检索结果-内蒙古大学图书馆

畜牧兽医学报 2023年第4期54卷 1632-1640页

作者：李德豪李宜穗马静云孙媛张祥斌华南农业大学动物科学学院广州510640

泛耐药菌和多重耐药菌的检出率不断上升,噬菌体在防控治疗耐药菌的传播和感染上有良好的应用前景。本研究旨在利用耐药菌株分离出宽裂解谱温和噬菌体,丰富了沙门菌温和噬菌体库。利用丝裂霉素C诱导、分离纯化出1株温和性噬菌体,命名为 S... 详细信息

泛耐药菌和多重耐药菌的检出率不断上升,噬菌体在防控治疗耐药菌的传播和感染上有良好的应用前景。本研究旨在利用耐药菌株分离出宽裂解谱温和噬菌体,丰富了沙门菌温和噬菌体库。利用丝裂霉素C诱导、分离纯化出1株温和性噬菌体,命名为 Salmonella virus PEA2-3,测定其部分生物学特性并进行生物信息学分析。透射电镜观察显示,噬菌体头部宽约为61 nm,尾长93 nm,属于有尾噬菌体目(Caudovirales)、罗斯蒙特病毒属( Rosemountvirus );最佳感染复数为0.01;一步生长曲线显示潜伏期为20 min,裂解期约为80 min;能够裂解不同来源的沙门菌(38/72)及大肠杆菌(23/52),是1株宽裂解谱的溶原性噬菌体,具有较好的应用价值。基因组测序结果显示,该噬菌体基因组全长52 770 bp,GC含量为45.99%,基因组共注释到73个CDS,8个CDS被赋予已知功能蛋白,不存在抗生素抗性基因或者毒力基因。噬菌体PEA2-3全基因组提交至NCBI的GenBank数据库,获得序列号为MW508890。结果显示,这是1株能同时裂解大肠杆菌与沙门菌的宽裂解谱高效价温和噬菌体,为防控和治疗耐药菌传播提供了良好的应用基础。

关键词：温和噬菌体沙门菌生物学特性基因组分析

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金黄色葡萄球菌温和噬菌体SapYZUs7介导的噬菌体抗性转移机制及其应用

金黄色葡萄球菌温和噬菌体SapYZUs7介导的噬菌体抗性转移机制及其...

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作者：李雅洁扬州大学

学位级别：硕士

金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus,SA）是一种重要的食源性病原体,其基因组编码多种毒力、抗生素耐药及噬菌体抗性基因;这些基因通过温和噬菌体传播,以致于出现新的致病性及环境适应性增强的溶原菌株,对食品安全和公共卫生安全造... 详细信息

金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus,SA）是一种重要的食源性病原体,其基因组编码多种毒力、抗生素耐药及噬菌体抗性基因;这些基因通过温和噬菌体传播,以致于出现新的致病性及环境适应性增强的溶原菌株,对食品安全和公共卫生安全造成重大危害。了解毒力和抗生素耐药变化的机制对SA的控制和监测具有重要意义。此外,尽管噬菌体是识别和检测SA的有效工具,但噬菌体抗性菌株的出现以及对SA菌株如何进化出噬菌体抗性的机制理解不足仍然限制了噬菌体的应用。因此,本研究分离了7株温和噬菌体,对其生物学特性、全基因组序列进行研究。然后,我们使SapYZUs7进行溶原性转化,对形成溶原菌株毒力、抗生素耐药及噬菌体抗性进行研究,并且通过转录组测序揭示其变化的机制。此外,我们建立了一种基于温和噬菌体的纳米酶生物传感器,可以快速、灵敏、特异性检测预制菜食品样品中的SA（包括噬菌体不敏感菌株）。上述主要结果如下: （1）SA温和噬菌体的分离及生物学特性研究。利用丝裂霉素C从47株SA菌株中诱导出7株温和噬菌体,命名为SapYZUs7、SapYZUs8、SapYZUs11、SapYZUs13、SapYZUs14、SapYZUs16和SapYZUm7。裂解谱测定结果显示,噬菌体SapYZUs7能裂解大部分SA菌株（裂解率66%）。一步生长曲线结果显示,与其他6株温和噬菌体相比,SapYZUs7表现出更短的潜伏期（5 min）和更大的爆发量(133 plaque forming units（PFU）/cell)。吸附实验显示,SapYZUs7在短时间（6 min）内吸附率达到71%以上。此外,7株温和噬菌体在不同温度（40-60℃）和p H值（2-11）下保持良好的稳定性。（2）SA温和噬菌体SapYZUs7全基因组测序及其分析。SapYZUs7基因组全长为43,682 bp,G+C含量33.1%,未发现与抗生素耐药性相关的基因,但包含毒力基因免疫逃避簇（Immune evasion cluster,IEC）相关基因sak、chp和scn。全基因组分析结果显示,SapYZUs7基因组编码整合酶、CI、Cro蛋白及Ⅱ型毒素同系物（Maz F）基因;而且其自身优异的生物学特性（裂解量大及吸附率高等）可能是由于存在与DNA复制、DNA包装和尾部纤维相关的基因。系统发育分析表明温和噬菌体SapYZUs7属于Triavirus属。（3）溶原宿主毒力、抗生素耐药及噬菌体抗性变化研究。溶原菌株M28A和M29A相比于亲本菌株,毒力发生变化（生物膜形成能力和黏附能力下降、抗吞噬能力增强）、抗生素耐药性（β-内酰胺类、大环内酯类、氨基糖苷类、核苷酸转移酶类及氯霉素类）下降和噬菌体抗性增强。此外,我们在体外进行温和噬菌体SapYZUs7联合抗生素抑菌实验,为温和噬菌体作为生物抗菌剂奠定基础。（4）转录组测序（RNA-seq）揭示温和噬菌体调控溶原宿主毒力、抗生素耐药性及噬菌体抗性变化的机制。转录组测序结果显示,毒力基因sas G、clf A、clf B、fnb A、fnb B和sdr C表达显著下调,kat A、Staphyloferrin A、Staphyloferrin B、sod A、eap和mpr F显著上调;抗生素抗性基因mec A、bla Z、erm C、lnu B、ANT（6）-Ia及fex A显著下调;噬菌体抗性基因Ⅱ型hsd R和hsd M显著上调。此外,噬菌体侵染30 min后,溶原菌株M28A中Ⅱ型毒素同系物Maz F表达显著上调。上述结果表明,温和噬菌体SapYZUs7调控宿主毒力、抗生素耐药相关基因表达,致使溶原宿主毒力发生变化及抗生素耐药性减弱;上调溶原宿主Ⅱ型RM系统和Ⅱ型毒素同系物Maz F的表达;使得溶原宿主噬菌体抗性增强。（5）基于温和噬菌体的纳米酶生物传感器检测SA溶原菌及预制菜样品中活的SA。通过静电作用制备的生物传感器SapYZUs7@Mn Co2O4,具有类过氧化酶活性,能够特异性检测SA,并且对噬菌体不敏感菌株具有良好检测效果。我们对反应条件和检测条件优化后,SapYZUs7@Mn Co2O4检测系统表现出快速（15 min）、灵敏度高（LOD低至0.77×10～2 CFU/m L）、选择性好（选择性识别18株细菌中的SA）的优异检测性能,可用于食品中SA的比色测定。综上,本研究分离筛选的温和噬菌体SapYZUs7裂解范围较宽,能够在不同理化条件（p H和温度）下保持良好稳定性,裂解量大,吸附率高;基因组携带毒力基因sak、chp、scn和编码Ⅱ型毒素Maz F同系物的基因（orf2）。SapYZUs7溶原后,溶原宿主毒力、抗生素耐药及噬菌体抗性发生变化。RNA-seq结果揭示SapYZUs7调控溶原宿

关键词：金色葡萄球菌温和噬菌体基因组噬菌体抗性 RNA-seq

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一种检测金黄色葡萄球菌活菌的温和噬菌体修饰类过氧化物酶的制备方法及其应用

一种检测金黄色葡萄球菌活菌的温和噬菌体修饰类过氧化物酶的制备...

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作者：周文渊李雅洁杨振泉高亚军徐雪超 225009 江苏省扬州市大学南路88号

本发明公开了一种检测金黄色葡萄球菌的温和噬菌体修饰类过氧化物酶及其制备方法和应用，该温和噬菌体修饰类过氧化物酶包括温和噬菌体、聚乙烯亚胺和MnCo2O4，所述温和噬菌体通过聚乙烯亚胺将噬菌体头部固定在MnCo2O4表面，噬菌体尾部... 详细信息

标准号: CN117051075A

本发明公开了一种检测金黄色葡萄球菌的温和噬菌体修饰类过氧化物酶及其制备方法和应用，该温和噬菌体修饰类过氧化物酶包括温和噬菌体、聚乙烯亚胺和MnCo₂O₄，所述温和噬菌体通过聚乙烯亚胺将噬菌体头部固定在MnCo₂O₄表面，噬菌体尾部裸露在外；所述温和噬菌体为SapYZUgamma，保藏于中国典型培养物保藏中心。本发明制备的温和噬菌体修饰类过氧化物酶利用TMB比色反应，快速可视化定量分析金黄色葡萄球菌；与之前报道的金黄色葡萄球菌检测方法相比，本发明具有检测速度快、特异性好、灵敏性高、设备依赖度低、操作简单、成本低廉等特点，适合食品样本中金黄色葡萄球菌的可视化快速检测要求。

关键词：温和噬菌体金黄色葡萄球菌过氧化物酶修饰聚乙烯亚胺保藏可视化制备方法和应用中国典型培养物噬菌体头部比色反应定量分析快速检测食品样本灵敏性噬菌体依赖度种检测检测制备裸露

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希瓦氏菌整合温和噬菌体片段编码的缺口酶及其应用

希瓦氏菌整合温和噬菌体片段编码的缺口酶及其应用

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作者：刘晓晓顾兵赵云虎张妮凌勇袁凯旋崔善钊 510080 广东省广州市越秀区中山二路106号广东省人民医院伟伦楼10楼

本发明涉及本发明涉及生物技术领域，具体涉及希瓦氏菌整合温和噬菌体片段编码的缺口酶及其应用。本发明提供了一种新的缺口酶，其来源于希瓦氏菌Shewaenlla oneidensis MR‑1(ATCC 700550)，氨基酸序列如SEQ ID NO:2所示，核苷酸序列如S... 详细信息

标准号: CN116790557A

本发明涉及本发明涉及生物技术领域，具体涉及希瓦氏菌整合温和噬菌体片段编码的缺口酶及其应用。本发明提供了一种新的缺口酶，其来源于希瓦氏菌Shewaenlla oneidensis MR‑1(ATCC 700550)，氨基酸序列如SEQ ID NO:2所示，核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，可使双链DNA的其中一条单链的特定部位产生断裂，该缺口酶作用温度广泛，切割效果好，在核酸等温扩增等领域具有广泛的应用价值。

关键词：核酸等温扩增生物技术领域氨基酸序列核苷酸序列温和噬菌体片段编码双链DNA 单链整合切割应用断裂

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一种调控珊瑚菌群的温和噬菌体VneM1及其应用

一种调控珊瑚菌群的温和噬菌体VneM1及其应用

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作者：王晓雪王伟权王鹏霞汤开浩 510301 广东省广州市南沙区海滨路1119号

本发明公开了一种调控珊瑚菌群的温和噬菌体VneM1及其应用。噬菌体Vibrio neocaledonicus bacteriophage VneM1，保藏号：GDMCC NO.61215‑B1。本发明从珊瑚共生菌Vibrio neocaledonicus SCSIO 43009中分离得到一种新的噬菌体—噬菌体Vib... 详细信息

标准号: CN112011520B

本发明公开了一种调控珊瑚菌群的温和噬菌体VneM1及其应用。噬菌体Vibrio neocaledonicus bacteriophage VneM1，保藏号：GDMCC NO.61215‑B1。本发明从珊瑚共生菌Vibrio neocaledonicus SCSIO 43009中分离得到一种新的噬菌体—噬菌体Vibrio neocaledonicus bacteriophage VneM1，该噬菌体VneM1对珊瑚共生弧菌具有裂解作用，调控珊瑚共生微生物组成，水螅体侵染实验证实其能延缓升温引起的珊瑚白化。噬菌体VneM1是温和噬菌体，通常情况下，整合在溶原菌SCSIO 43009基因组上以原噬菌体形式存在。可自发进行溶原‑裂解转换产生噬菌体，并且环境因素，如SOS应激反应能促进其溶原‑裂解转换。

关键词：噬菌体珊瑚裂解温和噬菌体共生微生物保藏环境因素应激反应共生菌基因组珊瑚菌水螅体转换调控白化弧菌侵染原菌整合共生延缓应用

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一种调控珊瑚菌群的温和噬菌体VneM1及其应用

一种调控珊瑚菌群的温和噬菌体VneM1及其应用

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作者：王晓雪王伟权王鹏霞汤开浩 510301 广东省广州市南沙区海滨路1119号

标准号: CN112011520A

关键词：噬菌体珊瑚裂解温和噬菌体共生微生物保藏环境因素应激反应共生菌基因组珊瑚菌水螅体转换调控白化弧菌侵染原菌整合共生延缓应用

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一种使用温和噬菌体载体包装CRISPR-Cas9系统的方法

一种使用温和噬菌体载体包装CRISPR-Cas9系统的方法

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作者：宋宏彬邱少富刘鸿博李浩梁媛杨超杰赵荣涛贾雷立李鹏王立贵 100071 北京市丰台区东大街20号

本发明公开了一种使用温和噬菌体载体包装CRISPR‑Cas9系统的方法，所述方法包括：(1)将自杀基因、与特异性gRNA结合的靶点序列、以及下游的PAM序列构建到pSTK质粒中；(2)将pSTK质粒转化入染色体整合有温和噬菌体,并且转化有能够表达同... 详细信息

标准号: CN107365804B

本发明公开了一种使用温和噬菌体载体包装CRISPR‑Cas9系统的方法，所述方法包括：(1)将自杀基因、与特异性gRNA结合的靶点序列、以及下游的PAM序列构建到pST_K质粒中；(2)将pST_K质粒转化入染色体整合有温和噬菌体,并且转化有能够表达同源重组相关酶类的质粒的大肠杆菌宿主菌中；(3)将两端携带噬菌体序列同源臂的CRISPR‑Cas9序列重组模板双链DNA线性片段转化入宿主菌中；(4)诱导同源重组相关酶类和自杀基因SacB表达；(5)筛选发生了同源重组的宿主菌；(6)诱导温和噬菌体裂解宿主菌，收获发生重组的包装了CRISPR‑Cas9系统的温和噬菌体。本发明提供的包装方法省略了删除抗性标记的二次重组步骤，高效、快速，为噬菌体载体递呈CRISPR‑Cas9系统对抗耐药菌提供了技术支持。

关键词：温和噬菌体同源重组宿主菌自杀基因酶类质粒诱导大肠杆菌宿主菌染色体整合噬菌体序列噬菌体载体靶点序列二次重组技术支持抗性标记模板双链系统对抗线性片段序列构建序列重组载体包装质粒转化耐药菌同源臂省略裂解转化删除筛选携带收获

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一种使用温和噬菌体载体包装CRISPR‑Cas9系统的方法

一种使用温和噬菌体载体包装CRISPR‑Cas9系统的方法

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作者：宋宏彬邱少富刘鸿博李浩梁媛杨超杰赵荣涛贾雷立李鹏王立贵 100071 北京市丰台区东大街20号

标准号: CN107365804A

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编委推荐

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遗传 2022年第12期44卷 1087-1088页

Nature|噬菌体衣壳蛋白直接激活细菌固有免疫细菌–噬菌体之间的军备竞赛在不断共进化中。与真核细胞固有免疫系统通过致病菌相关分子模式(pathogen-associated molecular patterns,PAMPs)感知致病菌的方式相似,许多细菌的固有免疫系统... 详细信息

Nature|噬菌体衣壳蛋白直接激活细菌固有免疫细菌–噬菌体之间的军备竞赛在不断共进化中。与真核细胞固有免疫系统通过致病菌相关分子模式(pathogen-associated molecular patterns,PAMPs)感知致病菌的方式相似,许多细菌的固有免疫系统需要噬菌体特异性分子的激发,才能够对噬菌体感染作出应答。但细菌的哪种分子负责侦测噬菌体的何种激发分子尚不清楚。2022年11月16日,美国麻省理工学院、比利时布鲁塞尔自由大学(Universitélibre de Bruxelles,ULB)Abel Garcia-Pino以及瑞典隆德大学(Lund University)Vasili Hauryliuk等合作在Nature发表了题为“Direct activation of a bacterial innate immune system by a viral capsid protein”的研究论文,报道了来自沙门氏菌温和噬菌体SJ46,在多个大肠杆菌中也保守的融合毒素–抗毒素系统CapRelSJ46直接感知噬菌体中重要保守成分衣壳蛋白,保护大肠杆菌抗多种噬菌体感染的分子机制(doi:10.1038/s41586-022-05444-z)。

关键词：衣壳蛋白温和噬菌体瑞典隆德大学共进化融合毒素固有免疫分子模式

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芽胞杆菌噬菌体信号交流系统的短肽调控模式研究

芽胞杆菌噬菌体信号交流系统的短肽调控模式研究

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作者：裴凯华中农业大学

学位级别：硕士

温和噬菌体在感染芽胞杆菌的过程中,可以通过信号交流系统调控生命周期,调节溶原裂解周期转换。与革兰氏阳性菌的群体感应系统类似,噬菌体编码的信号短肽Aim P和短肽受体Aim R蛋白是交流系统的关键组分。Aim R蛋白与信号短肽结合后,可... 详细信息

温和噬菌体在感染芽胞杆菌的过程中,可以通过信号交流系统调控生命周期,调节溶原裂解周期转换。与革兰氏阳性菌的群体感应系统类似,噬菌体编码的信号短肽Aim P和短肽受体Aim R蛋白是交流系统的关键组分。Aim R蛋白与信号短肽结合后,可以改变其DNA结合活性,调控下游基因的表达,促进溶原现象的发生。我们通过前期的研究工作,揭示了噬菌体Aim R蛋白对信号短肽的特异识别模式,但是信号短肽如何影响Aim R蛋白的DNA结合活性、Aim R蛋白如何识别靶标DNA的分子机制尚不清楚。本文通过结构生物学和生物化学等研究方法,揭示了来源于两类芽胞杆菌噬菌体信号交流系统中信号短肽与Aim R蛋白的结合和调控机制。在枯草芽胞杆菌为宿主的SPbeta噬菌体和phi3T噬菌体中,我们解析了SPbeta噬菌体Aim Rs蛋白结合DNA的复合物晶体结构,揭示了Aim Rs识别靶标DNA的分子机制。根据生化实验和蛋白动态学研究结果,我们发现Aim Rs蛋白在溶液中为二聚体,存在开放构象和闭合构象。当信号短肽与Aim Rs蛋白结合后,促进闭合构象向开放构象转变,从而调控Aim Rs蛋白的DNA结合活性。同时在phi3T噬菌体中,我们通过单分子荧光共振能量转移等实验,发现信号短肽对Aim R受体蛋白的调控方式与SPbeta噬菌体类似。在以苏云金芽胞杆菌为宿主的Waukesha92-like噬菌体中,我们解析了Aim P受体蛋白Aim Rw蛋白结合不同底物状态下的晶体结构。与芽胞杆菌噬菌体的受体蛋白不同,Aim Rw以单体形式存在于溶液中,当结合靶标DNA时,Aim Rw可以形成二聚体。在生化实验中,我们发现Aim P短肽并不打破Aim Rw蛋白的DNA结合活性,但是影响Aim Rw蛋白结合DNA后的聚合状态。我们猜测,在Waukesha92-like噬菌体编码的信号交流系统中,Aim P可能通过改变结合DNA后的Aim R蛋白的聚合状态,调控下游基因的表达。通过对两种不同来源的噬菌体信号交流系统进行研究,我们发现信号短肽与受体蛋白Aim R的结合和调控模式均不相同,不仅丰富了对噬菌体和细菌信号短肽交流方式的理解,也为了解噬菌体的增殖过程和生命周期调控提供了基础。

关键词：温和噬菌体芽胞杆菌裂解-溶原决定信号交流系统晶体结构动态结构

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