检索结果-内蒙古大学图书馆

浙江农业学报 2020年第9期32卷 1615-1625页

作者：刘新雨田洁青海大学农林科学院/青海省蔬菜遗传与生理重点实验室青海西宁810016 青海大学省部共建三江源生态与高原农牧业国家重点实验室青海西宁810016

为探明大蒜转录组简单重复序列标记(SSR)的特征,开发适合大蒜育种的SSR引物,利用MISA软件对大蒜转录组序列进行SSR位点检测与信息分析,并通过PCR扩增检测引物的有效性和多态性。结果表明:大蒜转录组测序获得444865条unigenes,共鉴定出14... 详细信息

为探明大蒜转录组简单重复序列标记(SSR)的特征,开发适合大蒜育种的SSR引物,利用MISA软件对大蒜转录组序列进行SSR位点检测与信息分析,并通过PCR扩增检测引物的有效性和多态性。结果表明:大蒜转录组测序获得444865条unigenes,共鉴定出141132个SSR位点,出现频率为31.72%,平均每3.45 kb出现1个SSR位点。单核苷酸和二核苷酸为SSR位点中优势类型,分别占总SSR的68.02%和24.12%;SSR位点共有82种重复基序,以A/T和AT/AT数量较多,占总SSR位点的65.02%和12.37%。利用Primer 3.0共设计出125616对SSR引物,在随机选取的14对引物中有12对引物能够有效扩增,其中6对引物在35份大蒜资源中表现出多态性,扩增共得到26条多态性条带,每对引物平均产生4.33条条带。UPGMA分析显示,在遗传相似系数0.7569处,35份大蒜资源可被分成5大类群。综上所述,利用大蒜转录组数据进行SSR分子标记开发能够获得较高频率的SSR位点,且开发的SSR标记可用性强。

关键词：大蒜转录组简单重复序列标记多态性

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以簡單重複序列標記分析水稻品種內之遺傳均一性

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植物种苗 2007年第4期9卷 1-16页

作者：吳岱融胡凱康

本研究使用20组简单重复序列分子标记对6个水稻品种进行品种内遗传均一性调查，共侦测到21个基因座，其中18个基因座在品种间表现具多型性，11个基因座在品种内表现多型性。品种内异质性来源主要有两种，一为同一基因座内不同类型的同... 详细信息

本研究使用20组简单重复序列分子标记对6个水稻品种进行品种内遗传均一性调查，共侦测到21个基因座，其中18个基因座在品种间表现具多型性，11个基因座在品种内表现多型性。品种内异质性来源主要有两种，一为同一基因座内不同类型的同型合子，二为异型合子，以前者占绝大部分。经主成分分析与集群分析结果显示，参试6个水稻品种内依然存在不同程度的异质性，但不影响品种间的区分。本文除讨论品种内异质性对於品种检定的影响，并建议以遗传距离0.1作为品种内异质性的上限。

关键词：品種鑑定品種內異質性簡單重複序列標記主成分分析集群分析

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基于高通量测序的日本医蛭转录组及SSR序列分析

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云南农业大学学报（自然科学版） 2021年第2期36卷 250-259页

作者：余米封孝兰周梦张承露曹敏重庆市药物种植研究所重庆408435

【目的】分析日本医蛭在不同温度处理下,其转录组和简单重复序列标记(simple seauence repeats,SSR)信息。【方法】应用高通量测序技术,对不同温度下日本医蛭不同组织分别进行转录组测序,采用MISA软件对unigene进行SSR分析。【结果】共... 详细信息

【目的】分析日本医蛭在不同温度处理下,其转录组和简单重复序列标记(simple seauence repeats,SSR)信息。【方法】应用高通量测序技术,对不同温度下日本医蛭不同组织分别进行转录组测序,采用MISA软件对unigene进行SSR分析。【结果】共获得125.08 G有效数据,平均错误率为0.03%。经Trinity软件混合拼接后共得到202 570条transcripts和52 206条unigene,平均长度分别为1 826 bp和1 390 bp,最大长度均为30 853 bp。将unigene与公共数据库进行比对,得到注释的unigene为29 352条,占总数的56.22%。对unigene进行SSR检测,共检测到29 926个SSR位点,发生频率是57.32%。SSR的核苷酸基元重复数都在5次以上,主要集中在5~10次(86.27%)之间,以三核苷酸和单核苷酸重复SSR为主,所占比例分别为74.07%和15.10%,核苷酸重复基元中,以A/T (4 255,14.22%)为主,在三核苷酸重复基元中,ATC/ATG (9 496,31.73%)所占比例最高。不同温度下日本医蛭转录组基因表达量差异比较数据显示,样本间表达差异基因共1 603个。【结论】不同温度处理后日本医蛭的SSR发生频率较高,可为日本医蛭筛选分子遗传标记提供大量基础数据。

关键词：日本医蛭转录组简单重复序列标记

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款冬转录组SSR标记开发及其多态性研究

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中草药 2019年第20期50卷 5026-5032页

作者：贺润丽韩毅丽段静静刘计权王莉花山西中医药大学中药学院山西太原030619 云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所云南省农业生物技术重点实验室农业部西南作物基因资源与种质创制重点实验室云南昆明650223

目的分析款冬转录组数据的简单重复序列标记(SSR)位点信息并设计特异引物,以期为款冬分子标记辅助育种提供有力工具。方法对款冬转录组测序数据库中长度1 kb以上的18 938条unigene,利用MISA软件搜索SSR位点信息,利用Primer3设计引物,并... 详细信息

目的分析款冬转录组数据的简单重复序列标记(SSR)位点信息并设计特异引物,以期为款冬分子标记辅助育种提供有力工具。方法对款冬转录组测序数据库中长度1 kb以上的18 938条unigene,利用MISA软件搜索SSR位点信息,利用Primer3设计引物,并随机选择55对SSR引物分析18份不同来源款冬材料的多态性。结果共搜索到4688个SSR位点,分布于3844条unigene中,SSR出现频率为24.75%,平均7979bp含1个SSR位点。SSR位点中三核苷酸重复类型出现频率最高(37.12%),其次是单核苷酸重复(32.36%)和二核苷酸重复(28.20%)。共有60种重复基元,其中A/T(31.42%)、AG/CT(12.80%)、ATC/ATG(9.62%)是优势重复基元。随机选择55对引物进行多态性验证分析,其中42对有扩增产物,14对具稳定可重复的多态性;利用UPGMA作图,将18份样品分为3类。结论款冬转录组中SSR位点出现频率高,类型丰富,多态性高,为其遗传多样性分析、遗传图谱构建和分子标记辅助育种等研究提供了候选分子标记。

关键词：款冬转录组简单重复序列标记多态性 PCR

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鲢微卫星标记研制及其在鲢和鳙遗传多样性研究中的应用(英文)

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中国水产科学 2006年第5期13卷 756-761页

作者：廖梅杰杨官品邹桂伟危起伟汪登强中国海洋大学海洋生命学院山东青岛266003 中国水产科学研究院长江水产研究所湖北荆州434000

鲢（Hypophthalmichthys molitrix）和鳙（Aristichys nobilis）是中国特有的四大家鱼中2个重要成员，主要分布于黑龙江、长江和珠江水系。传统人工养殖依靠天然鱼苗。但是，人口增长和人类经济活动加剧使其天然产卵和孵化场消失或遭到... 详细信息

鲢（Hypophthalmichthys molitrix）和鳙（Aristichys nobilis）是中国特有的四大家鱼中2个重要成员，主要分布于黑龙江、长江和珠江水系。传统人工养殖依靠天然鱼苗。但是，人口增长和人类经济活动加剧使其天然产卵和孵化场消失或遭到破坏。人工育苗技术虽然解决了鱼苗供应问题，但由于遗传资源管理和使用方法的不完善，使两种鱼的生长表现、抗病抗逆性和遗传多样性等都有明显的降低。另外，因洪水导致的养殖个体逃逸也使天然群体的遗传多样性受到干扰。近年来，比较大规模的人工鱼苗放流实践也加剧了对天然群体遗传多样性的扰动。对这些问题的深入研究迫切需要一套适用的分子标记。为评价鲢和鳙的遗传多样性、确定它们的遗传分化和地理分化、科学合理地管理和开发利用遗传资源，本研究构建了富集GT微卫星序列的基因组短片段文库。随机选择并测序的97个克隆中有87个含有微卫星序列。根据其中的21条序列，设计了22对微卫星标记引物并用来分析了在长江荆州段捕获的32尾野生鲢和7尾野生鳙的遗传多样性。所有标记引物在两种鱼中通用。在全部样品中共发现129个等位基因。每位点等位基因数在3～10个，平均5．9个。不同标记揭示的遗传多样性指数在0.33～2.00，平均1.22。由于使用的鱼个体数少，如鳙，只有7个个体，样品也只来源于长江荆州江段。本研究无法基于两种鱼的天然分布，对两种鱼的遗传分化、地理种群多样性比较、养殖群体和天然群体差异等问题进行深入分析。但是，这组标记的研制将有助于这2个中国特有经济鱼种的遗传多样性分析、遗传资源的管理及开发利用等相关研究。本研究中，微卫星DNA标记的研制使用了固定有微卫星核心序列的磁珠。这样的磁珠与两端接有已知序列的DNA片段杂交能富集出含有微卫星核心序列的片段。通过扩增和连接转化，可方便地获得大量含微卫星核心序列的片段。与已有的方法不同的是，本研究用AFLP方法的某些步骤使片段两端加上已知引物序列，方便易行。迄今，这两种鱼还没有微卫星标记连锁图谱。构建这样的图谱是本项目研究的长远目标。

关键词：微卫星DNA标记简单重复序列标记鲢鳙遗传多样性种间通用性

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稻属AA染色体组8个种间SSR多样性与亲缘关系

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中国水稻科学 2006年第6期20卷 589-595页

作者：杨致荣李润植魏兴华中国水稻研究所水稻生物学国家重点实验室浙江杭州310006 山西农业大学生物工程中心山西太谷030801

选用平均分布于水稻基因组的30对SSR引物，对AA染色体组8个野生稻种共42份材料的遗传多样性及遗传关系进行了研究。结果显示，本试验选取的30个SSR标记均具有多态性，多态性位点百分率为100％。30个多态性位点共扩增出的等位基因数为22... 详细信息

选用平均分布于水稻基因组的30对SSR引物，对AA染色体组8个野生稻种共42份材料的遗传多样性及遗传关系进行了研究。结果显示，本试验选取的30个SSR标记均具有多态性，多态性位点百分率为100％。30个多态性位点共扩增出的等位基因数为224，每个位点可扩增出3～10个等位基因，平均7．47个；等位基因有效数（Ae）变幅为1．25～8．91，平均5．45。多样性指数中，Shannon多样性指数（J）为0．454～2．386，平均1．826；而Nei基因多样性指数变幅为0．199～0．888，平均0．774。系统聚类和带型分析结果表明，亚洲栽培稻（Oryzasativa）与普通野生稻（***）的亲缘关系最近，非洲栽培稻（***）则与巴蒂野生稻（***）关系最为密切，杂草稻（ospontamea）与普通野生稻（Qrufipogon）、亚洲栽培稻（osativa）之间有较近的亲缘关系，而展颖野生稻（oglumaepatula）、长雄蕊野生稻（Qlongis—taminata）与AA组其他稻种之间的亲缘关系较远。

关键词：稻属 AA染色体组简单重复序列标记多样性亲缘关系

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棉花植株形态学性状遗传网络的关联分析（英文）

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浙江大学学报（农业与生命科学版） 2016年第2期42卷 127-136页

作者：梅拥军余霁雯薛昂立范术丽宋美珍庞朝友裴文锋喻树迅朱军塔里木大学植物科学学院新疆阿拉尔843300 中国农业科学院棉花研究所棉花生物学国家重点实验室/农业部棉花生物学与遗传育种重点实验室河南安阳455000 浙江大学农业与生物技术学院浙江省作物种质资源重点实验室杭州310058

棉花形态性状对于棉株营养生长至关重要,同时,对其生殖生长也有着关键影响。该研究对来源于3个不同种植环境下的39个陆地棉品种材料及其178个F1组合的株高、茎秆粗、第一果节数和果枝数的遗传结构进行了剖析。关联分析采用基于混合线性... 详细信息

棉花形态性状对于棉株营养生长至关重要,同时,对其生殖生长也有着关键影响。该研究对来源于3个不同种植环境下的39个陆地棉品种材料及其178个F1组合的株高、茎秆粗、第一果节数和果枝数的遗传结构进行了剖析。关联分析采用基于混合线性模型的统计方法,剖析的遗传效应包括加性效应、显性效应、上位性效应及其与环境的互作效应。结果共检测到25个数量性状SSR（simple sequence repeat,简单重复序列）位点与这4个形态学性状显著相关,总遗传率达到63.08%～78.28%;加性、显性及其与环境的互作效应是棉花形态性状遗传的重要遗传资源,直接选择显著的SSR位点可优化棉株的形态性状。

关键词：棉花关联分析形态性状上位性简单重复序列标记

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四十八份青花菜品种SSR指纹图谱构建

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浙江农业学报 2021年第12期33卷 2304-2312页

作者：林朦婕温慧萍肖建中郑强丽水学院生态学院浙江丽水323000 华南师范大学生命科学学院广东广州510631

为筛选一套适用于青花菜品种DNA指纹鉴定的核心简单重复序列标记(simple sequence repeat,SSR)引物,给青花菜品种的特异性、真实性、准确性鉴定提供依据,以12份性状差异较大的青花菜品种为材料,结合聚丙烯酰胺凝胶电泳与荧光毛细管电泳... 详细信息

为筛选一套适用于青花菜品种DNA指纹鉴定的核心简单重复序列标记(simple sequence repeat,SSR)引物,给青花菜品种的特异性、真实性、准确性鉴定提供依据,以12份性状差异较大的青花菜品种为材料,结合聚丙烯酰胺凝胶电泳与荧光毛细管电泳检测技术,从945对芸薹属SSR引物中筛选出20对引物作为青花菜品种的核心SSR引物。利用该套核心SSR引物在48份青花菜主要栽培品种中共扩增出等位基因位点79个,平均每对引物扩增得到等位基因与基因型数量为3.95、5.55个;引物多态性信息含量(PIC)介于0.302~0.750,平均为0.547;20对核心SSR引物的杂合度介于0.3500~0.7849,均值为0.6082。用该套核心SSR引物构建的48份青花菜品种的指纹图谱,每一条指纹都具有唯一性,可表征一个品种,该指纹图谱为青花菜品种鉴定与资源保护提供了科学依据。

关键词：青花菜简单重复序列标记指纹图谱等位基因多态性信息含量

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桑树杂交组合亲本的SSR标记多态性及遗传背景分析

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蚕业科学 2014年第4期40卷 576-581页

作者：罗义维亓希武帅琴王裕鹏卢承琼向仲怀唐翠明何宁佳家蚕基因组生物学国家重点实验室西南大学蚕学与系统生物学研究所重庆400716 广东省农业科学院蚕业与农产品加工研究所广州510610

在对PCR反应体系进行正交试验优化的基础上,采用2 878对SSR分子标记分析以桑树品种伦教109作为父本,珍珠白和粤武2号分别作为母本的2对杂交组合亲本间的多态性。结果表明,桑树杂交组合珍珠白×伦教109亲本间的多态性为69%,粤武2号&#... 详细信息

在对PCR反应体系进行正交试验优化的基础上,采用2 878对SSR分子标记分析以桑树品种伦教109作为父本,珍珠白和粤武2号分别作为母本的2对杂交组合亲本间的多态性。结果表明,桑树杂交组合珍珠白×伦教109亲本间的多态性为69%,粤武2号×伦教109亲本间的多态性为54%。选用珍珠白×伦教109的F1群体进行SSR分子标记遗传连锁分析,对亲本的遗传背景分析发现:在母本珍珠白中,相引相分子标记数目为58对,相斥相分子标记数目为70对,符合1∶1分离比;而在父本伦教109中则没有检测到相斥相分子标记对。据此推测桑树品种珍珠白可能为异源四倍体,而伦教109可能为同源四倍体。

关键词：桑树简单重复序列标记多态性染色体组来源

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基于高密度遗传图谱定位栽培种花生主茎高、第一侧枝长和分枝数的QTL研究（英文）

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花生学报 2019年第2期48卷 1-9页

作者：张胜忠邱俊兰苗华荣杨伟强赵立波宋欣潘丽娟张智猛胡晓辉陈静山东省花生研究所山东青岛266100 威海种子管理站山东威海264200 青岛农业广播电视学校山东青岛266071

目前关于花生株型的遗传机制了解不深。本研究利用来源于花育28和P76杂交构建的重组自交系群体(RIL),构建高密度遗传连锁图谱,对控制花生主茎高(MSH)、第一侧枝长(FBL)和分枝数(BN)的数量性状位点(QTL)进行定位分析。该图谱包含2266个SN... 详细信息

目前关于花生株型的遗传机制了解不深。本研究利用来源于花育28和P76杂交构建的重组自交系群体(RIL),构建高密度遗传连锁图谱,对控制花生主茎高(MSH)、第一侧枝长(FBL)和分枝数(BN)的数量性状位点(QTL)进行定位分析。该图谱包含2266个SNP和68个SSR,总遗传距离为2586.37cM。相邻标记间平均间距为2.25cM。研究发现MSH分别与BN(r=0.354)、FBL(r=0.854)高度相关。QTL分析检测到18个加性QTL位点(4个与MSH相关,5个与FBL相关,9个与BN相关),分布于10个染色体。大多数QTL位点只在一个环境下检测到,其中主茎高相关位点qMSHA01.1,第一侧枝长相关位点qFBLA01.2,分枝数相关位点qBNB07.1和qBNB07.2在两个环境下均能检测到。另外,针对MSH、FBL、BN,共有24对上位性QTL被检测到,表型变异解释率均低于10%。以上结果将为花生株型相关基因的图位克隆和分子标记设计育种提供重要的基础。

关键词：侧枝数上位性效应第一侧枝长主茎高花生数量性状位点单核苷酸多态标记简单重复序列标记

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