运用大规模分子动力学并行开源代码NAMD测试了深腾7000 G GPU集群的性能。在配备有Teslac1060与双路4核CPU的节点上,分别对烟草花病毒(STMV),血脂蛋白(ApoA1)与Tiny这3类分子进行了单节点与多节点的测试。测试结果表明:GPU相较于CPU...
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运用大规模分子动力学并行开源代码NAMD测试了深腾7000 G GPU集群的性能。在配备有Teslac1060与双路4核CPU的节点上,分别对烟草花病毒(STMV),血脂蛋白(ApoA1)与Tiny这3类分子进行了单节点与多节点的测试。测试结果表明:GPU相较于CPU能获得平均2至8倍性能提升,可为大规模分子的模拟提供高性价比的解决方案。然而,多节点下GPU的利用率却有所降低,其并行扩展性能也受到一定限制。另外,一些重要的分子结构构建的指标,如范德华力静止点的值也在一定程度上影响着模拟性能。
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