检索结果-内蒙古大学图书馆

园艺学报 2020年第2期47卷 390-398页

作者：陈玲段续伟张开春张晓明王晶闫国华周宇北京市林业果树科学研究院农业农村部华北都市农业重点实验室农业农村部华北地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室北京100093

根据樱桃病毒a(cherry virus A,CVA)外壳蛋白基因序列的保守区设计特异性引物和探针,建立了樱桃中CVA的重组酶聚合酶扩增(recombinase polymerase amplification,RPA)检测方法。该方法可在恒温38℃条件下进行,40 min即可完成检测。灵敏... 详细信息

根据樱桃病毒a(cherry virus A,CVA)外壳蛋白基因序列的保守区设计特异性引物和探针,建立了樱桃中CVA的重组酶聚合酶扩增(recombinase polymerase amplification,RPA)检测方法。该方法可在恒温38℃条件下进行,40 min即可完成检测。灵敏度试验表明,采用RPA方法检测CVA的灵敏性是PCR方法的10倍,且与侵染樱桃的另外6种病毒和1种类病毒无交叉反应。此外,具有标记的扩增子可通过侧向流试纸条直接观察结果。采用该方法检测田间样品效果良好。

关键词：樱桃樱桃病毒a 重组酶聚合酶扩增检测

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环渤海湾地区甜樱桃小果病毒及樱桃病毒a的鉴定与调查

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植物保护 2013年第2期39卷 128-133页

作者：王文文宗晓娟王甲威魏海蓉徐丽陈新柳金伟刘庆忠山东省果树研究所、山东省果树生物技术重点实验室泰安271000

为了解环渤海湾地区甜樱桃[Cerasus avium(Linn.)Moench]中樱桃病毒的发生情况,选取该地区代表性樱桃示范园中甜樱桃品种‘红灯’为研究对象,以生长期功能叶片为材料,根据樱桃小果病毒-1(Little cherry virus-1,LChV-1)、樱桃小果病毒-2... 详细信息

为了解环渤海湾地区甜樱桃[Cerasus avium(Linn.)Moench]中樱桃病毒的发生情况,选取该地区代表性樱桃示范园中甜樱桃品种‘红灯’为研究对象,以生长期功能叶片为材料,根据樱桃小果病毒-1(Little cherry virus-1,LChV-1)、樱桃小果病毒-2(Little cherry virus-2,LChV-2)和樱桃病毒a(Cherry virus A,CVA)基因组序列设计特异性检测引物进行RT-PCR扩增,结果扩增出与LChV-2、CVA预期片段337bp和652bp大小相符的目的片段,测序结果与基因组(基因登录号NC-005065、NC-003689)对应片段一致性分别为89.0%、98.2%,未检测到LChV-1。本研究完成了对环渤海湾地区甜樱桃‘红灯’样品LChV-2、CVA的检测调查,LChV-2检出率43.1%,CVA检出率60.8%;在该地区首次发现LChV-2、CVA复合侵染植株,复合检出率37.3%。结果表明该地区CVA发生较为普遍,可与LChV-2等其他病毒共同加重对甜樱桃的危害。

关键词：甜樱桃樱桃小果病毒樱桃病毒a 鉴定

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樱桃病毒的检测及樱桃病毒a基因组序列分析

樱桃病毒的检测及樱桃病毒A基因组序列分析

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作者：高蕊中国农业科学院

学位级别：硕士

樱桃是我国重要的栽培果树之一。随着我国樱桃栽培的发展,樱桃病毒病逐渐成为影响樱桃产量和品质的重要因素。其中,樱桃病毒a(Cherry virus A,CVA)在我国和其它许多国家的发生率较高,但目前对CVA种群遗传学方面的研究甚少。本研究首先... 详细信息

樱桃是我国重要的栽培果树之一。随着我国樱桃栽培的发展,樱桃病毒病逐渐成为影响樱桃产量和品质的重要因素。其中,樱桃病毒a(Cherry virus A,CVA)在我国和其它许多国家的发生率较高,但目前对CVA种群遗传学方面的研究甚少。本研究首先对我国4个樱桃主产区12种樱桃病毒的发生情况进行了调查和病毒检测,为病毒病的发生分布、病原鉴定和防治提供依据;其次,系统地开展了CVA全基因组序列扩增和种群遗传学分析等研究,分析我国CVA分离物的遗传进化机制,为预防CVA的发生和流行提供理论基础。1.对我国北京、辽宁大连、山东泰安和烟台四个樱桃主产区的病毒病发生情况进行调查和病毒检测。结果表明,几个果园均有病毒病发生,主要为害症状表现为卷叶、花叶、黄绿斑驳、植株矮缩等。通过对采集的60份样品的12种病毒的RT-PCR检测和序列分析表明:CVA检出率最高,达70%;李属坏死环斑病毒(Prunus necrotic ringspot virus,PNRSV)检出率为53.3%;樱桃绿环斑驳病毒(Cherry green ring mottle virus,CGRMV)检出率为45%;苹果褪绿叶斑病毒(Apple chlorotic leafspot virus,ACLSV)检出率为21.7%;樱桃小果病毒-1(Little cherry virus-1,LChV-1)检出率为35%;李矮缩病毒(Prune dwarf virus,PDV)检出率为5%;李树皮坏死与茎痘伴随病毒(Plum bark necrosis stem pitting-associated virus,PBNSPaV)检出率为3.3%。同时,通过对LChV-1的另一个基因片断的扩增,首次证实了LChV-1在我国甜樱桃上的侵染。2.设计扩增长片段的特异性引物,对CVA的两个中国分离物ChTA11和ChTA12进行RT-PCR和RACE扩增。结果显示,1)不包括Poly(A)结构,两个中国分离物的基因组大小均为7382 nt,与GenBank中登录的两个全基因组序列结构相同,编码两个开放阅读框(Open Reading Frame,ORF);2)序列比对结果表明,ChTA11和ChTA12与德国分离物的核苷酸序列相似性均为98.2%;与印度分离物的核苷酸序列相似性分别为81.2%和81.0%。对ORF的几个基因功能区的核苷酸和氨基酸序列分析表明,未知功能区(DUF1717)的变异较大;3)基于CVA全基因组序列和部分CP编码区序列的系统发育分析表明CVA中国分离物与德国分离物的关系较近。这是我国樱桃上CVA全长基因组序列的首次报道。3.用种群遗传学的分析方法对31个CVA中国分离物的CP、RdRp和MP基因全序列的遗传学相关参数进行了分析。结果表明:1)重组分析中发现CP、RdRp和MP三个编码区内均存在重组事件,发现了4个CVA的重组体;2)基于CP与RdRp基因的系统发育树分为3个组群,有较为一致的遗传进化历史,而基于MP基因的系统发育树分为6个组群,二者的差异可能来源于基因组结构中不同ORF的进化程度不同(ORF1编码CP和RdRp;ORF2编码MP);大多数CVA中国分离物与德国分离物簇在大组I;3)选择压分析表明CVA在CP、RdRp和MP三个编码区内均处于强的负选择压力作用下;4)核苷酸/单体型多样性分析和中性检测分析表明,CVA中国分离物序列遗传多样性程度较高,CVA系统发育树组I种群处于扩张趋势中;5)遗传分化和基因交流分析表明,CVA不同组间基因交流较少,存在一定程度的遗传分化,但是不同地理种群间存在基因交流。

关键词：樱桃病毒病樱桃病毒a 基因组序列种群遗传

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樱桃病毒a外壳蛋白基因克隆及其原核表达

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中国农学通报 2012年第13期28卷 195-199页

作者：陈立伟宗晓娟王文文王甲威魏海蓉徐丽严雪瑞刘庆忠沈阳农业大学植物保护学院沈阳110866 山东省果树研究所山东泰安271000 山东省果树生物技术重点实验室山东泰安271000

为制备樱桃病毒a(Cherry virusA,CVA)抗血清,克隆CVA外壳蛋白基因(CP),构建原核表达载体,优化蛋白表达条件。根据CVA全基因组序列(NC_003689.1)设计特异引物,RT-PCR方法扩增CVA外壳蛋白基因,克隆、测序,构建原核表达载体pET30a-CVACP,... 详细信息

为制备樱桃病毒a(Cherry virusA,CVA)抗血清,克隆CVA外壳蛋白基因(CP),构建原核表达载体,优化蛋白表达条件。根据CVA全基因组序列(NC_003689.1)设计特异引物,RT-PCR方法扩增CVA外壳蛋白基因,克隆、测序,构建原核表达载体pET30a-CVACP,转化大肠杆菌BL21(DE3)株系,采用异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导重组蛋白表达。序列分析显示,该区段长为603bp,编码201个氨基酸,与法国分离物PF(HQ267856.1)的同源性为96.8%,与印度分离物JKSPMi-5(FN669548.1)同源性为86.3%。成功构建了原核表达载体pET30a-CVACP,SDS-PAGE电泳分析显示,转pET30a-CVACP载体的BL21(DE3)菌株表达分子量约24kDa的重组蛋白,该重组蛋白在37℃、1.5mmol/L IPTG、诱导4h条件下表达量最大。

关键词：樱桃病毒a 外壳蛋白基因克隆原核表达

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樱桃病毒a的全长基因组克隆和序列分析

樱桃病毒A的全长基因组克隆和序列分析

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中国植物病理学会2015年学术年会

作者：高蕊卢美光李世访张志想中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室

樱桃病毒a（Cherry virus A,CVA）属于乙型线性病毒科（Betaflexiviridae）,发状病毒属（Capillovirus）的成员,基因组为单链正义RNA。该病毒可以侵染甜樱桃、酸樱桃、李、杏等李属植物。1995年首次在英国发现CVA,2008年在中国首次发现... 详细信息

樱桃病毒a（Cherry virus A,CVA）属于乙型线性病毒科（Betaflexiviridae）,发状病毒属（Capillovirus）的成员,基因组为单链正义RNA。该病毒可以侵染甜樱桃、酸樱桃、李、杏等李属植物。1995年首次在英国发现CVA,2008年在中国首次发现。目前CVA的全基因组序列只有两条:德国分离物（X82547.1）和印度分离物（FN691959）。没有关于中国分离物的全基因组序列报道。本研究以樱桃叶片的总RNA为模板,设计两对特异引物及5′RACE和3’RACE引物,用高保真酶（Phanta Max Super-Fidelity DNA Polymerase）对中国两个分离物（ChTA11,ChTA12）的CVA进行RT-PCR扩增,并进行克隆、测序和拼接。首次获得两个中国分离物的基因组全长,大小均为7382 nt（不包括Poly A结构）,包括2个ORFs:ORF1编码一个266kDa的多聚蛋白,ORF2嵌入ORFA内,编码一个52kDa的运动蛋白。NCBI中BLAST分析结果表明,两个中国分离物的核苷酸同源性为98%。ChTA11分离物与德国分离物（X82547.1）和印度分离物（FN691959）的核苷酸同源性分别为98%和84%;ChTA12分离物与德国分离物（X82547.1）和印度分离物（FN691959）的核苷酸同源性分别为98%和83%。

关键词：樱桃病毒a 基因组序列分析

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环渤海湾地区甜樱桃小果病毒及樱桃病毒a的鉴定与调查

环渤海湾地区甜樱桃小果病毒及樱桃病毒A的鉴定与调查

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山东植物生理学会第七次代表大会暨植物生物学与现代农业研讨会

作者：王文文宗晓娟王甲威魏海蓉徐丽陈新刘庆忠山东省果树研究所山东省果树生物技术重点实验室

为了解环渤海湾地区甜樱桃(PrunusaviumL.)中樱桃病毒的发生情况,选取该地区代表性樱桃示范园中甜樱桃品种‘红灯'为研究对象,以生长期功能叶片为材料,根据樱桃小果病毒-1(Littlecherryvirus-1,LChV-1)、樱桃小果病毒-2(Littlecherr... 详细信息

为了解环渤海湾地区甜樱桃(PrunusaviumL.)中樱桃病毒的发生情况,选取该地区代表性樱桃示范园中甜樱桃品种‘红灯'为研究对象,以生长期功能叶片为材料,根据樱桃小果病毒-1(Littlecherryvirus-1,LChV-1)、樱桃小果病毒-2(Littlecherryvirus-2,LChV-2)和樱桃病毒a(Littlecherryvirus-2,LChV-2)基因组序列设计特异性检测引物进行RT-PCR扩增,结果扩增出与LChV-2、CVA预期片段(337bp、652bp)大小相符的目的片段,测序结果与基因组对应片段一致性分别为89.02%、98.16%,未检测到LChV-1。本研究完成了对环渤海湾地区甜樱桃‘红灯'样品LChV-2、CVA的检测调查,LChV-2检出率43.1%,CVA检出率60.8%;在该地区首次发现LChV-2、CVA复合侵染植株,复合检出率37.3%,结果表明该地区LChV-2、CVA发生普遍。

关键词：甜樱桃樱桃小果病毒樱桃病毒a 鉴定调查

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建立樱桃中快速高效检测樱桃病毒a的重组酶聚合酶扩增技术体系

建立樱桃中快速高效检测樱桃病毒A的重组酶聚合酶扩增技术体系

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中国植物病理学会2019年学术年会

作者：陈玲段续伟张开春张晓明王晶闫国华周宇北京市林业果树科学研究院农业农村部华北地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室北京市落叶果树工程技术研究中心

樱桃病毒a (Cherry virus A,CVA)是β线形病毒科(Betaflexiviridae)发型病毒属(Capiovirus)成员,分布较广,在我国已广泛传播。CVA寄主范围广泛,常见于甜樱桃和酸樱桃,前期研究发现CVA通常与侵染樱桃的一至多种病毒存在复合侵染。针对CV... 详细信息

樱桃病毒a (Cherry virus A,CVA)是β线形病毒科(Betaflexiviridae)发型病毒属(Capiovirus)成员,分布较广,在我国已广泛传播。CVA寄主范围广泛,常见于甜樱桃和酸樱桃,前期研究发现CVA通常与侵染樱桃的一至多种病毒存在复合侵染。针对CVA的高发性,本研究从NCBI上收集了位于不同地理位置,不同进化组的24个CVA全序列,根据CVA外壳蛋白保守区域设计特异性引物(F:5’-GATGAAGATATTGTCAATCCTCCAA CTGTG-3′,R:5’-Biotin-CTGTCTCTTGCTTCTG GCATGATACCTTCT-3′)和探针(Probe:5′-FAM-TGGCACTCATTGACGTCAGTGTTGACCAGAG-THF-TTCAGGAAAGGTGGTTTC-PO-3’),建立了在樱桃中检测CVA的等温DNA扩增技术,即重组酶聚合酶扩增(recombinase polymerase amplification,RPA)技术。利用TwistAmp nfo试剂盒建立的RPA技术在恒温38℃的条件下反应40min完成,经PCR产物纯化试剂盒回收后电泳,正向和反向引物扩增获得138 bp的扩增子,TA克隆后测序正确,加探针后获得110 bP的扩增子。灵敏性试验表明该RPA技术的灵敏性是PCR技术的10倍,并且与国内侵染樱桃的其他6种病毒原(PNRSV、PDV、CGRMV、CNRMV、PBNSPaV、LChV2)和1种类病毒(HSVd)无交叉反应。此外,获得的具有标记的扩增子可通过侧向流试纸条检测进行直观观察,便于CVA检测的高通量应用。田间样品检测进一步证实了该方法的实用性。以上结果表明本研究开发的CVA RPA检测技术具有简单、快速、灵敏及特异等特点,能用于田间任何生长季的樱桃样品是否被CVA侵染的常规检测。

关键词：樱桃病毒a 重组酶聚合酶扩增樱桃检测

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SYBR Green Ⅰ实时定量RT-PCR技术在甜樱桃病毒定量分析中的应用

引用

植物保护学报 2012年第6期39卷 497-502页

作者：宗晓娟王文文王甲威魏海蓉严雪瑞刘庆忠山东省果树研究所山东省果树生物技术育种重点实验室泰安271000 沈阳农业大学植物保护学院沈阳110866

为了探讨SYBR Green Ⅰ实时定量RT-PCR技术在甜樱桃病毒粒子定量分析中的应用前景,以复合感染李属坏死环斑病毒(Prunus necrotic ringspot virus,PNRSV)、李矮缩病毒(Prune dwarf vi-rus,PDV)、樱桃病毒a(Cherry virus A,CVA)、樱桃小... 详细信息

为了探讨SYBR Green Ⅰ实时定量RT-PCR技术在甜樱桃病毒粒子定量分析中的应用前景,以复合感染李属坏死环斑病毒(Prunus necrotic ringspot virus,PNRSV)、李矮缩病毒(Prune dwarf vi-rus,PDV)、樱桃病毒a(Cherry virus A,CVA)、樱桃小果病毒-2(Little cherry virus-2,LChV-2)的甜樱桃"红灯"Prunus avium *** Lamp植株为研究对象,采用相对定量方法,分析各病毒的外壳蛋白基因的表达,用以指示病毒的增殖量。在花、幼叶、功能叶、衰老叶中均能检测到4个基因,但各基因表达量在各器官中存在差异。PNRSV-CP与CVA-CP表达模式相似,功能叶中明显高于其它器官,衰老叶中急剧降低。PDV-CP与LChV2-CP表达模式类似,幼叶中的表达量较高,功能叶片中较低。PNRSV-CP在花、功能叶中的表达显著高于其它3个病毒基因。LChV2-CP在各器官中的表达量均低于其余3个基因。该方法适用于植物组织内多种甜樱桃病毒增殖量的分析。

关键词：李属坏死环斑病毒李矮缩病毒樱桃病毒a 樱桃小果病毒-2 实时定量RT PCR

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石河子地区设施樱桃病毒病害调查及病原病毒种类鉴定与检测

石河子地区设施樱桃病毒病害调查及病原病毒种类鉴定与检测

引用

作者：周登攀石河子大学

学位级别：硕士

新疆大力促进农业经济转型,樱桃作为黄金果树成为新疆设施农业的首选果树。其巨大的经济、观赏和医药价值为新疆的经济增长做出突出贡献。但随着新疆设施樱桃的发展,病毒病在设施樱桃种植中普遍发生,成为制约新疆设施樱桃产量和品质的... 详细信息

新疆大力促进农业经济转型,樱桃作为黄金果树成为新疆设施农业的首选果树。其巨大的经济、观赏和医药价值为新疆的经济增长做出突出贡献。但随着新疆设施樱桃的发展,病毒病在设施樱桃种植中普遍发生,成为制约新疆设施樱桃产量和品质的关键因素,造成本地区经济损失严重。本研究通过对新疆石河子地区及周边团场设施樱桃发病情况进行调查,鉴定病原病毒种类,建立快速有效的检测方法,为防治新疆各地区樱桃病毒病提供科学依据。2015年-2016年对石河子地区6个樱桃种植区调查发现石河子地区设施樱桃病毒病田间症状主要表现有花叶、褪绿黄化、畸形、皱缩等。从6个樱桃种植地采集122个设施樱桃疑似病毒病样品进行RT-PCR检测和鉴定,结果显示:在样品中扩增出樱桃病毒a(Cherry virus A,CVA)、李属坏死环斑病毒(Prunus necrotic ring spot virus,PNRSV)、李矮缩病毒(Prune dwarf virus,PDV)和樱桃绿环斑驳病毒(Cherry green ring mottle virus,CGRMV)的目的片段;序列分析表明4种病毒扩增片段与GenBank中注册的相应病毒核苷酸和氨基酸序列均具有较高的同源性;其中分离物CVA-SHZ、PNRSV-SHZ、PDV-SHZ和CGRMV-SHZ与GenBank中已报道的分离物Ch TA12(KT310083.1)、DJ1-1(JF333586.1)、HSY4-1(HQ539657.1)、ZZ-Ch-13(KC965106.1)的核苷酸同源性分别为99.5%、99.5%、99.0%、99.4%。CVA、PNRSV、PDV和CGRMV的检出率分别为67.3%、61.1%、6.5%、4.9%,受两种及两种以上病毒复合侵染检出率56.5%。说明新疆石河子地区设施樱桃病毒病原以CVA和PNRSV为主,且两种病毒复合侵染较为普遍。这是在新疆设施樱桃上首次检测到CVA、PNRSV、PDV、CGRMV4种病毒。采用多重RT-PCR方法同时检测PNRSV、PDV、CGRMV;并对多重RT-PCR的退火温度、循环数、灵敏度、引物特异性和dNTPs浓度等因素进行优化,建立了能同时检测3种樱桃病毒的多重RT-PCR方法。该方法能同时扩增出PNRSV(675bp)、CGRMV(363bp)、PDV(304bp)特异片段,扩增产物大小与预期相符。测序结果表明,3种病毒的序列与相应参考序列相似性达到90%以上。多重RT-PCR反应条件优化结果显示,在退火温度58℃、35个循环条件下,效果均较为理想;最适dNTPs浓度0.6 mmol/L;最低检测浓度为59.7ng·μL-1。应用该方法对石河子地区樱桃样本进行了检测,结果显示该方法可以准确、快速、灵敏地同时检测单一或复合侵染的3种樱桃病毒。通过设计扩增CVA基因组全长片段的特异性引物对新疆石河子分离物CVA-SHZ进行RT-PCR分段扩增,获得CVA-SHZ新疆石河子分离物全长序列。测序结果显示,新疆石河子分离物的基因组大小为7373 nt(不包括Poly(A)结构),与Genbank中收录的4个全基因组序列结构相同,编码两个开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)。序列比对结果表明,CVA-SHZ与中国分离物ChTA11和ChTA12核苷酸序列相似性均为98.7%;与印度分离物的核苷酸序列相似性为81.6%;与德国分离物的核苷酸序列相似性为97.7%。CVA-SHZ分离物与中国Ch TA12和ChTA11两个分离物进化树关系最近,单独形成一个进化小分支;与德国分离物形成一个大的分支;与印度分离物JK(FN691959.1)关系较远。

关键词：设施樱桃病毒病樱桃病毒a 检测

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SYBR Green I实时荧光RT-PCR技术在甜樱桃病毒定量分析中的应用

SYBR Green I实时荧光RT-PCR技术在甜樱桃病毒定量分析中的应用

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山东植物生理学会第七次代表大会暨植物生物学与现代农业研讨会

作者：宗晓娟王文文王甲威魏海蓉徐丽陈新严雪瑞刘庆忠山东省果树研究所山东省果树生物技术育种重点实验室沈阳农业大学植物保护学院

为了说明SYBRGreenⅠ实时定量RT-PCR(Real-timequantitativereversetranscriptionpolymerasechainreaction)技术在甜樱桃病毒粒子定量分析中的应用前景,本研究选取复合感染PNRSV、PDV、CVA、LChV2的甜樱桃"红灯"(***‘RedLamp')植株为研究对象,采用相对定量方法,对各病毒的外壳蛋白基因(Coatprotein,CP)的表达进行分析,用以指示病毒的增殖量。该方法通过不同的数据统计方式可分别分析不同器官间同一种病毒基因表达的相对差异及同一器官内不同病毒基因表达的相对差异。结果显示,在本病例中,花、幼叶、功能叶、衰老叶中均能检测到四种病毒,但各病毒增殖量在各器官中存在差异。PNRSV与CVA增殖模式相似,即功能叶中明显高于其他器官,衰老叶中急剧降低。PDV与LChV2类似,即幼叶中的增殖量最高,功能叶片中最低。在花、功能叶中PNRSV的增殖量显著高于其他三种病毒。LChV2在各器官中的增殖量明显低于其他三种病毒。该方法拓宽了实时定量RT-PCR技术的应用范围,可简便、快速、全面的掌握甜樱桃病毒的增殖规律,为进一步的病理研究奠定了基础。

关键词：李属坏死环斑病毒李矮缩病毒樱桃病毒a 樱桃小果病毒实时定量RT-PCR

来源：评论

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