检索结果-内蒙古大学图书馆

2015年中国水产学会学术年会

作者：胡欣欣曹建萌卢迈新陈琼陈昆平中国水产科学研究院珠江水产研究所上海海洋大学水产与生命学院

作为补体系统的一员,补体C9是介导膜攻击复合体(membrane attack complex,MAC)在靶细胞表面组装的重要分子,具有成孔功能,是造成靶细胞裂解的有效成分。本研究克隆了尼罗罗非鱼(Oreochromisniloticus)的补体C9基因(On C9),并进行了分析... 详细信息

作为补体系统的一员,补体C9是介导膜攻击复合体(membrane attack complex,MAC)在靶细胞表面组装的重要分子,具有成孔功能,是造成靶细胞裂解的有效成分。本研究克隆了尼罗罗非鱼(Oreochromisniloticus)的补体C9基因(On C9),并进行了分析。结果显示:On C9的c DNA序列全长2492bp,包含1761bp的开放阅读框(open reading frame,ORF),编码586个氨基酸。对其氨基酸序列进行同源性分析表明,On C9与牙鲆(Paralichthysolivaceus)C9氨基酸同源性最高,达73.0%,与其他鱼类C9的同源性介于49.3-71.4%之间。实时荧光定量PCR检测结果表明,On C9基因在所检测的各个组织器官中表达水平有明显差异,在肝脏中表达量最高,其次是肠道、肾脏、鳃、皮肤,在肌肉和脾脏中表达量最低。在无乳链球菌感染鱼体后,肝脏、脾、肾脏等组织中On C9m RNA表达量均有上调。说明尼罗罗非鱼补体C9在应对无乳链球菌的免疫应答中发挥重要功能。

关键词：尼罗罗非鱼补体C9 无乳链球菌组织表达分析

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斜纹夜蛾信息素结合蛋白SlitPBP4的分子克隆、组织表达谱及结合特性分析

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昆虫学报 2018年第6期61卷 657-667页

作者：孙佳斌刘乃勇李双美闫祺董双林南京农业大学植物保护学院农业部作物病虫害监测与防控重点开放实验室南京210095 西南林业大学云南省森林灾害预警与控制重点实验室昆明650224

【目的】鉴定斜纹夜蛾Spodoptera litura新的信息素结合蛋白(pheromone binding protein,PBP)基因,明确其在斜纹夜蛾不同组织中的表达水平并探讨其功能。【方法】基于已报道的烟草天蛾Manduca sexta、家蚕Bombyx mori、君主斑蝶Danaus p... 详细信息

【目的】鉴定斜纹夜蛾Spodoptera litura新的信息素结合蛋白(pheromone binding protein,PBP)基因,明确其在斜纹夜蛾不同组织中的表达水平并探讨其功能。【方法】基于已报道的烟草天蛾Manduca sexta、家蚕Bombyx mori、君主斑蝶Danaus plexippus和庆网蛱蝶Melitaea cinxia 4种非夜蛾科昆虫PBP4同源基因的序列特点及与其他PBP基因在染色体上的相邻关系,通过分析实验室先前克隆到的斜纹夜蛾PBP/GOBP基因序列,克隆斜纹夜蛾PBP4同源基因;通过RT-PCR和q PCR技术测定该基因在斜纹夜蛾雌雄成虫不同组织中的表达水平;利用体外表达和荧光竞争性结合实验测定斜纹夜蛾PBP4蛋白对性信息素组分和植物气味物质的结合能力。【结果】在夜蛾科昆虫斜纹夜蛾中鉴定到首个PBP4基因,命名为Slit PBP4(Gen Bank登录号:MG356847),c DNA编码210个氨基酸,具有N末端信号肽、疏水性气味分子结合域及6个保守半胱氨酸等PBP的典型序列特征,其基因组DNA在保守位置也含有2个内含子;但和已报道的斜纹夜蛾3个PBP相比,PBP4的C末端明显较长。Slit PBP4在雄成虫腹部(生殖系统)极高表达,在雌雄成虫触角及其他组织中仅微弱表达或不表达。荧光竞争性结合实验结果表明,Slit PBP4蛋白与被测定的信息素组分及植物气味物质均没有明显结合能力。【结论】报道了夜蛾科昆虫的首个PBP4基因,该基因可能主要参与雄虫生殖相关的生理过程而非嗅觉功能。

关键词：斜纹夜蛾 SlitPBP4 组织表达分析原核表达荧光竞争结合实验

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牦牛BTG2基因CDS区克隆分析及组织表达研究

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西北农林科技大学学报(自然科学版) 2024年 1-9页

作者：申金伟赵雪路建卫扎老杨树猛梁春年成述儒甘肃农业大学动物科学技术学院中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所甘肃省牦牛繁育工程重点实验室农业农村部青藏高原畜禽遗传育种重点实验室甘肃省甘南藏族自治州合作市农畜产品质量安全检测检验中心甘肃省甘南藏族自治州合作市佐盖多玛乡畜牧站甘肃省甘南藏族自治州畜牧工作站

【目的】克隆牦牛BTG2基因编码区(CDS区),对其进行生物信息学分析和组织表达分析,为后续深入研究牦牛BTG2基因的生物学功能奠定基础。【方法】以美仁牦牛为研究对象,采集其心脏、肝脏、脾脏、肌肉、脂肪和睾丸组织。提取脂肪组织总RNA,... 详细信息

【目的】克隆牦牛BTG2基因编码区(CDS区),对其进行生物信息学分析和组织表达分析,为后续深入研究牦牛BTG2基因的生物学功能奠定基础。【方法】以美仁牦牛为研究对象,采集其心脏、肝脏、脾脏、肌肉、脂肪和睾丸组织。提取脂肪组织总RNA,反转录获得c DNA。PCR克隆牦牛BTG2基因的CDS区,测序后进行生物信息学分析。利用RT-q PCR技术,分析BTG2基因在心脏、肝脏、脾脏、肌肉、脂肪和睾丸组织中的表达水平。【结果】牦牛BTG2基因的CDS区全长453 bp,共编码150个氨基酸;BTG2蛋白的分子式为C748H1190N208O213S8,分子质量为16 761.42 ku,原子总数为2 367个;不稳定性指数为48.51,是不稳定蛋白;理论等电点为9.14;主要分布于细胞核(占56.5%)和线粒体(占26.1%);氨基酸序列的1～108位有1个BTG1域;总平均亲水系数为-0.123,是亲水蛋白;共有15个磷酸化位点;二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主;无跨膜结构且无信号肽区域;与10个蛋白存在互作关系。系统进化分析结果显示,美仁牦牛与野牦牛亲缘关系最近,与间蜂猴亲缘关系最远。RT-q PCR结果显示,BTG2在成年公牦牛的心脏、肝脏、脾脏、肌肉、脂肪和睾丸组织中均有表达,其中在脂肪组织和脾脏组织中表达水平较高,在肌肉和睾丸组织中表达水平较低。【结论】克隆了牦牛BTG2基因,对其进行了生物信息学分析,明确了其组织表达情况。

关键词：美仁牦牛 BTG2基因生物信息学分析组织表达分析系统进化

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西藏牦牛ELOVL6基因的克隆、生物信息学及组织表达量分析

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黑龙江畜牧兽医 2022年第18期 130-135,140,145页

作者：任稳稳郑青波黄纯王兴东阎萍梁春年西北民族大学生命科学与工程学院兰州730030 中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所甘肃省牦牛繁育工程重点实验室兰州730020 农业农村部青藏高原畜禽遗传育种重点实验室兰州730050

为探究西藏牦牛ELOVL6基因的结构与功能,试验采用PCR技术克隆西藏牦牛ELOVL6基因编码区序列,利用在线软件预测和分析其编码氨基酸序列的生物信息学特征,并利用实时荧光定量PCR技术测定ELOVL6基因在西藏牦牛不同组织中的表达水平。结果表... 详细信息

为探究西藏牦牛ELOVL6基因的结构与功能,试验采用PCR技术克隆西藏牦牛ELOVL6基因编码区序列,利用在线软件预测和分析其编码氨基酸序列的生物信息学特征,并利用实时荧光定量PCR技术测定ELOVL6基因在西藏牦牛不同组织中的表达水平。结果表明:西藏牦牛ELOVL6基因编码区序列长度为795 bp,共编码264个氨基酸;与牛ELOVL6基因(GenBank登录号为NM_001102155.1)编码的氨基酸序列比较,其第18位核苷酸位点发生了碱基突变(A→C)。西藏牦牛与普通牛亲缘关系较近,与斑马鱼亲缘关系较远。ELOVL6基因编码蛋白是一种主要在内质网发挥生物学功能的疏水性蛋白,共有20个磷酸化位点,有跨膜结构,无信号肽,二级结构以α-螺旋为主。ELOVL6基因在西藏牦牛的不同组织中均有表达,其中,在脂肪组织中的相对表达量最高,极显著高于其他组织(P<0.01)。说明ELOVL6基因可能是调控牦牛脂肪酸代谢的关键基因。

关键词：西藏牦牛 ELOVL6基因克隆生物信息学组织表达分析

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鸡FKBP5基因的克隆、生物信息学及组织表达谱分析

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中国畜牧兽医 2021年第1期48卷 35-43页

作者：唐贺贺张真真张献珍蒋瑞瑞李国喜田亚东康相涛韩瑞丽河南农业大学牧医工程学院河南省家禽种质资源创新工程研究中心郑州450002 长垣职业中等专业学校长垣453400

本研究旨在对鸡FK506结合蛋白5(FK506 binding protein 5,FKBP5)基因进行克隆和生物信息学分析,并检测其在鸡不同组织中的表达量。以鸡脾脏cDNA为模板,通过PCR方法扩增和克隆鸡FKBP5基因完整CDS区序列,并进行同源性比对及系统进化树构建... 详细信息

本研究旨在对鸡FK506结合蛋白5(FK506 binding protein 5,FKBP5)基因进行克隆和生物信息学分析,并检测其在鸡不同组织中的表达量。以鸡脾脏cDNA为模板,通过PCR方法扩增和克隆鸡FKBP5基因完整CDS区序列,并进行同源性比对及系统进化树构建;使用在线软件分析FKBP5蛋白的理化性质、疏水性、跨膜结构、信号肽、二级结构和三级结构;利用实时荧光定量PCR检测其在肢体内外翻畸形(valgus-varus deformity,VVD)组肉鸡和正常组肉鸡组织中的表达量,并绘制组织表达谱。结果显示,鸡FKBP5基因CDS区序列全长1350 bp,编码449个氨基酸;同源性比对和进化树分析表明,鸡FKBP5基因氨基酸序列与鹌鹑、鸭、壁虎、中华鳖、小鼠、人、猪、斑马鱼的同源性分别为98.4%、96.2%、85.8%、87.4%、81.1%、85.2%、86.1%和61.2%,与鹌鹑、鸭的亲缘关系最近,爬行类和哺乳类动物次之,与斑马鱼(鱼类)亲缘关系最远。鸡FKBP5蛋白分子质量为50.43 ku,理论等电点(pI)为5.94,半衰期为30 h,肽链N端为蛋氨酸(Met),不稳定系数为23.80,属于稳定蛋白;跨膜区和信号肽预测结果显示,FKBP5蛋白不属于跨膜蛋白和分泌型蛋白。结构域分析结果表明,该蛋白包括2个FKBP型肽基脯氨酰异构酶(FKBP-type peptidylprolyl isomerases)、3个四肽重复(TPR)序列,主要包含α-螺旋(46.77%)、延伸链(12.47%)和无规则卷曲(40.76%),且该蛋白与HSPA2、PPID、STIP1、HSP90AA1和HSP90AB1等互作蛋白具有很强的相关性。实时荧光定量PCR结果显示,FKBP5基因在鸡各组织中广泛表达,其中在软骨和法氏囊中表达量较高,在发病组肉鸡组织中的表达量均高于正常组肉鸡,且在心脏、腿肌、法氏囊、胸腺、软骨中表达量差异显著(P<0.05),在脾脏中表达量差异极显著(P<0.01)。本试验结果可为肉鸡骨骼疾病及腿部健康选育提供参考。

关键词：鸡 FKBP5基因克隆生物信息学分析组织表达分析

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大珠母贝和企鹅珍珠贝组织蛋白酶D基因及α-淀粉酶基因的克隆与表达分析

大珠母贝和企鹅珍珠贝组织蛋白酶D基因及α-淀粉酶基因的克隆与表...

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作者：潘俐玲上海海洋大学

学位级别：硕士

大珠母贝（Pinctada maxima）分布于中国、澳大利亚和东南亚沿岸热带和亚热带海域,是世界上最优质的育珠贝,具有极高的经济价值。企鹅珍珠贝（Pteria penguin）主要分布于我国两广、海南、台湾沿海以及日本九州的南部,琉球群岛直至菲律... 详细信息

大珠母贝（Pinctada maxima）分布于中国、澳大利亚和东南亚沿岸热带和亚热带海域,是世界上最优质的育珠贝,具有极高的经济价值。企鹅珍珠贝（Pteria penguin）主要分布于我国两广、海南、台湾沿海以及日本九州的南部,琉球群岛直至菲律宾等地,主要用于培育附壳珠和大型游离珍珠。本研究通过同源克隆方法获得了大珠母贝和企鹅珍珠贝的组织蛋白酶D基因和α-淀粉酶基因,并对其序列特征和组织表达进行了分析;为进一步研究组织蛋白酶D在免疫方面的功能和作用机理奠定基础,为探讨大珠母贝养殖死亡原因积累资料;为筛选α-淀粉酶基因的SNP多态位点、开展SNP多态位点和生长性状的关联分析奠定基础。主要结果如下: 1、通过同源克隆方法和cDNA末端快速扩增技术（RACE）,获得了大珠母贝（Pinctada maxima）组织蛋白酶D基因（命名为pmCTSD）的cDNA全长序列1 742 bp,其中5’非翻译区（UTR）38 bp,3’UTR 534 bp,开放阅读框1 170 bp,编码390个氨基酸,分子量约为41.9 ku,等电点约为7.57。序列特征分析表明,pmCTSD蛋白由信号肽（Met1-Ala18）、前体域（Leu19-Lys47）和成熟域（Thr48-Asn390）3部分组成。同源性分析表明,pmCTSD氨基酸序列与其他物种高度保守,一致性介于64%70%之间。进化分析表明,pmCTSD与栉孔扇贝亲缘关系最近,与传统分类结果基本一致。组织表达荧光定量分析发现,pmCTSD在闭壳肌、性腺、肝胰脏、外套膜和鳃组织中都有表达,但在性腺中表达量最高,肝胰脏次之。经哈维氏弧菌（Vibrio harveyi）浸泡刺激6 h后,pmCTSD基因的mRNA表达水平在肝胰脏中表达量最高并略有上升但差异不显著（P>0.05）,在其他组织中表达量均很低,其中性腺显著下调（P<0.01）。上述结果为进一步开展pmCTSD的功能研究奠定了重要基础。 2、企鹅珍珠贝组织蛋白酶D基因（命名为pgCTSD）cDNA全长1,767 bp,其中5’UTR为38 bp,3’UTR为553 bp,ORF 1,176 bp,编码392个氨基酸,包括信号肽（Met1-Ala18）、前体域（Leu19-Lys47）和成熟域（Tyr48-Ser392）3部分,分子量为42.3 KDa,等电点为8.04。pgCTSD一级结构包含2段天冬氨酸蛋白酶签名序列（Val84-Val95和Ala272-Gly283）、2个N-连接的糖基化位点（Asn124和Asn237）。pgCTSD与大珠母贝的一致性最高（79%）,与其他物种的一致性在59%75%之间。NJ树表明企鹅珍珠贝与栉孔扇贝聚在一小支,然后与大珠母贝聚在一起。荧光定量分析表明,空白组中pgCTSD mRNA在闭壳肌、性腺、肝胰脏、外套膜和鳃组织中都有表达,且在闭壳肌中表达量最少,肝胰脏中最高。与空白组相比,注射PBS 6h后,pgCTSD mRNA在闭壳肌和性腺的表达量显著上调,肝胰脏下调,但在各组织中保持最高表达量,外套膜和鳃组织显著下调。与对照组相比,LPS刺激6h后,闭壳肌的表达量显著上调,性腺和肝胰脏显著下调,外套膜和鳃组织变化不显著;哈维氏弧菌刺激6h后,在鳃组织中显著上调,外套膜中显著下降,性腺中无显著变化。上述结果为进一步开展pgCTSD的功能研究奠定了重要基础。 3、首次获得大珠母贝α-淀粉酶基因（命名为pmAMY）的cDNA全长1,732 bp,其中5’UTR 25 bp, ORF 1,554 bp,编码518个氨基酸,3’UTR 153 bp,分子量为57.7 KDa,等电点7.63。序列分析表明pmAMY的氨基酸序列包括16个氨基酸组成的信号肽（Met1-Gly16）,序列为MLLIVCSIAFFHSVYG;8个半胱氨酸位点（Cys46、Cys104、Cys157、Cys176、Cys392、Cys398、Cys464、Cys476）、3个活性催化位点（Asp213、Glu249、Asp314）、4个钙结合位点（Asn118、Arg174、Asp183、His217）、3个氯离子结合位点（Arg211、Asn312、Arg350）和4段保守序列(Ile111-Val116、Val207-Ala215、Phe247-Val251、Val308-Asn315。pmAMY与长牡蛎（Crassostrea gigas）一致性最高达79%,与其他物种的一致性在57%62%之间。克隆获得大珠母贝pmAMY基因序列,含3个外显子和2个内含子。其中第一外显子117 bp,编码39个氨基酸;第二外显子152 bp,编码50个氨基酸;第三外显子1, 288 bp,编码429个氨基酸。第一

关键词：大珠母贝企鹅珍珠贝组织蛋白酶D α-淀粉酶基因克隆组织表达分析

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天府肉羊Akirin基因克隆、生物信息学分析及其组织表达规律研究

天府肉羊Akirin基因克隆、生物信息学分析及其组织表达规律研究

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作者：马基斯四川农业大学

学位级别：硕士

肉产量和肉品质都是家畜肉品生产中重要的经济性状,同时也成为了近些年研究的重要领域。Akirin1基因作为受到MSTN基因负调节的下游基因,参与动物胚胎发育、肌卫星细胞增殖分化和骨骼肌受损修复等生理过程。因此Akirin1基因可能通过参与... 详细信息

肉产量和肉品质都是家畜肉品生产中重要的经济性状,同时也成为了近些年研究的重要领域。Akirin1基因作为受到MSTN基因负调节的下游基因,参与动物胚胎发育、肌卫星细胞增殖分化和骨骼肌受损修复等生理过程。因此Akirin1基因可能通过参与调节骨骼肌生长发育成为新的提高家畜肉产量的候选基因。研究表明Akirin2基因的单核苷酸多肽性(SNP)与日本黑牛和韩国本地牛的大理石花纹评分显著相关,暗示了Akirin2基因可能通过参与调节肌肉中的大理石花纹成为新的改善家畜肉品质的候选基因。本研究运用RT-PCR结合克隆测序方法获得天府肉羊Akirin1基因和Akirin2基因的全编码区序列。Akirin1基因序列长480bp包括426bp的开放阅读框,编码141个氨基酸,序列提交NCBI得到登录号：KF515991。Akirin1氨基酸序列含有11个磷酸化位点,系统进化树分析表明天府肉羊Akirin1基因氨基酸序列与牛和绵羊的Akirin1基因氨基酸序列具有较高的相似性。Akirin2基因序列长660bp包括579bp的开放阅读框,编码192个氨基酸,序列提交NCBI得到登录号：KF515992。Akirin2氨基酸序列含有13个磷酸化位点,系统进化树分析表明天府肉羊Akirin2基因氨基酸序列和牛Akirin2基因氨基酸序列具有较高的相似性。RT-qPCR检测Akirin1基因在270日龄天府肉羊以及Akirin2基因在360日龄天府肉羊8个组织中表达情况。结果显示在8个被检测的组织中均有Akirin1和Akirin2基因表达。Akirin1基因表达水平较高的组织为肺脏和脾脏,表达水平较低的组织为肝脏、肾脏和股二头肌;在背最长肌中,Akirin1基因的表达量随着年龄的增加先升高后降低。Akirin2基因高表达组织为肺脏和脾脏,低表达组织为心肌、肝脏、腹直肌、股二头肌和背最长肌;在背最长肌中,Akirin2基因表达量随日龄的增加先上升后下降。Westren Bloting检测Akirin1蛋白在270日龄天府肉羊与Akirin2蛋白在360日龄天府肉羊8个组织中的表达情况以及天府肉羊5个年龄阶段背最长肌中Akirin1蛋白表达情况。结果显示Akirin1蛋白只在肺脏、股二头肌、腹直肌和背最长肌组织中表达。在肺脏、股二头肌、腹直肌和背最长肌中检测到Akirin2蛋白的表达,心肌、肝脏、脾脏和肾脏中未检测到Akirin2蛋白的表达。天府肉羊5个年龄段背最长肌中Akirin1蛋白的表达水平随日龄的增加先升高后降低。

关键词： Akirin1 Akirin2 克隆组织表达分析天府肉羊

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凉山半细毛羊QM基因的克隆、组织表达及生物信息学分析

凉山半细毛羊QM基因的克隆、组织表达及生物信息学分析

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作者：尹珊珊四川农业大学

学位级别：硕士

QM基因是一种与肿瘤抑制,细胞生长,分化,发育和凋亡等有关的重要基因。QM同源基因广泛地存在于动物、植物以及真菌,目前已在小鼠、鸡、果蝇、牛、酵母、玉米和水稻等生物中克隆了QM同源基因,这些基因的核苷酸及其编码的氨基酸序列高度... 详细信息

QM基因是一种与肿瘤抑制,细胞生长,分化,发育和凋亡等有关的重要基因。QM同源基因广泛地存在于动物、植物以及真菌,目前已在小鼠、鸡、果蝇、牛、酵母、玉米和水稻等生物中克隆了QM同源基因,这些基因的核苷酸及其编码的氨基酸序列高度保守。迄今为止,绵羊中尚未见QM基因的相关报道。本研究首次从凉山半细毛羊基因组中克隆出QM基因,并构建出QM基因分子进化关系,为QM的分子进化以及生物学功能的深入研究打下基础。本研究应用电子克隆的方法,克隆出绵羊QM基因,并构建15个物种间QM基因分子进化关系。同时利用QM基因的保守区域,设计了特异性引物,克隆出凉山半细毛羊QM同源基因,命名为SQM(GeneBank登陆号:EU143791),并对其进行了生物信息学分析。SQM基因全长771 bp,含有一个最长为645 bp的完整的开放阅读框,5’UTR长度为70 bp,第71位到716位为ORF,长645 bp,编码214个氨基酸,3’UTR长度为55 bp,在754 bp—759 bp区域内有一个AATAAA加尾信号。SQM基因编码的多肽,预测其分子量大小为24.61 kDa,等电点pI为10.6,其中Asp和Glu酸性氨基酸残基数为7.9%,碱性氨基酸Arg和Lys残基数为20.92%,表明绵羊QM基因蛋白为碱性蛋白质。预测SQM蛋白二级结构有6个α螺旋区,富含10个β折叠片,其余部分为无规卷曲。绵羊QM基因和牛QM基因在进化上的距离最短,同时也发现QM基因具有极大的保守性。采用数字化差异显示分析,对绵羊EST数据库中主要组织细胞如脑、淋巴网状内皮细胞、肾、脾脏、肝脏、肠和肌肉中QM的表达进行了研究,探讨了SQM基因在不同器官之间、正常组织与病变组织之间的表达情况。发现QM基因在脾脏和淋巴网状内皮细胞中的表达量大于其他组织,在病变组织中的表达强于在正常组织中的表达。同时,QM基因在绵羊骨组织分化细胞中也有较强表达,推断QM基因与绵羊的免疫调控,细胞分化有密切的关系。采用RT-PCR方法,选取凉山半细毛羊肝脏,肾脏,心脏和肌肉等四个组织,通过酶标仪定量,进行了QM基因的表达分析,在凉山半细毛羊中,QM基因在心脏和肝脏有较强表达,初步推断它与凉山半细毛羊心脏功能有密切关系,值得深入研究。

关键词：电子克隆 QM基因凉山半细毛羊生物信息学组织表达分析

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甘薯花青素合成酶(ANS)基因的克隆及其组织表达模式分析

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山西农业科学 2020年第11期48卷 1718-1723页

作者：杨慧珍山西农业大学农学院山西太原030031

从NCBI数据库中检索得到甘薯ANS序列,利用同源比对在前期转录组数据库中筛选获得同源序列,通过PCR反应克隆出甘薯ANS基因(IbANS)的c DNA全长序列,进而预测和分析IbANS基因的蛋白质序列,同时对其在不同甘薯品种的不同组织进行了实时定量... 详细信息

从NCBI数据库中检索得到甘薯ANS序列,利用同源比对在前期转录组数据库中筛选获得同源序列,通过PCR反应克隆出甘薯ANS基因(IbANS)的c DNA全长序列,进而预测和分析IbANS基因的蛋白质序列,同时对其在不同甘薯品种的不同组织进行了实时定量PCR分析。结果表明,该c DNA具有最大开放阅读框(ORF),共1086个碱基,编码362个氨基酸残基;ANS蛋白为亲水性蛋白质,不存在信号肽;保守结构域预测分析表明,该基因编码的蛋白具有典型的ANS蛋白功能结构域,属于2OG-Fe II_Oxy双加氧酶超家族;系统进化树分析显示,甘薯ANS与三浅裂野牵牛亲缘关系最近;荧光定量PCR结果表明,IbANS在紫心甘薯块根中高表达。研究结果可为进一步阐明IbANS基因在紫心甘薯块根中的形成及累积机制提供理论基础。

关键词： ANS 甘薯生物信息学分析组织表达分析

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绵羊TMEM182基因克隆、生物信息学及组织表达谱分析

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草食家畜 2024年第4期 1-11页

作者：刘璇李婧平马海叶张倩雯王嘉俊李忠慧李文蓉新疆农业大学动物科学学院乌鲁木齐830052 新疆动物生物技术重点实验室乌鲁木齐830011 石河子大学动物科技学院新疆石河子832003

【目的】本试验旨在克隆绵羊TMEM182基因编码区(CDS)全长序列,并通过在线软件分析TMEM182基因结构和表达蛋白序列,以探究其在绵羊各部位组织中表达水平的变化。【方法】从绵羊尾部脂肪组织中克隆获得TMEM182基因,利用在线生物学信息软件... 详细信息

【目的】本试验旨在克隆绵羊TMEM182基因编码区(CDS)全长序列,并通过在线软件分析TMEM182基因结构和表达蛋白序列,以探究其在绵羊各部位组织中表达水平的变化。【方法】从绵羊尾部脂肪组织中克隆获得TMEM182基因,利用在线生物学信息软件对TMEM182蛋白的理化性质、亲疏水性、跨膜区、糖基化位点、信号肽、二级结构、三级结构和蛋白互作等进行预测分析。同时,采用实时荧光定量PCR方法检测TMEM182基因在绵羊13个组织中的相对表达量,这些组织包括大脑、小脑、心、肾、脾、肝、肺、皮肤、卵巢、尾部脂肪、皮下脂肪、肾周脂肪和肌肉。【结果】绵羊TMEM182基因CDS区全长序列为690bp,编码229个氨基酸,TMEM182基因序列在不同物种间具有较高的保守性。生物信息学预测分析显示,TMEM182属于稳定的疏水性蛋白,具有跨膜结构,无信号肽,具有3个N-糖基化位点,其蛋白二级结构主要由无规则卷曲(38.43%)和2α螺旋(30.57%)组成,而延伸链(24.89%)和β转角(6.11%)的占比相对较少,三级结构预测结果与二级结构预测结果相符。实时荧光定量PCR结果显示,TMEM182基因在肌肉、心和脂肪中表达量显著高于肝、肾、大脑、小脑、皮肤等其它部位组织(P<0.05)。【结论】成功克隆了绵羊TMEM182基因的CDS区片段,分析了该基因在绵羊肌肉组织和脂肪组织中特异性表达。这些研究结果为进一步探究TMEM182基因在绵羊肌肉生长发育和脂肪沉积过程中的分子作用机制提供了理论依据。

关键词： TMEM182基因基因克隆组织表达分析生物信息学分析

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