检索结果-内蒙古大学图书馆

生命科学研究 2020年第2期24卷 118-126页

作者：李彩霞王元忠王梅媛梁芳张晓东玉溪师范学院化学生物与环境学院中国云南玉溪653100 许昌学院食品与生物工程学院中国河南许昌461000 云南省农业科学院药用植物研究所中国云南昆明650223

为挖掘滇龙胆中调控龙胆苦苷生物合成的bHLH转录因子,使用长春花中调控环烯醚萜生物合成的转录因子bHLH环烯醚萜类合成1(CrBIS1)的基因序列比对滇龙胆转录组数据库,获得一个候选调控基因GrbHLH1,以该序列为基础,采用逆转录多聚酶链式反... 详细信息

为挖掘滇龙胆中调控龙胆苦苷生物合成的bHLH转录因子,使用长春花中调控环烯醚萜生物合成的转录因子bHLH环烯醚萜类合成1(CrBIS1)的基因序列比对滇龙胆转录组数据库,获得一个候选调控基因GrbHLH1,以该序列为基础,采用逆转录多聚酶链式反应(reverse transcription PCR,RT-PCR)技术从滇龙胆幼叶克隆GrbHLH1基因,并对其进行生物信息学分析和组织特异性表达分析。结果表明滇龙胆GrbHLH1基因(GenBank登录号:KF941186.2)的开放阅读框长1104 bp,编码367个氨基酸,主要在叶中表达;GrbHLH1蛋白的相对分子质量为40.60 kD,理论pI为4.82,可能定位于细胞核,无信号肽,亲水、不稳定,主要由α-螺旋(18.53%)和环(70.30%)构成;该蛋白质具有HLH保守结构域,属于IVa型bHLH转录因子,与长春花CrBIS1和CtBIS2蛋白的亲缘关系最近。以上数据表明GrbHLH1基因是龙胆苦苷生物合成的候选调控基因,为进一步研究该基因的调控作用奠定了基础。

关键词：滇龙胆龙胆苦苷 GrbHLH1基因共表达分析基因克隆组织特异性表达分析

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大豆GmSPL3基因家族功能初探

引用

大豆科学 2019年第5期38卷 694-703页

作者：吴艳侯智红程群董利东芦思佳南海洋甘卓然林永波广州大学生命科学学院

为研究大豆中拟南芥(Arabidopsis thaliana)重要开花调控AtSPL3同源基因的作用,本研究利用生物信息学方法分析大豆的RNA-seq基因表达谱数据,对绥农14根、茎、子叶、初生叶、三出复叶、花、生长点、荚、胚和下胚轴10个组织进行GmSPL3基... 详细信息

为研究大豆中拟南芥(Arabidopsis thaliana)重要开花调控AtSPL3同源基因的作用,本研究利用生物信息学方法分析大豆的RNA-seq基因表达谱数据,对绥农14根、茎、子叶、初生叶、三出复叶、花、生长点、荚、胚和下胚轴10个组织进行GmSPL3基因的组织特异性表达分析,并利用CRSPR/Cas9的方法构建大豆GmSPL3基因的四突变体并对比其表型。结果显示:GmSPL3基因在大豆的根、子叶、花和种子中有着明显的表达差异;GmSPL3a在各组织中的表达量都非常低,而GmSPL3(b,c,d)在不同组织中存在明显的组织特异性表达;在GmSPL3基因敲除突变体中研究发现,短日照条件下,spl3abcd突变体表现出叶片变小、节数减少、节间距缩短、株高降低的表型,表明GmSPL3在调控大豆植株形态方面发挥重要功能。

关键词：大豆 SPL 表达谱组织特异性表达分析 CRISPR/Cas9 株高

来源：评论

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牡丹查耳酮合酶基因Ps-CHS1的克隆及其组织特异性表达分析

牡丹查耳酮合酶基因Ps-CHS1的克隆及其组织特异性表达分析

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观赏园艺与西部发展——中国园艺学会观赏园艺专业委员会2010年全国学术年会

作者：周琳王雁彭镇华中国林业科学研究院林业研究所国家林业局林木育种与生物技术重点开放实验室

以牡丹品种‘彩绘'(Paeonia suffruticosa‘Cai Hui')为试材,采用RT-PCR和RACE方法从花瓣中获得了一个牡丹查耳酮合酶(chalcone synthase,CHS)基因cDNA全长序列,命名为Ps-CHS1,GenBank登录号为GQ483511。序列分析结果表明,Ps-CHS1全长1475bp,包含82bp的5′非编码区、208bp的3′非编码区和一个长度为1185bp编码394个氨基酸的开放阅读框。氨基酸序列分析显示该基因编码的蛋白具有CHS家族保守存在的所有功能活性位点和特征多肽序列。序列比对和系统进化分析表明,Ps-CHS1与杨柳科、锦葵科、蔷薇科等植物的CHS亲缘关系较近,相似性达90%以上。荧光定量PCR分析表明,Ps-CHS1在花瓣中的表达量最高,其次是萼片,再次是叶片和雄蕊,在心皮中表达量最低。

关键词：牡丹查耳酮合酶基因荧光定量PCR 组织特异性表达分析

来源：评论

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画眉基因组BAC文库构建及防御素基因解析

画眉基因组BAC文库构建及防御素基因解析

引用

作者：陈辉浙江大学

学位级别：博士

画眉(Hwamei, Garrulax canorus)为鸟类最大的目——雀形目,的一种鸣禽,因其声音婉转悠扬成为中华社区最普遍的笼养鸟类之一。先天性免疫是第一线的免疫防御系统,在体液免疫应答前发挥着重要的作用。鸟类p防御素基因(avian beta-defensi... 详细信息

画眉(Hwamei, Garrulax canorus)为鸟类最大的目——雀形目,的一种鸣禽,因其声音婉转悠扬成为中华社区最普遍的笼养鸟类之一。先天性免疫是第一线的免疫防御系统,在体液免疫应答前发挥着重要的作用。鸟类p防御素基因(avian beta-defensins, AvBDs)是鸟类先天性免疫系统不可分割的重要组成部分。鸟类是动物性致病菌的重要宿主之一,因此对于鸟类防御素系统的研究有助于理解鸟类的免疫防御机制。细菌人工染色体(Bacterial Artificial Chromosomes, BACs)文库广泛应用于物理作图和基因组测序等方面。BAC文库的构建是一项费时费力的工作,相关参数和步骤的改进都会显著提高构建的文库质量,改进后续的基因测序、组装过程，从而降低建库和测序成本。本文中,作者构建了6.23倍基因组覆盖度的画眉Reverse-4D文库,文库由14个超级库,55个亚库所构成,包含约60500个克隆。通过对随机挑选的110个克隆进行分析，发现此文库的平均插入片段大小约为133.8kb。因此对该文库进行筛选,得到任一基因的概率约为99.80%。文库的构建过程中,作者从细胞包埋浓度、电脉参数、连接条件和电转化参数四个方面对文库的构建过程进行了优化。首先,作者对包埋细胞浓度进行了优化,发现最佳包埋浓度约为2.5×108cells/mL;其次,为了减少脉冲场电泳中小分子片段的共迁移作用,作者以三次电泳替代了两次电泳,其中前两次电泳在同一块脉冲场胶中完成,有效地去除了小分子和减少了物理剪切作用,产生了较大的片段用于后续的连接过程；第三,作者将DNA和vector勺比率限制为DNA/vector=1/5-1/10,降低了DNA的用量,有利于减少嵌合体克隆的产生；第四,经过试验,确定了最佳的电转化参数为200ohms,25μF,1.5kV,其延长的电转化时间有利于导入更大的片段。画眉的防御素基因簇由两个BAC克隆拼接而成,BAC44 (SP6B4D3)和BAC55 (SP1-9B6E10),大小分别为165kb和160kb。防御素基因区域的大小约为177kb,包含30个防御素基因,远大于珍珠鸟相对应区域大小(127kb)。研究发现画眉防御素有以下几个主要特征：第一,AvBD1和AvBD3分别复制产生了4个和16个子代基因,不同于已测序鸟类中的串联分布,AvBD1和AvBD3形成镶嵌排布的格局；第二,画眉中没有发现AvBD167β和AvBD14,这个结果与珍珠鸟的研究结果一致,证明这两个基因在雀形目中缺失；第三,除以上基因外的基因为直系同源基因,它们在基因位置、方向上保持了高度的线性关系；第四,重复序列在画眉防御素区域内占有较大比重(22.56%),高于原鸡(17.11%),且其成分与原鸡有较大差异。原鸡中的主要成分为反转录元件的LINEs(占重复序列的86.81%,主要是CR1),而画眉中LINEs仅占39.32%,其它的重复序列主要为LTRs元件(51.85%)；第五,重复序列元件作为进化的代理,直接或间接地引起防御素基因拷贝数的变化,复制过程遵循DDSA模型。广泛分布的重复序列为非同源重组提供了重组位点,而且重复序列改变了染色体构象,可能造成基因组的不稳定性,以利于发生复制事件。荧光原位杂交技术(FISH)实验表明,画眉防御素的两个BAC定位于第三号染色体长臂的末端,染色体末端有利于发生重组,因此可能赋予防御表基因更高的变异性和多态性。画眉防御素的定位和基因组测序鸟类的防御素定位相同,说明了防御素基因位置的保守性。防御素的荧光信号仅定位于一对同源染色体上,这不同于哺乳类(人类和小鼠)中的情况,哺乳类的防御素基因簇散布于四对或五对同源染色体上。组织特异性表达分析实验表明,大部分直系同源基因(AvBD2、AvBD4、 AvBD5、AvBD9、AvBD10、AvBD11和AvBD13)在调查的13个组织样品中呈现广泛的表达。少量直系同源基因(AvBD8和AvBD12)和所有的旁系基因呈现出组织特异性的表达。有趣的是,发生复制的旁系基因主要表达于上下呼吸道、舌和脾,少量表达于其它器官。鉴于呼吸道、舌和脾在气体交换、体温调节、声音和免疫等方面的重要作用,这可能暗示了在进化过程中,旁系基因受到正选择作用,从而产生了一系列的复制过程。此外,AvBD1和AvBD3派生基因的组织特异性表达可能有利于降低呼吸系统的疾病易感性。

关键词： Reverse-4D文库 AvBDs 荧光原位杂交技术组织特异性表达分析重复元件

来源：评论

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香蕉泛素结合酶基因的克隆及其功能初步分析

引用

热带作物学报 2013年第6期34卷 1098-1102页

作者：李羽佳金志强刘菊华贾彩红张建斌王甲水许奕徐碧玉中国热带农业科学院海口实验站海南省香蕉遗传改良重点实验室海南海口570102 中国热带农业科学院热带生物技术研究所海南海口571101

根据香蕉根系均一化全长cDNA文库筛选出一个香蕉泛素结合酶基因的片段通过RACE技术克隆该基因,命名为mauce2。生物信息学分析表明,该基因全长为929 bp,有一个完整的ORF编码148个氨基酸,蛋白分子量为16 505.1 ku,理论等电点为8.41,是一... 详细信息

根据香蕉根系均一化全长cDNA文库筛选出一个香蕉泛素结合酶基因的片段通过RACE技术克隆该基因,命名为mauce2。生物信息学分析表明,该基因全长为929 bp,有一个完整的ORF编码148个氨基酸,蛋白分子量为16 505.1 ku,理论等电点为8.41,是一个碱性氨基酸。与江南卷柏、大豆、苹果、拟南芥的同源性为97.97%、97.30%、96.62%、95.95%。器官特异性表达分析表明,该基因在各器官中均有表达,在花中表达量最高,根次之,叶中表达量最低。

关键词：香蕉泛素结合酶基因克隆实时定量PCR 组织特异性表达分析

来源：评论

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牡丹APETALA2基因PsAP2的克隆及花器官特异性表达分析

牡丹APETALA2基因PsAP2的克隆及花器官特异性表达分析

引用

中国观赏园艺产业与西部开发——中国园艺学会观赏园艺专业委员会2011年学术年会

作者：任磊王雁周琳彭镇华中国林业科学研究院林业研究所国家林业局林木培育重点实验室

以牡丹品种‘玉板白'(Paeonia suffruticosa‘Yu Ban Bai')为试材,采用RT-PCR和RACE方法从花瓣中获得了一个牡丹APETALA2基因cDNA全长,命名为PsAP2,GenBank登录号为HM167511。序列分析结果表明,PsAP2全长2 138 bp,包含47 bp的5... 详细信息

以牡丹品种‘玉板白'(Paeonia suffruticosa‘Yu Ban Bai')为试材,采用RT-PCR和RACE方法从花瓣中获得了一个牡丹APETALA2基因cDNA全长,命名为PsAP2,GenBank登录号为HM167511。序列分析结果表明,PsAP2全长2 138 bp,包含47 bp的5′非编码区、557 bp的3′非编码区和一个长度为1533 bp编码510个氨基酸的开放阅读框。氨基酸序列分析显示该基因属于AP2家族。序列比对和系统进化分析表明,PsAP2与葡萄的亲缘关系最近,相似性达70%以上。相对荧光定量PCR分析表明,PsAP2在心皮中的表达量最高,其次是花瓣,再次是萼片,在雄蕊中表达量最低。

关键词：牡丹 APETALA2 基因克隆组织特异性表达分析

来源：评论

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