检索结果-内蒙古大学图书馆

作者：陈昱全国立交通大学

学位级别：硕士

近年来，ncRNA这种不会转译成蛋白质的RNA分子在生物领域越来越受重视。他们在细胞内扮演许多重要的角色，包括基因调控、RNA的修改与参与染色体的复制等等。生物学家在PDB资料库的RNA结构中发现有许多反复出现的相似子结构，这些相似... 详细信息

近年来，ncRNA这种不会转译成蛋白质的RNA分子在生物领域越来越受重视。他们在细胞内扮演许多重要的角色，包括基因调控、RNA的修改与参与染色体的复制等等。生物学家在PDB资料库的RNA结构中发现有许多反复出现的相似子结构，这些相似的子结构就被称为RNA结构模体。许多研究也已经证明了这些RNA结构模体通常具有特定的功能。然而，把结构模体从PDB资料库中的RNA结构准确地辨识出来仍是一件具有挑战性的工作。RNAMotifScan这个工具是利用一维序列与二级结构资讯进行序列比对以找出在一个给定的RNA结构中的一个特定RNA结构模体。但是，RNA的一维序列在演化上比RNA二级与三级结构较不具有保守性，这意味着一维序列在辨识RNA结构模体的用处比不上二级与三级结构。在本论文中，我们使用先前所发展的结构字元将RNA三级结构编码成一维结构序列，并且进一步修改RNAMotifScan程式使得修改后的RNAMotifScan能以RNA的硷基对（即二级结构资讯）与一维结构序列（即三级结构资讯）来辨识RNA结构模体。最后，我们的实验结果显示上述的方法确实能够进一步地改善原本的RNAMotifScan在辨识RNA结构模体的执行效能。

关键词：生物资讯 RNA三级结构结构模体弧线注解序列

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胰岛素超家族中的结构模体

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生命的化学 2000年第1期20卷 20-21页

作者：冯佑民中国科学院上海生命科学研究院上海生物化学研究所分子生物学国家重点实验室上海200031

胰岛素及其相关蛋白质形成一个超家族,其成员不仅存在于脊椎动物而且也相继在脊索动物[1、2]、软体动物[3]、昆虫[4]和线虫(Caenorhabditis elegans)[5]中发现.它们是机体代谢和生长的重要调节因子,而彼此生物功能不同.

关键词：胰岛素超家族结构模体结构功能

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基于结构模体和在线学习策略的蛋白质二级结构预测

基于结构模体和在线学习策略的蛋白质二级结构预测

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中国化学会第14届全国计算(机)化学学术会议暨分子模拟国际论坛

作者：印春凯周鹏杰丛培盛李通化同济大学

人类在蛋白质二级结构预测的领域已经做了许多的工作,取得了丰富的研究成果,一些优秀的预测方法准确率已经超过了80%,表明不以繁琐昂贵的实验手段来获取蛋白质的结构是可行的。我们发现现有的大多机器学习预测方法,对于同源性较高的蛋... 详细信息

人类在蛋白质二级结构预测的领域已经做了许多的工作,取得了丰富的研究成果,一些优秀的预测方法准确率已经超过了80%,表明不以繁琐昂贵的实验手段来获取蛋白质的结构是可行的。我们发现现有的大多机器学习预测方法,对于同源性较高的蛋白质表现十分出色,而对于同源性较低的目标蛋白则显得力不从心,具体表现为对实验方式测得的新蛋白预测准确度的下降。本文提出一种基于结构模体（Structure-Motif）结合在线学习策略的方法,针对蛋白质同源性高低采用不同的变量进行预测。采集2015年之前PDB中发布的蛋白质数据建立模板库和模体库,采用两种不同的方式建模。预测时,用PSI-BLAST进行序列比对,分别处理,方法流程如图1:Score>60为高同源序列:使用PSI-BLAST比对模板库,得到SPSSM作为变量,运用条件随机场进行预测。SPSSM是我们曾经提出的一种基于PSSM的新变量,能够最大程度地反映序列之间的同源性信息。Score<60为低同源序列。建模时定义具有"长度为9,且中心处结构唯一"性质的氨基酸片段为结构模体,并建立相应模体数据库（9mer Database）,经统计其结构唯一性高达99.81%。预测时待预测序列切片通过与结构模体库的CDHIT聚类信息、最邻近模体的BLUSOM62代换得分向量作为预测变量,用条件随机场进行预测。由于模体来源于不同蛋白质,因而避免了同源建模方法中,比对整条蛋白所面临的同源性过低的尴尬。本方法定期自动采集PDB最新数据,实现模型在线学习,模板库、模体库自更新,经验证,在9个月对于PDB新增数据的学习之后,本方法对于原测试集的预测准确从72%上升为94%。

关键词：结构模体蛋白质二级结构 SPSSM CDHIT

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供应链网络风险扩散动力学模型及其应用

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系统工程理论与实践 2015年第8期35卷 2014-2024页

作者：赵钢杨英宝包旭南京航空航天大学民航学院南京210016 淮阴工学院交通工程学院淮安223003 江苏省交通运输与安全保障重点实验室淮安223003

在考察分析供应链网络结构域组分特征的基础上,建立了供应链网络风险扩散动力学模型,给出其定态解.该模型由一组方程构成,设置了风险产生项与风险湮没项,合理考虑了风险在供应链网络主体间的传导概率,并设置了主体感染风险阈值.该模型... 详细信息

在考察分析供应链网络结构域组分特征的基础上,建立了供应链网络风险扩散动力学模型,给出其定态解.该模型由一组方程构成,设置了风险产生项与风险湮没项,合理考虑了风险在供应链网络主体间的传导概率,并设置了主体感染风险阈值.该模型能够反映供应链网络中风险扩散机理,也可以揭示供应链网络结构演进下的风险扩散特征变化.将模型运用到实际的农产品供应链网络中,获得了当前农产品供应链网络及其演进结构下的风险扩散特性.

关键词：风险扩散供应链网络动力学模型结构模体农产品

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Using a Structural Alphabet to Find Structural Motifs across Protein Families

Using a Structural Alphabet to Find Structural Motifs across...

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作者：吴智远国立清华大学

学位级别：博士

To identify the characteristics and networking of biological macromolecules is one of the main works of current biology. While the solved structures are available, the three major factors which researchers concern about biological macromolecules are fundamental principles, structures, and functions. Revealing how fundamental principles in physics drive macromolecules folding into their correct structures, how structures possess the characteristics for binding ligands and interacting with each other, and how structures cooperate with fundamental principles together to guide macromolecules function correctly are the main tasks nowadays. Among biological macromolecules, proteins participate in virtually every process within cells. Hence, topics in related fields are in great demand today. In this work, we tried to approach the physic and structural basis underlying interactions between protein and macromolecules/other ligands. In summary, technically we have developed two complementary structural-alphabet-based methods for approaching structural motif discovery problems: (i) a fully automated strategy to find structural motifs across protein families without requiring a query motif or essential residues and (ii) a strategy using descriptors of key components defined from known motifs to find structurally and functionally equivalent regions in other protein families. We also combined the first strategy with a method based on electrostatic stabilization and evolutionary conservation to illustrate the usefulness for detecting binding sites. Biologically, we pointed out a local structural unit stabilized by conserved intra-interactions employed as the core region for specific function in a known motif can be also found for the same purposes in other proteins with different folds. These kinds of units were defined as key components, such as the ‘corner’ architecture in helix-turn-helix motif and the ‘βα’ components in Rossmann fold domains. The results suggest that

关键词：结构模体结构字母表角型模体关键元件

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抗HIV-1 furin/kexin酶抑制剂的研制

抗HIV-1 furin/kexin酶抑制剂的研制

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作者：张震同济大学

学位级别：硕士

本论文综述部分主要回顾了近年来对HIV-1入侵过程及其抑制剂的研究进展和在前体加工酶与抑制剂研究领域的一些新进展.前体蛋白加工酶在HIV-1入侵过程中起到了重要的作用,对该家族蛋白酶抑制剂的研究就很有必要.在本实验室发现从天然绿... 详细信息

本论文综述部分主要回顾了近年来对HIV-1入侵过程及其抑制剂的研究进展和在前体加工酶与抑制剂研究领域的一些新进展.前体蛋白加工酶在HIV-1入侵过程中起到了重要的作用,对该家族蛋白酶抑制剂的研究就很有必要.在本实验室发现从天然绿豆中纯化的绿豆Bowman-Birk抑制剂具有较强的对kexin抑制活力的基础上,以胰蛋白酶抑制剂MBTI Lys片断为对象,设计了从P1~P7位点(包括P5、P9位的二硫键)共5个突变体(M0~M3,M1').本文的创新点在于首次成功将MBTI片段改造成前体加工酶的抑制剂,具有抑制活力高、分子量小的优点,是一种极具开发应用潜质的多肽类抑制剂.

关键词： HIV-1抑制剂前体蛋白加工酶抑制剂天然支架活性位点嵌入结构模体艾滋病

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肽类毒素(蜘蛛、蝎、芋螺)的三维结构

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生命科学研究 2006年第S1期10卷 42-47页

作者：廖智梁宋平长沙学院生物工程与环境科学系中国湖南长沙410003 湖南师范大学生命科学学院蛋白质化学研究室中国湖南长沙410081

多肽类毒素研究是目前毒素研究的一个重点,对多肽类毒素的三维结构的研究是了解其结构与功能关系的重要基础.对蜘蛛、蝎以及芋螺这3类代表性的有毒动物的多肽类毒素在结构研究方面的进展及其三维结构的特点进行了介绍.其中,蜘蛛毒素多... 详细信息

多肽类毒素研究是目前毒素研究的一个重点,对多肽类毒素的三维结构的研究是了解其结构与功能关系的重要基础.对蜘蛛、蝎以及芋螺这3类代表性的有毒动物的多肽类毒素在结构研究方面的进展及其三维结构的特点进行了介绍.其中,蜘蛛毒素多肽分子的结构主要发现有ICK模体(Inhibitor Cystine Knot motif)和D DH模体(disulfided-irectedh-airpin)两类,蝎毒素中长链肽类毒素分子和短链肽类毒素分子的结构明显不同,前者以CSα/β结构模体(Cyss-tabilizedα/βfold m otif)为主,后者则以α/β脚手架结构模体(α/βscaffoldm otif)为主.相对于蜘蛛和蝎而言,芋螺肽类毒素分子的三维结构则表现得更为复杂多样.

关键词：多肽类毒素三维结构二硫键结构模体

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锌基合金在大型注塑模具中的应用

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模具工业 1985年第4期 36-39页

作者：郭银康山东淄博市481厂

随着塑料制件在工业和生活中的越来越广泛的应用,以及塑料制件自身造形和体积的增大,模具的趋向也变得越来越大、越来越重、越来越笨。现已发展到了数吨重。“大、重、笨”是大型塑料模具制造中的三大障碍。这一点尤以模体最为突出。因... 详细信息

随着塑料制件在工业和生活中的越来越广泛的应用,以及塑料制件自身造形和体积的增大,模具的趋向也变得越来越大、越来越重、越来越笨。现已发展到了数吨重。“大、重、笨”是大型塑料模具制造中的三大障碍。这一点尤以模体最为突出。因为模体不但内含型腔,也是导向机构、水冷系统之所在。由此可见,模腔壁厚不仅取决于强

关键词：大型注塑模具导向机构水冷系统腔板锌基合金锌合金结构模体模架凹模模具型腔成形压力成型压力整体模

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对于异形装饰张拉膜结构施工技术在室内装饰中的应用

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现代装饰（理论） 2015年第8期 12-13页

作者：车锦萍深圳市洪涛装饰股份有限公司

随着我国改革开放,经济迅速发展,建筑行业也不断进步,建筑工程室内装修遇到了前为现代建筑的主流思想。异形装饰张拉膜结构在这个过程中得到了重分的重视,也表现出了其独特的魅力,得到了广泛的应用。异形装饰张拉膜结构的发展应用展现... 详细信息

随着我国改革开放,经济迅速发展,建筑行业也不断进步,建筑工程室内装修遇到了前为现代建筑的主流思想。异形装饰张拉膜结构在这个过程中得到了重分的重视,也表现出了其独特的魅力,得到了广泛的应用。异形装饰张拉膜结构的发展应用展现了人们回归自然、个性、多元性。异形装饰张拉膜结构利用膜材表面的漫反射,形成无反差的透光面以及阴影面,使室内光线条件和谐。本文就异形装饰张拉膜结构工程的特点及难点以及异形装饰张拉膜结构的艺术要求和施工效果展开讨论。

关键词：拉膜结构工程光线条件艺术要求室内装修定位精度要求钢结构安装结构模体施工技术元性

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探勘生物序列循序样式的高效率方法

探勘生物序列循序样式的高效率方法

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作者：廖强棋国立台湾大学

学位级别：博士

Scientific progress in recent years has led to the generation of huge amounts of biological data, most of which remains unanalyzed. Mining the data may provide insights into various realms of biology, such as finding co-occurring biosequences, which are essential for biological data mining and analysis. Data mining techniques like sequential pattern mining may reveal implicitly meaningful patterns among the DNA or protein sequences. Pattern mining for biological sequences is an important problem in bioinformatics and computational biology. Sequential pattern mining can reveal all-length motifs in biological sequences. Performing sequential pattern mining on biological sequences helps reveal implicit motifs/patterns, which are usually of functional significance and have specific structures. If biologists hope to uncover the potential of sequential pattern mining in their field, it is necessary to move away from traditional sequential pattern mining algorithms since these algorithms have difficulty in handling small alphabets and long sequence lengths in biological data, such as gene and protein sequences. To tackle the problem, this dissertation proposes an approach called Depth-First SPelling (DFSP) algorithm for mining sequential patterns in biological sequences. DFSP is a general model for mining sequential patterns of biological sequences. The algorithm’s processing speed is faster than that of PrefixSpan, its leading competitor, and DFSP is superior to other sequential pattern mining algorithms for biological ***, gap constraints are important in computational biology since they cope with irrelative regions, which are not conserved in evolution. An approach is devised to efficiently mine sequential patterns (motifs) of biological sequences with gap constraints in this dissertation. The approach is called the Depth-First Spelling algorithm for mining sequential patterns with Gap constraints in biological sequences (referred to as DFSG). DFSG is

关键词：循序样式结构模体样式探勘资料探勘生物资讯

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