检索结果-内蒙古大学图书馆

东北农业大学学报 2015年第1期46卷 86-93页

作者：曲波甄贞仇有文袁肖寒王春梅东北农业大学生命科学学院哈尔滨150030

microRNAs(miRNAs)是长约22nt的内源非编码小分子RNA,在转录后基因调控中发挥重要作用。奶山羊是具有重要经济价值的产乳动物,有关奶山羊miRNAs研究相对匮乏,识别和鉴定新的奶山羊miRNA至关重要。文章以与奶山羊高度同源的绵羊基因组为... 详细信息

microRNAs(miRNAs)是长约22nt的内源非编码小分子RNA,在转录后基因调控中发挥重要作用。奶山羊是具有重要经济价值的产乳动物,有关奶山羊miRNAs研究相对匮乏,识别和鉴定新的奶山羊miRNA至关重要。文章以与奶山羊高度同源的绵羊基因组为参考数据库,应用生物信息学方法得到101条新的奶山羊miRNAs序列,并对其进行序列特性分析,为今后基因组信息不全物种的miRNAs挖掘与鉴定提供参考。

关键词： miRNAs 奶山羊绵羊基因组生物信息学方法

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植物circRNA数据库构建及其生物信息学方法研究

植物circRNA数据库构建及其生物信息学方法研究

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作者：褚琴洁浙江大学

学位级别：博士

环状RNA（circRNA）是一类共价键闭合的单链环状RNA分子,早在二十多年前就已有研究报道。但是早期的circRNA往往被认为是剪接的副产物,不具有生物学功能。随着高通量测序技术和生物信息学的快速发展,研究人员在大量物种中（包括人、小... 详细信息

环状RNA（circRNA）是一类共价键闭合的单链环状RNA分子,早在二十多年前就已有研究报道。但是早期的circRNA往往被认为是剪接的副产物,不具有生物学功能。随着高通量测序技术和生物信息学的快速发展,研究人员在大量物种中（包括人、小鼠等哺乳动物以及拟南芥、水稻等植物）发现大量circRNA,并且发现部分circRNA具有生物学功能,例如作为miRNA海绵吸附miRNA从而达到调节miRNA靶基因表达的目的;与小核核糖核蛋白结合调控母基因的转录;与蛋白之间相互调节等。然而,在2014年之前,大多数circRNA的研究都集中在动物上,植物circRNA研究几乎为空白。为此,本研究在本实验室前期研究基础上,开展了植物circRNA数据库构建、植物circRNA特征分析和植物circRNA的生物信息学方法研究。取得的主要结果如下:（1）基于本实验室的研究基础,我们构建了植物首个circRNA数据库,即PlantcircBase（http://***/plantcircbase/）。该数据库目前收录了来自 16个植物物种的一共115,171个circRNA。数据库中收集的circRNA主要来源于已发表的文献,同时也包括我们用不同的鉴定软件在拟南芥和水稻公共高通量数据上的鉴定结果（拟南芥和水稻中分别鉴定到30,534和26,160个circRNA）。此外,我们根据circRNA反向剪接位点在基因组上的位置,对植物circRNA的类型进行了详细的分类（一共分十种）;根据circRNA的类型及其母基因名称,对植物circRNA进行了命名（例如AT1G01010circg.l）。PlantcircBase中每个circRNA的记录中包括circRNA的名称、位置、序列、类型、母基因、剪接信号、是否在外显子边界、编码潜能、保守性、circRNA-miRNA-mRNA关系网络等信息。除了每个circRNA的记录,PlantcircBase还具有物种浏览、关键词和序列搜索、下载、circRNA结构可视化、circRNA基因组可视化等功能。（2）基于PlantcircBase中收录的植物circRNA,我们发现植物circRNA具有以下特征:植物circRNA的表达具有组织特异性;植物circRNA的基因组序列长度分布在100-500bp;大部分植物circRNA来源于蛋白编码基因;植物circRNA中存在大量可变剪接现象;植物circRNA具有非典型性剪接信号等。（3）我们针对植物circRNA开展了两项生物信息学方法研究。一是circRNA形成机制预测方法:基于目前研究相对较为完善的三种circRNA的形成机制,也就是基于RNA绑定蛋白（RBP）、反向互补序列、套索结构介导的环化机制,我们研发了 circRNA形成机制预测软件（https://***/qjchu/BMPcirc）。对人类、小鼠、线虫、拟南芥和水稻中已鉴定的circRNA进行形成机制预测,结果显示我们研发的软件能够对部分circRNA进行形成机制的预测（其他不能给出明确结果的,其可能的形成机制不在我们所参考的三种里面）,并且预测为基于RBP介导的形成机制占大多数。二是融合circRNA的鉴定方法:该方法（https://***/qjchu/find_fcRNA）的主要原理是基于融合基因对的外显子序列的排列组合（假想参考序列）,并且用高通量测序读序在假想参考序列上寻找融合circRNA的可变剪接位点。我们的方法在人类和水稻的模拟数据上测试,其精确度都能达到90%以上,灵敏度能达到70%以上;在人类、线虫和水稻的转录组高通量测序数据上测试,都能找到一定数量的候选融合circRNA,可见该方法的可行性和准确性。

关键词：植物circRNA及其特征 PlantcircBase 特征形成机制融合circRNA 生物信息学方法

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生物信息学方法预测单克隆抗纤溶酶抗体CL15的空间表位

生物信息学方法预测单克隆抗纤溶酶抗体CL15的空间表位

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第十届全国风湿病学学术会议

作者：陈晓翔杨程德顾越英叶霜王元鲍春德陈顺乐上海第二医科大学附属仁济医院上海风湿病研究所上海第二医科大学附属仁济医院上海风湿病研究所上海第二医科大学附属仁济医院上海风湿病研究所上海第二医科大学附属仁济医院上海风湿病研究所上海第二医科大学附属仁济医院上海风湿病研究所上海第二医科大学附属仁济医院上海风湿病研究所上海第二医科大学附属仁济医院上海风湿病研究所

运用生物信息学技术对来自抗磷脂综合征病人的单克隆抗纤溶酶抗体CL15进行表位分析。根据文献报道的CL15的抗体的抗原决定簇CDR区的已知序列,在PBD蛋白库中进行同源比较,获得了同源性较高的单抗1MFA的晶状结构(http://***/pdb/cgi/***?p... 详细信息

运用生物信息学技术对来自抗磷脂综合征病人的单克隆抗纤溶酶抗体CL15进行表位分析。根据文献报道的CL15的抗体的抗原决定簇CDR区的已知序列,在PBD蛋白库中进行同源比较,获得了同源性较高的单抗1MFA的晶状结构(http://***/pdb/cgi/***?pid=74871102487405&pbId=1MFA),用计算机软件把CL15的CDR区序列优化进入1MFA后,与纤溶酶的血管抑制素(Kringle 1-3)、Kringle4、Kringle5和酶区进行对接。CL15

关键词：纤溶酶单克隆生物信息学方法空间表

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生物信息学方法鉴定藜芦转录因子基因家族的研究现状

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现代园艺 2023年第2期46卷 188-189,192页

作者：江舟韩丽君云南中医药大学云南昆明650500 云南中医药大学民族医药学院云南昆明650500

为了更好地发挥藜芦的价值,利用生物信息学方法鉴定藜芦转录因子基因家族,对藜芦转录因子基因家族进行polish排序得出90756个序列,藜芦bHLH蛋白家族主要包括Ⅲ、Ⅳ、Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ、Ⅻ等级别,不同级别中的构成与表现有所不同。藜芦bHLH结... 详细信息

为了更好地发挥藜芦的价值,利用生物信息学方法鉴定藜芦转录因子基因家族,对藜芦转录因子基因家族进行polish排序得出90756个序列,藜芦bHLH蛋白家族主要包括Ⅲ、Ⅳ、Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ、Ⅻ等级别,不同级别中的构成与表现有所不同。藜芦bHLH结构域包括53个氨基酸,Basic区域具有13个氨基酸,转录因子DNA结合区域为碱性区域,能够识别DNA,促进靶基因E-box识别。本研究为促进藜芦转录因子基因家族功能研究提供参考。

关键词：生物信息学方法藜芦转录因子基因家族 bHLH结构域

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生物信息学方法预测调控变异

生物信息学方法预测调控变异

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中国生物工程学会第二届青年科技论坛暨首届青年工作委员会学术年会

作者：李俊天津医科大学基础医学研究中心

虽然当前的人类全基因组关联分析(GWAS)已经成功的鉴定出数千个疾病性状关联位点,但是绝大多数这些位点都坐落于非编码区域,这表明大量的致病位点通过影响基因调控导致疾病和性状。多项研究也表明GWAS位点显著的富集到基因组上的功能调... 详细信息

虽然当前的人类全基因组关联分析(GWAS)已经成功的鉴定出数千个疾病性状关联位点,但是绝大多数这些位点都坐落于非编码区域,这表明大量的致病位点通过影响基因调控导致疾病和性状。多项研究也表明GWAS位点显著的富集到基因组上的功能调控元件和信号上,包括多种顺式调控元件(cis-regulatory element)、转录因子结合位点(TFBS)、表达数量

关键词：生物信息学方法细胞特异性 QTL

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生物信息学方法分析慢性髓性白血病演变过程及初步实验验证

生物信息学方法分析慢性髓性白血病演变过程及初步实验验证

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中华医学会第十二次全国血液学学术会议

作者：张进芳刘晓力许娜许露露黄彬涛骆许静肖小珍杜庆锋南方医科大学南方医院血液科广州 510515 南方医科大学附属珠江医院经营与发展规划处广州 510280

目的：分析慢性髓性白血病(CML)的病情进展机制，探索致病关键基因和信号通路。方法：从公共芯片数据库GEO下载一组与CML疾病进展相关芯片数据，利用MeV软件、pSTIING软件等生物信息学工具分析并得到加速期(AP)相关基因和急变期(BC)相... 详细信息

目的：分析慢性髓性白血病(CML)的病情进展机制，探索致病关键基因和信号通路。方法：从公共芯片数据库GEO下载一组与CML疾病进展相关芯片数据，利用MeV软件、pSTIING软件等生物信息学工具分析并得到加速期(AP)相关基因和急变期(BC)相关基因，将这两个基因集进行信号通路分析和网络图谱分析得到与进展相关的关键基因和信号通路，并应用荧光定量PCR和Western blot方法对其中的关键基因进行初步实验验证。

关键词：慢性髓性白血病病情进展机制信号通路生物信息学方法

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基于生物信息学方法筛选结肠癌进展相关的枢纽基因

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山东医药 2022年第1期62卷 15-19页

作者：王成吕聂玉洁潘润桑朱兰陈双会陈辉张湘燕聂瑛洁贵州大学医学院生物医学系贵阳550025 贵州省人民医院肺脏免疫性疾病诊治实验室贵阳市儿童医院骨科

目的利用生物信息学方法筛选结肠癌进展相关的差异表达基因(DEGs)。方法从GEO数据库下载GSE127069、GSE145626数据集,运用GEO在线分析工具GEO2R提取这两个数据集的原始数据,利用韦恩图在线分析工具筛选DEGs。利用基因功能注释在线工具DA... 详细信息

目的利用生物信息学方法筛选结肠癌进展相关的差异表达基因(DEGs)。方法从GEO数据库下载GSE127069、GSE145626数据集,运用GEO在线分析工具GEO2R提取这两个数据集的原始数据,利用韦恩图在线分析工具筛选DEGs。利用基因功能注释在线工具DAVID对DEGs进行GO功能注释和KEGG通路富集分析;将获得的DEGs数据导入STRING数据库构建PPI网络,并通过CytoHubba插件筛选枢纽基因;利用GEPIA数据库验证枢纽基因在结肠癌组织与癌旁组织中的表达差异。结果经GEO2R筛选,共从GSE127069、GSE145626数据集中获得DEGs 142个,其中表达上调基因35个、表达下调基因107个。GO功能注释发现,这些DEGs的生物学过程主要涉及细胞外基质降解、氧化还原过程、细胞黏附,分子功能主要涉及钙离子结合、碳酸盐脱水酶活性,细胞组分主要涉及胞外区域、膜的组成;KEGG通路富集分析显示,筛选获得的DEGs主要涉及PI3K-Akt通路和代谢途径通路。通过CytoHubba插件筛选PPI网络中相互作用排名前10位的DEGs作为枢纽基因,分别为IL-6、GCG、SLC26A3、TIMP1、SPP1、TMIGD1、MYC、MMP3、MMP1、SLC9A2。结肠癌组织GCG、TMIGD1表达低于癌旁组织,TIMP1、SPP1、MYC、MMP3、MMP1表达高于癌旁组织(P均<0.05);而结肠癌组织与癌旁组织IL-6、SLC26A3、SLC9A2表达比较差异均无统计学意义(P均>0.05)。结论本研究共筛选出10个与结肠癌进展相关的枢纽基因,分别为IL-6、GCG、SLC26A3、TIMP1、SPP1、TMIGD1、MYC、MMP3、MMP1、SLC9A2。

关键词：结肠癌差异表达基因枢纽基因生物信息学方法

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SNP功能分析的生物信息学方法及其资源

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计算机仿真 2007年第4期24卷 297-300页

作者：李延恩周艳红华中科技大学生命科学与技术学院生物信息与生物成像湖北省重点实验室湖北武汉430074

在后基因组时代,单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)数据的快速积累使得用计算方法对编码区和非编码区SNP进行功能分析成为可能;但是目前各种SNP功能预测方法的预测精度均不能令人满意。针对这一问题,文章根据SNP的分... 详细信息

在后基因组时代,单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)数据的快速积累使得用计算方法对编码区和非编码区SNP进行功能分析成为可能;但是目前各种SNP功能预测方法的预测精度均不能令人满意。针对这一问题,文章根据SNP的分类,分别对错义SNP、同义SNP和非编码区SNP功能分析的生物信息学方法进行了总结。其中重点介绍了基于序列特征和基于结构特征的有害错义SNP预测方法。还介绍了互联网上提供SNP资源和功能注释工具。分析表明,各种SNP功能分析方法还有很大的改进余地。

关键词：单核苷酸多态性功能预测生物信息学方法资源工具和功能注释

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用生物信息学方法鉴定结核分枝杆菌分泌蛋白

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国外医学(微生物学分册) 2001年第3期 46-47页

作者：谢建平

结核分枝杆菌(结核杆菌)分泌蛋白往往是感染宿主免疫反应的靶子,从中可能找到保护性抗原或具诊断价值的抗原。结核杆菌的分泌蛋白约有200多种。研究的方法主要为:①分析培养滤液组分,用抗滤液血清筛选结核杆菌DNA表达库;②遗传方法,将... 详细信息

结核分枝杆菌(结核杆菌)分泌蛋白往往是感染宿主免疫反应的靶子,从中可能找到保护性抗原或具诊断价值的抗原。结核杆菌的分泌蛋白约有200多种。研究的方法主要为:①分析培养滤液组分,用抗滤液血清筛选结核杆菌DNA表达库;②遗传方法,将结核杆菌基因随机与编码酶的报告基因融合,从而筛选结核杆菌表达库中的分泌蛋白。以上方法虽有一定的效果,但是效率不高。迄今为止,经详细研究的分泌蛋白仅30余种。通过

关键词：分泌蛋白结核杆菌编码基因融合结核分枝杆菌分枝杆菌属生物信息学方法

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应用遗传组学及生物信息学方法筛选骨肉瘤的生物标记及治疗靶点

应用遗传组学及生物信息学方法筛选骨肉瘤的生物标记及治疗靶点

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第八届中国肿瘤学术大会暨第十三届海峡两岸肿瘤学术会议

作者：杨吉龙杨蕴王国文陈可欣张微天津医科大学附属肿瘤医院骨与软组织肿瘤科

目的骨肉瘤为来源于间叶组织的恶性肿瘤,由于其多发于青少年,易发生血行转移,且缺乏有效的预防、早期筛查、早期诊断及治疗手段,所以患者预后极差。为探讨骨肉瘤的发病及其演进过程中重要的分子遗传学事件,采用高通量基因组学检测手段... 详细信息

目的骨肉瘤为来源于间叶组织的恶性肿瘤,由于其多发于青少年,易发生血行转移,且缺乏有效的预防、早期筛查、早期诊断及治疗手段,所以患者预后极差。为探讨骨肉瘤的发病及其演进过程中重要的分子遗传学事件,采用高通量基因组学检测手段及生物信息分析相结合的方法,筛选与骨

关键词：骨肉瘤基因扩增治疗靶点生物信息学方法生物标记

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