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1 篇 共洗脱母离子
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1 篇 蛋白质组学
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机构

1 篇 中国科学院智能信...

作者

1 篇 贺思敏
1 篇 涂慧君
1 篇 刘超
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检索条件"主题词=母离子质量校准"

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pParse:蛋白质组学质谱数据深度解析中的母离子快速灵敏检测

pParse:蛋白质组学质谱数据深度解析中的母离子快速灵敏检测

引用

中国化学会第二届全国质谱分析学术报告会

作者：涂慧君邬龙袁作飞刘超迟浩孙瑞祥贺思敏中国科学院智能信息处理重点实验室中国科学院计算技术研究所

基于质谱数据的蛋白质鉴定已经成为蛋白质组学中的基础技术[1],而母离子检测是深度解析鸟枪法蛋白质组学质谱数据的第一步。针对这个问题,我们在2012年开发了可以校准母离子的同位素峰[2],并导出共洗脱母离子[3]的质谱数据导出软件p Par... 详细信息

基于质谱数据的蛋白质鉴定已经成为蛋白质组学中的基础技术[1],而母离子检测是深度解析鸟枪法蛋白质组学质谱数据的第一步。针对这个问题,我们在2012年开发了可以校准母离子的同位素峰[2],并导出共洗脱母离子[3]的质谱数据导出软件p Parse[4],之后又重新设计了快速灵敏的算法,开发了p Parse 2.0。p Parse 2.0由预处理、候选母离子生成、同位素峰重构与色谱曲线重构、特征提取、基于排序打分的过滤和基于多元自适应回归样条(Multivariate Adaptive Regression Spline,MARS)[5]的过滤六个部分组成,其中最核心的母离子分类在第六部分中完成。为了评价p Parse 2.0导出母离子的效果,我们使用Mann实验室的Velos数据集[6]对p Parse 2.0和Max Quant[7]进行了对比。使用三种不同的策略搜索同一数据文件,得到三个标注数据集合。这三个标注数据集分别从常规搜索、设置±3.2Da母离子误差窗口搜索和对碎裂窗口内全体候选母离子蛮力搜索的鉴定结果中生成。结果表明,在三个数据标注集上,pP arse 2.0的召回率比Max Quant高约3%到8%。在导出母离子数量方面,p Parse 2.0导出的母离子数目约为原始的二级谱图总数的两倍,而Max Quant导出的母离子数目约为原始的二级谱图总数的四倍。这表明p Parse 2.0导出的母离子更准确,错误的结果更少。同时,在相同的测试环境下,p Parse 2.0的速度至少比Max Quant快10倍。测试结果表明,在算法层面,目前p Parse 2.0已经稳定优于MaxQ uant。在应用层面,我们已经将p Parse 2.0成功地应用于蛋白质搜索引擎p Find 3中,用于提高蛋白质的鉴定率。在Velos数据上,分别使用基于仪器厂商提供的数据导出接口的软件和p Parse 2.0导出母离子,然后设置相同的搜索参数,使用p Find 3进行鉴定。对比的结果显示,使用p Parse 2.0时,肽段的鉴定率比不使用p Parse 2.0时高约18%。

关键词：蛋白质组学串联质谱母离子质量校准共洗脱母离子多元自适应回归样条

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