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AND代表“并且”；OR代表“或者”；NOT代表“不包含”；(注意必须大写,运算符两边需空一格)

检索范例：

范例一：(K=图书馆学 OR K=情报学) AND A=范并思 AND Y=1982-2016
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文献类型

3 篇 学位论文

馆藏范围

3 篇 电子文献
0 种 纸本馆藏

日期分布

学科分类号

3 篇 农学
- 2 篇 植物保护
- 1 篇 作物学

主题

3 篇 病毒介导基因沉默
1 篇 茉莉酸
1 篇 灰霉病
1 篇 耐盐性
1 篇 hdtf1
1 篇 候选基因
1 篇 陆地棉
1 篇 cslob1
1 篇 蛋白质组
1 篇 ptha4效应因子
1 篇 棉酚
1 篇 油菜素类内酯
1 篇 测序式基因型检测
1 篇 黄单胞菌
1 篇 全基因组关联分析
1 篇 棉花黄萎病
1 篇 细胞壁

机构

1 篇 西南大学
1 篇 南京农业大学
1 篇 华中农业大学

作者

1 篇 段硕
1 篇 高巍
1 篇 徐鹏

语言

3 篇 中文

检索条件"主题词=病毒介导基因沉默"

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详细简洁

排序：

陆地棉耐盐相关性状的全基因组关联分析及其候选基因发掘

陆地棉耐盐相关性状的全基因组关联分析及其候选基因发掘

引用

作者：徐鹏南京农业大学

学位级别：博士

棉花的耐盐性是由多基因控制的复杂数量性状,不但受制于棉花自身遗传因素,还受到外界环境及栽培条件的干扰。鉴定并收集耐盐亲本材料,采用杂交、回交等聚合手段,将耐盐形态特征的表型鉴定与农艺、经济性状相结合是棉花耐盐常规育种改良... 详细信息

棉花的耐盐性是由多基因控制的复杂数量性状,不但受制于棉花自身遗传因素,还受到外界环境及栽培条件的干扰。鉴定并收集耐盐亲本材料,采用杂交、回交等聚合手段,将耐盐形态特征的表型鉴定与农艺、经济性状相结合是棉花耐盐常规育种改良的主要手段。由于高抗盐陆地棉亲本材料匮乏、陆地棉耐盐性状广义遗传力较低以及表型鉴定的复杂性,导致常规育种方法改良陆地棉的耐盐性效率低下。通过基于连锁分析的QTL定位以及基于连锁不平衡的关联分析可直接从陆地棉基因组中挖掘耐盐优异等位变异,并通过标记辅助育种进行优异位点聚合是改良陆地棉耐盐性的重要途径之一。本研究利用来自中国不同生态区域以及国外的217份陆地棉种质材料组成自然作图群体,通过因子分析对陆地棉种质材料进行耐盐性筛选和评价;利用测序式基因型检测（GBS）方法鉴定的覆盖棉花整个基因组的单核苷酸多态性标记（SNPs）,对陆地棉耐盐相关性状的表型变异进行全基因组关联分析（GWAS）;明确了盐胁迫下陆地棉转录组表达特征,结合GWAS以及转录组分析结果筛选陆地棉耐盐相关性状关联位点有效衰减区间内的候选基因,并基于病毒介导的基因沉默（VIGS）的方法初步功能验证耐盐候选基因。主要研究结果如下:1、陆地棉耐盐相关性状的表型特征分析:对217份陆地棉种质材料的3个苗期耐盐相关性状进行了2年重复的表型鉴定,测定了与陆地棉耐盐性相关的3个指标:相对株高、相对地上部分鲜重和相对地上部分干重。陆地棉种质材料在耐盐相关的3个性状上均表现出了较大的表型变异,表现出较高的遗传多样性。各性状呈多基因控制的数量性状遗传特点。通过因子分析和聚类分析将供试陆地棉材料分为4类。对各生态区陆地棉种质材料的公共因子平均得分值统计分析,预测供试陆地棉材料的耐盐性水平由高到低依次为来自黄河流域（YRR）、长江流域（Yt RR）、美国（USA）以及西北内陆（NIR）生态区的材料。2、遗传多样性分析:通过对陆地棉群体材料进行GBS分析,鉴定了53,321个高质量多态性SNPs,其中47,133个SNPs位于基因间区,6,188个SNPs位于基因编码区。95.8%的位点（51,060个SNPs）能够锚定到陆地棉基因组的26条染色体上,平均每条染色体有1,964个SNPs,SNP的平均密度为49.0 kb/SNP。该群体的遗传多样性指数为0.303,平均多态性信息含量为0.248。3、群体结构及亲缘关系分析:本研究中的关联作图群体可以分为3个亚群,命名为Group1、Group2以及Group3,分别包含117、62以及38份陆地棉种质材料。3个亚群之间遗传背景有明显的区分且又互相渗透。统计了217份陆地棉种质材料地理类群和亚群结构之间的关系,各个地理类群中均有三个亚群材料的分布且没有明显的变化规律。来自Yt RR、YRR、北方早熟（NSEMR）和澳大利亚（AUS）地区的材料均主要分布在Group1,而来自USA的材料主要分布在Group2,来自NIR的材料主要分布于Group3。本研究群体内大部分种质材料之间的亲缘关系较弱。4、连锁不平衡及关联分析:本研究利用TASSEL估算LD值。LD衰减程度在不同染色体之间表现为不均匀分布。当r2衰减至0.1时,陆地棉LD衰减距离为1120 kb。At亚组平均衰减距离为1246.1 kb,而Dt亚组平均衰减距离为994.0 kb,At亚组明显高于Dt亚组。利用GBS鉴定的51,060个SNPs采用混合线性模型对217份陆地棉的耐盐相关性状进行GWAS分析。基于2016和2017两年的表型数据,在陆地棉A05、A07、A08、A09、A10、A11、A12、A13、D02、D03、D06以及D09等12条染色体上共鉴定了23个与陆地棉耐盐相关性状显著关联的位点,位点的表型变异解释的范围在1.29%到7.00%之间。2016年和2017年均检测到14个与陆地棉耐盐相关性状显著关联位点,其中两个环境共同检测到耐盐关联位点5个,分别为SNP＿A13＿1869056、SNP＿D08＿49014753、SNP＿A07＿90682411、SNP＿A08＿6254890以及SNP＿A13＿42992196,这些结果为加快棉花耐盐性的改良提供了重要的遗传变异。5、陆地棉耐盐转录组分析:对盐胁迫下耐盐品种Miscott7913-83和盐敏感品种苏12苗期根和叶进行转录组测序,获得了大量盐胁迫下差异表达的基因。基因功能注释结果表明,差异表达基因主要涉及到氧化还原酶及过氧化物酶活性、代谢、转运以及光合等进程。总共有6,037个基因在耐盐品种Miscott7913-83中差异表达,其中根和叶片中差异表达的基因分别为2,878和3,933个。GO富集分析显示,根中的差异基因仅在前期（12 h）显著富集到转运活性进程。转运类基因产物可以通过质膜和液泡

关键词：陆地棉全基因组关联分析测序式基因型检测耐盐性候选基因病毒介导基因沉默

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柑橘易感溃疡病基因CsLOB1功能的研究

柑橘易感溃疡病基因CsLOB1功能的研究

引用

作者：段硕西南大学

学位级别：博士

柑橘溃疡病是一种分布广泛,破坏严重的柑橘细菌性病害。该病害病原主要通过气孔和微伤口进行侵染,能够侵染多个柑橘品种并造成果实,叶片和茎产生坏死性溃疡病斑,严重影响柑橘品质和产量,给柑橘产业带来巨大经济损失。引起柑橘溃疡病的... 详细信息

柑橘溃疡病是一种分布广泛,破坏严重的柑橘细菌性病害。该病害病原主要通过气孔和微伤口进行侵染,能够侵染多个柑橘品种并造成果实,叶片和茎产生坏死性溃疡病斑,严重影响柑橘品质和产量,给柑橘产业带来巨大经济损失。引起柑橘溃疡病的病原为柑橘黄单胞菌柑橘亚种（Xanthomonas citri ***,简称Xcc）,其III型分泌系统中的转录激活类（Transcription activator-like,TAL）效应因子PthA4被证明对柑橘溃疡病的病斑形成和细菌致病性有重要作用,如将该效应因子敲除会导致病原菌无法在侵染部位形成病斑。PthA4效应因子在进入植物体后会直接靶向调控基因启动子区内的效应因子结合位点（Effector binding elements,EBEs）。当比较叶片接菌Xcc306和PthA4缺失突变体（Xcc306?pthA4）后基因的变化情况发现,PthA4主要通过调控植物细胞壁修改、DNA包装及细胞分裂等基因来诱发植物产生病斑。通过DNA微阵列（Microarray）数据分析和EBEs预测等多种手段,最终发现柑橘侧生器官边界基因（Citrus lateral organ boundaries 1,CsLOB1）可能是PthA4的直接靶向基因,PthA4通过对CsLOB1的调节来调控溃疡病病斑形成。CsLOB1隶属于植物LBD（Lateral organ boundaries domain,LBD）转录因子家族,包含一个侧生器官边界（Lateral organ bourdries,LOB）结构域。通过人工合成激活CsLOB1的TAL效应因子试验发现,该效应因子能够对Xcc306?pthA4接菌后的表型进行互补。基于研究理论和实验基础,本论文主要对CsLOB1的基因功能进行挖掘,以期能够揭开CsLOB1在柑橘溃疡病菌致病过程中的基因功能,主要结果如下所示:***4基因调控基因的验证为验证Microarray研究成果的可靠性,通过实时定量RT-PCR对PthA4调控基因的表达变化进行检测。结果发现,实时定量RT-PCR结果与Microarray结果中表达趋势相似,通过线性回归计算两组数据的相关性发现R2明显大于预测阈值0.89,证明microarray数据可靠。***1所属LBD家族基因的分析为分析CsLOB1所在LBD基因家族的分子生物学特性,本文对甜橙基因组数据库进行筛选,共发现36个LBD家族基因。功能区段分析发现CsLOB1含有典型的LOB结构域:第一个功能区段为四个间隔的特异半胱氨酸残基功能区段（Cysteine residue Block,C Block）区段,其固定的蛋白编码特征为CX2CX6CX3C（X为任意氨基酸）;第二个功能区段为甘氨酸-丙氨酸-丝氨酸功能区段（Glycine-Alanine-Serine Block,GAS block）,第三个区段为亮氨酸拉链样卷曲螺旋基序LX6LX3LX6L（X为任意氨基酸）。***1在植物不同组织内的表达模式鉴定CsLOB1在柑橘体内不同部位的表达情况,本章对开花期瓦伦西亚甜橙（Citrus sinensis）的根、茎、叶和花器官内CsLOB1的基因表达水平进行实时定量RT-PCR检测。结果发现,CsLOB1在叶片和茎部的表达含量较高,但在根部较低,在花内表达量最低。***1的亚细胞定位分析为检测CsLOB1在柑橘细胞内的亚细胞定位情况,本章构建了35S:EYFP-CsLOB1载体并瞬转入柑橘原生质体内进行显微定位。结果显示,代表CsLOB1的强化黄色荧光蛋白绿色荧光信号和核定位染料DAPI信号位置重叠,说明CsLOB1的表达定位在细胞核。将构建载体和核定位载体mCherry-NLS共同瞬转入原生质体后发现,绿色萤光信号和核定位红色萤光信号也表现重叠状态,证明了CsLOB1的亚细胞定位为细胞核。***1基因影响植物的生长和发育为验证CsLOB1在柑橘内基因功能,基于柑橘衰退病毒诱导的基因沉默载体,在阿莱檬（Citrus macrophylla Wester）上构建了抑制CsLOB1基因表达的病毒介导的基因沉默（Virus induced gene silencing,简称VIGS）植株。结果显示VIGS柑橘多个生长发育指标比对照组慢,预测CsLOB1调控了柑橘的生长和发育。同时在VIGS叶片上接种5x10～4cfu/mL浓度Xcc306后表现一定抗性。6.异源过量表达CsLOB1基因可诱发肥大脓疱表型为建立柑橘溃疡病表型与CsLOB1表达的关系,运用地塞米松（Dexamethones,简称DEX）诱导的方法构建了包含糖皮质激素受体的诱导型异源表达CsLOB1的邓肯葡萄柚（Citrus paradisi Mac

关键词：黄单胞菌 PthA4效应因子 CsLOB1 病毒介导基因沉默细胞壁

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棉花响应黄萎病菌分子机制的蛋白质组学研究及HDTF1基因的功能鉴定

棉花响应黄萎病菌分子机制的蛋白质组学研究及HDTF1基因的功能鉴定

引用

作者：高巍华中农业大学

学位级别：博士

棉花是世界上最重要的经济作物之一。但是,棉花纤维的产量和质量受到棉花黄萎病的严重制约。棉花黄萎病是一种由大丽轮枝菌引起的土传性真菌维管束病害。当黄萎病暴发时,棉花的纤维品质和产量都会受到非常严重的影响,甚至会达到30%以上... 详细信息

棉花是世界上最重要的经济作物之一。但是,棉花纤维的产量和质量受到棉花黄萎病的严重制约。棉花黄萎病是一种由大丽轮枝菌引起的土传性真菌维管束病害。当黄萎病暴发时,棉花的纤维品质和产量都会受到非常严重的影响,甚至会达到30%以上的减产。因此棉花黄萎病又被称为‘棉花的癌症’。然而目前在世界范围内都没有发现比较好的陆地棉抗黄萎病种质资源。遗传资源的缺乏,对发掘优良的抗病基因形成了挑战。另一方面,棉花黄萎病菌生理小种多,小种变异性强,加大了对棉花抗黄萎病菌的抗病机制以及抗病育种研究的难度。海岛棉相对于陆地棉品种往往表现出较好的耐病甚至抗病性,因此在海岛棉的抗病品种中,可能存在某些抗病基因或抗性机制。我们选择海岛棉品种海‘7124’作为研究材料,通过比较蛋白质组学的方法,来发掘棉花中的抗病相关基因,并研究其可能存在的抗病机制。通过双向电泳分析以及质谱鉴定,一共得到了188个在海'7124'根系中受黄萎病菌侵染后与水处理的平行对照相比表达量出现差异的蛋白。在这些差异表达的蛋白中,下调表达的蛋白数量达到47%,接近差异表达蛋白总数量的一半。通过生物学功能注释分类,这些差异蛋白一共可以分为17类。其中参与细胞过程、代谢过程和应激反应的蛋白数量最多。这些蛋白共同参与了棉花对黄萎病菌入侵的响应。说明棉花在受病原菌侵染后,正常情况下的细胞过程和生理代谢都发生了变化。棉酚是棉花特有的一类次生代谢物。在我们的蛋白表达谱中发现两个与棉酚代谢相关的酶GbCAD1和GbdHG-6-OMT。GbCAD1基因编码杜松稀合成酶,是棉酚合成的限速酶。通过病毒诱导的基因沉默(VIGS)技术干涉GbCAD1后,发现GbCAD1干涉植株棉酚含量显著降低。接种强致病力落叶型黄萎病菌'V991’后发现,干涉植株对黄萎病的抗性明显降低。说明棉酚可能影响棉花对黄萎病菌的抗性。在棉花根系中,检测黄萎病侵染后其它一些棉酚代谢相关基因的表达发现,棉酚合成在棉花受黄萎病侵染后是被激活的。而作为棉酚活性的负调控因子,编码脱氧半棉酚-6-氧甲基转移酶的GbdHG-6-OMT基因在病原菌侵染后下调表达。通过组织切片、组织化学染色以及棉酚含量的测定,进一步确认了棉花在黄萎病菌侵染后,植株体内的棉酚含量是大量积累的。这些结果表明棉酚的积累可能参与抵抗黄萎病菌的侵染。在研究棉酚代谢上游的调控因子及调控方式时,通过检测抗病相关植物激素水杨酸(SA)和茉莉酸甲酯(MeJA)处理后,棉酚代谢相关基因的表达,发现JA处理后,棉花植株体内棉酚代谢相关基因GbFPS、GbCADl和WRKY1表达上调。这说明棉酚代谢可能受茉莉酸信号的调控。 BR介导的信号路径除了在植物的生长发育中发挥着重要的功能外,也参与了植物抗病。我们分离到两个在V991侵染后蛋白水平下调的14-3-3蛋白Gb14-3-3c和Gb14-3-3d。14-3-3蛋白是BR信号路径的负调控因子,通过调控BZR1和BZR2的蛋白定位,来影响BZR1和BZR2的活性,进而影响BR信号的传递以及下游基因的表达。而RT-PCR检测发现,在棉花受黄萎病侵染后,与BR信号路径正相关的关键基因GbBRI1和GbBZR1的表达量上调。说明黄萎病菌侵染后棉花BR信号路径被激活。外施BL或通过VIGS干涉Gb14-3-3c和Gb14-3-3d都能增强棉花对黄萎病菌的抗性。说明BR信号路径可能对棉花抗黄萎病起到正向调控的作用。检测BL处理后海'7124'根系中SA和JA相关基因的表达,发现JA信号路径相关基因的表达量上调。这说明在棉花中BR所介导的信号路径可能是处于JA信号路径的上游,或BR与JA信号路径有重叠或协同作用。 SA和JA是植物抗病反应中两种非常重要的小分子激素。位于SA和JA信号传导结点的调节因子在这两种激素介导的抗病信号路径交叉网络中起着关键的调控作用。在我们的研究中分离到在转录水平和蛋白水平都受黄萎病菌诱导上调的硬脂酰去饱和酶GbSSI2。通过VIGS干涉掉GbSSI2后,干涉植株的茎和叶片组织都出现坏死斑,严重时会造成植株死亡。经分析发现,GbSSI2干涉植株体内的活性氧大量积累；同时SA含量升高,SA路径相关基因表达上调；而JA含量降低,JA相关基因的表达受到抑制。对干涉植株叶片进行离体接种实验,发现干涉GbSSI2降低了棉花对黄萎病菌的抗性。说明GbSSI2可能参与负调控SA信号路径,正调控JA路径和棉花抗黄萎病。此外,RT-PCR分析发现棉花受黄萎病侵染后,JA信号路径相关基因的表达上调。进一步说明了JA信号路径在棉花抗黄萎病中可能存在的正向调节作用。从棉花与黄萎病菌互作的转录表达谱中,分离得到一个受黄萎病菌侵染后差异表达的Homeodomain转录因子HDTFl。通过序列比对分析发现,其属于HD家族P

关键词：棉花黄萎病蛋白质组病毒介导基因沉默棉酚油菜素类内酯茉莉酸 HDTF1 灰霉病

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