检索结果-内蒙古大学图书馆

海洋科学 2013年第1期37卷 62-69页

作者：廖杰王中铎郭昱嵩刘楚吾广东海洋大学水产学院南海水产经济动物增养殖广东普通高校重点实验室广东湛江524025

利用常规PCR未纯化产物直接测序的方法,获得紫红笛鲷(Lutjanus argentimaculatus)全长为16 543 bp线粒体DNA全序列,GenBank登录号为JN182927。结合GenBank中的已有数据比较分析表明:紫红笛鲷与笛鲷属(Lutjanus)线粒体基因组成基本一致,... 详细信息

利用常规PCR未纯化产物直接测序的方法,获得紫红笛鲷(Lutjanus argentimaculatus)全长为16 543 bp线粒体DNA全序列,GenBank登录号为JN182927。结合GenBank中的已有数据比较分析表明:紫红笛鲷与笛鲷属(Lutjanus)线粒体基因组成基本一致,符合脊椎动物的特征,各基因间进化速率差异显著;13个蛋白编码基因拼接序列贝叶斯建树的后验率显著高于单基因或全序列,更适用于笛鲷属的贝叶斯法系统分化分析和年代推断;13个蛋白编码基因及其拼接序列进行的系统进化分析均支持紫红笛鲷与勒氏笛鲷(Lutjanus russellii)及海鸡母笛鲷(Lutjanus rivulatus)亲缘关系较近;基于13个蛋白编码基因拼接序列的贝叶斯松散分子钟推算出笛鲷属鱼类两个主要支系大约在61.5Ma前古新世的达宁阶与蒙蒂阶交界时期发生分化。

关键词：紫红笛鲷(Lutjanus rivulatus) 线粒体全序列贝叶斯分析松散分子钟笛鲷属鱼类

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基于形态学与线粒体全序列的短蛸(Amphioctopus fangsiao)隐存种研究

基于形态学与线粒体全序列的短蛸(Amphioctopus fangsiao)隐存种...

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作者：张晓英中国海洋大学

学位级别：硕士

短蛸(Amphioctopusfangsiao(d’Orbigny,1839-1841))隶属软体动物门(Mollusca)、头足纲(Cephalopoda)、八腕目(Octopoda)、蛸科(Octopodidae)、拟蛸属(Amphioctopus)，由于身体柔软，体色体型多变，经固定处理后重要的形态特征不明显甚至消失，缺乏稳定的量化特征等原因，存在同物异名或异物同名现象。本文采用形态学和DNA条形码技术对其进行鉴定并厘清分类地位。同时，获取拟蛸属物种的线粒体全序列，探讨系统进化关系。实验结果如下：　　与短蛸形态学比较，隐存种形态结果：胴背长50-60mm，体重37-143g;外侧漏斗占胴背长的36-48%;漏斗器“W”型，侧臂长度占中臂长度的86%;短腕型，腕长为其自身胴背长的2.43-3.15倍，腕式一般为3gt;4gt;2gt;1;雄性右3腕茎化，交接器占茎化腕长度的6%;腕间膜式一般为Cgt;Dgt;Bgt;Egt;A。体表粗糙，有颗粒状突起，棕色或浅棕色，两眼间具斑、较体色浅，呈近三角形或新月形;第2与第3对腕基部各具一个金环(又称假眼)、较眼大;腕上各具一列较体色浅的斑，吸盘边缘具金属光泽的环;胴背部不具有纵向黑色条纹，个别具纵向排列的黑色条斑;具墨囊和肛门瓣;大型卵、卵长6mm，精荚长32.5mm。茎化腕上吸盘数与胴长比值为1.32-1.54，假眼环宽度0.9-1.5mm，假眼环外径与胴长比为0.05-0.14。　　获得短蛸线粒体cox1，cytb，16S，12S等4个基因序列片段，共1971bp。短蛸与隐存种存在64-74bp差异。cox1基因片段中，短蛸“T”含量低于隐存种，前者“T”含量为39-39.5%，后者为42.6-43.5%;前者“C”含量稍高于后组，分别为19.0-19.2%和17.9-18.2%。短蛸与隐存种的遗传距离在0.036-0.037之间，远高于各自内部遗传距离(短蛸个体间为0-0.001，隐存种个体间为0-0.008)。单倍型分析显示两者存在明显不同，其中短蛸共享2个单倍型，隐存种共享4个单倍型。根据贝叶斯树及ML树，短蛸和隐存种各聚为一群，且支持度较高(贝叶斯树后验概率为0.62-1，ML树置信度为70-97)。4个基因序列均可作为鉴定和区分短蛸和隐存种的DNA条形码。追溯短蛸命名历史，并结合形态学和DNA条形码结果，将隐存种确定为Amphioctopusfangsiaoetchuanus(Sasaki,1929)。　　进而，对拟蛸属短蛸***、隐存种***、砂蛸***进行线粒体全序列测定。短蛸全序列长15691bp，蛋白编码基因中只有nad4基因以ATA作为起始密码子，其余12个基因以ATG作为起始密码子;10个基因以TAA(UAA)作为终止密码子，3个基因以TAG(UAG)作为终止密码子。共编码557个亮氨酸(L)，除终止密码子外，仅编码52个精氨酸(R)。短蛸主要非编码区长705bp，占全长的4.49%，其中含有2组串联重复序列一组为“TA”重复，拷贝数为13.5;另外一组是“AATT-ATATTAATTA”，拷贝数为4。隐存种线粒体全序列长15957bp，编码的基因数、位置及类型与短蛸相同。与短蛸不同的是10个基因(以ATA作为起始密码子，3个基因以ATG作为起始密码子;9个基因以TAA(UAA)作为终止密码子，4个基因以TAG(UAG)作为终止密码子。共编码572个亮氨酸(L)，除终止密码子外，仅编码51个精氨酸(R)。隐存种全序列中含有6组串联重复序列，其中4组位于主要非编码区(1003bp)内，其中最长一组为拷贝数是4.9的长度为80bp富含AT的序列。砂蛸线粒体全序列长为15545bp，10个基因以ATA作为起始密码子，3个基因以ATG作为起始密码子;10个基因以TAA(UAA)作为终止密码子，3个基因以TAG(UAG)作为终止密码子。主要非编码区长600bp，占砂蛸线粒体基因全长的3.9%，AT含量为79.5%，全序列中存在4组串联重复序列，序列长度在15bp-38bp之间，AT含量高，有碱基替换及缺失的情况出现。　　基于已知全序列的41种头足类的线粒体全序列构建贝叶斯及ML系统发生树分析发现：1.短蛸与隐存种的亲缘关系较二者与砂蛸更近;2.拟蛸属聚为一支，为单系发生;3.八腕目和鞘亚纲均为单系发生。

关键词：短蛸隐存种形态学线粒体全序列

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基于线粒体全序列和19个核基因序列数据探讨三线闭壳龟复合种的种间关系

基于线粒体全序列和19个核基因序列数据探讨三线闭壳龟复合种的种...

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作者：汪暠安徽师范大学

学位级别：硕士

三线闭壳龟复合种(Cuora trifasciata Complex)包含3个外形上较为相似的物种:三线闭壳龟(Cuora trifasciata)、金头闭壳龟(Cuora aurocapitata)和潘氏闭壳龟(Cuora pani)。它们均分布于中国境内(越南可能有三线闭壳龟的分布,但未得到公... 详细信息

三线闭壳龟复合种(Cuora trifasciata Complex)包含3个外形上较为相似的物种:三线闭壳龟(Cuora trifasciata)、金头闭壳龟(Cuora aurocapitata)和潘氏闭壳龟(Cuora pani)。它们均分布于中国境内(越南可能有三线闭壳龟的分布,但未得到公认)。由于自然环境的变迁和人为因素的干扰,目前已导致这3个物种均濒临野生灭绝,因而被列为《濒危动物红色名录》极度濒危物种(IUCN,2012)。迄今,学者们虽通过形态学、少量线粒体和部分核基因的序列数据对三线闭壳龟复合种的种间关系进行过一些研究,但仍存在较多的争议,需要用更多的数据进行补充研究,以进一步阐明。\n 本研究采用PCR和LA-PCR技术,测序了三线闭壳龟的线粒体基因组全序列,结合本实验室之前测得的金头闭壳龟、潘氏闭壳龟的线粒体基因组全序列,比较分析了三线闭壳龟复合种的线粒体基因组DNA信息,结果显示:三线闭壳龟、金头闭壳龟和潘氏闭壳龟线粒体基因组全序列分别为16633bp( GenBank登录号为KC543355)、16890bp(AY874540)和16922bp(GQ889364)。均含有13个蛋白编码基因、2个rRNA和22个tRNA及1个非编码控制区(Control region,CR)。三种龟线粒体基因组的基因排列顺序完全一致,具有典型的脊椎动物线粒体基因组基因排列特征。其中,nd6蛋白编码基因由L链编码,其余12个蛋白编码基因均由H链编码;2个rRNA均由H链编码;tRNAPro、tRNAGlu、tRNASer(UCA)、tRNATyr、tRNACys、tRNAAsn、tRNAAla、tRNAGln8个tRNA基因由L链编码,其余14个基因均由H链编码。\n 比较分析三种龟线粒体基因组控制区(CR)的结构特征显示:三种龟的CR区均位于tRNApro和tRNAphe之间,长度分别为1113bp、1379bp和1402bp;均含有终止相关序列( termination associated sequence, TAS)、中央保守区(central conserved sequence block, CD)和保守序列区(conserved sequence blocks, CSB);在3’末端还含有可变数目串联重复序列(variable number of tandem repeats, VNTR),也称微卫星(microsatellites)序列。三种龟共有3种类型的 VNTR(TATTA、TATTATAT和 TA)。其中,三线闭壳龟含有 TATTA和TA两种,分别重复42次和7次;金头闭壳龟和潘氏闭壳龟都含有TATTATAT和TA两种相同类型,分别重复48次、64次和5次、2次。因为有相同类型的VNTR,推测金头闭壳龟和潘氏闭壳龟有更近的亲缘关系;从基序类型的变异看,TATTATAT和TA可能是由三线闭壳龟的TATTA复制为TATTATATTA再进行删减而得到,推测三线闭壳龟有着更早的起源。本文基于线粒体全序列数据计算了三线闭壳龟复合种及其近缘闭壳龟物种和外群(里海拟水龟(Mauremys caspica)、乌龟(Mauremys reevesii))的遗传距离,结果显示在三线闭壳龟复合种中,金头闭壳龟和潘氏闭壳龟的遗传距离0.01109明显小于它们与三线闭壳龟的遗传距离0.03828和0.03005。本研究还测序了三线闭壳龟复合种及其他6种闭壳龟类物种的16个核基因序列,它们分别是 RAG-1、RAG-2、REELIN、R35、GAPDH、C-mos、HNF-1ɑ、BDNF、ADNP、AHR、FSTL5、NGF、PAX1P1、ZEB2、CLOCK和TRAF基因,并结合NCBI上的BMP2、HMGB2和P26S4基因,合并比对19个核基因序列数据,获得的联合数据长为16639bp,其中可变位点1693bp,简约信息位点287bp。基于19个核基因中的8个内含子联合序列数据计算了11个物种的遗传距离,结果显示金头闭壳龟和潘氏闭壳龟的遗传距离0.00449小于黄额闭壳龟两亚种布氏闭壳龟和图画闭壳龟的遗传距离0.00591,推测金头闭壳龟和潘氏闭壳龟为亚种水平的分化。用里海拟水龟(M. caspica)和乌龟(M. reevesii)作为外群,基于线粒体全序列、8个核基因内含子序列以及线粒体全序列和19个核基因的联合序列数据,采用最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)构建系统发育树。两种方法构建的三线闭壳龟复合种的拓扑结构一致,金头闭壳龟和潘氏闭壳龟亲缘关系更近,它们组成的姐妹群(支持率为100%)与三线闭壳龟聚为姐妹群(支持率为100%)。金头闭壳龟和潘氏闭壳龟分化的节点晚于黄额闭壳龟两亚种布氏闭壳龟和图画

关键词：线粒体全序列 19个核基因序列三线闭壳龟种间关系

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基于EMPOP数据库线粒体全序列视角下的遗传特征点分析

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中国法医学杂志 2021年第4期36卷 382-387页

作者：缪磊张驰高悦冯耀森康克莱骆继怀吴浩王乐昆明医科大学法医学院云南昆明650500 现场物证溯源技术国家工程实验室法医遗传学公安部重点实验室公安部物证鉴定中心北京100038 兰州市公安局刑事科学技术研究所甘肃兰州730030

目的在线粒体全序列视角下,统计梳理包括中国汉族在内的不同人群遗传特征点(以下简称特征点)的分布规律,以支撑线粒体全序列测序的法医学应用。方法收集EMPOP数据库中已公开发表的线粒体全序列数据,对4个国家的不同人群(n=1 665)和2个... 详细信息

目的在线粒体全序列视角下,统计梳理包括中国汉族在内的不同人群遗传特征点(以下简称特征点)的分布规律,以支撑线粒体全序列测序的法医学应用。方法收集EMPOP数据库中已公开发表的线粒体全序列数据,对4个国家的不同人群(n=1 665)和2个地区的中国汉族人群(n=301)所含有的特征点和点异质性进行统计分析,并比较不同个体之间的数据差异。结果在4个国家的不同人群(n=1 665)中,线粒体全序列特征点数量为非编码控制区(non-coding control region,CR)特征点数量的3.58倍,线粒体全序列点异质性在人群中的发生率为19.88%;在2个地区的中国汉族人群(n=301)中,线粒体全序列特征点数量为CR特征点数量的3.72倍,线粒体全序列点异质性在人群中的发生率为17.28%,不同个体间线粒体全序列的特征点差异平均值为38.16±10.58,CR的特征点差异平均值为11.70±3.63。结论线粒体全序列测序能显著增加特征点和点异质性的检测数量,提供更加丰富的基因信息。本文的研究结果可为基于二代测序(next generation sequencing,NGS)的法庭科学线粒体DNA全序列鉴定标准或办案方法的制定、母系家族排查的实战应用等提供参考。

关键词：法医物证学线粒体全序列特征点点异质性统计分析

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黄嘴白鹭线粒体全序列DNA的扩增引物

黄嘴白鹭线粒体全序列DNA的扩增引物

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中国动物学会鸟类学分会第九届学术研讨会

作者：周晓平陈小麟厦门大学生命科学学院 361005

黄嘴白鹭(Egretta eulophotes)是全球濒危的鸟类之一。本文设计了一系列引物用于PCR扩增黄嘴白鹭的线粒体全序列。PCR扩增产物的片段大小大概在1000-2000bp,适合于TA克隆和测序。测序结果通过在GenBank中进行Blast分析比对,确定为线粒... 详细信息

黄嘴白鹭(Egretta eulophotes)是全球濒危的鸟类之一。本文设计了一系列引物用于PCR扩增黄嘴白鹭的线粒体全序列。PCR扩增产物的片段大小大概在1000-2000bp,适合于TA克隆和测序。测序结果通过在GenBank中进行Blast分析比对,确定为线粒体来源,序列拼接后为17579bp的环状分子。应用这套引物也成功地扩增了其它6种鹭科鸟类的线粒体全序列,说明该引物在鹭科大部分鸟类中具有通用性,为进一步应用线粒体DNA研究鹭科鸟类的种群结构和系统发育关系提供了可选择的方法。

关键词：黄嘴白鹭 DNA全序列 TA克隆线粒体全序列鹭科鸟类种群结构扩增引物

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两种缢蛏线粒体基因全序列扩增方法的比较

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生物技术通报 2009年第4期25卷 119-121,134页

作者：郑润玲李家乐牛东红上海海洋大学水产与生命学院上海200090

介绍了应用长PCR技术扩增缢蛏线粒体全序列的两种方法,并进行了比较。一种方法是使用通用引物扩增COI基因和16S基因并测序后,在两基因的两端分别设计两对引物扩增两基因中间的大片段,分别得到了9.7 kb和7.3 kb的扩增产物。另一种方法是... 详细信息

介绍了应用长PCR技术扩增缢蛏线粒体全序列的两种方法,并进行了比较。一种方法是使用通用引物扩增COI基因和16S基因并测序后,在两基因的两端分别设计两对引物扩增两基因中间的大片段,分别得到了9.7 kb和7.3 kb的扩增产物。另一种方法是在COI基因序列两端设计一对引物,扩增整个线粒体全序列,得到了17.1 kb的扩增产物。两种方法在缢蛏的研究中进行比较后发现,前一种方法在操作实用性和后期测序方面都比后者好。

关键词：长PCR 缢蛏线粒体全序列

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高肩金线鲃（Sinocyclocheilus altishoulderus）与滇池金线鲃（Sinocyclocheilus grahami）线粒体DNA全序列比较分析

高肩金线鲃（Sinocyclocheilus altishoulderus）与滇池金线鲃（S...

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作者：王琳云南大学

学位级别：硕士

本研究对高肩金线鲃和滇池金线鲃线粒体DNA全序列进行了测定，统计了线粒体DNA的碱基组成、密码子使用频率，模拟tRNA的二级结构，分析两个物种之间的共同点与差异，并将金线鲃线粒体DNA与鲤(Cyprinuscarpio)、鲫(Carassiusauratusaurat... 详细信息

本研究对高肩金线鲃和滇池金线鲃线粒体DNA全序列进行了测定，统计了线粒体DNA的碱基组成、密码子使用频率，模拟tRNA的二级结构，分析两个物种之间的共同点与差异，并将金线鲃线粒体DNA与鲤(Cyprinuscarpio)、鲫(Carassiusauratusauratus)、鸡(Gallusgallus)和人(Homosapiens)的进行比较，得出以下结果：　　1.高肩金线鲃线粒体基因组总长度为16586bp，滇池金线鲃线粒体总长度为16585bp，它们的长度与鲤科其他鱼类相似。　　2.2种金线鲃的线粒体DNA和其他脊椎动物的一样包含13个蛋白质编码基因，2个rRNA基因、22个tRNA基因和一个主要的非编码区(控制区)。　　3.高肩金线鲃和滇池金线鲃之间的遗传距离为9.67％±0.0027。　　4.在密码子的使用频率上，两个物种有基本相同的偏倚模式，并且和已经研究的其他脊椎动物相同。2种金线鲃蛋白质编码基因起始密码子均相同，终止密码子除ATP8的以外，其他的都相同。　　5.高肩金线鲃和滇池金线鲃线粒体基因中的D-loop区、ND基因、ATP基因和Cytb基因的变异较高，COX基因、rRNA基因和tRNA基因的变异相对较低。

关键词：高肩金线鲃滇池金线鲃线粒体全序列密码子使用碱基组成

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白纹方蟹线粒体基因组全序列测定及方蟹总科比较分析

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水生生物学报 2023年第8期47卷 1237-1247页

作者：韦丽明陈健张莹吕振明龚理浙江海洋大学海洋科学与技术学院海洋生物种质发掘与利用国家地方联合工程研究中心舟山316022

为探讨该总科内部亲缘关系及其与线粒体基因排序之间的相关性,研究以方蟹科(Grapsidae)白纹方蟹(Grapsus albolineatus)为代表种,测定其线粒体基因组全序列。其全长为15577 bp,包含13个蛋白编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因和1个控制... 详细信息

为探讨该总科内部亲缘关系及其与线粒体基因排序之间的相关性,研究以方蟹科(Grapsidae)白纹方蟹(Grapsus albolineatus)为代表种,测定其线粒体基因组全序列。其全长为15577 bp,包含13个蛋白编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因和1个控制区。基因组碱基组成为33.4%A、12.0%G、20.6%C和34.0%T,具有明显的AT偏向性(67.4%)。除ATP8和ND1以GTG作为起始密码子外,其余蛋白编码基因均以ATN作为起始密码子;除COⅡ和Cyt b以T作为不完全终止密码子外,其余基因均以TAN作为终止密码子。亮氨酸(Leu)和半胱氨酸(Cys)分别是使用频率最高(15.28%)和最低(0.81%)的两种密码子。除tRNA-Ser1缺少DHU臂外,其余tRNA均能形成典型的三叶草结构。基于13个蛋白编码基因的核苷酸序列同时构建了方蟹总科的贝叶斯树(BI)和最大似然树(ML),两种方法构建的系统发育树扑拓结构一致,均显示所有方蟹科(Grapsidae)种类聚在一起,其中白纹方蟹与同属的细纹方蟹(***)的亲缘关系最近;相手蟹科(Sesarmidae)与怪方蟹科(Xenograpsidae)形成姐妹群关系后与地蟹科(Gecarcinidae)聚为一支,三者与方蟹科互为姐妹群,弓蟹科(Varunidae)则为相对独立的一支。研究还比较分析了方蟹总科(Grapsoidea)的线粒体基因排序情况,并发现方蟹总科基因重排和系统发育有着明显的相关性。研究系统地阐述了方蟹总科的系统发育关系,为更好地理解基因重排和系统发育之间的关系提供了理论支撑。

关键词：短尾次目方蟹科线粒体全序列基因重排系统进化白纹方蟹

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美姑脊蛇Achalinus meiguensis线粒体基因组全序列及系统发育地位研究

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科学通报 2009年第9期54卷 1250-1261页

作者：王广力何舜平黄松何苗赵尔宓四川大学生命科学学院成都610064 中国科学院水生生物研究所武汉430072 黄山学院生命与环境科学学院黄山245041 中国科学院成都生物研究所成都610041

报道了美姑脊蛇Achalinus meiguensis线粒体基因组全序列.美姑脊蛇线粒体全序列长17239bp,由22个tRNA,2个rRNA和13个蛋白质基因及2个非编码的控制区或D-loop组成,存在着基因重排现象.对已报道蛇类线粒体基因组全序列进行比对分析后,发... 详细信息

报道了美姑脊蛇Achalinus meiguensis线粒体基因组全序列.美姑脊蛇线粒体全序列长17239bp,由22个tRNA,2个rRNA和13个蛋白质基因及2个非编码的控制区或D-loop组成,存在着基因重排现象.对已报道蛇类线粒体基因组全序列进行比对分析后,发现一些蛇类线粒体基因组进化规律:双控制区现象在爬行动物进化历史中独立地发生,有不同的演化历史;tRNA假基因是在真蛇下目(Caenophidia)中进化形成的;TΨC臂的相对较短(一般少于5bp)和缺失"DHU"臂造成蛇类tRNA较短.通过MP和BI分析确定美姑脊蛇系统发育位置应该位于瘰鳞蛇Acrochordus granulatus和其他真蛇下目蛇类之间,而不应该属于游蛇科Colubridae或者眼镜蛇科Elapidae.由于美姑脊蛇与真蛇下目中蝰科Viperidae、游蛇科以及眼镜蛇科之间的单系性都被统计检验拒绝(P<0.01),由此认为美姑脊蛇所在的闪皮蛇亚科(Subfamily,Xenodermatinae)应该提升到科或者更高的分类阶元.依据系统发育统计检验结果,我们选择Bayesian树来进行分歧时间的估算.原蛇下目与真蛇下目的分化时间为109.50Mya;而瘰鳞蛇与其他真蛇下目种类的分化时间为106.18Mya;美姑脊蛇的分化时间在103Mya;蝰科与眼镜蛇科和游蛇科构成的单系群的分化时间发生在96.06Mya.

关键词：美姑脊蛇线粒体全序列系统发育分化时间

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中国三种斗鸡mtDNA全序列测定及与其它类型鸡种的线粒体基因组比较分析

中国三种斗鸡mtDNA全序列测定及与其它类型鸡种的线粒体基因组比...

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作者：于娜云南大学

学位级别：硕士

斗鸡是我国珍贵的家禽品种资源，在我国有较长的驯养历史，主要用于娱乐和观赏。斗鸡在历史的选育过程中就与蛋鸡、肉鸡品种有较大分化，在地方鸡种中独树一帜。长期以来，由于我国斗鸡运动衰落、斗鸡在民间混养及缺乏应有的育种与保种... 详细信息

斗鸡是我国珍贵的家禽品种资源，在我国有较长的驯养历史，主要用于娱乐和观赏。斗鸡在历史的选育过程中就与蛋鸡、肉鸡品种有较大分化，在地方鸡种中独树一帜。长期以来，由于我国斗鸡运动衰落、斗鸡在民间混养及缺乏应有的育种与保种措施，现一些品种已经退化，有的品种甚至濒于灭绝。在目前世界范围的畜禽品种资源日益减少的背景下，深入地对中国斗鸡品种资源的种质特性及其起源分化进行研究，不仅可以阐明中国斗鸡的起源与进化，还可以进一步阐明世界家鸡的起源问题：同时，也为中国斗鸡遗传资源的保存和选育利用提供依据。本研究共测定了中国3个斗鸡品种线粒体全序列，结合已发表肉鸡、蛋鸡、藏鸡、红原鸡的线粒体全序列，共得到8条序列。本文通过对这些序列的分析，对中国三种斗鸡的线粒体基因组结构、特点，斗鸡与肉鸡、蛋鸡、藏鸡的线粒体基因组的遗传差异，系统发育关系等方面进行了研究。得出以下结果： 1．测定中国三种斗鸡线粒体全序列，河南斗鸡、版纳斗鸡、吐鲁番斗鸡mtDNA总长度分别为16785 bp、16784 bp、16784bp。 2．用DnaSP4.0软件对比分析斗鸡、肉鸡、蛋鸡、藏鸡线粒体全序列得出核苷酸多样度为：0.00208。以参考序列为标准，共发生了128个碱基突变，其中有17个碱基的插入，3个碱基缺失，单一突变位点75个，简约信息位点33个，其中转换104个，颠换4个，转换/颠换的比值R位34.6，转换明显高于颠换。蛋白质编码区共发生70个氨基酸突变，其中52个同义突变，18个错义突变。 3．从构建的系统发育树来看，所得的结果是一致的且各支的支持率都较高。6棵系统发育树主要分为两支：一支为河南斗鸡;一支包括红原鸡亚种、版纳斗鸡、吐鲁番斗鸡、藏鸡、白洛克鸡、来航鸡(蛋鸡品系)、来航鸡(非蛋鸡品系)，该支又分为两支：一支包括红原鸡亚种、版纳斗鸡、吐鲁番斗鸡;另一支包括藏鸡、白洛克鸡、来航鸡(蛋鸡品系)、来航鸡(非蛋鸡品系)。 4．从序列比对分析结果来看，在ND3的174位点上有胞苷酸(C)在翻译过程中是不表达的，而是通过RNA自我剪切来恢复基因的功能，从而避免了移码突变导致的ND3基因转译提前终止。可见，斗鸡与斗鸡之间及斗鸡与肉鸡、蛋鸡、藏鸡之间线粒体基因组存在一定的差异;产生了遗传分化。本研究揭示了斗鸡的起源分化地位，进一步证明了家鸡起源于红色原鸡的观点。从母系遗传的角度来说，斗鸡就有一定的种质特性，与肉鸡、藏鸡、蛋鸡线粒体之间存在遗传分化。

关键词：斗鸡遗传资源选育利用鸡品种线粒体全序列

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