检索结果-内蒙古大学图书馆

浙江海洋大学学报（自然科学版） 2021年第2期40卷 93-100页

作者：夏立萍徐鸣郭宝英叶莹莹国家海洋设施养殖工程技术研究中心浙江舟山316022

采用高通量测序技术对等边浅蛤的线粒体全基因组进行了测序,并通过拼接、组装得到了完整的线粒体基因组序列。研究结果表明:环状线粒体基因组总长度为20 248 bp,由13个蛋白编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因及1个控制区组成,所有基因... 详细信息

采用高通量测序技术对等边浅蛤的线粒体全基因组进行了测序,并通过拼接、组装得到了完整的线粒体基因组序列。研究结果表明:环状线粒体基因组总长度为20 248 bp,由13个蛋白编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因及1个控制区组成,所有基因均在重链编码。等边浅蛤线粒体基因碱基组成为A(28.55%),T(39.33%),C(10.40%)和G(21.72%),A+T含量为67.88%,具有AT偏好性。D-loop控制区位于COX1基因和Cytb基因之间,长度为1 944 bp。利用帘蛤科16个物种及缢蛏(外群)的线粒体基因组的12个蛋白质编码基因构建NJ系统进化树。结果表明,等边浅蛤与菲律宾蛤仔聚为一支,亲缘关系最近。该研究将补充浅蛤属线粒体基因组信息,为浅蛤属以及帘蛤科的系统发生关系及进化地位积累有价值的数据资料。

关键词：等边浅蛤线粒体全基因组高通量测序系统发育分析

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一种线粒体全基因组测序的引物集及高通量测序的方法

一种线粒体全基因组测序的引物集及高通量测序的方法

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作者：余纪尖辛波波伍先桥 201600 上海市松江区香闵路698号

本发明公开了一种线粒体全基因组测序的引物集及高通量测序的方法，涉及基因组测序技术领域。引物集包括：至少两个引物子集，引物集包括如SEQ ID NO.1‑202所示的101对引物。该引物集及高通量测序方法极大程度上精简了操作步骤，满足较... 详细信息

标准号: CN114480578A

本发明公开了一种线粒体全基因组测序的引物集及高通量测序的方法，涉及基因组测序技术领域。引物集包括：至少两个引物子集，引物集包括如SEQ ID NO.1‑202所示的101对引物。该引物集及高通量测序方法极大程度上精简了操作步骤，满足较少数据量条件下也能获得更高的测序深度，降低测序成本。甚至对于低质量的FFPE样品也能满足高通量测序需求。

关键词：引物集高通量测序测序线粒体全基因组基因组测序对引物引物子集

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一种基于高通量测序的线粒体全基因组测序方法

一种基于高通量测序的线粒体全基因组测序方法

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作者：陈江华郎夏冰杨毅杨万岭郭梦彪张彦 310058 浙江省杭州市西湖区余杭塘路866号

本发明公开了一种基于二代测序的简单、经济、准确的线粒体全基因组barcode扩增测序方法。该发明设计了两组互相配合的引物，其中第一组引物由61对互相重叠并覆盖线粒体全基因的目标片段引物序列和引物接头序列组成，第二组引物由包含... 详细信息

标准号: CN108949942B

本发明公开了一种基于二代测序的简单、经济、准确的线粒体全基因组barcode扩增测序方法。该发明设计了两组互相配合的引物，其中第一组引物由61对互相重叠并覆盖线粒体全基因的目标片段引物序列和引物接头序列组成，第二组引物由包含接头序列的，可以两两搭配的的正向和反向标签引物组成，用于标记不同来源的样本。通过两对引物的配合使用，在一次PCR反应中同时加入两对引物进行扩增，得到带标记的、长度合适的、包含线粒体全基因组的扩增子，混合后直接进行建库测序，实现多样本混合测序。测序数据应用生物信息学组装技术，同时识别头尾两端标记序列，将不同来源序列区分开来，得到所有样本的所有线粒体基因组序列信息。通过本方法的使用，简化测序实验步骤，大大降低测序成本，提高低频突变的检出率，为大样本的线粒体全基因组关联研究提供可能性。

关键词：测序引物线粒体全基因组接头序列两对引物扩增样本应用生物信息学反向标签引物线粒体基因组标记序列测序数据关联研究互相重叠来源序列目标片段实验步骤头尾两端序列信息样本混合引物序列一次PCR 大样本检出率扩增子全基因线粒体建库两组正向突变搭配组装覆盖配合

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一种基于高通量测序的线粒体全基因组测序方法

一种基于高通量测序的线粒体全基因组测序方法

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作者：陈江华郎夏冰杨毅杨万岭郭梦彪张彦 310058 浙江省杭州市西湖区余杭塘路866号

标准号: CN108949942A

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一种漓江斑鳜线粒体全基因组测序的方法

一种漓江斑鳜线粒体全基因组测序的方法

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作者：宾石玉陈敦学张方亮徐蕾胡姜丽 541004 广西壮族自治区桂林市七星区育才路15号

本发明公开了一种漓江斑鳜线粒体全基因组测序的方法，属于鳜鱼分子遗传学领域。所述漓江斑鳜线粒体全基因组测序的方法，包括如下步骤：步骤1：基因组DNA的提取；步骤2：引物设计；步骤3：PCR扩增；步骤4：载体拼接、转化、克隆测序；... 详细信息

标准号: CN109207558A

本发明公开了一种漓江斑鳜线粒体全基因组测序的方法，属于鳜鱼分子遗传学领域。所述漓江斑鳜线粒体全基因组测序的方法，包括如下步骤：步骤1：基因组DNA的提取；步骤2：引物设计；步骤3：PCR扩增；步骤4：载体拼接、转化、克隆测序；步骤5：序列拼接。本发明以漓江斑鳜为研究对象,设计出14对扩增引物对，经过克隆测序并经过软件拼接，即可获得漓江斑鳜线粒体基因的全长，为漓江斑鳜的种群鉴定、种质资源保护以及养殖选种应用等提供资料和依据，对于深度开展漓江斑鳜资源的保护和利用有着重要的理论意义和应用前景。

关键词：斑鳜线粒体全基因组克隆测序测序拼接分子遗传学领域种质资源保护线粒体基因鳜鱼基因组DNA 扩增引物理论意义序列拼接研究对象引物设计种群鉴定选种应用养殖转化

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鸿雁线粒体DNA全基因组序列测定及分析

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农业生物技术学报 2014年第12期22卷 1482-1493页

作者：穆春宇黄正洋陈阳王彬苏燕辉李洋孙志明徐琪赵文明陈国宏扬州大学江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室无锡动物园

线粒体基因组(mitochondrial genome,mt DNA)具有进化速率快、多态性丰富、无重组、母系遗传等特点,是开展群体遗传学、系统发育学、分子生态学、分类学等研究的理想分子标记。本研究根据鸿雁(Anser cygnoides)同属近缘物种豆雁(Anser f... 详细信息

线粒体基因组(mitochondrial genome,mt DNA)具有进化速率快、多态性丰富、无重组、母系遗传等特点,是开展群体遗传学、系统发育学、分子生态学、分类学等研究的理想分子标记。本研究根据鸿雁(Anser cygnoides)同属近缘物种豆雁(Anser fabalis)线粒体全基因组序列(EU009397.1)设计引物,采用直接测序技术对鸿雁线粒体基因组全序列进行了综合分析,结果显示,鸿雁线粒体基因组序列(Gen Bank登录号:KJ124555)全长16 739 bp,包含22个t RNA、2个r RNA基因、13种蛋白质编码基因和一个D-loop区。碱基组成T占22.49%,C占32.24%,A占30.21%,G占15.06%,无明显的AT偏好性。22种t RNA都为典型的三叶草结构,参照原鸡(Gallus gallus)、黑尾地鸦(Podoces hendersoni)的12Sr RNA,对鸿雁12Sr RNA的二级结构进行了预测,含有4个结构域、37个茎环和13个突出部。对D-loop控制区序列分析发现,含有LSP/HSP、ETAS1-2、Goose hairpin、E-box、F-box、D-box、C-box、Bird similarity-box、CSB1-box、CSB-like和OH。以原鸡作为外群,采用邻接法(N-J)和最大拟然法(ML)算法以及贝叶斯法,基于线粒体基因组全序列分别构建系统进化树,结果显示,鸿雁与灰雁(Anser anser)、豆雁(Anser fabalis)、白额雁(Anser albifrons)和加拿大黑雁(Branta canadensis)处于一个分支,亲缘关系较近。该研究结果丰富了鸭科线粒体基因组全序列,为研究鸿雁的系统发生和分子进化研究以及种质资源保护和合理利用提供新的基础资料。

关键词：线粒体全基因组鸿雁系统进化树

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基于线粒体全基因组结构的鲳属鱼类分子分类研究

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海洋渔业 2022年第1期44卷 31-44页

作者：闫永斌程起群中国水产科学研究院东海水产研究所上海200090 上海海洋大学海洋科学学院上海201306

为明确鲳属鱼类的线粒体全基因组序列结构、寻找有效的种间鉴别分子标记,并剖析其系统发育信息,从而为鲳属鱼类的分类学、进化遗传学和种质鉴定提供参考依据,测定了鲳属5种鱼类(中国鲳Pampus chinensis、灰鲳***、银鲳***、珍鲳***、翎... 详细信息

为明确鲳属鱼类的线粒体全基因组序列结构、寻找有效的种间鉴别分子标记,并剖析其系统发育信息,从而为鲳属鱼类的分类学、进化遗传学和种质鉴定提供参考依据,测定了鲳属5种鱼类(中国鲳Pampus chinensis、灰鲳***、银鲳***、珍鲳***、翎鲳***)的线粒体全基因组序列,并结合NCBI数据库中已有的鲳属鱼类线粒体全基因组序列进行分析。结果显示:1)鲳属线粒体基因组全序列长度在16551 bp到18062 bp之间,其基因组结构与大多数硬骨鱼类一致;比较特别的是,银鲳和镰鲳具有两个tRNA;结构,珍鲳出现ND1基因重排以及两个重复的D-loop结构。2)银鲳与镰鲳的D-loop区出现重复CSB3结构,灰鲳与翎鲳D-loop区出现重复TAS结构。3)ND2基因条形码及其微型条形码均可将鲳属鱼类区分开,可作为有效的鲳属鉴别分子标记。4)东海区的银鲳与镰鲳应为同一物种,灰鲳可能为翎鲳的同物异名。

关键词：鲳属鱼类线粒体全基因组分子鉴定 DNA条形码系统发育

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瘤胫果实蝇线粒体全基因组分析与系统发育

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福建农业学报 2024年第4期39卷 482-491页

作者：黄振郭琼霞福州长乐机场海关福建福州350209 福州海关技术中心福建福州350001

【目的】明确瘤胫果实蝇[Bactrocera Bactrocera tuberculata(Bezzi)]线粒体全基因组序列特征,探究其系统发育地位,为瘤胫果实蝇分子标记、物种鉴定和进化遗传学研究提供参考依据。【方法】采用高通量测序技术对瘤胫果实蝇的线粒体全基... 详细信息

【目的】明确瘤胫果实蝇[Bactrocera Bactrocera tuberculata(Bezzi)]线粒体全基因组序列特征,探究其系统发育地位,为瘤胫果实蝇分子标记、物种鉴定和进化遗传学研究提供参考依据。【方法】采用高通量测序技术对瘤胫果实蝇的线粒体全基因组进行测序、组装、拼接和注释,获得基因组全序列,并对基因组基本结构进行分析;选择NCBI公布的果实蝇属近缘种20种实蝇的线粒体全基因组序列,基于最大似然法(Maximum likelihood,ML)进行系统发育分析。【结果】瘤胫果实蝇线粒体基因组序列总长度为15854 bp;具37个基因,其中包含13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个非编码控制基因。瘤胫果实蝇线粒体基因组全序列A+T含量为73.2%;13个蛋白质编码基因共有密码子3755个,在蛋白质所有22种氨基酸密码子中,UUA(leucine)的使用频率N及相对密码子RSCU使用频率均最高,N(RSCU)为387(3.79);tRNA基因二级结构中,除苯丙氨酸(F)以及苏氨酸(T)缺少假尿嘧啶(T)环和丝氨酸(S1)缺少二氢尿嘧啶DHU环,其余19个tRNA基因均能折叠形成典型的三叶草二级结构,22个tRNA基因中,共存在178处碱基对错配,错配碱基对均为G-U。通过对其近缘种线粒体全基因组的系统发育分析,瘤胫果实蝇与桔小实蝇(Bactrocera dorsalis)和杨桃实蝇(Bactrocera carambolae)聚在一起,表明3种实蝇的亲缘关系较近,与果实蝇亚属的其他种类聚在同个分支上,结果与形态鉴定一致。【结论】首次报道了瘤胫果实蝇线粒体全基因组,GenBank登录号MW 892726,测定和分析的瘤胫果实蝇线粒体基本结构特征,核苷酸组成、系统进化分析,支持瘤胫果实蝇属于果实蝇亚属,为物种诊断、进化生物学和防治研究提供依据。

关键词：瘤胫果实蝇线粒体全基因组序列分析相对密码子使用频率 tRNA基因二级结构系统发育

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新疆吉仁台沟口遗址出土古代盘羊的线粒体全基因组分析

新疆吉仁台沟口遗址出土古代盘羊的线粒体全基因组分析

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作者：郭雅琦吉林大学

学位级别：硕士

新疆尼勒克吉仁台沟口遗址是伊犁河流域一处具有重要研究价值的青铜时代晚期聚落遗址,规模巨大,布局复杂,出土遗物丰富,它的发掘为建立伊犁河流域的史前考古学文化序列、了解伊犁河流域青铜时代考古学文化的具体面貌和早期中西文化的交... 详细信息

新疆尼勒克吉仁台沟口遗址是伊犁河流域一处具有重要研究价值的青铜时代晚期聚落遗址,规模巨大,布局复杂,出土遗物丰富,它的发掘为建立伊犁河流域的史前考古学文化序列、了解伊犁河流域青铜时代考古学文化的具体面貌和早期中西文化的交流提供了极为宝贵的资料,对该遗址的全面、详细的研究有利于我们更好地了解吉仁台沟口遗址的文化内涵。考古工作者在吉仁台沟口遗址中发掘出了大量的动物骨骼遗骸,这些古动物遗骸以牛、马、羊居多,同时也有少量不明种属的野生动物遗骸,对这些野生动物遗骸的研究有利于我们了解古代居民的饮食结构、狩猎活动、经济模式等重要问题。我们在吉仁台沟口遗址收集到了9个野生动物遗骸,确切的种属不确定,需要通过古DNA的方法鉴定它们的种属。通过对吉仁台沟口遗址出土的9例不明种属动物遗骸展开古DNA测序分析,得到了5个理想的线粒体全基因组数据,并开展了古DNA分析。从Gen Bank数据库下载了42例线粒体全基因组序列,包括盘羊以及其他物种,利用相关软件将获得的数据与下载数据进行系统发育分析,构建NJ树、ML树及bayes树,系统发育结果显示古代样本与盘羊聚在一支,置信度较高,证明这5例样本是盘羊(Ovis ammon)。细胞色素b分析也显示了相同的结果。这表明生活在吉仁台沟口遗址的古代居民采取农业经济、畜牧经济相结合的方式,并且掌握成熟的狩猎技术,狩猎是获取食物的补充方式。此外,Bayesian skyline plot(BSP)分析结果显示,距今3300年之后的母系种群经历了群体扩张,这可能与人类活动直接相关,生产技术的进步,使得人们逐渐减少狩猎在获取食物的方式中所占的比重,所以盘羊母系种群的数量有所上升。

关键词：吉仁台沟口遗址盘羊线粒体全基因组伊犁

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雪兔线粒体全基因组结构、遗传多样性及其系统进化分析

雪兔线粒体全基因组结构、遗传多样性及其系统进化分析

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作者：符渊东北林业大学

学位级别：硕士

雪兔为国家二级保护动物,其遗传分化、系统分类和进化一直处于争议中。本文从其线粒体全基因组和D-loop区序列探讨雪兔遗传多样性和系统进化。雪兔线粒体基因组全长约为17750bp,其中包括13个蛋白质的编码基因(PCGs)、22个tRNA基因、2个r... 详细信息

雪兔为国家二级保护动物,其遗传分化、系统分类和进化一直处于争议中。本文从其线粒体全基因组和D-loop区序列探讨雪兔遗传多样性和系统进化。雪兔线粒体基因组全长约为17750bp,其中包括13个蛋白质的编码基因(PCGs)、22个tRNA基因、2个rRNA基因和2个控制区,与其他兔属动物线粒体全基因组的排列顺序完全一致。37个被编码的基因中,9个由轻链(L链)编码,为ND6基因和8个tRNA基因,其它28个均由重链(H链)编码。碱基含量A+T(61.26%)大于C+G(38.74)%,重链上的C碱基所占比例明显多于G碱基。雪兔线粒体基因组全序列各基因间隔区域共有9处,基因重叠区域共有14处。13个蛋白质编码基因的总长为11393 bp。其起始密码子主要为ATG,有3个为ATT。终止密码子大部分为TAA,其它多为不完全终止密码子。密码子使用频率最高为CGA,最低为CGG。氨基酸使用频率最高的为Ala、Ile、Leu、Ser和Thr。tRNA预测的二级结构,除tRNA-Ser (AGY)的DHU臂缺失,其余tRNA都是典型的三叶草结构,共存在29处碱基错配。雪兔线粒体DNA的L-复制起始区长43bp,D-loop区位于15448～17755之间,长约2299bp,其D-loop区的串联重复区(TRS)由31个ACCCACGTAC和GCGCACGTAC的十碱基重复序列组成。不同地理位置采集的雪兔个体的线粒体全基因序列稍有差异,其中采自阿尔山市的228号的差异最为明显。兔属动物的13个蛋白基因和2个rRNA基因中,12SrRNA变异最小,ND4L基因变异最大,而ND3基因在雪兔种内变异最大。所研究的雪兔D-loop区序列单倍型多样性Hd为1,没有单倍型共享现象。核苷酸多样性π为0.04294；核苷酸差异均数(k)为47.36575。共分化为三支,不同地区雪兔之间有着较频繁的基因交流,历史上种群处于动态平衡。不同方法构建的系统发育树拓扑结构基本一致,雪兔个体都位于北极谱系内。7个线粒体全基因组中,7个个体无法类聚到同一个分支上,分化为三支,12号、004号和KJ397605号雪兔个体相对比较保守,聚为一支,其它4个个体分布在其它野兔分支中,可能是基因渐渗造成。

关键词：雪兔线粒体全基因组群体遗传多样性系统进化

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