检索结果-内蒙古大学图书馆

浙江大学学报（农业与生命科学版） 2019年第3期45卷 278-287页

作者：忻雅方献平王淑珍童建新来文国汪建荣余红杭州市农业科学研究院杭州310024 上海市农业科学院林木果树研究所上海201403

利用简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)和序列相关扩增多态性(sequence related amplifiedpolymorphism,SRAP)标记分析了来自国内外43个草莓品种的遗传多样性,并比较了这2种分子标记的效果差异。结果表明:30对SSR引物平均多态... 详细信息

利用简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)和序列相关扩增多态性(sequence related amplifiedpolymorphism,SRAP)标记分析了来自国内外43个草莓品种的遗传多样性,并比较了这2种分子标记的效果差异。结果表明:30对SSR引物平均多态性位点数为6.43个,每个位点的平均多态性信息含量(polymorphisminformationcontent,PIC)值为0.6284;20个SRAP引物组合平均多态性位点数为14.30个,PIC值高达0.9114。基于SSR标记的聚类结果与基于SRAP标记的聚类结果的相关系数为0.817,呈显著水平。而SSR标记、SRAP标记分别与SSR+SRAP联合标记的相关系数为0.938和0.966,都达到极显著水平。SSR和SRAP标记都能较好地分析草莓遗传多样性,其中SRAP标记的效果略优于SSR标记,而SSR+SRAP联合标记分析则能更好地评估种质的遗传多样性和亲缘关系。

关键词：草莓简单重复序列序列相关扩增多态性遗传多样性

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拟南芥与水稻之间简单重复序列的比较分析

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Acta Botanica Sinica 2004年第5期46卷 603-609页

作者：李璨韩斌中国科学院国家基因研究中心，上海200233

利用Perl，C++语言编写了鉴定和分析简单重复序列的一系列程序，在全基因组水平上分析了拟南芥(Arabidopsis thaliana L.)简单重复序列的分布及简单重复序列和基因的关系。共发现5652个简单重复序列(≥20bp)，大约每20．6kb有1个简单重... 详细信息

利用Perl，C++语言编写了鉴定和分析简单重复序列的一系列程序，在全基因组水平上分析了拟南芥(Arabidopsis thaliana L.)简单重复序列的分布及简单重复序列和基因的关系。共发现5652个简单重复序列(≥20bp)，大约每20．6kb有1个简单重复序列。拟南芥各染色体之间简单重复序列的密度基本一致。拟南芥的27480条编码序列中，只有677条编码序列含有。725个简单重复序列，其中的3碱基简单重复序列多数对应的是小的亲水性的氨基酸。在拟南芥和水稻(Dryza saaiva L.)第4号染色体的高度保守的基因中，简单重复序列却并不保守。通过比较拟南芥和水稻之间简单重复序列的差异，推论出：水稻的全基因组和基因中简单重复序列的密度都比拟南芥大，这可能是水稻基因组序列比拟南芥大的原因之一，水稻基因组中0．21％来自简单重复序列，而拟南芥中只有0．13％；不但不同物种的基因组对简单重复序列的偏好性不同，而且不同物种的基因对简单重复序列的偏好性也不同。在水稻和拟南芥中都发现了一些嵌套性的卫星序列。

关键词：拟南芥水稻简单重复序列基因组

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简单重复序列区间(ISSR)引物反应条件优化与筛选

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热带亚热带植物学报 2003年第1期11卷 15-19页

作者：余艳陈海山葛学军中国科学院华南植物研究所广东广州510650

以豆科沙冬青(Ammopiptanthusmongolicus)的基因组DNA制备ISSR-PCR模板。通过对聚合酶链式反应(PCR)体系中模板DNA浓度、Mg2+浓度、dNTP的用量、Taq酶的含量以及退火温度梯度进行试验,探讨筛选出清晰、多态性高、可重复性好的ISSR引物的... 详细信息

以豆科沙冬青(Ammopiptanthusmongolicus)的基因组DNA制备ISSR-PCR模板。通过对聚合酶链式反应(PCR)体系中模板DNA浓度、Mg2+浓度、dNTP的用量、Taq酶的含量以及退火温度梯度进行试验,探讨筛选出清晰、多态性高、可重复性好的ISSR引物的PCR反应条件。用100个ISSR引物进行了PCR扩增,筛选出效果较好的15个引物,得到121个位点,其中43个多态位点,多态位点比例为36%。

关键词：简单重复序列基因组豆科 ISSR 引物筛选沙冬青

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大花蕙兰种质资源的简单重复序列标记分析

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浙江大学学报（农业与生命科学版） 2022年第1期48卷 21-28页

作者：沈竑哲李春楠傅巧娟崔海瑞浙江大学农业与生物技术学院原子核农业科学研究所杭州310058 杭州市农业科学研究院园艺研究所杭州310024

利用蕙兰(Cymbidium faberi)转录组数据设计了68对微卫星即简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)标记引物,从中筛选25对扩增稳定、多态性好的引物,并对41个大花蕙兰(C. hybridum)品种的遗传多样性进行了分析。结果显示:试验共扩增... 详细信息

利用蕙兰(Cymbidium faberi)转录组数据设计了68对微卫星即简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)标记引物,从中筛选25对扩增稳定、多态性好的引物,并对41个大花蕙兰(C. hybridum)品种的遗传多样性进行了分析。结果显示:试验共扩增出187个条带,其中171条(占91.44%)为多态性条带,平均每对引物扩增多态性条带6.84条;平均每对SSR标记显示的多态性信息含量值和基因型数分别为0.770 3和12.88。41份大花蕙兰种质资源之间的遗传相似系数为0.57~0.99,平均值为0.72。利用非加权成对算术平均法建立了聚类图,在遗传相似系数0.71处可将供试材料分为5类,分类结果与植株大小、花枝类型及花色等性状相关。上述分析结果较好地揭示了大花蕙兰品种间的遗传多样性与亲缘关系,这些新开发的SSR标记可为大花蕙兰分子育种提供有用的工具。

关键词：大花蕙兰简单重复序列遗传多样性聚类分析

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核盘菌和灰葡萄孢基因组中的简单重复序列分析

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遗传 2007年第9期29卷 1154-1160页

作者：李伟陈怀谷张爱香陈丽华姜伟丽江苏省农业科学院植物保护研究所南京210014

利用公共的真菌基因组数据库资源,对核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)和灰葡萄孢(Botrytis cinerea)基因组中SSRs的结构类型、分布、丰度及最长序列等进行了系统分析,并与已经研究过的禾谷镰孢菌(Fusarium graminearum),稻瘟病菌(Magna... 详细信息

利用公共的真菌基因组数据库资源,对核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)和灰葡萄孢(Botrytis cinerea)基因组中SSRs的结构类型、分布、丰度及最长序列等进行了系统分析,并与已经研究过的禾谷镰孢菌(Fusarium graminearum),稻瘟病菌(Magnaporthe grisea)和黑粉菌(Ustilago maydis)等几种植物病原真菌基因组中的SSRs进行了比较。结果表明:核盘菌和灰葡萄孢基因组中的SSRs非常丰富,分别为6539和8627个,并且在结构类型和分布规律上具有一定的相似性;与其他几种病原真菌相比,核盘菌和灰葡萄孢基因组中长重复的四、五、六核苷酸基序更为丰富,从而使得这两种真菌具有更高的变异性。同时,我们发现真菌基因组中SSRs的丰度与基因组的大小及GC含量没有必然的关系。文章对核盘菌和灰葡萄孢基因组中SSRs的丰度、出现频率及最长基序的分析为快速、便捷地设计多态性丰富的SSRs引物提供了有益的信息。

关键词：核盘菌灰葡萄孢简单重复序列群体遗传学

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中国李简单重复序列(SSR)反应体系的建立

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植物生理学通讯 2004年第1期40卷 83-86页

作者：乔玉山章镇沈志军房经贵郭洪南京农业大学园艺学院南京210095 江苏省农业科学院园艺研究所南京210014

探讨中国李品种美丽李(Prunus salicina ‘Beauty’)简单重复序列(simple sequence repeat，SSR)反应体系中5种主要成分浓度对反应产物的影响。结果表明，引物对中国李有通用性，25μ LSSR反应体系中，Taq DNA酶、Mg^2+、每个引物、模板... 详细信息

探讨中国李品种美丽李(Prunus salicina ‘Beauty’)简单重复序列(simple sequence repeat，SSR)反应体系中5种主要成分浓度对反应产物的影响。结果表明，引物对中国李有通用性，25μ LSSR反应体系中，Taq DNA酶、Mg^2+、每个引物、模板DNA和dNTPs等5种成分的适宜浓度分别是：1．5U、2．0mmol·L^-1、0．8μmol·L^-1、30～40ng和0．16～0．24mmol·L^-1。

关键词：中国李 SSR 反应体系简单重复序列

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基因组中的简单重复序列

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陕西师范大学学报（自然科学版） 2004年第S2期32卷 16-20页

作者：陈茹冰黄原陕西师范大学生命科学学院陕西西安710062

简单重复序列广泛分布于原核和真核基因组.目前认为SSR主要由DNA复制时聚合酶滑动导致链错配而形成.SSR在基因组中有其特定作用.某些细菌利用SSR获得"应急基因",以适应环境变化.而在真核基因组中,SSR被发现可作为功能性的... 详细信息

简单重复序列广泛分布于原核和真核基因组.目前认为SSR主要由DNA复制时聚合酶滑动导致链错配而形成.SSR在基因组中有其特定作用.某些细菌利用SSR获得"应急基因",以适应环境变化.而在真核基因组中,SSR被发现可作为功能性的编码和调控元件.启动子区域的SSR在其基因表达中起增强子作用.由于SSR具有高度多态性,所以可作为一种良好的分子标记应用于各个领域.目前已对果蝇、线虫、酵母等模式生物做了全基因组范围的SSR探查.这些工作提供了大量的SSR分子标记,为其更细致广泛的应用奠定了基础.该文就SSR的特征、组成、进化机制以及功能和应用做了介绍和探讨.

关键词：简单重复序列基因组 SSR 分子标记

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水稻基因组第4号染色体简单重复序列的遗传分析及比较基因组学研究

水稻基因组第4号染色体简单重复序列的遗传分析及比较基因组学研究

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作者：李璨中国科学院研究生院（上海生命科学研究院）

学位级别：博士

利用 Perl,C++语言编写了鉴定和分析简单重复序列的一系列程序,在水稻粳稻日本晴第 4 号染色体上鉴定了 1844 个简单重复序列(SSRs)(≥20 bp),其重复单位长度为 1-6 bp。简单重复序列在第 4 号染色体上的发生频率为平均18.8kb 有 1 个... 详细信息

利用 Perl,C++语言编写了鉴定和分析简单重复序列的一系列程序,在水稻粳稻日本晴第 4 号染色体上鉴定了 1844 个简单重复序列(SSRs)(≥20 bp), 其重复单位长度为 1-6 bp。简单重复序列在第 4 号染色体上的发生频率为平均 18.8kb 有 1 个简单重复序列,在长臂和短臂上分别是平均 23.8kb 和 16kb 有 1 个简单重复序列,在着丝粒的核心区域却没有发现简单重复序列。虽然(AT)n 简单重复序列是最多和长度变化最大的,但是却没有在外显子中发现。富含 GC 的 3 碱基简单重复序列在编码序列中是最多的,占编码序列中全部简单重复序列的 71.69%。224 个简单重复序列被鉴定与其它的重复序列相关,其中大多数是(AT)n 简单重复序列。通过比较亚洲栽培稻的亚种籼稻和粳稻之间简单重复序列的变化,我们发现简单重复序列可以用来鉴定籼稻和粳稻的遗传差异,并为研究相近物种的进化提供了大量信息。亚种染色体水平上简单重复序列的比较信息也可以用来发现新的分子标记。在拟南芥全基因组中共鉴定了 5652 个简单重复序列,发生频率为平均 20.6kb 有 1 个简单重复序列,各染色体之间简单重复序列的密度基本一致。拟南芥的 27480 条编码序列中,只有 677 条编码序列含有 725 个简单重复序列, 其中的 3 碱基简单重复序列大多对应的是小的亲水性的氨基酸。在拟南芥和水稻第 4 号染色体对应的高度保守的基因中,简单重复序列却并不保守。水稻全基因组共发现 23080 个简单重复序列,发生频率为平均 15.52kb 有 1 个简单重复序列。水稻基因组序列中 0.21%来自简单重复序列,而拟南芥中只有 0.13%。水稻的全基因组和基因中简单重复序列的密度都比拟南芥大,这可能是水稻基因组序列比拟南芥大的原因之一。通过比较拟南芥和水稻之间简单重复序列的 3 水稻基因组第 4 号染色体简单重复序列的遗传分析及比较基因组学研究差异,可以推论:不但不同物种的基因组对简单重复序列的偏好性不同,而且不同物种的编码序列对简单重复序列的偏好性也不同。在水稻和拟南芥中都发现了一些嵌套性的卫星序列。通过对 BAC OSJNBa0039K24 的分析,鉴定了 1 个含 6 个过氧化物酶基因的基因簇。这 6 个过氧化物酶基因都与 EST 高度匹配,而且转录方向都相同,被依次命名为 pod1、pod2、pod3、pod4、pod5、pod6。将同源的粳稻和籼稻过氧化物酶基因簇进行比较,发现 osp1 与 pod1、osp2 与 pod2、osp3 与 pod4、osp4 与 pod5、osp5 与 pod6 的相似性最高,而且相似性以 osp1 → osp5 和 pod1 → pod6 的梯度下降。序列配对和进化树分析表明一系列的串联基因复制导致了该基因簇的形成,即在进化过程中依次发生了 osp1→osp2→osp3→osp4→osp5 和 pod1→pod2→pod4→pod5→pod6 的基因复制事件。pod3 是线粒体蛋白,可能比其它的植物过氧化物酶更古老。

关键词：简单重复序列亚洲栽培稻广路矮 4 日本晴拟南芥

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韧皮部杆菌亚洲种简单重复序列（SSR）多态性及其侵染甜橙后转录组学研究

韧皮部杆菌亚洲种简单重复序列（SSR）多态性及其侵染甜橙后转录...

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作者：黄爱军西南大学

学位级别：博士

柑橘黄龙病(Citrus Huanglongbing, HLB)是一种系统性侵染的细菌性病害,是柑橘生产中最具破坏性的病害之一。柑橘植株感病后会出现下列症状：1、叶片斑驳状黄化,后伴随有均匀黄化或缺素型黄化,致树梢黄化状；2、果实沿中轴向一侧歪斜,... 详细信息

柑橘黄龙病(Citrus Huanglongbing, HLB)是一种系统性侵染的细菌性病害,是柑橘生产中最具破坏性的病害之一。柑橘植株感病后会出现下列症状：1、叶片斑驳状黄化,后伴随有均匀黄化或缺素型黄化,致树梢黄化状；2、果实沿中轴向一侧歪斜,着色与正常果实相反,又称“红鼻果”,果小质劣；3、树势变弱,后期易死亡。引起该病的病原暂定为韧皮部杆菌属下三个种：韧皮部杆菌亚洲种('Candidatus Liberibacter asiaticus', CaLas),韧皮部杆菌非洲种('Ca. Liberibacter africanus',CaLaf),韧皮部杆菌美洲种('Ca. Liberibacter americanus',CaLam)。由于病原菌还不能人工纯培养,目前仍然没有完成病原的柯赫式证病实验,同时也给病原的深入研究造成了极大阻碍。现在世界上各大柑橘产区,包括非洲、亚洲、北美洲和南美洲的近50个国家和地区都有发生。该病尚无有效防治药剂,一旦植株染病,通常只能砍树。该病仍呈不断蔓延之势,产量过千万吨的中国、巴西和美国均受到其严重威胁,倍受产业关注本文从以下三个方面展开研究：1、基于该菌培养“成功”的报道,验证和探索病原菌的人工培养方法；2、通过收集中国境内不同地理来源的菌群,筛选SSR位点,研究群体结构；3、对甜橙感染CaLas后的转录组学开展研究,取得如下结果。 1、对已报道三种实时检测方法进行了比较,发现Teixeira等所建立的方法稳定性和灵敏性较好,不易出现假阳性的结果,因此选定该方法作为病原培养时检测方法。并针对该方法建立标准曲线,用于定量监测病原是否发生增殖。根据已报道培养方法和柑橘木质部及韧皮部难培养菌培养方法,结合CaLas全基因组信息,进行培养探索。经过大量重复实验,未能重复成功,迄今也没有其他实验室成功重复已有报道结果,以往“成功”报道,仍属孤证实验。所试验8种培养基中,2G培养基可以最长时间检测到病原,但并没有观察到明显增殖,培养方法还需进一步探索,找寻支持病原生长的关键因子。 2、对已报道SSR位点进行了筛选,发现其中5个位点在中国样品中存在变异,这5个位点分析中国样品时的Nei's多样性指数H在0.1542-0.9556区间。基于这5个SSR变异位点,对收集到的中国285份CaLas样品进行群体结构分析后发现,中国CaLas可明显被分为两个组群,东南地区样品群体构成以其中一组为主,西南地区以另一组为主。其中东南地区样品两个组群混杂程度高于西南地区,表现出各个省份混杂程度均高于西南地区。西南地区样品群体构成相对单一,特别是云南和四川样品,几乎为同一种群组成,受到其它菌群影响较少。福建省样品表现出一定的特殊性,地理位置上为中国东南地区,菌群构成上却和西南地区相近。不同组群间CaLas引起寄主症状都以斑驳状黄化为主,暂时没有观察到症状上的分化。本研究还基于其中3个SSR位点,对中国和世界上其他部分国家CaLas样品进行了聚类分析,所有样品被分为两个组群：中国CaLas群体组成和巴西、印度和柬埔寨相似,但是中国样品表现出更高的混杂性；美国菌群主要为另一组群,构成相对单一。 3、对感染CaLas的甜橙(Citrus sinensis)转录组学研究,筛选出1077个差异表达基因(DEGs),这些DEGs主要涉及植物的运输、碳水化合物代谢、光合作用及激素等方面。分析这些DEGs所涉及具体代谢途径：蔗糖代谢途径中蔗糖转化酶上调4倍,果糖代谢途径中果糖激酶下调2倍,淀粉分解代谢途径中γ-淀粉酶被下调2倍。这些酶的变化可能会导致植物淀粉的积累,进一步可能会导致植物可溶性糖,特别是蔗糖的减少,造成植物营养供给不足。并未出现大规模的糖类相关代谢基因被差异表达,推测原因是因为接种植株仍处于发病初期阶段,因而糖类代谢并没有出现严重紊乱。与植物抗逆相关代谢途径被激活,包括：1、缓解过氧化环境和抗逆相关的抗坏血酸合成途径中相关基因被上调,2、植物激素中水杨酸信号途径被激活,3、谷胱甘肽转移酶、热激蛋白等相关基因也都被上调表达,这些说明寄主通过各种途径在抵御病原的进一步侵染。植物光合作用中,光吸收复合体等相关基因被下调,会影响植物的光合作用,植物激素中生长素和细胞分裂素信号转导途径的相关基因也被下调,这些差异表达可能会对植株的生长发育等造成负面影响。 4、选取敏感品种岩溪晚芦椪柑品系(C. reticulata)和耐病品种卡里佐枳橙品系(Poncirus trifoliata),接种相同CaLas毒源,桠柑可在8周左右检测到CaLas,15周时病原含量已较大,枳橙在相同时间段内检测不到病原或偶能检测到极低浓度的存在。但是,在嫁接于枳橙的毒源芽段发出的芽中可以检测到病原,推断枳橙对病原的扩散具有

关键词：柑橘黄龙病韧皮部杆菌亚洲种简单重复序列转录组

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甲型H1N1流感病毒HA基因的简单重复序列预测

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南京医科大学学报（自然科学版） 2013年第1期33卷 42-47页

作者：吴静丁勇刘成友南京医科大学数学与计算机教研室江苏南京210029 南京医科大学生物医学工程系江苏南京210029

目的:探讨应用ARIMA模型对甲型H1N1流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)基因简单重复序列(simple sequencerepeats,SSRs)的相对丰度和相对密度值进行预测的可行性,为防控流感流行制定措施提供科学依据。方法:应用Eviews 6.0软件对1970～2... 详细信息

目的:探讨应用ARIMA模型对甲型H1N1流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)基因简单重复序列(simple sequencerepeats,SSRs)的相对丰度和相对密度值进行预测的可行性,为防控流感流行制定措施提供科学依据。方法:应用Eviews 6.0软件对1970～2007年38条同源性相对较高的甲流H1N1流感病毒HA核苷酸序列中SSRs的相对丰度和相对密度进行拟合,建立时间序列模型,用模型对2008～2010年SSRs的相对丰度和相对密度进行预测,并用实际数据评估模型预测效果,进而预测2011年数据。结果:ARIMA模型较好地拟合了既往相对丰度和相对密度的实际序列,对2008～2010年的相对丰度和相对密度的预测也获得了较好的预测效果。结论:ARIMA模型能较好地模拟甲型H1N1流感病毒HA基因中SSRs的相对丰度和相对密度的变动趋势,可用于SSRs相对丰度和相对密度值的短期预测和动态分析。

关键词：时间序列 ARIMA模型简单重复序列甲型H1N1流感病毒预测

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