检索结果-内蒙古大学图书馆

结核分枝杆菌潜伏感染相关蛋白Rv2004c的抗原表位预测

生物医学工程学杂志 2016年第2期33卷 325-331页

作者：王东方白雪娟刘银萍梁艳吴雪琼林明贵河北北方学院张家口075000 解放军第三〇九医院全军结核病研究所全军结核病防治重点实验室/结核病诊疗新技术北京市重点实验室北京100091

本文应用生物信息学技术预测结核分枝杆菌潜伏感染相关蛋白Rv2004c的抗原表位,为结核病的诊断和疫苗研发筛选合适的抗原靶位。通过Blast分析发现Rv2004c蛋白与人类蛋白的同源性较低;采用DNAStar软件包中的Protean软件分析其二级结构、... 详细信息

本文应用生物信息学技术预测结核分枝杆菌潜伏感染相关蛋白Rv2004c的抗原表位,为结核病的诊断和疫苗研发筛选合适的抗原靶位。通过Blast分析发现Rv2004c蛋白与人类蛋白的同源性较低;采用DNAStar软件包中的Protean软件分析其二级结构、亲水性、抗原性、柔韧性及表面可能性,预测该蛋白有10个候选B细胞抗原表位;应用RANKPEP及SYFPEITHI法预测该蛋白有37个候选Th细胞抗原表位,主要位于第200位氨基酸之后,其中HLA-DRB1*0401及HLA-DRB1*0701表型相对的表位数目较多且某些候选表位的主要组织相容性复合体(MHC)限制类型存在交叉重叠;应用SYFPEITHI法、BIMAS法及NetCTL法预测该蛋白有10个候选细胞毒性T淋巴细胞(CTL)表位,其中以HLA-A2限制性表位数目较多、分值较高。由此得出结论:Rv2004c蛋白含有较多潜在的T细胞和B细胞抗原表位,可作为新的结核病诊断试剂和疫苗研发的候选靶蛋白。

关键词：结核分枝杆菌 Rv2004c 表位预测生物信息学

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辅助T细胞表位预测及其在抗寄生虫疫苗研发中的应用

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中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2008年第3期26卷 228-233页

作者：邵东华(综述) 冯新港(审校) 中国农业科学院上海兽医研究所上海动物生物技术研究中心农业部动物寄生虫学重点实验室上海200232

细胞免疫在防御外来病原感染、自身免疫及肿瘤等疾病中发挥重要作用。随着分子免疫学研究的不断发展,对T淋巴细胞免疫分子机制的阐释,大量T细胞表位信息以及功能基因组学资料的积累,使得基于数据驱动的预测T细胞表位的研究受到重视,可... 详细信息

细胞免疫在防御外来病原感染、自身免疫及肿瘤等疾病中发挥重要作用。随着分子免疫学研究的不断发展,对T淋巴细胞免疫分子机制的阐释,大量T细胞表位信息以及功能基因组学资料的积累,使得基于数据驱动的预测T细胞表位的研究受到重视,可能成为疫苗研发的重要工具之一。本文概述辅助T细胞表位预测的理论和方法及其在寄生虫疫苗研发中的应用,并讨论未来的研究方向。

关键词：辅助T细胞表位预测疫苗寄生虫

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人体疟原虫乳酸脱氢酶基因多态性及B细胞表位预测

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中国血吸虫病防治杂志 2022年第1期34卷 28-35页

作者：黄和荣董莹邓艳徐艳春陈梦妮刘言张苍林安徽医科大学临床医学院基础医学部安徽合肥230031 云南省寄生虫病防治所、云南省疟疾研究中心、云南省虫媒传染病防控研究重点实验室云南普洱665000

目的分析4种人体疟原虫乳酸脱氢酶(Plasmodium lactate dehydrogenase,pLDH)基因多态性并预测pLDH肽链B细胞抗原表位。方法收集传染病报告信息管理系统中登记的云南省疟疾病例血样和流行病学等信息。采用巢式PCR技术扩增4种人体疟原虫p... 详细信息

目的分析4种人体疟原虫乳酸脱氢酶(Plasmodium lactate dehydrogenase,pLDH)基因多态性并预测pLDH肽链B细胞抗原表位。方法收集传染病报告信息管理系统中登记的云南省疟疾病例血样和流行病学等信息。采用巢式PCR技术扩增4种人体疟原虫pLDH基因并测序,应用MEGA 7.0.26和DnaSP 5.10软件分析4种人体疟原虫p LDH基因DNA序列多态性,并采用免疫表位数据库(IEDB)预测pLDH肽链B细胞抗原表位。结果分别从153份间日疟、29份恶性疟、17份卵形疟和11份三日疟患者血样中获得间日疟原虫LDH(PvLDH)、恶性疟原虫LDH(PfLDH)、卵形疟原虫LDH(PoLDH)、三日疟原虫LDH(PmLDH)基因测序序列,分别定义15、2、4、2种单倍型,核苷酸多样性指数(π)为0.104。Po LDH基因种内分化程度较高,π为0.012;PvLDH、PfLDH和PmLDH基因π值均<0.001。4种人体疟原虫pLDH肽链可预测到4~5个/链的B细胞抗原活性区,活性得分约0.430;其中活性区短肽"86-PGKSDKEWNRD-96"为4种人体疟原虫共有的B细胞抗原表位,"266-GQYGHS(T)-271"仅出现在PvLDH和PoLDH肽链,PvLDH、PfLDH肽链特有的B细胞抗原表位分别是"212-EEVEGIFDR-220"和"208-LISDAE-213"。结论PoLDH基因多态性可能来自微弱的负向纯化选择,PvLDH、PfLDH、PmLDH基因则可能维持了相对保守状态。p LDH肽链近C端可能存在可区分间日疟、恶性疟原虫感染的B细胞抗原表位"212-EEVEGIFDR-220"和"208-LISDAE-213"。

关键词：人体疟原虫乳酸脱氢酶基因多态性 B细胞表位表位预测

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钩端螺旋体抗原表位预测、重组、表达及免疫原性分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2005年第7期25卷 549-554页

作者：杨榆玲黄小琴史荔褚嘉祐郭晓奎石铁流中国医学科学院中国协和医科大学医学生物学研究所上海第二医科大学中科院上海生命科学信息中心

目的应用生物信息学方法预测两种钩端螺旋体外膜蛋白的表位,结合基因工程手段进行表位重组、表达和免疫原性分析。方法用预测程序ProPred和ANTIGENIC预测LipL32和Om-pL1的表位,应用PCR技术合成重组表位基因片段,克隆PCR产物构建重组质粒... 详细信息

目的应用生物信息学方法预测两种钩端螺旋体外膜蛋白的表位,结合基因工程手段进行表位重组、表达和免疫原性分析。方法用预测程序ProPred和ANTIGENIC预测LipL32和Om-pL1的表位,应用PCR技术合成重组表位基因片段,克隆PCR产物构建重组质粒,测序验证。在BL21(DE3)中诱导表达融合蛋白。纯化该融合蛋白,免疫BALB/c小鼠,显微镜凝集试验(MAT法)测定抗体效价。结果在LipL32和OmpL1中各预测到2个既具有MHC结合肽特性又具有B细胞表位特征的肽段。PCR合成的重组表位基因序列中没有出现移码和碱基置换。纯化后融合蛋白纯度>90%。融合蛋白产生的抗体效价为75.79,融合头(运载蛋白)抗体效价为10.62。结论重组表位具有一定免疫原性。为相关蛋白的表位重组和亚单位疫苗等方面的研究打下了良好的基础。

关键词：计算机预测重组抗原表位融合蛋白表达纯化显微镜凝集试验表位预测重组质粒钩端螺旋体免疫原性 BL21(DE3)

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宁夏人细粒棘球蚴延伸因子-1重组蛋白特性分析及抗原表位预测

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中国药学杂志 2008年第9期43卷 654-657页

作者：王健赵巍王娅娜丁淑琴宁夏回族自治区人民医院银川750021 宁夏医学院银川750004

目的分析宁夏人***-1重组蛋白的氨基酸序列,了解该蛋白的特性,预测其抗原表位,为进一步研究多肽疫苗提供理论依据。方法克隆***-1基因片段并测序,重组入***-1/pGEX-6P-1载体表达重组蛋白***-1并鉴定其免疫学活性,利用生物信息学方法推测... 详细信息

目的分析宁夏人***-1重组蛋白的氨基酸序列,了解该蛋白的特性,预测其抗原表位,为进一步研究多肽疫苗提供理论依据。方法克隆***-1基因片段并测序,重组入***-1/pGEX-6P-1载体表达重组蛋白***-1并鉴定其免疫学活性,利用生物信息学方法推测***-1重组蛋白质的氨基酸序列、分析***-1重组蛋白特性及二级结构、在线预测重组蛋白三维图象数据并将其结果用Anthe_5_0和spdbv37sp5软件模拟该蛋白三维结构,对***-1重组蛋白氨基酸序列进行BLAST同源性比对分析,用DNAStar/Protean、BIOSUN软件和HLALigand/Motif网上B细胞抗原表位预测数据库对蛋白抗原表位进行预测。结果***-1基因开放阅读框编码一个由230个氨基酸残基组成的多肽,同源性分析发现,重组蛋白氨基酸序列与数据库中收录的意大利细粒棘球蚴延伸因子EF-1的氨基酸序列有98%的同源性;蛋白特性分析显示***-1重组蛋白是疏水性极强的酸性蛋白,含有较多的α螺旋结构;3种软件综合分析结果预测,***-1基因重组蛋白抗原表位位置为20～26(SATEQKG)、50～56(SWNERME)、176～185(LWGTSKLVPL)、199～205(VENDKVG)、217～229(ELEDYVQSVDVAS)5个氨基酸肽段。结论***-1重组蛋白可能是人细粒棘球蚴延伸因子-1相关蛋白,根据3种生物信息学工具预测的抗原表位是研究多肽疫苗时合成肽段的参考依据。

关键词：细粒棘球蚴延伸因子-1 重组蛋白表位预测

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扎伊尔埃博拉病毒糖蛋白泛MHC Ⅱ限制性表位预测及验证

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细胞与分子免疫学杂志 2021年第4期37卷 308-314页

作者：刘洋孙昊陆振华兰明福许家豪孙报增姜东伯杨琨空军军医大学基础医学院免疫学教研室陕西西安710032 空军军医大学军事预防医学系军队防疫与流行病学教研室陕西西安710032

目的生物信息学预测获得埃博拉病毒(EBOV)糖蛋白泛主要组织相容性复合体Ⅱ(MHCⅡ)限制性优势表位,分析其特征并筛选鉴定可用于疫苗研制的候选对象。方法通过IEDB分析预测EBOV糖蛋白的优势表位,并对优势表位进行聚类分析,保守性分析和分... 详细信息

目的生物信息学预测获得埃博拉病毒(EBOV)糖蛋白泛主要组织相容性复合体Ⅱ(MHCⅡ)限制性优势表位,分析其特征并筛选鉴定可用于疫苗研制的候选对象。方法通过IEDB分析预测EBOV糖蛋白的优势表位,并对优势表位进行聚类分析,保守性分析和分子对接。同时,利用编码糖蛋白DNA的质粒pVAX-GP免疫小鼠,酶联免疫斑点试验(ELISpot)验证预测获得的表位。结果在构成人群覆盖率达99%的人类白细胞抗原Ⅱ(HLAⅡ)超家族限制性15表位肽预测中筛选获得19个优势表位,H-2筛选获得13个优势表位。ELISpot结果显示pVAX-GP可诱导小鼠脾细胞产生针对合成优势表位的细胞免疫反应,其中表位LFLRATTELRTFSIL和GYYSTTIRYQATGFG在C3H小鼠体内具有显著激活细胞免疫反应的效果。保守性分析结果中存在种间和种内均保守的优势表位,不存在种内不保守而种间保守的优势表位。分子对接显示实验鉴定的两条优势表位可在人HLAⅡ类超家族分子中均可获得良好的对接分数,进一步肯定其在人群免疫中应用的可行性。结论多肽LFLRATTELRTFSIL和GYYSTTIRYQATGFG可作为EBOV表位疫苗的候选表位。

关键词：扎伊尔埃博拉病毒(EBOV) 泛主要组织相溶性复合体Ⅱ(pan-MHCⅡ)限制性表位表位预测保守性分析分子对接

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基于实验数据集对常用蛋白抗原空间表位预测工具的测评

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科学通报 2010年第18期55卷 1810-1815页

作者：徐小莲孙静刘琦王晓婧徐天磊朱瑞新吴迪曹志伟华东理工大学生物反应器工程国家重点实验室上海200237 上海生物信息技术研究中心上海200235 同济大学生命科学与技术学院上海200092

抗体分子对蛋白抗原的结合主要通过表位区域进行,而表位区域的氨基酸残基通常形成不连续的、构象的或者空间的表位区域,而不是抗原表面上的线性连续片段.已有许多算法可以用来预测构象表位,并且基于各自的测试集,各种工具对空间表位的... 详细信息

抗体分子对蛋白抗原的结合主要通过表位区域进行,而表位区域的氨基酸残基通常形成不连续的、构象的或者空间的表位区域,而不是抗原表面上的线性连续片段.已有许多算法可以用来预测构象表位,并且基于各自的测试集,各种工具对空间表位的预测都声称取得了杰出的效果.本文收集了由实验方法确定的空间表位数据并建立了一套独立的测试集.基于这套测试集,采用灵敏度、真阳性预测率、成功挑选率和接受者操作特性曲线下面积(AUC)等参数对常用蛋白抗原空间表位预测工具进行了评估,工具包括SEPPA,CEP,DiscoTope,ElliPro,PEPOP和BEpro等.测试集评估结果表明,6种蛋白抗原空间表位预测工具预测性能仍有待提高.其中,SEPPA预测性能相对较好,然而计算得到的灵敏度、真阳性预测率、成功挑选率和平均AUC值也并不理想.评估结果还表明,预测工具采用的空间表位训练和测试数据集以及预测算法对预测结果的准确性有较大影响.以上分析结果为改进B细胞蛋白抗原空间表位预测方法和为免疫原性多肽和新型疫苗分子的设计提供新的启示.

关键词：不连续表位构象表位独立测试集表位预测蛋白质抗原

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CT抗原KM-HN-1 HLA-A*0201限制性表位预测及其与HLA-A*0201结合强度分析

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免疫学杂志 2006年第6期22卷 593-596页

作者：王昊亮付晓岚姜曼黎万玲唐艳吴玉章第三军医大学基础医学部全部免疫学研究所重庆400038

目的通过对CT抗原（cancer-testis antigen）KM-HN-1进行HLA-A＊0201限制性表位预测，并对候选表位肽与HLA-A＊0201分子结合亲和力及复合物稳定性进行分析，为探索基于KM-HN-1的免疫治疗奠定基础。方法利用基于蛋白酶体剪切位点特异性... 详细信息

目的通过对CT抗原（cancer-testis antigen）KM-HN-1进行HLA-A＊0201限制性表位预测，并对候选表位肽与HLA-A＊0201分子结合亲和力及复合物稳定性进行分析，为探索基于KM-HN-1的免疫治疗奠定基础。方法利用基于蛋白酶体剪切位点特异性的算法PAProc及基于肽MHC-I结合的算法BIMAS和SYFPEITHI对KM-HN-1进行HLA-A＊0201限制性表位预测．合成KM-HN-1相关候选表位肽KM-HN-I321-329（KLLPFRETV），KM-HN-I303-211，（FLPTAPPNV），KM-HN-I629-637。（TLLQIIETV），KM-HN-I87-95（ILNKSIIEV），KM-HN-I538-596。（QMMEALDQL）及阳性对照肽HBVcAg18-27（FLPSDFFPSV）；对这些合成肽与HIA-A＊0201分子结合亲和力及其复合物稳定性根据文献报道的方法进行分析。结果KM-HN-I321-329（KLLPERETV）结合亲和力最低，KM-HN—I203-211（FLPTAPPNV）结合亲和力最高，其余3条肽结合亲和力介于2者之间；稳定性实验（DC50）结果显示：KM-HN-I538—546（QMMEALDQL）DC50小于2h，KM—HN-I321-329（KLLPERETV）的DC50介于2～4h之间，KM-HN-I87-95。（ILNKSIIEV）的DC50介于6～8h之间，KM-HN-I233-211（HLPTAPPNV）及KM-HN-I629—633（TLLQIIETV）的DC50均大于8h。结论基于蛋白酶体剪切位点特异性的算法及基于肽MHC-I结合的算法对KM-HN-1进行HLA-A＊0201限制性表位预测，结合候选表位肽与HLA-A＊0201分子结合的亲和力与复合物稳定性实验分析，为该抗原HLA-A＊0201限制性表位的鉴定奠定了基础。

关键词： CT抗原 KM-HN-1 表位预测 HLA-A*0201限制性结合亲和力及稳定性

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抗原表位预测的免疫信息学方法研究进展

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中国免疫学杂志 2008年第9期24卷 857-861页

作者：黄艳新鲍永利李玉新吉林大学计算机科学与技术学院长春130011 东北师范大学国家教育部农业与医药基因工程研究中心长春130024

表位是抗原分子中由特殊的化学基团组成的结构,根据与抗原受体结合的不同可分为B细胞表位和T细胞表位.B细胞表位是抗原中可被B细胞抗原受体或抗体特异性识别并结合的线性片段或空间构象性结构.B细胞表位只有很少的一部分是线性表位,而... 详细信息

表位是抗原分子中由特殊的化学基团组成的结构,根据与抗原受体结合的不同可分为B细胞表位和T细胞表位.B细胞表位是抗原中可被B细胞抗原受体或抗体特异性识别并结合的线性片段或空间构象性结构.B细胞表位只有很少的一部分是线性表位,而绝大部分(约90%)是构象性表位.

关键词：抗原受体表位预测免疫信息学细胞表位特异性识别线性表位受体结合空间构象抗原分子结构化学基团组成抗体

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抗原表位预测方法的研究进展

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中国兽医科学 2009年第10期39卷 938-940页

作者：王艳华张德林殷宏付宝权中国农业科学院兰州兽医研究所家畜疫病病原生物学国家重点实验室农业部兽医公共卫生重点开放实验室甘肃省动物寄生虫病重点实验室甘肃兰州730046

概述了B细胞线性表位、B细胞构象性表位、CTL表位及Th表位等抗原表位预测方法的研究进展,并对每种表位预测方法的预测结果进行了比较,旨在为从事抗原表位研究的人员提供理论参考。

关键词： B细胞表位 T细胞表位表位预测

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