检索结果-内蒙古大学图书馆

中国化学会第七届全国无机化学学术会议

作者：李孝增朱莉娜何俊红天津大学化学系邮编:300072

C-H…A氧键能够对分子识别过程、生物分子的结构和反应性能、主-客体化合物的稳定性、晶体工程和液晶的性能等产生重要影响。人们对多叉C-H…A氢键的研究还相对较少。对这些氢键的作用模式进行研究以加深对它们的认识具有重要意义。将F... 详细信息

C-H…A氧键能够对分子识别过程、生物分子的结构和反应性能、主-客体化合物的稳定性、晶体工程和液晶的性能等产生重要影响。人们对多叉C-H…A氢键的研究还相对较少。对这些氢键的作用模式进行研究以加深对它们的认识具有重要意义。将FeCl<,3>溶所以本文采用很多文献使用的参数值(d<'H-A>≤氢原子和受体原子的范德华半径之和，∠CHA≥110°)来判断弱氢键是否发生。将FeCl3溶于DMSO中放置一段时间即得到(Fe(DMSO)4(Cl)2]Cl配合物的晶体，解析了它的单晶结构为顺式结构，Fe(Ⅲ)拥有八面体形配位多面体。

关键词：氢键分析铁配合物单晶结构作用模式反应性能

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荧光素酶nanoKAZ与发光底物的分子对接及对接复合体的全原子动力学模拟

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原子与分子物理学报 2021年第6期38卷 21-26页

作者：吴楠宋奕凝季宝成白艳红郑州轻工业大学食品与生物工程学院郑州450001

nanoKAZ是一种体量小且底物专一性低的新型荧光素酶,具有高潜在应用价值,然而nanoKAZ与底物的作用方式未见报道.这里使用分子对接技术构建了nanoKAZ与底物coelenterazine结合后形成的复合体构象,使用软件GROMACS对该复合体进行常温水溶... 详细信息

nanoKAZ是一种体量小且底物专一性低的新型荧光素酶,具有高潜在应用价值,然而nanoKAZ与底物的作用方式未见报道.这里使用分子对接技术构建了nanoKAZ与底物coelenterazine结合后形成的复合体构象,使用软件GROMACS对该复合体进行常温水溶液态的全原子动力学模拟并综合模拟过程中的酶主链运动特性,酶与底物间结合自由能变化与形成氢键情况分析nanoKAZ与底物作用方式.结果显示coelenterazine进入nanoKAZ空腔后借由与β桶区域内7个氨基酸残基产生强结合能并与其中Q12形成氢键以稳定分子朝向,同时coelentazine还促使催化腔口区域片段V27-V38(V27与coelenterazine形成氢键)和片段P61-H87在空间上彼此靠近从而关闭催化腔,稳定疏水的底物分子以促进催化反应发生.以上结果阐明了底物与nanoKAZ活性腔的结合方式,提出了nanoKAZ-底物反应中间体的构象,为nanoKAZ的理性改造提供了理论基础.

关键词：荧光素酶分子动力学模拟主链活动性氢键分析分子间相互作用能

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丙氨酸→苯丙氨酸在脯氨酸环境下的点突变理论研究

丙氨酸→苯丙氨酸在脯氨酸环境下的点突变理论研究

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作者：王慧北京师范大学

学位级别：博士

点突变是基因内部发生了改变，指组成基因的脱氧核苷酸的种类、数量、排列顺序发生了改变，由于基因发生了改变，所以性状也就产生了变异。这是一个重要的生物过程，与许多遗传疾病相关。目前的研究工作聚焦在丙氨酸到苯丙氨酸在脯氨酸... 详细信息

点突变是基因内部发生了改变，指组成基因的脱氧核苷酸的种类、数量、排列顺序发生了改变，由于基因发生了改变，所以性状也就产生了变异。这是一个重要的生物过程，与许多遗传疾病相关。目前的研究工作聚焦在丙氨酸到苯丙氨酸在脯氨酸环境下的突变上。采用密度泛函方法，在6-31G(d)的理论水平上，对Pro-Ala-Pro和Pro-Phe-Pro进行结构优化。\n 本文采用量子化学方法从主链折叠、支链取向、p一转角结构和酰胺值四个方面对Pro-Ala-Pro和Pro-Phe-Pro的稳定构象进行了理论研究。在Pro-X-Pro三肽的YLXyL构象中两个脯氨酸残基的φ值和ψ值分别约为-80°和73°。其中‘X’是一个自然存在的氨基酸残基。包含β-转角结构的比扩展二次结构的缩氨酸键受到攻击更易分裂。丙氨酸到苯丙氨酸的突变也有一个显著的能量偏差。Pro-Phe-Pro构象的相对能量值约比Pro-Ala-Pro构象高23%。扩展构象γLγLγL在第一个肽键中酰胺值增长了15%，第二个肽键中酰胺值则增长了21%。因此，肽键的稳定态是一个相当大的“能量储蓄罐”，比由于丙氨酸到苯丙氨酸的点突变而丢失的能量大的多。\n 具有(弱)极性作用中的氢键对于生物活性非常重要，并且对很多种分子的几何和电子结构有很大的影响，因此，此论文利用Bader的分子中的原子理论对Pro-Ala-Pro和Pro-Phe-Pro的分子内氢键进行了相关电子密度拓扑分析。本论文设计了六个氢键类型(从A到F)来研究这两个三肽中的氢键网络结构；量化了氢键长度与键(环)鞍点电子密度和拉普拉斯电子密度，以及λ3的关系；也研究了键长与其对应的键角和二面角的关系。沿着环鞍点电子密度的减少，环元素从五元环增到十元环。七元环是最稳定的含氢键环。揭示了形成氢键的环类型和大小在形成相应的氢键过程中扮演着非常重要的角色。分子中的原子理论分析也确定了分子必须非常紧凑才能尽可能的形成氢键的逻辑关系。这就是说分子的氢键作用力越强，则分子内部的抵抗力越强。从平衡角度，最后的结果是零点能真正的增长。这些结果旨在帮助缩氨酸和蛋白质折叠建立氢键网络规则。\n 点突变的影响可以被分为两部分：氨基酸变化和结构变化；这两种变化都会改变分子内作用。为了帮助理解氨基酸变化的结果，此文通过研究Pro-Ala-Pro→Pro-Phe-Pro突变过程中的几何构象和热函变化参数来量化分析变化过程。由结构变化和点突变组成的Born-Haber热循环提供丙氨酸到苯丙氨酸(Ala→Phe)点突变的能量结果信息。点突变的自由能变化被分成三个不同的区域，一个区域是在-5和-15 kcal/mol之间，构象从L[αD/γD/δD]γL变化到γL[βL/γL]γL，中心氨基酸变化从D-到L-异构体，所有的变化是放热的。另一个区域AG为正值从5到15 kcal/mol，构象变化从γL[βL/γL]γL到γL[αD/γD/δD]γL，中心氨基酸构象变化从L-到D-异构体，所有的变化是吸热的。第三个区域△G值均布居在零值附近，它们的构象是在γL[βL/γL]γL或者γL[αD/γD/δD]γL之间互相转换，中心氨基酸没有异构体的转换。\n 在免疫球蛋白中，Pro-Xxx-Pro这样的三肽组合是非常重要的弯曲铰链模块组成部分。本论文分析了其构造生物友好纳米结构链的可能性，并为今后研究点突变在遗传疾病和物种消失中的重要作用奠定了基础。

关键词：点突变丙氨酸苯丙氨酸脯氨酸三肽氢键分析量子化学纳米结构链免疫球蛋白

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天然药物牛蒡苷元直接靶向STAT3抑制三阴性乳腺癌的分子对接及分子动力学研究

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湖北医药学院学报 2019年第1期38卷 1-9页

作者：许佳欣佘家军杨锐向雨晨司渊刘莹湖北医药学院基础医学院湖北十堰442000 湖北医药学院生物医学工程学院湖北十堰442000

目的:探讨牛蒡苷元(arctigenin,Atn)在三阴性乳腺癌(triple-negative breast cancers,TNBC)中靶向信号转导因子和转录激活因子3(signal transduction factor and transcriptional activation factor 3,STAT3)的分子机制。方法:Western blot法和核质分离实验检测TNBC系中STAT3表达水平及活化情况,Western blot法和实时荧光定量PCR检测TNBC系中STAT3下游分子Cyclin D1和Mcl-1的表达;量子计算研究及分子动力学模拟Atn与STAT3的结合方式及作用模式;氢键结合分析Atn对STAT3与靶基因组DNA之间氢键连接的影响。结果:Atn抑制人TNBC细胞中STAT3 (Y705)的活化。Atn与STAT3的SH2结构域中关键残基(Arg688,Pro689,His694和Pro695)直接结合,并且抑制STAT3与靶基因组DNA的结合而抑制STAT3下游基因的表达。Atn能够破坏DNA和STAT3之间的氢键连接。结论:Atn作为STAT3的直接抑制剂,可以抑制人TNBC细胞中STAT3 (Y705)的活化,并且通过破坏DNA和STAT3之间的氢键连接来抑制STAT3与靶基因组DNA结合进而抑制STAT3下游靶基因的表达。本研究为Atn作为新型抗肿瘤候选药物及发现和设计有效的STAT3抑制剂提供了研究基础。

关键词：牛蒡苷元信号转导和转录激活因子3 三阴性乳腺癌分子对接氢键分析

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