检索结果-内蒙古大学图书馆

浙江海洋大学学报(自然科学版) 2025年第1期 37-48页

作者：李婧叶莹莹李继姬浙江海洋大学国家海洋设施养殖工程技术研究中心

为补全日本菊花螺线粒体基因组信息以及分析其系统进化地位，进行了日本菊花螺线粒体全基因组测序和生物信息学分析，结合腹足纲内6个亚纲共79个物种的线粒体基因组的13个蛋白质编码基因（PCGs）完成了系统发育树构建。结果显示，日本... 详细信息

为补全日本菊花螺线粒体基因组信息以及分析其系统进化地位，进行了日本菊花螺线粒体全基因组测序和生物信息学分析，结合腹足纲内6个亚纲共79个物种的线粒体基因组的13个蛋白质编码基因（PCGs）完成了系统发育树构建。结果显示，日本菊花螺线粒体全基因组全长13 962 bp，由37个编码基因构成，包含13个蛋白编码基因、22个tRNA基因和2个rRNA基因。4种碱基总占比从高到低依次为T（36.84%）>A（28.70%）>G（18.50%）>C（15.96%）,A+T含量为65.54%，显示出较高的AT偏向性。在蛋白编码基因中，除nad1和cob基因以TTG为起始密码子外，其他11个蛋白编码基因均以AT（N）形式起始。除nad5、atp8、nad4、nad2基因的终止密码子为TAG外，其他基因的终止密码子均为TAA。tRNASer1基因缺少二氢尿嘧啶臂（DHU臂），tRNAThr和tRNATrp的TΨC茎上各缺少一个环，其余19个tRNA均为典型的三叶草二级结构。对异鳃亚纲动物的基因重排分析结果显示菊花螺属动物的基因排序与Ringipleura动物更为接近。系统发育结果显示在菊花螺科Siphonariidae的分支中，日本菊花螺与关系最密切的Siphonaria pectinata聚为一支后，再与Siphonaria gigas聚在一起。它们分支节点的后验概率值均为1,Bootstrap值均为100，支持度高，说明菊花螺科的单系性被支持。该研究为日本菊花螺的物种鉴别和菊花螺科的系统进化研究提供了基础数据。

关键词：日本菊花螺线粒体全基因组系统发育分析基因重排

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线粒体全基因组揭示嫩江流域史前人群遗传结构的动态变化

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人类学学报 2020年第4期39卷 695-705页

作者：李春香张帆马鹏程王立新崔银秋吉林大学边疆考古中心古DNA实验室长春130012 吉林大学生命科学学院长春130012

嫩江流域是中国东北地区古代先民的重要栖息地之一。自新石器时代开始这里的先民一直以渔猎经济为主要生活方式,直到新石器时代晚期至早期青铜时代才开始兼营畜牧业和少量的种植业。嫩江流域青铜时代的生业模式的转变是否伴随着外来人... 详细信息

嫩江流域是中国东北地区古代先民的重要栖息地之一。自新石器时代开始这里的先民一直以渔猎经济为主要生活方式,直到新石器时代晚期至早期青铜时代才开始兼营畜牧业和少量的种植业。嫩江流域青铜时代的生业模式的转变是否伴随着外来人群的融合与替代一直是考古研究的热点。为了探讨嫩江流域新石器时代与青铜铁器时代人群的构成是否改变,我们对嫩江流域新石器时代至青铜铁器时代的24个个体进行了线粒体全基因组分析。分析结果表明:嫩江流域青铜铁器时代人群与新石器时代人群具有一定遗传连续性的同时,晚期人群与西辽河地区古代人群有着更近的遗传联系,表明西辽河地区古代居民对嫩江流域青铜铁器时代人群具有部分遗传贡献。结合考古学文化、古气候学数据以及语言学证据,我们推测距今4000-3000年间,西辽河地区古代居民曾迁入到嫩江流域,并留下遗传印记。

关键词：嫩江流域古DNA 线粒体全基因组遗传结构

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中国西藏拉托唐古墓地古代居民线粒体全基因组研究

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人类学学报 2021年第1期40卷 1-11页

作者：丁曼雨何伟王恬怡夏格旺堆张明曹鹏刘峰戴情燕付巧妹中国科学院古脊椎动物与古人类研究所中国科学院脊椎动物演化与人类起源重点实验室北京100044 中国科学院生物演化与环境卓越创新中心北京100044 中国科学院大学北京100049 西藏文物保护研究所拉萨850000 西北大学文化遗产学院西安710000

目前青藏高原高海拔地区古DNA研究匮乏。拉托唐古墓地位于青藏高原西南高海拔区域,本文对该墓地出土距今约700年的人骨进行古DNA提取,捕获了高质量线粒体全基因组数据,结合东亚线粒体基因组数据库,运用遗传统计方法开展分析。研究结果表... 详细信息

目前青藏高原高海拔地区古DNA研究匮乏。拉托唐古墓地位于青藏高原西南高海拔区域,本文对该墓地出土距今约700年的人骨进行古DNA提取,捕获了高质量线粒体全基因组数据,结合东亚线粒体基因组数据库,运用遗传统计方法开展分析。研究结果表明,距今3000年以内青藏高原西南部人群的遗传历史具有连续性,距今700年左右的拉托唐古墓地居民与距今3150-1250年的古代尼泊尔居民以及现代中国西藏居民母系遗传关系较近,且他们都具有共同的M9a1a1c1b1a单倍群。对M9a1a1c1b1a单倍群的深入研究发现,距今10930-5150年期间青藏高原可能发生了人口扩张事件。以上结果为我们了解古代青藏高原高海拔地区人群遗传历史提供了重要信息。

关键词：青藏高原古DNA 线粒体全基因组拉托唐古新石器时代

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基于线粒体全基因组的非比对方法比较

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计算机与应用化学 2005年第10期22卷 837-844页

作者：蔡旭方伟武张文中国科学院数学与系统科学研究院北京100080 大连理工大学计算生物学和生物信息学研究所辽宁大连116024

在系统发育分析等分子生物学的研究问题中,传统上要用到基于多序列比对的方法,然而这类方法有一定的局限性. 本文介绍了一类新的研究系统发育问题的方法——非比对方法,该类方法可以克服基于比对距离方法在计算规模和主观因素等方面的... 详细信息

在系统发育分析等分子生物学的研究问题中,传统上要用到基于多序列比对的方法,然而这类方法有一定的局限性. 本文介绍了一类新的研究系统发育问题的方法——非比对方法,该类方法可以克服基于比对距离方法在计算规模和主观因素等方面的局限性以及由基因重组导致的比对失效。同时,本文选取新方法中的几种分子序列相似度度量,用于94种哺乳动物的线粒体全基因组序列的系统发育分析研究中。由比较结果看来,非比对方法中的FDOD度量得到的结果与传统的分类学结果最为一致;并进一步和由基于比对的距离方法对哺乳动物细胞色素b的系统发育分析得到的结果作比较,发现FDOD不仅不逊色于传统的基于比对的距离方法,而且在对哺乳动物纲各个目的整合能力上普遍优于传统方法。

关键词：哺乳动物线粒体全基因组细胞色素b 非比对方法 FDOD 系统发育

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玻璃缺鳍鲶线粒体全基因组序列测定与分析

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水产学杂志 2018年第2期31卷 12-19页

作者：孙志鹏吕伟华匡友谊郑先虎佟广香孙效文程磊何立川曹顶臣吴学农中国水产科学研究院黑龙江水产研究所淡水鱼类育种国家地方联合工程实验室黑龙江哈尔滨150070

本文采用参照近缘物种线粒体基因组设计覆盖全基因组引物的方法构建并获得玻璃缺鳍鲶Kryptopterus vitreolus线粒体基因组全序列,分析其全序列特征和结构,为鲇形目鱼类的系统进化研究提供基础数据。结果表明,玻璃缺鳍鲶线粒体基因组全长... 详细信息

本文采用参照近缘物种线粒体基因组设计覆盖全基因组引物的方法构建并获得玻璃缺鳍鲶Kryptopterus vitreolus线粒体基因组全序列,分析其全序列特征和结构,为鲇形目鱼类的系统进化研究提供基础数据。结果表明,玻璃缺鳍鲶线粒体基因组全长16 662bp,碱基组成具有高AT含量的偏向性,结构组成和排列顺序和其他硬骨鱼基本一致,包括13个蛋白质编码基因、22个t RNA、2个r RNA和1个D-loop区。全基因组中除COX1以GTG为起始密码子外,其余12个编码蛋白的基因都以ATG开头。7个编码蛋白基因(ND1、Cox1、ATP8、ATP6、ND4L、ND5和ND6)以TAA终止,其余6个编码蛋白的基因没有完整的终止密码子。对玻璃缺鳍鲶线粒体基因组D-loop区的终止序列区、中央保守区和保守序列区的结构分析,识别5个保守序列(CSB-1、CSB-2、CSB-3、CSB-D和CSB-E)和一个潜在的终止序列E-TAS。利用玻璃缺鳍鲶分别与其他4种鱼的线粒体基因组全序列及13个编码蛋白基因的核苷酸序列进行比对分析。结果表明,玻璃缺鳍鲶与南方鲇Silurus meridionalis同源性最高,5种鱼线粒体基因组中COX1基因相对最保守,相似度为78.98%~92.78%。基于5个科12种鱼与2个外群物种的线粒体控制区(D-loop区)的核酸序列构建的系统进化树表明:玻璃缺鳍鲶独自一支且与鲇Silurus asotus和南方鲇亲缘关系最近。

关键词：玻璃缺鳍鲶线粒体全基因组序列分析

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高原林蛙线粒体全基因组序列测定及系统发育分析

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生物学杂志 2023年第4期40卷 54-61页

作者：张湑泽董豹哈金强赵英魏生楠韦迎婷青海民族大学生态环境与资源学院西宁810007 青海省特色经济植物高值化利用重点实验室西宁810007

利用二代测序技术Illumina平台对高原林蛙(Rana kukunoris)线粒体进行低覆盖全基因组测序,对线粒体基因组进行获取、拼接与注释,获得高原林蛙线粒体全基因组序列,序列全长21 913 bp,主要包括tRNA基因(22个)、rRNA基因(2个)、CDS(13个)和... 详细信息

利用二代测序技术Illumina平台对高原林蛙(Rana kukunoris)线粒体进行低覆盖全基因组测序,对线粒体基因组进行获取、拼接与注释,获得高原林蛙线粒体全基因组序列,序列全长21 913 bp,主要包括tRNA基因(22个)、rRNA基因(2个)、CDS(13个)和D-loop(1个)4部分。除轻链中的NAD6外,其他蛋白质编码基因都在同一条链上。在编码基因中,共发现3个重叠基因:COX1/trnS2、ATP6/ATP8和NAD4L/NAD4。高原林蛙线粒体基因组具有AT偏好性,蛋白质编码基因中氨基酸使用最频繁的是Leu和Ser, tRNA基因都有经典的三叶草结构。KaKs分析显示,高原林蛙线粒体基因组编码基因未检测到正选择作用。基于高原林蛙线粒体全基因组构建的系统发育树表明,高原林蛙与中国林蛙亲缘关系最近。研究结果将为高原林蛙的起源、分化和遗传多样性研究提供数据支持。

关键词：高原林蛙线粒体全基因组序列分析系统发育物种分化

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斑嘴鸭线粒体全基因组序列测定及分析

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中国兽医学报 2015年第2期35卷 257-263页

作者：穆春宇黄正洋陈阳孙志明俞钦明苏雁辉富丽徐琪赵文明陈国宏扬州大学江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室江苏扬州225009 江苏省无锡市动物园江苏无锡214151 江西农业大学动物科技学院江西南昌330045

根据斑嘴鸭(Anas poecilorhyncha)同属近缘物种绿头鸭(Anas platyrhynchos)线粒体基因组(mt DNA)序列设计引物,采用直接测序技术对斑嘴鸭mt DNA全序列进行综合分析。结果显示,斑嘴鸭mt DNA序列全长16 606 bp,包含22个tRNA、2个rRNA基因... 详细信息

根据斑嘴鸭(Anas poecilorhyncha)同属近缘物种绿头鸭(Anas platyrhynchos)线粒体基因组(mt DNA)序列设计引物,采用直接测序技术对斑嘴鸭mt DNA全序列进行综合分析。结果显示,斑嘴鸭mt DNA序列全长16 606 bp,包含22个tRNA、2个rRNA基因、13种蛋白质编码基因和1个D-loop区。碱基组成T为22.2%,C为32.8%,A为29.2%,G为15.8%,无明显的AT偏好性,22种tRNA都为典型的三叶草结构。参照棕头鸦(Larus brunnicephalus)、黑尾地鸦(Podoces hendersoni)的12S rRNA,对斑嘴鸭12S rRNA的二级结构进行预测,结果其含有4个结构域,37个茎环。对D-loop控制区序列分析发现含有goose hairpin,E-box,F-box,D-box,Bird similarity-box及CSB1-box。并以原鸡作为外群,采用N-J算法和ML算法,基于mt DNA全序列及D-loop区分别构建系统进化树,发现3个家鸭品种与绿头鸭亲源关系较近。

关键词：线粒体全基因组斑嘴鸭系统进化树

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237例线粒体全基因组揭示距今5000-500年新疆古代人群演化历史

237例线粒体全基因组揭示距今5000-500年新疆古代人群演化历史

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作者：王文君西北大学

学位级别：博士

新疆位于亚欧大陆腹地,自古以来是通往欧亚大陆桥的必经之路。关于新疆不同时期古代人群在不同地区的演化历史并不清楚。为了解决此问题,本研究从各个地区41个遗址中获得237例距今5000-500年古代人群的骨骼样本,提取其线粒体全基因组,... 详细信息

新疆位于亚欧大陆腹地,自古以来是通往欧亚大陆桥的必经之路。关于新疆不同时期古代人群在不同地区的演化历史并不清楚。为了解决此问题,本研究从各个地区41个遗址中获得237例距今5000-500年古代人群的骨骼样本,提取其线粒体全基因组,同时从数据库中获得新疆周边不同地区738例古代和7085例现代人群线粒体基因组数据进行比对分析,结果发现:(1)青铜时代(距今2900年以前):新疆西北部与东南部人群主要遗传成分不同:新疆西北部阿凡纳谢沃、切木尔切克、松树沟人群主要与草原西部青铜时代颜亚那、阿凡纳谢沃文化人群有关。尽管有一些欧亚西部人群的遗传成分,新疆东南部人群主要与亚洲北部古代人群的遗传成分有关;东部天山北路人群、泉儿沟人群主要与亚洲北部,尤其是中国北部甘肃青海地区青铜时代人群有关;东南部小河人群主要与西伯利亚人群有关。(2)铁器时代(距今2900-2000年):随着亚洲北部与草原西部青铜时代人群的遗传成分在新疆不断深入,新疆东北部与西南部人群呈现出不同的遗传结构:新疆东部东天山和西部伊犁人群与亚洲北部以及草原西部青铜时代人群都具有较近的母系亲缘关系,与中亚南部古代人群遗传结构的相关性。这一时期最大的特点是,与新疆北部青铜时代人群与草原西部青铜时代人群较为相关不同,此时期阿勒泰人群显示出较多的亚洲北部人群(如中国北部甘肃青海地区)遗传成分。位于新疆南部塔里木盆地西部边缘、高海拔的吉尔赞喀勒人群,主要与亚洲北部(如,中国北部甘肃青海)人群)有关。(3)历史时期(距今2000-500年):新疆西部和南部人群与其铁器时代人群具有较近的母系亲缘关系,表明新疆古代人群从铁器时代到历史时期的遗传成分的连续性。(4)新疆古代人群与现代人群的联系:新疆古代人群均显示与新疆及其周边现代人群有较近的遗传关系。此前已有研究表明,新疆西南部与东北部现代人群在遗传结构上有所差异,这与铁器时代以后新疆古代人群的遗传结构具有相似性,揭示出铁器时代以后新疆古代人群之间遗传结构的连续性。因此,青铜时代以后新疆古代人群的遗传历史,与草原西部、中部、中亚南部、西伯利亚、东亚北部古代人群遗传成分有关,形成了新疆特有的人群结构。新疆古代人群,尤其是铁器时代以后人群的遗传成分,历史时期乃至现今新疆现代人群中延续和传承。本文首次获得涵盖时间和区域广泛的新疆古代人类样本,揭示距今约5000-500年新疆古代人群遗传结构,为新疆考古有关研究提供了有力证据,也填补了新疆古代人群演化历史的空白。

关键词：新疆古代人群线粒体全基因组欧亚草原亚洲北部中亚南部

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扬子鳄的线粒体全基因组与鳄类系统发生

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科学通报 2003年第18期48卷 1954-1958页

作者：吴孝兵王义权周开亚朱伟铨聂继山王朝林南京师范大学生命科学学院安徽省扬子鳄繁殖研究中心宣州242034

通过酶切、克隆、测序,结合Long-PCR和Primer Walking法对扬子鳄线粒体DNA基因组进行全序列测定.结果表明,扬子鳄线粒体基因组DNA序列全长为16746 bp,其基因组碱基组成为29.43％A,24.59％T,14.86％G,31.12％C.与其他大多数脊椎动物相同... 详细信息

通过酶切、克隆、测序,结合Long-PCR和Primer Walking法对扬子鳄线粒体DNA基因组进行全序列测定.结果表明,扬子鳄线粒体基因组DNA序列全长为16746 bp,其基因组碱基组成为29.43％A,24.59％T,14.86％G,31.12％C.与其他大多数脊椎动物相同,其基因组由13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因及1个非编码的控制区(D-loop)组成.基因的排列与已测序的鳄类相似.在全序列分析的基础上,对12S rRNA基因序列、16S rRNA基因序列、蛋白质编码基因序列及其合并数据用MP法和ML法构建系统发生树,结果表明扬子鳄与密河鳄的亲缘关系较近,支持传统观点.根据ML树的支长数值估计钝吻鳄属发生的时间为74.9 MaBP,扬子鳄与密河鳄分歧的时间为50.9 MaBP.

关键词：扬子鳄线粒体全基因组 DNA 蛋白质系统发生

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单环刺螠线粒体全基因组及其系统发生研究

单环刺螠线粒体全基因组及其系统发生研究

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作者：吴志刚中国科学院海洋研究所

学位级别：硕士

在分子系统发生学研究中，因为线粒体基因组相对于其他分子标记具有明显的优越性，所以线粒体基因组已经逐渐成为一个研究后生动物系统发生的基本工具。螠虫动物大约有150多种，因为它体节不分节，具有真体腔的和两边对称的特性，所以... 详细信息

在分子系统发生学研究中，因为线粒体基因组相对于其他分子标记具有明显的优越性，所以线粒体基因组已经逐渐成为一个研究后生动物系统发生的基本工具。螠虫动物大约有150多种，因为它体节不分节，具有真体腔的和两边对称的特性，所以在传统分类学上，人们把螠虫动物归类为一个独立的门。然而，螠虫动物和环节动物门的关系一直以来存在着很多的争议。越来越多的形态学和分子数据证明，我们应该重新考虑螠虫动物门的独立地位的合理性，因为大量包括形态和分子方面的证据都表明螠虫动物门很有可能起源于类似环节动物的祖先。本研究利用线粒体基因组作为系统发生研究的工具，对这个问题进行了进一步的探索研究。我们对一种螠虫动物代表种--单环刺蜢(Urechis unicinctus)的线粒体全基因组序列进行测定，单环刺蜢线粒体基因组DNA的总长度为1.5，761 bp，A+T含量为61.9％，包含13个蛋白质编码基因，22个tRNA基因，2个核糖体RNA基因，1个长度为923 bp的非编码区，37个基因都编码在同一条链上。基因顺序排列和基于氨基酸序列构建的系统发生树两方面的证据都支持：螠虫动物可能起源于环节动物。

关键词：单环刺螠蜢虫动物门环节动物门系统基因组学线粒体全基因组系统发生树分子标记

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