体结合模体出现频数统计显示,不同功能位点附近的序列对核小体结合模体的依赖

关键词： 8-mer分布理论预测核小体结合模体模体特征功能位点偏好模体

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“一带一路”国家贸易网络结构韧性及发展格局研究

“一带一路”国家贸易网络结构韧性及发展格局研究

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作者：王妍青岛大学

学位级别：硕士

“一带一路”倡议以提高中国及沿线国家经济融合的程度和水平为初衷,而其重点在于明确各国家在贸易网络中的地位、角色及贸易网络的结构韧性,明确不同贸易模式下贸易的影响因素及潜力。本文首先基于复杂网络理论,分析“一带一路”国家... 详细信息

“一带一路”倡议以提高中国及沿线国家经济融合的程度和水平为初衷,而其重点在于明确各国家在贸易网络中的地位、角色及贸易网络的结构韧性,明确不同贸易模式下贸易的影响因素及潜力。本文首先基于复杂网络理论,分析“一带一路”国家贸易网络结构及区域演化特征,再对贸易网络结构进行模体检测;通过识别网络中重要模体和关键节点,分别对其进行中断模拟。随后选取部分国家构建改进的贸易引力模型,进而探究国家或模体国家出口贸易的影响因素,根据模型对各国家贸易潜力进行测算。最后,结合研究结果及分析给出结论及针对性政策建议。本文主要研究工作及结论如下:(1)基于网络结构特征分析、模体识别,将模体分析与中断模拟方法相结合,分析节点及模体对网络结构韧性的影响机制。结果表明:“一带一路”贸易网络呈现“小世界”特征,具有较高的凝聚力和连通性;其次,模体检测结果表明,在“一带一路”贸易网络中,中国和波兰扮演了对外贸易的角色,土耳其扮演了贸易中转站的角色,俄罗斯和印度扮演了贸易输入国的角色,“互惠性”贸易模式在网络关系中有至关重要的作用;最后,模体失效比国家节点失效对网络结构韧性的影响更大,且由中国、土耳其和俄罗斯组成的模体对贸易网络结构韧性影响是最大的。(2)将模体分析与贸易引力模型方法相结合,分别构建单国家和模体国家贸易引力模型,对其影响因素进行量化研究。结果表明:国家经济规模、共同语言、签订自由贸易协定以及进口国国家人口总数显著促进出口贸易,距离会阻碍两国出口贸易,两国接壤的促进作用不显著;国家间“互惠性”的贸易模式,会一定程度削弱国家间贸易不利因素的影响,如距离;同时会减小国家经济总量和人口数所带来的贸易限制,并更好的激发贸易潜力。

关键词： “一带一路” 模体特征贸易网络网络结构韧性引力模型

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“一带一路”国家贸易网络结构特征及韧性研究

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中国石油大学学报（社会科学版） 2021年第4期37卷 40-47页

作者：王妍路兰青岛大学经济学院山东青岛266100

“一带一路”倡议重在推动沿线国家进行高水平的经济融合,其重点在于明确各国家在贸易网络中的地位、角色及结构韧性。以“一带一路”沿线65个国家为研究对象,基于复杂网络理论,对国家间贸易网络结构进行模体检测,通过识别网络中重要模... 详细信息

“一带一路”倡议重在推动沿线国家进行高水平的经济融合,其重点在于明确各国家在贸易网络中的地位、角色及结构韧性。以“一带一路”沿线65个国家为研究对象,基于复杂网络理论,对国家间贸易网络结构进行模体检测,通过识别网络中重要模体和关键节点,对节点和三元模体国家进行中断模拟。结果表明:“一带一路”贸易网络呈现“小世界”特征,具有较高的连通性和网络凝聚力;“一带一路”贸易网络模体检测中,中国和波兰扮演了对外贸易的角色,土耳其扮演了贸易中转站的角色,俄罗斯和印度扮演了贸易输入国的角色,互惠性模式在贸易关系中有至关重要的作用;模体失效比国家节点失效对网络结构韧性的影响更大,且由中国、土耳其和俄罗斯组成的模体对贸易网络结构韧性影响是最大的。

关键词： “一带一路” 贸易网络模体特征网络结构韧性

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