检索结果-内蒙古大学图书馆

高等学校化学学报 2008年第7期29卷 1432-1437页

作者：胡建平柯国涛常珊陈慰祖王存新北京工业大学生命科学与生物工程学院

用分子对接方法研究了HIV-1整合酶(Integrase,IN)二聚体与3′端加工(3′Processing,3′-P)前的8bp及27bp病毒DNA的相互作用,并获得IN与27bp病毒DNA的特异性结合模式.模拟结果表明,IN有特异性DNA结合区和非特异性DNA结合区;IN二聚体B链的... 详细信息

用分子对接方法研究了HIV-1整合酶(Integrase,IN)二聚体与3′端加工(3′Processing,3′-P)前的8bp及27bp病毒DNA的相互作用,并获得IN与27bp病毒DNA的特异性结合模式.模拟结果表明,IN有特异性DNA结合区和非特异性DNA结合区;IN二聚体B链的K14,R20,K156,K159,K160,K186,K188,R199和A链的K219,W243,K244,R262,R263是IN结合病毒DNA的关键残基;并从结构上解释了能使IN发挥活性的病毒DNA的最小长度是15bp.通过分析结合能发现,IN与DNA稳定结合的主要因素是非极性相互作用,而关键残基与病毒DNA相互识别主要依赖于极性相互作用.模拟结果与实验数据较吻合.

关键词： HIV-1整合酶病毒DNA 分子对接结合模式药物分子设计

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人血白蛋白结合位点II的分子结合模式研究

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物理化学学报 2016年第7期32卷 1819-1828页

作者：徐诗文林东强姚善泾浙江大学化学工程与生物工程学院生物质化工教育部重点实验室杭州310027

人血白蛋白是血浆中含量最高的蛋白,是一种重要的载体蛋白,能与多种内源性和外源性物质结合。人血白蛋白主要有两个药物结合位点,位点I和位点II,其中位点II的柔性较大,对药物分子的亲和性较高。本文采用分子模拟方法,基于12种结合于位... 详细信息

人血白蛋白是血浆中含量最高的蛋白,是一种重要的载体蛋白,能与多种内源性和外源性物质结合。人血白蛋白主要有两个药物结合位点,位点I和位点II,其中位点II的柔性较大,对药物分子的亲和性较高。本文采用分子模拟方法,基于12种结合于位点II的小分子-人血白蛋白晶体结构,分析了相互作用能,发现12种分子的结合以疏水作用为主,静电作用为辅。进一步采用丙氨酸扫描和结合能评价,分析结合部位的关键氨基酸残基,探究结合模式的规律性,发现从位点入口到空腔内部存在静电、疏水和杂合的三层相互作用分布,共同形成了稳定的分子结合。最后采用分子对接和分子动力学模拟,预测了L-色氨酸的结合模式。研究结果有助于深入了解人血白蛋白药物位点II的小分子结合模式,为基于位点II的药物和分离配基的优化设计提供指导。

关键词：人血白蛋白位点II 分子对接分子动力学结合模式

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甲磺酸培氟沙星与人血清白蛋白之间结合模式的研究

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物理化学学报 2005年第2期21卷 123-127页

作者：马国正谭非蒋勇军郑柯文郭明俞庆森浙江大学理学院化学系杭州310027 浙江大学宁波理工学院药物分子设计与营养工程重点实验室宁波315100

采用实验和计算的方法研究了甲磺酸培氟沙星与人血清白蛋白之间的结合作用.荧光法测得甲磺酸培氟沙星与人血清白蛋白形成一种类型的复合物,结合常数为1.7×105L·mol-1,有1.05个平均结合位点;微量热法测得该药物-蛋白结合过程... 详细信息

采用实验和计算的方法研究了甲磺酸培氟沙星与人血清白蛋白之间的结合作用.荧光法测得甲磺酸培氟沙星与人血清白蛋白形成一种类型的复合物,结合常数为1.7×105L·mol-1,有1.05个平均结合位点;微量热法测得该药物-蛋白结合过程中焓变为1.03kJ·mol-1,熵变为101.28J·K-1·mol-1,反应为熵驱动.用分子对接的方法预测了甲磺酸培氟沙星与人血清白蛋白的结合模式.计算表明,甲磺酸培氟沙星可结合在人血清白蛋白的两个药物结合位点,疏水作用即熵效应在药物与蛋白的结合中起重要作用,预测的结合自由能和实验值基本一致.

关键词：甲磺酸培氟沙星人血清白蛋白分子模建结合模式

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HIV-1 gp41蛋白与其抑制剂NB-2的结合模式

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北京工业大学学报 2010年第8期36卷 1118-1123页

作者：王存新丛肖静孔韧谭建军陈慰祖北京工业大学生命科学与生物工程学院北京100124

为了设计以HIV-1跨膜蛋白gp41为靶点的抑制剂,采用分子对接、分子动力学模拟及自由能计算方法研究了gp41与其抑制剂NB-2的结合模式,利用从头药物设计方法,通过改造NB-2的结构,设计了有效的gp41选择性抑制剂,并用分子对接方法评价了这些... 详细信息

为了设计以HIV-1跨膜蛋白gp41为靶点的抑制剂,采用分子对接、分子动力学模拟及自由能计算方法研究了gp41与其抑制剂NB-2的结合模式,利用从头药物设计方法,通过改造NB-2的结构,设计了有效的gp41选择性抑制剂,并用分子对接方法评价了这些新化合物的结合模式和能力.从分子对接结果得到2种主要的NB-2与gp41的结合模式.分子动力学模拟和自由能计算结果表明,结合模式1优于模式2,所以模式1是比较合理的结合模式.从结合模式1出发设计了103个新的化合物,这些化合物具有已知gp41抑制剂所没有的结构特征且大部分化合物比NB-2与gp41的结合自由能低.得到的结合模式合理解释了NB-2与gp41的相互作用.

关键词： HIV-1 gp41 抑制剂结合模式分子模拟从头药物设计

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吸光分子识别功能试剂锌原卟啉与组胺的结合模式研究

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化学学报 2004年第9期62卷 905-910,M005页

作者：童爱军童春媛杨庆怡加藤雄一西泽精一寺前纪夫清华大学化学系北京100084 日本东北大学化学系日本仙台9808578

市售试剂锌原卟啉具有可提供配位结合位点的中心金属原子、可提供氢键和电荷结合位点的两个羧酸基 ,卟吩环独特的吸光及发光特性使其成为一种有潜力的分子识别功能试剂 .本文以紫外光谱研究了锌原卟啉在水溶液中对组胺的分子识别 ;通过... 详细信息

市售试剂锌原卟啉具有可提供配位结合位点的中心金属原子、可提供氢键和电荷结合位点的两个羧酸基 ,卟吩环独特的吸光及发光特性使其成为一种有潜力的分子识别功能试剂 .本文以紫外光谱研究了锌原卟啉在水溶液中对组胺的分子识别 ;通过1 H核磁共振及其NOE测定方式对锌原卟啉分子中各质子的核磁共振位移进行了归属 ,研究了氘代DMSO中主客体的结合模式 .通过分子轨道理论计算验证了卟吩环外两个羧酸基与组胺氨基形成的两对氢键。

关键词：锌原卟啉分子识别功能试剂组胺核磁共振紫外光谱分子轨道理论结合模式主客体化学 DNA

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带延迟的分组密码算法密钥结合模式设计

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电子科技大学学报 2007年第3期36卷 649-651页

作者：罗岚瞿泽辉周世杰张凤荔秦志光魏正耀电子科技大学计算机科学与技术学院成都610054

提出了一种分组密码算法的延迟结合模式,进行了基于信息论原则的安全性证明,并对加入延迟后的密钥执行效率进行了评估。对于算法公开的分组密码,使用密钥延迟技术加强密码体制本身的强度,弱化种子密钥通过互联网公开分发造成的信息泄漏... 详细信息

提出了一种分组密码算法的延迟结合模式,进行了基于信息论原则的安全性证明,并对加入延迟后的密钥执行效率进行了评估。对于算法公开的分组密码,使用密钥延迟技术加强密码体制本身的强度,弱化种子密钥通过互联网公开分发造成的信息泄漏,特别可以有效阻止中间人唯密文进行的算法还原攻击。

关键词：分组密码算法比特延迟密钥结合模式

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作用于秋水仙碱位点的微管蛋白抑制剂的结合模式研究与结构模型的构建

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化学学报 2008年第14期66卷 1735-1739页

作者：李耀武周有骏朱驹郑灿辉陈军盛春泉吕加国唐辉栗亚男张珏第二军医大学药学院药物化学教研室上海200433

采用对接的方法建立了秋水仙碱位点抑制剂与微管蛋白的结合模式,并构建了其结构模型.结果表明:抑制剂主要借助于与口袋I和II的疏水作用,以及同α-Thr178,α-Val181和β-Cys241之间的氢键来实现与微管蛋白的结合.根据抑制剂的结合构象,... 详细信息

采用对接的方法建立了秋水仙碱位点抑制剂与微管蛋白的结合模式,并构建了其结构模型.结果表明:抑制剂主要借助于与口袋I和II的疏水作用,以及同α-Thr178,α-Val181和β-Cys241之间的氢键来实现与微管蛋白的结合.根据抑制剂的结合构象,将抑制剂的结构分为A,B以及AB间的桥连三个部分,从而建立了由A部分中的疏水中心H1、氢键受体A1,B部分中的疏水中心H2、疏水基团H3和极性原子P以及桥连结构中的氢键受体A2组成的结构模型.并指出H1与H2对活性的影响因素分别为疏水基团的体积和平面特征,而桥连部分则应以刚性的形式保证AB处于桥连的同侧(即顺式构象).还提出在A2与loop区之间存在一个的潜在氢键受体A3.研究结果为设计新型小分子微管蛋白抑制剂提供指导.

关键词：微管蛋白秋水仙碱对接结合模式结构模型

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基于咪唑离子液体与萤火虫荧光素酶的结合模式预测混合物毒性

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科学通报 2015年第19期60卷 1810-1819页

作者：陈浮刘树深余沫李恺同济大学环境科学与工程学院长江水环境教育部重点实验室上海200092

混合物毒性的评估与预测一直是毒理学和环境科学领域的前沿和热点.浓度加和模型(CA)和独立作用模型(IA)是目前应用最多的2个加和参考模型.但是,由于作用模式的相似性或相异性难以确定,难以在实际工作中选择合适的参考模型.为了探索分子... 详细信息

混合物毒性的评估与预测一直是毒理学和环境科学领域的前沿和热点.浓度加和模型(CA)和独立作用模型(IA)是目前应用最多的2个加和参考模型.但是,由于作用模式的相似性或相异性难以确定,难以在实际工作中选择合适的参考模型.为了探索分子水平上的结合模式与加和模型的关系,本研究以4种1-烷基-3-甲基咪唑氯离子液体([Cnmim]Cl,n=2,6,8,12)和萤火虫荧光素酶为研究对象,采用分子对接和分子动力学模拟确定离子液体与萤火虫荧光素酶的结合模式,结果表明[C2mim]Cl和[C6mim]Cl与荧光素酶具有相似的结合模式(BP1和BP2),[C8mim]Cl和[C12mim]Cl具有相同的结合模式(BP3).通过荧光素酶微板毒性分析法测定4个离子液体及两两组合构成的6个二元混合物体系共18条混合物射线的发光抑制毒性,应用CA和IA模型评估混合物毒性.结果表明,具有不同结合模式的[C2mim]Cl-[C8mim]Cl和[C2mim]Cl-[C12mim]Cl混合物体系,其毒性可用IA预测;具有相同结合模式的[C2mim]Cl-[C6mim]Cl和[C8mim]Cl-[C12mim]Cl体系,其毒性可用CA预测;而[C6mim]Cl-[C8mim]Cl和[C6mim]Cl-[C12mim]Cl体系,其部分混合物毒性可用CA描述,因其组分的结合模式既有相似性又有相异性.

关键词：混合物毒性结合模式预测模型浓度加和模型独立作用模型

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黄酮苷类与表皮生长因子受体结合模式的理论研究

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中草药 2009年第3期40卷 420-423页

作者：王晶晶刘巍徐为人刘鹏刘冰妮汤立达天津医科大学基础医学院天津300070 天津药物研究院天津市新药设计与发现重点实验室天津300193 天津药物研究院天津药代动力学与药效动力学省部共建国家重点实验室天津300193

目的利用对接方法对黄酮苷类与表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)结合模式和能力进行理论研究。方法从RCSB Protein数据库检索EGFR晶体结构为受体,收集黄酮苷类配体,用Schrodinger 8.0软件对受体和配体进行对接... 详细信息

目的利用对接方法对黄酮苷类与表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)结合模式和能力进行理论研究。方法从RCSB Protein数据库检索EGFR晶体结构为受体,收集黄酮苷类配体,用Schrodinger 8.0软件对受体和配体进行对接计算,分析其作用模式和对接分数。结果EGFR和黄酮苷类配体能够较好对接,其作用模式大致分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ3种,3位和2′位的取代对结合模式的影响较大,3、5、7、4′位取代的变化对结合能力影响较大。结论黄酮苷类化合物存在与EGFR较好的结合,其中可能有选择性和多靶标的EGFR抑制剂存在,其取代位置和方式可以影响结合模式和能力,对于研究黄酮苷类抗肿瘤药物具有参考价值。

关键词：黄酮苷表皮生长因子受体对接计算结合模式

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ACEC-结构域选择性抑制二肽与ACE结构域的结合模式

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食品科学 2017年第5期38卷 160-166页

作者：管骁洪延涵刘静李景军孙注韩飞上海理工大学医疗器械与食品学院上海200093 上海海事大学信息工程学院上海201306 江苏长寿集团有限公司江苏无锡226500 内蒙古燕谷坊生态农业发展(集团)有限公司内蒙古呼和浩特201106 国家粮食局科学研究院北京100037

IW(Ile-Trp)、VW(Val-Trp)是两种对人体体细胞ACE(somatic ACE,s ACE)中的C-结构域(C-domain)具有选择抑制性活性的食源性二肽,但其与ACE两个结构域(包括C-domain和N-domain)的结合模式与分子机制尚不明确。本实验采用分子柔性对接技术... 详细信息

IW(Ile-Trp)、VW(Val-Trp)是两种对人体体细胞ACE(somatic ACE,s ACE)中的C-结构域(C-domain)具有选择抑制性活性的食源性二肽,但其与ACE两个结构域(包括C-domain和N-domain)的结合模式与分子机制尚不明确。本实验采用分子柔性对接技术分别对上述两种肽与靶标的作用位点、结合能及作用力类型等进行研究。对接结果表明,IW、VW与ACE C-domain的活性位点存在氢键、亲水、疏水相互作用力及配位键,与N-domain作用模式相似,但生成氢键数目较少,且与Zn^(2+)不产生静电相互作用。通过比较IW、VW分别与两个结构域结合的能量差异,证明IW、VW针对两个结构域有不同的抑制强度,可为指导开发ACE C-domain选择性抑制肽提供理论参考。

关键词： ACE C-domain选择性抑制肽柔性对接结合模式

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