检索结果-内蒙古大学图书馆

牛miR-2439-5p的转录因子-miRNA-mRNA调控网络预测与组织表达谱分析

中国农业大学学报 2021年第12期26卷 102-111页

作者：刘爽魏大为李芬王兴平罗仍卓么蔡小艳马云宁夏大学农学院/宁夏回族自治区反刍动物分子细胞育种重点实验室银川750021

为了解牛miR-2439-5p的生物学信息和初步探索其与宿主基因MRTFA(Myocardin related transcription factor A,心肌素相关转录因子A)是否存在互作功能,以及进一步了解牛miR-2439-5p的组织表达规律,利用物种间保守性分析、上游序列CpG岛分... 详细信息

为了解牛miR-2439-5p的生物学信息和初步探索其与宿主基因MRTFA(Myocardin related transcription factor A,心肌素相关转录因子A)是否存在互作功能,以及进一步了解牛miR-2439-5p的组织表达规律,利用物种间保守性分析、上游序列CpG岛分析、启动子预测、转录因子预测、靶基因预测、基因本体论富集分析和信号通路富集分析等生物信息学方法对miR-2439-5p进行"转录因子-miRNA-mRNA"调控网络预测,并进行组织表达谱分析。结果表明:1)miR-2439-5p是牛特异性miRNA、内含子miRNA和miRNA*(相对低表达miRNA);2)miR-2439-5p可能受C/EBPβ和RARα等转录因子调控,预测其共有621个靶基因,显著富集在AMPK信号通、mTOR信号通路和不饱和脂肪酸合成等信号通路;3)miR-2439-5p在28月龄郏县红牛的肾组织中相对高表达,与肌肉和背脂组织存在显著性差异(P<0.01);其在28月龄和牛的背脂组织中相对高表达,与肝和脾组织存在显著性差异(P<0.05);其在28月龄固原黄牛的各组织表达量无显著性差异(P>0.05)。综上,miR-2439-5p可能反馈调节宿主基因MRTFA,从而调控牛脂肪细胞分化,为进一步探究miR-2439-5p的功能和作用机制提供研究方向和理论依据。

关键词：牛 miR-2439-5p “转录因子-miRNA-mRNA”调控网络组织表达谱分析

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大通牦牛ApoA1基因克隆及生物信息学分析与组织表达谱分析

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基因组学与应用生物学 2022年第4期41卷 752-761页

作者：王福彬吴晓云顾亚荣郑青波马晓明褚敏阎萍潘和平西北民族大学生命科学与工程学院兰州730030 中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所兰州730050

本试验旨在分析大通牦牛(Bos grunniens)ApoA1基因的分子特征,并检测其在不同组织的表达规律,为进一步研究ApoA1基因的功能提供理论依据。试验以牦牛肝脏cDNA为模板,通过PCR扩增和基因克隆获得牦牛ApoA1基因编码区序列(coding region se... 详细信息

本试验旨在分析大通牦牛(Bos grunniens)ApoA1基因的分子特征,并检测其在不同组织的表达规律,为进一步研究ApoA1基因的功能提供理论依据。试验以牦牛肝脏cDNA为模板,通过PCR扩增和基因克隆获得牦牛ApoA1基因编码区序列(coding region sequence,CDS),并进行生物信息学分析;利用RT-qPCR技术检测ApoA1基因mRNA在心脏、肌肉、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、子宫角、脂肪和输卵管等组织中的mRNA表达水平。结果表明,大通牦牛ApoA1基因编码区序列长798 bp,编码265个氨基酸;ApoA1蛋白质的分子质量为30324.414 Da,理论等电点为5.71;蛋白质二级结构以α-螺旋(93.58%)为主;牦牛ApoA1蛋白为不稳定亲水蛋白,存在信号肽,为分泌蛋白,不存在跨膜结构域;牦牛ApoA1基因的核苷酸序列与黄牛相应序列相似度最高,同源性为99.64%;组织表达谱分析表明,ApoA1基因在大通牦牛不同组织中都表达,但在肝脏中表达量最高,显著高于其他组织(P<0.05)。这些结果为进一步研究大通牦牛ApoA1基因在大通牦牛结构和功能及牦牛肉品质性状的遗传改良提供理论基础。

关键词：牦牛 ApoA1基因克隆生物信息学分析组织表达谱分析

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人牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶的cDNA克隆、基因定位及组织表达谱分析

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中国科学C辑 2000年第5期30卷 467-474页

作者：赵勇余龙高洁付强华益民张宏来赵寿元复旦大学生命科学院遗传学研究所遗传工程国家重点实验室上海200433

牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸(GGPP)在真核生物中主要参与对包括Rho/Rac,Rap和Rab家族在内的多种蛋白质的翻译后修饰及细胞凋亡的调控.牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶(GGPPS)是合成GGPP的关键酶,它催化法呢基焦磷酸与异戊烯焦磷酸的缩合反应... 详细信息

牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸(GGPP)在真核生物中主要参与对包括Rho/Rac,Rap和Rab家族在内的多种蛋白质的翻译后修饰及细胞凋亡的调控.牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶(GGPPS)是合成GGPP的关键酶,它催化法呢基焦磷酸与异戊烯焦磷酸的缩合反应而产生GGPP.报道了从人睾丸cDNA文库中克隆到一个与果蝇GGPPS cDNA高度同源的基因转录本,它的序列长1466 bp,其中nt 239～1138是一个完整的可读框,编码一个由300个氨基酸组成的35 ku蛋白质.该推导蛋白质的氨基酸序列与果蝇GGPPS的一致性和相似性分别达到了57.5%和75%,并且含有异戊二烯转移酶中保守的5个特征性结构域.Northern杂交结果显示人GGPPS基因在心脏中表达最高,在脾、睾丸、脑、胎盘、肺、肝、骨胳肌、肾、胰腺组织中为中度表达,而在其他组织中未见有明显的杂交带.采用辐射杂种细胞系定位技术,发现GGPPS位于人染色体lq43区.由于此前有遗传连锁资料证实该区域存在一个前列腺癌的易感位点,并且另有研究发现GGPP的结构类似物可抑制PC-3前列腺癌细胞系中p21rap蛋白的牻牛儿基牻牛儿基化,从而提示GGPPS有可能是与该病相关的候选基因之一.

关键词：牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶 cDNA克隆组织表达谱分析人染色体lq43

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NSPL1全长cDNA的克隆及组织表达谱分析

NSPL1全长cDNA的克隆及组织表达谱分析

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第七次全国基因结构表达与调控学术讨论会

作者：周严杜光伟分子生物学国家重点实验室中国医学科学院基础医学研究所中国协和

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牛RXRG基因cDNA的克隆及生物信息学分析

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西北农林科技大学学报（自然科学版） 2008年第11期36卷 1-5,10页

作者：黄萌许尚忠昝林森高雪陈金宝任红艳西北农林科技大学动物科技学院陕西杨凌712100 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所北京100094

【目的】扩增了牛RXRG基因的序列,并对其进行了生物信息学分析。【方法】提取牛肌肉组织总RNA,利用RT-PCR技术,对牛RXRG基因进行了克隆,将得到的2条片段分别重组到PMD19-T载体并进行了序列测定;利用DNAMAN软件拼接得到2条片段序列,并运... 详细信息

【目的】扩增了牛RXRG基因的序列,并对其进行了生物信息学分析。【方法】提取牛肌肉组织总RNA,利用RT-PCR技术,对牛RXRG基因进行了克隆,将得到的2条片段分别重组到PMD19-T载体并进行了序列测定;利用DNAMAN软件拼接得到2条片段序列,并运用DNAMAN软件及在线工具对拼接所得到的序列进行了生物信息学分析。以牛肾脏、肝脏、睾丸、肺、脾脏、瘤胃、子宫、小肠、心脏、卵巢和肌肉等11个组织为材料,对牛RXRG基因在组织中的表达进行了分析。【结果】获得了长度为1 811 bp的牛RXRG基因cDNA,其由10个外显子组成,编码463个氨基酸;该基因与人、猪、猕猴、小鼠、大鼠在氨基酸序列上分别有89.5%,93.4%,87.2%,83.9%和85.2%的同源性。【结论】获得了牛RXRG基因长度为1 811 bp的cDNA序列,牛RXRG基因除在肌肉组织中高度表达外,在其他组织中均不表达。

关键词：牛 RXRG RT-PCR 生物信息学组织表达谱分析

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猪Caskin1基因生物信息学分析

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黑龙江畜牧兽医 2023年第15期 51-56,132,133页

作者：高锦春史佩华崔浩亮张新博赵顺然陶晨雨河北农业大学动物科技学院河北保定071000

为了分析猪钙/钙调素依赖性丝氨酸蛋白激酶(CASK)相互作用蛋白1(Caskin1)基因和编码蛋白的结构与功能,并探讨其在改善生殖衰老中的潜在可能性,试验首先获取猪Caskin1基因及其蛋白序列,采用生物信息学分析方法对Caskin1基因编码蛋白的理... 详细信息

为了分析猪钙/钙调素依赖性丝氨酸蛋白激酶(CASK)相互作用蛋白1(Caskin1)基因和编码蛋白的结构与功能,并探讨其在改善生殖衰老中的潜在可能性,试验首先获取猪Caskin1基因及其蛋白序列,采用生物信息学分析方法对Caskin1基因编码蛋白的理化性质、磷酸化位点、高级结构、相互作用网络和保守基序等进行研究,构建猪Caskin1基因系统发育树,分析该基因的组织表达谱。结果表明:猪Caskin1基因编码序列(CDS)长度为4359 bp,可编码1452个氨基酸;猪Caskin1蛋白的分子量为151782.89 u,理论等电点为9.21;其二级结构以无规则卷曲结构(61.16%)为主,为不稳定亲水性蛋白,不存在信号肽,没有跨膜结构;猪Caskin1基因为保守基因,其编码蛋白的SH3结构域是高度保守结构域,且该蛋白质与CASK、SYT7、NSF、CADPS、P14K2A、DPYSL4等多个蛋白质间存在相互作用;猪Caskin1基因与牛、羊的亲缘关系最近,与原鸡的亲缘关系最远;该基因不仅在大脑中高表达,在卵巢中的相对表达量也比较高。说明猪Caskin1基因及蛋白的生物学功能丰富,生物学意义较为重要。

关键词：猪 Caskin1基因生物信息学分析基因进化树组织表达谱分析

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猪腮腺分泌蛋白基因的克隆及消除磷污染植酸酶转基因小鼠模型的建立

猪腮腺分泌蛋白基因的克隆及消除磷污染植酸酶转基因小鼠模型的建...

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作者：尹海芳中国农业大学

学位级别：博士

单胃动物的高磷粪便是农业磷污染的主要来源.人们曾经尝试向饲料添加植酸酶来解决这一问题,但由于饲料加工过程会带来植酸酶活性的丧失,使得这一方法难以得到令人满意的效果,因此探索更为有效的途径已成为目前研究的一个重要课题.通过... 详细信息

单胃动物的高磷粪便是农业磷污染的主要来源.人们曾经尝试向饲料添加植酸酶来解决这一问题,但由于饲料加工过程会带来植酸酶活性的丧失,使得这一方法难以得到令人满意的效果,因此探索更为有效的途径已成为目前研究的一个重要课题.通过猪和禽类内源性消化道生产植酸酶成为解决单胃动物高磷粪便污染的一种新的研究策略和手段.在这一领域的研究中前人已经取得了令人振奋的成果,利用小鼠腮腺分泌蛋白基因调控区已获得在唾液中表达植酸酶的转基因小鼠和转基因猪.如果利用猪内源性的腮腺分泌蛋白基因来生产植酸酶转基因猪将有着不可比拟的优势,因此该实验拟首次采用猪内源性腮腺分泌蛋白的启动子成分与大肠杆菌(***)植酸酶基因构建在唾液腺中特异高效表达的重组体,利用猪内源产生的大量植酸酶消化分解饲料中的植酸来达到解决猪排泄物中磷对环境污染的难题.腮腺分泌蛋白PSP(parotid secretory protein)是唾液中组织特异性高表达的一种蛋白,其体外功能研究表明与抗菌作用有关.利用小鼠PSP基因调控区构建的高效表达载体,证明了唾液腺作为生物反应器的巨大潜力.然后目前缺乏猪PSP基因的相关信息,因此该研究根据人、牛和鼠PSP基因的cDNA序列设计兼并引物,通过3\'和5\'RACE获得猪PSP基因全长cDNA序列.然后依据所得到的猪PSP基因cDNA序列设计引物筛选猪的BAC基因组文库,获得携带有完整猪PSP基因的BAC克隆,通过序列测定得到猪cDNA基因组基因的序列信息,并利用该基因的上、下游调控区成分开展腮腺特异性表达植酸酶基因的转基因小鼠模型的研究.该研究中所获得的猪PSP基因cDNA含有一个完整的开放阅读框,编码238个氨基酸(GenBank注册号为AY205234).用BLAST和ClustalW软件进行同源性分析,结果表明猪PSP基因与人和牛PSP基因是高度同源的.推导出的氨基酸序列与人、牛和小鼠及大鼠的同源性分别为53%、43%和32%、32%.在蛋白的二级和三级结构上,猪PSP与人PSP基因也是非常地相像.通过RT-PCR、点杂交和Northern杂交证明猪PSP基因是组织特异性表达.通过BAC文库筛选,获得含猪PSP基因的阳性克隆,测得猪PSP基因的8个外显子和7个内含子及PSP基因10kb上游调控区.经过测序得到约22kb的猪PSP基因的基因组序列(GenBank注册号为AY197556).利用RH辐射杂种板定位方法将猪PSP基因定位在猪17号染色体长臂q21-23区域.利用猪PSP基因的上游调控区、信号肽、大肠杆菌植酸酶基因和牛生长激素基因下游调控区或猪PSP基因的下游调控区构建了两个植酸酶转基因表达载体.通过显微注射注获得了植酸酶转基因小鼠,筛选出6只阳性小鼠,进行唾液中植酸酶活性检测、粪便植酸磷的检测.粪便中植酸磷检测结果表明:40号和68号阳性鼠粪便中植酸磷含量显著降低,正在进行重复验证.第二个植酸酶表达载体获得的转基因小鼠正在检测中.植酸酶转基因小鼠模型成功的建立为植酸酶环保猪的产生奠定了基础.另外,为进一步对猪PSP基因的调控区进行功能分析,又利用绿色荧光蛋白基因EGFP和猪PSP基因的上游调控区和下游调控区构建了细胞表达载体.准备做一系列的缺失载体,在猪腮腺上皮细胞中进行瞬间表达.

关键词：猪腮腺分泌蛋白组织表达谱分析染色体定位植酸酶转基因小鼠模型

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猪泛素—蛋白酶体途径新基因定位、序列及性状关联分析

猪泛素—蛋白酶体途径新基因定位、序列及性状关联分析

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作者：吴潇华中农业大学

学位级别：博士

现代育种技术使猪的生产性能得到了显著的改良,然而随着人民生活水平的提高,对猪肉品质的要求也随之提高,在改进猪肉口味的同时要求减少药物残留。畜牧生产的重点因此包括两个方面:一方面提高瘦肉的生长速度、改良肉质；另一方面提高猪... 详细信息

现代育种技术使猪的生产性能得到了显著的改良,然而随着人民生活水平的提高,对猪肉品质的要求也随之提高,在改进猪肉口味的同时要求减少药物残留。畜牧生产的重点因此包括两个方面:一方面提高瘦肉的生长速度、改良肉质；另一方面提高猪的抗病性,从而降低生产成本,提高畜产品的质量,与国际接轨。\n 本研究利用生物信息学与分子生物学技术相结合的方法,克隆和定位了泛素一蛋白酶体途径的相关新基因,并对这些基因与部分生长性状和免疫性状进行了初步关联分析,取得了如下结果:\n 1.以人的同源基因的cDNA序列为探针,从GeneBank中搜索猪的同源EST,由EST构成的连接群设计引物,从猪的基因组中分离克隆了34个基因片段。这34个基因是(1)20S蛋白酶体基因alpha亚基基因PSMA1,PSMA2,PSMA3,PSMA5,PSMA6,PSMA7;20S蛋白酶体基因beta亚基基因PSMB1,PSMB2,PSMB3,PSMB4,PSMB5,PSM86,PSMB7,PSMB8,PSMB9,PSMB10；(2)19S蛋白酶体基因PSMD7,PSMD8,PSMD9,PSMD10,PSMD11,PSMD12,PSMD13,PSMD14；(3)信号酶体基因SGN1,SGN2,SGN3,SGN4,SGNS,SGN6,SGN7,SGN8:(4)泛素特异活化酶基因USP6,USP10。\n 2.采用电脑克隆策略结合RT-PCR技术,获得了PSMB4,PSMB6,PSMB8,PSMB9,PSMB10基因的完整编码区序列(coding sequence,CDS)和PSMB4,PSMB6,PSMBS,PSMB10基因的基因组全长,进行了物种同源基因序列比对分析和蛋白质序列的推导及功能域的预测。\n 3.采用RT-PCR和Q-PCR方法检测了PSMB4,PSMB6,PSMBS,PSMB10基因在通城猪的心、肝、脾、肺、肾、肌肉、脂肪7个组织中的表达差异,除了PSMB8在心脏和肌肉中不表达外,其余基因在所检测的组织中都有表达。\n 4.用猪×仓鼠辐射杂种板将新分离的25个基因进行了染色体精细定位,结果如下:PSMA1定位在SSC2,PSMA2定位在SSC18,PSMA3定位在SSC14,PSMA5定位在SSC4,PSMA6定位在SSC17,PSMB2定位在SSC6,PSMB3定位在SSC12,PSMB4定位在SSC4,PSMB6定位在SSC12,PSMB7定位在SSC1,PSMB8定位在SSC7,PSMB9定位在SSC7,PSMB10定位在SSC6,PSMD8定位在SSC6,PSMD9定位在SSC14,PSMD10定位在SSCX,PSMD12定位在SSC12,PSMD13定位在SSC2,PSMD14定位在SSC15,SGN2定位在SSC1,SGN4定位在SSC8,SGN5定位在SSC4,SGN6定位在SSC3,USP6定位在SSC12,USP10定位在SSC6。\n 5.运用PCR-RFLP结合DHLPC,PCR-SSCP方法,检测了PSMA1,PSMA6,PSMB4,PSMB6,PSMB8,PSMB10等6个基因10个位点的多态性,分析了不同猪种中的基因频率和基因型频率,以及各等位基因在不同猪品种中的分布差异。\n 6.以本室与通城县畜牧局种畜场合作所建立的实验群体中的长白猪(22头)、大白猪(23头)、通城猪(58头)、长大通(27头)、大长通(26头)为材料,分析了PSMA1,PSMA6,PSMB4,PSMB6,PSMB8,PSMB10基因的DNA多态位点与部分生产性状和免疫性状的关联,结果发现:除PSMB4基因外,其余基因和部分生产性状、免疫性状均有一定的关联。

关键词：猪蛋白酶体泛素辐射杂种板体细胞杂种板 SNPs 关联分析组织表达谱分析

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免疫球蛋白超家族新基因NFA2的克隆、表达以及表达谱分析

免疫球蛋白超家族新基因NFA2的克隆、表达以及表达谱分析

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作者：瞿明亮北京协和医学院(清华大学医学部)&中国医学科学院

学位级别：博士

该实验对NFA2的胞内区进行了克隆及原核表达,并制备了多克隆抗体以利进一步研究.为了分析NFA2在体内和细胞内的表达分布,在RNA和蛋白水平分别进行了研究,并构建了真核表达质粒,研究细胞内该基因的表达定位.NFA2表达广泛.多组织Northern... 详细信息

该实验对NFA2的胞内区进行了克隆及原核表达,并制备了多克隆抗体以利进一步研究.为了分析NFA2在体内和细胞内的表达分布,在RNA和蛋白水平分别进行了研究,并构建了真核表达质粒,研究细胞内该基因的表达定位.NFA2表达广泛.多组织Northern杂交显示小鼠NFA2在心、脑、肺、肝、骨骼肌与睾丸皆有表达,睾丸表达量较高,而脾与肾表达量低.人多组织RNA斑点杂交也表明人NFA2表达广泛,在成人小脑、大脑皮层、丘脑、下丘脑、垂体、睾丸、甲状腺及胎盘表达较高;在胎儿脑、肝脏与肺病中表达较高.用GST系统表达了NFA2胞内区,并纯化了NFA2的胞内区GST融合蛋白.通过免疫兔子得到该融合蛋白的多克隆抗体.以上对NFA2cDNA克隆以及组织表达谱分析,为进一步研究免疫球蛋白超家族成员在神经系统发育、功能维持与疾病的作用奠定了基础.

关键词： NFA2 原核表达多克隆抗体 cDNA克隆组织表达谱分析免疫球蛋白基因克隆

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miR-2439-5p影响牛肌内脂肪沉积的作用初步研究

miR-2439-5p影响牛肌内脂肪沉积的作用初步研究

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作者：刘爽宁夏大学

学位级别：硕士

脂肪沉积影响动物体内代谢与能量储存,是肉用家畜产业关注的热点之一和亟待解决的难题。动物体内脂肪细胞分化与代谢是一个及其复杂的过程,受诸多因素影响,编码基因和非编码基因彼此互相调控,构成了一个协调网络。解析动物脂肪组织代谢... 详细信息

脂肪沉积影响动物体内代谢与能量储存,是肉用家畜产业关注的热点之一和亟待解决的难题。动物体内脂肪细胞分化与代谢是一个及其复杂的过程,受诸多因素影响,编码基因和非编码基因彼此互相调控,构成了一个协调网络。解析动物脂肪组织代谢调控网络对提高我国肉牛肌内脂肪含量具有重要的参考价值和指导意义。miRNA对脂肪发育起重要调控作用,研究其对脂肪细胞分化与代谢的调控,有利于揭示产肉性状分子机制,为肉牛遗传改良提供理论基础。本研究以牛特异性miRNA、内含子miRNA和宿主基因调控脂肪细胞分化与代谢作为初步筛选条件,确定miR-2439-5p基因为研究对象,采用生物信息学分析、组织表达谱分析和双荧光素酶报告系统进行靶基因验证,以期探索其对肉牛脂肪肌内沉积的作用研究。试验结果发现:miR-2439-5p是牛特异性miRNA,宿主基因MRTFA的缺失可能促进脂肪祖细胞向成熟脂肪细胞发育,miR-2439-3p的产生可能对肉牛和奶牛骨骼肌细胞的成肌分化有着特殊调控机制,miR-2439-5p可能参与牛脂肪细胞分化与代谢调控;miR-2439-5p在28月龄和牛的心、肺、腹股沟脂和背脂相对高表达,在背脂中表达量最高,与心包脂、肝和脾的表达量有显著性差异(P<0.05),miR-2439-5p在28月龄秦川牛的各组织表达量无显著性差异(P>0.05);SMAD3基因是miR-2439-5p的靶基因。此外,成功分离培养和诱导分化的牛肌内脂肪前体细胞为后续的功能验证试验提供了良好的细胞材料。

关键词：脂肪沉积肉牛 miR-2439-5p 生物学信息学分析组织表达谱分析靶基因验证

来源：评论

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