检索结果-内蒙古大学图书馆

光谱学与光谱分析 2018年第2期38卷 441-447页

作者：邱尤丽辛美玲李鱼华北电力大学环境科学与工程学院北京102206 华北电力大学资源环境系统优化教育部重点实验室北京102206

对17个PAEs训练集分子、五个PAEs测试集分子,应用Discovery Studio软件构建PAEs分子拉曼特征振动光谱的3DQSAR药效团模型,并对PAEs分子(以环境优先控制污染物DMP,DBP和DNOP为例)进行9种常见的疏水基团取代反应,同时利用密度泛函理论B3LY... 详细信息

对17个PAEs训练集分子、五个PAEs测试集分子,应用Discovery Studio软件构建PAEs分子拉曼特征振动光谱的3DQSAR药效团模型,并对PAEs分子(以环境优先控制污染物DMP,DBP和DNOP为例)进行9种常见的疏水基团取代反应,同时利用密度泛函理论B3LYP/6-31G(d)计算气态环境中取代前后PAEs的拉曼特征振动光谱,筛选PAEs拉曼特征振动光谱显著增强的衍生物。研究结果表明:药效团模型(Hypo1)具有最大的相关系数(R^2)0.83、最小的均方根值(RMS)0.182和总消耗值(total cost)71.865,且Configuration值为12.68(<17),说明所构建模型具有显著性及较好的预测能力;获得基于Hypo 1药效团模型设计的PAEs分子衍生物23个:DMP(9),DBP(9)和DNOP(5),上述衍生物分子正频计算值均大于0,说明所设计的PAEs分子衍生物结构稳定,其中DMP-CH_2CH_3,DBP-Cl,DNOP-C_6H_5的拉曼特征振动光谱峰强较DMP,DBP和DNOP分别增大了6.25倍、2.05倍、1.56倍,说明PAEs分子衍生化对其拉曼特征振动光谱峰强具有显著增强作用。此外,利用密度泛函理论在相同的基组水平下计算了PAEs分子衍生物的取代反应能垒(以DNOP为例),取代反应的难易程度:—CH_2CH_2CH_3>—C_6H_5>—NO_2>—SH>—Cl,可作为筛选PAEs分子衍生化拉曼光谱增强反应的依据,并为建立增强PAEs分子拉曼光谱的检测技术提供理论支撑。

关键词：邻苯二甲酸酯药效团模型拉曼特征振动光谱衍生增强环境检测

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距离比较法构建M_1受体激动剂药效团模型

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化学学报 2005年第22期63卷 2021-2026页

作者：牛彦裴剑锋吕雯雷小平北京大学药学院药物化学系北京100083 北京大学化学与分子工程学院北京100871

在M_1受体三维结构未知的情况下,利用距离比较法(DISCO)对24个具有M_1受体激动活性的化合物进行了研究,构建了M_1受体激动剂可能的药效团模型,为设计新M_1受体激动剂提供了参考,并以此为提问结构在ACD数据库和中草药数据系统(TCMDB)中... 详细信息

在M_1受体三维结构未知的情况下,利用距离比较法(DISCO)对24个具有M_1受体激动活性的化合物进行了研究,构建了M_1受体激动剂可能的药效团模型,为设计新M_1受体激动剂提供了参考,并以此为提问结构在ACD数据库和中草药数据系统(TCMDB)中进行搜索,得到一系列结构新颖并可能具有M_1激动活性的化合物.

关键词： M1受体激动剂距离比较法药效团模型数据库搜索受体激动剂药效团模型距离比较法构建三维结构数据系统化合物行搜索中草药

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基于药效团模型的DHODH抑制剂构效关系研究

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高等学校化学学报 2010年第5期31卷 938-946页

作者：鲍红娟唐亚林徐筱杰向俊锋郑智慧路新华中国科学院化学研究所分子动态与稳态国家重点实验室北京分子科学国家重点实验室北京100190 北京大学化学与分子工程学院北京100871 华北制药集团新药研究开发有限责任公司石家庄050015

利用药效团模型研究二氢乳清酸脱氢酶（Dihydroorotate dehydrogenase,DHODH）抑制剂的构效关系,为DHODH抑制剂的虚拟筛选提供新的方法.以31个具有DHODH抑制活性的化合物为训练集化合物,半数抑制浓度（IC50）范围为7~63000 nmol/L,利用C... 详细信息

利用药效团模型研究二氢乳清酸脱氢酶（Dihydroorotate dehydrogenase,DHODH）抑制剂的构效关系,为DHODH抑制剂的虚拟筛选提供新的方法.以31个具有DHODH抑制活性的化合物为训练集化合物,半数抑制浓度（IC50）范围为7~63000 nmol/L,利用Catalyst/HypoGen算法构建DHODH抑制剂药效团模型,通过对训练集化合物多个构象进行叠合,提取药效团特征及三维空间限制构建药效团模型.利用基于CatScramble的交叉验证方法及评价模型对已知活性化合物的活性预测能力,确定较优药效团模型.模型包含1个氢键受体、3个疏水中心,表征了受体配体相互作用时可能发生的氢键相互作用、疏水相互作用和π-π相互作用,4个药效特征在三维空间的排列概括了DHODH抑制剂产生活性的结构特点.所得较优模型对训练集化合物及测试集化合物的计算活性值与实验活性值的相关系数分别为0.8405和0.8788.利用药效团模型对来源于微生物的系列化合物进行虚拟筛选,筛选出59个预测活性较好的化合物,可作为进一步药物研发的候选化合物.

关键词： DHODH抑制剂构效关系药效团模型虚拟筛选

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距离比较法(DISCO)构建原卟啉原氧化酶抑制剂药效团模型

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化学学报 1999年第11期57卷 1226-1232页

作者：李爱秀王瑾玲缪方明天津师范大学晶体结构研究所天津300074

在原卟啉原氧化酶(Protox)三维结构未知情况下,利用距离比较法(DISCO),将8个具有代表性结构特征的Protox抑制剂,与其作用底物(基质)原卟啉原IX(Protogen IX)的分子构象进行迭合,建立了可能的药效团模型;并据此确定了Protogen IX与Proto... 详细信息

在原卟啉原氧化酶(Protox)三维结构未知情况下,利用距离比较法(DISCO),将8个具有代表性结构特征的Protox抑制剂,与其作用底物(基质)原卟啉原IX(Protogen IX)的分子构象进行迭合,建立了可能的药效团模型;并据此确定了Protogen IX与Protox相互作用时,可能采取的活性构象.这些信息将有助于设计、开发新型Protox抑制剂.

关键词：原卟啉原氧化酶原卟啉原IX 抑制剂药效团模型

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β分泌酶抑制剂的药效团模型研究

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化学学报 2008年第16期66卷 1889-1897页

作者：黄文海胡纯琦廖勇盛荣胡永洲浙江大学巴黎高等师范学院药物化学联合实验室浙江大学药学院杭州310058

选择活性跨越0.002至25μmol·L-1的4类共25个β分泌酶抑制剂作为训练集,使用Catalyst软件包构建出药效团模型,并通过对药效团的有效性分析,筛选得到的最佳模型(Correl=0.969,Config=16.32,Δcost=62.422)由一个环芳香性、一个疏水... 详细信息

选择活性跨越0.002至25μmol·L-1的4类共25个β分泌酶抑制剂作为训练集,使用Catalyst软件包构建出药效团模型,并通过对药效团的有效性分析,筛选得到的最佳模型(Correl=0.969,Config=16.32,Δcost=62.422)由一个环芳香性、一个疏水中心、一个正电荷中心和一个氢键供体组成.并用其它209个抑制剂组成测试集对模型进行验证,结果表明该模型显示出较强的预测能力,能够为进一步的数据库搜索,寻找新型的β分泌酶抑制剂先导物提供依据。

关键词：药效团模型 β分泌酶非肽类抑制剂

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基于吡咯烷与正丁烷类衍生物CCR5拮抗剂的药效团模型构建(英文)

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物理化学学报 2007年第9期23卷 1325-1331页

作者：孔韧徐雪梅陈慰祖王存新胡利明北京工业大学生命科学与生物工程学院北京100022

吡咯烷与正丁烷类CCR5(化学趋化因子受体5)拮抗剂可通过抑制人类免疫缺陷病毒(HIV-1)包膜蛋白与CCR5的相互作用而阻断病毒进入细胞.本文使用已知拮抗剂结构和活性信息构建了一个三维药效团模型.按照Catalyst/HypoGen模块的要求,选择了2... 详细信息

吡咯烷与正丁烷类CCR5(化学趋化因子受体5)拮抗剂可通过抑制人类免疫缺陷病毒(HIV-1)包膜蛋白与CCR5的相互作用而阻断病毒进入细胞.本文使用已知拮抗剂结构和活性信息构建了一个三维药效团模型.按照Catalyst/HypoGen模块的要求,选择了25个结构和活性均具备差异性的分子作为药效团产生的训练集.其中训练集分子以IC_(50)值表示的生物活性值跨度为0.06到10000 nmol·L^(-1).最好的药效团模型(Hypo 1)由两个正离子化特征以及三个疏水特征组成,训练集预测相关系数为0.924,均方根偏差为1.068.模型用于预测由74个分子组成的测试集化合物活性,结果表明模型可以提供较好的活性预测结果并用于新的拮抗剂的设计.

关键词： CCR5 HIV-1 药效团模型基于配体的药物设计

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基于药效团模型从中草药数据库中搜索gpIIb／IIIa受体抑制剂

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物理化学学报 2008年第2期24卷 307-312页

作者：李旭东徐筱杰胡娟北京大学化学与分子工程学院北京100871 福建中医学院福州350108

选择20个3,4-二氢-1(1H)-异喹啉酮类gpIIb/IIIa受体抑制剂作为训练集,利用Catalyst软件包建立了gpIIb/IIIa受体抑制剂三维药效团模型.探讨了药效团作用模式.并通过建立的可靠性最佳的药效团模型(线性回归系数r=0.7715),从中草药数据库... 详细信息

选择20个3,4-二氢-1(1H)-异喹啉酮类gpIIb/IIIa受体抑制剂作为训练集,利用Catalyst软件包建立了gpIIb/IIIa受体抑制剂三维药效团模型.探讨了药效团作用模式.并通过建立的可靠性最佳的药效团模型(线性回归系数r=0.7715),从中草药数据库中虚拟筛选了gpIIb/IIIa受体抑制剂,通过实验活性测定得到了8个抑制ADP活化全血血小板聚集的IC50从40到100μmol·L-1的化合物,进一步证明了所建药效团模型的有效性.

关键词：药效团模型 gpIIb/IIIa 中草药数据库

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5-羟色胺(5-HT)和去甲肾上腺素(NE)重摄取抑制剂药效团模型的建立及比较分析

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化学学报 2009年第19期67卷 2258-2268页

作者：秦芳郭彦伸文辉杨光中北京协和医学院中国医学科学院药物研究所北京100050

近年来的研究表明,去甲肾上腺素(NE)能系统和5-羟色胺(5-HT)能系统可能共同参与了抑郁症的发病机制.采用Catalyst软件的Hypogen方法,利用22个不同结构类型的5-HT重摄取抑制剂和19个不同结构类型和活性的NE重摄取抑制剂分别建立了5-HT药... 详细信息

近年来的研究表明,去甲肾上腺素(NE)能系统和5-羟色胺(5-HT)能系统可能共同参与了抑郁症的发病机制.采用Catalyst软件的Hypogen方法,利用22个不同结构类型的5-HT重摄取抑制剂和19个不同结构类型和活性的NE重摄取抑制剂分别建立了5-HT药效团模型和NE药效团模型,它们的相关系数分别为0.935,0.844,这表明所得到的模型能较好地表征重摄取抑制剂化合物的特征;此外,我们还选择了四种不同活性的预测集分别对所建立的药效团模型进行检验,结果表明所建立的药效团模型具有较好的预测能力.对这两个药效团模型进行了比较分析,其结果可以为设计高活性的双重5-HT和NE重摄取抑制剂提供依据.

关键词： 5-羟色胺去甲肾上腺素药效团模型双重重摄取抑制剂

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距离比较法(DISCO)构建ALS抑制剂药效团模型

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化学学报 2002年第3期60卷 518-523页

作者：陈凯程永浩杨华铮南开大学元素有机化学研究所元素有机化学国家重点实验室天津300071

在乙酰乳酸合成酶 (ALS)三维结构未知的情况下 ,利用距离比较法 (DISCO) ,将 10个结构特征具有代表性的ALS抑制剂的分子构象进行叠合 ,建立了可能的药效团模型 ,并初步验证了模型的可靠性 .

关键词：距离比较法乙酰乳酸合成酶药效团模型除草剂 ALS抑制剂

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p53-MDM2结合抑制剂药效团模型的构建

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物理化学学报 2007年第11期23卷 1815-1820页

作者：盛荣胡纯琦黄文海胡永洲浙江大学-巴黎高等师范学院药物化学联合实验室浙江大学药学院杭州310058

采用Catalyst软件,选择5类共24个p53-MDM2结合抑制剂作为训练集,经计算机建模、构象优化。由Catalyst系统构建出药效团模型,并对药效团进行有效性分析,结合已知的p53-MDM2结合抑制剂的结构信息,筛选得到含有一个芳环中心、三个疏水中心... 详细信息

采用Catalyst软件,选择5类共24个p53-MDM2结合抑制剂作为训练集,经计算机建模、构象优化。由Catalyst系统构建出药效团模型,并对药效团进行有效性分析,结合已知的p53-MDM2结合抑制剂的结构信息,筛选得到含有一个芳环中心、三个疏水中心和一个氢键受体的具有较好预测能力(Correl=0.941,Config= 17.530,Δcost=150.830)的药效团模型.

关键词： p53-MDM2结合抑制剂药效团模型 Catalyst软件

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