检索结果-内蒙古大学图书馆

基因组学与应用生物学 2023年第12期42卷 1353-1363页

作者：娄义念梁凯莉刘靖颖王致远许雄彪广西大学广西甘蔗生物学重点实验室南宁530005 亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室南宁530004

甘蔗杆状病毒(sugarcane bacilliform virus,SCBV)是广泛分布于世界甘蔗种植区的严重危害甘蔗种植的植物病毒之一。研究SCBV编码的病毒蛋白功能对于了解该病毒致病机制及抗病育种具有重要意义。本实验室前期从云南勐海的一株Badila甘蔗... 详细信息

甘蔗杆状病毒(sugarcane bacilliform virus,SCBV)是广泛分布于世界甘蔗种植区的严重危害甘蔗种植的植物病毒之一。研究SCBV编码的病毒蛋白功能对于了解该病毒致病机制及抗病育种具有重要意义。本实验室前期从云南勐海的一株Badila甘蔗中分离获得了SCBV的全长基因组序列,并开展了其开放阅读框2(open reading frame 2, ORF2)编码的未知蛋白P2的功能研究。通过原核表达SCBV P2蛋白并经体外核酸亲和结合试验分析,发现SCBV编码的P2蛋白能以序列非特异性方式与同源或异源核酸亲和结合。进一步对P2蛋白中预测的coiled-coil like domain及C-端保守的脯氨酸、赖氨酸富集区域进行缺失及点突变分析,以及凝胶阻滞试验发现,随着C-端逐步截短,P2突变体蛋白与核酸结合的活性也逐渐减弱,其C-端保守的含脯氨酸、赖氨酸的21个氨基酸(amino acids,aa)对P2蛋白与核酸结合是必需的。同时,在P2蛋白与核酸的相互作用中,coiled-coil like domain被证明是不可或缺的。进一步酵母双杂交实验证明P2蛋白能与自身互作,且P2 C-端保守的21个氨基酸及coiled-coil like domain的缺失或替换直接影响了P2蛋白的自身互作。综上所述,本研究发现SCBV编码的P2蛋白是一个序列非特异性的核酸结合蛋白,且coiled-coil like domain和C-端保守的富含脯氨酸、赖氨酸区域通过影响其自身互作而影响其核酸结合活性。研究结果为进一步深入研究P2蛋白功能奠定了基础。

关键词：甘蔗杆状病毒核酸结合凝胶阻滞试验(EMSA) coiled-coil like domain

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甘蔗杆状病毒荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

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基因组学与应用生物学 2020年第4期39卷 1779-1784页

作者：王坤陈开闯胡筱璇申亚南吕文竹陈海陈保善温荣辉广西大学生命科学与技术学院南宁530005 亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室南宁530005

为建立一种能够快速、灵敏、特异的检测甘蔗杆状病毒(sugarcane bacilliform virus,SCBV)的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法,针对SCBV的基因序列,设计了特异性扩增引物,利用构建的标准品建立和优化针对SCBV的荧光定量PCR检测方法,并对该方... 详细信息

为建立一种能够快速、灵敏、特异的检测甘蔗杆状病毒(sugarcane bacilliform virus,SCBV)的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法,针对SCBV的基因序列,设计了特异性扩增引物,利用构建的标准品建立和优化针对SCBV的荧光定量PCR检测方法,并对该方法进行了特异性、稳定性、灵敏性等的测试,随后用于田间样品的检测。结果表明:将含有SCBV基因组序列的重组质粒进行梯度稀释制成标准品,利用标准品进行荧光定量PCR,获得标准曲线y=-3.4821x+37.264,相关系数r^2=0.9999,说明CT值与反应起始模板数量呈线性关系,可进行准确定量;组内和组间变异系数在0.19%~1.68%之间,表明检测方法重复性良好;建立的荧光定量PCR方法最低可检测到10个拷贝重组质粒/μL,是常规PCR检测灵敏度的100倍。使用建立的荧光定量PCR方法和常规PCR方法对采集的90份甘蔗叶片样品进行检测,常规PCR检出53份阳性样品,荧光定量PCR检出56份阳性样品,表明所建立的荧光定量PCR方法较常规PCR敏感性高,且准确性高。本研究建立的SCBV荧光定量PCR检测方法重复性好,灵敏度高,为构建甘蔗健康种苗体系提供了一种高效检测方法。

关键词：甘蔗杆状病毒荧光定量PCR 甘蔗健康种苗

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甘蔗杆状病毒的溯源、整合片段遗传多样性及转录组分析

甘蔗杆状病毒的溯源、整合片段遗传多样性及转录组分析

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作者：胡筱璇广西大学

学位级别：硕士

甘蔗(Saccharum officinarum L.)是我国重要的产糖作物,广泛种植于我国南方地区,包括广西、广东、云南、海南、四川、福建等省(自治区)。甘蔗杆状病毒(Sugarcane bacilliform virus,SCBV)属于花椰菜病毒科(Caulimoviridae)杆状DNA病毒属... 详细信息

甘蔗(Saccharum officinarum L.)是我国重要的产糖作物,广泛种植于我国南方地区,包括广西、广东、云南、海南、四川、福建等省(自治区)。甘蔗杆状病毒(Sugarcane bacilliform virus,SCBV)属于花椰菜病毒科(Caulimoviridae)杆状DNA病毒属(Badnavirus),是危害世界蔗区的主要病害之一。本研究对取自全国六个省(自治区)的1756份甘蔗样品进行了SCBV的检测与统计,查找分析了其中101种SCBV阳性的甘蔗品种的亲本及祖先品种信息,扩增并分析了来自不同省(自治区)的甘蔗样品中的SCBV全基因组,对桂柳05136和桂糖29号甘蔗进行不同温度处理下的游离型与整合型SCBV基因组转化研究,对20℃培育下,携带游离型和整合型SCBV的甘蔗样品进行转录组学分析。(1)2019年6-7月,在全国六省(自治区)收集到1756份甘蔗属及其近缘属样品,对这些样品进行PCR检测(引物为SBTF/SBTR,目的片段为SCBV的RNase H序列)。统计结果发现:1756份样品中,有726份样品检出SCBV,检出率为41.34%,其中,广西的检出率为55.07%;广东的检出率为50.49%;福建的检出率为52.63%;四川的检出率为36.16%;云南的检出率为41.03%;海南的检出率为1.06%,说明SCBV已广泛存在于我国的甘蔗种植区域。确定上述726份阳性样品的甘蔗品种后,查找其亲本品种信息,获得其中101种甘蔗品种的亲本信息,发现其亲本主要为从美国引进的CP49-50、CP72-1210、CP84-1198等品种;南非引进的NCO310品种;菲律宾引进的POJ2725、POJ2878品种;台湾育成的台糖系列;海南育成的崖城系列。其中,亲本带有美国种源的占82.18%,亲本带有南非种源的占33.67%,亲本带有台湾种源的占30.69%,亲本带有印度种源的占26.73%,亲本带有海南崖城种源的占16.83%,亲本带有印尼种源的占14.85%。并且,在CP49-50、CP72-1210、CP84-1198、新台糖1号、新台糖5号、新台糖10号、华南56-12等亲本材料中检测到SCBV,推测SCBV可能来源于国外引进的品种,并通过杂交育种在我国传播开来。(2)根据已知的SCBV的RNase H基因序列,通过反向巢式PCR,扩增SCBV近似全长基因组(目的片段为7216bp,占全长基因组94.62%)。广西的190个阳性样品中,有29个样品扩增出SCBV近似全长基因组及若干条长度不一的小片段,近似全长基因组扩增率为15.26%,四川的205个阳性样品中,有39个样品扩增出SCBV近似全长基因组,扩增率为19.02%,云南208个阳性样品中,有3个样品扩增出SCBV近似全长基因组,扩增率为1.44%,福建70个阳性样品中,有2个样品扩增出SCBV近似全长基因组,扩增率为6.67%,海南和广东均未能扩增出SCBV近似全长基因组。通过测序拼接,并与本课题组先前已获得的有6个开放阅读框的SCBV基因组序列比对,得到1条SCBV全基因组,9条在第6个开放阅读框缺失553bp的SCBV近全长基因组序列和24条长度在500 bp～6000 bp间的SCBV基因组序列。以广西地区存在缺失序列的样品为模板进行PCR扩增,发现在同一样品中,扩增出相差554bp的两条带,推测有两种SCBV基因组型混合。测序时,有半数以上样品测不通,也可能是SCBV的混合侵染,使扩增出的条带有几种SCBV基因组型。在广西地区的桂糖02-351品种中,扩增到1条692 bp的序列,其中256bp比对到甘蔗基因组,推测SCBV能整合进甘蔗基因组。另外,只有从广西种质资源圃的杂交蔗样品中获得的24条SCBV基因组序列长度不一样,推测这些SCBV基因组序列在广西的甘蔗样品中存在遗传多样性。(3)对桂柳05136及桂糖29号甘蔗进行不同温度下培养。通过反向巢式PCR对样品进行扩增,发现12℃环境下,36个样品中,有3个扩增出SCBV近似全长基因组,扩增率为8.33%,28℃环境下,36个样品中,有2个扩增出SCBV近似全长基因组,扩增率为5.56%,20℃环境下培养25天时,36个样品中,有11个扩增出SCBV近似全长基因组,扩增率为30.56%,继续培养5天后,扩增率达到44.44%。由此推测温度的变化影响了SCBV近全长基因组的扩增率。SCBV基因组会在甘蔗内变化,在12℃和28℃下,SCBV基因组多表现为整合型,20℃时,可以由整合型转化为游离型。(4)对20℃培育下,SCBV基因组型发生变化的甘蔗样品进行转录组测序,共获得106005条Unigenes。其中,在MOCK(对照组)vs EPIS(游离型SCBV)组中,6818个基

关键词：甘蔗杆状病毒 PCR检测病毒来源游离型与整合型基因组

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纳米磁珠联合PCR检测甘蔗杆状病毒方法的建立和初步应用

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分子植物育种 2020年第7期18卷 2268-2272页

作者：李书巧王坤陈开闯王凤林陈保善温荣辉广西大学生命科学与技术学院南宁530005 广西大学亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室南宁530005

本研究通过对DNA提取裂解液的成分和用量以及裂解时间等因素进行系统优化,建立了一种高通量的磁珠法提取甘蔗总DNA,再进行PCR检测甘蔗杆状病毒(SCBV)的方法。采用核酸自动提取仪,应用纳米磁珠提取甘蔗总DNA,经PCR检测甘蔗杆状病毒,并与... 详细信息

本研究通过对DNA提取裂解液的成分和用量以及裂解时间等因素进行系统优化,建立了一种高通量的磁珠法提取甘蔗总DNA,再进行PCR检测甘蔗杆状病毒(SCBV)的方法。采用核酸自动提取仪,应用纳米磁珠提取甘蔗总DNA,经PCR检测甘蔗杆状病毒,并与以试剂盒提取DNA为模板的PCR检测结果进行比较。结果显示,经优化的裂解液成分为EDTA·Na20.08 mol/L、NaCl 0.8 mol/L、SDS 2%和Tris-HCl0.10 mol/L,裂解时间为20 min,可用于纳米磁珠提取甘蔗总DNA进行SCBV检测。所建立的方法通量高、成本低、耗时短,可用于SCBV的批量检测。

关键词：甘蔗杆状病毒纳米磁珠 PCR检测核酸自动提取仪

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一种来自甘蔗杆状病毒的组成型启动子P_SCBV-CHN1及其应用

一种来自甘蔗杆状病毒的组成型启动子PSCBV-CHN1及其...

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作者：王竹青王勤南孙生仁常海龙吴建涛王建强陈俊吕 510000 广东省广州市海珠区石榴岗路10号

本发明提供了一种来自甘蔗杆状病毒的植物组成型启动子及其应用，所述启动子具有如SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列。本发明通过检测转基因洋葱、转基因甘蔗、转基因拟南芥中外源EYFP和GUS基因的表达情况，证实了所述启动子是一种组成型... 详细信息

标准号: CN114574492B

本发明提供了一种来自甘蔗杆状病毒的植物组成型启动子及其应用，所述启动子具有如SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列。本发明通过检测转基因洋葱、转基因甘蔗、转基因拟南芥中外源EYFP和GUS基因的表达情况，证实了所述启动子是一种组成型启动子，能启动外源基因在植物根、茎、叶中高效表达。因此，所述启动子可用于制备转基因植物和进行植物转基因育种，可作为构建植物重组表达载体的元件，在改变植物抗性性状及植物转基因育种方面具有广泛的应用前景。

关键词：启动子植物转基因育种植物重组表达载体植物组成型启动子制备转基因植物甘蔗杆状病毒转基因拟南芥组成型启动子核苷酸序列转基因甘蔗高效表达外源基因植物抗性植物根转基因构建可用性状洋葱应用检测

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一种来自甘蔗杆状病毒的维管束组织特异性启动子P_SCBV-GT127及应用

一种来自甘蔗杆状病毒的维管束组织特异性启动子PSCBV-GT127...

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作者：王竹青孙生仁王勤南吴建涛常海龙陈俊吕王建强 510000 广东省广州市海珠区石榴岗路10号

本发明提供了一种来自甘蔗杆状病毒的植物维管束组织特异性启动子及其应用，所述启动子具有如SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列。本发明通过检测转基因洋葱、转基因甘蔗、转基因拟南芥中外源EYFP和GUS基因的表达情况，证实了所述启动子是... 详细信息

标准号: CN114672487B

本发明提供了一种来自甘蔗杆状病毒的植物维管束组织特异性启动子及其应用，所述启动子具有如SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列。本发明通过检测转基因洋葱、转基因甘蔗、转基因拟南芥中外源EYFP和GUS基因的表达情况，证实了所述启动子是一种维管束组织特异性启动子，能启动外源基因在植物根、茎、叶维管束组织中特异性表达。因此，所述启动子可用于制备转基因植物和进行植物转基因育种，可作为构建植物重组表达载体的元件，在植物基因工程育种方面具有广阔的应用前景。

关键词：启动子特异性启动子维管束组织育种植物重组表达载体植物维管束组织制备转基因植物甘蔗杆状病毒植物基因工程转基因拟南芥核苷酸序列特异性表达植物转基因转基因甘蔗外源基因植物根转基因构建可用洋葱应用检测

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一种来自甘蔗杆状病毒的维管束组织特异性启动子P_SCBV-GT127及应用

一种来自甘蔗杆状病毒的维管束组织特异性启动子PSCBV-GT127...

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作者：王竹青孙生仁王勤南吴建涛常海龙陈俊吕王建强 510000 广东省广州市海珠区石榴岗路10号

标准号: CN114672487A

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一种来自甘蔗杆状病毒的组成型启动子P_SCBV-CHN1及其应用

一种来自甘蔗杆状病毒的组成型启动子PSCBV-CHN1及其...

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作者：王竹青王勤南孙生仁常海龙吴建涛王建强陈俊吕 510000 广东省广州市海珠区石榴岗路10号

标准号: CN114574492A

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甘蔗杆状病毒及其启动子功能的研究进展

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植物生理学报 2018年第6期54卷 943-950页

作者：孙生仁张慧丽吴小斌高三基福建农林大学国家甘蔗工程技术研究中心福州350002 广东省生物工程研究所(广州甘蔗糖业研究所) 广州510316

甘蔗杆状病毒(SCBV)是侵染甘蔗的重要病原物之一,属于花椰菜花叶病毒科(Caulimoviridae)杆状DNA病毒属(Badnavirus)。该病害在多数种植甘蔗的国家和地区普遍发生,可导致甘蔗品质和产量下降,对甘蔗产业构成潜在威胁。SCBV基因组为环状双... 详细信息

甘蔗杆状病毒(SCBV)是侵染甘蔗的重要病原物之一,属于花椰菜花叶病毒科(Caulimoviridae)杆状DNA病毒属(Badnavirus)。该病害在多数种植甘蔗的国家和地区普遍发生,可导致甘蔗品质和产量下降,对甘蔗产业构成潜在威胁。SCBV基因组为环状双链DNA,长度为7.3~8.0 kb。不同地理来源的SCBV分离物遗传多样性丰富,全球至少存在18种系统进化组群或基因型(SCBV-A^R),其中,来自摩洛哥的SCBMOV、澳大利亚的SCBIMV及瓜德罗普岛的SCBGAV和SCBGDV被国际病毒分类委员会(ICTV)认定为杆状DNA病毒属下的4个不同病毒种。SCBV基因组编码3个开放阅读框(ORF),其中ORF3的3′端和ORF1的5′端之间基因间隔区域为病毒启动子区域。本文主要综述了SCBV生物学和基因组特性、遗传多样性、检测方法、病毒启动子的功能及应用等方面的最新研究进展,旨在为SCBV的进一步研究提供参考。

关键词：杆状DNA病毒甘蔗杆状病毒遗传多样性基因组结构病毒启动子

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中国主要蔗区甘蔗杆状病毒的分子检测及其基因型的鉴定

中国主要蔗区甘蔗杆状病毒的分子检测及其基因型的鉴定

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作者：吴楠楠南京农业大学

学位级别：硕士

甘蔗是我国最为重要的糖料作物,病毒病害是影响甘蔗生产的主要因素,甘蔗杆状病毒病是甘蔗的重要病毒病害,是由甘蔗杆状病毒(Sugarcane bacilliform virus,SCBV)引起的一种病毒病。SCBV属于花椰菜花叶病毒科杆状DNA病毒属,SCBV侵染甘蔗... 详细信息

甘蔗是我国最为重要的糖料作物,病毒病害是影响甘蔗生产的主要因素,甘蔗杆状病毒病是甘蔗的重要病毒病害,是由甘蔗杆状病毒(Sugarcane bacilliform virus,SCBV)引起的一种病毒病。SCBV属于花椰菜花叶病毒科杆状DNA病毒属,SCBV侵染甘蔗后会影响甘蔗的单茎重、出汁率、蔗糖分的降低,最终使甘蔗的产量和品质下降。SCBV在我国蔗区传播蔓延速度极快,SCBV的感染率不断增加。为了明确我国蔗区甘蔗受SCBV侵染情况,了解我国蔗区SCBV存在的株系及其分布情况,揭示我国SCBV分离物的遗传多样性、群体遗传结构以及分子进化机制。本研究从我国13个蔗区收集747份甘蔗样品,对收集获得的甘蔗样品进行SCBV的PCR检测,分析各个蔗区SCBV感染率;对我国蔗区SCBV分离物进行了遗传多样性分析,明确我国蔗区SCBV存在的基因型,并找出新的致病基因型,分析各蔗区SCBV基因型的分布情况;然后选取RT/RNase H区域核苷酸序列差异性较大的部分SCBV分离物克隆其全基因组序列,对得到的全基因组序列进行基因结构特征、遗传重组以及系统进化等生物信息学分析。研究结果如下:从我国广西、云南、海南、广东等13个甘蔗主产区收集747份甘蔗样品,采用引物SCBV-F和SCBV-R对这些样品进行SCBV的PCR检测,有529份样品的检测结果呈阳性,平均检出率为70.83%,由此可见我国蔗区甘蔗受SCBV侵染严重,SCBV已成为我国甘蔗产业安全生产的重要潜在威胁。对我国蔗区477份甘蔗样品SCBV的RT/RNase H区进行克隆测序,剔除相同序列后,共获得95条不同的SCBV的RT/RNase H序列,利用这些序列构建系统进化树,发现SCBV序列可以分成21个基因型,为SCBV-A～SCBV-U,其中SCBV-S、SCBV-T和SCBV-U为新发现的基因型。发现我国蔗区共存在12种SCBV基因型,分别是SCBV-A、SCBV-B、SCBV-C、SCBV-H、SCBV-L、SCBV-M、SCBV-N、SCBV-Q、SCBV-R、SCBV-S、SCBV-T、SCBV-U。其中SCBV-T是我国蔗区的主要基因型,占78.30%,其次是SCBV-R基因型,占3.40%,SCBV-B基因型最少,占0.26%。另外发现同一个甘蔗样品存在混合感染的情况。广西蔗区存在9种SCBV基因型;云南蔗区存在6种SCBV基因型;广东蔗区存在5种SCBV基因型;海南蔗区存在2种SCBV基因型。从甘蔗品种粤甘40号上克隆获得一条SCBV分离物的全基因组序列SCBV-YG40,长度为7790bp。对SCBV-YG40与已报道的12条SCBV分离物的序列进行一致性分析发现,在全基因组序列水平上,SCBV-YG40与印度的SCBV-BO91分离物的核苷酸一致性最高,为82.15%,与法国的SCBGDV-Batavia分离物的全基因组核苷酸一致性最低,为48.55%;在RT/RNase H序列水平上,SCBV-YG40与澳大利亚SCBIMV-QLD分离物的一致性最高,为87.32%,因此,SCBV-YG40属于SCBV病毒种SCBIMV;在基因型上,SCBV-YG40属于SCBV-Q基因型。本研究的结果进一步丰富了 SCBV遗传多样性的分子生物学信息,同时也为我国甘蔗杆状病毒病科学防控提供依据。这不仅对学科发展有重要意义,而且对发展我国甘蔗生产、促进经济建设具有重要现实意义。

关键词：甘蔗甘蔗杆状病毒检出率遗传多样性基因组系统进化

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