检索结果-内蒙古大学图书馆

中国草食动物科学 2024年第4期44卷 30-38页

作者：袁惠君关玉晨王春梅冯欢张欢欢袁毅君兰州理工大学生命科学与工程学院兰州730050 中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所兰州730050 天水师范学院生物工程与生物技术学院天水741000

野大麦(Hordeum brevisubulatum)是重要的野生禾本科牧草,具有多种抗逆性。为深入挖掘野大麦的抗逆基因,本研究以RT-PCR法克隆了野大麦肌动蛋白基因(Actin,ACT)的核心片段。采用BLAST序列比对,qRT-PCR实时定量方法对其序列特征和表达特... 详细信息

野大麦(Hordeum brevisubulatum)是重要的野生禾本科牧草,具有多种抗逆性。为深入挖掘野大麦的抗逆基因,本研究以RT-PCR法克隆了野大麦肌动蛋白基因(Actin,ACT)的核心片段。采用BLAST序列比对,qRT-PCR实时定量方法对其序列特征和表达特性进行了分析。结果表明,野大麦ACT的基因片段长518 bp,编码171个氨基酸。BLAST分析表明,野大麦的肌动蛋白基因片段与大麦(Hordeum vulgare)ACT基因核苷酸序列的一致性达97%,与ACT蛋白氨基酸序列的同源性达91%,并将其命名为HbACT。与11种相关植物进行ACT氨基酸序列比对发现,HbACT含152个保守氨基酸和19个非保守氨基酸,说明HbACT蛋白具有高度保守性。qRT-PCR分析表明,在不同盐浓度处理条件下,不同处理时间野大麦各器官的HbACT的Ct平均值为19.30,地上部的变异系数为3.5,峰度系数为0.262;地下部的变异系数为5.3,峰度系数为0.409,均属于尖峰分布,Ct值的稳定系数均小于1.7。综上所述,HbACT基因表达稳定,可作为内参基因用于研究野大麦功能基因的表达模式分析。

关键词：野大麦肌动蛋白基因克隆表达模式分析

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小麦miR393基因家族的生物信息学分析及靶基因鉴定

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分子植物育种 2024年

作者：梁慧慧何甜甜孙迪虎仲崇佳生嘉诚李俊蓉赵昕鹏张震李浩刘昕晔郭光辉河南大学省部共建作物逆境适应与改良国家重点实验室河南大学生命科学学院河南大学农学院河北师范大学分子细胞生物学教育部重点实验室

MiRNA在植物生长发育过程中发挥着重要作用，miR393是许多植物中非常保守的一类miRNA，能够靶向生长素受体基因Transport Inhibitor Response 1(TIR1)/Auxin Signaling F-box (AFB)，是生长素信号途径的重要调节器，可以影响植物的生长... 详细信息

MiRNA在植物生长发育过程中发挥着重要作用，miR393是许多植物中非常保守的一类miRNA，能够靶向生长素受体基因Transport Inhibitor Response 1(TIR1)/Auxin Signaling F-box (AFB)，是生长素信号途径的重要调节器，可以影响植物的生长发育并参与对胁迫的响应。本研究通过生物信息学方法，分析探究了小麦中miR393家族(Tae-miR393)成员构成、在植物中的进化关系、表达模式及其靶基因。研究结果表明，miR393成熟体序列在植物中高度保守，7个小麦Tae-miR393成员根据其成熟体序列的不同分为a(Tae-miR393a)和b (Tae-miR393b)两种类型，两种类型的成熟体序列长度皆为21 nt；7个Tae-miR393基因定位于2A、2B、2D、3A、3B和3D染色体上；靶基因预测分析结果表明，Tae-miR393能够靶向6个小麦TIR1基因和8个非TIR1基因，其中降解组数据支持Tae-miR393对小麦TIR1基因TraesCS2D02G285000、 TraesCS2B02G302900的靶向。小麦不同组织小RNA测序数据和转录组数据分析结果表明，Tae-miR393a成熟体在叶片中表达量较高，在种子和根中表达量较低，Tae-miR393b成熟体在所有组织中表达量均比较低；预测到的Tae-miR393靶基因在叶片中表达量低，与Tae-miR393表达量呈现出明显的负相关关系。这些研究结果为后续小麦miR393基因的功能解析奠定了基础。

关键词：生物信息学 miR393鉴定靶基因预测表达模式分析

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澳洲坚果FAD基因家族的全基因组鉴定与表达分析

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分子植物育种 2024年

作者：王润轩薛彬娥侯晨何波祥张谦汪迎利连辉明梁东成仲恺农业工程学院园艺园林学院广东省林业科学研究院

脂肪酸去饱和酶(fatty acid desaturase， FAD)是一种调控不饱和脂肪酸合成的重要酶，但FAD酶在果仁富含不饱和脂肪酸的澳洲坚果(Macadamia integrifolia Maiden & Betche)中鲜有报道。本文基于澳洲坚果全基因组鉴定其FAD基因家族... 详细信息

脂肪酸去饱和酶(fatty acid desaturase， FAD)是一种调控不饱和脂肪酸合成的重要酶，但FAD酶在果仁富含不饱和脂肪酸的澳洲坚果(Macadamia integrifolia Maiden & Betche)中鲜有报道。本文基于澳洲坚果全基因组鉴定其FAD基因家族成员，对其理化性质、进化关系及基因结构等进行分析；通过对不同组织器官和果仁不同发育阶段转录组的数据分析，研究澳洲坚果FAD基因的表达特征。结果表明：澳洲坚果基因组共有23个FAD基因家族成员，氨基酸数目为245～677个，分子量为27.81～78.68 kD，等电点为6.05 ～ 9.49。除第4、11及14号染色体外，其余染色体上均有澳洲坚果FAD基因家族成员分布。根据系统进化分析的结果，将澳洲坚果FAD基因家族划分为6个亚家族。不同亚家族在澳洲坚果果仁5个不同发育阶段及不同组织器官(花、叶、茎、根和果)的表达模式不一。其中MiFAB2.3、MiFAB2.4、MiFAB2.5、MiADS1及MiDSD1在果仁中表达上调，蛋白互作预测结果显示这5个基因的同源基因与不饱和脂肪酸代谢相关。本研究结果为后续深入研究澳洲坚果FAD基因家族的功能提供了理论参考。

关键词：澳洲坚果 FAD基因家族系统进化表达模式分析

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红麻转录因子基因HcNAC1的分离及其在干旱胁迫下的表达模式

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农业生物技术学报 2021年第2期29卷 251-257页

作者：邓接楼张高阳张宗良张超徐建堂祁建民伍应保王刚上饶师范学院生命科学学院福建农林大学农学院

干旱是严重影响农作物生长的非生物限制因子之一,NAC (NAM, ATAF1/2和CUC2)转录因子是植物类特有的一类转录因子,在调控植物生长发育和应对非生物胁迫过程中发挥重要作用。为研究红麻(Hibiscus cannabinus)中NAC转录因子在干旱胁迫方面... 详细信息

干旱是严重影响农作物生长的非生物限制因子之一,NAC (NAM, ATAF1/2和CUC2)转录因子是植物类特有的一类转录因子,在调控植物生长发育和应对非生物胁迫过程中发挥重要作用。为研究红麻(Hibiscus cannabinus)中NAC转录因子在干旱胁迫方面的调控功能,本研究从红麻转录组数据库中分离得到一个红麻NAC类基因,命名为HcNAC1 (Gen Bank No. MT799841)。序列分析发现HcNAC1基因编码区包含1 044 bp,编码347个氨基酸,蛋白质分子量38.77 k D,等电点为8.78。HcNAC1具有NAM/NAC类基因家族的保守结构域,在该蛋白的N端含有160个氨基酸组成的NAC结构域,具有两个核定位信号(nuclear localization signal, NLS)序列。系统发育进化树分析表明红麻HcNAC1基因与木槿(Hibiscus syriacus)的进化关系最近。利用反转录PCR (reverse transcription PCR, RT-PCR)和q RT-PCR对该基因在不同组织部位和干旱胁迫处理24 h内的表达量进行了检测,结果表明:HcNAC1在根、茎、叶、花和果实中均有表达,叶片组织中HcNAC1随着聚乙二醇6000 (PEG6000)干旱处理的时间的延长,其表达量也逐步增加,处理12 h后,表达量达到最大值,随后逐渐下降,说明HcNAC1在响应干旱胁迫中发挥着重要的调控作用。本研究探究了HcNAC1基因表达与干旱胁迫的相互关系,为后期研究红麻NAC转录因子参与干旱逆境胁迫的分子机制提供参考依据。

关键词：红麻 NAC转录因子干旱胁迫表达模式分析

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丹参普遍胁迫蛋白基因(SmUSP)的克隆及表达模式分析

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植物生理学报 2013年第4期49卷 362-368页

作者：邝静生华武玉翠葛茜张媛王喆之药用资源与天然药物化学教育部重点实验室西北濒危药材资源开发国家工程实验室陕西师范大学生命科学学院西安710062

通过BLAST比对分析丹参EST数据库,发现一个与普遍胁迫蛋白(USP)基因家族同源性较高的基因序列,命名为SmUSP,GenBank登录号为JX416284。依据该序列,从DNA和cDNA水平克隆得到该基因全长,经分析发现该基因无内含子序列,包含一个长711bp的... 详细信息

通过BLAST比对分析丹参EST数据库,发现一个与普遍胁迫蛋白(USP)基因家族同源性较高的基因序列,命名为SmUSP,GenBank登录号为JX416284。依据该序列,从DNA和cDNA水平克隆得到该基因全长,经分析发现该基因无内含子序列,包含一个长711bp的完整开放读码框(ORF),编码236个氨基酸残基。生物信息学分析显示,SmUSP编码蛋白的相对分子量25.5kDa,为无信号肽和跨膜结构域的疏水酸性蛋白;SmUSP具有UspA结构域和ATP结合位点,属于USP蛋白UspFG亚家族。实时荧光定量PCR分析表明,SmUSP在丹参的根、茎、叶、花中均有表达,在根中的表达量较高。同时,SmUSP表达受茉莉酸甲酯(MeJA)、水杨酸(SA)、脱落酸(ABA)以及脱水胁迫的上调诱导,推测该基因可能在丹参防御反应中发挥作用。

关键词： SmUSP 生物信息学分析表达模式分析

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内蒙古白绒山羊erk2基因的克隆及表达模式分析

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生物工程学报 2013年第12期29卷 1743-1752页

作者：王彦凤吴曼琳王晓晶王婧李洋连梦瑶王志钢内蒙古大学生命科学学院内蒙古呼和浩特010021 赤峰市医院内蒙古赤峰024000

旨在克隆内蒙古白绒山羊erk2基因cDNA并分析其基本表达模式。采用RT-PCR方法克隆白绒山羊erk2基因cDNA。通过在线软件Blast进行核酸序列分析,用SMART与Psite进行氨基酸序列分析。定量RT-PCR检测erk2基因在绒山羊组织中的表达特异性。免... 详细信息

旨在克隆内蒙古白绒山羊erk2基因cDNA并分析其基本表达模式。采用RT-PCR方法克隆白绒山羊erk2基因cDNA。通过在线软件Blast进行核酸序列分析,用SMART与Psite进行氨基酸序列分析。定量RT-PCR检测erk2基因在绒山羊组织中的表达特异性。免疫组化法检测绒山羊睾丸中erk2表达。克隆到的内蒙古白绒山羊erk2基因cDNA片段(GenBank Accession ***569765)长1 083 bp,包含了编码360个氨基酸残基的全长ORF,氨基酸序列与牛的ERK2(Bos Taurus BC133588.1)同源性为100%。SMART分析表明,ORF编码的蛋白包含了活化位点"TEY"及具有丝氨酸/苏氨酸激酶催化活性的S-TKc结构域。Psite分析表明,含2个N-糖基化位点、1个依赖于cAMP/cGMP的蛋白激酶磷酸化位点、3个蛋白激酶c磷酸化位点、5个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、2个N-豆蔻酰化位点、2个异戊二烯基结合区(CAAX box)、7个微体羧基端靶向信号、2个蛋白激酶ATP结合区标记及一个丝/苏氨酸蛋白激酶活性区域标记。PSORT(k-NN prediction)程序预测其定位于细胞质中。定量RT-PCR分析显示erk2基因mRNA丰度在心脏、皮肤以及乳腺组织中mRNA丰度较高,脾、肾中的表达相对较低。在睾丸中检测到ERK2蛋白表达。

关键词：内蒙古白绒山羊 erk2 基因克隆表达模式分析

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番茄SlLRR-RLKs基因克隆与功能分析

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分子植物育种 2024年

作者：陈银霞徐言刘丽丽李红梅冯成蒿聂蔚丹杜崇新疆农业大学园艺学院新疆农业职业技术学院新疆农业大学园艺学博士后流动站

为了探究LRR-RLKs基因在番茄抗根结线虫病中的功能。基于前期RNA-seq在番茄抗感材料中筛选出的6个差异表达的LRR-RLKs，首先对其进行克隆，并通过生物信息学分析，表达模式验证等进行相关功能鉴定。结果表明，6个LRR-RLKs编码的氨基酸... 详细信息

为了探究LRR-RLKs基因在番茄抗根结线虫病中的功能。基于前期RNA-seq在番茄抗感材料中筛选出的6个差异表达的LRR-RLKs，首先对其进行克隆，并通过生物信息学分析，表达模式验证等进行相关功能鉴定。结果表明，6个LRR-RLKs编码的氨基酸均为稳定蛋白，保守结构分析发现，LRR-RLKs中均具有不同数量和位置的LRR结构基序，其各自不同的胞质激酶域表明LRR-RLKs可介导产生不同的生物信号途径；系统发育树构建将与本研究目标LRR-RLKs具有高度同源的拟南芥、水稻的LRR-RLKs成员一起分成了5组，其中，Solyc06g006010所在分组成员大多编码Xa21，该蛋白对水稻白叶枯病具有广谱的抗病能力；Solyc06g006010为碱性疏水氨基酸，定位于Mi-1等抗病基因常聚集的番茄6号染色体。同时，Solyc06g006010启动子区含有众多和抗病相关的包括茉莉酸甲酯响应元件、脱落酸响应元件、创伤响应元件以及防御和应激响应元件等结合位点，其余LRR-RLKs所含元件与生长发育联系较多；同源重组克隆及根部表达模式表明，Solyc06g006010编码与抗性进程PTI相关的FLS2蛋白，并且在接种根结线虫后第3天上调表达7.64倍，显著高于其它基因的表达水平。综上，RNA-seq筛选出的目标LRR-RLKs中，Solyc06g006010有极大可能积极参与Mi-1介导的对根结线虫病的抗病过程，并可能在PTI进程中较其它LRR-RLKs发挥核心作用。本研究为LRR-RLKs分子机理挖掘及培育番茄抗根结线虫病新材料提供一定的参考。

关键词： SlLRR-RLKs 番茄根结线虫表达模式分析

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大豆GmbZIP27基因的克隆及表达分析

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分子植物育种 2024年第11期22卷 3481-3486页

作者：胡浩鹿瑞昭王怡倪志勇于月华新疆农业大学农学院乌鲁木齐830052 新疆农业大学生命科学学院乌鲁木齐830052

bZIP蛋白是一类调控植物生长发育和抗性的转录因子。为探究大豆bZIP的生物学功能,利用PCR方法从大豆中克隆到1个bZIP基因GmbZIP27,对该基因进行生物信息学、表达模式和结合特异性分析。结果表明,GmbZIP27基因的开放阅读框长为825 bp,编... 详细信息

bZIP蛋白是一类调控植物生长发育和抗性的转录因子。为探究大豆bZIP的生物学功能,利用PCR方法从大豆中克隆到1个bZIP基因GmbZIP27,对该基因进行生物信息学、表达模式和结合特异性分析。结果表明,GmbZIP27基因的开放阅读框长为825 bp,编码274个氨基酸,蛋白质分子质量为30.426 kD,等电点为8.54,含组氨酸和丝氨酸活性位点,为不稳定疏水蛋白,二级结构以α-螺旋和β-折叠为主。亚细胞定位分析发现GmbZIP27定位于细胞核。酵母单杂交实验表明GmbZIP27不能结合GmFBX176启动子中的ABRE元件。组织特异性表达模式表明,GmbZIP27在大豆组织中的相对表达量由高到低依次为子叶、根、叶和茎,推测GmbZIP27基因参与调控大豆的生长发育过程。本研究为深入解析bZIP转录因子在大豆发育及非生物胁迫应答中的功能提供一定理论依据。

关键词：大豆 GmbZIP27 酵母单杂交表达模式分析

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青天葵NfCCD8基因的克隆、生物信息学分析及生物特性

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分子植物育种 2024年

作者：刘舒璇池珈仪詹若挺何瑞广州中医药大学中药资源科学与工程研究中心广州中医药大学岭南中药资源教育部重点实验室广州中医药大学中药学院

CCD8蛋白是独脚金内酯(SLs)合成途径的关键酶，能将9-cis-β-apo-10’-carotenal转化成SLs的前体物质，进而生成活性独脚金内酯发挥调控植物分枝的作用。本研究通过本地BLAST筛选获得一条编码CCD8蛋白的Cluster序列，命名为NfCCD8，该... 详细信息

CCD8蛋白是独脚金内酯(SLs)合成途径的关键酶，能将9-cis-β-apo-10’-carotenal转化成SLs的前体物质，进而生成活性独脚金内酯发挥调控植物分枝的作用。本研究通过本地BLAST筛选获得一条编码CCD8蛋白的Cluster序列，命名为NfCCD8，该基因全长1 705 bp，编码区(CDS)长1 662 bp，编码553个氨基酸，蛋白分子质量为61.00 kD。生物信息学预测分析表明该蛋白理论等电点为6.04，不稳定系数为46.65，脂肪系数为84.5，总平均亲水性为-0.246，是亲水性蛋白。其含有一个保守的RPE65结构域，无信号肽及明显跨膜域。此外，NfCCD8蛋白的二级结构主要是无规则卷曲，三级结构与AtCCD8相似，两者的均方根偏差值为0.383。系统进化树分析表明NfCCD8与桃红蝴蝶兰聚为一支。RT-qPCR分析发现NfCCD8在青天葵球茎中表达量最高。瞬时表达实验显示NfCCD8蛋白位于内质网，不同于其他物种CCD8蛋白的定位结果。本研究为进一步了解NfCCD8 调控分枝的机制奠定了基础，并为解决青天葵的资源短缺问题提供了思路。

关键词：青天葵 NfCCD8 生物信息学分析表达模式分析亚细胞定位

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生菜miR159与GAMYB的克隆与功能分析

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分子植物育种 2024年

作者：董康挺王晨晨孙建苗王铭钥李大勇张彬刘雪孙鑫博河北农业大学农学院河北省作物生长调控实验室北京市农林科学院蔬菜研究所

miR159-GAMYB途径广泛存在于自然界各类植物中，在调节植物生长和逆境调控方面发挥着重要作用。生菜为我国重要的叶用蔬菜，生菜中miR159-GAMYB途径的研究鲜有报道。基于生物信息学以及分子生物学手段，本研究分析并验证了miR159-GAMYB... 详细信息

miR159-GAMYB途径广泛存在于自然界各类植物中，在调节植物生长和逆境调控方面发挥着重要作用。生菜为我国重要的叶用蔬菜，生菜中miR159-GAMYB途径的研究鲜有报道。基于生物信息学以及分子生物学手段，本研究分析并验证了miR159-GAMYB途径在生菜当中同样具有保守性，通过5’ RLM RACE与荧光淬灭实验证明LsaGAMYB转录本可被miR159靶向降解；通过对LsaGAMYB转录因子蛋白进行克隆并分析发现其属于R2R3-MYB蛋白，除具有经典核定位外还具有细胞质定位，具有转录激活活性，活性部位位于羧基端；LsamiR159a在花中表达最高，LsamiR159b在成熟叶片中表达最高，LsaGAMYB在花器官中表达较高；40℃高温处理下生菜两个miR159家族成员表达下调，LsaGAMYB表达上调，暗示生菜中miR159-GAMYB途径可能参与生菜的花器官发育以及对高温胁迫响应过程，为生菜分子育种工作提供了一定的理论基础。

关键词：生菜 miR159 GAMYB 表达模式分析

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