检索结果-内蒙古大学图书馆

畜牧兽医学报 2022年第3期53卷 731-742页

作者：周世玉米热姑丽·麦麦提刘鹏孟阳聂文悦滕培晨单文娟新疆大学生命科学与技术学院新疆生物资源基因工程重点实验室乌鲁木齐830046

旨在利用分子遗传学方法检测东帕米尔高原地区极端环境对当地藏兔群体的遗传多样性、遗传结构及遗传分化的影响,为帕米尔高原物种多样性和遗传多样性的保护提供研究资料。本研究通过PCR扩增及测序技术测定东帕米尔高原地区藏兔的线粒体... 详细信息

旨在利用分子遗传学方法检测东帕米尔高原地区极端环境对当地藏兔群体的遗传多样性、遗传结构及遗传分化的影响,为帕米尔高原物种多样性和遗传多样性的保护提供研究资料。本研究通过PCR扩增及测序技术测定东帕米尔高原地区藏兔的线粒体CO1与ND4基因序列,使用相关生物信息学软件进行数据分析。结果表明,东帕米尔高原地区4个采样点37例藏兔样本的线粒体基因串联序列共检测到17种单倍型,总核苷酸多样性为(0.012±0.006),单倍型多样性为(0.935±0.021),均低于世界其他兔属物种如塔里木兔、欧兔,且海拔相对较高的藏兔群体的遗传多样性低于海拔相对较低的藏兔群体。ML树及中介网络图将全部藏兔分成3个枝Clade A-C,A枝中的样本包含了全部采样地的混合单倍型,B枝仅包含红其拉甫口岸的样本,C枝的样本在世界兔属物种系统发育树中与塔里木兔聚在一起。遗传分化方面,采样点中海拔最高的红其拉甫口岸地区的藏兔种群与其他地理种群间的分化程度最大,乌恰县与阿克陶县两个地理种群间分化程度最小且基因流最大。结合前人的研究成果,本研究结果显示,生活在东帕米尔高原地区的藏兔遗传多样性较低,且未呈现出较强的系统地理分布格局;红其拉甫口岸的藏兔受高原极端环境影响,在线粒体基因水平上与其他藏兔存在一定程度的分化,可能形成了不同的生态型;并且在部分藏兔样本中发现了与塔里木兔线粒体基因渗透现象。

关键词：藏兔高原线粒体基因群体遗传进化

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基于COI基因的黄河河南-山东段鲤群体遗传结构分析

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淡水渔业 2025年第2期55卷 43-52页

作者：薛向平孙朝徽刘霞惠筠李学军李秀启司飞河北省渤海鱼类种质资源保护与利用重点实验室中国水产科学研究院北戴河中心实验站河北秦皇岛066100 中国水产科学研究院渤海渔业研究中心河北秦皇岛066100 河南省水产科学研究院郑州450044 河南师范大学河南新乡453007 山东省淡水渔业研究院济南250013

为了解黄河河南-山东段黄河鲤(Cyprinus carpio haematopterus)野生和养殖群体的种质资源现状,本研究基于线粒体COI基因序列,对黄河河南-山东段的6个野生和2个养殖群体,共计204尾黄河鲤样本进行了遗传多样性分析。研究结果表明,204条长... 详细信息

为了解黄河河南-山东段黄河鲤(Cyprinus carpio haematopterus)野生和养殖群体的种质资源现状,本研究基于线粒体COI基因序列,对黄河河南-山东段的6个野生和2个养殖群体,共计204尾黄河鲤样本进行了遗传多样性分析。研究结果表明,204条长度为628 bp的COI基因序列中,碱基A、T、C和G的平均含量分别为26.74%、27.41%、28.01%和17.84%,A+T的含量(54.15%)高于C+G的含量(45.85%),表现出明显的AT偏倚性。8个黄河鲤群体共检测到18个多态位点,定义了17个单倍型,Hap2、Hap4和Hap5出现频次最高,其中Hap4和Hap5为8个黄河鲤群体共有单倍型,分布于133个样本中,占总样本数的65.20%。核苷酸多样性(Pi)为0.00097~0.00254,单倍型多样性(Hd)为0.451~0.837,遗传多样性水平总体偏低,表现出高Hd低Pi。山东东阿(DE)群体的遗传多样性最高,其次为河南三门峡(SMX)群体、河南恼里(NL)群体,最低为河南养殖群体(HNYZ)群体。群体间Fst及遗传距离结果显示,黄河口(HHK)群体与其他群体间存在一定程度遗传分化,但不显著,HHK和DE群体的遗传距离最大,河南段柳园口(LYK)群体和河南养殖(HNYZ)群体的遗传距离最小;8个群体的分子方差分析(AMOVA)显示,变异主要来源于群体内,占总变异86.04%;中性检验和碱基错配分布结果分析表明,黄河鲤群体历史上可能经历过扩张或持续增长,当在环境、捕捞等外部压力减小的情况下种群可能实现快速补充,这为当前种群资源量匮乏形势下黄河鲤的种群资源恢复提供了良好信号。

关键词：黄河鲤(Cyprinus carpio haematopterus) 线粒体COI基因遗传多样性群体遗传进化

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基于56K SNP芯片的云南高原粳稻群体结构分析

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分子植物育种 2024年第17期22卷 5630-5639页

作者：王天杰李娟罗迪朱骞王春丽刘福根李欣飞李俊杰苏鹏何玉陈丽娟李东宣云南农业大学稻作研究所昆明650201 云南农业大学云南省作物生产与智慧农业重点实验室昆明650201 云南农业大学省部共建云南生物资源保护与利用国家重点实验室昆明650201

为了保存和合理利用云南宝贵的稻种资源,明晰云南高原粳稻资源间的遗传关系,本研究收集了云南不同稻区的代表性粳稻主栽品种及其骨干亲本,利用水稻56K SNP芯片检测鉴定,基于鉴定到的SNP进行了系统进化树构建、主成分分析以及遗传结构分... 详细信息

为了保存和合理利用云南宝贵的稻种资源,明晰云南高原粳稻资源间的遗传关系,本研究收集了云南不同稻区的代表性粳稻主栽品种及其骨干亲本,利用水稻56K SNP芯片检测鉴定,基于鉴定到的SNP进行了系统进化树构建、主成分分析以及遗传结构分析。246份供试材料共获得40207个高质量SNP,结合SNP变异类型注释,最终筛选获得均匀分布在12条染色体上的30939个核心多态性SNP位点,并成功构建了云南高原粳稻群体的特征分子指纹图谱数据库。云南高原粳稻群体群体结构分析(系统进化树,主成分分析以及遗传结构分析)结果高度保持一致趋势,结果表明同一系列类型稻区内的材料间亲缘关系较近;稻区间均有不同程度亲缘交融。群体遗传多态性与结构分析明确表明,云南高原粳稻品种资源以“滇杂”“滇禾优”“楚粳”“云粳”“合系”“凤稻”“丽粳”“剑粳”等系列育成品种为主导。研究阐明了云南高原粳稻品种资源的遗传结构及其亲缘关系,结果将为云南高原粳稻群体分子鉴定及其优良特性的研究奠定基础,为高原粳稻分子设计育种提供理论依据。

关键词：云南粳稻资源 56K SNP 群体遗传进化

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全基因组重测序及其在动物育种的研究进展

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畜牧与兽医 2017年第11期49卷 145-148页

作者：宋志芳芦春莲曹洪战河北农业大学动物科技学院河北保定071000 河北农业大学猪业科学研究所河北保定071000

随着生物科学技术的发展以及基因研究的深入,越来越多地使用全基因组测序和高通量测序技术,以期在全基因组水平上找到与疾病或动植物复杂性状有关的遗传变异,分析个体或群体之间的基因序列差异或结构差异,检测范围广、效率高、准确度高... 详细信息

随着生物科学技术的发展以及基因研究的深入,越来越多地使用全基因组测序和高通量测序技术,以期在全基因组水平上找到与疾病或动植物复杂性状有关的遗传变异,分析个体或群体之间的基因序列差异或结构差异,检测范围广、效率高、准确度高。本文就全基因组重测序的主要内容和研究进展加以综述。

关键词：全基因组重测序变异高通量测序群体遗传进化

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甘蔗条纹花叶病毒分子遗传进化及其编码的RNA沉默抑制子功能鉴定

甘蔗条纹花叶病毒分子遗传进化及其编码的RNA沉默抑制子功能鉴定

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作者：付卫林福建农林大学

学位级别：硕士

甘蔗条纹花叶病毒(Sugarcane streak mosaic virus,SCSMV)主要分布在包括中国在内的亚洲国家,是甘蔗花叶病病原之一,属于马铃薯Y病毒科禾本科病毒属Poacevirus的成员。本研究根据SCSMVcp序列设计了 1对特异性引物和1条TaqMan探针,并建... 详细信息

甘蔗条纹花叶病毒(Sugarcane streak mosaic virus,SCSMV)主要分布在包括中国在内的亚洲国家,是甘蔗花叶病病原之一,属于马铃薯Y病毒科禾本科病毒属Poacevirus的成员。本研究根据SCSMVcp序列设计了 1对特异性引物和1条TaqMan探针,并建立了一步法检测SCSMV的荧光定量RT-PCR方法。结果表明该方法具有较高的特异性,与SCMV、SrMV、SCYLV等多种甘蔗病毒无交叉反应,可以检测到100拷贝的ssRNA或者2 pg的甘蔗叶片总RNA。应用建立的荧光定量RT-PCR和常规RT-PCR对35份田间疑似感病样品进行平行检测,结果荧光定量RT-PCR检出率为68.6%,高于常规RT-PCR方法(48.6%)。建立的荧光定量RT-PCR方法特异性好、灵敏度高,而且快速简便,可应用于SCSMV的检验检疫和流行病学调查。随后,克隆了两个SCSMV中国分离物(YN-YZ211和HN-YZ49)和一个缅甸分离物(MAY-Formosa)全基因组序列。一致性分析表明,他们之间的全基因组及多聚蛋白氨基酸序列一致性分别为96.8-99.5%和98.9-99.6%,与其他地理来源的分离物相比,分别为81.5-98.8%和94.0-99.6%。基于多聚蛋白氨基酸序列的系统进化分析显示,10个SCSMV亚洲分离物可以划分为两个不同进化分支(G-1和G-2),其中G-1包括来自中国、缅甸、日本、印度、印度尼西亚和泰国的8个分离物,G-2包含印度的IND671分离物和巴基斯坦的PAK分离物。G-1和G-2两组种群之间存在高度遗传变异性,全基因组核苷酸和多聚蛋白氨基酸序列一致性分别为80.6-81.8%和94.0-95.3%。种群之间存在明显的遗传分化,基因交流不频繁。G-1种群内没有明显的遗传分化,基因交流频繁,且存在重组现象。选择压力分析发现P1蛋白有一个氨基酸残基为正向选择位点。最后,利用基因枪轰击甘蔗嫩叶和农杆菌共浸润本氏烟16C的瞬时表达系统,鉴定SCSMV编码的P1蛋白沉默抑制子功能。SCSMV编码的P1、HC-Pro和P1/HC-Pro基因连同EYFP报告基因分别导入甘蔗嫩叶组织细胞,结果显示P1基因能够显著提高外源基因EYFP表达水平,轰击72小时后,EYFP荧光表达细胞数目和荧光强度显著增加,与不含目的基因(pUbi-Nos)阴性对照相比,分别提高1.74倍和2.27倍;P1/HC-Pro基因略有提高EYFP荧光表达水平;而HC-Pro基因没有提高EYFP荧光表达水平。农杆菌共浸润本氏烟16C结果表明,P1显著提高本氏烟叶片GFP荧光表达,共注射3天后(3 dpi),P1及GFP的mRNA表达量最高,分别为阴性对照组的382倍和16倍;P1/HC-Pro也能提高本氏烟叶片GFP荧光表达,共注射1 d后(1 dpi),P1/HC-Pro及GFP的mRNA表达量最高;HC-Pro没能提高本氏烟叶片GFP荧光表达,HC-Pro及GFP的mRNA表达量一直处于较低水平,与阴性对照相当。我们初步推断P1是一种较强的RNA沉默抑制子,HC-Pro没有抑制RNA沉默的活性,与P1融合表达蛋白(P1/HC-Pro)会降低P1抑制子活性。综上所述,本研究建立了高效、灵敏、快速的SCSMV实时荧光定量RT-PCR检测技术,分析了 SCSMV群体遗传分化的分子机制,首次鉴定了 P1蛋白具有抑制RNA沉默的功能。这些研究成果为进一步探索SCSMV与植物互作的分子机制奠定了基础,为甘蔗花叶病的生态防控提供重要的技术支撑。

关键词：甘蔗条纹花叶病毒实时荧光定量RT-PCR 群体遗传进化 P1蛋白 RNA沉默抑制子

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