检索结果-内蒙古大学图书馆

热带作物学报 2024年第7期45卷 1303-1313页

作者：张亚文王晓彤张兴龙唐湘宁刘姣郭建春海南大学生命健康学院海南海口570228 中国热带农业科学院热带生物技术研究所/农业农村部热带作物生物学与遗传资源利用重点实验室/海南热带农业资源研究院/海南省热带农业生物资源保护与利用重点实验室海南海口571101 中国热带农业科学院三亚研究院海南三亚572000

AT-hook核定位蛋白(AT-hook nuclear localized proteins,AHLs)是一种小的DNA结合蛋白基序,在植物的生长发育、器官构建、逆境胁迫与激素信号应答等方面发挥重要作用。本研究从华南8号木薯(SC8)中克隆获得MeAHL17基因,利用生物信息学方... 详细信息

AT-hook核定位蛋白(AT-hook nuclear localized proteins,AHLs)是一种小的DNA结合蛋白基序,在植物的生长发育、器官构建、逆境胁迫与激素信号应答等方面发挥重要作用。本研究从华南8号木薯(SC8)中克隆获得MeAHL17基因,利用生物信息学方法对MeAHL17基因进行启动子分析、蛋白理化性质分析、保守功能域的预测和序列比对。结果表明:MeAHL17基因的开放阅读框长度为939 bp,编码一个具有312个氨基酸的蛋白,其理论等电点为6.89,分子式为C_(1420)H_(2215)N_(415)O_(451)S_(11),分子量为32.66938 kDa,带正电荷氨基酸残基总数(Lys+Arg)为23,带负电荷氨基酸残基总数(Asp+Glu)为24,脂肪系数为57.47,总平均亲水性系数(GRAVY)为-0.491,不稳定系数为58.06;该蛋白不含有信号肽,位于细胞膜内,无跨膜结构,含有5个糖基化位点和45个磷酸化位点,是一个不稳定的亲水性酸性蛋白;MeAHL17蛋白包含AT-hook保守核心序列和PPC结构域的保守核心序列,符合AT-hook家族的典型结构特征。通过亚细胞定位和转录活性分析实验证明MeAHL17是一个定位于细胞核且具有转录活性的转录因子。组织表达模式分析表明,MeAHL17基因主要在体胚、须根和愈伤组织中表达。不同激素处理表明,MeAHL17基因受到乙烯(ACC)、茉莉酸甲酯(JA)和生长素(IAA)等激素的诱导表达,推测其可能参与了乙烯、茉莉酸甲酯和生长素信号途径。非生物胁迫处理表明,MeAHL17基因响应干旱和盐胁迫。本研究初步确定了木薯MeAHL17基因在生长发育、激素信号和逆境胁迫等方面具有重要的作用,为进一步研究其功能提供理论依据和参考。

关键词：木薯 MeAHL17 基因克隆亚细胞定位转录活性分析表达模式分析

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烟草SRS基因家族鉴定与非生物胁迫诱导表达分析

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中国烟草科学 2025年第2期46卷 83-92,112页

作者：杨亚仑邓智超董若男潘晓璐吴荣荣刘涛高晓明中国农业科学院烟草研究所青岛266101 青岛农业大学青岛266109 中国农业科学院研究生院北京100081

短节间相关序列(SHI-related sequence,SRS)基因家族编码一类植物特有的锌指蛋白转录因子,在调节植物生长发育和响应逆境胁迫中发挥重要作用。为探究烟草SRS基因家族功能,本研究从烟草基因组数据库中鉴定了18个NtSRS基因,命名为NtSRS1~N... 详细信息

短节间相关序列(SHI-related sequence,SRS)基因家族编码一类植物特有的锌指蛋白转录因子,在调节植物生长发育和响应逆境胁迫中发挥重要作用。为探究烟草SRS基因家族功能,本研究从烟草基因组数据库中鉴定了18个NtSRS基因,命名为NtSRS1~NtSRS18。利用生物信息学方法,分析了该家族基因的蛋白质特征、亚细胞定位、系统进化关系、基因结构、启动子结构及其组织表达模式和对干旱、盐、低温胁迫的响应模式。结果表明:NtSRS蛋白都含有DUF702保守结构域,大部分NtSRS蛋白定位于细胞核上。NtSRS基因家族聚类为5个亚家族,且同一亚家族成员的基因和蛋白质结构均具有较高的保守性;启动子结构分析表明,NtSRS基因家族成员的启动子区存在大量激素和逆境响应元件。NtSRS基因在不同组织器官中的表达量存在较大差异,大多数基因主要在花芽和茎中表达。NtSRS3和NtSRS16基因对干旱、盐和低温胁迫都有响应。本研究为烟草SRS基因家族的生物学功能研究奠定了基础,为烟草种质资源改良提供了理论依据。

关键词：烟草 SRS基因家族非生物胁迫表达模式分析

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二穗短柄草根部木栓质调控基因BdMYB92的克隆及功能研究

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西北植物学报 2023年第3期43卷 359-365页

作者：呼宁何兆峰朱雨遥贺佳佳李翀照汪勇王中华西北农林科技大学农学院陕西杨陵712100

为了探究二穗短柄草(Brachypodium distachyon)根部木栓质合成的调控机制,该研究以二穗短柄草Bd21为试验材料,利用生物信息学分析方法克隆了二穗短柄草根部木栓质合成的调控转录因子基因BdMYB92(GenBank登录号为OP497966);采用荧光定量... 详细信息

为了探究二穗短柄草(Brachypodium distachyon)根部木栓质合成的调控机制,该研究以二穗短柄草Bd21为试验材料,利用生物信息学分析方法克隆了二穗短柄草根部木栓质合成的调控转录因子基因BdMYB92(GenBank登录号为OP497966);采用荧光定量PCR方法,分析BdMYB92基因在二穗短柄草不同组织中的表达模式以及对6种非生物胁迫处理(空气中干旱、20%PEG-6000模拟干旱、4℃中冷处理、200 mmol/L NaCl、100μmol/L ABA和机械损伤)的响应表达特征;利用双荧光素酶和酵母单杂交验证BdMYB92蛋白和BdFAR4基因启动子的互作关系。结果表明:(1)二穗短柄草BdMYB92基因cDNA全长为1343 bp,开放阅读框为990 bp,编码329个氨基酸,蛋白分子量为36.4 kD,理论等电点为5.54。(2)亚细胞定位结果显示,BdMYB92定位在细胞核。(3)荧光定量PCR分析表明,BdMYB92在二穗短柄草根中的表达量显著高于叶鞘、节、穗、节间等其他组织;6种非生物胁迫处理均能诱导BdMYB92的上调表达,且对干旱胁迫的响应最为迅速,表明BdMYB92参与二穗短柄草响应逆境的过程。(4)双荧光素酶和酵母单杂交试验结果表明,BdMYB92与木栓质合成基因BdFAR4启动子区存在相互作用,且能够直接调控木栓质合成基因BdFAR4的转录表达。研究推测,BdMYB92可能与二穗短柄草中其他的木栓质合成基因存在相互作用,进而调控木栓质在根部的沉积。

关键词：二穗短柄草木栓质 BdMYB92 亚细胞定位表达模式分析非生物胁迫相互作用

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水曲柳CUC1基因克隆及瞬时表达分析

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林业科学研究 2022年第1期35卷 82-91页

作者：崔靖弘于磊梁楠松宋婷婷吕义品纪欣童徐亮赵福江詹亚光东北林业大学东北盐碱植被恢复与重建教育部重点实验室黑龙江哈尔滨150040 黑龙江省头雁创新团队计划(林木遗传育种创新研究团队) 黑龙江哈尔滨150040 吉林省临江林业局吉林临江134600

[目的]本研究克隆了水曲柳(Fraxinus mandshurica Rupr.)CUC1基因,分析其表达特性,为该基因在水曲柳再生的调控研究中奠定基础。[方法]从水曲柳苗克隆FmCUC1基因,利用生物信息学软件分析Fm-CUC1基因的核苷酸序列及其编码蛋白的氨基酸序... 详细信息

[目的]本研究克隆了水曲柳(Fraxinus mandshurica Rupr.)CUC1基因,分析其表达特性,为该基因在水曲柳再生的调控研究中奠定基础。[方法]从水曲柳苗克隆FmCUC1基因,利用生物信息学软件分析Fm-CUC1基因的核苷酸序列及其编码蛋白的氨基酸序列,并构建系统进化树;利用农杆菌介导法将FmCUC1基因转入洋葱内表皮细胞进行亚细胞定位,通过实时荧光定量分析FmCUC1基因在根、茎、叶、顶芽的组织表达特异性及FmCUC1基因在下胚轴芽再生与种子萌发过程中的差异表达;同时对水曲柳幼苗喷施IAA、6-BA、BR激素处理,分析FmCUC1基因在不同激素信号诱导下的表达模式;利用农杆菌介导法将FmCUC1基因瞬时转化水曲柳72 h后,分析其通路相关基因表达情况。[结果]克隆得到FmCUC1基因全长807 bp,编码269个氨基酸,FmCUC1为稳定疏水蛋白,含有保守的NAC-domain蛋白结构域;FmCUC1蛋白与同科的木犀榄蛋白序列相似性为86.17%,亲缘关系较近;FmCUC1蛋白定位于细胞核上。qRT-PCR分析表明:FmCUC1基因在水曲柳的顶芽中表达量最高;在下胚轴芽再生过程中,FmCUC1基因在芽点产生与丛枝形成期均高表达;在水曲柳种子萌发过程中,FmCUC1基因分别在第4天和第8天分别达到两个峰值,为第0天的8.56倍和8.46倍。外源喷施IAA、6-BA、BR激素处理结果显示,FmCUC1基因表达量与对照相比均呈现上调表达,在IAA、BR处理72 h后均达到最高值,分别为对照的45.72倍和20.36倍;在6-BA处理48 h达到峰值,为对照59.40倍。利用农杆菌介导水曲柳FmCUC1基因瞬时过表达72 h后,该基因表达量显著上调,且其下游STM基因的表达量也明显上升。[结论]FmCUC1基因属于NAC家族转录因子,参与水曲柳芽再生过程,响应了IAA、6-BA、BR植物激素信号诱导,过表达FmCUC1基因可激活其下游STM基因的表达,进而有利于顶端分生组织的形成;为进一步研究CUC1基因在水曲柳芽再生过程中的作用机制奠定基础,也为今后水曲柳转基因工作提供新思路。

关键词：水曲柳 FmCUC1基因生物信息学分析瞬时转化表达模式分析

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马铃薯PIF家族成员鉴定及其对高温胁迫的响应分析

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作物学报 2022年第1期48卷 86-98页

作者：荐红举尚丽娜金中辉丁艺李燕王季春胡柏耿 Vadim Khassanov 吕典秋西南大学农学与生物科技学院重庆400715 南方山地农业教育部工程研究中心重庆400715 薯类生物学与遗传育种重庆市重点实验室重庆400715 国家马铃薯工程技术研究中心山东德州253600 S.Seifullin Kazakh Agrotechnical University Zhenis Avenue 010011AstanaRepublic of Kazakhstan

植物光敏色素作用因子(phytochrome interacting factors,PIFs)属于碱性-螺旋-环-螺旋(basic helix-loop-helix,bHLH)转录因子家族,通过将光和温度等外部环境信号与植物体内源信号途径相整合,进而形成复杂的信号转导网络来精密调控植物... 详细信息

植物光敏色素作用因子(phytochrome interacting factors,PIFs)属于碱性-螺旋-环-螺旋(basic helix-loop-helix,bHLH)转录因子家族,通过将光和温度等外部环境信号与植物体内源信号途径相整合,进而形成复杂的信号转导网络来精密调控植物的生长发育进程。目前,关于马铃薯PIF家族基因的研究较少,鉴定和分析StPIF家族成员有助于进一步提高马铃薯的产量和品质。本研究运用生物信息学方法,以拟南芥PIF家族成员蛋白序列作为源序列,通过在马铃薯基因组数据库中进行BlastP分析鉴定出7个StPIFs家族成员,并对其进行系统进化、染色体分布、复制事件、蛋白理化性质、基因结构、Motif预测、启动子顺式作用元件、基因表达模式以及对高温胁迫的响应分析。结果显示,StPIF家族所有成员均含有Motif 1(bHLH结构域)、Motif 2(APB结构域)基序;在StPIF基因的启动子区域预测到多个参与光响应、激素、干旱、低温、昼夜节律以及防御和应激反应调控元件;基因表达模式和现蕾期高温胁迫响应分析表明,家族成员具有明显的组织表达特异性,基因存在功能分化,且大部分StPIF成员对生物胁迫和高温等非生物胁迫具有明显响应。以上研究结果极大丰富了我们对StPIF家族的认识,为进一步探究StPIF基因在马铃薯生长期应对生物胁迫以及在结薯期应对高温等非生物胁迫中发挥的功能奠定了理论基础。

关键词：马铃薯(Solanum tuberosum L.) PIF家族生物信息学高温表达模式分析

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茶树CsAP基因家族的全基因组鉴定及表达分析

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分子植物育种 2023年

作者：张相琴陈振艳陈兰刘硕谦林海燕田娜湖南农业大学园艺学院茶学教育部重点实验室湖南农业大学园艺学院茶学系

天冬氨酸蛋白酶(aspartic protease， AP)是一类重要的水解酶，参与植物生长发育、信号转导及逆境胁迫等过程。为深入分析AP在茶树(Camellia sinensis)中的作用，本研究基于茶树‘舒茶早’基因组数据鉴定了72个CsAP，分别编码147～648 a... 详细信息

天冬氨酸蛋白酶(aspartic protease， AP)是一类重要的水解酶，参与植物生长发育、信号转导及逆境胁迫等过程。为深入分析AP在茶树(Camellia sinensis)中的作用，本研究基于茶树‘舒茶早’基因组数据鉴定了72个CsAP，分别编码147～648 aa，蛋白分子量介于9.33～71.05 kD，等电点介于4.46～9.84，外显子数介于1～12。亚细胞定位分析发现，该家族成员主要存在于叶绿体、质膜、液泡和胞外空间中。系统进化分析表明，CsAP中5个属于典型AP (Typical)，7个属于类珠心蛋白AP (Nucellin-like)，60个属于非典型AP (Atypical)。染色体定位和共线性分析发现，CsAP不均匀地分布在13条茶树染色体上，鉴定到12对片段重复基因和2对串联重复基因，说明CsAP在进化过程中可能发生了基因重复事件。启动子元件分析发现CsAP基因启动子区富含光响应、激素响应、胁迫响应等顺式作用元件。基因表达模式分析发现，CsAP的表达模式存在组织特异性，CsAP响应低温胁迫。实时荧光定量PCR (quantitative Real-time PCR， qRT-PCR)表明，不同胁迫处理下CsAP在茶树叶片中的表达水平不同；与水杨酸(salicylic acid， SA)处理相比，茉莉酸甲酯(methyl jasmonate， MeJA)处理后CsAP的表达水平更高；盐胁迫下，大部分CsAP在处理9 h或24 h后表达量达到峰值。研究表明CsAP对多种胁迫均有响应，为茶树逆境胁迫机制研究提供了参考。

关键词：茶树(Camellia sinensis) 天冬氨酸蛋白酶水解酶全基因组鉴定表达模式分析

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山药PIFs基因家族的鉴定及分析

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分子植物育种 2023年

作者：焦瑞蓉李长洲田姗姗王爱勤詹洁肖冬张平刚何龙飞广西大学农学院

解析山药PIFs基因家族是否参与调控山药块茎生长发育过程，可为其参与调控植物的生长发育过程中的作用机制提供参考。本研究利用山药公开基因组数据对山药PIFs基因家族进行鉴定，并利用生物信息学软件对PIFs基因家族进行理化性质和系统... 详细信息

解析山药PIFs基因家族是否参与调控山药块茎生长发育过程，可为其参与调控植物的生长发育过程中的作用机制提供参考。本研究利用山药公开基因组数据对山药PIFs基因家族进行鉴定，并利用生物信息学软件对PIFs基因家族进行理化性质和系统进化分析，通过RT-qPCR技术分析PIFs家族基因在山药不同生长发育时期的表达水平。结果表明：山药中含有7个PIFs基因，分布于6条染色体上，含有10个保守基序；山药PIF蛋白呈酸性或碱性，均定位于细胞核上；顺式作用元件分析发现山药PIF家族成员含有生长发育、光响应、低温和激素等响应元件，RT-qPCR结果表明PIFs基因在块茎发育不同时期和不同品种间的表达量具有显著差异。

关键词：山药 PIF家族生物信息学表达模式分析

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甘薯PLATZ基因家族鉴定及表达分析

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分子植物育种 2023年

作者：石磊林雄健唐滨泉赵镕王羿驰林颖仪郑超朱宏波广东海洋大学滨海农业学院

锌指类转录因子PLATZ (Plant AT-rich sequence and zinc-binding)广泛存在于植物中，在调控植物生长发育、响应非生物胁迫方面发挥着重要作用。本研究通过对甘薯PLATZ基因进行生物信息学和表达模式分析，在甘薯全基因组中共鉴定出19个I... 详细信息

锌指类转录因子PLATZ (Plant AT-rich sequence and zinc-binding)广泛存在于植物中，在调控植物生长发育、响应非生物胁迫方面发挥着重要作用。本研究通过对甘薯PLATZ基因进行生物信息学和表达模式分析，在甘薯全基因组中共鉴定出19个IbPLATZ基因，分布在11条染色体上，根据系统进化分析可将IbPLATZ蛋白分为四大类，所包含的motif种类、排列顺序有所不同，但所有蛋白均含有motif1和motif2保守结构域，结构域相对保守。通过共线性分析，IbPLATZ基因家族内存在4对重复事件，其中片段重复3对，串联重复1对，相比于水稻，甘薯和拟南芥之间存在更近的进化关系。启动子顺式作用元件分析表明，IbPLATZ具有多种响应激素和非生物胁迫相关的顺式作用元件。转录组分析显示，不同IbPLATZ基因在组织上呈现差异性表达，高表达的基因主要集中在果实、初生根，非生物胁迫下甘薯差异基因表达主要集中在根部，在茎尖上调表达的基因数量最多。本研究从多个角度分析了甘薯PLATZ基因的基因结构和理化性质，探究了PLATZ基因可能在甘薯生长发育中起到的作用，为甘薯分子育种提供一定理论依据。

关键词：甘薯 PLATZ基因家族生物信息学分析表达模式分析

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水稻典败型隐性核雄性不育突变体ap90的鉴定与基因定位

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作物学报 2022年第7期48卷 1569-1582页

作者：陈驰陈代波孙志豪彭泽群 Adil Abbas 贺登美张迎信程海涛于萍马兆慧宋建曹立勇程式华孙廉平占小登吕文彦沈阳农业大学农学院辽宁沈阳110866 中国水稻研究所/国家水稻改良中心/浙江省超级稻研究重点实验室/水稻生物学国家重点实验室浙江杭州311401 浙江省农业科学院作物与核技术利用研究所浙江杭州310021

通过甲基磺酸乙酯(Ethyl Methyl Sulfone,EMS)诱变籼稻恢复系中恢8015(Zhonghui 8015,wild-type,WT)筛选获得了一个性状稳定的典败型雄性不育突变体材料abortive pollen 90(ap90)。突变体ap90与野生型中恢8015在株高、株型、分蘖数、抽... 详细信息

通过甲基磺酸乙酯(Ethyl Methyl Sulfone,EMS)诱变籼稻恢复系中恢8015(Zhonghui 8015,wild-type,WT)筛选获得了一个性状稳定的典败型雄性不育突变体材料abortive pollen 90(ap90)。突变体ap90与野生型中恢8015在株高、株型、分蘖数、抽穗期等农艺性状上无显著差异,但花药瘦小、呈淡乳黄色、花粉完全典败。花药发育不同阶段的半薄切片观察结果显示,ap90突变体内的花药壁细胞发育异常,主要表现为绒毡层细胞降解异常,小孢子细胞在有丝分裂阶段无法形成正常的花粉壁结构、无法完成淀粉充实过程,最终小孢子细胞退化成细线状、花药亦无法开裂。花药和花粉外壁扫描电镜观察结果显示,突变体ap90的花药外壁皱缩,角质层排列更紧密;花药内壁乌氏体形状不规则、排列紧密而混乱;花粉细胞呈干瘪状,花粉外壁表面的孢粉素形态异常、呈不规则排列。遗传分析表明,ap90突变性状受1对隐性核基因控制,基因的初步定位将该突变位点定位于水稻7号染色体长臂RM21421和RM21435之间491.73 kb区间内;进一步的Mut-Map测序分析证实该区间内LOC_Os07g22850的第2个外显子区存在1个37 bp的缺失和1处单碱基替换,使得其编码序列发生移码、转录和翻译提前终止,导致出现ap90中的花粉完全典败和小穗不育表型。表达模式分析结果显示,该基因在花药中特异表达,OsAP90蛋白主要定位在内质网上。qPCR检测结果表明,ap90突变体中许多雄性不育相关基因的表达量受到了该突变位点的影响,进一步证明OsAP90在水稻花药发育的乌氏体形成、花粉壁发育中有重要作用。

关键词：水稻隐性核雄性不育 ap90 Mut-Map 表达模式分析

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毛竹CesA基因鉴定及其表达调控研究

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核农学报 2022年第4期36卷 706-715页

作者：王新悦朱成磊杨克彬李广柱李真袁婷婷高志民国际竹藤中心竹藤资源基因科学与基因产业化研究所国家林业和草原局/北京市共建竹藤科学与技术重点实验室北京100102

纤维素合成酶(CesA)是纤维素合成的关键酶。为探究毛竹(Phyllostachys edulis)中CesA基因的分子特征、表达模式及其调控关系,本研究采用生物信息学方法对毛竹CesA基因家族成员进行系统分析,基于毛竹RNA-Seq数据和实时荧光定量PCR(qRT-P... 详细信息

纤维素合成酶(CesA)是纤维素合成的关键酶。为探究毛竹(Phyllostachys edulis)中CesA基因的分子特征、表达模式及其调控关系,本研究采用生物信息学方法对毛竹CesA基因家族成员进行系统分析,基于毛竹RNA-Seq数据和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术分析CesA在毛竹组织中的表达模式,借助酵母单杂交技术验证转录因子MYB对CesA的调控作用。结果表明,在毛竹中共鉴定21个CesA(PeCesA1~PeCesA21),分别含有8~14个内含子;共线性分析发现19个PeCesAs存在片段复制,且Ka/Ks值均小于1.0。PeCesAs编码蛋白长度为904~1093 aa,分子量在101.10~123.63 kDa之间,理论等电点为5.95~8.60;亚细胞定位预测所有PeCesAs都定位在质膜上;保守基序分析发现,PeCesAs共含有20个保守基序,均含有CesA家族的特征基序D、D、D和QxxRW。系统发育分析结果表明,毛竹等4个物种的CesA家族52个成员聚类成7个分支。RNA-Seq数据分析结果表明,PeCesAs(PeCesA1/5/10/11/17)在根以及不同高度笋的中部和基部的表达量存在明显差异,而且PeMYB35和PeMYB37均与PeCesA1/5/10/11/17存在较强的共表达关系。qRT-PCR结果进一步证实,随着毛竹笋高度的增加,PeMYB35与PeCesA1/5/10/11/17呈现相似的表达趋势。此外,PeCesA1/5/10/11/17的启动子序列中均包含MYB转录因子的结合位点GAMYB,酵母单杂结果证实PeMYB35能够与PeCesA1启动子中GAMYB元件相结合,可能会进一步调控基因的表达。该结果为研究毛竹中纤维素的生物合成机制提供了参考依据。

关键词：毛竹纤维素合成酶基因表达模式分析转录调控

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