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药学学报 2010年第4期45卷 462-466页

作者：高丽梅张胜华易红蒋建东宋丹青中国医学科学院、北京协和医学院医药生物技术研究所北京100050

采用Catalyst软件包,选择抗急性淋巴白血病细胞系活性相差较大的2种结构类型的17个苯甲酰脲类β微管蛋白抑制剂化合物作为训练集,经构象分析,构建出最佳药效团模型,该模型含有2个疏水中心(HP)和2个氢键受体(HBA),具有良好的活性预测能力... 详细信息

采用Catalyst软件包,选择抗急性淋巴白血病细胞系活性相差较大的2种结构类型的17个苯甲酰脲类β微管蛋白抑制剂化合物作为训练集,经构象分析,构建出最佳药效团模型,该模型含有2个疏水中心(HP)和2个氢键受体(HBA),具有良好的活性预测能力(RMS=0.43,Correl=0.98,Weight=2.06,Config=15.97),有利于设计和改造具有新型结构的β微管蛋白抑制剂。

关键词：计算机辅助药物设计 β微管蛋白抑制剂药效团模型

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乙酰胆碱酯酶抑制剂药效团模型的构建(英文)

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药学学报 2008年第3期43卷 267-276页

作者：祝勇童心玥赵玥陈卉姜凤超华中科技大学同济医学院药学院湖北武汉430030

利用CATALYST系统,由具有相同作用机制,不同结构特征的93个已知的乙酰胆碱酯酶抑制剂(AChEIs)构建出了含有3个疏水单元,1个环芳香性单元和1个氢键受体单元的药效团模型,优化的模型(RMS=0.53,correl=0.93,weight=3.29,config=19.05,total... 详细信息

利用CATALYST系统,由具有相同作用机制,不同结构特征的93个已知的乙酰胆碱酯酶抑制剂(AChEIs)构建出了含有3个疏水单元,1个环芳香性单元和1个氢键受体单元的药效团模型,优化的模型(RMS=0.53,correl=0.93,weight=3.29,config=19.05,total cost-null cost=62.75)可分别作用于乙酰胆碱酯酶的双活性作用部位,并能准确预测用于临床的阿尔茨海默病(AD)治疗的乙酰胆碱酶抑制剂的活性,有利于设计和改造具有新结构的用于AD治疗的乙酰胆碱酶抑制剂。

关键词：阿尔茨海默病乙酰胆碱酯酶抑制剂药效团模型计算机辅助药物设计双活性作用部位

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基于药效团模型的乙酰胆碱酯酶、聚腺苷二磷酸核糖聚合酶-1双靶点分子设计研究

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药学学报 2014年第6期49卷 819-823页

作者：关鑫磊姜凤超王悦吴鹏飞王芳陈建国华中科技大学同济医学院药理学系湖北武汉430030 华中科技大学同济医学院药物化学系湖北武汉430030 华中科技大学药物靶点研究与药效学评价湖北省重点实验室湖北武汉430030

本研究建立了乙酰胆碱酯酶(AChE)和聚腺苷二磷酸核糖聚合酶-1(PARP-1)抑制剂的药效团模型,设计、筛选了双靶点活性分子,并验证了其抑制活性,探讨了多靶点分子的设计策略。利用Catalyst计算机辅助药物设计软件系统,以叠合程度和构象能进... 详细信息

本研究建立了乙酰胆碱酯酶(AChE)和聚腺苷二磷酸核糖聚合酶-1(PARP-1)抑制剂的药效团模型,设计、筛选了双靶点活性分子,并验证了其抑制活性,探讨了多靶点分子的设计策略。利用Catalyst计算机辅助药物设计软件系统,以叠合程度和构象能进行筛选,得到具有AChE、PARP-1抑制活性的双靶点结构。通过计算机预测目标分子的理化性质,得到5个优选的氨基噻唑类衍生物。将匹配的优选化合物合成后进行对AChE和PARP-1的抑制活性的实验验证。其中化合物3对AChE的抑制活性IC50为(0.337±0.052)μmol·L-1,而在1μmol·L-1浓度下对PARP-1的抑制率为24.6%。证明药效团模型在多靶点药物设计和筛选中能起到减少盲目性和加快设计开发的作用。

关键词：药效团模型药物设计多靶点药物 AChE抑制剂 PARP-1抑制剂

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人羧酸酯酶2抑制剂药效团模型的构建及应用

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中国中药杂志 2021年第3期46卷 638-644页

作者：张景芳李彦程夏桂阳宋云清王玲燕林鹏程葛广波林生中国医学科学院北京协和医学院药物研究所天然药物活性物质与功能国家重点实验室北京100050 上海中医药大学交叉科学研究院上海201203 青海民族大学药学院青海西宁810007

该文通过收集文献中已报道的人羧酸酯酶2(human carboxylesterase 2,hCE2)小分子抑制剂,选择其中活性较强的化合物作为训练集,利用HipHop方法建立hCE2抑制剂的三维药效团模型。结果表明最优药效团具有2个疏水中心、1个氢键受体和1个芳... 详细信息

该文通过收集文献中已报道的人羧酸酯酶2(human carboxylesterase 2,hCE2)小分子抑制剂,选择其中活性较强的化合物作为训练集,利用HipHop方法建立hCE2抑制剂的三维药效团模型。结果表明最优药效团具有2个疏水中心、1个氢键受体和1个芳环中心。利用测试集对其进行验证,准确率达95%以上。在此基础上,将该预测模型用于hCE2天然抑制剂的虚拟筛选,从赤芍化学成分中发现了5个hCE2的天然抑制剂,并对其hCE2抑制能力进行了实验验证。结果显示5个赤芍化学成分(CS-1,CS-2,CS-3,CS-6和CS-8)对hCE2的IC50分别5.04,5.21,5.95,6.64,7.94μmol·L-1,提示该研究构建的药效团模型具有较好的预测能力,有助于发现新型的hCE2抑制剂。

关键词：药效团模型人羧酸酯酶2 hCE2抑制剂赤芍

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Medetomidine及其类似物的三维药效团模型研究

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计算机与应用化学 2002年第1期19卷 19-24页

作者：丁晓琴杨巨辉赵立峰邵华宙罗庆聪北京药物化学研究所北京102205

4-取代的咪唑类化合物是一类新发现的α2-受体肾上腺素能受体专一性激动剂,其代表物为medetomidine。Medetomidine在一些国家已经作为动物麻醉药使用。本文用Catalyst软件包对这一系列的化合物进行了三维药效团模型研究,建立了与α1和... 详细信息

4-取代的咪唑类化合物是一类新发现的α2-受体肾上腺素能受体专一性激动剂,其代表物为medetomidine。Medetomidine在一些国家已经作为动物麻醉药使用。本文用Catalyst软件包对这一系列的化合物进行了三维药效团模型研究,建立了与α1和α2-肾上腺素能受体结合的不同的药效团模型,2个模型的线性回归系数分别是0.96和0.99。通过建立的药效团模型,研究其结构与活性关系,以指导新的专一性α2-肾上腺素能受体激动剂的设计与合成。

关键词： Medetomidine 类似物药效团模型 α2-肾上腺素能受体激动剂 Catalyst软件包麻醉镇痛药药物设计

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基于分子对接及药效团模型的木姜子属木脂素类化合物5-LOX抑制剂筛选研究(Ⅰ)

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云南大学学报（自然科学版） 2022年第2期44卷 369-379页

作者：夏侯真如薛孟祺汪欣怡张寅燕杨彤文政琦汪云松杨靖华云南大学教育部自然资源药物化学重点实验室云南省天然产物转化与应用重点实验室化学科学与工程学院云南昆明650091 昆明医科大学基础医学院云南昆明650500 昆明医科大学第一附属医院云南昆明650500

脂氧合酶-5(5-LOX)是炎症反应中的关键酶之一,其中目前以其作为炎症治疗靶点的上市药物大多有肝毒性、半衰期短等不足之处,因此新型的5-LOX抑制剂的开发十分有必要性.在前期研究基础上,发现传统药物资源木姜子属植物中的木脂素类化合物... 详细信息

脂氧合酶-5(5-LOX)是炎症反应中的关键酶之一,其中目前以其作为炎症治疗靶点的上市药物大多有肝毒性、半衰期短等不足之处,因此新型的5-LOX抑制剂的开发十分有必要性.在前期研究基础上,发现传统药物资源木姜子属植物中的木脂素类化合物可能具有一定的抗炎活性,于是进一步采用分子对接与药效团模型的虚拟筛选方式,对其进行研究.研究发现35个木脂素类分子均有较好的匹配度,其中32号、33号化合物在两种筛选方式中都有较高的打分结果,且靶点蛋白结合模式与阳性对照齐留通(zileuton)有较高的相似度.研究结果显示,木姜子属植物中的木脂素类化合物可能具有潜在5-LOX抑制活性,且其中的32号、33号分子具有较高的潜在研究价值,值得进一步深入研究.

关键词：木姜子属木脂素 5-LOX抑制剂分子对接药效团模型

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基于药效团模型与正负效应双靶标分子对接策略挖掘TPH1抑制剂相关的中药活性分子

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中药新药与临床药理 2021年第7期32卷 959-968页

作者：史海龙史永恒王川程怡黄月刘继平王斌陕西中医药大学陕西西咸新区712046

目的基于药效团模型与正负效应双靶标分子对接策略挖掘色氨酸羟化酶1(Tryptophan hydroxylase-1,TPH1)抑制剂相关的中药活性分子。方法搭建药效团模型、类药性筛选、药代动力学预测、双靶标分子对接、分子动力学模拟于一体的药物筛选平... 详细信息

目的基于药效团模型与正负效应双靶标分子对接策略挖掘色氨酸羟化酶1(Tryptophan hydroxylase-1,TPH1)抑制剂相关的中药活性分子。方法搭建药效团模型、类药性筛选、药代动力学预测、双靶标分子对接、分子动力学模拟于一体的药物筛选平台,从TCM@TAIWAN数据库中发现新型TPH1候选抑制剂。结果命中分子ZINC85626251、ZINC85626260实验数据均表现出良好的抑制活性及类药性,预测命中分子可有效抑制胃肠道相关的TPH1活性,但对中枢神经系统相关TPH2活性抑制作用较小,并精准预测靶标与命中分子的结合自由能及相互作用方式。结论整合多种计算机虚拟筛选技术挖掘TPH抑制剂,从天然产物中挖掘到2个缓解肠易激综合征相关痛症的潜在的活性分子ZINC85626251、ZINC85626260。

关键词：药效团模型分子对接分子动力学模拟色氨酸羟化酶抑制剂肠易激综合征痛症潜在活性分子

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基于ALS抑制剂药效团模型的数据库搜索

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计算机与应用化学 2002年第5期19卷 551-554页

作者：陈凯程永浩杨华铮南开大学元素有机化学研究所元素有机化学国家重点实验室天津300071

以ALS抑制剂药效团模型为基础建立了提问结构,将药效团模型中的生物结构信息输入到多种小分子三维结构数据库中(NCI-3D和ACD-3D数据库),借助分子三维结构搜索软件(3DFS和ISIS/3D软件)和多种搜索方法(POW-ELL方法和遗传算法)分别搜寻出10... 详细信息

以ALS抑制剂药效团模型为基础建立了提问结构,将药效团模型中的生物结构信息输入到多种小分子三维结构数据库中(NCI-3D和ACD-3D数据库),借助分子三维结构搜索软件(3DFS和ISIS/3D软件)和多种搜索方法(POW-ELL方法和遗传算法)分别搜寻出100多个符合特征结构信息的全新结构候选化合物。这些命中结构的分子特征信息为我们下一步进行分子设计,确定先导化合物结构明确了方向,并提供了重要依据。

关键词： ALS抑制剂药效团模型提问结构三维数据库搜索候选化合物

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血管内皮细胞生长因子受体2抑制剂三维药效团模型的构建

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第二军医大学学报 2012年第7期33卷 759-762页

作者：陈军黄晶晶郑灿辉吕加国周有骏朱驹第二军医大学药学院药物化学教研室上海200433 成都军区总医院药剂科成都610083

目的构建血管内皮细胞生长因子受体2(VEGFR-2)抑制剂的三维药效团模型,为设计新型抑制剂建立理论模型。方法应用Discovery Studio 2.5中的Catalyst模块,选取已确证结合于VEGFR-2活性腔、结合模式一致、抑制活性跨度5个数量级、结构具有... 详细信息

目的构建血管内皮细胞生长因子受体2(VEGFR-2)抑制剂的三维药效团模型,为设计新型抑制剂建立理论模型。方法应用Discovery Studio 2.5中的Catalyst模块,选取已确证结合于VEGFR-2活性腔、结合模式一致、抑制活性跨度5个数量级、结构具有多样性的30个抑制剂,其中21个分子作为训练集,余9个分子作为测试集产生三维药效团模型。结果最优药效团模型由1个氢键受体、2个疏水中心、1个芳环平面和4个排斥体积组成,预测相关性R为0.89。结论交叉验证结果表明药效团模型具有较好的预测能力,可用于数据库搜索筛选结构新颖的抑制VEGFR-2的先导化合物。

关键词：血管内皮生长因子受体2 抑制剂药效团模型抗肿瘤

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基于药效团模型设计合成新型ALS抑制剂

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高等学校化学学报 2004年第2期25卷 276-280页

作者：程永浩陈凯李永红邹小毛杨华铮南开大学元素有机化学研究所元素有机化学国家重点实验室天津300071

以 ALS抑制剂药效团模型为基础建立了提问结构 ,将药效团模型中的生物结构信息输入到多种小分子三维结构数据库 ( NCI-3 D和 ACD-3 D数据库 )中 ,分别搜寻出 1 0 0多个符合特征结构信息的全新结构候选化合物 .以这些命中结构的分子特征... 详细信息

以 ALS抑制剂药效团模型为基础建立了提问结构 ,将药效团模型中的生物结构信息输入到多种小分子三维结构数据库 ( NCI-3 D和 ACD-3 D数据库 )中 ,分别搜寻出 1 0 0多个符合特征结构信息的全新结构候选化合物 .以这些命中结构的分子特征信息为基础设计合成了一系列新型的 ALS抑制剂 ,初步生物活性测试结果表明 ,预期有生物活性的化合物显示出一定的

关键词： ALS抑制剂药效团模型设计合成生物活性乙酰乳酸合成酶除草剂靶酶数据库

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