检索结果-内蒙古大学图书馆

河南医学研究 2023年第9期32卷 1542-1548页

作者：叶露张明芳姜明强张园园孙萍葛新郑州大学第一附属医院乳腺外三科河南郑州450052

目的探讨FDX1基因在乳腺癌中的表达和预后价值,分析其潜在的生物学功能及对免疫微环境的影响。方法利用TCGA数据库获取乳腺癌样本数据信息,分析FDX1在肿瘤中的的表达情况;免疫组化法检测FDX1在乳腺组织中的蛋白表达;Bc-GeExminer 3.0... 详细信息

目的探讨FDX1基因在乳腺癌中的表达和预后价值,分析其潜在的生物学功能及对免疫微环境的影响。方法利用TCGA数据库获取乳腺癌样本数据信息,分析FDX1在肿瘤中的的表达情况;免疫组化法检测FDX1在乳腺组织中的蛋白表达;Bc-GeExminer 3.0数据库分析在乳腺癌中FDX1表达与ER、PR、HER2表达的关系;Kaplan-Meier Plotter分析FDX1表达与总生存期(OS)、无复发生存期(RFS)、无远处转移生存期(DMFS)相关性;采用Timer数据库和GSVA数据库分析乳腺癌中FDX1表达与免疫细胞浸润的相关性;利用LinkedOmic中基因集富集分析(GSEA)探讨FDX1介导的生物学功能机制。结果在TCGA数据集中,FDX1在乳腺癌肿瘤组织中表达降低;免疫组化结果显示,FDX1在乳腺癌肿瘤组织中蛋白水平降低;FDX1表达与PR表达、ER表达、PAM50状态相关(P<0.001),与年龄、T分级、N分级、M分级、病理分级、组织学分型、解剖肿瘤部位、是否接受放射治疗均无关(P>0.05);Bc-GeExminer 3.0数据库免疫组化结果提示FDX1表达与ER、PR、HER2表达密切相关;FDX1高表达乳腺癌患者其OS、RFS、DMFS预后较好相关(P<0.05);FDX1表达与乳腺癌肿瘤免疫细胞浸润显著相关(P<0.05);GSEA结果显示,FDX1表达与核糖体、氧化磷酸化、帕金森病密切相关。结论乳腺癌组织中FDX1的表达异常,低表达患者的预后不良,FDX1可能通过肿瘤免疫浸润细胞改变肿瘤微环境,促进乳腺癌的发生发展,可作为潜在评估乳腺癌预后的分子标志物。

关键词：乳腺癌 FDX1 癌症和肿瘤基因图谱预后

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生物信息学分析姜黄素与非小细胞肺癌预后的关系

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临床肿瘤学杂志 2023年第10期28卷 881-886页

作者：崔海涛王蕊红赵鹏赵晓雯王晔青岛大学医学部山东青岛266071 青岛市胶州中心医院检验科 266300 青岛大学附属青岛市中心医院中心实验室 266011 青岛大学附属青岛市中心医院检验科 266011

目的探讨姜黄素通过调节铁死亡相关基因表达影响非小细胞肺癌(NSCLC)患者预后的作用机制。方法采用50μmol/L姜黄素和等体积DMSO处理A549细胞24 h后进行转录组测序,对差异表达基因进行富集分析(GSEA)。将富集到的基因集进行蛋白质互作(P... 详细信息

目的探讨姜黄素通过调节铁死亡相关基因表达影响非小细胞肺癌(NSCLC)患者预后的作用机制。方法采用50μmol/L姜黄素和等体积DMSO处理A549细胞24 h后进行转录组测序,对差异表达基因进行富集分析(GSEA)。将富集到的基因集进行蛋白质互作(PPI)分析并同时进行加权基因共表达网络分析(WGCNA),获得与铁死亡相关基因集和表达水平。采用癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)数据库(https://***),获取NSCLC队列的癌组织与癌旁组织的转录组数据,及对应的临床、预后信息,该数据集共包含1017个患者样本和108个正常样本,与姜黄素处理的细胞转录组数据进行相互验证。结果WGCNA分析结果显示,brown4模块与PI3K-AKT-mTOR通路具有显著关系,而brown4模块基因和差异表达基因、铁死亡相关基因集分析显示,共23个交集基因。预后分析结果显示ACSL3、BACH1、FTH1、SLC11A2基因与NSCLC患者预后有关,而其在姜黄素处理前后中的表达存在显著差异。免疫浸润分析显示,巨噬细胞浸润水平与ACSL3、BACH1、SLC11A2呈正相关,与FTH1呈负相关。结论通过整合转录组学及TCGA公共数据库数据,发现姜黄素可通过干预铁死亡相关基因表达改善患者预后。

关键词：非小细胞肺癌姜黄素铁死亡癌症和肿瘤基因图谱免疫

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肺腺癌CASZ1表达临床意义GEO及TCGA数据库资料分析

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中华肿瘤防治杂志 2020年第3期27卷 193-201页

作者：刘盈黄凤祥孙盼锋彭强赵畅苗丽君郑州大学第一附属医院呼吸与危重症医学科河南郑州450052 河南大学淮河医院呼吸与危重症医学科河南郑州475000

目的 CASZ1在多种肿瘤中异常表达,并参与肿瘤的发生发展,但其在肺腺癌中的表达及临床意义罕见报道。本研究旨在探讨CASZ1表达水平与肺腺癌临床病理特征和预后的关系。方法通过基因表达谱动态分析(Gene Expression Profiling Interactive... 详细信息

目的 CASZ1在多种肿瘤中异常表达,并参与肿瘤的发生发展,但其在肺腺癌中的表达及临床意义罕见报道。本研究旨在探讨CASZ1表达水平与肺腺癌临床病理特征和预后的关系。方法通过基因表达谱动态分析(Gene Expression Profiling Interactive Analysis,GEPIA)数据库探讨CASZ1在33种肿瘤中的表达情况。通过基因表达综合(Gene Expressi on Omnibus,GEO)数据库及癌症和肿瘤基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库获得CASZ1在肺腺癌中的表达数据及相关病理参数,分析CASZ1表达水平与肺腺癌患者临床病理特征和总生存期(overall survival,OS)的关系,并通过免疫组化验证CASZ1蛋白在肺腺癌中的表达。通过TCGA数据库获得CASZ1在肺腺癌中的甲基化水平,分析肺腺癌中CASZ1表达失调的可能机制。采用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)预测CASZ1相关的基因通路。结果 GEPIA数据库分析结果显示,与正常组织相比,在11种肿瘤中CASZ1表达水平下调,在2种肿瘤中表达上调。在TCGA及GSE43458、GSE118370和GSE10072既往吸烟、吸烟及从未吸烟数据集中,CASZ1表达水平在肺腺癌组织中均下调,差异有统计学意义,均P<0.001。免疫组化结果提示,CASZ1蛋白在肺腺癌组织中表达也下调,t=5.969,P<0.001。TCGA及GSE68465数据集结果提示,CASZ1基因低表达组预后差于高表达组(χ^2=6.923,P=0.009;χ^2=11.175,P=0.001)。在肺腺癌组织中,CASZ1表达水平与6个甲基化位点(cg01551133、cg08885197、cg20288000、cg14170597、cg22728186和cg20329303)关联(P<0.001),其中cg01551133、cg14170597和cg22728186高甲基化组生存期短于低甲基化水平组(χ^2=11.290,P=0.001;χ^2=12.901,P<0.001;χ^2=7.083,P=0.008)。GSEA结果提示,CASZ1低表达样本富集在G2M检查点(P<0.001,FDR<0.001)、E2F信号通路(P<0.001,FDR<0.001)等基因集。结论肺腺癌中CASZ1表达水平下调,其甲基化水平升高可能是CASZ1失调的潜在机制,CASZ1低表达提示肺腺癌患者的预后差,可作为肺腺癌患者治疗的潜在靶点。

关键词：肺腺癌 CASZ1 基因表达综合数据库癌症和肿瘤基因图谱甲基化

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TCGA数据库372例胃癌组织CXCL10基因表达及临床意义

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中华肿瘤防治杂志 2020年第13期27卷 1056-1063页

作者：曾家豫周秉博张钏袁红霞魏政丽廖世奇西北师范大学生命科学学院甘肃兰州730070 甘肃省妇幼保健院医学遗传中心甘肃兰州730050 甘肃省医学科学研究院分子生物研究中心甘肃兰州730050

目的胃癌是导致癌症死亡的主要原因之一,是东亚部分地区最常见的胃肠道恶性肿瘤。随着医疗水平的提升,胃癌患者5年生存率有所提高,但至今仍无法做到痊愈根治。本研究对癌症和肿瘤基因图谱(Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中胃癌和癌旁... 详细信息

目的胃癌是导致癌症死亡的主要原因之一,是东亚部分地区最常见的胃肠道恶性肿瘤。随着医疗水平的提升,胃癌患者5年生存率有所提高,但至今仍无法做到痊愈根治。本研究对癌症和肿瘤基因图谱(Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中胃癌和癌旁组织的基因测序数据进行挖掘,寻找胃癌治疗的新靶点。方法从TCGA数据库中获取372例胃癌和32例癌旁组织的RNA测序数据,按照logFC>1且P<0.05的标准筛选差异表达基因,通过WGCNA分析并关联胃癌患者的临床表型数据找出标志性基因。结果通过edgeR包和DESeq2包数据分析得到1 355个上调基因和1 774个下调基因。WGCNA分析差异基因得出11个模块,分别与患者临床数据进行相关性分析发现"black"模块与患者的生命状态呈正相关。将"black"模块中的基因进行蛋白质互作分析得到CXCL10基因节点度最高,经生存分析得出CXCL10基因与总生存率存在相关性,P<0.01。结论 CXCL10基因可能在胃癌的早期诊断和临床治疗中有重要的意义。

关键词：胃癌癌症和肿瘤基因图谱加权基因共表达网络分析总生存期蛋白质互作分析生物信息学

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肾透明细胞癌基因拷贝数变异与mRNA差异表达的整合分析

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医学研究杂志 2020年第2期49卷 81-86页

作者：朱进丁晓飞周军陈光台州学院医学院附属市立医院 318000 台州学院医学院 318000

目的在整个基因组范围内整合分析染色体变异与基因差异表达来探讨肾透明细胞癌的发病机制。方法从肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载肾透明细胞癌DNA拷贝数和mRNA表达数据,使用GISTIC进行拷贝数变异分析;使用R软... 详细信息

目的在整个基因组范围内整合分析染色体变异与基因差异表达来探讨肾透明细胞癌的发病机制。方法从肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载肾透明细胞癌DNA拷贝数和mRNA表达数据,使用GISTIC进行拷贝数变异分析;使用R软件包edgeR进行基因差异表达分析;并对差异表达基因进行KEGG和GO通路富集分析。结果GISTIC发现381个拷贝数扩增,1287个缺失;R语言包发现1171个基因mRNA表达上调,567个基因mRNA表达下调;相关性检测发现13个拷贝数增加的基因表达上调,17个拷贝数降低的基因表达下调。GO和KEGG分析发现这些差异基因主要富集在多个致癌基因,且参与肿瘤的发生、发展及免疫逃逸的信号转导。结论整合分析相关拷贝数变异和基因表达差异,能为肾透明细胞癌的诊断和治疗提供分子标记和靶点。

关键词：肾透明细胞癌癌症和肿瘤基因图谱拷贝数变异 mRNA

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基于多数据库联合挖掘研究PTP4A3的表达对肝细胞癌发生发展的影响

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中国肝脏病杂志（电子版） 2019年第1期11卷 47-52页

作者：韩铭成军郭江北京大学北京地坛医院教学医院北京100015 首都医科大学附属北京地坛医院传染病研究所北京100015 新发突发传染病研究北京市重点实验室北京100015 首都医科大学附属北京地坛医院肿瘤介入科北京100015

目的通过多数据库联合挖掘探索PTP4A3在肝细胞癌发生发展中的作用。方法基于Oncomine及癌症和肿瘤基因图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库联合数据分析PTP4A3在肝细胞癌组织和正常组织中的表达水平;通过Human Protein Atlas数据... 详细信息

目的通过多数据库联合挖掘探索PTP4A3在肝细胞癌发生发展中的作用。方法基于Oncomine及癌症和肿瘤基因图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库联合数据分析PTP4A3在肝细胞癌组织和正常组织中的表达水平;通过Human Protein Atlas数据库,进一步研究PTP4A3在肝细胞癌和正常组织中的表达;同时基于Kaplan-Meier Plotter数据库进一步分析PTP4A3表达水平与肝细胞癌预后的关系。结果基于Oncomine数据库分析PTP4A3在肝细胞癌中高表达的研究有1项,低表达的0项。涉及PTP4A3在肝细胞癌组织和正常组织中转录水平的5项研究中,共包括768个样本,与正常组织相比,PTP4A3在肝细胞癌组织中高表达(P=1.06×10^(-5))。基于TCGA数据库(正常组50例,肝细胞癌组371例),PTP4A3在肝细胞癌组织中显著高表达(P <0.0001)。在Human Protein Atlas数据库的免疫组织化学数据中,相对于正常肝组织,PTP4A3在肝细胞癌中显著高表达。Kaplan-Meier Plotter数据库(n=364)分析显示,PTP4A3的mRNA表达量与肝细胞癌患者总体生存率存在相关性,即高表达PTP4A3的患者总体生存率较低,预后较差(P=0.049)。结论数据库挖掘显示PTP4A3基因具有促进肝细胞癌发生发展的作用,是肝细胞癌的关键基因之一,为以PTP4A3作为肝细胞癌药物靶点研究和治疗提供基础。

关键词： PTP4A3 肝细胞癌 Oncomine 癌症和肿瘤基因图谱

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CLCA4基因在头颈部鳞状细胞癌中的表达与其临床意义

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中国当代医药 2019年第14期26卷 17-20,F0004页

作者：张永红刘雅丽湖北医药学院附属襄阳市第一人民医院耳鼻咽喉头颈外科

目的探讨CLCA4基因在头颈部鳞状细胞癌中的表达与其临床意义。方法利用癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)数据库,基于生物信息学检测CLCA4在头颈部鳞状细胞癌中的表达情况,通过分析网站中TCGA数据库的552例头颈部鳞状细胞癌患者(时间截止至2018... 详细信息

目的探讨CLCA4基因在头颈部鳞状细胞癌中的表达与其临床意义。方法利用癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)数据库,基于生物信息学检测CLCA4在头颈部鳞状细胞癌中的表达情况,通过分析网站中TCGA数据库的552例头颈部鳞状细胞癌患者(时间截止至2018年10月),绘制头颈部鳞状细胞癌中CLCA4在各种条件下的箱式图。并通过生存曲线、蛋白-蛋白相互作用网络(PPI)、基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析探讨CLCA4基因差异表达在头颈部鳞状细胞癌对患者产生的影响与重要性和判定差异基因主要影响的生物学功能或者通路。结果 CLCA4在头颈部鳞状细胞癌中表达显著下调(P<0.05),同时,CLCA4的低表达和较差的预后相关(P=0.01883)。PPI、GO和KEGG分析结果显示,CLCA4除了参与离子通道与表皮发育等调控,还发现其与免疫、炎性反应相关。结论 CLCA4在头颈部鳞状细胞癌参与免疫调节作用,提示头颈部鳞状细胞癌的免疫异常可能是影响患者生存率的关键,同时为头颈部鳞状细胞癌提供了全新的研究方向与思路。

关键词： CLCA4 癌症和肿瘤基因图谱头颈部鳞状细胞癌免疫炎性大数据

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Krüppel样转录因子5在胰腺癌中的表达及其临床意义

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武警后勤学院学报（医学版） 2019年第7期28卷 13-16,F0002页

作者：刘广林资力毛骏许威武警后勤学院天津300309 武警特色医学中心天津300162

【目的】研究Kruppel样转录因子5(Kruppel like factors 5,KLF5)在胰腺癌组织中的表达情况和它的表达与疾病临床病理特征的关系,评价其对胰腺癌患者预后的影响,并分析KLF5在胰腺癌发生、发展中可能的病理机制。【方法】收集整理GEO与TCG... 详细信息

【目的】研究Kruppel样转录因子5(Kruppel like factors 5,KLF5)在胰腺癌组织中的表达情况和它的表达与疾病临床病理特征的关系,评价其对胰腺癌患者预后的影响,并分析KLF5在胰腺癌发生、发展中可能的病理机制。【方法】收集整理GEO与TCGA数据库资料;分析KLF5在胰腺癌与正常胰腺组织表达情况的差异,利用t检验统计KLF5的表达与胰腺癌临床病理特征之间的关系;采用基因富集分析法(gene set enrichment analysis,GSEA)预测KLF5相关的基因通路。【结果】在GSE28735数据集中,KLF5在胰腺癌中的表达明显高于正常的胰腺组织,KLF5的表达与肿瘤的分级、TNM分期存在相关性(P<0.05);在TCGA数据集中,高表达KLF5的胰腺癌患者总体生存率明显低于低表达组(P=0.002);GESA结果显示,KLF5可能富集到E2F通路、G2/M检查点、MYC-V1通路、MYC-V2通路、MTORC1通路、有丝分裂通路、DNA修复通路、糖酵解通路相关的基因集。【结论】胰腺癌组织中KLF5的表达高于正常胰腺组织,KLF5的表达与胰腺癌的分级、TNM分期有关,高表达KLF5的胰腺癌患者临床预后不良,有可能作为胰腺癌患者肿瘤进展的标志物和治疗胰腺癌的新的分子靶标。

关键词：胰腺癌 Kruppel样转录因子5 基因表达综合数据库癌症和肿瘤基因图谱

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肺鳞状细胞癌中甲基化调控基因及其临床意义

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广西医学 2019年第14期41卷 1798-1802页

作者：徐祥席德双徐谊杨日荣潘泓广西医科大学附属肿瘤医院胸瘤外科

目的筛选肺鳞状细胞癌(LUSC)中受甲基化调控的基因,并分析其临床意义。方法从癌症和肿瘤基因图谱数据库中,下载338例LUSC组织和38例正常肺组织mRNA测序数据及DNA甲基化数据。采用R语言软件处理mRNA表达数据,筛选出差异表达基因(DEG),再... 详细信息

目的筛选肺鳞状细胞癌(LUSC)中受甲基化调控的基因,并分析其临床意义。方法从癌症和肿瘤基因图谱数据库中,下载338例LUSC组织和38例正常肺组织mRNA测序数据及DNA甲基化数据。采用R语言软件处理mRNA表达数据,筛选出差异表达基因(DEG),再运用受试者工作特征(ROC)曲线评估DEG鉴别LUSC组织和正常肺组织的效能,筛选出候选基因。使用minfi软件包分析TCGA数据库中甲基化数据,筛选出差异甲基化位点。利用MEXPRESS数据可视化工具,分析候选基因表达与其启动子区域DNA甲基化位点之间的相关性,筛选出与甲基化相关的目的基因及其位点。应用实时荧光定量PCR,检测21例LUSC患者癌组织及相应癌旁正常肺组织中目的基因的表达水平。结果筛选出目的基因SOX15及其cg01029592与cg13159929两位点。338例LUSC患者组织中SOX15mRNA相对表达量高于38例正常肺组织中的表达量(log2FC=4.758,P<0.001)。ROC曲线分析结果显示,SOX15高表达对鉴别LUSC组织和正常肺组织具有较高效能(曲线下面积为0.910,P<0.001)。位点cg01029592、cg13159929在LUSC组织中甲基化水平均低于正常肺组织(P<0.05)。在LUSC组织中SOX15的表达与cg01029592及cg13159929位点的甲基化水平呈负相关(均P<0.05)。位点cg01029592、cg12615880高甲基化水平者的总体生存率均高于低甲基化水平者(P<0.05)。实时荧光定量PCR结果显示,LUSC组织的SOX15mRNA的相对表达量高于癌旁正常组织(P<0.05)。结论SOX15或可成为LUSC肿瘤特异性标志物。SOX15启动子区低甲基化可能导致其mRNA高表达,并且与LUSC预后相关。

关键词：肺鳞状细胞癌 SOX15 cg01029592位点 cg13159929位点 cg12615880位点筛选预后甲基化癌症和肿瘤基因图谱

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基于癌症基因组图谱挖掘PDK1在胶质母细胞瘤中的分子和临床特点

基于癌症基因组图谱挖掘PDK1在胶质母细胞瘤中的分子和临床特点

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第十四届中国医师协会神经外科医师年会

作者：苑锋明浩朗任炳成于圣平杨亦寒李涛易立杨学军天津医科大学总医院神经外科

目的:利用癌症基因组图谱(TCGA)计划数据库胶质瘤标本信息,分析在PDK1在胶质母细胞瘤(GBM)中的分子及临床特点。方法:在TCGA数据库中提取1208例胶质瘤标本中基因表达量数据及患者的临床数据,R软件被用来作为统计分析和图形工作的主要工... 详细信息

目的:利用癌症基因组图谱(TCGA)计划数据库胶质瘤标本信息,分析在PDK1在胶质母细胞瘤(GBM)中的分子及临床特点。方法:在TCGA数据库中提取1208例胶质瘤标本中基因表达量数据及患者的临床数据,R软件被用来作为统计分析和图形工作的主要工具,用STRING构建关键基因蛋白相互作用网络,用DAVID对关键基因进行功能富集分析,再用GEPIA对关键基因进行生存分析。结果:相对于正常对照,PDK1在胶质瘤中高表达,且级别越高表达越高,并发现高表达PDK1的患者预后较差;在GBM患者中发现与PDK1表达密切相关(Pearson|R|> 0.4)的基因共182个;蛋白互相作用关系中可信度最大的前7位基因,得到前10个功能富集数据结果提示:PDK1在GBM中糖酵解代谢途径、核苷酸代谢途径、ATP合成及缺氧环境中发挥重要作用;生存分析结果显示7个基因与患者的生存预后关系。结论:基于癌症和肿瘤基因图谱挖掘数据是一种有效的寻找治疗靶点的生物信息手段;PDK1表达与胶质瘤患者预后有关,并且与糖酵解代谢途径、核苷酸代谢途径、ATP合成及缺氧微环境密切相关,提示其可作为潜在的预后及治疗的新靶点。

关键词：癌症和肿瘤基因图谱胶质母细胞瘤 PDK1 代谢微环境

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