检索结果-内蒙古大学图书馆

南方医科大学学报 2009年第2期29卷 185-190页

作者：冯春琼邹亚光李铁求周其赵李飞梁爽毛向明南方医科大学基因工程研究所广东广州510515 南方医科大学南方医院口腔科广东广州510515 南方医科大学南方医院泌尿外科广东广州510515

目的研究精子中特异表达的基因,以加深对精子分子生物学的认识。方法采用GATHER、PANTHER和DAVID等在线生物信息学分析工具,分析从GEO中下载的人正常精子、人正常卵子和人10种不同组织细胞混合样本的基因芯片杂交数据,从中挖掘出在精子... 详细信息

目的研究精子中特异表达的基因,以加深对精子分子生物学的认识。方法采用GATHER、PANTHER和DAVID等在线生物信息学分析工具,分析从GEO中下载的人正常精子、人正常卵子和人10种不同组织细胞混合样本的基因芯片杂交数据,从中挖掘出在精子中特异表达的基因及其表达特征。结果人精子与正常对照组和人卵子细胞与正常对照组的差异基因筛选分析,分别得到8998和8981个差异表达基因。其中,有25个基因在精子中的表达量增加200倍。1709个在人精子高表达的基因探针(ratio大于5)中,有1218个在卵子细胞和正常对照组中表达无差异,有129个在卵子细胞中高表达,有362个在卵子细胞中低表达。精子中特异表达的基因主要位于蛋白质修饰与代谢、核苷酸代谢生物过程中,较少涉及细胞信号转导通路或在通路中发挥重要作用。此外,还发现:(1)有大量包含KRAB的转录因子和受体非依赖性的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶在精子中特异性高表达;(2)精子中特异表达的部分基因高度集中在神经干细胞和胚胎干细胞的基因转录表达谱中;(3)精子中糖酵解相关的酶系低表达。结论基于生物信息学的精子特异表达基因的挖掘,能充分利用不同的数据资源,更方便快捷地了解精子基因表达的全貌,加深对精子分子生物学的认识。

关键词：生物信息学精子卵子特异表达基因

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mRNA差异显示技术分离猬迭宫绦虫幼虫特异表达基因

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中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2002年第1期20卷 14-17页

作者：刘殿武朱冰王晓波闫会敏丁月新河北医科大学流行病学教研室石家庄050017

目的　查找猬迭宫绦虫幼虫裂头蚴阶段特异性表达基因。　方法　裂头蚴和成虫组织用异硫氢酸胍一步法提取总 RNA,用 DNA酶去除总 RNA中污染的 DNA。使用 T1 2 MA、T1 2 MC、T1 2 MG和 T1 2 MT4种锚定引物反转录合成 c DNA,再用 1种随机... 详细信息

目的　查找猬迭宫绦虫幼虫裂头蚴阶段特异性表达基因。　方法　裂头蚴和成虫组织用异硫氢酸胍一步法提取总 RNA,用 DNA酶去除总 RNA中污染的 DNA。使用 T1 2 MA、T1 2 MC、T1 2 MG和 T1 2 MT4种锚定引物反转录合成 c DNA,再用 1种随机引物与上述 4种锚定引物在含同位素的反应液中进行 PCR反应。将 PCR产物用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离 ,经放射自显影后 ,从凝胶上选出裂头蚴与成虫不同的差异带 ,PCR扩增后经杂交试验鉴定出不同种类的基因片段 ;以筛选出的差异带作探针 ,分别与裂头蚴和成虫 RNA进行 Northern杂交证实裂头蚴阶段表达基因 ;将差异带测序后与 Gen Bank中的序列进行同源性比较。　结果　从凝胶中共选出 11条差异带。将回收的 11条带再经PCR扩增和杂交试验 ,从中选出 3种不同的基因片段。经 Northern杂交证实片段 1和片段 2为裂头蚴特异表达基因 ,而片段 3为裂头蚴和成虫共同表达的基因。3个基因片段测序后与 Gen Bank中的基因进行同源性分析 ,基因片断 1和 2无同源序列 ;基因片段 3与多种生物的 2 8S r RNA同源。　结论　通过 m RNA差异显示技术查找出

关键词： mRNA差异显示猥迭宫绦虫阶段表达聚合酶链反应特异表达基因

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红光、蓝光处理下马铃薯转录组特异表达基因密码子的偏好性分析

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江苏农业学报 2024年第7期40卷 1199-1211页

作者：许建民程柳洋仇学文江苏农林职业技术学院江苏句容212400 东台市农业技术推广中心江苏东台224200 江西农业大学江西南昌330000

以红光、蓝光处理下的马铃薯转录组数据为基础,以白光为对照,各筛选出1206条、691条特异表达基因。通过CodonW、CUSP对筛选出的基因编码序列(CDS)进行密码子使用偏好性分析。结果表明,在红光、蓝光处理下,马铃薯对基因密码子的使用偏好... 详细信息

以红光、蓝光处理下的马铃薯转录组数据为基础,以白光为对照,各筛选出1206条、691条特异表达基因。通过CodonW、CUSP对筛选出的基因编码序列(CDS)进行密码子使用偏好性分析。结果表明,在红光、蓝光处理下,马铃薯对基因密码子的使用偏好性都较弱,都偏好使用A或T(U)结尾的密码子。在2种光质处理下,特异表达基因序列密码子的GC总量都与同义密码子在第3位的胞嘧啶和鸟嘌呤含量(GC3s)有极显著相关性。在2种光质处理下,高频密码子[相对同义密码子使用度(RSCU)>1.00]均为30个,且高频密码子类型完全一致。从ENc-plot、PR2-plot和中性绘图结果可以看出,2种光质处理下的特异表达基因主要受到自然选择的影响。本研究还分别从蓝光、红光处理的特异表达基因中筛选26个、28个最优密码子。从马铃薯在不同光质处理下特异表达基因与其他生物密码子使用频率的比值及聚类分析结果可以看出,番茄、烟草均可作为红光、蓝光处理下马铃薯特异表达基因的异源表达受体。

关键词：红蓝光马铃薯转录组特异表达基因密码子偏好性

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通过差减文库筛选山羊羔肠道淋巴集结特异表达基因

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山东大学学报（理学版） 2006年第1期41卷 140-144页

作者：张磊杨永杰陈小鹏梁奉军张燕君山东大学生命科学学院山东济南250100

羊羔肠道淋巴集合淋巴结(Peyer’s patch,以下简称PP),是B淋巴细胞的主要来源地和发育、成熟场所,兼具中枢淋巴器官和周围淋巴器官的功能.采用抑制性差减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)方法,构建山羊羔肠道淋巴集结... 详细信息

羊羔肠道淋巴集合淋巴结(Peyer’s patch,以下简称PP),是B淋巴细胞的主要来源地和发育、成熟场所,兼具中枢淋巴器官和周围淋巴器官的功能.采用抑制性差减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)方法,构建山羊羔肠道淋巴集结与其非PP肠壁组织的差减cDNA文库,以期找到在山羊羔肠道淋巴集结中特异表达的与免疫相关的基因.分别从山羊羔PP与非PP肠壁组织提取总RNA,反转录成cDNA,以PP作为待检组织(tester),非PP肠壁作为驱动组织(driver),经过两轮杂交和抑制性PCR扩增,产物与T载体连接,经蓝白斑筛选,提取质粒,经EcoRI酶切鉴定插入片段并测序,由此构建了两种组织间差异表达基因的差减cDNA文库.对其中160个克隆测序,得到几个可能与免疫相关的基因,为进一步从中挑选和表达活性蛋白基因用于生产免疫增强剂奠定了基础.

关键词：山羊肠道淋巴集结差减cDNA文库特异表达基因

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用cDNA表达阵谱分析小鼠鼻咽部相对特异表达基因

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生物化学与生物物理进展 2000年第1期27卷 86-90页

作者：张玲凌建华何志巍姚开泰湖南医科大学肿瘤研究所卫生部癌变重点实验室长沙410078

利用MouseAtlasTMcDNAexpressionarray检测鼻咽、气管、食管、膀胱四种组织中588个已知基因的表达谱,得到11个在鼻咽上皮中表达相对较高的基因,作为鼻咽部组织相对特异基因的候选者,并用RTPCR进一步验证.

关键词：基因表达谱鼻咽癌特异表达基因动物模型

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利用cDNA-AFLP技术分析小麦应答低磷胁迫的特异表达基因

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作物学报 2009年第9期35卷 1597-1605页

作者：谷俊涛鲍金香王效颖郭程瑾李小娟路文静肖凯河北农业大学生命科学学院河北保定071001 河北农业大学农学院河北保定071001

以磷高效小麦品种石新828为材料,采用cDNA-AFLP技术,鉴定了短期(1～6h)、中期(12～48h)和长期(72～144h)低磷胁迫根系特异上、下调表达基因的表达序列标签(EST)。共有非重复的上调ESTs142个,下调ESTs94个。胁迫下的前者分别含短、中和长... 详细信息

以磷高效小麦品种石新828为材料,采用cDNA-AFLP技术,鉴定了短期(1～6h)、中期(12～48h)和长期(72～144h)低磷胁迫根系特异上、下调表达基因的表达序列标签(EST)。共有非重复的上调ESTs142个,下调ESTs94个。胁迫下的前者分别含短、中和长期23、53和66个;后者分别含短、中和长期17、39和38个。对其功能比对发现,上调ESTs在功能上归属于信号转导、转录调控、代谢、逆境响应、发育、物质运输、脂类代谢和功能未知等类别,下调EST除上述类别外,还含有蛋白质合成和降解等类别。部分转录因子基因(如水稻OsPTF1和拟南芥ZAT10高度同源的转录因子基因)、促分裂原激酶基因MAPK1a、钙依赖蛋白激酶基因CPK1A和蛋白激酶基因(如serine/threonine kinase)、高亲和磷转运蛋白基因(PHT3和PT2)、过氧化物酶基因(如peroxidase73)和谷胱甘肽-S-转移酶基因(glutathione S-transferase),受到低磷胁迫的特异增强诱导,在改善小麦植株对低磷胁迫的适应能力中可能具有重要作用。研究表明,小麦对低磷胁迫的响应,在分子水平上存在着植株感受低磷胁迫信号和信号转导、进一步在生理生化方面对胁迫信号产生应答等复杂的过程。

关键词：小麦低磷胁迫 cDNA—AFLP 特异表达基因基因功能类别

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肾癌组织消减文库的构建与肾癌特异表达基因克隆

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中华实验外科杂志 2001年第4期18卷 338-339页

作者：张强陈琳梁丽莉郭晓健张志文丁义佟明郭应禄北京大学第一医科研究所 100034 福建省血液病研究所北京大学生理系

目的　构建人肾癌组织与正常肾组织差异表达的cDNA消减文库 ,为从中克隆鉴定出肾癌特异性表达的基因奠定基础。方法　应用抑制性消减杂交技术 ,分别从肾癌及正常肾组织中提取 poly(A) +RNA ;依次合成单链及双链cDNA ,分别与 2种不同的... 详细信息

目的　构建人肾癌组织与正常肾组织差异表达的cDNA消减文库 ,为从中克隆鉴定出肾癌特异性表达的基因奠定基础。方法　应用抑制性消减杂交技术 ,分别从肾癌及正常肾组织中提取 poly(A) +RNA ;依次合成单链及双链cDNA ,分别与 2种不同的接头衔接 ,再与正常肾cDNA进行 2次消减杂交及 2次抑制性PCR ;将产物与T/A载体连接构建成功cDNA消减文库。结果　构建成功具有高消减效率的人肾癌组织cDNA消减文库 ,文库扩增后得到 35 0个阳性克隆 ,其中 95 %克隆均含 5 0～ 40 0bp插入片段。结论　应用抑制性消减杂交技术所构建的人肾癌组织cDNA消减文库为进一步大批量筛选、克隆肾癌特异性表达的基因奠定了基础。

关键词：肾肿瘤抑制性消减杂交特异表达基因

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盐胁迫下盐藻特异表达基因片段的克隆

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复旦学报（自然科学版） 2001年第5期40卷 500-503页

作者：张晓宁万由衷林长发张亚兰李彦舫沈大棱复旦大学生命科学学院遗传学研究所上海200433 中国人民解放军农牧大学长春130062

盐碱、干旱、极端温度等逆境条件是影响植物生长的重要因素．以抑制消减杂交及差式库的筛选对盐藻（Ｄｕｎａｌｉｅｌｌａ　　ｓａｌｉｎａ）在高渗胁迫下特异表达基因片段进行了克隆．比较长期（１周，ＬＳ）及短期（１６　　ｈ，ＳＳ... 详细信息

盐碱、干旱、极端温度等逆境条件是影响植物生长的重要因素．以抑制消减杂交及差式库的筛选对盐藻（Ｄｕｎａｌｉｅｌｌａ　　ｓａｌｉｎａ）在高渗胁迫下特异表达基因片段进行了克隆．比较长期（１周，ＬＳ）及短期（１６　　ｈ，ＳＳ）ＮａＣＩ胁迫条件下基因表达情况，前者克隆到２个特异表达片段，后者也为２个．通过测序及ＧｅｎｅＢａｎｋ中进行同源搜索，均未有可靠的同源性结果．可以初步认为，以上得到的４个。ＤＮＡ可能是新基因或此片段不在保守区内．

关键词：盐藻盐胁迫抑制消减杂交基因克隆特异表达基因真盐生物基因表达

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大鼠精子发生过程中特异表达基因的筛选和分离

大鼠精子发生过程中特异表达基因的筛选和分离

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作者：李梦涛北京协和医学院(清华大学医学部)&中国医学科学院

学位级别：博士

哺乳动物的精子发生是一个高度有序的分化过程，精原细胞经过有丝分裂、减数分裂，依次分化为初级精母细胞、次级精母细胞、精子细胞，最终经过附睾生成成熟的精子。在这一分化过程中均伴随具有细胞特异性和阶段特异性的结构形成，... 详细信息

哺乳动物的精子发生是一个高度有序的分化过程，精原细胞经过有丝分裂、减数分裂，依次分化为初级精母细胞、次级精母细胞、精子细胞，最终经过附睾生成成熟的精子。在这一分化过程中均伴随具有细胞特异性和阶段特异性的结构形成，而众多具有阶段特异性的基因转录和表达则是形成阶段特异性结构的基础。为了得到这些具有阶段特异性表达特征的基因，本课题组近年来应用mRNA差异显示技术(mRNA Differential Display)，对大鼠曲细精管Ⅱ～Ⅵ期、 Ⅶ～Ⅷ期、Ⅸ～Ⅻ期、XⅢ～I期四个阶段的生精细胞的基因表达图谱进行比较，经过不同的随机引物和锚定引物组合的PCR反应，获得具有差异表达特征的cDNA片段(DDRT cDNA fragment)，经斑点杂交验证后，再将上述差示片段克隆、测序，已经获得了一些代表新基因的EST(Expressed Sequence Tag)。本文就是在此背景下，继续筛选、分离大鼠精子发生过程中特异表达的新基因。主要工作分为以下两个阶段：第一阶段是以本组己获得的DDRT片段为起点，筛选精子发生过程中特异表达基因的EST。将具有阶段特异性的43个DDRT片段进行克隆，并对其中的17个克隆自动测序和分析，得到了13个代表未知基因的新EST，送至 GenBank，获得相应的序列号(Accession Number)；同时，还获得了4个与己知 EST一致的片段。第二阶段是用获得的6个EST为探针在大鼠睾丸的cDNA文库筛选新基因。用A21号探针筛得3个阳性克隆，PCR扩增获得大小约为***和1．6kb 的2个目的片段A21B及A21S。经克隆、测序和分析，A21B克隆全长3582bp，认为其可能是由Ubiquitin相关基因和EST-A21筛选出的新基因组成的嵌合基因，二者之间由构建入gt10 cDNA文库时的载体linker连接；A21S克隆全长1264bp，最长的开放阅读框306bp，编码102个氨基酸，但因编码区起点不符合Kozac序列，终止密码子后也无Poly(A)（下标n）结构及相应的加尾信号，且无同源序列的提示信息，目前尚不能确定其是否为筛选出的新基因。此外，应用C17 号探针筛得6个阳性克隆，PCR扩增获得大小约为2．4kb、2．3kb和1．0kb的3个目的片段，目前已在克隆、测序中。本文的工作为进一步探寻精子发生过程中特异表达基因及其功能的研究奠定了基础。

关键词：精子 EST 特异表达基因

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大鼠精子发生阶段特异表达基因的分离和表达

大鼠精子发生阶段特异表达基因的分离和表达

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作者：刘辉贤中国协和医科大学

学位级别：博士

精子发生是一系列基因严格按照时空顺序相继转录表达的过程。寻找和研究不同时期、不同发育阶段的差异表达基因，将有助于最终阐明精子发生的机理。由于大鼠生精细胞在曲细精管内的排列极为有序，本研究采用曲细精管分段分离结合差异显... 详细信息

精子发生是一系列基因严格按照时空顺序相继转录表达的过程。寻找和研究不同时期、不同发育阶段的差异表达基因，将有助于最终阐明精子发生的机理。由于大鼠生精细胞在曲细精管内的排列极为有序，本研究采用曲细精管分段分离结合差异显示PCR（DDRT-PCR）的方法，寻找精子发生中差异表达的基因。在解剖显微镜下根据折光度不同将曲细精管分出Ⅱ～Ⅵ期和Ⅶ～Ⅷ期两段，Ⅱ～Ⅵ期中包含精原细胞分裂产生A、B两型精原细胞、变形期初级精母细胞向粗线期精母细胞的转化和2～6级以及15～18级精细胞，Ⅶ～Ⅷ期中包含A型精原细胞、休止型精母细胞、粗线期精母细胞、7～8级和19级精细胞以及成熟精子的释放，Ⅶ～Ⅷ期中不含细胞分裂。提取两段的组织总RNA并反转录成cDNA，以3个Oligo-dT12N（N为A、C、G）单锚定引物分别与上游8个随机引物进行24种配对组合，共48个扩增反应，经聚丙烯酰胺凝胶电泳及放射自显影后选出112个差异cDNA条带，再经反向Northern斑点杂交验证，有76个cDNA条带代表的基因在不同区段中存在差异转录，其中17个差异达10倍以上。对36个有差异的cDNA条带进行克隆测序，得到22个彼GenBank接收的新的Expression Sequence Tags（ESTs），其中来自Ⅱ～Ⅵ期的有14个（AF094604、AF094605、AF094606、AF094607、AF095318、AF095320、AF095321、AF095322、AF095324、AF095325、AF096087、AF096088、AF096089、AF134584、），来自Ⅶ～Ⅷ期的有8个（AF095319、AF095323、AF096090、AF133655、AF133656、AF133287、AF133288、AF133289）。在此基础上，选择6个ESTs作为混合探针筛选大鼠睾丸cDNA文库，得到一新的全长2183bp、编码526个氨基酸的cDNA序列（GenBank接收号为AF094609），命名为R337，其编码蛋白的预测分子量为60000，等电点为4.0，经蛋白数据库分析发现其氨基酸序列存在一个P34cdc2的磷酸化位点、一个蛋白激酶A（PKA）磷酸化位点、多个蛋白激酶C（PKC）和酪蛋白激酶Ⅱ（CK-Ⅱ）的磷酸化位点以及多个DNA结合Motif。

关键词：精母细胞 RNA DNA 减数分裂后期精子发生特异表达基因大鼠精子

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