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柯萨奇病毒A16型衣壳蛋白VP1～VP3的b淋巴细胞线性抗原表位预测与确定

中华临床感染病杂志 2015年第6期8卷 543-548页

作者：高孟倪红霞朱莲李剑波高丽美罗永能浙江省医学科学院病毒病研究所杭州310013 宁波市疾病预防控制中心病毒研究所

目的确定柯萨奇病毒A16型（CVA16）YY157株衣壳蛋白VP1～VP3的优势b淋巴细胞线性抗原表位。方法用生物信息学软件Lasergene分析CVA16YY157株衣壳蛋白VP1-VP3氨基酸序列的亲水性、抗原性和表面可及性，预测出包含潜在b淋巴细胞线性抗原... 详细信息

目的确定柯萨奇病毒A16型（CVA16）YY157株衣壳蛋白VP1～VP3的优势b淋巴细胞线性抗原表位。方法用生物信息学软件Lasergene分析CVA16YY157株衣壳蛋白VP1-VP3氨基酸序列的亲水性、抗原性和表面可及性，预测出包含潜在b淋巴细胞线性抗原表位的区段，并用bepiPred1．0Server进行评估。人工合成相应的多肽片段，用多肽-酶联免疫吸附试验（ELISA）检测其与明确感染CVA16的患儿血清的阳性反应与否和程度，并以健康人血清作比较。结果根据抗原性强、亲水性强和表面性好的要求，共预测出21个可能的b淋巴细胞线性抗原表位。相应的人工合成多肽与感染CVA16的患儿血清均呈现阳性反应，但程度不同。结论成功预测并用实验证实了CVA16YY157株衣壳蛋白VP1～VP3的优势线性b淋巴细胞线性抗原表位。

关键词：柯萨奇病毒感染表位,b淋巴细胞酶联免疫吸附测定

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中国结核分枝杆菌五种特异性抗原人b细胞表位多态性分析

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中华结核和呼吸杂志 2016年第5期39卷 372-377页

作者：徐永娟李马超陈双双肖诗琪刘海灿赵秀芹吴移谋万康林湖南省衡阳市南华大学病原生物学研究所 421000 传染病预防控制国家重点实验室传染病诊治协同创新中心中国疾病预防控制中心传染病预防控制所中国农业大学生物技术国家重点实验室微生物与免疫学系

目的研究我国结核分枝杆菌复合群（MTbC）抗原mpt83、mpt70、IpqH、pstS3、groES及其人b细胞表位的多态性。方法从中国疾病预防控制中心传染病所结核室菌株库随机选取我国的179株MTbC临床分离株，培养后提取DNA，基因扩增并测序，根据H... 详细信息

目的研究我国结核分枝杆菌复合群（MTbC）抗原mpt83、mpt70、IpqH、pstS3、groES及其人b细胞表位的多态性。方法从中国疾病预防控制中心传染病所结核室菌株库随机选取我国的179株MTbC临床分离株，培养后提取DNA，基因扩增并测序，根据H37Rv标准序列和免疫表位数据库（IEDb）的抗原表位信息，比较、分析各基因b细胞表位序列的变异情况，最后用MEGA6软件计算各基因的非同义突变率（dN）、同义突变率（ds）及其比值。结果在179株MTbC菌株中，mpt83基因有7个单核苷酸多态性（SNP）位点，该基因及其表位区、非表位区的dN／dS分别为0．88、0．34和0．14；mpt70基因有1个SNP位点，为非同义突变；IpqH基因及其b细胞表位区dN／dS均为0．38，非表位区dN、ds均为0；pstS3基因及b细胞非表位区的dN／dS分别为1．74和1．40；groES基因未发现突变位点。结论结核分枝杆菌mpt83、IpqH、pstS3的基因序列及b细胞表位具有较高的多态性，而mpt70和groE基因b细胞表位较保守。

关键词：分枝杆菌,结核表位,b淋巴细胞多态性,单核苷酸

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Eb病毒潜伏膜蛋白2的b细胞表位免疫原性研究

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中华传染病杂志 2010年第10期28卷 587-592页

作者：李文姝郑美霞欧琴朱珊丽张丽芳温州医学院微生物学与免疫学教研室 325032 郧阳医学院微生物学教研室

目的分析Eb病毒（EbV）潜伏膜蛋白2（LMP2）b淋巴细胞表位的免疫原性.方法利用生物信息学技术筛选出EbV LMP2可能的优势b淋巴细胞表位LMP2199-209、LMP2318-322和LMP2381-391,将其相应基因片段分别克隆至pET32a（＋）载体并转化至大... 详细信息

目的分析Eb病毒（EbV）潜伏膜蛋白2（LMP2）b淋巴细胞表位的免疫原性.方法利用生物信息学技术筛选出EbV LMP2可能的优势b淋巴细胞表位LMP2199-209、LMP2318-322和LMP2381-391,将其相应基因片段分别克隆至pET32a（＋）载体并转化至大肠埃希菌bL21（DE3）菌株诱导表达,表达产物经十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE）和蛋白免疫印迹分析鉴定,通过Ni-NTA离子螯合亲和层析柱纯化.分别以纯化的表位蛋白作为免疫原,皮下多点注射bALb/c小鼠,设pET32a（＋）蛋白和PbS为对照.分别以3个表位蛋白作包被抗原,ELISA法检测第0、3、6周小鼠血清中相应表位特异性抗体IgG,并于免疫后第6周检测各免疫组小鼠血清抗体识别天然EbV抗原的能力.结果在原核表达体系中分别获得了表位LMP2199-209、LMP2318-322和LMP2381-391融合表达产物.纯化的表位蛋白免疫小鼠,血清中分别能检测到相应的表位特异性抗体IgG,其抗体水平随着免疫次数的增加而呈现逐渐升高的趋势,表位LMP2318-322免疫组第3、6周小鼠血清抗体显著高于pET32a（＋）蛋白对照组（F=493.85、773.99,均P＜0.05）,LMP2381-391免疫组第3、6周抗体水平亦显著高于pET32a（＋）蛋白对照组（F=926.33、309.14,均P＜0.05）,而表位LMP2199 209免疫组至第6周特异性抗体高于pET32a（＋）蛋白对照组（F=87.27,P＜0.05）.3个表位蛋白免疫小鼠血清抗体IgG均能识别EbV天然抗原,以表位LMP2199-209和LMP2381-391免疫组抗EbV-IgG生成水平尤为显著.结论筛选的EbV LMP2可能的优势b淋巴细胞表位LMP2199-209、LMP2318-322和LMP2381-391通过原核表达体系中制备的表位蛋白,具有较好的免疫原性,可进一步用于EbV感染及其相关肿瘤表位疫苗的研究.

关键词：疱疹病毒4型,人病毒包膜蛋白质类表位,b淋巴细胞遗传载体基因表达

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中蜂囊状幼虫病毒LN-QY株VP1蛋白的空间结构与b细胞抗原表位预测

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中国生物制品学杂志 2011年第3期24卷 280-284页

作者：程健张佩马鸣潇李明杨松辽宁医学院辽宁锦州121000

目的预测中蜂囊状幼虫病毒(Chinese sacbrood virus,CSbV)LN-QY株VP1蛋白的空间结构及其b细胞抗原表位。方法以CSbV LN-QY株RNA为模板,RT-PCR扩增结构蛋白VP1基因,与pMD18-T载体连接后,转化感受态大肠杆菌DH5α,对经EcoRⅠ和HindⅢ双酶... 详细信息

目的预测中蜂囊状幼虫病毒(Chinese sacbrood virus,CSbV)LN-QY株VP1蛋白的空间结构及其b细胞抗原表位。方法以CSbV LN-QY株RNA为模板,RT-PCR扩增结构蛋白VP1基因,与pMD18-T载体连接后,转化感受态大肠杆菌DH5α,对经EcoRⅠ和HindⅢ双酶切鉴定为阳性的重组质粒进行测序,通过序列比对,获得LN-QY株VP1的核苷酸序列和推导的氨基酸序列,建立VP1结构蛋白的3D模型,在此基础上,应用DNAStar软件中的Protean模块综合分析结构蛋白的柔性区域,亲水性,表面可能性以及抗原指数等参数。结果 VP1结构蛋白的空间构象比较规则,其可能的b细胞抗原表位区域位于47-53,139-145,273-284氨基酸区段。结论本研究为CSbV LN-QY株VP1蛋白表位疫苗的设计以及血清诊断试剂盒的研制奠定了理论基础。

关键词：中蜂囊状幼虫病毒病毒结构蛋白质类空间结构表位,b淋巴细胞预测

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TIMP-1 b细胞表位的预测和鉴定

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中国病理生理杂志 2012年第10期28卷 1917-1920页

作者：杜玲孙俊刘建生程计林上海市公共卫生临床中心消化科上海瑞金医院集团闵行区中心医院消化科上海201508

目的:预测并鉴定金属蛋白酶组织抑制物-1(TIMP-1)蛋白b细胞表位。方法:采用DNAStar和bcePred分析软件联合预测TIMP-1的b细胞表位,以此合成8分支多抗原肽结构的表位肽(MAP),并与通用型T辅助表位肽(VQGEESNDK,氨基酸163～171)联合免疫家兔... 详细信息

目的:预测并鉴定金属蛋白酶组织抑制物-1(TIMP-1)蛋白b细胞表位。方法:采用DNAStar和bcePred分析软件联合预测TIMP-1的b细胞表位,以此合成8分支多抗原肽结构的表位肽(MAP),并与通用型T辅助表位肽(VQGEESNDK,氨基酸163～171)联合免疫家兔,检测免疫血清效价,用Western blotting和间接酶联免疫吸附测定等方法鉴定其特异性和抗体亲和力。结果:软件预测显示,TIMP-1的第27～41位(MAP1)、第57～71位(MAP2)、第95～109位(MAP3)和第193～207位(MAP4)氨基酸序列最可能为其优势b细胞表位。抗体滴度动态检测表明,MAP2、MAP3和MAP4均能诱导产生特异性抗体,其中MAP2和MAP4诱导的抗体水平最高;免疫印迹证实MAP2、MAP3和MAP4诱导产生特异性的TIMP-1抗体;间接ELISA证实MAP4与商品化TIMP-1抗体具有最高的亲和力。结论:TIMP-1的第27～41位和第193～207位氨基酸为其优势b细胞表位,其中第193～207位氨基酸的免疫原性最强,这为TIMP-1多肽抗体和b细胞优势短肽疫苗研制提供了理论依据。

关键词：金属蛋白酶组织抑制物-1 表位,b淋巴细胞多抗原肽免疫原性

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周期型马来丝虫副肌球蛋白基因克隆、序列分析及编码产物b细胞表位预测

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中华传染病杂志 2007年第11期25卷 655-658页

作者：陈阳方政姜声扬黄为群谢东方吴建军石佑琴南通大学基础医学院寄生虫学教研室 226001

目的克隆周期型马来丝虫副肌球蛋白(bmPmy)基因,进行序列测定、分析及编码产物的b细胞表位预测。方法从周期型马来丝虫虫体中抽提总RNA,以mRNA为模板,RT-PCR法体外扩增bmPmy基因,扩增产物经初步鉴定后将其克隆入pGEM-T载体,转化*** DH5a... 详细信息

目的克隆周期型马来丝虫副肌球蛋白(bmPmy)基因,进行序列测定、分析及编码产物的b细胞表位预测。方法从周期型马来丝虫虫体中抽提总RNA,以mRNA为模板,RT-PCR法体外扩增bmPmy基因,扩增产物经初步鉴定后将其克隆入pGEM-T载体,转化*** DH5a,筛选阳性克隆,进行双酶切及PCR扩增鉴定,获得阳性重组质粒pGEM-T-bmPmy,经测序验证,并进行同源性比较。应用5种参数和方法对其编码产物进行b细胞表位预测。结果RT-PCR扩增出一条约2640bp的特异性条带,重组质粒双酶切的PCR结果与预期相符,DNA序列分析与基因库已知的基因序列同源性为99%。经表位预测分析,bmPmy的b细胞表位可能在54～66位、144～152位、770～780位和834～845位氨基酸区域。结论成功构建了bmPmy重组质粒pGEM-T克隆载体,为进一步研究该基因的功能提供了条件。

关键词：布鲁丝虫属原肌球蛋白克隆,分子序列分析,DNA 表位,b淋巴细胞

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人肥大细胞羧基肽酶的单抗2A9识别表位的预测和鉴定

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第四军医大学学报 2006年第20期27卷 1863-1866页

作者：周艳春侯一峰陈霖霏郑晓璇何韶衡汕头大学医学院变态反应与炎症学研究所广东汕头515041

目的：分析人肥大细胞羧基肽酶（hMC-CP）的单克隆抗体（mAb）2A9识别表位所在区域．方法：根据肥大细胞hMC-CP的二级结构、亲水性、表面可能性和抗原性指数，对hMC-CP的b细胞表位进行预测．依据预测结果，采用缺失突变的方法，分别扩... 详细信息

目的：分析人肥大细胞羧基肽酶（hMC-CP）的单克隆抗体（mAb）2A9识别表位所在区域．方法：根据肥大细胞hMC-CP的二级结构、亲水性、表面可能性和抗原性指数，对hMC-CP的b细胞表位进行预测．依据预测结果，采用缺失突变的方法，分别扩增编码hMC-CPN端第1～111（P1P2），97～202（P3P4）和1～202（P1P4）位氨基酸的cDNA，并构建重组原核表达载体pET-44／P1P2、pET-44／P3P4和pET-44／P1P4．用IPTG诱导表达融合蛋白，并对表达产物进行SDS-PAGE和Western blot分析．结果：b细胞表位预测结果显示，hMC-CP的N端第1～202位氨基酸含有多个潜在的b细胞表位．PCR扩增出的3个目的片段，其DNA序列同NCbI公布的序列完全一致．Western blot结果显示：*** bI21（DE3）表达的融合蛋白P3P4和P1P4均与mAb2A9反应；而融合蛋白P1P2与mAb 2A9不发生反应、结论：用多参数综合测评的方法，可获得满意的hMC-CPb细胞表位预测结果，本研究中mAb 2A9识别的表位位于hMC-CP的112-202位氨基酸区域．

关键词：肥大细胞羧基肽酶表位,b淋巴细胞预测基因表达

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人巨细胞病毒gH和PP65蛋白的b、T细胞优势抗原表位预测

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精准医学杂志 2021年第2期36卷 170-175页

作者：张倩文王爽祝颖刘泽媛余波王斌青岛大学基础医学院山东青岛266071

目的利用生物信息学方法分析预测人巨细胞病毒(HCMV)膜表面糖蛋白gH以及磷酸化蛋白65(PP65)的b细胞、T细胞优势抗原表位,为HCMV亚单位疫苗的研发提供理论依据。方法从美国国立生物技术信息中心(NCbI)数据库中获取HCMV的gH和PP65蛋白的... 详细信息

目的利用生物信息学方法分析预测人巨细胞病毒(HCMV)膜表面糖蛋白gH以及磷酸化蛋白65(PP65)的b细胞、T细胞优势抗原表位,为HCMV亚单位疫苗的研发提供理论依据。方法从美国国立生物技术信息中心(NCbI)数据库中获取HCMV的gH和PP65蛋白的氨基酸序列。通过AbCpred、bCPred和bepiPred软件预测gH和PP65蛋白的b细胞优势抗原表位;利用NetMHCⅡ2.3 Server和NetMHCⅡpan 4.0 Server软件预测gH和PP65蛋白的CD4^(+)T细胞优势抗原表位;使用NetMHC 4.0 Server和IEDb软件预测gH和PP65蛋白的CD8^(+)T细胞优势抗原表位;最后由VaxiJen v.2.0 Server软件对上述得到的所有抗原表位进行抗原性分析。结果gH和PP65蛋白的二级结构中无规卷曲均占比最高,分别为40.51%、52.94%;综合所有软件的预测结果并进行抗原性分析后,获得gH蛋白CD8^(+)T细胞优势抗原表位20个,CD4^(+)T细胞优势抗原表位15个,b细胞优势抗原表位1个,获得PP65蛋白CD8^(+)T细胞优势抗原表位8个,CD4^(+)T细胞优势抗原表位8个,b细胞优势抗原表位3个。结论HCMV的gH和PP65蛋白均含有丰富的b、T细胞优势抗原表位,可为HCMV亚单位疫苗的抗原肽选择提供理论依据。

关键词：巨细胞病毒 gH蛋白 PP65蛋白表位作图表位,b淋巴细胞表位 T淋巴细胞病毒疫苗计算生物学

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乙型肝炎病毒b基因型和C基因型b细胞表位的差异及意义

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国际检验医学杂志 2010年第1期31卷 37-38,41页

作者：王国戗牛菊霞贾安奎新乡医学院第一附属医院检验科河南卫辉453100 河南省新乡市传染病医院 453000

目的分析乙肝病毒b基因型和C基因型b细胞表位的差异及意义。方法通过互联网从Genbank搜索乙肝病毒b基因型和C基因型的S蛋白氨基酸序列,使用DANStar生物学软件多个参数预测b细胞抗原表位,并在互联网服务器上用Kolaskear-tongaonakar法预... 详细信息

目的分析乙肝病毒b基因型和C基因型b细胞表位的差异及意义。方法通过互联网从Genbank搜索乙肝病毒b基因型和C基因型的S蛋白氨基酸序列,使用DANStar生物学软件多个参数预测b细胞抗原表位,并在互联网服务器上用Kolaskear-tongaonakar法预测乙肝病毒b基因型和C基因型的S蛋白的b细胞抗原位点。结果综合预测乙肝病毒b基因型和C基因型S蛋白的b细胞抗原位点,b基因型的S蛋白有5个b细胞抗原位点,C基因型的S蛋白有3个b细胞抗原位点,并且b基因型的b细胞抗原位点的综合抗原指数(1.0798)高于C基因型的b细胞抗原位点的综合抗原指数(1.0729)。结论肝炎病毒C基因型较b基因型易引起患者肝炎慢性化,可能与乙肝病毒C基因型S蛋白的b细胞抗原位点少且抗原指数较低有一定关系。

关键词：肝炎病毒,乙型基因型表位,b淋巴细胞

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HPV18E7抗原b细胞表位的鉴定

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温州医学院学报 2010年第4期40卷 358-361页

作者：蔡剑峰徐云升唐艳吕明芬张学奇李秉煦温州医学院附属第一医院皮肤科温州医学院皮肤性病研究所浙江温州325000 成都市双流县第一人民医院皮肤科四川成都610200

目的:鉴定人乳头瘤病毒18型早期蛋白E7的b细胞优势表位的免疫原性。方法:根据亲水性方案、柔韧性方案、抗原指数方案及表面可能性方案预测分析抗原可能的b细胞优势表位肽,并探讨合成肽的免疫效果。结果:HPV18E715-22(LEPQNEIP),E729-44(... 详细信息

目的:鉴定人乳头瘤病毒18型早期蛋白E7的b细胞优势表位的免疫原性。方法:根据亲水性方案、柔韧性方案、抗原指数方案及表面可能性方案预测分析抗原可能的b细胞优势表位肽,并探讨合成肽的免疫效果。结果:HPV18E715-22(LEPQNEIP),E729-44(EQLSDSEEENDEIDGV),E751-59(ARRAEPQRH)是可能的b细胞优势表位,其中,E729-44和E751-59可明显诱导小鼠血清抗体滴度升高。结论:HPV18E729-44具有较强的免疫原性,为E7抗原b细胞优势表位。

关键词：人乳头瘤病毒18 E7抗原表位,b淋巴细胞

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