检索结果-内蒙古大学图书馆

数据分析与知识发现 2018年第5期2卷 70-76页

作者：王永王永东郭慧芳周玉敏重庆邮电大学电子商务与现代物流重点实验室重庆400065

【目的】缓解典型的项目相似性度量方法必须使用共同评分、在高度稀疏数据环境中预测精度较低等问题。【方法】引入生物信息科学领域的离散增量,将其构造为相异系数,利用项目评分值的频数及其分布计算项目相似度,克服依赖于共同评分的... 详细信息

【目的】缓解典型的项目相似性度量方法必须使用共同评分、在高度稀疏数据环境中预测精度较低等问题。【方法】引入生物信息科学领域的离散增量,将其构造为相异系数,利用项目评分值的频数及其分布计算项目相似度,克服依赖于共同评分的局限性,改善数据稀疏性的问题;同时结合项目属性信息,提高度量结果的合理性与准确性。【结果】相比于其他典型算法,本文算法的RMSE降低了2.56%,F1值提高了3.88%。【局限】推荐多样性可能不足。【结论】本文算法对于冷启动问题亦有更好的表现,因此,具有良好的应用潜力。

关键词：离散增量相似性度量数据稀疏性协同过滤冷启动

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离散增量结合二次判别分析预测人类DNA甲基化位点

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生物数学学报 2012年第3期27卷 563-570页

作者：刘佳赵秀娟裴智勇秦笙蔡禄内蒙古科技大学数理与生物工程学院包头内蒙古014010 包头医学院基础学院包头内蒙古014010 中国科学院植物研究所系统与进化国家重点实验室北京100093 中国科学院研究生院北京100039 南京师范大学生命科学学院比较基因组与生物信息学实验室&江苏省生物多样性与生物技术重点实验室江苏南京210046

DNA甲基化作为直接作用于DNA序列的一种表观遗传修饰,能够在不改变DNA分子一级结构的情况下影响基因表达,在生命活动中扮演着重要的角色.在哺乳动物中,DNA甲基化主要发生在C_pG二核苷酸的胞嘧啶上,并且在基因组中呈现不均匀分布.准确预... 详细信息

DNA甲基化作为直接作用于DNA序列的一种表观遗传修饰,能够在不改变DNA分子一级结构的情况下影响基因表达,在生命活动中扮演着重要的角色.在哺乳动物中,DNA甲基化主要发生在C_pG二核苷酸的胞嘧啶上,并且在基因组中呈现不均匀分布.准确预测DNA甲基化位点有助于阐明DNA甲基化对基因表达的调控作用,并为肿瘤的早期诊断及治疗提供新的依据.本文应用离散增量结合二次判别分析的方法,对人类的C_pG二核苷酸甲基化状态进行了识别.5折交叉检验的整体准确率超过了80%,受试者操作特性曲线面积也达到了0.86.与现有方法相比,预测成功率显著提高.这说明离散增量结合二次判别分析方法适用于甲基化位点的预测;基因组序列中甲基化位点具有序列依赖性.

关键词： DNA甲基化 CpG位点离散增量二次判别分析

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基于离散增量结合支持向量机方法的凋亡蛋白亚细胞位置预测

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生物物理学报 2007年第3期23卷 192-198页

作者：陈颖丽李前忠杨科利樊国梁内蒙古大学理工学院物理系呼和浩特010021

根据凋亡蛋白的亚细胞位置主要决定于它的氨基酸序列这一观点,基于局部氨基酸序列的n肽组分和序列的亲疏水性分布信息,采用离散增量结合支持向量机(ID_SVM)算法,对六类细胞凋亡蛋白的亚细胞位置进行预测。结果表明,在Re-substitution检... 详细信息

根据凋亡蛋白的亚细胞位置主要决定于它的氨基酸序列这一观点,基于局部氨基酸序列的n肽组分和序列的亲疏水性分布信息,采用离散增量结合支持向量机(ID_SVM)算法,对六类细胞凋亡蛋白的亚细胞位置进行预测。结果表明,在Re-substitution检验和Jackknife检验下,ID_SVM算法的总体预测成功率分别达到了94.6%和84.2%;在5-fold检验和10-fold检验下,其总体预测成功率也都达到了83%以上。通过比较ID和ID_SVM两种方法的预测能力发现,结合了支持向量机的离散增量算法能够改进预测成功率,结果表明ID_SVM是预测凋亡蛋白亚细胞位置的一种很有效的方法。

关键词：凋亡蛋白离散增量支持向量机

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基于离散增量和协变判别式识别小鼠蛋白质亚细胞定位

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生物物理学报 2009年第S1期25卷 337-338页

作者：李凤敏李前忠张俊萍内蒙古农业大学理学院内蒙古呼和浩特010018 内蒙古大学物理科学与技术学院内蒙古呼和浩特010021

从LOCATE数据库(http://***.)获取序列相似性小于25%的5类小鼠亚细胞定位蛋白209个。

关键词：离散增量协变判别式小鼠亚细胞定位识别

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基于离散增量预测蛋白质-蛋白质之间的相互作用

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生物物理学报 2009年第S1期25卷 14-15页

作者：刘佳蔡禄内蒙古科技大学

人类基因组计划(HGP)完成后,生命科学的研究重心从揭示生命的所有遗传信息转向对生物功能的研究。众所周知,蛋白质是生物功能的最终执行者。

关键词：离散增量蛋白质-蛋白质相互作用 PPI 二次判别函数

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基于离散增量的免疫分类器在模式生物基因中应用

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计算机应用研究 2009年第4期26卷 1409-1411,1415页

作者：王炼红章兢段兰燕湖南大学电气与信息工程学院长沙410082 中兴通讯股份有限公司广东深圳518057

首先把线虫、酵母和拟南芥三种模式生物基因组中的内含子、外显子和基因间序列归为三类,滑动统计这些序列中64种三核苷的重复出现次数作为离散源的状态参数,这样就得到了这些序列的64维特征值,并将这些数据分成训练样本集和测试样本集... 详细信息

首先把线虫、酵母和拟南芥三种模式生物基因组中的内含子、外显子和基因间序列归为三类,滑动统计这些序列中64种三核苷的重复出现次数作为离散源的状态参数,这样就得到了这些序列的64维特征值,并将这些数据分成训练样本集和测试样本集。根据免疫进化网络理论,用离散增量作为抗体—抗原间的亲和度函数,把训练集看成抗原,不断刺激免疫网络向识别抗原的方向进化,构造了一个基于离散增量的免疫分类器。通过测试表明,该分类器性能优良,分类预测准确率达到了85%以上。

关键词：离散增量免疫分类器模式生物基因序列

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预测线虫和酵母基因组中内含子、外显子及基因间序列的离散增量方法

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内蒙古大学学报（自然科学版） 2004年第1期35卷 60-65页

作者：鲍卫华李前忠内蒙古大学理工学院物理系

把基因组中的内含子、外显子和基因间序列分为三类序列,从这些序列中取64种三核苷的重复出现次数作为离散源的状态参数,计算三类序列的标准离散量,比较待测序列的离散量与三个标准离散量之间的离散增量值,由离散增量的最小值决定待测序... 详细信息

把基因组中的内含子、外显子和基因间序列分为三类序列,从这些序列中取64种三核苷的重复出现次数作为离散源的状态参数,计算三类序列的标准离散量,比较待测序列的离散量与三个标准离散量之间的离散增量值,由离散增量的最小值决定待测序列属于哪一类.本文用离散增量方法对线虫和酵母序列进行预测,结果表明,对酵母内含子预测的敏感性为81.5%,对外显子预测的敏感性为88.5%、特异性为99.6%,对基因间序列预测的敏感性为65.4%、特异性为87.5%;若以在相同长度区间的序列为标准离散源,预测相应长度区间的序列,对线虫内含子的预测的敏感性为82.2%、特异性为94.2%,对外显子预测的敏感性为91.1%、特异性为97.5%,对基因间序列预测的敏感性为78.8%.

关键词：序列预测离散量离散增量

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改进的离散增量算法预测27类折叠子的结构类型

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内蒙古大学学报（自然科学版） 2009年第3期40卷 285-290页

作者：张怀光胡秀珍内蒙古工业大学理学院呼和浩特010051

蛋白质二级结构预测是三级结构预测的一个非常重要的中间步骤,而折叠子识别和结构类型的准确预测则可以提高二级结构和三级结构预测的准确度.本文从蛋白质的一级序列出发,提出了一种改进的预测算法:以二肽组分、预测的二级结构信息、伪... 详细信息

蛋白质二级结构预测是三级结构预测的一个非常重要的中间步骤,而折叠子识别和结构类型的准确预测则可以提高二级结构和三级结构预测的准确度.本文从蛋白质的一级序列出发,提出了一种改进的预测算法:以二肽组分、预测的二级结构信息、伪氨基酸组分和位置权重矩阵打分值等特征分别作为参数,输入离散增量算法的单分类器中,通过加权融合单分类器的计算结果,对27类折叠子的结构类型进行了预测,取得了较好的预测结果.

关键词：离散增量伪氨基酸组分位置权重矩阵蛋白质折叠子蛋白质结构类型

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应用离散增量方法识别人类MicroRNAs前体序列

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内蒙古大学学报（自然科学版） 2010年第6期41卷 673-677页

作者：高智红张利绒罗辽复内蒙古大学物理科学与技术学院呼和浩特010021

MicroRNAs(miRNAs)是一类约为21-26个碱基长度的非编码单链RNA.根据Mi-croRNAs前体序列(pre-miRNAs)的碱基保守特征和二级结构特征,应用多样性增量方法(ID方法)和支持向量机(SVM)分析,以内含子区(intron)、外显子区(exon)、基因间区(int... 详细信息

MicroRNAs(miRNAs)是一类约为21-26个碱基长度的非编码单链RNA.根据Mi-croRNAs前体序列(pre-miRNAs)的碱基保守特征和二级结构特征,应用多样性增量方法(ID方法)和支持向量机(SVM)分析,以内含子区(intron)、外显子区(exon)、基因间区(intergenic)三类序列分别作为负集,对人类的pre-miRNAs进行分析和预测.当以intergenic区和intron区序列为训练负集时,其以二级结构三联体、四联体和五联体(3-mer、4-mer、5-mer)为特征参量的敏感性、特异性、整体精度都在89%以上,相关系数在0.7以上.

关键词： pre-miRNAs 离散增量二级结构特征

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基于离散增量和协变判别函数识别蛋白质亚核定位

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内蒙古大学学报（自然科学版） 2008年第1期39卷 56-60页

作者：李凤敏李前忠林昊内蒙古大学理工学院物理系

利用离散增量结合协变判别函数,选取氨基酸组份和N端氨基酸二肽组份为信息参数,对蛋白质亚核定位进行预测.在序列相似性小于等于25%时,406个单定位亚核蛋白Jackknife检验总预测成功率为75.9%,相关系数CC为0.644,把多定位亚核蛋白作为独... 详细信息

利用离散增量结合协变判别函数,选取氨基酸组份和N端氨基酸二肽组份为信息参数,对蛋白质亚核定位进行预测.在序列相似性小于等于25%时,406个单定位亚核蛋白Jackknife检验总预测成功率为75.9%,相关系数CC为0.644,把多定位亚核蛋白作为独立测试集,92个多定位亚核蛋白总预测成功率为78.3%.在序列相似性小于等于65%时,504个单定位亚核蛋白Jackknife检验总预测成功率为75.6%,相关系数CC为0.643,92个多定位亚核蛋白总预测成功率为80.4%.与Lei等人利用Lei-SVM方法对该数据库预测结果相比,单定位亚核蛋白总预测成功率比Lei等人高9.1%,CC值比Lei等人高0.124,多定位亚核蛋白总预测成功率比Lei等人高15.2%.

关键词：离散增量协变判别函数亚核蛋白 Jackknife检验

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