检索结果-内蒙古大学图书馆

物理化学学报 2004年第7期20卷 676-679页

作者：高莹来鲁华北京大学化学与分子工程学院分子动态与稳态结构国家重点实验室北京100871

以作者开发的从蛋白质结合部位推导出其界面所具有的疏水性质和氢键性质的计算程序PP_SITE为基础,利用蛋白质结构数据库(PDB),对蛋白质-蛋白质相互作用界面进行了统计分析.从PDB中挑出非冗余的链间相互作用对,计算出这个数据集中所有链... 详细信息

以作者开发的从蛋白质结合部位推导出其界面所具有的疏水性质和氢键性质的计算程序PP_SITE为基础,利用蛋白质结构数据库(PDB),对蛋白质-蛋白质相互作用界面进行了统计分析.从PDB中挑出非冗余的链间相互作用对,计算出这个数据集中所有链间界面的疏水和氢键相互作用特征.对得到的界面特征进行统计分析,寻找能够明显聚类的界面特征.结果表明,界面大小、氢键和疏水相互作用在界面所占比例以及疏水相互作用的集中程度可以作为分类的依据.

关键词：蛋白质-蛋白质相互作用 PP_SITE程序界面分类

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蛋白质-蛋白质相互作用的实验检测方法

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上海大学学报（自然科学版） 2021年第1期27卷 106-116页

作者：孔文娜周宓林海霞王任小上海大学理学院上海200444 中国科学院上海有机化学研究所生命有机化学国家重点实验室上海200032

生物体内的蛋白质分子常常通过与其他蛋白质分子发生相互作用来发挥其生物功能.因此,研究蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)对于阐明蛋白质分子的生物功能以及分子作用机理具有重要的意义.主要介绍基于生物物理... 详细信息

生物体内的蛋白质分子常常通过与其他蛋白质分子发生相互作用来发挥其生物功能.因此,研究蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)对于阐明蛋白质分子的生物功能以及分子作用机理具有重要的意义.主要介绍基于生物物理和生物化学原理的检测蛋白质-蛋白质相互作用的实验研究方法,并对发展趋势做出展望.

关键词：蛋白质-蛋白质相互作用生物物理方法生物化学方法

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基于液质联用技术的蛋白质-蛋白质相互作用研究进展

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化学学报 2022年第6期80卷 817-826页

作者：陈玉宛周雯李欣蔚杨开广梁振张丽华张玉奎中国科学院大连化学物理研究所中国科学院分离分析化学重点实验室中国科学院大学大连理工大学张大煜学院

蛋白质-蛋白质相互作用调控着细胞内众多生物过程,蛋白质间相互作用网络的绘制对解析复杂的生物过程至关重要.面对生物体中复杂的蛋白质-蛋白质相互作用,液质联用技术不仅具有灵敏度高的鉴定优势,还可以对数以千计的蛋白质进行定量分析... 详细信息

蛋白质-蛋白质相互作用调控着细胞内众多生物过程,蛋白质间相互作用网络的绘制对解析复杂的生物过程至关重要.面对生物体中复杂的蛋白质-蛋白质相互作用,液质联用技术不仅具有灵敏度高的鉴定优势,还可以对数以千计的蛋白质进行定量分析.因此,对目标蛋白质进行富集、标记或共分级的处理后,结合液质联用技术对蛋白质准确而灵敏的鉴定,这类技术已被广泛应用于复杂样本中蛋白质-蛋白质相互作用网络的解析.目前基于液质联用技术的几种常用的方式,包括亲和纯化质谱方法(AP-MS)、近程标记质谱方法(PDB-MS)、化学交联质谱方法(XL-MS)和共分级偶联质谱方法(CF-MS)等.本综述讨论了这些方法的基本原理、优点和在细胞内解析蛋白质间相互作用的应用.

关键词：液质联用技术蛋白质-蛋白质相互作用亲和纯化近程标记化学交联质谱共分级偶联质谱

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蛋白质翻译后修饰在蛋白质-蛋白质相互作用中的调控作用

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科学通报 2017年第8期62卷 759-769页

作者：侯天云陆小鹏朱卫国教育部肿瘤发生与转化研究重点实验室蛋白质修饰与细胞功能北京市重点实验室北京大学医学部基础医学院生物化学与分子生物学系北京100191 北京大学-清华大学生命科学联合中心北京100871 深圳大学医学院生物化学与分子生物学系深圳518060

蛋白质-蛋白质相互作用是蛋白质发挥功能的主要机制之一,在DNA损伤修复、自噬和代谢等过程中都扮演着非常重要的角色,蛋白相互作用异常便会导致肿瘤等疾病的发生.在蛋白质的赖氨酸、丝氨酸和苏氨酸等氨基酸残基上,可发生甲基化、乙酰化... 详细信息

蛋白质-蛋白质相互作用是蛋白质发挥功能的主要机制之一,在DNA损伤修复、自噬和代谢等过程中都扮演着非常重要的角色,蛋白相互作用异常便会导致肿瘤等疾病的发生.在蛋白质的赖氨酸、丝氨酸和苏氨酸等氨基酸残基上,可发生甲基化、乙酰化、磷酸化和泛素化等200多种翻译后修饰,这些修饰通常能改变蛋白质的电性、疏水性和空间结构等属性,为与之结合的蛋白提供结合的锚定或产生位阻效应,像一把开关在时空上精确调控蛋白质-蛋白质相互作用的发生以及动态变化.结构研究表明,蛋白质之间的相互作用通常由临近的几个氨基酸残基直接结合,替换该区域的氨基酸残基,通常能破坏结合,使其失去部分功能或酶活性,可以针对性地开发和设计抑制剂或激活剂,用于肿瘤等疾病的治疗.本文简要介绍了蛋白质翻译后修饰在蛋白质-蛋白质相互作用中的调控作用,以及发挥的重要生理功能.

关键词：蛋白质-蛋白质相互作用翻译后修饰甲基化乙酰化磷酸化泛素化

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分析蛋白质-蛋白质相互作用界面的新方法

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物理化学学报 2002年第8期18卷 676-679页

作者：高莹王任小来鲁华北京大学化学与分子工程学院物理化学研究所

疏水性和氢键是蛋白质-蛋白质相互作用中的主要因素.提出一种新的计算方法,从蛋白受体的结合部位推导出蛋白配体相应部位应该具有的疏水性质和氢键性质.应用这种方法可以很容易地找出影响相互作用的关键残基,并且将界面的这两种特征用... 详细信息

疏水性和氢键是蛋白质-蛋白质相互作用中的主要因素.提出一种新的计算方法,从蛋白受体的结合部位推导出蛋白配体相应部位应该具有的疏水性质和氢键性质.应用这种方法可以很容易地找出影响相互作用的关键残基,并且将界面的这两种特征用图形软件显示出来.在应用到实际蛋白-蛋白相互作用中时,发现它的用途并不限于此.它可以作为研究蛋白相互作用的一个基本工具.

关键词：蛋白质-蛋白质相互作用界面分析相关突变疏水性氢键

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WW结构域——蛋白质蛋白质相互作用的一种模式

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生物化学与生物物理进展 2001年第3期28卷 333-337页

作者：李琦胡红雨中国科学院上海生命科学研究院生物化学和细胞生物学研究所上海200031

WW结构域是由 38～ 40个氨基酸残基严密组织形成一个连贯、紧凑的结构域 ;它以包含两个色氨酸残基为主要特征 ,能专一地与含有XPPXY保守序列的蛋白质相互作用 .这种相互作用涉及许多细胞内事件 ,如非受体信号传导、转录调节、蛋白质降... 详细信息

WW结构域是由 38～ 40个氨基酸残基严密组织形成一个连贯、紧凑的结构域 ;它以包含两个色氨酸残基为主要特征 ,能专一地与含有XPPXY保守序列的蛋白质相互作用 .这种相互作用涉及许多细胞内事件 ,如非受体信号传导、转录调节、蛋白质降解等等 ,并且这种相互作用的变化会直接或间接影响到人体的正常生理代谢功能而引起疾病 .

关键词： WW结构域蛋白质-蛋白质相互作用疾病

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以蛋白质-蛋白质相互作用为靶点的HIV抑制剂的研究进展

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药学学报 2019年第4期54卷 620-628页

作者：汪昭 Desta SAMUEL 康东伟展鹏刘新泳山东大学药学院药物化学研究所化学生物学教育部重点实验室山东济南250012

蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)在人免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus, HIV)生命周期中的多个阶段发挥重要作用。针对这些相互作用特别是HIV与宿主细胞之间的相互作用为我们研发靶向于新结合位点... 详细信息

蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)在人免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus, HIV)生命周期中的多个阶段发挥重要作用。针对这些相互作用特别是HIV与宿主细胞之间的相互作用为我们研发靶向于新结合位点和具有新作用机制的HIV抑制剂提供了新思路。因此本综述基于多种蛋白质-蛋白质相互作用的作用机制,结合具体研究实例阐述了该类抑制剂的最新研究进展。

关键词：艾滋病 HIV 蛋白质-蛋白质相互作用抑制剂

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基于元数据的异构蛋白质-蛋白质相互作用数据库整合

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中国生物医学工程学报 2010年第2期29卷 201-206页

作者：张智张正国中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院北京100005

研究蛋白质-蛋白质相互作用是理解生命活动的基础。在蛋白质-蛋白质相互作用的研究过程中,产生了大量来源于实验和预测的数据。这些数据存储于彼此异构的数据库中。对上述异构数据库进行数据整合是实现共享和最大限度利用已有蛋白质-蛋... 详细信息

研究蛋白质-蛋白质相互作用是理解生命活动的基础。在蛋白质-蛋白质相互作用的研究过程中,产生了大量来源于实验和预测的数据。这些数据存储于彼此异构的数据库中。对上述异构数据库进行数据整合是实现共享和最大限度利用已有蛋白质-蛋白质相互作用数据必须解决的关键问题。据此问题提出了基于元数据理论和查询转换方法的异构数据库整合方案,并构建了一个基于网络的蛋白质-蛋白质相互作用相关异构数据库的整合平台,成功实现了对9个蛋白质-蛋白质相互作用数据库的整合。

关键词：蛋白质-蛋白质相互作用异构数据库数据整合元数据

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核酸条形码技术:扩展蛋白质-蛋白质相互作用检测通量的新方法

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中国生物化学与分子生物学报 2024年第3期40卷 281-294页

作者：李林鑫秦晓红米立志天津大学生命科学学院结构与分子生物学系天津300072

蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)几乎参与了机体内所有重要的生物学过程,在细胞的基本生命过程中扮演了至关重要的角色,开发高通量的PPI检测新方法具有重要的生物学意义。目前,下一代测序技术(next-generation ... 详细信息

蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)几乎参与了机体内所有重要的生物学过程,在细胞的基本生命过程中扮演了至关重要的角色,开发高通量的PPI检测新方法具有重要的生物学意义。目前,下一代测序技术(next-generation sequencing,NGS)发展快速,能在几天内测定超过10亿个模板的DNA序列。由于并行DNA测序技术所特有的敏感性、特异性、高通量和多路复用优势,其已被用作广谱分子计数器,应用于基因组测序和转录物组测序等领域。核酸条形码技术通过将寡核苷酸标签与目标蛋白质连接起来,从而标记编码蛋白质。之后,利用高通量的测序方法检测相互作用的蛋白质,实现了PPI的高通量检测。这一技术推动了PPI检测方法的飞速发展,提升了单次实验检测的通量,为构建PPI网络提供了强有力的技术支持。本文详细阐述了核酸条形码在PPI检测方法中的设计、生成和读取;通过分析核酸条形码技术在PPI研究中的应用范例,探讨了各自的优势和不足,并评估了数据的可靠性,讨论了基于核酸条形码技术的PPI检测方法未来的发展趋势。

关键词：蛋白质-蛋白质相互作用核酸条形码检测技术下一代测序技术

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蛋白质-蛋白质相互作用及其抑制剂研究进展

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生命科学 2007年第5期19卷 506-511页

作者：赵亚雪唐赟华东理工大学药学院上海200237

蛋白质-蛋白质相互作用在细胞活动和生命过程中扮演着非常重要的角色。基因调节、免疫应答、信号转导、细胞组装等等都离不开蛋白质-蛋白质的相互作用。近几年,靶向蛋白质-蛋白质相互作用及其抑制剂研究也逐渐成为研究的热点;但是蛋白... 详细信息

蛋白质-蛋白质相互作用在细胞活动和生命过程中扮演着非常重要的角色。基因调节、免疫应答、信号转导、细胞组装等等都离不开蛋白质-蛋白质的相互作用。近几年,靶向蛋白质-蛋白质相互作用及其抑制剂研究也逐渐成为研究的热点;但是蛋白质复合物相互作用界面的一些特点和性质,如相互作用界面较大、结合界面较为平坦等,使蛋白质-蛋白质相互作用及其抑制剂研究充满了挑战。本文主要总结了蛋白质-蛋白质相互作用界面的一些性质和特点,分析了界面特性与其抑制剂设计的关系,并讨论了蛋白质-蛋白质相互作用的理论预测方法及其抑制剂的类型和特点,最后又通过实例说明了如何进行蛋白质-蛋白质相互作用抑制剂的设计。

关键词：蛋白质-蛋白质相互作用界面抑制剂设计

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