检索结果-内蒙古大学图书馆

生命科学 2021年第12期33卷 1436-1444页

作者：孙瑨原崔颖璐吴边中国科学院微生物研究所中国科学院微生物生理与代谢工程重点实验室微生物资源前期开发国家重点实验室中国科学院大学生命科学学院

合成生物学以"工程化"为核心指导思想,自下而上开发生物技术来解决人类社会面临的重大挑战。蛋白质作为生命活动的直接执行者和合成生物学中关键的底层元件,对其定量认识和工程改造的能力直接影响合成生物学的上层建筑。通过... 详细信息

合成生物学以"工程化"为核心指导思想,自下而上开发生物技术来解决人类社会面临的重大挑战。蛋白质作为生命活动的直接执行者和合成生物学中关键的底层元件,对其定量认识和工程改造的能力直接影响合成生物学的上层建筑。通过蛋白质计算设计技术可实现功能空间跳跃,为合成生物学提供全新元件,使序列-结构-功能的研究从"格物致知"转化为"建物致知"的新范式。该文介绍了在蛋白质序列-结构-功能的预测和设计中采用的前沿技术和应用进展,讨论了蛋白质计算设计面临的科学挑战,并提出了应对挑战应优先发展的研究方向。

关键词：合成生物学元件工程蛋白质计算预测蛋白质计算设计

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融合人工智能和自动化的蛋白质设计表征实验教学实践

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实验技术与管理 2025年第3期42卷 190-197页

作者：姜雨佳于洋北京理工大学化学与化工学院北京102488

在生物化工研究向智能化、自动化转型背景下,为生物化工专业方向一年级研究生开发了名为“蛋白质计算设计与表征”的实验课程。该课程基于人工智能方法的蛋白质计算设计与无细胞蛋白质合成及使用自动液体工作站等先进仪器进行高通量筛... 详细信息

在生物化工研究向智能化、自动化转型背景下,为生物化工专业方向一年级研究生开发了名为“蛋白质计算设计与表征”的实验课程。该课程基于人工智能方法的蛋白质计算设计与无细胞蛋白质合成及使用自动液体工作站等先进仪器进行高通量筛选等实验技术相结合,完成整个蛋白质工程工作流程,即从计算机设计和基因合成到蛋白质表达、纯化和功能表征。通过融合蛋白质计算(“干实验”)和蛋白质表达(“湿实验”),该课程使学生在掌握基本生化操作的同时,培养跨学科高效解决问题能力。通过广泛接触自动化仪器,学生可以获得与自动化生化实验室相关的实践经验,是一种将新兴技术和跨学科方法融入生物化工研究生实践教学的有效模式。

关键词：生物化工实验课程蛋白质计算设计无细胞蛋白质合成高通量筛选

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浅谈2024年诺贝尔化学奖——通过计算模拟和人工智能破译蛋白质结构的奥秘

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大学化学 2025年第1期40卷 75-81页

作者：王冯璋刘源王初北京大学化学与分子工程学院北京100871 北京大学前沿交叉学科研究院北大清华生命科学联合中心北京100871

蛋白质是生命活动的主要承担者和执行者,蛋白质的三维结构与其生物学功能息息相关。2024年诺贝尔化学奖的一半奖项授予了DeepMind公司的DemisHassabis博士和JohnJumper博士,以表彰他们在蛋白质结构预测领域的突破性贡献;另一半奖项则授... 详细信息

蛋白质是生命活动的主要承担者和执行者,蛋白质的三维结构与其生物学功能息息相关。2024年诺贝尔化学奖的一半奖项授予了DeepMind公司的DemisHassabis博士和JohnJumper博士,以表彰他们在蛋白质结构预测领域的突破性贡献;另一半奖项则授予了华盛顿大学的David Baker教授,以表彰他在蛋白质计算设计领域的系统性研究。本文简要回顾了蛋白质结构预测与设计这两个互逆问题研究历程的重点事件,并对它们的前沿应用进行了展望。

关键词：诺贝尔化学奖蛋白质折叠蛋白质结构预测蛋白质计算设计 Rosetta AlphaFold

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基于多重计算设计策略提高奇异变形杆菌脂肪酶的热稳定性

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生物工程学报 2022年第4期38卷 1537-1553页

作者：张碧飞吕成张萌许菲江南大学生物工程学院工业生物技术教育部重点实验室江苏无锡214122

来自奇异变形杆菌的脂肪酶(Proteus mirabilis lipase,PML)具有较好的有机溶剂耐受性,在生产生物柴油等领域有广泛的应用潜力。然而,其热稳定性仍有待提高以更好地适应工业生产。近年来,基于计算机辅助的多种计算设计策略的发展为酶的... 详细信息

来自奇异变形杆菌的脂肪酶(Proteus mirabilis lipase,PML)具有较好的有机溶剂耐受性,在生产生物柴油等领域有广泛的应用潜力。然而,其热稳定性仍有待提高以更好地适应工业生产。近年来,基于计算机辅助的多种计算设计策略的发展为酶的热稳定性改造提供了更多的思路。文中首先选择了3种基于互补算法的软件ABACUS、PROSS以及FoldX为正筛对PML进行计算设计,选择其两两交集,利用PSSM序列保守性分析和GREMLIN共进化分析两种负筛进一步缩小突变文库,得到18个单点突变设计。经实验验证,有7个T_(m)提高的突变体,其中K208G和G206D的ΔT_(m)最高,分别为3.75℃和3.21℃。选择其中5个酶活高于野生型的突变体利用贪婪累积策略进行组合,最终五点组合突变体M10的T_(m)提高了10.63℃,相对酶活为野生型的140%。组合过程中K208G和G206D展现出了一定的上位性,为M10热稳定性的提高作出了主要贡献。分子动力学模拟表明在突变位点及附近区域有新的作用力产生,G206D/K208G附近作用力的重排可能稳定了对PML稳定性有关键作用的Ca2+结合位点。本研究为天然酶的热稳定性改造提供了高效且兼顾用户友好性的计算设计方案,并为PML的改造及其工业应用的拓展奠定了基础。

关键词：奇异变形杆菌脂肪酶热稳定性蛋白质计算设计分子动力学模拟

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理性设计提高玉米赤霉烯酮水解酶的热稳定性及其机制解析

理性设计提高玉米赤霉烯酮水解酶的热稳定性及其机制解析

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作者：官嫒林江南大学

学位级别：硕士

玉米赤霉烯酮是世界上污染最为广泛的一种霉菌毒素,严重危害牲畜以及人类的健康。来源于粉红螺旋聚孢霉的玉米赤霉烯酮水解酶(zearalenone hydrolase,ZHD101)能有效降解饲料中的玉米赤霉烯酮,然而在饲料加工中的高温环境限制了该酶的应... 详细信息

玉米赤霉烯酮是世界上污染最为广泛的一种霉菌毒素,严重危害牲畜以及人类的健康。来源于粉红螺旋聚孢霉的玉米赤霉烯酮水解酶(zearalenone hydrolase,ZHD101)能有效降解饲料中的玉米赤霉烯酮,然而在饲料加工中的高温环境限制了该酶的应用。随着计算生物学、结构生物学和生物物理学的发展,蛋白质工程领域已有多种计算设计策略可以为蛋白质的功能改造提供高效的指导。本文以ZHD101为研究对象,基于计算设计策略从结构、进化和能量多方面因素筛选获得潜在提高热稳定性的“小而精”的突变文库,并通过生物学实验验证;进一步对热稳定性显著增强的酶变体进行蛋白质结晶实验,并结合分子动力学模拟分析其热稳定性提高的机制。主要研究内容如下:(1)首先通过蛋白质结构比对筛选出ZHD101在进化中具有高可塑性的二级结构,将其作为靶向突变区域,随后对靶向突变区域进行序列保守性打分以及氨基酸突变自由能计算,获得15个单点突变设计。实验表明,15个突变体的热熔融温度(T)提高了0.4～9.4℃,其中T138L、S220R、S220W热稳定性表现最好,T分别提高了9.4℃、5.6℃、4.0℃,半衰期分别延长了7.5倍、15.4倍、3.1倍;突变体相对野生型的酶活分别为146.9%,70.6%和57.3%,其中S220R、S220W热稳定性提高伴随着酶活性的损失,通过对蛋白质结构分析,220号残基位于活性口袋、距离催化中心9.3(?),突变引起的氨基酸侧链增大可能导致底物进入活性区域困难。(2)通过对ZHD101-T138L突变体展开蛋白质晶体解析实验,基于晶体结构对突变体热稳定性提高的机制进行分析。B因子分析表明突变的引入降低了突变区域的结构柔性,蛋白质局部区域的刚性化、构象波动性降低可能是蛋白质热稳定性提升的原因之一。进一步通过作用力分析,发现突变体T138L为蛋白质柔性较大的帽子区域引入了新的氢键作用力R185-L141、盐桥作用力R185-D143;帽子区域的疏水作用力得到了增强,疏水簇面积增加了415.8(?)。(3)通过200 ns的分子动力学模拟实验,从分子动态的角度分析突变体热稳定性提高的机制。模拟分析表明,相较于野生型帽子区域较高的构象波动性,T138L、S220R和S220W突变体帽子区域残基的RMSF值有所降低;自由能景观分析发现突变体的构象状态都比野生型更为紧凑,表明结构更加稳定;同时,突变位点及附近区域的作用力得到了增强,突变体T138L的138-L141、R185-L141氢键成键概率分别增加了13.4%和19.7%,R185-D143盐桥成键概率增加了47.2%。突变体S220R和S220W的220-K130氢键成键概率分别增加了37.1%和19.3%,K130-D223盐桥成键概率分别增加了30.1%和12.5%。

关键词：玉米赤霉烯酮水解酶蛋白质计算设计热稳定性晶体结构分子动力学模拟

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基于柔性区域的计算设计改造玉米赤霉烯酮水解酶热稳定性

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生物工程学报 2021年第12期37卷 4415-4429页

作者：陈权吕成许菲江南大学生物工程学院工业生物技术教育部重点实验室江苏无锡214122

来源于粉红螺旋聚孢霉Clonostachys rosea的玉米赤霉烯酮水解酶(ZHD101)可以有效降解谷物农副产品和饲料中的霉菌毒素玉米赤霉烯酮(Zearalenone,ZEN),但是,该酶的热稳定性较低,限制了其在工业中的应用。由于水解ZEN的反应没有吸光值的变... 详细信息

来源于粉红螺旋聚孢霉Clonostachys rosea的玉米赤霉烯酮水解酶(ZHD101)可以有效降解谷物农副产品和饲料中的霉菌毒素玉米赤霉烯酮(Zearalenone,ZEN),但是,该酶的热稳定性较低,限制了其在工业中的应用。由于水解ZEN的反应没有吸光值的变化,不适合高通量筛选。本文以ZHD101为模式酶,进行计算虚拟突变并结合实验验证。通过比对不同温度下的分子动力学模拟轨迹,选取32个柔性位点;再通过位置特异性评分和酶构象自由能计算,从32个柔性位点上的608个虚拟饱和突变体中筛选出12个突变体。经实验验证,其中3个突变体N156F、S194T和T259F的热熔融温度有一定程度的提升(ΔT_(m)>4℃),且酶活性与野生型类似甚至更高(相对酶活性为95.8%、131.6%和169.0%)。分子动力学模拟分析显示,导致3个突变体热稳定性提高的可能作用机理分别为NH-π作用力、盐桥重排和分子表面空穴填充。将3个突变体进行迭代组合突变,N156F/S194T表现出最高的热稳定性(ΔT_(m)=6.7℃)。这项工作表明基于柔性区域的虚拟饱和突变在酶稳定性改造上的可行性,探索计算虚拟改造结合实验验证的酶改造策略。

关键词：玉米赤霉烯酮水解酶柔性区域蛋白质计算设计分子动力学模拟虚拟饱和突变

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计算设计提高奇异变形杆菌脂肪酶的热稳定性

计算设计提高奇异变形杆菌脂肪酶的热稳定性

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作者：张碧飞江南大学

学位级别：硕士

针对酶热稳定性的改造一直是蛋白质工程中研究的热点之一。传统的蛋白质工程如定向进化往往以低筛选效率为代价得到符合工业需求的变体。近年来,基于计算机辅助的多种计算设计策略的发展为酶的热稳定性改造提供了更多的思路。本文中以... 详细信息

针对酶热稳定性的改造一直是蛋白质工程中研究的热点之一。传统的蛋白质工程如定向进化往往以低筛选效率为代价得到符合工业需求的变体。近年来,基于计算机辅助的多种计算设计策略的发展为酶的热稳定性改造提供了更多的思路。本文中以来自奇异变形杆菌的脂肪酶（Proteus mirabilis lipase,PML）作为模式蛋白,基于其结构信息和序列信息,利用两种不同多重计算策略提高其热稳定性,以期进一步拓展其在工业上的应用,同时为其他生物酶的工业改造提供更省时省力的选择。主要研究结果如下:（1）奇异变形杆菌脂肪酶的异源表达。将含有奇异变形杆菌脂肪酶基因的p ET28a（+）-PML质粒转化至大肠杆菌。对PML的酶活和热稳定性进行表征,35℃下以对硝基苯酚月桂酸酯为底物测量其比活为33.48 U·mg-1,Tm为49.96℃。（2）策略1:基于能量和进化提高PML的热稳定性。首先选择了3种基于互补算法的软件ABACUS,PROSS以及Fold X为正筛对PML进行计算设计,选择其两两交集,利用PSSM序列保守性分析和GREMLIN共进化分析两种负筛进一步缩小突变文库,得到18个单点突变设计。经实验验证,有7个Tm提高的突变体。选择其中5个酶活高于野生型的突变体利用贪婪累积策略进行组合,最终五点组合突变体MA10的Tm提高了10.63℃,相对酶活为野生型的140%。（3）策略2:针对PML柔性区域的改造。通过对不同温度下分子动力学模拟的比对及PML的B-factor,确定PML的柔性位点,进一步结合Rosetta自由能计算及进化获得22个单点突变设计。经验证,获得了8个热稳定性提高的突变体,其中G206E的ΔTm达到5.19℃。对其中四个单点突变进行组合得到的MB6的Tm提高了12.47℃,相对酶活为野生型的180%,G206E、E207A、K208G三个单点的协同作用是其热稳定性提高的主要原因。在MB6上再次整合策略1中独有的两个突变获得MC,其热稳定性提高了13℃,相对酶活达野生型的180%。对MB6及MC的有机溶剂耐受性进行表征,PML及其突变体对甲醇等六种常用的有机溶剂表现出良好的耐受性。（4）对组合突变体MA10及MB6进行分子动力学模拟。分子动力学模拟表明MA10及MB6在突变位点及附近区域有新的作用力产生,206-208号残基附近作用力的重排可能稳定了对PML稳定性有关键作用的Ca2+结合位点。

关键词：奇异变形杆菌脂肪酶热稳定性蛋白质计算设计分子动力学模拟

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枯草芽孢杆菌脂肪酶A热稳定性的计算设计改造及其机理研究

枯草芽孢杆菌脂肪酶A热稳定性的计算设计改造及其机理研究

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作者：董芳滢江南大学

学位级别：硕士

通过实验室定向进化,将野生型酶改造为具有更高耐热性能的工业催化剂,已经成为蛋白质工程的一个重要目标。目前,基于已有的序列与结构认知,已成功使用多种计算设计策略设计热稳定性酶变体。然而,酶结构的显著灵活性以及酶催化的高度复... 详细信息

通过实验室定向进化,将野生型酶改造为具有更高耐热性能的工业催化剂,已经成为蛋白质工程的一个重要目标。目前,基于已有的序列与结构认知,已成功使用多种计算设计策略设计热稳定性酶变体。然而,酶结构的显著灵活性以及酶催化的高度复杂性使得酶在热稳定性改造过程中通常以酶活性的损失为代价,大大降低了酶工业改造与应用的有效性。因此,在获得稳定性提高的同时,保持突变体酶的功能活性不受损失,是热稳定性改造过程中的重要任务。本论文选取枯草芽孢杆菌脂肪酶A(Bacillus subtilis Lipase A,BSLA)作为模型蛋白,借助计算设计改造热稳定性突变体;并引入构象动力学分析方法,探究热稳定性及酶活性与构象变化的关系;进一步结合动力学特征参数辅助突变体的优化筛选以及突变的有效组合设计,帮助实现酶在工业生产中的高效率与低成本应用。主要研究内容如下:(1)通过PROSS(Protein Repair One Stop Shop)蛋白质修复在线设计平台得到热稳定性提升的7个组合突变体,最优突变体D7的热熔融温度相对于野生型提高13.6℃,相对酶活性为野生型的106.4%。基于分子动力学模拟的局部作用力分析表明,相互作用的引入以及表面亲水性的改善是热稳定性提高的主要分子机制。与此同时,活性位点区域中催化三联体氢键网络的破坏与关键结合位点残基S77非活性构象的增加是导致相对酶活性下降的原因。(2)基于动态互相关性网络的最短相关性距离分析,探究了远端突变位点对酶活性位点的变构调控机制。将与活性区域残基具有更小最短相关性距离的残基进行筛除,优化后突变体RD3的热熔融温度相对酶活性提高至野生型的149.6%。(3)进一步针对PROSS策略获得的13个突变,选取其中4个性质较优的突变位点A15S、F17S、G155S、I157M进行全路径迭代组合突变,其中四点组合突变热熔融温度相对于野生型提高10.51℃,相对酶活性为118%。与相邻残基的上位性相互作用以及对表面疏水堆积的改善可能分别是组合突变体显示出负上位性效应和正上位性效应的原因。(4)基于(1)(2)(3)中的讨论,将定向进化中筛选的15个阳性单点作为突变文库,通过选取热稳定性贡献、结构信息以及构象动力学特征等七个维度的参数,使用K均值聚类分析,将数据点聚类为多个具有相似特征的数据点的簇。包含9个突变位点的C31突变体热熔融温度相对于野生型提高约23℃,该方法可以有效地用于突变的组合设计,提高改造效率。本研究通过将计算模拟与实验验证相结合,设计获得了热稳定性提升的BSLA突变体。同时,本研究通过构象动力学分析探究了对蛋白质稳定性及其酶活性与构象变化的关联性,并提供了对突变体设计进行优化的多种可行性方法。

关键词：枯草芽孢杆菌脂肪酶A 热稳定性蛋白质计算设计分子动力学模拟构象动力学

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基于多重计算设计策略提高枯草芽孢杆菌脂肪酶的热稳定性

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生物工程学报 2020年第8期36卷 1556-1567页

作者：向玉张萌许菲江南大学生物工程学院糖化学与生物技术教育部重点实验室江苏无锡214122

提高酶的热稳定性是生物催化领域的热点和难点,计算机辅助的理性设计相比于传统的定向进化更加高效,在酶工程领域中的应用越来越广泛和深入。文中以枯草芽孢杆菌脂肪酶A为模式蛋白,首先,利用Rosetta-VIP计算设计对酶的结构空腔进行分析... 详细信息

提高酶的热稳定性是生物催化领域的热点和难点,计算机辅助的理性设计相比于传统的定向进化更加高效,在酶工程领域中的应用越来越广泛和深入。文中以枯草芽孢杆菌脂肪酶A为模式蛋白,首先,利用Rosetta-VIP计算设计对酶的结构空腔进行分析,选择了16个有利于结构空腔填充(ΔΔE<0)的单点突变,并以突变位点的溶剂可及表面积和进化保守性为二次筛选依据,测定了其热稳定性与酶活性。有6个单点突变体(F17A、V74I、L114P、I135V、M137A、I157L)的热稳定性得到了提高,其中Tm值最大提高3.18℃。结果表明,单点突变体满足ΔΔE越低、蛋白溶剂可及表面积减少且符合序列保守性,则得到保留原有酶活力的正向突变的可能性越大。此外,将热稳定性提高的6个单点突变进行迭代组合突变,两点组合突变体的Tm最大提高4.04℃,三点组合突变体的Tm最大提高5.13℃,四点组合突变体的Tm提高了7.30℃,六点组合突变体的Tm提高了7.43℃。因此,基于酶的分子结构的空腔分析、溶剂可及表面积及氨基酸序列保守性计算的多重虚拟筛选方法,可有效提高酶的热稳定性。

关键词：热稳定性枯草芽孢杆菌脂肪酶A 蛋白质计算设计

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多重计算设计提高玉米赤霉烯酮水解酶热稳定性的分子改造及其机理研究

多重计算设计提高玉米赤霉烯酮水解酶热稳定性的分子改造及其机理...

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作者：陈权江南大学

学位级别：硕士

来源于粉红螺旋聚孢霉Clonostachys rosea的玉米赤霉烯酮水解酶（ZHD101）可以有效降解谷物农副产品和饲料中的霉菌毒素玉米赤霉烯酮（Zearalenone,ZEN）,然而天然酶固有的低热稳定性限制了其应用潜力。传统的定向进化可以对蛋白质的特... 详细信息

来源于粉红螺旋聚孢霉Clonostachys rosea的玉米赤霉烯酮水解酶（ZHD101）可以有效降解谷物农副产品和饲料中的霉菌毒素玉米赤霉烯酮（Zearalenone,ZEN）,然而天然酶固有的低热稳定性限制了其应用潜力。传统的定向进化可以对蛋白质的特定性质进行提升,但是建立和筛选突变文库所需的工作量较大。随着结构生物学,计算生物学以及计算机技术的快速发展,不断有先进的蛋白质改造相关算法涌现,蛋白质计算设计成为了未来蛋白质工程中的重要方向。本文以ZHD101作为模式蛋白,结合多种计算手段,通过两种不同的策略对其分子结构进行提高热稳定性的突变设计并结合实验验证。主要研究结果如下:（1）基于酶分子的动力学特征,筛选并改造ZHD101中的柔性及温度敏感区域,提高其结构稳定性。通过比对不同温度下的分子动力学模拟轨迹,选取32个柔性位点;再通过位置特异性评分和酶构象自由能计算,从32个柔性位点上的608个虚拟饱和突变体中筛选出12个突变体。经实验验证有效性为25%,其中3个突变体N156F、S194T和T259F,它们的热熔融温度提升显著（ΔTm>4°C）且酶活性与野生型类似甚至更高（相对酶活性为95.8%、131.6%和169.0%）。分子动力学模拟分析显示,突变体结构热稳定性的提高会受到NH-π作用力的引入、盐桥网络重排、分子表面空穴填充等因素的影响。对3个突变体进行迭代组合突变后,N156F/S194T突变体的热稳定性提升效果更好（ΔTm=6.7°C）。（2）基于PROSS策略提供的组合突变体设计,通过对位点进行性质表征进行优化重新组合,减少了热稳定性改造过程中酶活性的损失。PROSS计算策略提供了7组组合突变体（D1-D7）,热稳定性和酶活性的的测定显示,随着更多突变位点的叠加,突变体的热熔融温度逐渐提高,而相对酶活性却不断降低。为了实现突变位点的高效组合,我们对33个突变位点进行单点突变构建和性质测定,重新筛选了4个突变体S8T、K66D、T138L和V251E,它们的热熔融温度有所提高（ΔTm>2°C）且相对酶活性（>90%）和残余酶活性（>40%）均与野生型接近甚至高于野生型。组合后的四点突变体abcd（S8T/K66D/T138L/V251E）的热熔融温度提升了17.6°C,相对酶活性和残余酶活性分别达到了118.4%和103.6%。分子动力学模拟显示,abcd的波动性降低,减少了亚构象状态的转换。这些构象变化可能是由于四个突变分别从盐桥相互作用和CH-π相互作用等因素产生,进而实现热稳定性提高。本研究成功地通过计算设计实现了ZHD101热稳定性的增强,为提升其应用潜力提供了相关依据和理论基础。同时,本研究表明基于柔性区域的虚拟饱和突变和对自动化计算设计策略的筛选与优化在酶稳定性改造上的可行性,其分子改造中构象自由能计算及构象动力学等方面的信息有助于进一步探索基于计算设计的虚拟改造,实现高效的酶改造。

关键词：玉米赤霉烯酮水解酶蛋白质计算设计热稳定性分子动力学模拟

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