检索结果-内蒙古大学图书馆

生物化学与生物物理进展 2002年第2期29卷 323-327页

作者：钱骏董利张必成王洁如周鸣李忠花李伟芳李小玲李桂源中南大学湘雅医学院肿瘤研究所

UBAP1(ubiquitinassociatedprotein 1)基因是最近克隆的一个定位于人类染色体 9p2 1 2 2鼻咽癌杂合性丢失高频区的泛肽相关蛋白家族新成员 .为了深入研究UBAP1基因的功能 ,利用计算机对表达序列标签(expressedsequencetag ,EST)、UniGen... 详细信息

UBAP1(ubiquitinassociatedprotein 1)基因是最近克隆的一个定位于人类染色体 9p2 1 2 2鼻咽癌杂合性丢失高频区的泛肽相关蛋白家族新成员 .为了深入研究UBAP1基因的功能 ,利用计算机对表达序列标签(expressedsequencetag ,EST)、UniGene等数据库进行综合搜索分析 ,结合cDNA克隆测序的方法 ,成功地获得了UBAP1基因在小鼠中的同源基因 .小鼠UBAP1基因cDNA全长为 2 6 76bp ,编码一个由 44 1个氨基酸组成的蛋白质 ,在其蛋白质C端只有一个泛肽相关功能域 (UBAdomain) .与人UBAP1基因相比 ,两者编码的氨基酸序列有 89%相同 .基于EST的数字化表达分析显示UBAP1基因在小鼠正常组织中广泛高表达 .

关键词：表达序列标签数据库搜索小鼠 UBAP1基因数字化表达分析鼻咽癌组织表达基因克隆

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表达序列标签(EST)分析及其在林木研究中的应用

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林业科学研究 2004年第6期17卷 804-809页

作者：李虹卢孟柱蒋湘宁北京林业大学北京100083 中国林业科学研究院林业研究所北京100091

简要叙述了表达序列标签EST技术的原理和流程,综述了EST在研究林木木材形成和其它生物学过程时新基因的发现、基因表达分析和基因芯片方面的应用进展以及在开发林木单核苷酸多态性和简单序列重复等分子标记和构建遗传图谱方面的应用进展... 详细信息

简要叙述了表达序列标签EST技术的原理和流程,综述了EST在研究林木木材形成和其它生物学过程时新基因的发现、基因表达分析和基因芯片方面的应用进展以及在开发林木单核苷酸多态性和简单序列重复等分子标记和构建遗传图谱方面的应用进展,并对其在林木基因组研究中的应用前景进行了展望。

关键词：表达序列标签林木研究 EST 基因表达基因芯片分子标记遗传图谱

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表达序列标签在寄生虫基因研究中的应用

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中国兽医科技 2004年第9期34卷 45-48页

作者：罗洪林黄维义张为宇广西大学动物科技学院广西南宁530005

一个基因组的所有碱基中大约只有2%组成编码蛋白质的那部分基因,因此,测序基因组已不再是一种创建基因目录的有效途径.大量的试验证明,以cDNA的形式进行基因转录产物的大规模测序是了解基因组的首选办法.高通量cDNA测序于1991年由Adams... 详细信息

一个基因组的所有碱基中大约只有2%组成编码蛋白质的那部分基因,因此,测序基因组已不再是一种创建基因目录的有效途径.大量的试验证明,以cDNA的形式进行基因转录产物的大规模测序是了解基因组的首选办法.高通量cDNA测序于1991年由Adams等[1]创始,在构建人脑的cDNA并进行末端单向一次自动测序时首次提出了"表达序列标签(EST)"概念,并发现了337个基因.

关键词：表达序列标签寄生虫基因碱基 DNA序列

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生物信息学辅助定位及延伸辐射诱导未知表达序列标签

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生物化学与生物物理进展 2001年第2期28卷 188-191页

作者：罗瑛隋建丽铁轶周平坤孙志贤军事医学科学院放射医学研究所北京100850

研究辐射诱导的基因表达调控对于认识细胞对辐射损伤的应激反应有重要意义 .在低剂量辐射诱导新基因RIG1表达序列标签 (expressionsequencetag ,EST)片段的基础上 ,通过非克隆cDNA文库和RACE (rapidamplificationofcDNAend)技术获得了... 详细信息

研究辐射诱导的基因表达调控对于认识细胞对辐射损伤的应激反应有重要意义 .在低剂量辐射诱导新基因RIG1表达序列标签 (expressionsequencetag ,EST)片段的基础上 ,通过非克隆cDNA文库和RACE (rapidamplificationofcDNAend)技术获得了其 3′末端 .依据实验得到的这两段EST序列所提供的信息 ,通过生物信息学分析将RIG1基因初步定位在 2 0号染色体 .对 2 0号染色体RIG1区基因组序列进行外显子扫描 ,发现预测的外显子正好与实验得到的EST相吻合 .利用预测的外显子设计特异引物 ,成功地克隆了RIG1基因全长序列 .同时 ,对 2 0号染色体RIG1区的生物信息学分析表明 ,在RIG1基因的上游存在启动子区 ,从而确定了RIG1基因的基因组序列 .因此 ,通过生物信息学辅助设计实验 ,快捷地定位及延伸了未知EST片段RIG1,基本完成了RIG1的全基因、基因组序列及染色体定位研究 .

关键词：辐射诱导基因 RIGI 外显子预测表达序列标签

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表达序列标签数据库搜索克隆斑马鱼QM基因及其数字化差异显示分析

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水产学报 2005年第5期29卷 17-23页

作者：金红建邵健忠项黎新浙江大学生命科学学院浙江大学生命科学学院浙江杭州310012

QM基因是一种与肿瘤抑制、细胞生长、分化、发育和凋亡等有关的重要基因,已在人类及许多物种中得到了克隆,但鱼类中尚无报道。我们利用表达序列标签数据库和电子克隆等技术,成功克隆了斑马鱼QM基因,并对该基因的结构进行了系统分析。结... 详细信息

QM基因是一种与肿瘤抑制、细胞生长、分化、发育和凋亡等有关的重要基因,已在人类及许多物种中得到了克隆,但鱼类中尚无报道。我们利用表达序列标签数据库和电子克隆等技术,成功克隆了斑马鱼QM基因,并对该基因的结构进行了系统分析。结果显示,斑马鱼QM基因cDNA全长769bp,含648bp开放阅读框架,编码215个氨基酸,5’UTR25bp,3’UTR122bp,所编码的QM多肽分子量24.6kDa,等电点(pI)10.6,含潜在的蛋白酶C磷酸化位点、N-酰基化位点和酰胺化位点。比较斑马鱼QM和人等13个物种QM的同源性,发现其氨基酸序列相似性为66%~92%。数字化差异显示分析结果表明,QM基因在斑马鱼胚胎及成体多种组织中均有广泛表达。研究结果为今后利用生物信息学快速克隆新的鱼类功能基因打下了方法学基础,也为进一步研究鱼类QM基因功能提供了依据。

关键词：斑马鱼 QM基因表达序列标签电子克隆数字化差异显示分析

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表达序列标签拼接及验证研究进展

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军事医学科学院院刊 2004年第5期28卷 488-491页

作者：陈廷贵朱云平贺福初军事医学科学院放射医学研究所北京100850

后基因组时代已经来临 ,基因组序列注释是其主要目标之一。本文就查找EST同源序列方法、各类拼接软件优缺点、现有转录组数据库和预测的蛋白质组数据库、全长cDNA判断方法及ORF选择等方面进行综述 ,并讨论基因预测方面的困难和不足及任... 详细信息

后基因组时代已经来临 ,基因组序列注释是其主要目标之一。本文就查找EST同源序列方法、各类拼接软件优缺点、现有转录组数据库和预测的蛋白质组数据库、全长cDNA判断方法及ORF选择等方面进行综述 ,并讨论基因预测方面的困难和不足及任务的长期性。

关键词：表达序列标签电子拼接及验证全长cDNA 基因组

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表达序列标签(EST)分析方法及在植物抗病研究中的应用

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中国农学通报 2010年第8期26卷 56-62页

作者：吕桂云张海英郭绍贵许勇中国农业科学院蔬菜花卉研究所北京100081 国家蔬菜工程技术研究中心北京100097 河北农业大学园艺学院河北保定071001

在国际最大公共数据库GenBank的dbEST数据库中收录了大量各种生物的ESTs,这些大量的EST序列对发现、克隆和定位新基因,构建遗传图谱,开发分子标记,研究基因差异表达、功能及基因间互作是非常有价值的资源。为了充分挖掘EST数据资源所蕴... 详细信息

在国际最大公共数据库GenBank的dbEST数据库中收录了大量各种生物的ESTs,这些大量的EST序列对发现、克隆和定位新基因,构建遗传图谱,开发分子标记,研究基因差异表达、功能及基因间互作是非常有价值的资源。为了充分挖掘EST数据资源所蕴含的生物学信息,掌握系统的分析方法对其研究显得尤为重要。参照目前广泛运用的多种EST数据分析软件,系统地简述了EST的序列分析方法,主要包括EST的序列分析前处理、序列的聚类拼接以及注释、功能分类,指出应根据EST数据的特征来选择合适的序列分析软件,并阐释EST技术在植物抗病基因的发现、克隆和定位研究中的应用。

关键词：表达序列标签序列拼接功能注释应用

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植物基因组表达序列标签(EST)计划研究进展

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生物化学与生物物理进展 2001年第4期28卷 494-497页

作者：骆蒙贾继增中国农业科学院品种资源研究所农业部作物种质资源与生物技术重点实验室北京100081

植物表达序列标签 (EST)计划是随机挑选cDNA克隆 ,并对其 3′或 5′端进行大规模一次性测序 ,将得到的 15 0～ 5 0 0bp长度的DNA片段与数据库中的序列进行比较 ,获得对基因组结构、组织、表达等认识的基因组研究策略 .就近年来国际植物... 详细信息

植物表达序列标签 (EST)计划是随机挑选cDNA克隆 ,并对其 3′或 5′端进行大规模一次性测序 ,将得到的 15 0～ 5 0 0bp长度的DNA片段与数据库中的序列进行比较 ,获得对基因组结构、组织、表达等认识的基因组研究策略 .就近年来国际植物EST计划的实施情况、植物EST计划的研究范围、生物信息学在EST研究中的应用、EST数据库及查询。

关键词：植物基因组表达序列标签生物信息学

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表达序列标签的应用现状及分析方法研究

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草业科学 2010年第5期27卷 76-84页

作者：王晓娜卢欣石北京林业大学草地资源与生态实验室北京100083

表达序列标签是由大规模随机挑取的cDNA克隆测序得到的组织或细胞基因组的表达序列标签。1个表达序列标签(EST)代表生物某一时期的某种组织或细胞的1个表达基因。数量迅速增加的表达序列标签已经成为开发分子标记的重要资源。介绍了EST... 详细信息

表达序列标签是由大规模随机挑取的cDNA克隆测序得到的组织或细胞基因组的表达序列标签。1个表达序列标签(EST)代表生物某一时期的某种组织或细胞的1个表达基因。数量迅速增加的表达序列标签已经成为开发分子标记的重要资源。介绍了EST原理、基因表达分析的方法比较、基因测序聚类分析的3个数据库比较及详细方法,表明EST在发现新基因及基因组研究中的应用具有良好的前景。

关键词：表达序列标签聚类分析方法

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猪脂肪组织表达序列标签 (ESTs)大规模测序及分析

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Acta Genetica Sinica 2004年第11期31卷 1211-1217页

作者：邓亚军童维陈雁炯胡松年李生斌西安交通大学医学院中国科学院北京基因组研究所北京101300 中国科学院北京基因组研究所

利用大规模DNA序列测定的方法 ,对猪脂肪组织进行了表达序列标签 (ExpressedSequenceTag ,EST)序列测定 ,获得高质量EST共 7790个 ,并对此进行了初步分析。使用STACK_PACK软件进行聚类分析 ,得到 4 35 4个基因聚类 ,包括 36 0 9个单拷... 详细信息

利用大规模DNA序列测定的方法 ,对猪脂肪组织进行了表达序列标签 (ExpressedSequenceTag ,EST)序列测定 ,获得高质量EST共 7790个 ,并对此进行了初步分析。使用STACK_PACK软件进行聚类分析 ,得到 4 35 4个基因聚类 ,包括 36 0 9个单拷贝基因和 74 5个多拷贝基因 ;将候选基因序列用BlastN与nr库进行比较 (e =1e 10 ) ,从 4 35 4个候选基因中得到 2 712个已知基因 ,其中单基因为 1987个 ,多拷贝基因为 72 5 (36 94克隆 )个 ;未知功能基因和新EST有 2 10 9个克隆。根据BlastN结果 ,利用基因组文库添加序号 (GenBankAccessionNo .)为索引 ,构建了猪脂肪组织已知功能基因表达谱。从基因表达谱可以看出 ,在猪脂肪组织中参与代谢的基因所占比例最高 ,在某些方面也显示了脂肪组织旺盛的代谢活性。同时发现在猪脂肪组织中主组织相容性抗原 (MajorHistocompatibilityComplex ,MHC)或与MHC相关的基因表达丰度很高。其中单拷贝基因 181个 ,多拷贝基因 4 4个 ,共计 2 5 7个克隆 ,占细胞机体防御 (cellandorganismdefense)总数的 4 4 9%。占总已知基因数的 5 4 %。提取出全部与MHC相关的EST序列 (2 5 7个克隆 ) ,发现所有EST的部分序列 (长约 2 0 0个碱基 ) ,几乎分布在每一个已知猪BAC的所有编码序列上。据此推测 ,

关键词：表达序列标签测序主组织相容性抗原猪脂肪组织基因表达 MHC基因

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