检索结果-内蒙古大学图书馆

科学通报 2008年第18期53卷 2223-2228页

作者：陈廷贵吴松锋周钢桥朱云平贺福初蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京102206 山西大学化学生物学与分子工程教育部重点实验室太原030006

随着国际上转录组数据及本室22周孕龄人胎肝表达序列标签数据的不断增加,先前该组织表达谱的研究有必要进行更新与完善.本研究首先将22周孕龄人胎肝每一表达序列标签与自身数据库,UniGene,DoTS,MGC以及Twinscan预测的人类转录组数据库... 详细信息

随着国际上转录组数据及本室22周孕龄人胎肝表达序列标签数据的不断增加,先前该组织表达谱的研究有必要进行更新与完善.本研究首先将22周孕龄人胎肝每一表达序列标签与自身数据库,UniGene,DoTS,MGC以及Twinscan预测的人类转录组数据库进行比对以归类.然后,经过电子拼接和基因鉴定,对已知基因进行GO(gene ontology)分类,对未知基因进行Pfam和ScanProsite功能预测.最后,对人胎肝、成人肝、骨髓、胸腺及淋巴结这些拥有造血作用或可表明人胎肝特性的5种组织进行了层次聚类分析.结果表明:(ⅰ)与5种最新人类转录组数据库比对,极大地降低了那些属于一个基因但互不交叠的序列被划分到不同簇的可能性,因此在进行EST归类时,推荐与互联网上有关最新数据进行比对;(ⅱ)一些先前未知EST已被鉴定为已知基因,1379个EST被鉴定为本室独有的全新序列;(ⅲ)通过GO分类,对22周孕龄人胎肝有了一个大致了解,同时获得了6个细胞迁移基因和6个造血相关基因;(ⅳ)通过基因功能预测获得了277个模体(profile),其中有5个类型可分布于10个以上基因之中;(ⅴ)层次聚类表明,5种组织关系与它们的功能相一致;(ⅵ)建立了世界上最大的22周孕龄人胎肝表达序列标签数据库.总之,22周孕龄人胎肝表达序列标签数据的更新与初步分析将有助于对人胎肝造血机制及细胞迁移机制的了解,可促进未来对该组织进行全面深入的研究。

关键词：人胎肝表达序列标签归类与拼接基因本体论层次聚类

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)诱导拟穴青蟹(Scylla paramamosain)血淋巴cDNA文库构建及表达序列标签初步分析

引用

海洋与湖沼 2013年第3期44卷 684-690页

作者：蔡小辉彭银辉赵鹏宋忠魁张琴黄国强广西海洋研究所广西海洋生物技术重点实验室北海536000

利用SMART技术构建副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)诱导的拟穴青蟹(Scylla paramamosain)血淋巴cDNA文库。结果表明,该文库的滴度为1.04×107CFU/mL,文库总容量达1.144×107CFU,克隆子插入片段大小为500—2000bp,重组率达... 详细信息

利用SMART技术构建副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)诱导的拟穴青蟹(Scylla paramamosain)血淋巴cDNA文库。结果表明,该文库的滴度为1.04×107CFU/mL,文库总容量达1.144×107CFU,克隆子插入片段大小为500—2000bp,重组率达98%。将随机挑选的300个阳性克隆测序,经过质量控制和拼接,共得到141个单基因组簇(UniGenes),75个UniGenes与NCBI非冗余蛋白质数据库中登录的蛋白质序列存在显著相似性,其中20个与免疫防御相关,如kazal-like丝氨酸蛋白酶抑制剂类蛋白、kazal-type蛋白酶抑制剂arasin-like蛋白、抗内毒素因子、抗微生肽、金属硫蛋白、铁蛋白、类70kD热休克蛋白等,达总测序数的6.67%。研究结果证实,构建cDNA文库是获得拟穴青蟹免疫相关基因的可靠途径。

关键词：拟穴青蟹副溶血弧菌 cDNA文库表达序列标签

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

小麦抗白粉病侵染初期的表达序列标签分析

引用

Acta Genetica Sinica 2002年第6期29卷 525-530页

作者：骆蒙孔秀英霍纳新周荣华贾继增中国农业科学院品种资源研究所农业部作物种质资源与生物技术重点实验室北京100081

以抗白粉病品系“百农 32 17×Mardler”　BC5F4为材料 ,构建了一个白粉病菌接种初期的抑制消减杂交cDNA文库 ,测序获得 76 0条ESTs。与GenBank序列进行BLASTx分析 ,获功能已知ESTs 2 71条。通过分析抗病相关基因 ,推测G蛋白介导的... 详细信息

以抗白粉病品系“百农 32 17×Mardler”　BC5F4为材料 ,构建了一个白粉病菌接种初期的抑制消减杂交cDNA文库 ,测序获得 76 0条ESTs。与GenBank序列进行BLASTx分析 ,获功能已知ESTs 2 71条。通过分析抗病相关基因 ,推测G蛋白介导的信号传导途径、SA信号传递系统、MAP相关信号传递系统等参与了小麦抗白粉病过程。SAR基因在抗病相关ESTs中的种类与数量最多。数据显示苯丙烷代谢途径、细胞壁结构修饰作用、细胞保卫机制参与了抗病过程。未知功能ESTs与GenBank序列进行BLASTn分析 ,其中许多与病原菌、非病原菌诱导cDNA文库来源的ESTs同源 ;新ESTs占全部ESTs的 16 6 %。

关键词：小麦抗白粉病侵染初期表达序列标签消减抑制杂交抗病相关EST

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

利用生物信息学方法进行基于表达序列标签的玉米单核苷酸多态性标记的开发

引用

核农学报 2010年第5期24卷 968-972,1019页

作者：吴玲付凤玲李晚忱刘海岚四川农业大学玉米研究所四川雅安625014

针对简单重复序列(SSR)标记密度不足、单核苷酸多态性(SNP)标记开发一般只基于2种基因型的序列差异,用以检测其他基因型的材料时多态性不高,不能满足玉米基因精细定位需要的现状,本研究从公共数据库下载来自不同遗传背景的玉米表达序列... 详细信息

针对简单重复序列(SSR)标记密度不足、单核苷酸多态性(SNP)标记开发一般只基于2种基因型的序列差异,用以检测其他基因型的材料时多态性不高,不能满足玉米基因精细定位需要的现状,本研究从公共数据库下载来自不同遗传背景的玉米表达序列标签(EST),结合运用各种生物信息学软件,开发基于EST序列的高多态性SNP标记。通过对2018530条EST序列的比对分析,拼接发掘出遍布全基因组的80363个SNP位点。在SNP位点两侧保守序列上设计PCR引物,开发出12388个SNP标记(***/web/yms/snp/***),包含34721个SNP位点。其中,6008个标记只含单一SNP位点,12762个位点的多态性信息含量(PIC)大于0.4,具有高度多态性。

关键词：表达序列标签玉米单核苷酸多态性标记

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

大豆花叶病毒侵染初期的抗病性表达序列标签分析

引用

作物学报 2005年第11期31卷 1394-1399页

作者：刘春燕陈庆山辛大伟邱红梅单大鹏东北农业大学大豆研究所黑龙江哈尔滨150030

以抗花叶病毒病品系东农8143为材料,利用抑制消减杂交技术构建了一个大豆花叶病毒接种初期的cDNA文库,共获得2 000个阳性克隆。随机挑取64个阳性克隆测序,与GenBank进行BLASTx和BLASTn同源比较,其中49个有比较明确的比对结果,占测序EST... 详细信息

以抗花叶病毒病品系东农8143为材料,利用抑制消减杂交技术构建了一个大豆花叶病毒接种初期的cDNA文库,共获得2 000个阳性克隆。随机挑取64个阳性克隆测序,与GenBank进行BLASTx和BLASTn同源比较,其中49个有比较明确的比对结果,占测序EST的76.6%。测序的ESTs片段中最短的为136 bp,最长的691 bp,平均长度为456 bp,有41条序列带有Poly(A)尾。功能已知基因的EST涉及大豆的细胞自身保护、信号传导、抑制病原菌生长、系统获得性抗性以及持家基因等许多方面,其中SAR(systemic aquired resistance)系统基因在表达谱中的种类和数量最多。未知功能ESTs与GenBank的dbEST库中序列比较表明,其中许多与生物、非生物胁迫cDNA文库来源的ESTs同源。

关键词：大豆大豆花叶病毒抑制消减杂交表达序列标签

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

鲤鱼肝胰脏cDNA文库的表达序列标签分析及Lb-Fabp mRNA的特征(英文)

引用

水生生物学报 2009年第3期33卷 376-384页

作者：陈文波刘黎黎李文笙林浩然中山大学生命科学学院水生经济动物研究所、有害生物控制和资源利用国家重点实验室广州510275

本文构建了鲤鱼肝胰脏cDNA文库,共获得了1016条有效的表达序列标签。拼接组装成115个contigs和282个singletons。其中215个拼接序列在GenBank公共数据库中寻找到相对应的基因。对它们进行功能性分类和比较分析为鲤鱼肝胰脏的研究提供了... 详细信息

本文构建了鲤鱼肝胰脏cDNA文库,共获得了1016条有效的表达序列标签。拼接组装成115个contigs和282个singletons。其中215个拼接序列在GenBank公共数据库中寻找到相对应的基因。对它们进行功能性分类和比较分析为鲤鱼肝胰脏的研究提供了基因表达信息的基础。文库中1016条表达序列标签有11条代表了鲤鱼肝基本型脂肪酸结合蛋白(Lb-FABP)。通过序列比较我们获得了两个具有相同开放阅读框长度的Lb-Fabp cDNAs。开放阅读框全长381bp,编码126个氨基酸。半定量RT-PCR结合Southern blot技术研究了Lb-Fabp mRNA在成鱼不同组织以及早期发育不同时期的表达图式。结果表明,Lb-FabpmRNA在肝胰脏、中肠和后肠中表达量较高。同时在精巢和皮肤中有低水平的表达。脑、肌肉、卵巢、肾脏、脾脏、鳃和心脏等组织中其表达量更低。而在脂肪和前肠中则没有检测到Lb-FabpmRNA表达。Lb-FabpmRNA最早在胚体形成期检测到有低水平表达,随后的发育阶段中表达量逐渐升高。鲤鱼Lb-Fabp基因的表达图式提示在肝脏和肠等器官开始发育后,它可能在脂肪代谢中具有重要作用。

关键词：鲤鱼 cDNA文库表达序列标签脂肪酸结合蛋白 mRNA表达

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

基于表达序列标签的萝卜ACA36基因簇鉴定

引用

四川大学学报（自然科学版） 2009年第5期46卷 1543-1547页

作者：徐玲程加富胡娜殷秋平江西科技师范学院生命科学学院南昌330013

利用国际公用的表达序列标签(EST)数据库资源,运用生物信息学分析方法,在萝卜(Raphanus sativus)一条表达序列标签中发现一个新的snoRNA基因簇.此基因簇含有一个box H/ACA siloRNA基因和两个box C/D snoRNA基因,分别命名为RsACA36、Rssn... 详细信息

利用国际公用的表达序列标签(EST)数据库资源,运用生物信息学分析方法,在萝卜(Raphanus sativus)一条表达序列标签中发现一个新的snoRNA基因簇.此基因簇含有一个box H/ACA siloRNA基因和两个box C/D snoRNA基因,分别命名为RsACA36、RssnoR66和***36可形成典型的box H/ACA snoRNA双茎环二级结构;snoR66和SNORD88都具有典型的C盒与D盒保守元件,末端存在反向互补序列;三个snoRNA都含有能和核糖体RNA互补配对的反向互补序列.

关键词：核仁小分子RNA 表达序列标签生物信息学 ACA36基因簇

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

库拉索芦荟6号染色体表达序列标签的研究

引用

北京师范大学学报（自然科学版） 2007年第5期43卷 543-547页

作者：张明浩崔丽华陈正华北京师范大学生命科学学院北京100875 北京师范大学图书馆北京100875 亚盛集团博士后科研工作站北京100101

将微分离的库拉索芦荟(Alove vera[L.]Burm.f)6号染色体DNA及库拉索芦荟叶总cDNA分别用LA-PCR(linker adaptor polymerase chain reaction)方法扩增,然后采用杂交片段扩增技术(hybrid specific amplification,HSA)分离6号染色体与cDNA同源的表达序列片段.对表达序列片段进行克隆,得到约40 000个重组子.随机选取96个克隆进行分析,分别用DIG标记6号染色体的LA-PCR产物和cDNA扩增产物作探针对其进行点杂交,对显示阳性信号的克隆进行测序.将库拉索芦荟6号染色体的表达序列标签(expressed sequence tags,EST)与GenBank中核苷酸进行比较,发现库拉索芦荟6号染色体的表达序列中有87.4%与植物的EST具有同源性,12.6%的EST与人或动物的EST具有较弱同源性,其中与石刁柏的EST及非生物素胁迫下的小麦(Triticum aestivum)、咖啡(coffee)、高梁(Sorghum bicolor)和菠萝(pineapple)等作物的EST具有很高的同源性(>93%).

关键词：库拉索芦荟杂交片段扩增(HSA) 抑制PCR 表达序列标签

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

盐胁迫下杜氏盐藻(Dunaliella salina)cDNA文库的构建与新表达序列标签(EST)的获取、分析

引用

武汉大学学报（理学版） 2009年第3期55卷 348-353页

作者：张翅戴国飞刘军立夏炎枝甘南琴红凌华中科技大学生命科学与技术学院湖北武汉430074 中国科学院水生生物研究所湖北武汉430072

在成功养殖杜氏盐藻(Dunaliella salina)的基础上,采用Takara cDNA文库构建试剂盒,构建盐胁迫下(1.5 mol/L NaCl)杜氏盐藻的cDNA文库.经鉴定,原始文库的滴度达1.2×106cfu/mL,重组率高达95%,且多数插入片段均在500 bp以上.对表达序... 详细信息

在成功养殖杜氏盐藻(Dunaliella salina)的基础上,采用Takara cDNA文库构建试剂盒,构建盐胁迫下(1.5 mol/L NaCl)杜氏盐藻的cDNA文库.经鉴定,原始文库的滴度达1.2×106cfu/mL,重组率高达95%,且多数插入片段均在500 bp以上.对表达序列标签(expressed sequence tag,EST)分析发现,杜氏盐藻基因组中包含大量未鉴定的新基因.随机挑取60个单克隆进行序列测定,将所测序列经Blast比对等生物信息学方法分析后,发现其中三分之一,即20个未见报道的代表新基因的表达序列标签,值得进一步发掘.这些新表达序列标签(基因)的发现,为进一步筛选和克隆杜氏盐藻耐盐性基因提供了筛选平台.

关键词：杜氏盐藻 cDNA文库表达序列标签

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

苦荞种子灌浆期全长cDNA文库的构建及部分表达序列标签分析

引用

农业生物技术学报 2012年第5期20卷 576-584页

作者：陈鹏贾鹏王聪张海纳淡荣西北农林科技大学生命科学学院

苦荞种子富含氨基酸均衡的蛋白质和高生物活性的黄酮类物质,是典型的药粮兼用作物。灌浆期是苦荞营养物质积累和合成的关键时期,分析灌浆期的基因表达对于苦荞种子有效物质的积累和调控研究有重要的价值。本实验以苦荞（Fagopyrum tarta... 详细信息

苦荞种子富含氨基酸均衡的蛋白质和高生物活性的黄酮类物质,是典型的药粮兼用作物。灌浆期是苦荞营养物质积累和合成的关键时期,分析灌浆期的基因表达对于苦荞种子有效物质的积累和调控研究有重要的价值。本实验以苦荞（Fagopyrum tartaricum）榆6-21为材料,采用SMART（switching mechanism at5’end of RNA transcript）技术构建种子灌浆期全长cDNA噬菌体文库。结果显示,所构建原始文库滴度为4.86×105pfu/mL,扩增文库滴度为6.2×109pfu/mL,蓝白筛选证实文库的重组率为99.58%。插入片段的大小在500;500bp。随机挑取环化的质粒克隆进行测序,获得文库中部分EST序列（GenBank登录号:GO477569,GO496285;O496321）。经生物信息学比对分析,54%ESTs与功能已知基因有较高同源性,28%ESTs与功能尚未确定的假设蛋白或未知蛋白高度同源,5%ESTs无匹配的同源片段。其中储藏蛋白的EST占到已知功能EST的17.93%,其中包括10、16和22kD储藏蛋白、11S、13S球蛋白、豌豆球蛋白以及油体蛋白等的基因,另外获得了2个苦荞种子发育期次生代谢相关的ESTs,分别为黄烷酮3-羧化酶和苯丙氨酸解氨酶的基因序列。这些结果说明构建的文库有较高的质量,可进一步从文库中分离苦荞种子蛋白以及次生物质代谢的相关基因。

关键词：苦荞种子灌浆期全长cDNA文库表达序列标签

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：

通借通还

建议与咨询 留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

请选择保存的检索档案： 新增检索档案 确定 取消

请选择收藏分类： 新增自定义分类 确定 取消

通借通还

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：