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4 篇 细胞色素b
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3 篇 trna基因二级结构
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3 篇 遗传变异
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机构

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6 篇 扬州大学
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5 篇 吉林大学
5 篇 浙江海洋大学
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4 篇 浙江大学
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3 篇 牡丹江师范学院
3 篇 华中师范大学
3 篇 安徽师范大学
3 篇 辽宁师范大学
3 篇 中国水产科学研究...
3 篇 中国水产科学研究...
3 篇 福州长乐机场海关
3 篇 浙江海洋学院

作者

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5 篇 严超超
5 篇 叶莹莹
4 篇 岳碧松
4 篇 孙效文
4 篇 刘吉平
4 篇 李超
3 篇 高俊峰
3 篇 孙治宇
3 篇 俞晓平
3 篇 朱新平
3 篇 卢璐
3 篇 huang zhen
3 篇 费凌娜
3 篇 王正亮
3 篇 NOT FOUND
3 篇 刘洋
3 篇 黄振
3 篇 冯鉴童
3 篇 王春仁

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193 篇 中文

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两种水稻螟虫线粒体全基因组序列分析

两种水稻螟虫线粒体全基因组序列分析

引用

作者：曹爽爽扬州大学

学位级别：硕士

大螟(Sesamia inferens)、二化螟(Chilo suppressalis)、三化螟(Tryporyza incertulas)和台湾稻螟(Chilo auricilius)是众所周知的鳞翅目螟蛾总科水稻害虫,广泛分布于中国主要水稻种植区的重要害虫。近年来,由于气候、水稻品种以及种植... 详细信息

大螟(Sesamia inferens)、二化螟(Chilo suppressalis)、三化螟(Tryporyza incertulas)和台湾稻螟(Chilo auricilius)是众所周知的鳞翅目螟蛾总科水稻害虫,广泛分布于中国主要水稻种植区的重要害虫。近年来,由于气候、水稻品种以及种植制度的变化,在一些地区为害日趋严重。本文对三化螟和台湾稻螟线粒体全基因组进行测序及序列特征分析,并比较分析了4种水稻钻蛀性害虫的线粒体全基因组的异同。同时,比较分析了8种螟蛾总科昆虫线粒体基因组的特征。主要研究结果如下：1.水稻三化螟线粒体全基因组为15,223bp,包含37个典型的线粒体基因(13个蛋白质编码基因、22个转运RNA基因和2个核糖体RNA基因)和一个大的非编码区(又称控制区)。除了cox1以CGA为起始密码子,其余12个蛋白质编码基因均以ATN作为起始密码子,除了nad3以TAG为终止密码子,其余以TAA、TA和T作为终止密码子。22个tRNA基因都能形成典型的三叶草结构,只有trnSer(AGN)基因缺失DHU臂。16S的二级结构包含五个部分(标记为Ⅰ,Ⅱ,Ⅳ,Ⅴ和Ⅵ)共49个环型结构缺失区域Ⅲ,12S由3个结构域组成共33个环型结构。此外,三化螟线粒体基因组的控制区中有2个茎环结构,2个微卫星’(TA)12’和’(TA)9',1个poly-T结构和4个19bp的重复单元。2.台湾稻螟的全长为15,367bp,37个编码基因的相对位置及转录方向与三化螟的顺序一致, tRNASer(AGN)基因的二级结构中缺失DHU臂,其余tRNA基因的二级结构均为典型的三叶草结构,2个核糖体RNA的二级结构均和其它鳞翅目昆虫的相似。此外,控制区中有五个结构域,包含一个12bp重复单元和一个27bp的重复单元,两个(TA)n微卫星结构和一个poly T结构。3.草螟科昆虫有一个"TnATnG"序列的保守区位于trnY和cox1基因之间的间隔区INGS2,大螟这一区域的序列为"TAG"。草螟科昆虫中存在一段保守的序列‘'ATACTAAA"位于trnS2 (UCN)和nad1间的间隔区IN GS4。此外,控制区中有五个重复单元,两个(TA)n微卫星结构和poly T结构,但大螟中只有一个(TA)n微卫星结构,而二化螟中却没有,大螟形成一个茎环结构,但二化螟和台湾稻螟中却没有。除了米螟和稻纵卷叶螟,其它螟蛾总科昆虫线粒体基因组中碱基A的含量高于T,异亮氨酸,天冬酰胺,亮氨酸和苯丙氨酸是四种昆虫中普遍存在的氨基酸,都使用双重简并密码子。位于trnQ和nad2之间的间隔区INGS1, atp8和atp6之间的重叠区OLS3是鳞翅目中普遍存在的,位于trnS2 (UCN)和nadl间INGS4,螟蛾总科线粒体基因组中有一段保守序列‘'ATACTA"。位于trnW和trnC之间重叠区OLS1有一段"AAGCCTTA'保守序列。

关键词：三化螟台湾稻螟钻蛀性水稻害虫线粒体全基因组

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雉科鸟类线粒体全基因组及系统发育关系

雉科鸟类线粒体全基因组及系统发育关系

引用

作者：白维山西大学

学位级别：硕士

雉科(Phasianidae)属于鸟纲(Aves)鸡形目(Galliformes),是鸡形目中最大的科,包括了4族、44个属、168个种。中国分布有雉科21属49种,种类丰富,数量众多,拥有世界近1/3的种类,众多的种类中约1/3是我国的特产种,有超过50%的种类是国家重点... 详细信息

雉科(Phasianidae)属于鸟纲(Aves)鸡形目(Galliformes),是鸡形目中最大的科,包括了4族、44个属、168个种。中国分布有雉科21属49种,种类丰富,数量众多,拥有世界近1/3的种类,众多的种类中约1/3是我国的特产种,有超过50%的种类是国家重点保护野生动物。同时,鸡肉作为人们日常生活中的常见肉制品扮演着重要的角色。随着分子生物学的发展和分子生物学理论的应用,雉科各属及属内物种的系统发生研究取得了很大的进展,因此也对雉科的传统分类提出了挑战。目前,利用线粒体基因组(mtDNA)序列建立物种间系统发育关系已经成为发展趋势。本研究以雉科鸟类为实验材料,测定了8属11个种14个样本的线粒体基因组序列,详细分析了序列信息,并结合公共资源数据库GenBank中的相关数据构建了雉科鸟类的系统发育关系,得出了以下结果:(1)实验样品mtDNA全长介于16,678-16,787bp之间,最长的为红原鸡,最短的为红腹锦鸡,均包括13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和一个D-Loop区,共线性分析显示37个基因排列顺序一致,没有基因重排现象发生。碱基A的含量为29.7%-30.8%,C的含量为30.1%-32.5%,G的含量为13.3%-14.1%,T的含量为23.7%-25.7%。AT含量为54.0%-56.5%,AT含量相对较高。(2)mtDNA包含的13个蛋白质编码基因,最短的为ATP8,长度约为165bp,最长的为ND5,长度约为1800bp。除COX1以GTG为起始密码子外其余均以ATG为起始密码子,终止密码子则为TAA、T、AGG、TAG、A。在蛋白质编码基因氨基酸组成中,亮氨酸(Leu)的含量最高,为17.0%-17.5%。而半胱氨酸(Cys)的含量最低,仅为0.7%-0.8%。(3)mtDNA中包含的22个tRNA基因,除火鸡属的火鸡(Z47)和马鸡属的褐马鸡(Z44)、蓝马鸡(Z45)和白马鸡(Z46)的tRNA-Ser1 D颈较短,其他样品的tRNA-Ser1 D颈缺失外,其余的tRNA均可以折叠形成三叶草结构。mtDNA中的12S rRNA和16S rRNA两个rRNA基因之间均被tRNA-Ser隔开,12S rRNA和16S rRNA的基因长度范围分别为965-979bp和1605-1625bp,AT含量为53.3%-56.1%。(4)mtDNA D-Loop区长度为1146-1232bp,最长的为红原鸡,最短的则为雉鸡,均位于tRNA-Glu和tRNA-Phe之间,AT含量为58.2%-60.4%。(5)结合GenBank雉科鸟类mtDNA基因组数据,以齿鹑科的鳞斑翎鹑和山齿鹑为外类群建立雉科24个属ML和BI系统发育树,结果显示二者一致的拓扑结构,均很好地支持属的单系性,石鹑属Ptilopachus(I)位于雉科系统发育树的基部,与雉科其他属形成姊妹类群(ML和BI支持率分别100%和1.0);第二簇(Ⅱ)包括鹌鹑属Coturnix、雪鸡属Tetraogallus、石鸡属Alectoris(ML和BI支持率分别100%和1.0);第三簇(Ⅲ)包括孔雀雉属Polyplectron、红头鹧鸪属Haematortyx(ML和BI支持率分别100%和1.0);第四簇(Ⅳ)包括鹧鸪属Francolinus、原鸡属Francolinus、大眼斑雉属Bambusicola、以及孔雀属Pavo(ML和BI支持率分别100%和1.0);第五簇(Ⅴ)包括血雉属Ithaginis、虹雉属Lophophorus、雉鹑属Tetraophasis、角雉属Tragopan、火鸡属Meleagris、锦鸡属Chrysolophus、雉属Phasianus、鹇属Lophura、马鸡属Crossoptilon、长尾雉属Syrmaticus、山鹑属Perdix、以及勺鸡属Pucrasia(ML和BI支持率分别92%和0.9962);第六簇(Ⅵ)包括山鹧鸪属Arborophila和锈红林鹧鸪属Caloperdix(ML和BI支持率分别为100%和1.0)。Z52(贵妃鸡)是属于雉科的物种,但其分类地位不明确,本研究通过对线粒体基因组以及系统发育关系分析,明确了其归属,应为原鸡属原鸡。综上所述,本文测定了8属11个种14个样本的线粒体基因组全序列,详细分析了序列信息并进行了对比。同时,结合公共资源数据库中的数据构建了雉科的系统发育树,进一步明确了雉科的系统发育关系。

关键词：雉科线粒体全基因组高通量测序系统发育关系

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6种鸟类线粒体全基因组序列分析

6种鸟类线粒体全基因组序列分析

引用

作者：邹祎鲁东大学

学位级别：硕士

鸟纲（Aves）有9000余现生种，是脊椎动物中物种最丰富的类群。鸟类的起源和系统发育关系一直备受关注，但有些地方依然存在分歧，靠单纯的形态学分析很难解决。线粒体全基因组由于具有分子结构简单、母系遗传严格、碱基突变率高及进化... 详细信息

鸟纲（Aves）有9000余现生种，是脊椎动物中物种最丰富的类群。鸟类的起源和系统发育关系一直备受关注，但有些地方依然存在分歧，靠单纯的形态学分析很难解决。线粒体全基因组由于具有分子结构简单、母系遗传严格、碱基突变率高及进化速度快等特点已在脊椎动物的分类和系统发育研究中发挥重要的作用。研究鸟类线粒体全基因组序列的遗传结构特征和演化历史，可以为物种系统发育地位的确定和遗传资源的保护提供理论依据。目前，Genbank中只公布了260种鸟类的线粒体全基因组序列，与庞大的物种数相比，数据十分不足。本研究中，我们通过PCR扩增、测序和拼接技术首次获得了目（Podicipediformes）小鸊鷉（Tachybaptus ruficollis），鹳形目（Ciconiiformes）小白鹭（Egretta garzetta），佛法僧目（Coraciiformes）蓝翡翠（Halcyon pileata）和冠鱼狗（Ceryle rudis）以及鹤形目（Gruiformes）红脚苦恶鸟（Amaurornis akool）和白胸苦恶鸟（Amaurornisphoenicurus）共6种鸟类的线粒体全基因组序列。 6个线粒体全基因组的长度在16,688bp-17,612b之间，基因组在组成和结构特点上具有相似性：（1）包含13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码控制区，其中8个tRNA和1个蛋白基因位于L链上，其余均位于H链上;（2）线粒体基因组中AT含量（53.7%7.5%）明显高于GC含量（42.5%6.3%），存在AT碱基偏好性;（3）控制区可分为3个区（Domain I–III），包含了复制终止相关序列TAS，保守序列区、重链复制起始和双向启动子等。这些特点都符合鸟类线粒体基因组的结构特征。同时，6个物种的线粒体基因组也存在一定的差异：（1）小鸊鷉、小白鹭、蓝翡翠的ND3基因的第174位点存在一个额外插入的“C”，斑鱼狗的ND3基因的第175位点存在一个额外插入的“A”，而红脚苦恶鸟和白胸苦恶鸟的ND3基因不存在额外插入的“C”或“A”;（2）小、小白鹭、蓝翡翠、冠鱼狗和白胸苦恶鸟的控制区DomainIII均有不同程度的串联重复序列，而红脚苦恶鸟中不存在串联重复序列。在实验涉及的四个目中，目前只有鹳形目的线粒体全基因组序列信息较多，结合小白鹭和另外10个物种的数据对鹳形目的系统发育关系进行了分析。以雁形目2个物种作为外群，用贝叶斯法（BI）构建的系统进化树显示：（1）鹳形目的鹭科，鹮科和鹳科均为单系（BI树支持率为1.00）;（2）在鹭科中，相比夜鹭属，鹭属与白鹭属有更近的亲缘关系;（3）在鹮科中，相比朱鹮属，琵鹭属与鹮属的亲缘关系更近;（4）在三个科中，鹮科和鹳科的亲缘关系更近。我们的结果与近期发表的鹳形目分子系统发育研究的结论基本一致。本论文研究为进一步进行鸟类分子系统发育研究提供了线粒体基因组序列数据，并证明了线粒体全基因组序列信息在分子系统发育研究中的有效性。

关键词：鹳形目目佛法僧目鹤形目线粒体全基因组系统发育

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内蒙古乃仁陶力盖墓地出土人骨的线粒体全基因组研究

内蒙古乃仁陶力盖墓地出土人骨的线粒体全基因组研究

引用

作者：郑颖吉林大学

学位级别：硕士

鲜卑是中国古代历史上的一个重要民族,建立了北魏、前燕等封建政权。但针对鲜卑人群的分子考古学研究数目较少,已进行的遗传研究也主要针对线粒体DNA短片段。因此,对于鲜卑人群的分子考古学研究仍有待丰富。乃仁陶力盖墓地是位于内蒙古... 详细信息

鲜卑是中国古代历史上的一个重要民族,建立了北魏、前燕等封建政权。但针对鲜卑人群的分子考古学研究数目较少,已进行的遗传研究也主要针对线粒体DNA短片段。因此,对于鲜卑人群的分子考古学研究仍有待丰富。乃仁陶力盖墓地是位于内蒙古自治区锡林郭勒盟的一处东汉晚期鲜卑墓葬,本文研究获得了该墓地的22个样本,成功提取出了12个质量较好的线粒体全基因组数据,并利用其进行了单倍群分析、中介网络图分析、母系群体历史分析以及主成分分析,综合分析结果得到了以下认识:第一,乃仁陶力盖人群的线粒体DNA单倍群包括C4、C5、D4、M、N9a单倍群,可细分成11个具体的单倍型,其中以D4单倍群为主,单倍群类型与北亚和东亚人群关联较大。第二,与相关古代人群的对比显示,乃仁陶力盖人群与井沟子遗址人群以及外蒙地区的匈奴人群存在最密切的亲缘关系,从大的地理单元看与阿穆尔河流域早期人群以及贝加尔湖地区的早期人群关系较近。第三,与相关现代人群的对比显示,乃仁陶力盖人群与乌尔奇人、埃文人等北亚地区现代人群之间的亲缘关系最近,同时与东北地区的鄂伦春族、鄂温克族等少数民族遗传关系也相对较近。第四,乃仁陶力盖人群与拓跋鲜卑人群的遗传特征非常接近。同时猜测鲜卑人群的起源可能与贝加尔湖-阿穆尔流域有关,并且该人群在青铜时代之前离开了阿穆尔河流域。本研究通过对乃仁陶力盖出土人骨的线粒体全基因组分析,得到了该人群的母系遗传信息,丰富了对该人群的遗传认知,为早期鲜卑人群的研究积累了相关数据,为其起源迁徙和发展演变研究补充了母系遗传材料。

关键词：线粒体全基因组乃仁陶力盖墓地鲜卑

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六种马圆线虫线粒体全基因组的扩增及亲缘关系分析

六种马圆线虫线粒体全基因组的扩增及亲缘关系分析

引用

作者：张中怀黑龙江八一农垦大学

学位级别：硕士

马圆线虫是寄生在马属动物大肠内的一类重要寄生虫,此类线虫具有寄生种类多、数量大、繁殖速度快等特点。当虫体大量寄生于宿主体内时会导致宿主贫血、腹泻、肠道机械性阻塞、消瘦甚至死亡,给马属动物养殖业造成严重的经济损失。对马圆... 详细信息

马圆线虫是寄生在马属动物大肠内的一类重要寄生虫,此类线虫具有寄生种类多、数量大、繁殖速度快等特点。当虫体大量寄生于宿主体内时会导致宿主贫血、腹泻、肠道机械性阻塞、消瘦甚至死亡,给马属动物养殖业造成严重的经济损失。对马圆线虫的研究主要集中在形态学、流行病学及药物治疗等方面。近年来,一些学者从分子层面对马圆线虫的亲缘关系进行了探究,得出的结果与传统的形态学有些不同,但由于相关数据限制,无法确定这些分子研究的准确性。鉴于此,本研究对从黑龙江省大庆市自然感染马肠道新获得的长伞杯冠线虫(Cylicostephanus longibursatum)、冠状冠环线虫(Coronocyclus coronatus)、细口杯环线虫(Cylicocyclus leptostomus)、拉氏杯口线虫(Poteriostomum ratzii)、麦氏副杯口线虫(Parapoteriostomum mettami)和无齿圆形线虫(Strongylus edentatus)6种圆线科线虫在对其进行了形态和分子水平鉴别之后,扩增它们的线粒体全基因组序列,然后对包括这6种线虫在内的29种圆线科线虫的线粒体基因组进行了比较分析,最后以串联的12个蛋白质编码基因序列作为标记,采取BI、ML和MP法构建进化树,探讨这6种线虫与圆线超科线虫间特别是与其它马圆线虫间的亲缘关系。结果显示:形态学和分子生物学鉴定结果一致,6种马圆线虫鉴定正确。长伞杯冠线虫、冠状冠环线虫、细口杯环线虫、拉氏杯口线虫、麦氏副杯口线虫和无齿圆形线虫线粒体全基因组序列的全长分别为13803 bp、13865 bp、13853 bp、13804 bp、13815 bp和14765bp,均由12个蛋白质编码基因,22个t RNAs,2个r RNAs组成,除无齿圆形线虫有3个非编码区外,其它盅口亚科5种线虫均含有2个非编码区,全部基因均在同一条链中,并且转录方向一致。6种线虫线粒体全基因组AT碱基含量均偏高,分别为75.59%、75.43%、75.36%、74.65%、75.20%和78.15%。29种马圆线虫间比较分析发现,线粒体全基因组核苷酸序列的相似性在76.20～98.20%之间,盅口亚科线虫间的相似性为82.3～98.2%,圆线亚科线虫间的相似性为76.6～96.2%,特别值得注意的是,三齿属线虫与盅口亚科线虫线粒体全基因组序列的相似性高于同亚科的圆形属线虫。进化分析结果显示杯冠属的微小杯冠线虫和冠环属的冠状冠环线虫都不在各自属的分支内,且距离较远,因此杯冠属和冠环属应为复系;麦氏副杯口线虫与拉氏杯口线虫在同一分支内,较同属的异齿杯口线虫亲缘关系更近;三齿属线虫在盅口亚科线虫的分支内,与盅口亚科的亲缘关系较圆线亚科中的圆形属线虫更近。本研究首次获得了长伞杯冠线虫、冠状冠环线虫、细口杯环线虫、拉氏杯口线虫、麦氏副杯口线虫和无齿圆形线虫6种马圆线虫的线粒体全基因组序列,通过对马圆线虫线粒体基因组的序列比较及进化分析,发现三齿属线虫与盅口亚科之间的关系要比圆线属线虫更近,支持三齿属应隶属于盅口亚科这一假说。本研究为马圆线虫的分子分类、群体遗传和进化分析研究提供基础资料。

关键词：线粒体全基因组马圆线虫圆线亚科盅口亚科比较分析进化关系马

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地山雀、黄腹山雀和红头长尾山雀线粒体全基因组序列测定和分析

地山雀、黄腹山雀和红头长尾山雀线粒体全基因组序列测定和分析

引用

作者：杨超陕西师范大学

学位级别：硕士

基于长距PCR扩增及保守引物步移法测定并注释了地山雀(Pseudopodoces humilis)、黄腹山雀(Parus venustulus)和红头长尾山雀(Aegithalos concinnus)线粒体全基因组序列,并联合GenBank已收录的鸟类线粒体全基因组的数据和本室已测5种雀... 详细信息

基于长距PCR扩增及保守引物步移法测定并注释了地山雀(Pseudopodoces humilis)、黄腹山雀(Parus venustulus)和红头长尾山雀(Aegithalos concinnus)线粒体全基因组序列,并联合GenBank已收录的鸟类线粒体全基因组的数据和本室已测5种雀形目鸟类,以线粒体蛋白质编码基因作为分子标记,研究了雀形目鸟类的系统发育关系,并探讨不同数据集对系统发育关系的有效性。主要结果如下： 1、地山雀、黄腹山雀和红头长尾山雀线粒体全基因组长度分别为16809 bp、16780 bp和17926 bp；均编码13个蛋白质基因(COⅠ-Ⅲ、Cyt b、ATP8、ATP6、ND1-4和(ND4L),22个tRNA基因,2个rRNA和1-2个A+T富集区,其中地山雀与黄腹山雀为一个A+T富集区,而红头长尾山雀则含有两个A+T富集区。 2、3种鸟类线粒体全基因组的碱基组成A+T偏向性无明显统计学差异。其中,红头长尾山雀A+T偏向性程度最高,A+T含量为54.1%,黄腹山雀最低,A+T含量为52%,地山雀居中,为52.9%。 3、3种鸟类起始密码子方面：除地山雀和红头长尾山雀的COⅠ基因起始密码子为GTG外,3种鸟类的其余蛋白编码基因起始密码子均为典型的ATG；终止密码子方面：除COⅢ和ND4基因为不完全的终止密码子T外,其他蛋白编码基因均为完整的终止密码子,并且为典型的鸟类终止密码子TAA,AGG,AGA和TAG。 4、3种鸟类的tRNASer(AGN)基因均缺失DHU臂,其余均能形成典型三叶草型二级结构。3种鸟的tRNA二级结构中均有一定数目碱基错配的现象发生,大部分为G-U错配。 5、3和鸟的srRNA和lrRNA基因全序列的二级结构预测发现,rRNA的二级结构十分保守：srRNA二级结构均包含四个结构域,47个茎区；lrRNA二级结构均包含六个结构域,60个茎区。 6、对17种鸟类线粒体ND3基因序列174位点进行了比对分析研究,发现13种雀形目鸟类线粒体ND3基因174位点处均无碱基胞嘧啶的插入。 7、确定了13种雀形目鸟类的AT富集区的中央保守区,同时对CSB-1结构域进行了分析,发现雀形目鸟类控制区CSB-1结构域较红原鸡相比均多出一段长度为18-20bp的插入序列。 8、将线粒体全基因组中蛋白质编码基因分成3个数据集对雀形目鸟类进行了系统发育分析：所得结果支持将鸟类分成鸣禽亚目和亚鸣禽亚目两大类；支持将鸣禽亚目划分成鸦小目和雀小目；支持将长尾山雀属单列为科；确定莺总科并非为单系；建议将琴鸟科归为鸣禽亚目的鸦小目；验证地山雀并非与鸦科亲缘关系较近。

关键词：地山雀黄腹山雀红头长尾山雀线粒体全基因组雀形目系统发育分析

来源：评论

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单环刺螠线粒体全基因组及其系统发生研究

单环刺螠线粒体全基因组及其系统发生研究

引用

作者：吴志刚中国科学院海洋研究所

学位级别：硕士

在分子系统发生学研究中，因为线粒体基因组相对于其他分子标记具有明显的优越性，所以线粒体基因组已经逐渐成为一个研究后生动物系统发生的基本工具。螠虫动物大约有150多种，因为它体节不分节，具有真体腔的和两边对称的特性，所以... 详细信息

在分子系统发生学研究中，因为线粒体基因组相对于其他分子标记具有明显的优越性，所以线粒体基因组已经逐渐成为一个研究后生动物系统发生的基本工具。螠虫动物大约有150多种，因为它体节不分节，具有真体腔的和两边对称的特性，所以在传统分类学上，人们把螠虫动物归类为一个独立的门。然而，螠虫动物和环节动物门的关系一直以来存在着很多的争议。越来越多的形态学和分子数据证明，我们应该重新考虑螠虫动物门的独立地位的合理性，因为大量包括形态和分子方面的证据都表明螠虫动物门很有可能起源于类似环节动物的祖先。本研究利用线粒体基因组作为系统发生研究的工具，对这个问题进行了进一步的探索研究。我们对一种螠虫动物代表种--单环刺蜢(Urechis unicinctus)的线粒体全基因组序列进行测定，单环刺蜢线粒体基因组DNA的总长度为1.5，761 bp，A+T含量为61.9％，包含13个蛋白质编码基因，22个tRNA基因，2个核糖体RNA基因，1个长度为923 bp的非编码区，37个基因都编码在同一条链上。基因顺序排列和基于氨基酸序列构建的系统发生树两方面的证据都支持：螠虫动物可能起源于环节动物。

关键词：单环刺螠蜢虫动物门环节动物门系统基因组学线粒体全基因组系统发生树分子标记

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中国寄蝇科（双翅目）DNA条形码及线粒体全基因组研究

中国寄蝇科（双翅目）DNA条形码及线粒体全基因组研究

引用

作者：李新沈阳师范大学

学位级别：硕士

寄蝇科(Tachinidae)昆虫是双翅目物种多样性最大的科之一,目前国际最新分类系统记录世界寄蝇科有4亚科58族1500属约8500个有效种,中国记录有4亚科42族285属1253种,占全世界属、种的19.00%,14.74%。寄蝇科内物种多样性高,外部形态复杂性... 详细信息

寄蝇科(Tachinidae)昆虫是双翅目物种多样性最大的科之一,目前国际最新分类系统记录世界寄蝇科有4亚科58族1500属约8500个有效种,中国记录有4亚科42族285属1253种,占全世界属、种的19.00%,14.74%。寄蝇科内物种多样性高,外部形态复杂性和趋同现象使得寄蝇科昆虫鉴定困难,而且重复性鉴定工作量巨大。DNA条形码物种鉴定利用COI前段658 bp长度的标准目的基因进行快速的物种鉴定,其原理是假设物种内部遗传距离差异远小于物种间的遗传差异,依据遗传距离的不同进行物种的快速区分。本研究提取了143头中国寄蝇科昆虫的核酸序列,经PCR实验和筛选后,最终获得74形态种108条序列。使用8种方法(NJ树、jMOTU、ABGD、TaxonDNA、bPTP、BarcodingR、GMYC、BLOG)进行DNA条形码技术在寄蝇科昆虫快速鉴定的适用性研究,并构建寄蝇科DNA条形码数据库。各DNA条形码鉴定程序鉴定结果如下:jMOTU鉴定成功率为94.44%;ABGD为91.67%;SpeciesIdentifier中Best Match/Best Close Match/Cluster为98.03%,94.11%,81.48%;bPTP为79.63%;BarcodingR中的Bayesian、fuzzyId、bpNewTraining分别为96.55%,86.21%,89.66%;GMYC为89.81%;BLOG为73.68%。分析结果表明:DNA条形码技术在寄蝇科中的鉴定成功率高,但在一些物种中存在鉴定模糊的问题,仍需要进行少量的人工辅助鉴定。从鉴定结果来看,TaxonDNA中的Best Match方法鉴定成功率98.03%为最高,BarcodingR中的Bayesian方法鉴定成功率为96.55%。推荐使用这两种软件进行寄蝇科DNA条形码的分析研究和物种快速鉴定,而且前者操作难度更低。构建的数据库很好的鉴定出本实验涉及的寄蝇科昆虫,说明了数据库的有效性,为日后的研究提供实践基础。测定并注释了首个突颜寄蝇亚科线粒体全基因组代表种圆腹异突颜寄蝇Ectophasia rotundiventris(Loew,1858),序列全长(不含控制区)为14,843bp,包含37个基因;构建圆腹异突颜寄蝇以及包括丽蝇科的丝光绿蝇Lucilia sericata和麻蝇科的肥须麻蝇Sarcophaga crassipalpis作为外群共7种线粒体全基因组数据的NJ和ML方法的系统发育树,支持寄蝇科Tachinidae和追寄蝇亚科Exoristinae的单系性;突颜寄蝇亚科Phasiinae作为基部分支,与长足寄蝇亚科和追寄蝇亚科(Dexiinae+Exoristinae)为姊妹群。

关键词： COI分子鉴定遗传距离阈值线粒体全基因组系统发育

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马五种盅口亚科线虫线粒体全基因组比较与进化分析

马五种盅口亚科线虫线粒体全基因组比较与进化分析

引用

作者：高远黑龙江八一农垦大学

学位级别：硕士

马的盅口亚科线虫是马属动物大肠内重要的寄生虫,隶属于圆线科。当虫体大量寄生时会导致宿主贫血、被毛粗乱、消瘦、腹泻,严重者甚至会造成死亡,给养马业带来较为严重的损失。该类线虫以种类多、寄生数量大为特征,而这类线虫的分类一直... 详细信息

马的盅口亚科线虫是马属动物大肠内重要的寄生虫,隶属于圆线科。当虫体大量寄生时会导致宿主贫血、被毛粗乱、消瘦、腹泻,严重者甚至会造成死亡,给养马业带来较为严重的损失。该类线虫以种类多、寄生数量大为特征,而这类线虫的分类一直以来都有所争议。目前,国内外学者对盅口亚科线虫的研究主要集中在形态学、流行病学及疾病防控等方面,对于该类线虫的线粒体全基因组、遗传进化、亲缘关系的研究还是相对较少。因此,本研究的目的是对马的五种盅口亚科线虫(蝶状盅口线虫、碗形盅口线虫、鼻状杯环线虫、异齿盆口线虫、微小杯冠线虫)进行形态学和分子生物学鉴定,然后扩增其线粒体基因组,对线粒体基因组进行比较分析和进化分析,构建进化树,探讨盅口亚科线虫与其他线虫的亲缘关系。本研究中的蝶状盅口线虫、碗形盅口线虫、鼻状杯环线虫、微小杯冠线虫和异齿盆口线虫形态学特征均与文献资料描述相符,五种线虫的核糖体内转录间隔区(ITS)序列分别与Gen Bank上已发表相应线虫的ITS序列比较,同源性分别为99.9%、99.6%、99.8%、99.7%和99.2%,通过形态学和分子生物学方法准确地鉴定了五种线虫。扩增获得蝶状盅口线虫、碗形盅口线虫、鼻状杯环线虫、微小杯冠线虫和异齿盆口线虫的线粒体基因组全长分别为13822 bp、13838 bp、13846 bp、13826 bp和13817 bp,均包含了12个蛋白质编码基因,22个t RNA,2个r RNA和2个非编码区,所有基因均在同一条链上且转录方向相同。五种线虫线粒体全基因组的AT含量明显偏高,分别为75.70%(蝶状盅口线虫)、76.12%(碗形盅口线虫)、74.74%(鼻状杯环线虫)、76.77%(微小杯冠线虫)和74.65%(异齿盆口线虫)。五种线虫线粒体基因组核苷酸序列同源性变化为84.1～95.1%,其中碗形盅口线虫和蝶状盅口线虫的同源性最高,蝶状盅口线虫和异齿盆口线虫同源性最低,三种三齿属线虫与盅口亚科线虫同源性高于同一亚科的马圆线虫。同时也发现目前圆线超科已获得线粒体基因组的20种线虫的基因排列顺序完全相同。以串联的12个蛋白质编码基因作为基因标记重新构建盅口亚科线虫与其他线虫之间的进化关系结果显示三齿属线虫与盅口亚科线虫的进化关系较近,而与同一亚科的马圆线虫亲缘关系较远,进一步验证了三齿属线虫应归属于盅口亚科的假说。本研究首次获得了蝶状盅口线虫、碗形盅口线虫、鼻状杯环线虫、微小杯冠线虫和异齿盆口线虫的线粒体全基因,通过比较分析发现目前已获得的20种圆线超科线虫的线粒体全基因组基因排列完全一致,且基于线粒体基因组进一步验证了三齿属线虫应归属于盅口亚科的假说。本研究不仅丰富了线虫线粒体数据库,也为今后圆线科线虫系统发生学、分子分类学等研究提供了有效的基因标记。

关键词：线粒体全基因组圆线虫盅口亚科比较分析进化关系马

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新疆额尔齐斯河北极茴鱼线粒体全基因组测定及遗传多样性分析

新疆额尔齐斯河北极茴鱼线粒体全基因组测定及遗传多样性分析

引用

作者：林小婉哈尔滨师范大学

学位级别：硕士

本研究通过二代测序技术获得北极茴鱼线粒体全基因组序列并分析;采用线粒体DNA Cyt b基因以及D-loop控制区为分子标记分析北极茴鱼遗传多样性。1.北极茴鱼线粒体全基因组分析:北极茴鱼线粒体全基因组序列长度为1 6660 bp,其基因组组成为... 详细信息

本研究通过二代测序技术获得北极茴鱼线粒体全基因组序列并分析;采用线粒体DNA Cyt b基因以及D-loop控制区为分子标记分析北极茴鱼遗传多样性。1.北极茴鱼线粒体全基因组分析:北极茴鱼线粒体全基因组序列长度为1 6660 bp,其基因组组成为2个rRNA基因、13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因以及一个非编码控制区（D-loop区）,基因组碱基含量分别为:A（28.0%）、T（27.1%）、C（27.5%）、G（17.4%）。除Nad6以及8个tRNA基因(tRNA-Gln、tRNA-Ala、tRNA-Asn、tRNA-Cys、tRNA-Ser TGA、tRNA-Glu和tRNA-Pro)位于L链上,其余26个编码基因均位于H链上;13个蛋白质编码基因,除Cox1基因起始密码子为“GTG”外,其余12个均为“ATG”;终止密码子包括“TAG”、“TAA”和“T”。22个tRNA除tRNA-Arg多一组茎环结构外其余均为典型三叶草结构。在D-loop区,识别出长度为310 bp的终止区序列,因未识别出CSB-E和CBS 1无法定位出中央保守区和保守序列区。通过茴鱼亚科9种茴鱼鱼类线粒体基因组序列,构建M-L进化树,结果揭示了北极茴鱼在茴鱼亚科中的进化地位,并为其他鲑形目进行系统发育分析提供相应依据。2.北极茴鱼遗传多样性分析:获得Cyt b基因、D-loop控制区序列以及二者联合序列长度分别为1 105bp,1 072bp和2 177bp。结果显示,10个群体的Cyt b基因、D-loop控制区以及二者联合序列单倍型多样性分别为0.000～0.925,核苷酸多样为0.00000～0.00190,均为高单倍型多样性（Hd）与低核苷酸多样（π）;根据单倍型网络图结果显示,Cyt b基因获得的单倍型中未发现单倍型分布与地理群体间形成明显的对应关系,在D-loop控制区和联系序列分析中发现上游群体（喀拉额尔齐斯河、卡伊尔特河）以克兰河为界不与下游群体有共享单倍型,单倍型间形成了特定的地理位置对应关系;D-loop序列与其和Cyt b基因的联合序列显示,上游群体与下游群体间Nm分别为0.67474和0.6195,各个水系群体间基因流动存在障碍;根据3个序列的分子方差分析（AMOVA）显示遗传变异主要来源于种群间,群体间呈高度遗传分化水平;中性检验Tajima’s D值与Fu’s FS值结果均不显著,表明种群未发生过扩张;不配对分布显示SSD、Hir值均偏离种群扩张模型,同时核苷酸错配分布图显示观测值与期望值不拟合,有多峰存在,表明种群没有经历过扩张现象。基于以上研究结果,推测北极茴鱼单倍型分布与地理群体间形成明显的对应关系可能是由于地理隔离导致短时间内种群间基因交流减少造成的,并且与北极茴鱼有限的扩散行为与很强的繁殖洄游特性以及对生境的选择要求较高相关。

关键词：北极茴鱼线粒体全基因组遗传多样性额尔齐斯河

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